Remove "old" stuff from LMDZ.MARS

[emillour]

02/10/2019

Now that compilation of Mars GCM always goes via LMDZ.COMMON

Old utilities in LMDZ.MARS (makegcm script and dependencies) as well as the LMDZ.MARS/libf/dynlonlat_phylonlat directory should be removed

Documentation should be updated.

[emillour]

Code cleanup done with r2167

Documentation not updated yet.

[emillour]

Pour aider à la mise à jour de la Doc: mail de Lola (& Anni) à Ehouarn du 11/03/2019 à propos de la doc:

- Section 4.1 : lorsque je checkout le modèle pour la première fois, je suppose que comme d'habitude un mail est envoyé au responsable pour le prévenir de l'utilisation de son modèle. Hors j'ai reçu un mail de retour :

This is the mail system at host ciclad.ipsl.jussieu.fr.

I'm sorry to have to inform you that your message could not
be delivered to one or more recipients. It's attached below.

For further assistance, please send mail to postmaster.

If you do so, please include this problem report. You can
delete your own text from the attached returned message.

                   The mail system

<foujols@ipsl.jussieu.fr>: unknown user: "foujols"


- Section 4.2 : si j'ai bien compris, le seul prérequis à vraiment installer est FCM ? (et encore, cet outil est probablement installé chez toi) Cette section n'est peut-être pas très claire, ça pourrait valoir le coup de dire que en fonction des machines, ces outils sont déjà installés et indiquer où par exemple.

- Section 4.4.2 : Je me demandais pourquoi dans l'exemple 1, la résolution indiquée est 64x48x32 alors que dans les lignes d'exécution elle est de 64x48x29. Un oubli de mise à jour ? Et d'ailleurs j'ai vu que la dernière résolution verticale est passée à 49 d'après les fichiers présents dans http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/planets/mars/starts/

- Section 4.4.2 : pour Ciclad, il manque un fichier .env dans arch/ (pour "module load openmpi/1.6.5-ifort")

- Section 4.4.2 : pour la compilation parallèle, Anni avait noté les options "-j 8 -s 2" mais qui ne sont pas indiquées dans le document. Est-ce qu'on a besoin de ces options et pourquoi si c'est le cas ?

En parlant de parallélisation, il ne me semble pas avoir lu d'endroit dans le document indiquant comment utiliser un exécutable avec mpi. Ça pourrait être utile d'ajouter quelque part qu'il faut charger openmpi et exécuter avec mpirun par exemple.
Et d'ailleurs, j'ai juste utilisé :
mpirun gcm_64x48x32_phymars_para.e > gcm.out 2>&1
C'est une question peut-être naïve, mais je me demandais comment on sait quel est le nombre de processus mpi utilisés ? J'ai lancé un job sur Ciclad en indiquant "#PBS -l nodes=1:ppn=24" en me basant sur ce que Déborah avait utilisé, mais je n'ai pas trop l'habitude des en-têtes de Ciclad !

- Section 4.10.1 : on trouve que la description de l'utilisation du "newstart" manque un peu de détails dans la liste des questions qui sont posées au fur et à mesure. Est-ce que c'est parce que c'est trop spécifique à chaque domaine/planète ?

On a remarqué qu'il y a pas mal d'initialisations pour les traceurs listés dans "traceurs.def" qui ne sont pas faites, par exemple :
 lect_start_archive: loading tracer co2_surf
 lect_start_archive: loading tracer co2_ice_surf
 lect_start_archive:  Tracer <co2_ice_surf> not found
 which (constant) value should it be initialized to?
0
 lect_start_archive: loading tracer dust_number_surf
 lect_start_archive: loading tracer dust_mass_surf
 lect_start_archive: loading tracer ccnco2_number_surf
 lect_start_archive:  Tracer <ccnco2_number_surf> not found
 which (constant) value should it be initialized to?
0

On se demandait pourquoi ? On a mis 0 à chaque fois.

À la toute fin, on a vu "physdem1: skipping water vapour tracer". Comment est-ce que ça se fait ?

On t'avait demandé par mail comment ajouter nos propres traceurs, ça peut être une info à mettre en plus.

- Résolution 64x48x49 : il y a différents points.

    J'ai récupéré la dernière version de datadir (http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/planets/mars) pour utiliser cette résolution, mais il manquait le fichier optprop_co2ice_1mic.dat que Anni avait. Est-ce qu'il y a une raison pour laquelle ce fichier n'était pas dans le datadir ?
    Il nous semble qu'il est écrit nulle part qu'il faut faire attention à quelques petites choses lorsque l'on utilise cette résolution verticale (cf ton mail "Attention car avec 49 niveau, tu pars dans la thermosphère, et il faut alors enclencher les paramétrisations qui vont avec (c.f. callphys.def) sinon ça ne m'étonnerai pas trop que ça plante."), mais c'est la seule résolution qu'on trouve pour les starts sur http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/planets/mars/starts/. Et il n'y a rien de spécial dans les README. Il y a juste le chapitre 10 du doc d'installation qui parle de cette résolution pour la thermosphère : ce sont ces paramétrisations là dont tu parles ?
    Est-ce qu'il y a des start_archive pour d'autres résolutions que 64x48x49 ?


- Section 4.9 ("chain simulations") : pour pouvoir lancer des jobs j'ai copié run_month et run_month1 (les scripts que vous aviez fait avec Anni) à partir d'un dossier de Déborah. Ça serait bien qu'ils y soient dans LMDZ.MARS/deftank/ non ? Avec un peu d'aide dans le doc d'installation.
D'ailleurs dans ce script, j'ai dû modifier "... run0 >> ..." en "... ./run0 >> ..." car mon fichier run0 ne s’exécutait pas même si c'est bien un exécutable. Ça pourrait être bien de mettre ça par défaut, au cas où il y ait d'autres utilisateurs dans mon cas (je chercherai à l'occasion pourquoi je suis obligée d'indiquer le "./" avant un fichier pour l'exécuter, mais si jamais tu as une idée je suis preneuse !).

[emillour]

Documentation has been (mostly) updated. Moreover there is now the WikiMedia? documentation ​https://lmdz-forge.lmd.jussieu.fr/mediawiki/Planets/index.php/Main_Page for these things