Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/in_lmdz_mars_newphys/compile
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/in_lmdz_mars_newphys/compile	(revision 1095)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/in_lmdz_mars_newphys/compile	(revision 1096)
@@ -47,4 +47,11 @@
 scatterers=2
 ##################
+## 64_48_29_t7_s2
+#tracers=7
+#nx=64
+#ny=48
+nz=29
+#scatterers=2
+
 
 
@@ -67,11 +74,11 @@
 \rm libf/grid/dimensions.h 2> /dev/null
 
-echo compile start2archive
-echo check in $PWD/libo/log_compile_start2archive
-makegcm -t ${tracers} -p mars -d ${nx}x${ny}x${nz} -s ${scatterers} start2archive | tee libo/log_compile_start2archive | grep 'warnings' >> libo/log_compile_start2archive
+#echo compile start2archive
+#echo check in $PWD/libo/log_compile_start2archive
+#makegcm -t ${tracers} -p mars -d ${nx}x${ny}x${nz} -s ${scatterers} start2archive | tee libo/log_compile_start2archive | grep 'warnings' >> libo/log_compile_start2archive
 
-echo compile newstart
-echo check in $PWD/libo/log_compile_newstart
-makegcm -O "-DMESOINI" -t ${tracers} -p mars -d ${nx}x${ny}x${nz} -s ${scatterers} newstart | tee libo/log_compile_newstart | grep 'warnings' >> libo/log_compile_newstart
+#echo compile newstart
+#echo check in $PWD/libo/log_compile_newstart
+#makegcm -O "-DMESOINI" -t ${tracers} -p mars -d ${nx}x${ny}x${nz} -s ${scatterers} newstart | tee libo/log_compile_newstart | grep 'warnings' >> libo/log_compile_newstart
 
 echo compile gcm
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/callphys.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/callphys.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/callphys.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,116 @@
+##General options
+##~~~~~~~~~~~~~~~
+#Run with or without tracer transport ?
+tracer=.true.
+
+#Diurnal cycle ?  if diurnal=False, diurnal averaged solar heating
+diurnal=.true.
+
+#Seasonal cycle ? if season=False, Ls stays constant, to value set in "start"
+season = .true.   
+
+#write some more output on the screen ?
+lwrite = .false.    
+
+#Save statistics in file "stats.nc" ?
+callstats =.false.
+
+#Save EOF profiles in file "profiles" for Climate Database?
+calleofdump = .false.
+
+## Dust scenario. Used if the dust is prescribed (i.e. if tracer=F or active=F)
+## ~~~~~~~~~~~~~
+#  =1 Dust opt.deph read in startfi; =2 Viking scenario; =3 MGS scenario,
+#  =4 Mars Year 24 from TES assimilation (same as =24 for now)
+#  =24 Mars Year 24 from TES assimilation (ie: MCD reference case)
+#  =25 Mars Year 25 from TES assimilation (ie: a year with a global dust storm)
+#  =26 Mars Year 26 from TES assimilation
+iaervar = 26 
+# Dust opacity at 700 Pa (when constant, i.e. for the iaervar=1 case)
+tauvis=0.2
+# Dust vertical distribution: 
+# (=0: old distrib. (Pollack90), =1: top set by "topdustref",
+#  =2: Viking scenario; =3 MGS scenario)
+iddist  = 3
+# Dust top altitude (km). (Matters only if iddist=1)
+topdustref = 55.
+
+## Physical Parameterizations :
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# call radiative transfer ?
+callrad   = .true.
+# call NLTE radiative schemes ?   matters only if callrad=T
+callnlte = .true.
+# call CO2 NIR absorption ?   matters only if callrad=T
+callnirco2 = .true.
+# call turbulent vertical diffusion ?
+calldifv  = .true.
+# call convective adjustment ?
+calladj  = .true.
+# call CO2 condensation ?
+callcond =.true.
+# call thermal conduction in the soil ?
+callsoil = .true.
+# call Lott's gravity wave/subgrid topography scheme ?
+calllott  = .true.
+
+## Radiative transfer options :
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# the rad.transfer is computed every "iradia" physical timestep
+iradia    = 1
+# Output of the exchange coefficient mattrix ? for diagnostic only
+callg2d  = .false.
+# Rayleigh scattering : (should be .false. for now)
+rayleigh  = .false.
+
+## Tracer (dust water, ice and/or chemical species) options (used if tracer=T):
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# DUST: Transported dust ? (if >0, use 'dustbin' dust bins)
+dustbin    = 2
+# DUST: Radiatively active dust ? (matters if dustbin>0)
+active  = .true.
+# DUST: use mass and number mixing ratios to predict dust size ?
+doubleq   = .true.
+# DUST: use a small population of dust particules (submicron dust)?
+submicron = .false.
+# DUST: lifted by GCM surface winds ?
+lifting = .true.
+# DUST: lifted by dust devils ?
+callddevil = .false.
+# DUST: Scavenging by CO2 snowfall ?
+scavenging = .false.
+# DUST/WATERICE: Gravitationnal sedimentation ?
+sedimentation = .true.
+# WATERICE: Radiatively active transported atmospheric water ice ?
+activice   = .false.
+# WATER: Compute water cycle
+water = .false.
+# WATER: current permanent caps at both poles. True IS RECOMMENDED
+#        (with .true., North cap is a source of water and South pole
+#         is a cold trap)
+caps  = .false.
+# PHOTOCHEMISTRY: include chemical species 
+photochem  = .false.
+
+## Thermospheric options (relevant if tracer=T) :
+##~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# call thermosphere ?
+callthermos = .false.
+# WATER: included without cycle (only if water=.false.)
+thermoswater = .false.
+# call thermal conduction ? (only if callthermos=.true.)
+callconduct = .false.
+# call EUV heating ? (only if callthermos=.true.)
+calleuv=.false.
+# call molecular viscosity ? (only if callthermos=.true.)
+callmolvis = .false.
+# call molecular diffusion ? (only if callthermos=.true.)
+callmoldiff = .false.
+# call thermospheric photochemistry ? (only if callthermos=.true.)
+thermochem = .false.
+# date for solar flux calculation: (1985 < date < 2002)
+## (Solar min=1996.4 ave=1993.4 max=1990.6)
+solarcondate = 1993.4
+       
+
+
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/run.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/run.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/run.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,112 @@
+#
+#----------------------------------------------------------------------- 
+#Parametres de controle du run:                                          
+#------------------------------                                          
+
+# Nombre de jours d'integration                                         
+     nday=56
+
+# nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )      
+ day_step = 960
+
+# periode pour le pas Matsuno (en pas)                                  
+  iperiod=5
+
+# periode de sortie des variables de controle (en pas)                  
+  iconser=120
+
+# periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)                      
+    iecri=100
+
+# periode de stockage fichier histmoy (en jour)                         
+ periodav=60.
+
+# periode de la dissipation (en pas)                                    
+  idissip=1
+
+# choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )              
+ lstardis=.true.
+
+# avec ou sans coordonnee hybrides
+ hybrid=.true.
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv            
+nitergdiv=1
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot          
+nitergrot=2
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+   niterh=2
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+ tetagdiv= 1800.
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+ tetagrot=2500.
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad) 
+ tetatemp=2500.
+
+# coefficient pour gamdissip                                            
+  coefdis=0.
+
+# choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog) 
+  purmats=.false.
+
+# avec ou sans physique                                                 
+   physic=.true.
+
+# periode de la physique (en pas)                                       
+  iphysiq=20
+
+# choix d'une grille reguliere                                          
+  grireg=.true.
+
+# frequence (en pas) de l'ecriture du fichier diagfi               
+ ecritphy=80
+
+# longitude en degres du centre du zoom                                 
+   clon=63.
+
+# latitude en degres du centre du zoom                                  
+   clat=0.
+
+# facteur de grossissement du zoom,selon longitude                      
+  grossismx=1.
+
+# facteur de grossissement du zoom ,selon latitude                      
+ grossismy=1.
+
+#  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale         
+  fxyhypb=.false.
+
+# extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+   dzoomx= 0.
+
+# extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+   dzoomy=0.
+
+#  raideur du zoom en  X
+    taux=2.
+
+#  raideur du zoom en  Y
+    tauy=2.
+
+#  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .TRUE. ,  Sinon  y = latit.
+  ysinus= .false.
+
+# Avec sponge layer
+  callsponge  = .true.
+ 
+# Sponge:  mode0(u=v=0), mode1(u=umoy,v=0), mode2(u=umoy,v=vmoy)
+  mode_sponge= 2
+
+# Sponge:  hauteur de sponge (km)
+  hsponge= 90
+
+# Sponge:  tetasponge (secondes)
+  tetasponge = 50000
+
+# some definitions for the physics, in file 'callphys.def'
+INCLUDEDEF=callphys.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/traceur.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/traceur.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/traceur.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,3 @@
+2
+dust_mass
+dust_number
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/callphys.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/callphys.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/callphys.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,121 @@
+##General options
+##~~~~~~~~~~~~~~~
+#Directory where external input files are
+#datadir = /san/home/spiga/DATAFILE/ 
+
+#Run with or without tracer transport ?
+tracer=.true.
+
+#Diurnal cycle ?  if diurnal=False, diurnal averaged solar heating
+diurnal=.true.
+
+#Seasonal cycle ? if season=False, Ls stays constant, to value set in "start"
+season = .true.   
+
+#write some more output on the screen ?
+lwrite = .false.    
+
+#Save statistics in file "stats.nc" ?
+callstats =.false.
+
+#Save EOF profiles in file "profiles" for Climate Database?
+calleofdump = .false.
+
+## Dust scenario. Used if the dust is prescribed (i.e. if tracer=F or active=F)
+## ~~~~~~~~~~~~~
+#  =1 Dust opt.deph read in startfi; =2 Viking scenario; =3 MGS scenario,
+#  =4 Mars Year 24 from TES assimilation (old version of MY24; dust_tes.nc file)
+#  =24 Mars Year 24 from TES assimilation (ie: MCD reference case)
+#  =25 Mars Year 25 from TES assimilation (ie: a year with a global dust storm)
+#  =26 Mars Year 26 from TES assimilation
+iaervar = 26 
+# Dust opacity at 700 Pa (when constant, i.e. for the iaervar=1 case)
+tauvis=0.2
+# Dust vertical distribution: 
+# (=0: old distrib. (Pollack90), =1: top set by "topdustref",
+#  =2: Viking scenario; =3 MGS scenario)
+iddist  = 3
+# Dust top altitude (km). (Matters only if iddist=1)
+topdustref = 55.
+
+## Physical Parameterizations :
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# call radiative transfer ?
+callrad   = .true.
+# call NLTE radiative schemes ?   matters only if callrad=T
+callnlte = .true.
+# call CO2 NIR absorption ?   matters only if callrad=T
+callnirco2 = .true.
+# call turbulent vertical diffusion ?
+calldifv  = .true.
+# call convective adjustment ?
+calladj  = .true.
+# call CO2 condensation ?
+callcond =.true.
+# call thermal conduction in the soil ?
+callsoil = .true.
+# call Lott's gravity wave/subgrid topography scheme ?
+calllott  = .true.
+# Impose polar cap surface albedos as observed by TES?
+TESicealbedo = .true.
+
+## Radiative transfer options :
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# the rad.transfer is computed every "iradia" physical timestep
+iradia    = 1
+# Output of the exchange coefficient mattrix ? for diagnostic only
+callg2d  = .false.
+# Rayleigh scattering : (should be .false. for now)
+rayleigh  = .false.
+
+## Tracer (dust water, ice and/or chemical species) options (used if tracer=T):
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# DUST: Transported dust ? (if >0, use 'dustbin' dust bins)
+dustbin    = 2
+# DUST: Radiatively active dust ? (matters if dustbin>0)
+active  = .true.
+# DUST: use mass and number mixing ratios to predict dust size ?
+doubleq   = .true. 
+## DUST: use a small population of dust particules (submicron dust)?
+#submicron = .false.
+# DUST: lifted by GCM surface winds ?
+lifting = .true. 
+# DUST: lifted by dust devils ?
+callddevil = .false.
+# DUST: Scavenging by CO2 snowfall ?
+scavenging = .false.
+# DUST/WATERICE: Gravitationnal sedimentation ?
+sedimentation = .true.
+# WATERICE: Radiatively active transported atmospheric water ice ?
+activice   = .true.
+# WATER: Compute water cycle
+water = .true.
+# WATER: current permanent caps at both poles. True IS RECOMMENDED
+#        (with .true., North cap is a source of water and South pole
+#         is a cold trap)
+caps  = .true.
+# PHOTOCHEMISTRY: include chemical species 
+photochem  = .false.
+
+## Thermospheric options (relevant if tracer=T) :
+##~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# call thermosphere ?
+callthermos = .false.
+# WATER: included without cycle (only if water=.false.)
+thermoswater = .false.
+# call thermal conduction ? (only if callthermos=.true.)
+callconduct = .false.
+# call EUV heating ? (only if callthermos=.true.)
+calleuv=.false.
+# call molecular viscosity ? (only if callthermos=.true.)
+callmolvis = .false.
+# call molecular diffusion ? (only if callthermos=.true.)
+callmoldiff = .false.
+# call thermospheric photochemistry ? (only if callthermos=.true.)
+thermochem = .false.
+# date for solar flux calculation: (1985 < date < 2002)
+## (Solar min=1996.4 ave=1993.4 max=1990.6)
+solarcondate = 1993.4
+       
+
+
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/run.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/run.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/run.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,112 @@
+#
+#----------------------------------------------------------------------- 
+#Parametres de controle du run:                                          
+#------------------------------                                          
+
+# Nombre de jours d'integration                                         
+     nday=10
+
+# nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )      
+ day_step = 960
+
+# periode pour le pas Matsuno (en pas)                                  
+  iperiod=5
+
+# periode de sortie des variables de controle (en pas)                  
+  iconser=120
+
+# periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)                      
+    iecri=100
+
+# periode de stockage fichier histmoy (en jour)                         
+ periodav=60.
+
+# periode de la dissipation (en pas)                                    
+  idissip=1
+
+# choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )              
+ lstardis=.true.
+
+# avec ou sans coordonnee hybrides
+ hybrid=.true.
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv            
+nitergdiv=1
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot          
+nitergrot=2
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+   niterh=2
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+ tetagdiv= 1800.
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+ tetagrot=2500.
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad) 
+ tetatemp=2500.
+
+# coefficient pour gamdissip                                            
+  coefdis=0.
+
+# choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog) 
+  purmats=.false.
+
+# avec ou sans physique                                                 
+   physic=.true.
+
+# periode de la physique (en pas)                                       
+  iphysiq=20
+
+# choix d'une grille reguliere                                          
+  grireg=.true.
+
+# frequence (en pas) de l'ecriture du fichier diagfi               
+ ecritphy=40
+
+# longitude en degres du centre du zoom                                 
+   clon=63.
+
+# latitude en degres du centre du zoom                                  
+   clat=0.
+
+# facteur de grossissement du zoom,selon longitude                      
+  grossismx=1.
+
+# facteur de grossissement du zoom ,selon latitude                      
+ grossismy=1.
+
+#  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale         
+  fxyhypb=.false.
+
+# extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+   dzoomx= 0.
+
+# extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+   dzoomy=0.
+
+#  raideur du zoom en  X
+    taux=2.
+
+#  raideur du zoom en  Y
+    tauy=2.
+
+#  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .TRUE. ,  Sinon  y = latit.
+  ysinus= .false.
+
+# Avec sponge layer
+  callsponge  = .true.
+ 
+# Sponge:  mode0(u=v=0), mode1(u=umoy,v=0), mode2(u=umoy,v=vmoy)
+  mode_sponge= 2
+
+# Sponge:  hauteur de sponge (km)
+  hsponge= 90
+
+# Sponge:  tetasponge (secondes)
+  tetasponge = 50000
+
+# some definitions for the physics, in file 'callphys.def'
+INCLUDEDEF=callphys.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/traceur.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/traceur.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_JB/traceur.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,6 @@
+5
+co2
+dust_mass
+dust_number
+h2o_vap
+h2o_ice
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/callphys.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/callphys.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/callphys.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,136 @@
+##General options
+##~~~~~~~~~~~~~~~
+#Run with or without tracer transport ?
+tracer=.true.
+
+#Diurnal cycle ?  if diurnal=False, diurnal averaged solar heating
+diurnal=.true.
+
+#Seasonal cycle ? if season=False, Ls stays constant, to value set in "start"
+season = .true.   
+
+#write some more output on the screen ?
+lwrite = .false.    
+
+#Save statistics in file "stats.nc" ?
+callstats =.false.
+
+#Save EOF profiles in file "profiles" for Climate Database?
+calleofdump = .false.
+
+#Directory where external input files are:
+datadir=/users/forget/WWW/datagcm/datafile/
+
+## Dust scenario. Used if the dust is prescribed (i.e. if tracer=F or active=F)
+## ~~~~~~~~~~~~~
+#  =1 Dust opt.deph read in startfi; =2 Viking scenario; =3 MGS scenario,
+#  =4 Mars Year 24 from TES assimilation (old version of MY24; dust_tes.nc file)
+#  =24 Mars Year 24 from TES assimilation (ie: MCD reference case)
+#  =25 Mars Year 25 from TES assimilation (ie: a year with a global dust storm)
+#  =26 Mars Year 26 from TES assimilation
+iaervar = 26
+# Dust opacity at 700 Pa (when constant, i.e. for the iaervar=1 case)
+tauvis=0.1
+# Dust vertical distribution: 
+# (=0: old distrib. (Pollack90), =1: top set by "topdustref",
+#  =2: Viking scenario; =3 MGS scenario)
+iddist  = 3
+# Dust top altitude (km). (Matters only if iddist=1)
+topdustref = 55.
+
+## Physical Parameterizations :
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# call radiative transfer ?
+callrad   = .true.
+# call NLTE radiative schemes ?   matters only if callrad=T
+callnlte = .true.
+# call CO2 NIR absorption ?   matters only if callrad=T
+callnirco2 = .true.
+# call turbulent vertical diffusion ?
+calldifv  = .true.
+# call convective adjustment ?
+calladj  = .true.
+# call CO2 condensation ?
+callcond =.true.
+# call thermal conduction in the soil ?
+callsoil = .true.
+# call Lott's gravity wave/subgrid topography scheme ?
+calllott  = .true.
+# Impose polar cap surface albedos as observed by TES?
+TESicealbedo = .true.
+
+## Radiative transfer options :
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# the rad.transfer is computed every "iradia" physical timestep
+iradia    = 1
+# Output of the exchange coefficient mattrix ? for diagnostic only
+callg2d  = .false.
+# Rayleigh scattering : (should be .false. for now)
+rayleigh  = .false.
+
+## Tracer (dust water, ice and/or chemical species) options (used if tracer=T):
+## ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# DUST: Transported dust ? (if >0, use 'dustbin' dust bins)
+dustbin    = 2
+# DUST: Radiatively active dust ? (matters if dustbin>0)
+active  = .true.
+# DUST: use mass and number mixing ratios to predict dust size ?
+doubleq   = .true.
+# DUST: lifted by GCM surface winds ?
+lifting = .true.
+# DUST: lifted by dust devils ?
+callddevil = .false.
+# DUST: Scavenging by H2O/CO2 snowfall ?
+scavenging = .true.
+# DUST/WATERICE: Gravitationnal sedimentation ?
+sedimentation = .true.
+# WATERICE: Radiatively active transported atmospheric water ice ?
+activice   = .true.
+# WATER: Compute water cycle
+water = .true.
+# WATER: Microphysical scheme for water-ice clouds?
+microphys = .true.
+# WATER: parameter contact
+mteta = 0.95
+# WATER: current permanent caps at both poles. True IS RECOMMENDED
+#        (with .true., North cap is a source of water and South pole
+#         is a cold trap)
+caps  = .true.
+# WATER: Water ice albedo ?
+albedo_h2o_ice = 0.35
+# WATER: Water ice thermal inertia
+inert_h2o_ice = 800
+# WATER: Frost thickness threshold for albedo
+frost_albedo_threshold = 0.005
+nuice_sed=0.1
+icedryness=1
+nircorr=0
+# PHOTOCHEMISTRY: include chemical species 
+photochem  = .false.
+
+## Thermospheric options (relevant if tracer=T) :
+##~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+# call thermosphere ?
+callthermos = .false.
+# WATER: included without cycle (only if water=.false.)
+thermoswater = .false.
+# call thermal conduction ? (only if callthermos=.true.)
+callconduct = .false.
+# call EUV heating ? (only if callthermos=.true.)
+calleuv=.false.
+# call molecular viscosity ? (only if callthermos=.true.)
+callmolvis = .false.
+# call molecular diffusion ? (only if callthermos=.true.)
+callmoldiff = .false.
+# call thermospheric photochemistry ? (only if callthermos=.true.)
+thermochem = .false.
+# date for solar flux calculation: (1985 < date < 2002)
+## (Solar min=1996.4 ave=1993.4 max=1990.6)
+solarcondate = 1993.4
+       
+
+## Thermals
+## ~~~~~~~~
+calltherm = .true.
+callrichsl = .true.
+
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/run.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/run.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/run.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,113 @@
+#
+#----------------------------------------------------------------------- 
+#Parametres de controle du run:                                          
+#------------------------------                                          
+
+# Nombre de jours d'integration                                         
+     nday = 3 !10 !56
+
+# nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )      
+ day_step = 960
+
+# periode pour le pas Matsuno (en pas)                                  
+  iperiod=5
+
+# periode de sortie des variables de controle (en pas)                  
+  iconser=120
+
+# periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)                      
+    iecri=100
+
+# periode de stockage fichier histmoy (en jour)                         
+ periodav=60.
+
+# periode de la dissipation (en pas)                                    
+  idissip=1
+
+# choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )              
+ lstardis=.true.
+
+# avec ou sans coordonnee hybrides
+ hybrid=.true.
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv            
+nitergdiv=1
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot          
+nitergrot=2
+
+# nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  divgrad            
+   niterh=2
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
+ tetagdiv=2000.
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
+ tetagrot=6000.
+
+# temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour  h ( divgrad) 
+ tetatemp=6000.
+
+# coefficient pour gamdissip                                            
+  coefdis=0.
+
+# choix du shema d'integration temporelle (Matsuno ou Matsuno-leapfrog) 
+  purmats=.false.
+
+# avec ou sans physique                                                 
+   physic=.true.
+
+# periode de la physique (en pas)                                       
+  iphysiq=20
+
+# choix d'une grille reguliere                                          
+  grireg=.true.
+
+# frequence (en pas) de l'ecriture du fichier diagfi               
+# ecritphy=560 # soit 1 jour + 1/6
+ ecritphy=40 !160 
+
+# longitude en degres du centre du zoom                                 
+   clon=63.
+
+# latitude en degres du centre du zoom                                  
+   clat=0.
+
+# facteur de grossissement du zoom,selon longitude                      
+  grossismx=1.
+
+# facteur de grossissement du zoom ,selon latitude                      
+ grossismy=1.
+
+#  Fonction  f(y)  hyperbolique  si = .true.  , sinon  sinusoidale         
+  fxyhypb=.false.
+
+# extension en longitude  de la zone du zoom  ( fraction de la zone totale)
+   dzoomx= 0.
+
+# extension en latitude de la zone  du zoom  ( fraction de la zone totale)
+   dzoomy=0.
+
+#  raideur du zoom en  X
+    taux=2.
+
+#  raideur du zoom en  Y
+    tauy=2.
+
+#  Fonction  f(y) avec y = Sin(latit.) si = .TRUE. ,  Sinon  y = latit.
+  ysinus= .false.
+
+# Avec sponge layer
+  callsponge  = .true.
+ 
+# Sponge:  mode0(u=v=0), mode1(u=umoy,v=0), mode2(u=umoy,v=vmoy)
+  mode_sponge= 2
+
+# Sponge:  hauteur de sponge (km)
+  hsponge= 90
+
+# Sponge:  tetasponge (secondes)
+  tetasponge = 50000
+
+# some definitions for the physics, in file 'callphys.def'
+INCLUDEDEF=callphys.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/traceur.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/traceur.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/traceur.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,8 @@
+7
+co2
+dust_mass
+dust_number
+h2o_vap
+h2o_ice
+ccn_mass
+ccn_number
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/z2sig.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/z2sig.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/DEFS_THOMAS/z2sig.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,50 @@
+10.00000     H: atmospheric scale height (km) (used as a reference only)
+0.0020736
+0.015735
+0.0600151
+0.163344
+0.36358
+0.708007
+1.25334
+2.06571
+3.2
+4.7
+6.6
+8.9
+11.6
+14.7
+18.2
+22.1
+26.4
+31.1
+36.2
+41.7
+47.6
+53.9
+60.55
+67.5
+74.5
+81.5
+88.5
+95.5
+102.5
+109.5
+116.5
+123.5
+130.5
+137.5
+144.5
+151.5
+158.5
+165.5
+172.5
+179.5
+186.5
+193.5
+200.5
+207.5
+214.5
+221.5
+228.5
+235.5
+242.5
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link DEFS_THOMAS/callphys.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def.csttau
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def.csttau	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def.csttau	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/callphys.def.csttau
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def.water
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def.water	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def.water	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/callphys.def.water
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def_sav
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def_sav	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/callphys.def_sav	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/callphys.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/diagfi.nc
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/diagfi.nc	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/diagfi.nc	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../../TMPDIR/GCMINI/diagfi.nc
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/gcm.e
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/gcm.e	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/gcm.e	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../gcm.e
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/launch_gcm
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/launch_gcm	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/launch_gcm	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/launch_gcm
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link DEFS_THOMAS/run.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def.64x48x25
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def.64x48x25	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def.64x48x25	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/run.def.64x48x25
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def_sav
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def_sav	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run.def_sav	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/run.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run0
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run0	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run0	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../deftank_gcm/run0
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run_mcd_3days
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run_mcd_3days	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/run_mcd_3days	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/run_mcd_3days
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/traceur.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/traceur.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/traceur.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link DEFS_THOMAS/traceur.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/traceur.def_sav
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/traceur.def_sav	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/traceur.def_sav	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/traceur.def
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/what_I_need.info
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/what_I_need.info	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/what_I_need.info	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link ../in_lmdz_mars_newphys/myGCM/what_I_need.info
Index: trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/z2sig.def
===================================================================
--- trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/z2sig.def	(revision 1096)
+++ trunk/MESOSCALE/LMDZ.MARS.new/myGCM.arch/z2sig.def	(revision 1096)
@@ -0,0 +1,1 @@
+link DEFS_THOMAS/z2sig.def