Index: trunk/DOC/000-MODELS
===================================================================
--- trunk/DOC/000-MODELS	(revision 136)
+++ trunk/DOC/000-MODELS	(revision 136)
@@ -0,0 +1,54 @@
+--> I want the documentation (** strongly advised **)
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/DOC
+
+--> I want the LMD Mars GCM
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.MARS
+
+--> I want the LMD Mars Mesoscale and LES Models
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.MARS http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/MESOSCALE
+
+--> I want the LMD Titan GCM
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.COMMON http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.TITAN
+
+--> I want the LMD Venus GCM
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.COMMON http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.VENUS
+
+--> I want the LMD Earth GCM
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.COMMON http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.EARTH
+
+--> I want the LMD Giant-Planets GCM
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.COMMON http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.GIANT
+
+--> I want the LMD Generic GCM
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.GENERIC
+
+--> I want all models
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk
+
+--> I already have the Titan GCM but I would also like to have the Venus GCM
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.VENUS
+
+--> I already have the Mars GCM but I would also like to have the Mars Mesoscale Model
+
+svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/LMDZ.MARS
+
+--> I already downloaded some of the above components with "svn co" and I want the last version for those downloaded components
+
+svn update *	[--> run this command where your LMDZ.* or MESOSCALE components are located]
+
+--> I already downloaded some of the above components with "svn co" and I want the last version only for (say) LMDZ.VENUS
+
+svn update LMDZ.COMMON LMDZ.VENUS	[--> run this command where your LMDZ.* or MESOSCALE components are located]
+
+----------------------------------------------------
+AS -- 25/05/2011
Index: trunk/DOC/000-README
===================================================================
--- trunk/DOC/000-README	(revision 136)
+++ trunk/DOC/000-README	(revision 136)
@@ -0,0 +1,20 @@
+
+Logiciel LMDZ
+-------------
+
+La documentation relative à LMDZ est accessible sur :
+http://lmdz.lmd.jussieu.fr/documentation
+
+Les quides d'installation et utilisation de LMDZ sont accessibles sur :
+http://lmdz.lmd.jussieu.fr/documentation/guides
+
+==========================================================================
+
+LMDZ software
+-------------
+
+Documentation about the LMDZ software is available on the web at this address:
+http://lmdz.lmd.jussieu.fr/documentation
+
+Practical installation and user guides are available here:
+http://lmdz.lmd.jussieu.fr/documentation/guides
Index: trunk/DOC/000-README-svn
===================================================================
--- trunk/DOC/000-README-svn	(revision 136)
+++ trunk/DOC/000-README-svn	(revision 136)
@@ -0,0 +1,114 @@
+########################################
+##                                    ##
+##  BIENVENUE SUR LE SVN PLANETO !!!  ##
+##                                    ##
+##  PETIT MEMO                        ##
+##                                    ##
+##  -- AS 11/2010, 01/2011, 03/2011   ##
+##                                    ##
+########################################
+
+si vous lisez ceci, votre nom doit figurer sur 000-USERS.
+si ce n'est pas le cas, contacter la LMD team.
+
+##
+## OU CHERCHER DE L'AIDE ???
+##
+
+-- doc officielle [livre open source]
+	http://svnbook.red-bean.com/
+
+-- resume pratique des commandes
+	http://www.yolinux.com/TUTORIALS/Subversion.html 
+
+-- page wikipedia pas mal
+	http://fr.wikipedia.org/wiki/Subversion_%28logiciel%29
+
+-- si vous etes perdus avec les commandes, faites
+                svn help
+
+##
+## VOUS ETES USER : COMMENT RECUPERER LES SOURCES SUR LE SERVEUR ?
+##
+
+-- pour faire descendre les sources il faut taper
+		svn co "http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk"
+		svn checkout "http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk" 
+                svn checkout -r67 "http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk"  [recuperer la version 67]
+[les fichiers relatifs au controle de version sont dans les repertoires caches .svn : ne pas effacer !!!]
+[la copie cachee, miroir de la derniere version sur le serveur, se trouve dans les repertoires .svn]
+
+-- pour faire descendre les sources sans controle de version [utilise moins d'espace disque]
+		svn export "http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk"
+
+-- vous pouvez ne faire descendre qu'une partie des sources
+		svn co "http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/mars" [GCM martien]
+                svn co "http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk/mesoscale" [Mesoscale martien]
+
+-- pour voir les changements effectues faire
+                svn log
+                svn log | more
+
+-- pour mettre a jour avec la derniere version sur le serveur
+		svn update
+[NB: svn update est une commande qui met a jour la copie cachee avec la derniere revision]
+                svn update *
+[si l'on n'a qu'une partie du trunk]
+
+-- pour afficher les infos du serveur, faites
+                svn info
+
+-- pour voir un fichier avec une historique des changements et des personnes "coupables" de ces changements
+                svn blame **fichier**
+
+-- pour ramener un fichier modifie localement a sa version sur le serveur 
+                svn revert **fichier**
+[pratique quand on a teste des modifications que l'on veut annuler pour revenir a la version de reference]
+
+##
+## VOUS ETES en plus CONTRIBUTOR : COMMENT MODIFIER LES SOURCES SUR LE SERVEUR ?
+##
+
+-- pour propager les changements locaux au repertoire commun sur le serveur
+   ... meme pour un changement mineur il faut commenter
+                svn ci -m "bla bla bla bla"
+		svn commit -m "bla bla bla bla"
+		svn commit -F un_fichier_plein_de_remarques.txt
+                svn commit -m "commit seulement sur un fichier bla bla bla" **fichier**
+
+-- le mot de passe est demande au premier commit [il faut avoir modifie qqch sinon ca ne marche pas]
+
+-- au moment ou l'on commence a travailler dans le dossier, toujours faire 
+		svn update 
+SINON RISQUE DE TRAVAILLER SUR UNE VERSION ANCIENNE... voire RISQUE DE CONFLIT SVN
+
+-- refaire un 
+		svn update
+avant de faire un commit pour les memes raisons [normalement on ne perd pas ses changements]
+
+-- pour verifier les changements effectues avant un commit, faire
+		svn diff
+		svn diff **fichier**
+qui permet de comparer les nouvelles versions locales avec la derniere revision officielle 
+(non modifiee donc si vous n'avez pas fait commit)
+
+-- pour verifier les fichiers modifies, ajoutes, etc... avant un commit faire
+		svn status
+                svn status -qu  [pour enlever les cas "?"]
+
+-- pour ajouter un fichier (ou repertoire) a synchroniser avec le serveur, utiliser
+		svn add **fichier** 
+NB: tant que le fichier n'est pas ajoute a la base des fichiers synchronises avec cette commande, 
+svn ne le voit pas. pratique pour les fichiers locaux temporaires !
+
+-- similairement
+		svn delete **fichier**
+		svn mv **fichier** **ailleurs**
+		svn mkdir **directory**
+
+-- une fois le commit effectue, la copie locale peut etre entierement effacee (eventuellement); 
+il suffit de faire redescendre les sources au prochain usage avec
+		svn co "http://svn.lmd.jussieu.fr/Planeto/trunk"
+NB: si on choisit de garder sa copie locale, penser au
+		svn update
+lorsqu'on revient y travailler apres quelque temps
Index: trunk/DOC/000-USERS
===================================================================
--- trunk/DOC/000-USERS	(revision 136)
+++ trunk/DOC/000-USERS	(revision 136)
@@ -0,0 +1,27 @@
+------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+CONTRIBUTORS [are allowed to commit]
+------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+**** Name ****                  **** Institute ****		**** Admitted ****		**** Use ****
+Ehouarn Millour 		LMD [CNRS]			start				All GCMs
+Sebastien Lebonnois		LMD [CNRS]			start				Venus and Titan GCMs
+Aymeric Spiga			LMD [UPMC]			17 - 11 - 2010	 		Mars GCM, MMM and LES
+Arnaud Colaitis                 LMD [CNRS]                      23 - 05 - 2011                  Mars GCM, MMM and LES
+
+------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+USERS [are allowed to synchronize and use models]
+------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+Anyone who is given the svn link must have her/his name reported here
+
+**** Name ****                  **** Institute ****             **** Admitted ****		**** Use ****
+Arnaud Colaitis			LMD [CNRS]			26 - 01 - 2011			Mars GCM, MMM and LES
+Franck Lefevre                  LATMOS [CNRS]                   25 - 02 - 2011                  Mars GCM
+Francisco Gonzalez-Galindo      IAA [CSIC, Spain]               28 - 02 - 2011                  Mars GCM
+Francois Forget                 LMD [CNRS]                      03 - 03 - 2011                  All GCMs
+Jean-Baptiste Madeleine         LMD [CNRS]                      03 - 03 - 2011                  Mars GCM
+Julien Faure                    LMD [CNRS/UPMC]                 07 - 03 - 2011                  Mars GCM, MMM and LES  
+Anni Maattanen			LATMOS [CNRS]			25 - 05 - 2011			Mars GCM, MMM and LES
+Benjamin Charnay		LMD [CNRS]			25 - 05 - 2011			Venus and Titan GCMs
+Robin Wordworth			LMD [CNRS]			25 - 05 - 2011			Generic GCMs
+Jean-Yves Chauffray		LMD [CNRS]			25 - 05 - 2011			Mars GCM
+Luca Montabone			LMD [CNRS]			25 - 05 - 2011			Mars GCM
Index: trunk/DOC/chantiers/Readme
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--- trunk/DOC/chantiers/Readme	(revision 136)
+++ trunk/DOC/chantiers/Readme	(revision 136)
@@ -0,0 +1,18 @@
+Ici, on peut mettre tous les chantiers en vue, les idees, la todolist, etc...
+
+****
+Les commits IMPORTANTS doivent etre reportes dans le fichier commit_importants.log
+****
+
+Ajouter des fichiers genre monprochainprojet-Seb.txt, avec une description des
+modifs proposees, a discuter, etc...
+
+En bref, outil juste de communication sur le chantier.
+
+Quand le sujet aborde dans un fichier a ete traite, le fichier est clos. 
+On le renomme en nomfichier.clos
+
+Contributeurs
+E. Millour
+S. Lebonnois
+A. Spiga [entree 17/11/2010]
Index: trunk/DOC/chantiers/commit_importants.log
===================================================================
--- trunk/DOC/chantiers/commit_importants.log	(revision 136)
+++ trunk/DOC/chantiers/commit_importants.log	(revision 136)
@@ -0,0 +1,916 @@
+**** commit_v5 ****
+
+** ADAPTATION GCM POUR CP(T)
+**--------------------------
+
+* Ajout d'un fichier cpdet.F contenant toutes les routines nécessaires à 
+  l'utilisation de Cp(T)
+  -> routines ini_cpdet, t2tpot, tpot2t
+  -> fonction cpdet(t)
+
+* Du coup, suppression de tous les cpdet.* de phytitan et phyvenus
+
+* Modif de gcm.F : initialisation ini_cpdet ajoutée
+
+* Modif de comconst.h : ajout de nu_venus et t0_venus
+
+* Modif de caldyn0.F : 
+    - dimensions de pk (ip1jmp1 à la place de iip1,jjp1)
+    - ajout de temp et tsurpk
+    - calcul de temp (tpot2t) et tsurpk
+    - passage de tsurpk à la place de teta dans sortvarc0
+    
+* Modif de caldyn.F :
+    - passage de tsurpk en argument
+    - dimensions de pk (ip1jmp1 à la place de iip1,jjp1)
+    - ajout de temp
+    - passage de tsurpk à la place de teta dans dudv2
+    - passage de tsurpk à la place de teta dans sortvarc
+
+* Modif de calfis.F :
+    - ajout de zteta et zpk
+    - calculs de zteta et zpk
+    - calcul de ztfi via tpot2t
+    - mise en commentaires de pcvgu/v/t/q car ne servent pas... 
+    - (ajout commentaire sur traceurs intensifs)
+    - modification du calcul de pdhfi
+
+* Modif de diagedyn.F :
+  (même si c'est une routine pure Terre, pour l'instant)
+    - calcul de la temperature 
+    - remplacement de RCPD par cpdet(T)
+
+* Modif de leapfrog.F :
+    - ajout de temp et tsurpk
+    - calcul de temp (tpot2t) et tsurpk (3 endroits)
+    - passage de tsurpk à la place de teta dans geopot (3 endroits)
+    - passage de tsurpk en argument de caldyn
+    - calcul de dtetaecdt
+
+* Modif de vlspltqs.F
+    - modif taille de tempe
+    - calcul de tempe (via tpot2t)
+
+
+** APPEL DE LA PHYSIQUE
+**----------------------
+
+* Modif de calfis.F :
+    - on appelle physiq comme pour Venus et Titan quand on n'a pas la 
+      clé CPP_EARTH
+    - j'ai enlevé le mot clé planet_type, ça fait double emploi, non ?
+    - j'ai laissé nqtot dans les arguments d'appel à physiq... A reverifier.
+
+**** commit_v6 ****
+
+* Modif de defrun.F : commentaire indiquant qu'il ne sert plus donc pas a jour !
+
+* Modif de dynredem.F : correction faute orthographe dans commentaire
+
+** IOIPSL, real8 vs real4
+**-----------------------
+
+J'élimine ce truc bancal. Il faudra compiler IOIPSL en double précision.
+Du coup, pas de modifs spécifiques dans dyn3d. Par contre, il faudra éliminer
+ça dans les physiques !
+
+
+** Nombre de traceurs
+**-------------------
+
+* Modif de infotrac.F90 :
+    - definition de type_trac
+    - definition de nqtrue depend de planet_type
+    - lecture de traceur.def depend de planet_type
+
+* Modif de addfi.F :
+    - separation des traceurs 1 et 2 pour qtestt/qtestw valable seulement 
+      pour planet_type=earth
+
+* Modif de caladvtrac.F :
+    - deplacement du test sur planet_type pour virer tout ce qui concerne
+      dq quand on n'est pas sur Terre
+
+* Modif de calfis.F :
+    - ajout d'une remarque concernant pdq...
+
+
+** Avec ou sans advection de traceurs
+**-----------------------------------
+
+Reglé grace à iadv lu dans traceur.def: si 0, pas advecté.
+Sans traceurs, on a donc un seul traceur dummy, non advecté, mais 
+écrit dans start.nc et trimbalé partout...
+
+
+** Homogeneisation des .def
+**-------------------------
+
+* Modif des deftanks/[titan/venus]/[gcm/physiq/run].def :
+    - ajout planet_type
+    - passage des cles physiques vers physiq.def
+    - homogeneisation des parametres
+
+* Modif de conf_gcm.F :
+    - ok_strato mis à true par defaut
+
+* Modif de clesph0.h :
+    - ajout d'un commentaire: il faut virer ce fichier, ne sert plus a rien.
+
+
+** Homogeneisation de bilan_dyn
+**-----------------------------
+
+* Modif de leapfrog.def :
+    - premier appel: il y a first, deplacement de first=.false., elimination prem
+    - ajout d'initialisations
+    - ajout des tendances de la couche superieure (d*top)
+    - elimination itau_w (ne sert pas)
+    - couche superieure: ajout addfi séparé
+    - passage des d*dis en */s
+    - appel bilan_dyn
+
+* Modif de bilan_dyn.def :
+    - modification appel (pour sortie des tendances en moment cinetique)
+    - ajout tendances du* en m/s2
+    - ajout variables pour transport vertical
+    - ajout variables pour tendances en moment cinetique
+    - Champs advectés: base=6 (ovap est un traceur...), 
+      en commentaire pour l'instant, les traceurs.
+    - introduction des calculs pour transport vertical
+    - introduction des calculs pour tendances moment cinétique
+    - présentation des déclarations
+    - facteur fact_geovenus=-1 pour Vénus
+    - petit ajustement possible pour ncum (problèmes de précision)
+    - élminination des sorties grads
+    - modif noms temp et ecin
+    - modif sur incrementation itau et time
+    - definitions et sorties: 
+       limité pour l'instant à temp et ang, sans les psiQ
+       sans la somme en lat du transport vertical, à revoir (1D seulement?).
+    - modification calcul ang
+    - modification tpot2t
+    - correction sur fonction de courant psiQ
+
+
+** Choix de spécificités Terre dans gcm.F
+**---------------------------------------
+( certains appels ont été mis sous flag CPP_EARTH ou planet_type=earth alors )
+( qu'il sont aussi valables pour Venus et Titan...                           )
+( ils etaient sous flag IOIPSL avant...                                      )
+
+* Modif de gcm.F :
+    - appel de dynetat0 modulé selon planet_type (mars est un cas à part)
+    - appel de dynredem0 modulé selon planet_type (mars est un cas à part)
+    - appel de iniphysiq: a mettre sous cle CPP_PHYS pour cas sans physique
+
+* Modif de leapfrog.F :
+    - appel de dynredem1 modulé selon planet_type (mars est un cas à part)
+
+* Modif de calfis.F :
+    - appel de physiq: a mettre sous cle CPP_PHYS pour cas sans physique
+    - conservation de la possibilité de nsplit_phys
+    - ajout commentaire sur unité des tendances
+
+* Modif de conf_gcm.F :
+    - commentaires pour nsplit_phys
+
+
+**** commit_v7 ****
+
+* Mise à niveau (de la dynamique) par rapport à la version 1447 de LMDZ5
+* ----------------------------------------------------------------------
+
+* Pour l'instant, on n'a pas touché à dyn3dpar, donc pour l'instant on ne
+  fait que recopier les fichiers de la version 1447
+
+* Mise à jour de routines (dans dyn3d) qui n'ont changé que côté LMDZ5:
+- ener.h
+- grid_noro.F
+- iniacademic.F
+- integrd.F
+- limit_netcdf.F90
+
+* Mise à jour des routines qui ont changé des deux côtés:
+- addfi.F 
+  * ajout d'un "USE control_mod, ONLY : planet_type"
+  * mise en forme du if (planet_type=="earth") à l'identique de la revision 1447 (pour être peinard vis-à-vis de futures diff).
+- caladvtrac.F 
+  * ajout d'un "USE control_mod, ONLY : iapp_tracvl,planet_type"
+  * mise en conformité de la taille du tableau dq(ip1jmp1,llm,nqtot) et non pas dq(ip1jmp1,llm,2) (qui oblige à avoir au moins 2 traceurs...)
+  * mise entre if (planet_type=="earth") des calculs après advtrac (à nouveau, il faut avoir au moins 2 traceurs pour que ça ait un sens; et encore, ce morceau ne sert peut-être au final à rien).
+  * A nouveau ces modifs étaient déjà en partie déjà faites; j'ai juste remis en forme comme dans la révision 1447 pour rester homogène avec le code terrestre.
+- gcm.F
+  * Mise d'un #ifdef CPP_PHYS autoure de Init_Phys_lmdz et InitComgeomphy , au lieu du (bancal) #ifdef CPP_EARTH
+  * De même il faut bel et bien un #ifdef CPP_PHYS autour de iniphysiq & co.
+- infotrac.F90
+  * Ajout des modifs de forme et correction sur l'utilisation de trim() et taille des tableaux str1(23),str2(23)
+  * On garde un type_trac='plnt' pour les planètes (Attention, il faudra vérifier que ça ne casse rien par ailleurs et surtout n'est-ce finalement pas redoundant avec le planet_type?).
+- leapfrog.F
+  * Ajout des modifs/améliorations pour le cas académique sans physique
+   mais en utilisant dutop(),dvtop(), etc. pour le sponge layer
+   
+**** commit_v8 ****
+
+** ADAPTATION DYNAMIQUE PARALLELE AU CP(T)
+------------------------------------------
+
+Remarques:
+----------
+- Modifs non testées par une compilation/exécution du code; finalement s'organiser un mode de fonctionnement ou on peut compiler le code (au moins sans physique) est assez impératif.
+- On pourrait peut-être faire de cpdet.F90 un module...
+
+Retour sur leapfrog.F: (version séquentielle, dans dyn3d):
+----------------------
+- On revient en arrière sur l'utilisation de dutop(),dvtop(),dtetatop() au lieu des dufi(),dvfi() et dtetafi() pour les appels à top_bound. Dans la version terrestre, différente du sponge Martien (et Vénusien), ces tendances sont liées.
+=> A 'hamoniser' plus tard.
+
+Modifications (dans dyn3dpar):
+------------------------------
+
+* infotrac.F90 : recopié à l'identique depuis dyn3d
+
+* comconst.h : recopié à l'identique depuis dyn3d
+
+* caldyn0.F : recopié à l'identique depuis dyn3d
+
+* cpdet.F :
+  - création des routines t2tpot_p et tpot2t_p , versions // de t2tpot et tpot2t
+
+* gcm.F :
+  - on encadre les appels à Init_Phys_lmdz et Init_interface_dyn_phys par des #ifdef CPP_PHYS (et non plus ifdef CPP_EARTH).
+  - ajout de l'appel à ini_cpdet pour Cp(T)
+  - appel de dynetat0 modulé selon planet_type (Mars est le cas pathologique)
+  - appel à iniphysiq encadré par un #ifdef CPP_PHYS
+  - appel de dynredem0_p modulé selon planet_type (Mars est le cas pathologique)
+  
+* leapfrog_p.F :
+  - ajout variables temp et tsurpk
+  - ajout des calculs des hallos pour temp() et tsurkp() (NOTE POUR PLUS TARD: vérifier que c'est bien nécessaire...)
+  - utilisation tpot2t_p et calcul de tsurkp() avant appel à geopot_p (sans oublier de modifier argument de geopot_p, teta => tsurpk). (3 fois)
+  - ajout argument tsurpk dans l'appel à caldyn_p.
+  - ajout des passages en (m/s)/s des dudis , dvdis et dtetadis.
+  - calcul de dtetaecdt en passant par la température.
+  - changement des arguments de l'appel à bilan_dyn_p.
+  - appel de dynredem1_p modulé selon planet_type (Mars est le cas pathologique).
+
+* calfis_p.F :
+  - utilisation de la clef CPP_PHYS (et non plus CPP_EARTH).
+  - ajout des variables locales zteta et zpk.
+  - ajout calcul de zteta et zpk.
+  - calcul de ztfi via tpot2t_p (NOTE POUR PLUS TARD: vérifier que la taille "physique" du champ ne pose pas pb par rapport au découpage //).
+  - appel de la routine physiq selon planet_type.
+  - modification calcul de pdhfi.
+  
+* caldyn_p.F :
+  - ajout de tsurpk dans les arguments.
+  - passage de tsurkp à la place de teta dans dudv2_p.
+  - passage de tsurkp à la place de teta dans sortvarc.
+  
+* vlspltqs_p.F :
+  - modification de la taille de tempe (tempe(ip1jmp1,llm) au lieu de tempe(ip1jmp1).
+  - calcul de tempe via tpot2t_p (NOTE POUR PLUS TARD: probablement à revoir! Etrangement vlspltqs_p ne contient aucune instruction OpenMP !?! Il y a là un truc qui m'échappe...)
+
+* bilan_dyn_p.F : A FAIRE... (mis de côté pour l'instant car pas sûr que l'ancien bilan_dyn_p fonctionne en mode mixte mpi/omp, à vérifier d'abord, avant de tenter des modifs...) 
+
+**** commit_v11 ****
+
+24/01/2011 ajout du modele meso-echelle martien, ancienne physique -- A. Spiga
+
+**** commit_v17 ****
+
+24/01/2011 ajout du module LES, ancienne physique -- A. Spiga
+
+**** commit_v37 ****
+27/01/2011 Remise en route chantier compilation -- Ehouarn
+- Modifs et corrections pour pouvoir compiler le gcm (en séquentiel, avec
+   makelmdz_fcm pour l'instant):
+ * ajout de fichiers 'arch' pour linux-64 (pour Bellonzi, avec ioipsl et en r8)
+ * modification de makelmdz_fcm, ajout de la clé CPP_PHYS si on compile avec
+   une physique
+ * correction de quelques typos/bugs révélés à la compilation:
+ - infotrac.F90 : supression des appels à 'lnblnk' (remplacés par len_trim)
+ - bilan_dyn.F : déclaration des variables znom3,znom3l,zunites3, planet_type
+ - cpdet.F : "use control_mod, ONLY: planet_type" mis aux bons endroits
+             (idem sur cpdet.F dans dyn3dpar)
+ - leapfrog.F : declaration de  ztetaec(), dtec, cpdet , itau_w, duspg()
+ - diagedyn.F : correction typo; attention dans diagedyn.F il y a du
+                include "../phylmd/YOMCST.h"
+                Ca va poser problème qd on change de physique....
+
+- Avec ces modifs, la compilation marche sans physque, avec ou sans ioipsl
+  et avec la physique terrestre phylmd.
+
+********************************************
+**** commit_v51 (et quelques autres...) ****
+********************************************
+
+29/01/2011 --- A. SPIGA
+
+Nouveautes LMD_MM_MARS - LMD_LES_MARS - LMDZ.MARS [dossier mars]
+
+Ce commit fait le bilan des chantiers d'uniformisation des diverses sources du mesochelle
+[tous les commits par "spiga" depuis le debut sont relatifs a ces chantiers]
+
+Chantiers acheves avec compilation et execution testees:
+
+1. le meme coeur dynamique peut maintenant etre compile avec ancienne ou nouvelle physique; option -p sur makemeso.
+
+2. la meme interface module_lmd_driver est partagee par LMD_MM_MARS et LMD_LES_MARS
+
+3. le meme libf est partage entre modele mesoechelle et gcm
+   les quelques routines qui different sont notees meso_ et integrees aux sources du gcm
+
+=====> De 4 version du modele + 1 version de la nouvelle physique, on passe a une seule version du modele
+meso-echelle dont la physique est automatiquement indexee sur les modifications effectuees dans le GCM 
+[quelques routines mesoechelle mises a part]
+
+* Reste a tester LMD_LES_MARS avec la nouvelle physique. Modifications mineures attendues suite au point 2. 
+* Reste a tester le nesting qui devrait induire des modifications dues a des lignes trop longues... ce sera transparent du point de vue GCM.
+
+********************
+**** commit_v52 ****
+********************
+
+********** chantier principal du commit
+********** --- version LMDZ5 qui fonctionne pour tests geantes
+********** --- prochaine etape, tests sur GNOME
+
+M      libf/dyn3dpar/comconst.h
+M      libf/dyn3dpar/conf_planete.F90
+ajout du flux de chaleur intrinseque: ihf
+[par defaut il est nul] 
+
+M      libf/dyn3dpar/gcm.F
+changements cosmetiques 
+[pour diff plus efficace avec version non par]
+
+M      libf/dyn3dpar/iniacademic.F
+possibilites de variations latitudinales
+de temperature plus originales 
+[seulement pour planet_type.eq."giant"]
+
+M      libf/dyn3dpar/leapfrog_p.F
+1. ajout d'une tendance causee par le flux de chaleur intrinseque
+      (seulement prise en compte si planet_type.eq."giant")
+2. correction bugs problematiques a la compilation et au run
+--> probleme dans les boucles (l'indice etait llm et non l)
+--> ajout de SAVE pour les variables paralleles
+--> correction des declarations de variables manquantes
+
+M      libf/dyn3dpar/calfis_p.F
+correction d'une deuxieme parenthese manquante sur ALLOCATE(zteta(klon,llm))
+
+M      libf/phylmd/regr_lat_time_climoz_m.F90
+erreur a la compilation avec FCM... il s'agit d'une routine terrestre
+il y a visiblement un probleme avec o3_in
+en attendant, les lignes sont commentees avec !AS
+
+A      deftanks/giant  8 fichiers
+ajout de fichiers de configuration typiques pour les geantes gazeuses
+[experimental pour le moment... on est loin de jupiter]
+       --> comparaisons entre un run ancien [avec LMDZ5-dev sur SVN ipsl sans cp var] 
+       et run avec version sur ce SVN planeto donne des resultats similaires
+
+********** pratique
+
+A      ioipsl
+A      ioipsl/compile_ioipsl.bash
+A      ioipsl/util 16 fichiers
+script et utilitaire pour compiler IOIPSL de facon independante
+il suffit d'executer ./compile_ioipsl.bash
+
+M      arch/arch-AMD64_CICLAD.path
+si IOIPSL a ete compile avec la methode precedente, les bons
+PATH sont definis dans ce fichier [le NETCDF est aussi OK]
+
+M      000-README-svn
+mise a jour options "svn status"
+
+M      mars/libf/phymars/meso_callkeys.h
+mise a jour mineure du fichier 
+[ecri_phys etait defini mais pas dans la liste]
+
+
+********************
+**** commit_v54 ****
+********************
+
+
+--------------------------
+LMD_LES_MARS: Tests with new physics in unified frame
+M              53   mesoscale/LMD_LES_MARS/modif_mars/module_model_constants.F
+M              53   mesoscale/LMD_LES_MARS/modif_mars/module_first_rk_step_part1.F
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/phys/module_lmd_driver.F
+Modifications made to cope with new soil scheme
+
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/mars_lmd/libf/phymars/meso_physiq.F
+Commented aeronomars in old physics so that the model can compile with lots of grid points
+
+--------------------------
+LMD_MM_MARS: Implement tracers with the new physics. Test with JBM runs with 5 tracers
+               including radiatively active dust and water ice
+             TODO: propagate reading "traceur.def" and few initialisations from
+               testphys1d.F into module_lmd_driver.F 
+
+M              53   mars/libf/phymars/dimradmars.h
+M              53   mars/libf/phymars/callradite.F
+Change it back to both dust and ice radiatively active
+
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/makemeso
+Allow to "fresh start" with the inclusion of "clean -a" in the script
+
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/Registry/Registry.EM
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/dyn_em/module_initialize_real.F
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/dyn_em/solve_em.F
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/main/real_em.F
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/runmeso
+Added the option mars==11 with 5 tracers: CO2 H2Ovap H2Oice DUST DUSTN
+-- Note that the order matters for H2Ovap and H2Oice
+
+LMD_MM_MARS: Create a folder to run LMD GCM with exact same physics as mesoscale
+
+A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/libf/phymars/physiq.F
+All files in mesoscale/LMDZ.MARS/libf are links except this one
+--> Because specific WRITEDIAGFI commands are set to output what is needed PREP_MARS
+--> Something must be done so that qCO2, qdust, qdustN can be propagated too !!!
+
+A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/libf_gcm
+A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/in_lmdz_mars_newphys
+Two important links that must not be broken
+
+A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/myGCM
+This folder is for runs. Only links here -- except temp files which are not synchronized.
+
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/compile
+A               0   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/run.def
+A               0   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/traceur.def
+M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/callphys.def
+A               0   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/callphys.def.csttau
+Those files are needed to run the GCM in order to prepare initial & boundary
+   conditions for the mesoscale... but basically it is the exact same GCM
+--> compile is a convenient script
+
+A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/makegcm
+A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/makegcm_g95
+A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/create_make_gcm
+This is supposed to be merged one day with files in trunk/mars/
+
+A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/myGCM/DEFS_JB
+Necessary files to restart a GCM run corresponding to new water cycle in JB's thesis
+
+**** commit_v65 ****
+-- 16/02/2011 -- EM , Mise a niveau par rapport à la version terrestre
+                      (LMDZ5V2.0-dev rev. 1487)
+* Mise à jour des scripts (terrestres) 'makegcm' et 'create_make_gcm'
+* Ajout du script 'makelmdz' (version "améliorée", en Bash, de makegcm)
+* Mise à jour des routines dans phylmd (sauf regr_lat_time_climoz_m.F)
+
+* disvert (dans dyn3d et dyn3dpar): passage au Fortran 90
+* parallel.F90 (dyn3dpar): correction bug
+* etat0_netcdf.F90 (dyn3d et dyn3dpar) : mise à jour mineure
+* ce0l.F90 (dyn3dpar) : correction bug
+* abort_gcm.F (dyn3dpar) : correction bug
+* ugeostr.F90 (dyn3d et dyn3dpar) : passage au Fortran 90
+* fluxstokenc_p.F (dyn3dpar) : correction bug
+* iniacademic.F90 (dyn3d et dyn3dpar) : passage au Fortran 90
+* friction_p.F (dyn3dpar) : correction bug
+* infotrac.F90 (dyn3d et dyn3dpar) : correction bug mineur sur lecture traceurs
+* caladvtrac.F (dyn3d) : modifications cosmétiques
+
+********************
+**** commit_v76 ****  etape importante d'une serie de commit sur les traceurs dans le mesoscale
+********************
+
+LMD_MM_MARS: remise a plat du traitement des traceurs terminee 
+             [en particulier en vue de l'utilisation nouvelle physique]
+             --> fonctionnement concluant sur un cas Tharsis hydro 61x61x61
+             --> ne pas utiliser le cas FASTCASE trop instable avec traceurs
+             --> reste a tester l'effet d'especes radiativement actives
+
+             options dans namelist.input :
+             mars = 0   ---> pas de traceurs
+             mars = 1   ---> cycle de l'eau : water vapour + ice
+             mars = 2   ---> cycle poussieres : un dust bin
+             mars = 3   ---> cycle poussieres : dustq + dustn [NOUVELLE PHYS seulement] 
+             mars = 11  ---> cycle de l'eau + poussieres [1+3] [NOUVELLE PHYS seulement]
+                  NB: pour les deux derniers, reste un petit travail mineur sur qsurf
+                                                 (voir dans module_lmd_driver.F)
+             il faut definir conjointement le callphys.def associe et relancer real.exe
+                         (sinon on transporte juste dynamiquement des 'dummy' traceurs) 
+             il n'est necessaire de recompiler que si le nombre total de traceurs change
+
+Fichiers a mettre a jour si l'on ajoute une option "mars" dans le Registry
+--------------------------------------------------------------------------
+Attention suivant les inputs GCM, il faut peut etre egalement changer
+1. readmeteo.F90 dans PREP_MARS et 2. METGRID.TBL dans WPS/metgrid
+
+M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/Registry/Registry.EM
+---> definition du scenario et de l'ordre des traceurs dans SCALAR
+
+M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/dyn_em/module_initialize_real.F
+---> definition des interpolations verticales des champs de traceurs venant du GCM
+
+M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/dyn_em/solve_em.F
+---> definition du traitement a reserver aux bornes
+---> --- dans les 4 scenarios precites, on passe aux bornes les champs du GCM
+         [y compris QH2O_ICE contrairement a ce qui etait par defaut precedemment]
+---> --- les lignes relatives a un flux nul aux bornes sont laissees a un cas hypothetique mars>50
+
+M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/phys/module_lmd_driver.F
+---> definition de l'ordre correct des traceurs pour le passage a la physique
+---> recuperation des tendances de la physique pour passage a la dynamique
+---> NB: c'est dans ce module que sont presents des STOP si mars = 4-10 ou mars > 11
+         .... il faut donc modifier si l'on ajoute des options
+
+M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/main/real_em.F
+---> definition et calcul des champs a appliquer aux bornes
+---> generalise desormais, il n'y a plus qu'a ajouter d'eventuelles nouvelles options 'mars'
+---> .... des modifications sont necessaires si on passe plus de 4 traceurs aux bornes
+
+M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/runmeso
+---> definition du bon nombre de traceurs dans la compilation de la physique puis l'execution
+     [l'option mars est lue par le script dans namelist.input]
+
+Fichiers tests
+--------------
+A                0   mesoscale/TESTS/newphys_tracers/*
+---> pour la nouvelle physique (ici seulement les fichiers def)
+---> toutes les options precitees ont ete testes avec succes a l'execution [pas de crash]
+---> ... plausibilite physique verifiee rapidement, PAS d'ANALYSE APPROFONDIE pour le moment
+
+A                0   mesoscale/TESTS/LMD_MM_MARS_TESTCASE_water.tar.gz
+---> pour l'ancienne physique (introduit precedemment mais n'avait pas ete synchronise)
+
+M               75   mars/libf/phymars/meso_dustlift.F
+NB: correction mineure, de facon a recuperer alpha_lift de initracer
+
+
+********************
+**** commit_v97 ****
+********************
+
+Serie de modifs Sebastien Lebonnois
+
+** Correction bug
+**---------------
+
+* Modif de bilan_dyn.F :
+    - bug à la ligne 915: jjm et non jjp1...
+
+** Modifs de dyn3d
+**---------------
+
+* Modif de leapfrog.F :
+    - ajout test pk monotone
+
+** Sortie des opacites plutot que des aerosols dans phytitan
+**----------------------------------------------------------
+
+* Modif de physiq.F :
+    - ajout de variables et d'un common (pour variables venant de radtitan)
+
+* Modif de ini/write_histmth.h
+    - sorties des opacites (thv* et khv*)
+    - commentaire de la sortie des q*
+
+** Reglage .def
+**---------------
+
+* titan/physiq.def :
+    - ajustement tx
+
+** Sorties IOIPSL
+**-----------------------
+
+* Modif de phy[venus/titan]/physiq.F
+    - suppression des REAL*4 lies aux sorties IOIPSL
+
+* Modif de phy[venus/titan]/[ini/write]_hist*
+    - suppression des variables intermediaires en REAL*4 lies aux sorties IOIPSL
+
+** nqmx remplace par nqtot
+**-----------------------
+
+* Modif de phytitan/
+  calchim.F,optci.F,optcv.F,pg3.F,physiq.F,phytrac.F,
+  radlwsw.F,radtitan.F,rdf.F
+
+* Modif de phyvenus/
+  phytrac.F,testphys1d.F
+
+** nettoyage
+**-----------------------
+
+* Suppression de phytitan/
+  calchim.dbleprec,calchim.spleprec
+
+** calendriers
+**-----------------------
+
+* Modif de dyn3d[par]/gcm.F:
+  - calendriers: il faut une option dans ioconf_calendar pour definir
+  les calendriers titan et venus
+  - pour definition jD_ref et jH_ref: avertissement pour Venus et Titan
+  - avertissement pour separation en annees
+
+* Modif de deftank/[titan/venus]/run.def
+  - ajout de calend => calend=titan ou venus
+  - ajout de anneeref et raz_date
+
+** Possibilite de tourner moins d'une journee
+**-----------------------
+
+* Modif de dyn3d[par]/leapfrog[_p].F
+  - ajout de la possibilite de tourner moins d'1 jour
+
+* Modif de dyn3d[par]/control_mod.F90
+  - ajout de less1day et fractday
+
+* Modif de dyn3d[par]/conf_gcm.F
+  - definition/lecture de less1day et fractday
+
+* Modif de deftank/venus/run.def
+  - ajout de less1day et fractday
+
+** suppression advtrac.h et control.h dans les phy*
+**-----------------------
+
+* Modif de : phy[venus/titan]/physiq.F
+  - remplacement de #include "advtrac.h" par USE infotrac
+  - remplacement de #include "control.h" par USE control_mod
+
+* Modif de : phy[venus/titan]/phytrac.F 
+  - remplacement de #include "advtrac.h" par USE infotrac
+  - remplacement de #include "control.h" par USE control_mod
+
+* Modif de : phy[venus/titan]/phyredem.F
+ - remplacement de #include "control.h" par USE control_mod
+
+** ajustements lecture des .def
+**-----------------------
+
+* Modif de phy[titan/venus]/conf_phys.F90
+  - ajout de tous les parametres transferes de gcm.def dans physiq.def
+  - utilisation de ecritphy: 
+       pour Venus, frequence de sortie dans mth et ins
+       pour Titan, frequence de sortie dans ins
+  - suppression de zzz
+
+* Modif de phy[titan/venus]/clesphys.h
+  - mise a jour des declarations necessaires
+
+** Elimination de clesphy0
+**-----------------------
+
+* Modif de : phy[titan/venus]/phyetat0.F
+  - elimination de clesphy0, longcles
+
+* Modif de : phy[titan/venus]/physiq.F
+  - elimination de clesphy0, longcles
+
+* Modif de dyn3d[par]/
+  calfis.F, ce0l.F90, conf_gcm.F, gcm.F, leapfrog.F
+  - elimination de clesphy0, longcles
+
+** Ajustement format .h
+**-----------------------
+
+* Modif de phy[titan/venus]/clesphys.h (clesphys.inc elimine)
+
+* Modif de phy[titan/venus]/YOMCST.h (YOMCST.inc elimine)
+
+* Elimination de tous les YOETHF dans phy[titan/venus] et nettoyage de suphec.F
+
+* Elimination de tous les FCTTRE dans phy[titan/venus]
+
+* Modif de : phytitan/comorbit.h (comorbit.inc elimine)
+
+** Controle de la remise a zero des varc
+**-----------------------
+
+* Modif de dyn3d[par]/sortvarc.F
+  - ajout firstcal
+  - ajout flag pour controle (resetvarc)
+  - correction pour avoir le moment cinetique total absolu
+
+* Modif de dyn3d[par]/conf_gcm.F
+  - ajout flag pour controle (resetvarc)
+
+* Modif de dyn3d[par]/control_mod.F90
+  - ajout de resetvarc
+
+* Modif de deftank/venus/run.def
+  - ajout de resetvarc
+
+* Modif de dyn3d[par]/sortvarc0.F
+  - correction pour avoir le moment cinetique total absolu
+
+
+*********************
+**** commit_v101 ****
+*********************
+
+Serie de modifs Sebastien Lebonnois
+
+Compilation de phyvenus, ça passe ! 
+Modifs propagees a phytitan (sans compilation... a cause des routines C)
+dans la v102.
+
+Reste des chantiers a finir: 
+- discretisation verticale
+- sponge layer
+
+*********************
+**** commit_v104 ****
+*********************
+
+SLebonnois: modification de makelmdz et create_make_gcm pour pouvoir 
+compiler la chimie titan. Pas de raison que ca gene les autres.
+Dans cette version, les compilations de Venus et Titan fonctionnent.
+
+Phytitan: modifications pour pouvoir compiler correctement.
+Il ne manque plus que physiq.F a faire.
+---
+Fait:
+Avec la v105, la compilation Titan se fait sans problemes.
+
+**-----------
+(commit 106: ajustements dans phytitan)
+**-----------
+- Sorties des opacites (*_hist*.h)
+- g(z) pris en compte (physiq.F, zzlay)
+- correction topo (physiq.F, zzlev(i,1))
+- correction lell.F et lell_light.F (et aussi radtitan.F du coup)
+- remise a jour des sorties
+- suphec.F : RDAY=1.37889e6 et non RSIDAY
+**-----------
+
+*********************
+**** commit_v108 ****
+*********************
+
+Modifs Sebastien Lebonnois dans dyn3d[par] pour sponge layer et dissip horizontale.
+
+** Correction bug
+**---------------
+
+* Modif de dyn3d[par]/calfis[_p].F
+  => ztfi doublement incremente...
+
+** Sponge layer
+**-------------
+
+* Modif de dyn3d[par]/leapfrog[_p].F
+  Utilisation de d*top dans appel a top_bound.F
+  Initialisation des d* (dis, fi, top)
+
+* Modif de dyn3d[par]/top_bound[_p].F
+  Implementation de mode_top_bound
+  Pas d'incrementation
+
+* Modif de dyn3d[par]/conf_gcm.F
+  Parametres de top_bound
+
+* Modif de dyn3d[par]/comconst.h
+  Parametres de top_bound
+
+* Modif de deftank/[titan/venus]/gcm.def
+  Ajout ok_strato
+  Ajout parametres de top_bound
+
+* Ecriture doc
+  Ajout top_bound.tex (et .pdf) dans la documentation.
+
+** Dissipation horizontale
+**------------------------
+
+* Modif de dyn3d[par]/inidissip.F
+  passage a dissip_fac_mid automatique
+  passage a dissip_fac_up sur modele martien si ok_strato
+
+* Modif de dyn3d[par]/conf_gcm.F
+  Parametres dissip_*
+
+* Modif de dyn3d[par]/comconst.h
+  Parametres dissip_*
+
+* Modif de deftank/[titan/venus]/gcm.def
+  Ajout parametres dissip_*   !!! REGLAGES A FAIRE !!!
+
+* Ecriture doc
+  Ajout dissip_horiz.tex (et .pdf) dans la documentation.
+
+****************************
+**** commit_v109 (+110) ****
+****************************
+
+** Discretisation verticale
+**-----------------------
+
+* Modif de dyn3d[par]/iniconst.F
+  Appel de disvert_[no]terre mis sous flag planet_type
+
+* Modif de dyn3d[par]/disvert.F90
+  Renomme disvert_terre.F90
+
+* Ajout de dyn3d[par]/disvert_noterre.F
+  Correspond au disvert pour Titan et Venus (et Mars ? A verifier)
+  Declaration aps et bps enlevee (=> comvert.h)
+
+* Modif de dyn3d[par]/comvert.h
+  Ajout de aps,bps
+   => entraine la modif de limy.F(+par), vlsplt[_p].F, vlspltqs[_p].F, 
+
+* Modif de dyn3d[par]/limy.F, vlsplt[_p].F, vlspltqs[_p].F, 
+  Changement de aps en apps (et du coup, apn en appn)
+
+* Ajout dyn3d[par]/exner_milieu.F (vient directement de mars/libf/dyn3d/)
+  pour remplacer exner_hyb dans cas noterre
+
+* Ajout dyn3dpar/exner_milieu_p.F 
+  adapte de exner_milieu.F
+  pour remplacer exner_hyb_p dans cas noterre
+
+* Modif de dyn3d[par]/leapfrog[_p].F
+  Appels à exner_hyb[_p]/exner_milieu[_p] mis sous flag planet_type.
+
+* Ajout de disvert.tex[/.pdf] dans la doc
+
+*********************
+**** commit_v117 ****
+*********************
+
+M              116   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/phys/module_lmd_driver.F
+*** CORRECTION MAJEURE DE BUG : PSFC et TRACEURS PAS BIEN MIS A JOUR ***
+- pdq au lieu de pdq*dt (dt = pas de temps dynamique)
+- idem pour pdpsrf
+IMPACT SURTOUT SUR LES SIMULATIONS LONGUES ET LES SIMULATIONS TACHE DE POUSSIERE (stage Julien)
+TEST A EFFECTUER POUR LES SIMULATIONS CYCLE DE L'EAU
+
+M              116   mars/libf/phymars/newsedim.F
+M              116   mars/README
+Correction de deux bugs dans newsedim.F: 1-e(-x) trop faible et endif mal place
+
+M              116   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/start.nc
+A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM
+A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/run.def
+A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/traceur.def
+A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/startfi72.nc
+A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/start72.nc
+A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/callphys.def
+M              116   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/traceur.def
+M              116   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/startfi.nc
+M              116   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/callphys.def
+M              116   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/compile
+M              116   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/launch_gcm
+M              116   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/run_mcd_3days
+Nouvelle base de donnees d'etats initiaux sans les nuages radiativement actifs
+
+A                0   mesoscale/PLOT/SPEC/LES/turb_period_psfc.pro
+A                0   mesoscale/PLOT/SPEC/LES/turb_inc.pro.new
+M              116   mesoscale/PLOT/SPEC/GW/gravitwave2.pro
+M              116   mesoscale/PLOT/SPEC/GW/gravitwaveprof.pro
+Petites MAJ routines graphiques
+
+*********************
+**** commit_v119 ****
+*********************
+
+Sebastien Lebonnois: apres validation des versions Venus et Titan, 
+correction d'un certain nombre de bugs.
+
+*********************
+**** commit_v124 ****
+*********************
+
+Ehouarn: suite de l'implémentation de la discrétisation verticale
+-> insertion flag 'hybrid' pour discretisation verticale en sigma/hybrid
+   dans disvert_noterre.F
+-> ajout parametre 'scaleheight' (lu dans z2sig.def) dans comvert.h
+-> quelques corrections de bug (en //), mais il faudra plus de travail
+   pour atteindre la concordance entre versions séq. et //.
+   
+*********************
+**** commit_v126 ****
+*********************
+
+Ehouarn: suite de l'implémentation de la discrétisation verticale, quelques
+         mises à jour pour concorder avec la version terrestre.
+-> Finalement, on met un flag "disvert_type" pour fixer la discrétisation
+   disvert_type==1 (défaut si planet_type=="earth") pour cas terrestre
+   disvert_type==2 (défaut si planet_type!="earth") pour cas planéto (z2sig.def)
+-> au passage, pour rester en phase avec modèle terrestre on renomme
+   disvert_terre en disvert (le disvert "alternatif" demeure 'disvert_noterre')
+
+*********************
+**** commit_v130 ****
+*********************
+
+Sebastien:
+
+- correction de bugs dans phytitan suite a compil avec -debug sur gnome
+- elimination de nbetat* dans gcm.F et leapfrog.F (et dans le parallele)
+- correction rday -> rjour dans sortvarc.F
+- ajustement des arch-GNOME*
+
Index: trunk/DOC/chantiers/compilation.txt
===================================================================
--- trunk/DOC/chantiers/compilation.txt	(revision 136)
+++ trunk/DOC/chantiers/compilation.txt	(revision 136)
@@ -0,0 +1,22 @@
+Pour la compilation:
+
+Il faudrait aboutir a un outil commun souple.
+C'est comment, fcm ? viable ?
+
+Particularite de Titan: il faut une option -chim titan qui permettre
+de compiler les routines de chimtitan en C...
+
+J'ai ajoute les makegcm et create_make_gcm de venus et titan tels qu'ils 
+sont sur gnome (compilateur: ifort)
+
+Ehouarn (27/01/2011):
+-Pour la compilation, pour l'instant j'utilise makelmdz_fcm
+   (penser à importer plus tard le script Bash makelmdz au besoin)
+-Ajout des 'arch' arch-linux-64bit.fcm et arch-linux-64bit.path
+   (qui me permettent de travailler sur Bellonzi avec IOIPSL  et NETCDF
+    déjà là)
+
+Seb (02/05/2011):
+L'outil makelmdz marche, adapte egalement pour Titan.
+Compils ok.
+
Index: trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Aymeric.txt
===================================================================
--- trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Aymeric.txt	(revision 136)
+++ trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Aymeric.txt	(revision 136)
@@ -0,0 +1,11 @@
+-----------------------------------------------------------------
+********   PENSER A FAIRE UNE DOC POUR TOUT CHANTIER   **********
+-----------------------------------------------------------------
+
+--- propager les changements de newtonien pour les planetes geantes
+
+--- faire un cas simple nettoye de phyplanet a appeler a partir de dyn3dpar
+    commencer par indiquer un newtonien simple dans une physique separee
+    puis raffiner avec ajout d un ajustement convectif, radiations, etc...
+
+
Index: trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Ehouarn.txt
===================================================================
--- trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Ehouarn.txt	(revision 136)
+++ trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Ehouarn.txt	(revision 136)
@@ -0,0 +1,14 @@
+>>> choses à faire:
+
+- En priorité: faire qu'on puisse compiler un/des cas test (sans physique)
+  pour pouvoir tester les modifs au fur et à mesure. OK, c'est fait, on
+  peut compiler/tourner sans physique
+
+- Uniformiser les mises à jour dyn séq. et // (commencé avec la rev. 8)
+
+- Peut-être revoir l'interface dynamique/physique ?
+
+- Attention à la discrétisation verticale ... ( débuté avec la r109 par Seb
+  puis mes modifs en r124 et finalement r126) donc a priori
+  OK maintenant
+
Index: trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Seb.txt
===================================================================
--- trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Seb.txt	(revision 136)
+++ trunk/DOC/chantiers/meschantiers-Seb.txt	(revision 136)
@@ -0,0 +1,20 @@
+-----------------------------------------------------------------
+********   PENSER A FAIRE UNE DOC POUR TOUT CHANTIER   **********
+-----------------------------------------------------------------
+
+- homogeneiser le traitement des bilans de moment cinetique: 
+   dyn3d/ bilan_dyn: 
+         separer transports (mettre sous flag independant) / bilans MC
+   phy/   calculs/sorties de aaam_bud (virer field.. ?)
+   mettre sous flags bilansmc
+   Reflechir au controle des frequences de sorties
+
+- dynamique: 
+   Il reste a voir tout ce qui est lie a l'etat initial 
+   et au newstart
+
+- I/O: evolution des I/O de Venus et Titan vers Terre ?
+       souplesse pour I/O Mars ?
+
+- testphys1d...
+
Index: trunk/DOC/chantiers/regr_lat_time_climoz_m.txt
===================================================================
--- trunk/DOC/chantiers/regr_lat_time_climoz_m.txt	(revision 136)
+++ trunk/DOC/chantiers/regr_lat_time_climoz_m.txt	(revision 136)
@@ -0,0 +1,3 @@
+Dans phylmd/regr_lat_time_climoz_m.F90
+Des lignes ont été mises en commentaires (!AS) lors de la révision 52
+pour éviter les pb de compilation avec pgf90 (v7 et inférieures)
Index: trunk/DOC/chantiers/sortvarc.txt
===================================================================
--- trunk/DOC/chantiers/sortvarc.txt	(revision 136)
+++ trunk/DOC/chantiers/sortvarc.txt	(revision 136)
@@ -0,0 +1,10 @@
+Dans sortvarc, il y a un bug sur le calcul de ang:
+il faut enlever un /g:
+AFAIRE:
+<           angl(l) = rad *
+VS:
+>           angl(l) = radsg *
+
+Il faudrait aussi pouvoir choisir si on reinitialise les valeurs de reference
+ou pas -> flag dans gcm.def a mettre
+
Index: trunk/DOC/documentation/Readme
===================================================================
--- trunk/DOC/documentation/Readme	(revision 136)
+++ trunk/DOC/documentation/Readme	(revision 136)
@@ -0,0 +1,3 @@
+Mettre ici tous les fichiers de documentation faits pour les divers processus,
+en version .tex, .odt (pour ceux qui preferent) et .pdf
+
Index: trunk/DOC/documentation/cpdet.tex
===================================================================
--- trunk/DOC/documentation/cpdet.tex	(revision 136)
+++ trunk/DOC/documentation/cpdet.tex	(revision 136)
@@ -0,0 +1,176 @@
+\documentclass[a4paper,10pt]{article}
+%\usepackage{graphicx}
+\usepackage{natbib}  % si appel à bibtex
+%\usepackage[francais]{babel}
+%\usepackage[latin1]{inputenc}  % accents directs (é...), avec babel
+%\usepackage{rotating}
+
+\setlength{\hoffset}{-1.in}
+\setlength{\oddsidemargin}{3.cm}
+\setlength{\textwidth}{15.cm}
+\setlength{\marginparsep}{0.mm}
+\setlength{\marginparwidth}{0.mm}
+
+\setlength{\voffset}{-1.in}
+\setlength{\topmargin}{0.mm}
+\setlength{\headheight}{0.mm}
+\setlength{\headsep}{30.mm}
+\setlength{\textheight}{24.cm}
+\setlength{\footskip}{1.cm}
+
+\setlength{\parindent}{0.mm}
+\setlength{\parskip}{0 ex}
+\newcommand{\ten}[1]{$\times 10^{#1}$~} 
+\renewcommand{\baselinestretch}{1.}
+
+\begin{document}
+\pagestyle{plain}
+
+\begin{center}
+{\bf \LARGE 
+Documentation for LMDZ, Planets version
+
+\vspace{1cm}
+\Large
+The Cp(T) dependency
+}
+
+\vspace{1cm}
+S\'ebastien Lebonnois
+
+\vspace{1cm}
+Latest version: \today
+\end{center}
+
+\section{Theoretical aspects}
+
+Taken from \cite{lebonnois10}.
+
+The standard version of the LMDZ dynamical core uses a single value for the 
+specific heat $C_p$, but $C_p$ varies in the atmosphere of Venus from 
+738~J/kg/K at 100~km altitude to 1181~J/kg/K near the surface 
+\cite[values taken from the Venus International Reference Atmosphere,][]{seiff85}. 
+This variation of $C_p$ with temperature needs to be taken into account, 
+in order to get realistic adiabatic lapse rates in the whole atmosphere. 
+We use an analytic approximation for this temperature dependence, 
+that yields values very close to the VIRA profile for $C_p$ 
+(within 4\% for temperatures below 200~K, below 1\% everywhere else):
+
+\begin{equation} 
+C_p(T) = C_{p_0} \times \left(\frac{T}{T_0}\right)^{\nu}, 
+\label{eq:cpdet}
+\end{equation} 
+with $C_{p_0} = 1000$~J/kg/K, $T_0 = 460$~K, and $\nu = 0.35$.
+
+In the LMDZ model, the potential temperature is one of the fundamental 
+pronostic variable in the equations of energy conservation. 
+The potential temperature $\theta$ is the temperature an air parcel initially at
+temperature $T$ and pressure $p$ would reach when brought to a reference
+pressure $p_{\rm ref}$ (typically, the surface pressure) adiabatically:
+
+\begin{equation}
+\int_\theta^T{C_p \frac{dT}{T}} = \int_{p_{\rm ref}}^p{R \frac{dp}{p}}
+\label{eq:tpot}
+\end{equation}
+($R$ is the atmospheric gas constant). Equation~\ref{eq:tpot} is
+obtained from the first principle of thermodynamics when a parcel of air at
+pressure $p$ and temperature $T$ is brought adiabatically to the reference
+pressure $p_{\rm ref}$. 
+
+When $C_p$ is taken as constant with temperature, Eq.~\ref{eq:tpot} yields 
+the classical expression of potential temperature 
+$\theta = T \times (p_{\rm ref}/p)^\kappa$, with $\kappa = R/C_p$. 
+However, when $C_p$ depends on temperature, this expression is no longer valid.
+ 
+To keep modifications of the dynamical core to the minimum, we have kept 
+potential temperature as a key variable in the dynamics. Thus, we have 
+calculated the new expression of potential temperature under these conditions.
+Introducing the expression of $C_p(T)$ (Eq.~\ref{eq:cpdet}) in Eq.~\ref{eq:tpot} yields
+
+\begin{equation}
+\int_\theta^T{\frac{T^{\nu-1}}{T_0^\nu}dT}
+ = \frac{R}{C_{p_0}} \ln \frac{p}{p_{\rm ref}},
+\end{equation}
+then (for $\nu \neq 0$)
+
+\begin{equation}
+\frac{1}{\nu T_0^\nu} \left( T^\nu - \theta^\nu \right) 
+ = \ln \left( \frac{p}{p_{\rm ref}} \right)^{\kappa_0},
+\end{equation}
+where $\kappa_0 = \frac{R}{C_{p_0}}$. This yields the new expression for the
+potential temperature:
+
+\begin{equation}
+\theta^\nu = T^\nu + \nu T_0^\nu \ln \left( \frac{p_{\rm ref}}{p} \right)^{\kappa_0}.
+\label{eq:newtpot}
+\end{equation}
+
+The adjustments done in the dynamical core enable us to run the GCM with any
+formulation of $C_p$ and the corresponding potential temperature based on 
+Eq.~\ref{eq:tpot}.
+
+\section{Pratical aspects in the code}
+
+A specific file has been added to the dynamical core, \textsf{cpdet.F}, which includes 
+all the needed routines to take the $C_p(T)$ possibility into account.
+These routines take advantage of the keyword \textsf{planet\_type} to 
+implement different expressions of $C_p(T)$. These routines are:
+\begin{itemize}
+\item \textsf{ini\_cpdet}: initializes the parameters $\nu$ (\textsf{nu\_venus})
+and $T_0$ (\textsf{t0\_venus}) to either the Venus values, or zero. 
+It is called just once at the begining of the main routine.
+These parameters are declared in \textsf{comconst.h}.
+\item \textsf{cpdet}: function, that computes $C_p$ for a given $T$. 
+For other planets than Venus, it is just \textsf{cpdet(T)=cpp}.
+\item \textsf{t2tpot}: converts a temperature vector to a potential temperature
+vector.
+\item \textsf{tpot2t}: converts a potential temperature vector to a temperature
+vector.
+\end{itemize}
+
+In the routines, instead of using the constants \textsf{cpp} (dynamical core) 
+or \textsf{RCPD} (physical module), we need to use the 
+function \textsf{cpdet(T)} where T is the temperature at a given point.
+
+Since the potential temperature is the variable used in the dynamical core,
+the temperature is scarcely used. But in some places, it was computed directly 
+from the potential temperature and the Exner function 
+${\rm pk} = {\rm cpp}\times(\frac{\rm play}{\rm pref})^{\rm kappa}$.
+The routine \textsf{tpot2t} is now used to compute the temperature when needed,
+and the variable \textsf{tsurpk}, which is the temperature over the Exner 
+function can be used as an argument instead of the former potential 
+temperature (for \textsf{sortvarc0.F}, \textsf{sortvarc.F}, \textsf{dudv2.F}
+and \textsf{geopot.F}).
+This affects the routines (in \textsf{dyn3d}):
+\begin{itemize}
+\item \textsf{caldyn0.F}
+\item \textsf{caldyn.F}
+\item \textsf{calfis.F}
+\item \textsf{diagedyn.F}
+\item \textsf{leapfrog.F}
+\item \textsf{vlspltqs.F}
+\end{itemize}
+
+\begin{thebibliography}{2}
+\providecommand{\natexlab}[1]{#1}
+\expandafter\ifx\csname urlstyle\endcsname\relax
+  \providecommand{\doi}[1]{doi:\discretionary{}{}{}#1}\else
+  \providecommand{\doi}{doi:\discretionary{}{}{}\begingroup
+  \urlstyle{rm}\Url}\fi
+
+\bibitem[{\textit{Lebonnois et~al.}(2010)\textit{Lebonnois, Hourdin, Eymet,
+  Crespin, Fournier, and Forget}}]{lebonnois10}
+Lebonnois, S., F.~Hourdin, V.~Eymet, A.~Crespin, R.~Fournier, and F.~Forget
+  (2010), {Superrotation of Venus' atmosphere analysed with a full General
+  Circulation Model}, \textit{J. Geophys. Res.}, \textit{115}, E06006,
+  \doi{10.1029/2009JE003458}.
+
+\bibitem[{\textit{Seiff et~al.}(1985)\textit{Seiff, Schofield, Kliore
+  et~al.}}]{seiff85}
+Seiff, A., J.~T. Schofield, A.~J. Kliore, et~al. (1985), {Model of the
+  structure of the atmosphere of Venus from surface to 100 km altitude},
+  \textit{Adv. Space Res.}, \textit{5}(11), 3--58.
+
+\end{thebibliography}
+
+\end{document}
Index: trunk/DOC/documentation/dissip_horiz.tex
===================================================================
--- trunk/DOC/documentation/dissip_horiz.tex	(revision 136)
+++ trunk/DOC/documentation/dissip_horiz.tex	(revision 136)
@@ -0,0 +1,139 @@
+\documentclass[a4paper,10pt]{article}
+%\usepackage{graphicx}
+\usepackage{natbib}  % si appel à bibtex
+%\usepackage[francais]{babel}
+%\usepackage[latin1]{inputenc}  % accents directs (é...), avec babel
+%\usepackage{rotating}
+
+\setlength{\hoffset}{-1.in}
+\setlength{\oddsidemargin}{3.cm}
+\setlength{\textwidth}{15.cm}
+\setlength{\marginparsep}{0.mm}
+\setlength{\marginparwidth}{0.mm}
+
+\setlength{\voffset}{-1.in}
+\setlength{\topmargin}{0.mm}
+\setlength{\headheight}{0.mm}
+\setlength{\headsep}{30.mm}
+\setlength{\textheight}{24.cm}
+\setlength{\footskip}{1.cm}
+
+\setlength{\parindent}{0.mm}
+\setlength{\parskip}{1 em}
+\newcommand{\ten}[1]{$\times 10^{#1}$~} 
+\renewcommand{\baselinestretch}{1.}
+
+\begin{document}
+\pagestyle{plain}
+
+\begin{center}
+{\bf \LARGE 
+Documentation for LMDZ, Planets version
+
+\vspace{1cm}
+\Large
+The horizontal dissipation
+}
+
+\vspace{1cm}
+S\'ebastien Lebonnois
+
+\vspace{1cm}
+Latest version: \today
+\end{center}
+
+\section{Theoretical aspects}
+
+To be written
+
+\section{Pratical aspects in the code}
+
+The horizontal dissipation parameters are chosen in \textsf{gcm.def}.
+
+{\bf Parameters related to the operators}
+
+\begin{itemize}
+\item \textsf{idissip}: timestep for dissipation. 
+Should be equal to \textsf{iperiod}. 
+\item \textsf{lstardis}: boolean that indicates 
+whether to use a star operator (or not). Usually set to {\em True}.
+\item \textsf{nitergdiv}: number of iterations for the {\em gradiv} operator
+\item \textsf{nitergrot}: number of iterations for the {\em nxgradrot} operator
+\item \textsf{niterh}:  number of iterations for the {\em divgrad} operator
+\end{itemize}
+ 
+{\bf Parameters related to timescales}
+
+\begin{itemize}
+\item \textsf{tetagdiv}: time scale (in s) for the {\em gradiv} operator. 
+It corresponds to the attenuation of the smallest wavelengths for u and v 
+perturbations.
+\item \textsf{tetagrot}: time scale (in s) for the {\em nxgradrot} operator. 
+It corresponds to the attenuation of the smallest wavelengths for u and v 
+perturbations.
+\item \textsf{tetatemp}: time scale (in s) for the {\em divgrad} operator. 
+It corresponds to the attenuation of the smallest wavelengths for h 
+perturbations.
+\end{itemize}
+These timescales are the one for the deep atmosphere. 
+However, they are modified by some factors as the pressure decreases. 
+For these factors, two steps are implemented: \textsf{dissip\_fac\_mid} and
+\textsf{dissip\_fac\_up} (also chosen in \textsf{gcm.def}). 
+The first step is always applied, the second is
+applied only when \textsf{ok\_strato} is set to {\em True}.
+Timescales are divided by the factor $f$ computed as detailed below. 
+
+For \textsf{dissip\_fac\_mid} (which is usually equal to 2.), transition is 
+computed with:
+\[
+         x = 1. - \frac{{\rm preff}}{p}
+\]
+\[
+         f_1 = {\rm dissip\_fac\_mid} -
+           \frac{{\rm dissip\_fac\_mid}-1.}{1.+x^2}
+\]
+
+When applied (\textsf{ok\_strato} set to {\em True}), the transition from
+\textsf{dissip\_fac\_mid} to \textsf{dissip\_fac\_up} is done with a 
+$\tanh$ function, using further parameters:
+\begin{itemize}
+\item \textsf{dissip\_deltaz}: altitude range (in km) for the transition.
+\item \textsf{dissip\_hdelta}: scale height (in km) at the altitude of the transition.
+\item \textsf{dissip\_pupstart}: pressure (in Pa) corresponding to the bottom 
+of the transition region.
+\end{itemize}
+The function used is:
+\[
+         f_2 = \left[ 1+
+     \left( \frac{{\rm dissip\_fac\_up}}{{\rm dissip\_fac\_mid}} - 1. \right)
+     \times \left( 1 - \frac{1 + \tanh X}{2} \right) \right]
+\]
+with
+\[
+    X = \frac{6.\times {\rm dissip\_hdelta}}{{\rm dissip\_deltaz}}
+      \log \frac{p}{{\rm dissip\_pupstart} \times 
+     \exp \left( \frac{-{\rm dissip\_deltaz}}{2 {\rm dissip\_hdelta}} \right)}
+%      = \frac{6.\times {\rm dissip\_hdelta}}{{\rm dissip\_deltaz}}
+%      \log \frac{p}{{\rm dissip\_pupstart}} + 3.
+\]
+
+{\bf A last parameter\dots}
+
+There is one last coefficient in \textsf{gcm.def} related to dissipation: 
+\textsf{coefdis}. 
+It is used in \textsf{inigeom.F} to compute \textsf{gamdi\_gdiv, gamdi\_grot, 
+gamdi\_h}. Usually put to 0... Should be explained here...
+
+
+
+
+%\begin{thebibliography}{2}
+%\providecommand{\natexlab}[1]{#1}
+%\expandafter\ifx\csname urlstyle\endcsname\relax
+%  \providecommand{\doi}[1]{doi:\discretionary{}{}{}#1}\else
+%  \providecommand{\doi}{doi:\discretionary{}{}{}\begingroup
+%  \urlstyle{rm}\Url}\fi
+
+%\end{thebibliography}
+
+\end{document}
Index: trunk/DOC/documentation/disvert.tex
===================================================================
--- trunk/DOC/documentation/disvert.tex	(revision 136)
+++ trunk/DOC/documentation/disvert.tex	(revision 136)
@@ -0,0 +1,112 @@
+\documentclass[a4paper,10pt]{article}
+%\usepackage{graphicx}
+\usepackage{natbib}  % si appel à bibtex
+%\usepackage[francais]{babel}
+%\usepackage[latin1]{inputenc}  % accents directs (é...), avec babel
+%\usepackage{rotating}
+
+\setlength{\hoffset}{-1.in}
+\setlength{\oddsidemargin}{3.cm}
+\setlength{\textwidth}{15.cm}
+\setlength{\marginparsep}{0.mm}
+\setlength{\marginparwidth}{0.mm}
+
+\setlength{\voffset}{-1.in}
+\setlength{\topmargin}{0.mm}
+\setlength{\headheight}{0.mm}
+\setlength{\headsep}{30.mm}
+\setlength{\textheight}{24.cm}
+\setlength{\footskip}{1.cm}
+
+\setlength{\parindent}{0.mm}
+\setlength{\parskip}{1 em}
+\newcommand{\ten}[1]{$\times 10^{#1}$~} 
+\renewcommand{\baselinestretch}{1.}
+
+\begin{document}
+\pagestyle{plain}
+
+\begin{center}
+{\bf \LARGE 
+Documentation for LMDZ, Planets version
+
+\vspace{1cm}
+\Large
+The vertical discretization
+}
+
+\vspace{1cm}
+S\'ebastien Lebonnois, Ehouarn Millour
+
+\vspace{1cm}
+Latest version: \today
+\end{center}
+
+
+\section{Theoretical aspects}
+
+The position of the layers: 
+\begin{itemize}
+\item pressure limit between two layers, 
+\item pressure within the layers
+\end{itemize}
+
+The Exner function: definition. 
+It corresponds to the pressure levels within the layers.
+Used for the computation of the potential temperature.
+For the Earth, we use a specific scheme that computes these positions so that 
+it maintains a condition of proportionality between total,
+internal and potential energy (cf. a note from F. Hourdin). 
+
+\section{Pratical aspects in the code}
+
+\begin{itemize}
+\item \textsf{disvert\_[no]terre.F[90]}: 
+position of the interface pressure levels from an input file
+(several possibilities). 
+Definition of ap, bp and presnivs.
+In the planetary version, definition of aps and bps.
+
+This is done only once, called at the beginning from \textsf{iniconst.F}.
+
+In the Earth version the vertical coordinates are hybrid (sigma-pressure),
+and generated automaticaly (or generated from parameters read from file
+\textsf{sigma.def}, if that file is present in the directory where the
+gcm is run).
+
+In the planetary version, the vertical coordinates can be hybrid (default
+behavior) or sigma (set using parameter "hybrid" in \textsf{run.def}; true
+implies hybrid coordinate, false implies sigma coordinate). the distribution
+of model levels is set from file \textsf{esasig.def} or \textsf{z2sig.def},
+depending on which is present (in the directory where the gcm is run).
+The first line of the  \textsf{z2sig.def} file should give the value of the
+reference atmospheric scale height (in km), followed by the (rough estimate)
+of the altitude (in km) of the atmospheric level (one per line of the file).
+
+\item Interface pressures: 
+computed in \textsf{caldyn0.F, caldyn.F, integrd.F, leapfrog.F}
+through the \textsf{pression.F} routine.
+
+\item Exner function (and therefore pressure within the layers): 
+computed at three different places in \textsf{leapfrog.F} through the 
+\textsf{exner\_[hyb/milieu].F} routine. 
+For the Earth, we use \textsf{exner\_hyb.F}, that computes the positions in a
+specific way to maintain a condition of proportionality between total,
+internal and potential energy (cf. a note from F. Hourdin). 
+For other planets, we use \textsf{exner\_milieu.F}, that computes the positions
+of these pressure levels exactly in the middle of each layer. 
+Though this fails to maintain the previous condition, there is no evidence of 
+any significant influence on the results, and it makes it a lot easier to 
+define correctly the level positions with the input file.
+\end{itemize}
+
+%\begin{thebibliography}{2}
+%\providecommand{\natexlab}[1]{#1}
+%\expandafter\ifx\csname urlstyle\endcsname\relax
+%  \providecommand{\doi}[1]{doi:\discretionary{}{}{}#1}\else
+%  \providecommand{\doi}{doi:\discretionary{}{}{}\begingroup
+%  \urlstyle{rm}\Url}\fi
+
+%\end{thebibliography}
+
+\end{document}
Index: trunk/DOC/documentation/top_bound.tex
===================================================================
--- trunk/DOC/documentation/top_bound.tex	(revision 136)
+++ trunk/DOC/documentation/top_bound.tex	(revision 136)
@@ -0,0 +1,88 @@
+\documentclass[a4paper,10pt]{article}
+%\usepackage{graphicx}
+\usepackage{natbib}  % si appel à bibtex
+%\usepackage[francais]{babel}
+%\usepackage[latin1]{inputenc}  % accents directs (é...), avec babel
+%\usepackage{rotating}
+
+\setlength{\hoffset}{-1.in}
+\setlength{\oddsidemargin}{3.cm}
+\setlength{\textwidth}{15.cm}
+\setlength{\marginparsep}{0.mm}
+\setlength{\marginparwidth}{0.mm}
+
+\setlength{\voffset}{-1.in}
+\setlength{\topmargin}{0.mm}
+\setlength{\headheight}{0.mm}
+\setlength{\headsep}{30.mm}
+\setlength{\textheight}{24.cm}
+\setlength{\footskip}{1.cm}
+
+\setlength{\parindent}{0.mm}
+\setlength{\parskip}{1 em}
+\newcommand{\ten}[1]{$\times 10^{#1}$~} 
+\renewcommand{\baselinestretch}{1.}
+
+\begin{document}
+\pagestyle{plain}
+
+\begin{center}
+{\bf \LARGE 
+Documentation for LMDZ, Planets version
+
+\vspace{1cm}
+\Large
+The upper boundary sponge layer
+}
+
+\vspace{1cm}
+S\'ebastien Lebonnois
+
+\vspace{1cm}
+Latest version: \today
+\end{center}
+
+%\section{Theoretical aspects}
+
+\section{Pratical aspects in the code}
+
+The sponge layer is applied at the upper boundary when the \textsf{ok\_strato}
+flag is set to {\em True} in \textsf{gcm.def} 
+(this parameter also controls the application of a second step in the 
+horizontal dissipation).
+
+The tendencies for the upper boundary sponge layer are computed separately in
+the \textsf{top\_bound.F} routine, called from \textsf{leapfrog.F}. 
+These tendencies are \textsf{dutop}, \textsf{dvtop} and \textsf{dhtop}, in
+unit/s. 
+
+Three parameters may be adjusted in the \textsf{gcm.def} file: 
+\begin{itemize}
+\item \textsf{iflag\_top\_bound}: selects the affected layers. 
+  \begin{itemize}
+  \item 1: only the top 4 layers are affected. In this case, the damping rate 
+  is divided by 2 in the second layer, 4 in the third and 8 in the fourth. 
+  \item 2: layers with pressure lower than 100 times the top pressure. 
+  In this case, the damping rate depends linearly on the pressure.
+  \end{itemize}
+\item \textsf{mode\_top\_bound}: selects how the fields are affected.
+  \begin{itemize}
+  \item 0: No sponge layer is applied.
+  \item 1: Zonal and meridional winds are damped to zero.
+  \item 2: Zonal and meridional winds are damped to their zonally averaged value.
+  \item 3: Temperature, zonal and meridional winds are damped to their zonally 
+  averaged value.
+  \end{itemize}
+\item \textsf{tau\_top\_bound}: damping rate (in /s) in the top layer.
+\end{itemize}
+
+%\begin{thebibliography}{2}
+%\providecommand{\natexlab}[1]{#1}
+%\expandafter\ifx\csname urlstyle\endcsname\relax
+%  \providecommand{\doi}[1]{doi:\discretionary{}{}{}#1}\else
+%  \providecommand{\doi}{doi:\discretionary{}{}{}\begingroup
+%  \urlstyle{rm}\Url}\fi
+
+%\end{thebibliography}
+
+\end{document}
