Changeset 5429 for BOL/LMDZ_Setup/README0_HowTo
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- Dec 19, 2024, 10:19:22 AM (5 weeks ago)
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BOL/LMDZ_Setup/README0_HowTo
r4615 r5429 1 Last update : 2023-07-05 1 =================================================================== 2 LMDZ_Setup is a software suite for installing LMDZ and automatically 3 automatically run a number of configurations. 4 Authors: Frédéric Hourdin, Adriana Sima, Amaury Baral, Laurent Fairhead (and the LMDZ team) 5 6 Last modification : 2024/12/19 2 7 =================================================================== 3 8 4 9 Complementary information and FAQ (in French) : 5 10 https://docs.google.com/document/d/1OLZG6e-86NiXuv5-aALxKIh-QPkp4BdCwWtiBFot-6c 11 12 13 =================================================================== 14 0. Target platforms 15 =================================================================== 16 Default gfortran/bash installation on local computers. 17 Specific installation on certain computing centers: 18 spirit: IPSL cluster 19 adastra: Cines supercomputer 20 jean-zay: idris supercomputer 21 irene: TGCC supercomputer WORK TO BE DONE 22 Machine configuration dependency is managed by lmdz_env.sh 23 6 24 7 25 =================================================================== … … 48 66 =================================================================== 49 67 ---------------------------------------------------------------- 50 51 CAREFUL: these scripts MUST be run from $STORE !!!!!52 53 untar the tutorial_prod.tar file in your $STORE54 rename the TEST_PROD directory if you want to;55 then run everything from this newly created directory56 57 68 EXPERT : 58 69 If the login groupe and computing allocation groupe are different : … … 101 112 102 113 ============================================================ 103 III. Known problems 114 III. Repatriation of input data 115 ============================================================ 116 117 Installation requires downloading data from 118 from http://http://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/3DInputData 119 Repatriation is managed by a series of functions found in 120 lmdz_env.sh: wget_pub cp_from_pub ln_from_pub get_input_files 121 122 In my opinion, LMDZ_Setup's approach to data management is to be able to perform a complete 123 installation on any account on any machine, by distributing data from wget http://lmdz.... 124 In the new version, you don't duplicate any of the fields you download, and you only download them once to an account. 125 This is very small compared to the amount of data generated. 126 So I think we're very parsimonious in our use of IT resources. 127 Of course, this has to do with the fact that we don't manage a lot of different configurations in terms of boundary conditions, forcing, etc. 128 But that's where libiGCM comes in. 129 130 131 ============================================================ 132 IV. Known problems 104 133 ============================================================ 105 134 106 135 Running zoomed or coarse grid simulations 107 136 May cause problems with routing and aerosols 108 Suggesting to put in DEF/config.def109 ok_cdnc=n 110 ok_ade=n 111 ok_aie=n 112 flag_aerosol=0 113 and in DEF/orchidee*.def 114 RIVER_ROUTING=n : because of this, it is set to n by default 115 Be carefull, depending on the version of orchidee used, the job will 116 choose the corresponding version of DEF/orchidee_6.*.def 117 118 ============================================================ 119 IV. Updates (reverse chronological order) 120 ============================================================ 137 Suggesting to run without aerosols, aerosols="n", in this case 138 139 140 ============================================================ 141 V. Updates (reverse chronological order) 142 ============================================================ 143 144 2024-12 (FH) : retravail de l'accès au données sur http://lmdz... 145 146 2024-11 : Travail de portage multi-machine par Amaury Barral. 147 Précédemment sur jean-zay uniquement. 148 Porté sur adastra et machines locales. 149 121 150 2023-07 (AS-FH-LF) : mise sous svn du repertoire TEST_PROD, renommé en "LMDZ_config" 122 151 … … 138 167 139 168 ============================================================ 140 V . TBD169 VI. TBD 141 170 ============================================================ 142 171 See documentation (link of the shared google doc in the beginning of this Readme) 143 172 144 173 174 Notes concernant Orchidee 175 ------------------------- 176 177 Plusieurs versions disponibles via la clé veget 178 veget=CMIP6 : version CMIP6 179 veget=XXX : XXX numéro de relase svn d'orchidee 180 XXX+:1 181 182 On rapatrie automatiquement des champs nécessaires pour les dernières versions d'orchidee 183 PFTmap_IPCC_2000.nc cartepente2d_15min.nc routing.nc routing_simple.nc lai2D.nc \ 184 alb_bg_modisopt_2D_ESA_v2.nc reftemp.nc \ 185 soils_param.nc woodharvest_2000.nc PFTmap_15PFT.v1_2000.nc soil_bulk_and_ph.nc \ 186 187 Les deriners fichiers sont nécessaires seulement 188 ndep_nhx.nc ndep_noy.nc nfert_cropland.nc nfert_pasture.nc nmanure_cropland.nc nmanure_pasture.nc bnf.nc" ;; 189 190 191 192 Notes concernant la confiugration SPLA 193 -------------------------------------- 194 Pour l'instant on copie là-dedans de chez Binta les fichiers a la res zoomNaf; 195 plus tard on y recupererea des fichiers a haute resolution reguliere depuis http:/LMDZ, 196 a regrider ensuite par un script interp_fichiers_spla.sh (comme pour aerosols="clim") 197 Les fichiers (regrides, sauf SOILSPEC.data utilise tel quel) seront mis dans $MAINDIR/INPUT_SPLA (equivalent de INPUT_DUST) 198 The Path below is for JEANZAY. See with the team how to adapt to your cluster. 199 200 #for file in donnees_lisa.nc SOILSPEC.data \ # For Chimere dust emissions 201 # cly.dat $( for i in $(seq 1 12 ) ; do echo dust$i.nc ; done ) wth.dat \ # For Inca dust emissions 202 # carbon_emissions.nc sulphur_emissions_antro.nc sulphur_emissions_nat.nc \ # For non dust emissions 203 204 #Cas particulier des fichiers mensuels dust.nc :A DECIDER : 205 #C'est entre le cas des aerosols.clim= 1 seul fichier, annuel, 206 # et le cas des vents guidage, pré-interpolés avec era2gcm pour toute la periode, dans MAINDIR/GUIDE. 207 # On pourrait (a)demander de precalculer dust.nc aussi, dans MAINDIR/INPUT_SPLA - avec un script à adapter de Jeronimo. Rien a mettre dans SPLA_Init alors. 208 # Ou (b) fournir dans SPLA_Init les 12 mois d'un dust.nc climato (an 2006 pour nous ici) à la res EC, et faire juste le regrid vers MAINDIR/INPUT_SPLA 209 210 A la fin on doit avoir dans SPLA_Init les fichiers initiaux dans INITIAL plus les repertoires PERIOD00MM contenant dust.nc 211 Cela doit se retrouver dans script_SIMU qui les copie dans le repertoire de run sur $SCRATCH 212
Note: See TracChangeset
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