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Dec 19, 2024, 10:19:22 AM (5 weeks ago)
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fhourdin
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Improving geting files from http://... + README0

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  • BOL/LMDZ_Setup/README0_HowTo

    r4615 r5429  
    1 Last update : 2023-07-05
     1===================================================================
     2LMDZ_Setup is a software suite for installing LMDZ and automatically
     3automatically run a number of configurations.
     4Authors: Frédéric Hourdin, Adriana Sima, Amaury Baral, Laurent Fairhead (and the LMDZ team)
     5
     6Last modification : 2024/12/19
    27===================================================================
    38
    49Complementary information and FAQ (in French) :
    510https://docs.google.com/document/d/1OLZG6e-86NiXuv5-aALxKIh-QPkp4BdCwWtiBFot-6c
     11
     12
     13===================================================================
     140. Target platforms
     15===================================================================
     16Default gfortran/bash installation on local computers.
     17Specific installation on certain computing centers:
     18   spirit: IPSL cluster
     19   adastra: Cines supercomputer
     20   jean-zay: idris supercomputer
     21   irene: TGCC supercomputer WORK TO BE DONE
     22Machine configuration dependency is managed by lmdz_env.sh
     23
    624
    725===================================================================
     
    4866===================================================================
    4967----------------------------------------------------------------
    50 
    51 CAREFUL: these scripts MUST be run from $STORE !!!!!
    52 
    53   untar the tutorial_prod.tar file in your $STORE
    54   rename the TEST_PROD directory if you want to;
    55   then run everything from this newly created directory
    56 
    5768     EXPERT :
    5869     If the login groupe and computing allocation groupe are different :
     
    101112
    102113============================================================
    103 III. Known problems
     114III. Repatriation of input data
     115============================================================
     116
     117Installation requires downloading data from
     118from http://http://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/3DInputData
     119Repatriation is managed by a series of functions found in
     120lmdz_env.sh: wget_pub cp_from_pub ln_from_pub get_input_files
     121
     122In my opinion, LMDZ_Setup's approach to data management is to be able to perform a complete
     123installation on any account on any machine, by distributing data from wget http://lmdz....
     124In the new version, you don't duplicate any of the fields you download, and you only download them once to an account.
     125This is very small compared to the amount of data generated.
     126So I think we're very parsimonious in our use of IT resources.
     127Of course, this has to do with the fact that we don't manage a lot of different configurations in terms of boundary conditions, forcing, etc.
     128But that's where libiGCM comes in.
     129
     130
     131============================================================
     132IV. Known problems
    104133============================================================
    105134
    106135Running zoomed or coarse grid simulations
    107136    May cause problems with routing and aerosols
    108     Suggesting to put in DEF/config.def
    109     ok_cdnc=n
    110     ok_ade=n
    111     ok_aie=n
    112     flag_aerosol=0
    113     and in DEF/orchidee*.def
    114     RIVER_ROUTING=n : because of this, it is set to n by default
    115     Be carefull, depending on the version of orchidee used, the job will
    116        choose the corresponding version of DEF/orchidee_6.*.def
    117 
    118 ============================================================
    119 IV. Updates (reverse chronological order)
    120 ============================================================
     137    Suggesting to run without aerosols, aerosols="n", in this case
     138
     139
     140============================================================
     141V. Updates (reverse chronological order)
     142============================================================
     143
     1442024-12 (FH) : retravail de l'accès au données sur http://lmdz...
     145
     1462024-11 : Travail de portage multi-machine par Amaury Barral.
     147          Précédemment sur jean-zay uniquement.
     148          Porté sur adastra et machines locales.
     149
    1211502023-07 (AS-FH-LF) : mise sous svn du repertoire TEST_PROD, renommé en "LMDZ_config"
    122151
     
    138167
    139168============================================================
    140 V. TBD
     169VI. TBD
    141170============================================================
    142171See documentation (link of the shared google doc in the beginning of this Readme)
    143172
    144173
     174Notes concernant Orchidee
     175-------------------------
     176
     177Plusieurs versions disponibles via la clé veget
     178veget=CMIP6 : version CMIP6
     179veget=XXX   : XXX numéro de relase svn d'orchidee
     180    XXX+:1
     181
     182On rapatrie automatiquement des champs nécessaires pour les dernières versions d'orchidee
     183PFTmap_IPCC_2000.nc cartepente2d_15min.nc routing.nc routing_simple.nc lai2D.nc \
     184alb_bg_modisopt_2D_ESA_v2.nc reftemp.nc \
     185soils_param.nc woodharvest_2000.nc PFTmap_15PFT.v1_2000.nc soil_bulk_and_ph.nc  \
     186
     187Les deriners fichiers sont nécessaires seulement
     188ndep_nhx.nc ndep_noy.nc nfert_cropland.nc nfert_pasture.nc nmanure_cropland.nc nmanure_pasture.nc bnf.nc" ;;
     189
     190
     191
     192Notes concernant la confiugration SPLA
     193--------------------------------------
     194Pour l'instant on copie là-dedans de chez Binta les fichiers a la res zoomNaf;
     195plus tard on y recupererea des fichiers a haute resolution reguliere depuis http:/LMDZ,
     196a regrider ensuite par un script interp_fichiers_spla.sh (comme pour aerosols="clim")
     197Les fichiers (regrides, sauf SOILSPEC.data utilise tel quel) seront mis dans $MAINDIR/INPUT_SPLA (equivalent de INPUT_DUST)
     198The Path below is for JEANZAY. See with the team how to adapt to your cluster.
     199
     200#for file in donnees_lisa.nc SOILSPEC.data                                    \ # For Chimere dust emissions
     201#     cly.dat $( for i in $(seq 1 12 ) ; do echo dust$i.nc ; done ) wth.dat   \ # For Inca dust emissions
     202#     carbon_emissions.nc sulphur_emissions_antro.nc sulphur_emissions_nat.nc \ # For non dust emissions
     203
     204#Cas particulier des fichiers mensuels dust.nc :A DECIDER :
     205#C'est entre le cas des aerosols.clim= 1 seul fichier, annuel,
     206# et le cas des vents guidage, pré-interpolés avec era2gcm pour toute la periode, dans MAINDIR/GUIDE.
     207# On pourrait (a)demander de precalculer dust.nc aussi, dans MAINDIR/INPUT_SPLA - avec un script à adapter de Jeronimo. Rien a mettre dans SPLA_Init alors.
     208# Ou (b) fournir dans SPLA_Init les 12 mois d'un dust.nc climato (an 2006 pour nous ici) à la res EC, et faire juste le regrid vers MAINDIR/INPUT_SPLA
     209
     210A la fin on doit avoir dans SPLA_Init les fichiers initiaux dans INITIAL plus les repertoires PERIOD00MM contenant dust.nc
     211Cela doit se retrouver dans script_SIMU qui les copie dans le repertoire de run sur $SCRATCH
     212
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.