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LMD_LES_MARS: portage sur gnome, tests memoires et solution pour le probleme de l'initialisation pour les tres grands domaines (281x281x201 et plus, cf. launch.gnome.ideal)

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2il faudrait regler le prob du Registry dans le LES
3il y a un souci avec les variables liees a l'eau et d'autres
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5        ---anciennes notes lES sur gnome pb avec ideal.exe
6        ## jusque 201 OK avec ideal.exe sequentiel
7        ## ensuite il vaut mieux utiliser
8        ## mpirun -n 4 ideal.exe
9        ## le MP_STACK_SIZE est dans le bashrc
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13concat.e puis localtime.e puis
14ncwa -O -v mtot,icetot -a longitude -d longitude,-179.0,179.0 diagfi.nc yeye.nc
15ncwa -O -v mtot -a longitude -d longitude,-180.0,180.0 concat_LT.nc mawd.nc
16(si trop gros faire ncrcat -v mtot -d Time,,,2 concat_LT.nc yorgl.nc)
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18        A FAIRE:::: mettre des flags precompilo dans les meso_
19        les reporter dans makegcm
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21changer le renormalisation dans aeropacity ????
22on ne laisse pas aerosol comme le lifting veut qu'il soit !
23tenter des taux de soulevement pour que taudust_tmp soit les obs
24en prescivant une dust bomb fixe d opacite, on aura au moins la structure verticale
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26        tester traceurs radiativement actifs avec la nouvelle physique ?????
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28A FAIRE: PB LES sur iDATAPLEX (les points HFX nuls) (pas de soucis sur ciclad)
29METTRE SUR LE svn LA BASE d'ETATS INITIAUX ????
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31more than 4 procs w/ nest ??? y reflechir
32        -----------------------------------------------------------------------
33        -- si possible comment determiner taille ?
34        nproc doit diviser e_we-1 (1er nest)
35        grid_ratio doit diviser e_we-1 +4 (1er nest)
36        soit e_we=ye+1
37        grid_ratio divise ye+4 et nproc divise ye
38        soit nproc=8, ye=8*i
39        ainsi il existe j tel que 8i + 4 = 3j ou encore 4*[2i+1] = 3j
40        verifie par exemple si 2i+1 est multiple de 3
41        il suffit donc de trouver un multiple impair de 3 et de deduire i
42        par exemple 2i+1=33 >>>> i=16
43        >>>> e_we = 129 pour le 1er nest (et ajouter 4 pour les suivants)
44        ------------------------------------------------------------------------
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46        ne pas utiliser le FASTCASE avec traceurs (instabilites en haut)
47            ces instabilites sont cependant reglees si on augmente radt a 10 par exemple
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49        pour le cycle de l'eau c'est OK de regler caps=F dans le mesoscale
50        sauf si on commence a devoiler la calotte permanente nord
51        ---> corrige, scenario caps specifique au mesoscale
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53        NE SERAIT-CE PAS MIEUX DE TOUT TRANSMETTRE AUX BORNES ???
54        tous les traceurs, pas seulement vapor
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57        - attention il faut les trois MARS sinon il s arrete sans message clair
58        - attention a ne pas lancer le modele s il est deja lance
59        - important que pd_scalar soit a T ... le mettre par defaut ????
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62ROUTINES a AJOUTER sont dans COMMON_GCM
63- passer aux nouveaux makegcm [en commun avec Ehouarn si on veut le nouveau
64  readtesassim qui est en F90]
65- il faut tester le nest pour verifier les lignes trop longues
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67        (ok) lier gr_fi_dyn qui est dans dyn3d
68        (ok) regler le pb du nouveau readtesassim (ou alors le lier tout simplement ou
69          l'appeler meso_readtesassim)
70        (ok) regler le pb meso_dustlift (le lier dans makemeso comme point precedent)
71             (car le souci c que dustlift est appele dans vdifc)
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73        RESTE a ADAPTER le LES a la NOUVELLE PHYSIQUE
74        il y a normalement peu a faire
75        reste a faire egalement le -DNEWPHYS pour le LES
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77        attention pb d'affichage des valeurs dans le fichier texte avec LES ???
78        bien que les valeurs du fichier soient tout a fait raisonnables
79        ... n'est-ce pas un effet de bord cache ????
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82        apres fusion, le LES est reconnu par module_lmd_driver lorsque diff_opt=2 km_opt=2
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85        -attention PB si on ne sort pas HFX et USTM (note dans le Registry)
86        -il faut run.def nouvelle physique [c est meme ce qui est utilise par runmeso]
87        - IL FAUT SE PENCHER SUR LE FAIT QU'ON INDIQUE q2val=0 dans lmd_driver ....
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89-----------------------
90ATTENTION NOUVELLE PHYSIQUE
91Oui, c'est quelque chose qu'il faut probablement changer partout
92maintenant que la version de pgf90 à changé (sur les machines du LMD).
93Avec cette nouvelle version (7.1-6), le '-fast' est plus agressif
94qu'avant (et inclue entre autre les horribles '-Mvect=sse -Mscalarsse'
95qui dégradent la précision de certains calculs pour accélérer le code);
96je préconise de ne plus s'en servir. Bon d'accord, je n'ai pas fait une
97étude approfondie de l'impact de '-fast', mais j'ai vu qu'avec,
98j'obtenais des résultats différents lorsque je changeais simplement
99l'ordre des traceurs...
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101Aymeric Spiga wrote:
102> je détecte ces changements d'option de compilation ; ont-ils de
103> l'importance ?
104>
105> Aymeric
106>
107> < #   set optim90=" -fast"
108> < #   set optimtru90=" -fast -c -Mfree "
109> < #   set optim90=" -O2 -Munroll=c:1 -Mnoframe -Mcache_align"
110> < #   set optimtru90=" -O2 -Munroll=c:1 -Mnoframe -Mcache_align"
111> <    set optim90=" -O2 -Munroll -Mcache_align"
112> <    set optimtru90=" -O2 -Munroll -Mcache_align"
113> ---
114>   
115>>    set optim90=" -fast"
116>>    set optimtru90=" -fast -c -Mfree "
117------------------------------
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120        - attention a cp et R, normaliser une bonne fois pour toutes
121        - il manque sur le SVN les cas idealises
122- il manque sur le SVN les scripts MPI
123        - il faut recompiler les librairies NETCDF
124        - mettre la nouvelle physique
125        - mettre les DEF du meso-echelle
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127        - modele ok sur auric
128- modele pas ok sur ciclad avec pgf2010, erreur inedite un seul module manquant
129        - modele LES OK sur ciclad
130        - modele LES ok sur auric
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132        24/01/2011
133        tests g95 en 64bits natif sur systeme Linux
134        -- modifications de makemeso, tests
135        -- tout est OK sauf les libraires NETCDF, probleme d'underscore
136        -- OK avec libraires maison compilees avec g95 standard sur flores [et tourne OK]
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140        mpi_64_pgf7_ncdf4_mpi1.2.txt
141        - probleme lors de la compilation de solve_em : LINUX runs out of memory [huchard]
142        - IL FAUT COMPILER SUR auric
143        nougaro est lent a la compilation, utiliser surtout auric
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148______________________________________________________
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151PB MPI
152/donnees/aslmd/MODELES/MPI/mpich2-1.2.1p1_PGF7/lib/libmpich.a(simple_pmi.o):
153In function `PMI_Init':
154simple_pmi.c:(.text+0x15c0): warning: Using 'gethostbyname' in statically
155linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc
156version used for linking
157/donnees/aslmd/MODELES/MPI/mpich2-1.2.1p1_PGF7/lib/libmpich.a(simple_pmi.o):
158In function `PMI_Init':
159simple_pmi.c:(.text+0x15c0): warning: Using 'gethostbyname' in statically
160linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc
161version used for linking
162/donnees/aslmd/MODELES/MPI/mpich2-1.2.1p1_PGF7/lib/libmpich.a(simple_pmi.o):
163In function `PMI_Init':
164simple_pmi.c:(.text+0x15c0): warning: Using 'gethostbyname' in statically
165linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc
166version used for linking
167/donnees/aslmd/MODELES/MPI/mpich2-1.2.1p1_PGF7/lib/libmpich.a(simple_pmi.o):
168In function `PMI_Init':
169simple_pmi.c:(.text+0x15c0): warning: Using 'gethostbyname' in statically
170linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc
171version used for linking
172
173
174POSSIBLE mars.sed
175
176s+ *../frame/module_internal_header_util.o ../frame/pack_utils.o
177-L../external/esmf_time_f90 -lesmf_time+& -L../mars_lmd/libo -llmd
178-Mmpi=mpich2+g
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Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.