source: trunk/DOC/chantiers/commit_importants.log @ 3435

**** commit_v5 ****

** ADAPTATION GCM POUR CP(T)
**--------------------------

* Ajout d'un fichier cpdet.F contenant toutes les routines nécessaires à 
  l'utilisation de Cp(T)
  -> routines ini_cpdet, t2tpot, tpot2t
  -> fonction cpdet(t)

* Du coup, suppression de tous les cpdet.* de phytitan et phyvenus

* Modif de gcm.F : initialisation ini_cpdet ajoutée

* Modif de comconst.h : ajout de nu_venus et t0_venus

* Modif de caldyn0.F : 
    - dimensions de pk (ip1jmp1 à la place de iip1,jjp1)
    - ajout de temp et tsurpk
    - calcul de temp (tpot2t) et tsurpk
    - passage de tsurpk à la place de teta dans sortvarc0
    
* Modif de caldyn.F :
    - passage de tsurpk en argument
    - dimensions de pk (ip1jmp1 à la place de iip1,jjp1)
    - ajout de temp
    - passage de tsurpk à la place de teta dans dudv2
    - passage de tsurpk à la place de teta dans sortvarc

* Modif de calfis.F :
    - ajout de zteta et zpk
    - calculs de zteta et zpk
    - calcul de ztfi via tpot2t
    - mise en commentaires de pcvgu/v/t/q car ne servent pas... 
    - (ajout commentaire sur traceurs intensifs)
    - modification du calcul de pdhfi

* Modif de diagedyn.F :
  (même si c'est une routine pure Terre, pour l'instant)
    - calcul de la temperature 
    - remplacement de RCPD par cpdet(T)

* Modif de leapfrog.F :
    - ajout de temp et tsurpk
    - calcul de temp (tpot2t) et tsurpk (3 endroits)
    - passage de tsurpk à la place de teta dans geopot (3 endroits)
    - passage de tsurpk en argument de caldyn
    - calcul de dtetaecdt

* Modif de vlspltqs.F
    - modif taille de tempe
    - calcul de tempe (via tpot2t)


** APPEL DE LA PHYSIQUE
**----------------------

* Modif de calfis.F :
    - on appelle physiq comme pour Venus et Titan quand on n'a pas la 
      clé CPP_EARTH
    - j'ai enlevé le mot clé planet_type, ça fait double emploi, non ?
    - j'ai laissé nqtot dans les arguments d'appel à physiq... A reverifier.

**** commit_v6 ****

* Modif de defrun.F : commentaire indiquant qu'il ne sert plus donc pas a jour !

* Modif de dynredem.F : correction faute orthographe dans commentaire

** IOIPSL, real8 vs real4
**-----------------------

J'élimine ce truc bancal. Il faudra compiler IOIPSL en double précision.
Du coup, pas de modifs spécifiques dans dyn3d. Par contre, il faudra éliminer
ça dans les physiques !


** Nombre de traceurs
**-------------------

* Modif de infotrac.F90 :
    - definition de type_trac
    - definition de nqtrue depend de planet_type
    - lecture de traceur.def depend de planet_type

* Modif de addfi.F :
    - separation des traceurs 1 et 2 pour qtestt/qtestw valable seulement 
      pour planet_type=earth

* Modif de caladvtrac.F :
    - deplacement du test sur planet_type pour virer tout ce qui concerne
      dq quand on n'est pas sur Terre

* Modif de calfis.F :
    - ajout d'une remarque concernant pdq...


** Avec ou sans advection de traceurs
**-----------------------------------

Reglé grace à iadv lu dans traceur.def: si 0, pas advecté.
Sans traceurs, on a donc un seul traceur dummy, non advecté, mais 
écrit dans start.nc et trimbalé partout...


** Homogeneisation des .def
**-------------------------

* Modif des deftanks/[titan/venus]/[gcm/physiq/run].def :
    - ajout planet_type
    - passage des cles physiques vers physiq.def
    - homogeneisation des parametres

* Modif de conf_gcm.F :
    - ok_strato mis à true par defaut

* Modif de clesph0.h :
    - ajout d'un commentaire: il faut virer ce fichier, ne sert plus a rien.


** Homogeneisation de bilan_dyn
**-----------------------------

* Modif de leapfrog.def :
    - premier appel: il y a first, deplacement de first=.false., elimination prem
    - ajout d'initialisations
    - ajout des tendances de la couche superieure (d*top)
    - elimination itau_w (ne sert pas)
    - couche superieure: ajout addfi séparé
    - passage des d*dis en */s
    - appel bilan_dyn

* Modif de bilan_dyn.def :
    - modification appel (pour sortie des tendances en moment cinetique)
    - ajout tendances du* en m/s2
    - ajout variables pour transport vertical
    - ajout variables pour tendances en moment cinetique
    - Champs advectés: base=6 (ovap est un traceur...), 
      en commentaire pour l'instant, les traceurs.
    - introduction des calculs pour transport vertical
    - introduction des calculs pour tendances moment cinétique
    - présentation des déclarations
    - facteur fact_geovenus=-1 pour Vénus
    - petit ajustement possible pour ncum (problèmes de précision)
    - élminination des sorties grads
    - modif noms temp et ecin
    - modif sur incrementation itau et time
    - definitions et sorties: 
       limité pour l'instant à temp et ang, sans les psiQ
       sans la somme en lat du transport vertical, à revoir (1D seulement?).
    - modification calcul ang
    - modification tpot2t
    - correction sur fonction de courant psiQ


** Choix de spécificités Terre dans gcm.F
**---------------------------------------
( certains appels ont été mis sous flag CPP_EARTH ou planet_type=earth alors )
( qu'il sont aussi valables pour Venus et Titan...                           )
( ils etaient sous flag IOIPSL avant...                                      )

* Modif de gcm.F :
    - appel de dynetat0 modulé selon planet_type (mars est un cas à part)
    - appel de dynredem0 modulé selon planet_type (mars est un cas à part)
    - appel de iniphysiq: a mettre sous cle CPP_PHYS pour cas sans physique

* Modif de leapfrog.F :
    - appel de dynredem1 modulé selon planet_type (mars est un cas à part)

* Modif de calfis.F :
    - appel de physiq: a mettre sous cle CPP_PHYS pour cas sans physique
    - conservation de la possibilité de nsplit_phys
    - ajout commentaire sur unité des tendances

* Modif de conf_gcm.F :
    - commentaires pour nsplit_phys


**** commit_v7 ****

* Mise à niveau (de la dynamique) par rapport à la version 1447 de LMDZ5
* ----------------------------------------------------------------------

* Pour l'instant, on n'a pas touché à dyn3dpar, donc pour l'instant on ne
  fait que recopier les fichiers de la version 1447

* Mise à jour de routines (dans dyn3d) qui n'ont changé que côté LMDZ5:
- ener.h
- grid_noro.F
- iniacademic.F
- integrd.F
- limit_netcdf.F90

* Mise à jour des routines qui ont changé des deux côtés:
- addfi.F 
  * ajout d'un "USE control_mod, ONLY : planet_type"
  * mise en forme du if (planet_type=="earth") à l'identique de la revision 1447 (pour être peinard vis-à-vis de futures diff).
- caladvtrac.F 
  * ajout d'un "USE control_mod, ONLY : iapp_tracvl,planet_type"
  * mise en conformité de la taille du tableau dq(ip1jmp1,llm,nqtot) et non pas dq(ip1jmp1,llm,2) (qui oblige à avoir au moins 2 traceurs...)
  * mise entre if (planet_type=="earth") des calculs après advtrac (à nouveau, il faut avoir au moins 2 traceurs pour que ça ait un sens; et encore, ce morceau ne sert peut-être au final à rien).
  * A nouveau ces modifs étaient déjà en partie déjà faites; j'ai juste remis en forme comme dans la révision 1447 pour rester homogène avec le code terrestre.
- gcm.F
  * Mise d'un #ifdef CPP_PHYS autoure de Init_Phys_lmdz et InitComgeomphy , au lieu du (bancal) #ifdef CPP_EARTH
  * De même il faut bel et bien un #ifdef CPP_PHYS autour de iniphysiq & co.
- infotrac.F90
  * Ajout des modifs de forme et correction sur l'utilisation de trim() et taille des tableaux str1(23),str2(23)
  * On garde un type_trac='plnt' pour les planètes (Attention, il faudra vérifier que ça ne casse rien par ailleurs et surtout n'est-ce finalement pas redoundant avec le planet_type?).
- leapfrog.F
  * Ajout des modifs/améliorations pour le cas académique sans physique
   mais en utilisant dutop(),dvtop(), etc. pour le sponge layer
   
**** commit_v8 ****

** ADAPTATION DYNAMIQUE PARALLELE AU CP(T)
------------------------------------------

Remarques:
----------
- Modifs non testées par une compilation/exécution du code; finalement s'organiser un mode de fonctionnement ou on peut compiler le code (au moins sans physique) est assez impératif.
- On pourrait peut-être faire de cpdet.F90 un module...

Retour sur leapfrog.F: (version séquentielle, dans dyn3d):
----------------------
- On revient en arrière sur l'utilisation de dutop(),dvtop(),dtetatop() au lieu des dufi(),dvfi() et dtetafi() pour les appels à top_bound. Dans la version terrestre, différente du sponge Martien (et Vénusien), ces tendances sont liées.
=> A 'hamoniser' plus tard.

Modifications (dans dyn3dpar):
------------------------------

* infotrac.F90 : recopié à l'identique depuis dyn3d

* comconst.h : recopié à l'identique depuis dyn3d

* caldyn0.F : recopié à l'identique depuis dyn3d

* cpdet.F :
  - création des routines t2tpot_p et tpot2t_p , versions // de t2tpot et tpot2t

* gcm.F :
  - on encadre les appels à Init_Phys_lmdz et Init_interface_dyn_phys par des #ifdef CPP_PHYS (et non plus ifdef CPP_EARTH).
  - ajout de l'appel à ini_cpdet pour Cp(T)
  - appel de dynetat0 modulé selon planet_type (Mars est le cas pathologique)
  - appel à iniphysiq encadré par un #ifdef CPP_PHYS
  - appel de dynredem0_p modulé selon planet_type (Mars est le cas pathologique)
  
* leapfrog_p.F :
  - ajout variables temp et tsurpk
  - ajout des calculs des hallos pour temp() et tsurkp() (NOTE POUR PLUS TARD: vérifier que c'est bien nécessaire...)
  - utilisation tpot2t_p et calcul de tsurkp() avant appel à geopot_p (sans oublier de modifier argument de geopot_p, teta => tsurpk). (3 fois)
  - ajout argument tsurpk dans l'appel à caldyn_p.
  - ajout des passages en (m/s)/s des dudis , dvdis et dtetadis.
  - calcul de dtetaecdt en passant par la température.
  - changement des arguments de l'appel à bilan_dyn_p.
  - appel de dynredem1_p modulé selon planet_type (Mars est le cas pathologique).

* calfis_p.F :
  - utilisation de la clef CPP_PHYS (et non plus CPP_EARTH).
  - ajout des variables locales zteta et zpk.
  - ajout calcul de zteta et zpk.
  - calcul de ztfi via tpot2t_p (NOTE POUR PLUS TARD: vérifier que la taille "physique" du champ ne pose pas pb par rapport au découpage //).
  - appel de la routine physiq selon planet_type.
  - modification calcul de pdhfi.
  
* caldyn_p.F :
  - ajout de tsurpk dans les arguments.
  - passage de tsurkp à la place de teta dans dudv2_p.
  - passage de tsurkp à la place de teta dans sortvarc.
  
* vlspltqs_p.F :
  - modification de la taille de tempe (tempe(ip1jmp1,llm) au lieu de tempe(ip1jmp1).
  - calcul de tempe via tpot2t_p (NOTE POUR PLUS TARD: probablement à revoir! Etrangement vlspltqs_p ne contient aucune instruction OpenMP !?! Il y a là un truc qui m'échappe...)

* bilan_dyn_p.F : A FAIRE... (mis de côté pour l'instant car pas sûr que l'ancien bilan_dyn_p fonctionne en mode mixte mpi/omp, à vérifier d'abord, avant de tenter des modifs...) 

**** commit_v11 ****

24/01/2011 ajout du modele meso-echelle martien, ancienne physique -- A. Spiga

**** commit_v17 ****

24/01/2011 ajout du module LES, ancienne physique -- A. Spiga

**** commit_v37 ****
27/01/2011 Remise en route chantier compilation -- Ehouarn
- Modifs et corrections pour pouvoir compiler le gcm (en séquentiel, avec
   makelmdz_fcm pour l'instant):
 * ajout de fichiers 'arch' pour linux-64 (pour Bellonzi, avec ioipsl et en r8)
 * modification de makelmdz_fcm, ajout de la clé CPP_PHYS si on compile avec
   une physique
 * correction de quelques typos/bugs révélés à la compilation:
 - infotrac.F90 : supression des appels à 'lnblnk' (remplacés par len_trim)
 - bilan_dyn.F : déclaration des variables znom3,znom3l,zunites3, planet_type
 - cpdet.F : "use control_mod, ONLY: planet_type" mis aux bons endroits
             (idem sur cpdet.F dans dyn3dpar)
 - leapfrog.F : declaration de  ztetaec(), dtec, cpdet , itau_w, duspg()
 - diagedyn.F : correction typo; attention dans diagedyn.F il y a du
                include "../phylmd/YOMCST.h"
                Ca va poser problème qd on change de physique....

- Avec ces modifs, la compilation marche sans physque, avec ou sans ioipsl
  et avec la physique terrestre phylmd.

********************************************
**** commit_v51 (et quelques autres...) ****
********************************************

29/01/2011 --- A. SPIGA

Nouveautes LMD_MM_MARS - LMD_LES_MARS - LMDZ.MARS [dossier mars]

Ce commit fait le bilan des chantiers d'uniformisation des diverses sources du mesochelle
[tous les commits par "spiga" depuis le debut sont relatifs a ces chantiers]

Chantiers acheves avec compilation et execution testees:

1. le meme coeur dynamique peut maintenant etre compile avec ancienne ou nouvelle physique; option -p sur makemeso.

2. la meme interface module_lmd_driver est partagee par LMD_MM_MARS et LMD_LES_MARS

3. le meme libf est partage entre modele mesoechelle et gcm
   les quelques routines qui different sont notees meso_ et integrees aux sources du gcm

=====> De 4 version du modele + 1 version de la nouvelle physique, on passe a une seule version du modele
meso-echelle dont la physique est automatiquement indexee sur les modifications effectuees dans le GCM 
[quelques routines mesoechelle mises a part]

* Reste a tester LMD_LES_MARS avec la nouvelle physique. Modifications mineures attendues suite au point 2. 
* Reste a tester le nesting qui devrait induire des modifications dues a des lignes trop longues... ce sera transparent du point de vue GCM.

********************
**** commit_v52 ****
********************

********** chantier principal du commit
********** --- version LMDZ5 qui fonctionne pour tests geantes
********** --- prochaine etape, tests sur GNOME

M      libf/dyn3dpar/comconst.h
M      libf/dyn3dpar/conf_planete.F90
ajout du flux de chaleur intrinseque: ihf
[par defaut il est nul] 

M      libf/dyn3dpar/gcm.F
changements cosmetiques 
[pour diff plus efficace avec version non par]

M      libf/dyn3dpar/iniacademic.F
possibilites de variations latitudinales
de temperature plus originales 
[seulement pour planet_type.eq."giant"]

M      libf/dyn3dpar/leapfrog_p.F
1. ajout d'une tendance causee par le flux de chaleur intrinseque
      (seulement prise en compte si planet_type.eq."giant")
2. correction bugs problematiques a la compilation et au run
--> probleme dans les boucles (l'indice etait llm et non l)
--> ajout de SAVE pour les variables paralleles
--> correction des declarations de variables manquantes

M      libf/dyn3dpar/calfis_p.F
correction d'une deuxieme parenthese manquante sur ALLOCATE(zteta(klon,llm))

M      libf/phylmd/regr_lat_time_climoz_m.F90
erreur a la compilation avec FCM... il s'agit d'une routine terrestre
il y a visiblement un probleme avec o3_in
en attendant, les lignes sont commentees avec !AS

A      deftanks/giant  8 fichiers
ajout de fichiers de configuration typiques pour les geantes gazeuses
[experimental pour le moment... on est loin de jupiter]
       --> comparaisons entre un run ancien [avec LMDZ5-dev sur SVN ipsl sans cp var] 
       et run avec version sur ce SVN planeto donne des resultats similaires

********** pratique

A      ioipsl
A      ioipsl/compile_ioipsl.bash
A      ioipsl/util 16 fichiers
script et utilitaire pour compiler IOIPSL de facon independante
il suffit d'executer ./compile_ioipsl.bash

M      arch/arch-AMD64_CICLAD.path
si IOIPSL a ete compile avec la methode precedente, les bons
PATH sont definis dans ce fichier [le NETCDF est aussi OK]

M      000-README-svn
mise a jour options "svn status"

M      mars/libf/phymars/meso_callkeys.h
mise a jour mineure du fichier 
[ecri_phys etait defini mais pas dans la liste]


********************
**** commit_v54 ****
********************


--------------------------
LMD_LES_MARS: Tests with new physics in unified frame
M              53   mesoscale/LMD_LES_MARS/modif_mars/module_model_constants.F
M              53   mesoscale/LMD_LES_MARS/modif_mars/module_first_rk_step_part1.F
M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/phys/module_lmd_driver.F
Modifications made to cope with new soil scheme

M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/mars_lmd/libf/phymars/meso_physiq.F
Commented aeronomars in old physics so that the model can compile with lots of grid points

--------------------------
LMD_MM_MARS: Implement tracers with the new physics. Test with JBM runs with 5 tracers
               including radiatively active dust and water ice
             TODO: propagate reading "traceur.def" and few initialisations from
               testphys1d.F into module_lmd_driver.F 

M              53   mars/libf/phymars/dimradmars.h
M              53   mars/libf/phymars/callradite.F
Change it back to both dust and ice radiatively active

M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/makemeso
Allow to "fresh start" with the inclusion of "clean -a" in the script

M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/Registry/Registry.EM
M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/dyn_em/module_initialize_real.F
M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/dyn_em/solve_em.F
M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/main/real_em.F
M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/runmeso
Added the option mars==11 with 5 tracers: CO2 H2Ovap H2Oice DUST DUSTN
-- Note that the order matters for H2Ovap and H2Oice

LMD_MM_MARS: Create a folder to run LMD GCM with exact same physics as mesoscale

A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/libf/phymars/physiq.F
All files in mesoscale/LMDZ.MARS/libf are links except this one
--> Because specific WRITEDIAGFI commands are set to output what is needed PREP_MARS
--> Something must be done so that qCO2, qdust, qdustN can be propagated too !!!

A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/libf_gcm
A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/in_lmdz_mars_newphys
Two important links that must not be broken

A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/myGCM
This folder is for runs. Only links here -- except temp files which are not synchronized.

M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/compile
A               0   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/run.def
A               0   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/traceur.def
M              53   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/callphys.def
A               0   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/callphys.def.csttau
Those files are needed to run the GCM in order to prepare initial & boundary
   conditions for the mesoscale... but basically it is the exact same GCM
--> compile is a convenient script

A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/makegcm
A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/makegcm_g95
A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/create_make_gcm
This is supposed to be merged one day with files in trunk/mars/

A               0   mesoscale/LMDZ.MARS/myGCM/DEFS_JB
Necessary files to restart a GCM run corresponding to new water cycle in JB's thesis

**** commit_v65 ****
-- 16/02/2011 -- EM , Mise a niveau par rapport à la version terrestre
                      (LMDZ5V2.0-dev rev. 1487)
* Mise à jour des scripts (terrestres) 'makegcm' et 'create_make_gcm'
* Ajout du script 'makelmdz' (version "améliorée", en Bash, de makegcm)
* Mise à jour des routines dans phylmd (sauf regr_lat_time_climoz_m.F)

* disvert (dans dyn3d et dyn3dpar): passage au Fortran 90
* parallel.F90 (dyn3dpar): correction bug
* etat0_netcdf.F90 (dyn3d et dyn3dpar) : mise à jour mineure
* ce0l.F90 (dyn3dpar) : correction bug
* abort_gcm.F (dyn3dpar) : correction bug
* ugeostr.F90 (dyn3d et dyn3dpar) : passage au Fortran 90
* fluxstokenc_p.F (dyn3dpar) : correction bug
* iniacademic.F90 (dyn3d et dyn3dpar) : passage au Fortran 90
* friction_p.F (dyn3dpar) : correction bug
* infotrac.F90 (dyn3d et dyn3dpar) : correction bug mineur sur lecture traceurs
* caladvtrac.F (dyn3d) : modifications cosmétiques

********************
**** commit_v76 ****  etape importante d'une serie de commit sur les traceurs dans le mesoscale
********************

LMD_MM_MARS: remise a plat du traitement des traceurs terminee 
             [en particulier en vue de l'utilisation nouvelle physique]
             --> fonctionnement concluant sur un cas Tharsis hydro 61x61x61
             --> ne pas utiliser le cas FASTCASE trop instable avec traceurs
             --> reste a tester l'effet d'especes radiativement actives

             options dans namelist.input :
             mars = 0   ---> pas de traceurs
             mars = 1   ---> cycle de l'eau : water vapour + ice
             mars = 2   ---> cycle poussieres : un dust bin
             mars = 3   ---> cycle poussieres : dustq + dustn [NOUVELLE PHYS seulement] 
             mars = 11  ---> cycle de l'eau + poussieres [1+3] [NOUVELLE PHYS seulement]
                  NB: pour les deux derniers, reste un petit travail mineur sur qsurf
                                                 (voir dans module_lmd_driver.F)
             il faut definir conjointement le callphys.def associe et relancer real.exe
                         (sinon on transporte juste dynamiquement des 'dummy' traceurs) 
             il n'est necessaire de recompiler que si le nombre total de traceurs change

Fichiers a mettre a jour si l'on ajoute une option "mars" dans le Registry
--------------------------------------------------------------------------
Attention suivant les inputs GCM, il faut peut etre egalement changer
1. readmeteo.F90 dans PREP_MARS et 2. METGRID.TBL dans WPS/metgrid

M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/Registry/Registry.EM
---> definition du scenario et de l'ordre des traceurs dans SCALAR

M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/dyn_em/module_initialize_real.F
---> definition des interpolations verticales des champs de traceurs venant du GCM

M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/dyn_em/solve_em.F
---> definition du traitement a reserver aux bornes
---> --- dans les 4 scenarios precites, on passe aux bornes les champs du GCM
         [y compris QH2O_ICE contrairement a ce qui etait par defaut precedemment]
---> --- les lignes relatives a un flux nul aux bornes sont laissees a un cas hypothetique mars>50

M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/phys/module_lmd_driver.F
---> definition de l'ordre correct des traceurs pour le passage a la physique
---> recuperation des tendances de la physique pour passage a la dynamique
---> NB: c'est dans ce module que sont presents des STOP si mars = 4-10 ou mars > 11
         .... il faut donc modifier si l'on ajoute des options

M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/main/real_em.F
---> definition et calcul des champs a appliquer aux bornes
---> generalise desormais, il n'y a plus qu'a ajouter d'eventuelles nouvelles options 'mars'
---> .... des modifications sont necessaires si on passe plus de 4 traceurs aux bornes

M               75   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/runmeso
---> definition du bon nombre de traceurs dans la compilation de la physique puis l'execution
     [l'option mars est lue par le script dans namelist.input]

Fichiers tests
--------------
A                0   mesoscale/TESTS/newphys_tracers/*
---> pour la nouvelle physique (ici seulement les fichiers def)
---> toutes les options precitees ont ete testes avec succes a l'execution [pas de crash]
---> ... plausibilite physique verifiee rapidement, PAS d'ANALYSE APPROFONDIE pour le moment

A                0   mesoscale/TESTS/LMD_MM_MARS_TESTCASE_water.tar.gz
---> pour l'ancienne physique (introduit precedemment mais n'avait pas ete synchronise)

M               75   mars/libf/phymars/meso_dustlift.F
NB: correction mineure, de facon a recuperer alpha_lift de initracer


********************
**** commit_v97 ****
********************

Serie de modifs Sebastien Lebonnois

** Correction bug
**---------------

* Modif de bilan_dyn.F :
    - bug à la ligne 915: jjm et non jjp1...

** Modifs de dyn3d
**---------------

* Modif de leapfrog.F :
    - ajout test pk monotone

** Sortie des opacites plutot que des aerosols dans phytitan
**----------------------------------------------------------

* Modif de physiq.F :
    - ajout de variables et d'un common (pour variables venant de radtitan)

* Modif de ini/write_histmth.h
    - sorties des opacites (thv* et khv*)
    - commentaire de la sortie des q*

** Reglage .def
**---------------

* titan/physiq.def :
    - ajustement tx

** Sorties IOIPSL
**-----------------------

* Modif de phy[venus/titan]/physiq.F
    - suppression des REAL*4 lies aux sorties IOIPSL

* Modif de phy[venus/titan]/[ini/write]_hist*
    - suppression des variables intermediaires en REAL*4 lies aux sorties IOIPSL

** nqmx remplace par nqtot
**-----------------------

* Modif de phytitan/
  calchim.F,optci.F,optcv.F,pg3.F,physiq.F,phytrac.F,
  radlwsw.F,radtitan.F,rdf.F

* Modif de phyvenus/
  phytrac.F,testphys1d.F

** nettoyage
**-----------------------

* Suppression de phytitan/
  calchim.dbleprec,calchim.spleprec

** calendriers
**-----------------------

* Modif de dyn3d[par]/gcm.F:
  - calendriers: il faut une option dans ioconf_calendar pour definir
  les calendriers titan et venus
  - pour definition jD_ref et jH_ref: avertissement pour Venus et Titan
  - avertissement pour separation en annees

* Modif de deftank/[titan/venus]/run.def
  - ajout de calend => calend=titan ou venus
  - ajout de anneeref et raz_date

** Possibilite de tourner moins d'une journee
**-----------------------

* Modif de dyn3d[par]/leapfrog[_p].F
  - ajout de la possibilite de tourner moins d'1 jour

* Modif de dyn3d[par]/control_mod.F90
  - ajout de less1day et fractday

* Modif de dyn3d[par]/conf_gcm.F
  - definition/lecture de less1day et fractday

* Modif de deftank/venus/run.def
  - ajout de less1day et fractday

** suppression advtrac.h et control.h dans les phy*
**-----------------------

* Modif de : phy[venus/titan]/physiq.F
  - remplacement de #include "advtrac.h" par USE infotrac
  - remplacement de #include "control.h" par USE control_mod

* Modif de : phy[venus/titan]/phytrac.F 
  - remplacement de #include "advtrac.h" par USE infotrac
  - remplacement de #include "control.h" par USE control_mod

* Modif de : phy[venus/titan]/phyredem.F
 - remplacement de #include "control.h" par USE control_mod

** ajustements lecture des .def
**-----------------------

* Modif de phy[titan/venus]/conf_phys.F90
  - ajout de tous les parametres transferes de gcm.def dans physiq.def
  - utilisation de ecritphy: 
       pour Venus, frequence de sortie dans mth et ins
       pour Titan, frequence de sortie dans ins
  - suppression de zzz

* Modif de phy[titan/venus]/clesphys.h
  - mise a jour des declarations necessaires

** Elimination de clesphy0
**-----------------------

* Modif de : phy[titan/venus]/phyetat0.F
  - elimination de clesphy0, longcles

* Modif de : phy[titan/venus]/physiq.F
  - elimination de clesphy0, longcles

* Modif de dyn3d[par]/
  calfis.F, ce0l.F90, conf_gcm.F, gcm.F, leapfrog.F
  - elimination de clesphy0, longcles

** Ajustement format .h
**-----------------------

* Modif de phy[titan/venus]/clesphys.h (clesphys.inc elimine)

* Modif de phy[titan/venus]/YOMCST.h (YOMCST.inc elimine)

* Elimination de tous les YOETHF dans phy[titan/venus] et nettoyage de suphec.F

* Elimination de tous les FCTTRE dans phy[titan/venus]

* Modif de : phytitan/comorbit.h (comorbit.inc elimine)

** Controle de la remise a zero des varc
**-----------------------

* Modif de dyn3d[par]/sortvarc.F
  - ajout firstcal
  - ajout flag pour controle (resetvarc)
  - correction pour avoir le moment cinetique total absolu

* Modif de dyn3d[par]/conf_gcm.F
  - ajout flag pour controle (resetvarc)

* Modif de dyn3d[par]/control_mod.F90
  - ajout de resetvarc

* Modif de deftank/venus/run.def
  - ajout de resetvarc

* Modif de dyn3d[par]/sortvarc0.F
  - correction pour avoir le moment cinetique total absolu


*********************
**** commit_v101 ****
*********************

Serie de modifs Sebastien Lebonnois

Compilation de phyvenus, ça passe ! 
Modifs propagees a phytitan (sans compilation... a cause des routines C)
dans la v102.

Reste des chantiers a finir: 
- discretisation verticale
- sponge layer

*********************
**** commit_v104 ****
*********************

SLebonnois: modification de makelmdz et create_make_gcm pour pouvoir 
compiler la chimie titan. Pas de raison que ca gene les autres.
Dans cette version, les compilations de Venus et Titan fonctionnent.

Phytitan: modifications pour pouvoir compiler correctement.
Il ne manque plus que physiq.F a faire.
---
Fait:
Avec la v105, la compilation Titan se fait sans problemes.

**-----------
(commit 106: ajustements dans phytitan)
**-----------
- Sorties des opacites (*_hist*.h)
- g(z) pris en compte (physiq.F, zzlay)
- correction topo (physiq.F, zzlev(i,1))
- correction lell.F et lell_light.F (et aussi radtitan.F du coup)
- remise a jour des sorties
- suphec.F : RDAY=1.37889e6 et non RSIDAY
**-----------

*********************
**** commit_v108 ****
*********************

Modifs Sebastien Lebonnois dans dyn3d[par] pour sponge layer et dissip horizontale.

** Correction bug
**---------------

* Modif de dyn3d[par]/calfis[_p].F
  => ztfi doublement incremente...

** Sponge layer
**-------------

* Modif de dyn3d[par]/leapfrog[_p].F
  Utilisation de d*top dans appel a top_bound.F
  Initialisation des d* (dis, fi, top)

* Modif de dyn3d[par]/top_bound[_p].F
  Implementation de mode_top_bound
  Pas d'incrementation

* Modif de dyn3d[par]/conf_gcm.F
  Parametres de top_bound

* Modif de dyn3d[par]/comconst.h
  Parametres de top_bound

* Modif de deftank/[titan/venus]/gcm.def
  Ajout ok_strato
  Ajout parametres de top_bound

* Ecriture doc
  Ajout top_bound.tex (et .pdf) dans la documentation.

** Dissipation horizontale
**------------------------

* Modif de dyn3d[par]/inidissip.F
  passage a dissip_fac_mid automatique
  passage a dissip_fac_up sur modele martien si ok_strato

* Modif de dyn3d[par]/conf_gcm.F
  Parametres dissip_*

* Modif de dyn3d[par]/comconst.h
  Parametres dissip_*

* Modif de deftank/[titan/venus]/gcm.def
  Ajout parametres dissip_*   !!! REGLAGES A FAIRE !!!

* Ecriture doc
  Ajout dissip_horiz.tex (et .pdf) dans la documentation.

****************************
**** commit_v109 (+110) ****
****************************

** Discretisation verticale
**-----------------------

* Modif de dyn3d[par]/iniconst.F
  Appel de disvert_[no]terre mis sous flag planet_type

* Modif de dyn3d[par]/disvert.F90
  Renomme disvert_terre.F90

* Ajout de dyn3d[par]/disvert_noterre.F
  Correspond au disvert pour Titan et Venus (et Mars ? A verifier)
  Declaration aps et bps enlevee (=> comvert.h)

* Modif de dyn3d[par]/comvert.h
  Ajout de aps,bps
   => entraine la modif de limy.F(+par), vlsplt[_p].F, vlspltqs[_p].F, 

* Modif de dyn3d[par]/limy.F, vlsplt[_p].F, vlspltqs[_p].F, 
  Changement de aps en apps (et du coup, apn en appn)

* Ajout dyn3d[par]/exner_milieu.F (vient directement de mars/libf/dyn3d/)
  pour remplacer exner_hyb dans cas noterre

* Ajout dyn3dpar/exner_milieu_p.F 
  adapte de exner_milieu.F
  pour remplacer exner_hyb_p dans cas noterre

* Modif de dyn3d[par]/leapfrog[_p].F
  Appels à exner_hyb[_p]/exner_milieu[_p] mis sous flag planet_type.

* Ajout de disvert.tex[/.pdf] dans la doc

*********************
**** commit_v117 ****
*********************

M              116   mesoscale/LMD_MM_MARS/SRC/WRFV2/phys/module_lmd_driver.F
*** CORRECTION MAJEURE DE BUG : PSFC et TRACEURS PAS BIEN MIS A JOUR ***
- pdq au lieu de pdq*dt (dt = pas de temps dynamique)
- idem pour pdpsrf
IMPACT SURTOUT SUR LES SIMULATIONS LONGUES ET LES SIMULATIONS TACHE DE POUSSIERE (stage Julien)
TEST A EFFECTUER POUR LES SIMULATIONS CYCLE DE L'EAU

M              116   mars/libf/phymars/newsedim.F
M              116   mars/README
Correction de deux bugs dans newsedim.F: 1-e(-x) trop faible et endif mal place

M              116   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/start.nc
A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM
A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/run.def
A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/traceur.def
A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/startfi72.nc
A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/start72.nc
A                0   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/DEFS_JB/SP51_HR_dq_r3.0n0.5a0.5_MY26_TM/callphys.def
M              116   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/traceur.def
M              116   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/startfi.nc
M              116   mesoscale/LMDZ.MARS.new/myGCM/callphys.def
M              116   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/compile
M              116   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/launch_gcm
M              116   mesoscale/LMD_MM_MARS/SIMU/in_lmdz_mars_newphys/myGCM/run_mcd_3days
Nouvelle base de donnees d'etats initiaux sans les nuages radiativement actifs

A                0   mesoscale/PLOT/SPEC/LES/turb_period_psfc.pro
A                0   mesoscale/PLOT/SPEC/LES/turb_inc.pro.new
M              116   mesoscale/PLOT/SPEC/GW/gravitwave2.pro
M              116   mesoscale/PLOT/SPEC/GW/gravitwaveprof.pro
Petites MAJ routines graphiques

*********************
**** commit_v119 ****
*********************

Sebastien Lebonnois: apres validation des versions Venus et Titan, 
correction d'un certain nombre de bugs.

*********************
**** commit_v124 ****
*********************

Ehouarn: suite de l'implémentation de la discrétisation verticale
-> insertion flag 'hybrid' pour discretisation verticale en sigma/hybrid
   dans disvert_noterre.F
-> ajout parametre 'scaleheight' (lu dans z2sig.def) dans comvert.h
-> quelques corrections de bug (en //), mais il faudra plus de travail
   pour atteindre la concordance entre versions séq. et //.
   
*********************
**** commit_v126 ****
*********************

Ehouarn: suite de l'implémentation de la discrétisation verticale, quelques
         mises à jour pour concorder avec la version terrestre.
-> Finalement, on met un flag "disvert_type" pour fixer la discrétisation
   disvert_type==1 (défaut si planet_type=="earth") pour cas terrestre
   disvert_type==2 (défaut si planet_type!="earth") pour cas planéto (z2sig.def)
-> au passage, pour rester en phase avec modèle terrestre on renomme
   disvert_terre en disvert (le disvert "alternatif" demeure 'disvert_noterre')

*********************
**** commit_v130 ****
*********************

Sebastien:

- correction de bugs dans phytitan suite a compil avec -debug sur gnome
- elimination de nbetat* dans gcm.F et leapfrog.F (et dans le parallele)
- correction rday -> rjour dans sortvarc.F
- ajustement des arch-GNOME*

*********************
**** commit_v137 ****
*********************

CHANGEMENT ARBORESCENCE DECIDEE EN REUNION SVN
voir svn log
voir DOC/000-MODELS

*********************
**** commit_v142 ****
*********************

LMD_LES_MARS: changement majeur pour pallier a plusieurs defauts penibles de la separation d'avec LMD_MM_MARS.
   --> le LES est maintenant inclus dans LMD_MM_MARS/SRC/LES [executer le script d'installation LMD_LES_MARS_install au prealable]
   --> il se compile avec le script makemeso dans $MMM en mettant l'option "-c les" qui cree un dossier particulier, e.g. lesmpi_64
   --> pour l'instant sont supportes : mpi_64, mpifort_64, ancienne et nouvelle physique, cas particulier ciclad (detecte automatiquement)
   --> le(s) script(s) makeles sont desormais obsoletes
   --> il n'y a plus qu'un seul Registry.EM a modifier pour le LES
       (eventuellment il est possible de modifier dans le dossier specifique en remplacant le lien par un fichier)
   --> disparition du dossier MESOSCALE/LMD_LES_MARS
   --> les changements ont ete fait sans modifier le script copy_model
   Il reste a verifier le bon fonctionnement de facon plus approfondie suite a ce changement de structure.
   Le nouveau script 'correcfft' est un sparadrap un peu moche mais sans consequence.

*********************
**** commit_v156 ****
*********************
changements pour pouvoir faire tourner le LES sans appel a la physique martienne
-- non teste mais fonctionne a priori egalement avec le MESOSCALE

*********************
**** commit_v234 ****
*********************
plus de meso_ files dans la physique martienne. physiq et inifis sont communs au GCM avec des precompiler flags.

*********************
**** commit_v270 ****
*********************
Ehouarn: mises à jour des dynamiques (seq et //) pour suivre les 
développements de LMDZ5 terrestre (LMDZ5 trunk, rev 1560)

* scripts & co.: changement (mineur) dans "makelmdz_fcm" et "makelmdz" et les
                 fichiers "arch*path" sur la façon dont sont définies et
                 utilisées les références à NetCDF

* dyn3d:
- advtrac.F devient advtrac.F90
- inidissip.F devient inidissip.F90 + utilisation de "dissip_period" au lieu de
  "idissip" et calcul automatique de "dissip_period" si dissip_period=0
  dans gcm.def
- iniacademic.F90 : adaptation pour aquaplanètes terrestres (iflag_phys>2)
- ajout de grilles_gcm_netcdf_sub.F90 (pas utile pour les planètes)
- leapfrog.F :ajout du logical 'physic' (pour régler l'appel à la physique,
  avec les cas particuliers aquaplanètes) + correction bug sur cumul des
  flux de masse pour l'advection des tracers.
- ini_paramLMDZ_dyn.h : remplacement de "idissip" par "dissip_period"
- comdissipn.h : passage a un format compatible fixe/libre
- control_mod.F90 : remplacement de "idissip" par "dissip_period"
- defrun.F : remplacement de "idissip" par "dissip_period"
- gcm.F : adaptations pour aquaplanètes terrestres (iflag_phys>2)
- iniconst.F : dtdiss est calculé dans inidissip.F90
- vlsplt.F : changements cosmetiques
- ce0l.F90 : ajout appel à grilles_gcm_netcdf_sub
- integrd.F : changements cosmetiques
- limit_netcdf.F90 : mise à jour de la version terrestre (pas important pour
                     les planètes)
- conf_gcm.F : ajout lecture du flag 'dissip_period' (au lieu de idissip) et
               du flag 'grilles_gcm_netcdf' (pas important pour les planètes)
- write_paramLMDZ_dyn.h : remplacement de "idissip" par "dissip_period"

*dyn3dpar:
- Idem que pour dyn3d pour le fichiers identiques entre dyn3d et dyn3dpar:
  comdissipn.h, control_mod.F90, iniconst.F, grilles_gcm_netcdf_sub.F90,
  ce0l.F90, inidissip.F90, iniacademic.F90, limit_netcdf.F90, conf_gcm.F,
  defrun.F
- advtrac_p.F devient advtrac_P.F90
- integrd_p.F : changements cosmetiques
- leapfrog_p.F90 : changements cosmetiques + correction bug sur cumul des
  flux de masse
- bilan_dyn_p.F : correction bug mineur
- exner_hyb_p.F : correction bug OMP majeur
- exner_milieu_p.F : correction bug OMP majeur

*********************
**** commit_v492 ****
*********************
Ehouarn: mises à jour des dynamiques (seq et //) pour suivre les 
développements de LMDZ5 terrestre (LMDZ5 trunk, rev 1605)

* grid:
- dimension/makdim: mise à jour du script + commentaires

* filtrez:
- filtreg_mod.F90: correction sur la taille des tableaux à allouer

* dyn3d:
- leapfrog.F : ajout possibilité de démarrer un run à n'importe quelle heure
- dynredem.F : ajout possibilité de démarrer à n'importe quelle heure +
              utilisation du flag "type_trac" au lieu de "config_inca"
- control_mod.F90 : ajout de "starttime", heure de départ
- dynetat0.F : ajout "start_time" dans tab_cntrl(32)
- gcm.F : utilisation du flag "type_trac" au lieu de "config_inca" +
          possibilité de démarrer à n'importe quelle heure
- ce0l.F : utilisation du flag "type_trac" au lieu de "config_inca"
- iniacademic.F90 : correction valeur de la pression de surface pour
                    aqua et terra-planètes
- conf_gcm.F : ajout lecture des flags "starttime" et "type_trac"
- infotrac.F : gestion des cas INCA et Reprobus
- temps.h : ajout de "start_time"

* dyn3dpar:
- Idem que pour dyn3d pour le fichiers identiques entre dyn3d et dyn3dpar:
  dynredem.F, control_mod.F90, dynetat0.F, iniacademic.F90
- temps.h : ajout de "start_time"
- conf_gcm.F : ajout lecture des flags "starttime" et "type_trac" et
               changement du nom du fichier de sortie "standard"
- gcm.F : utilisation du flag "type_trac" au lieu de "config_inca" +
          possibilité de démarrer à n'importe quelle heure
- parallel.F90 : gestion des sorties "standard" dans plusieurs fichiers (1 par
                 processus MPI)
- leapfrog_p.F : ajout possibilité de démarrer un run à n'importe quelle heure
                 et suppression de la variable "verbose"
- dynredem_p.F : ajout possibilité de démarrer à n'importe quelle heure +
                 utilisation du flag "type_trac" au lieu de "config_inca"
- ce0l.F : utilisation du flag "type_trac" au lieu de "config_inca"
- filtreg_p.F : ajout de flags cpp autour de l'utilisation de la BLAS et
                realisation des calculs via matmul() sinon

*********************
**** commit_v776 ****
*********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 1649):

* bibio:
- initdynav.F => initdynav.F90
- writedynav.F => writedynav.F90
- new_unit.F90 : added this new module
- nf95_get_var_m.F90 : added this new module
- netcdf95.F90, nf95_get_att_m.F90, nf95_gw_var_m.F90, nf95_put_var_m.F90,
  simple.F90 : updated as they were in LMDZ5

* dyn3d:
- guide_mod.F90 : keep up with minor changes (pressure_exner flag)
- inigrads.F : keep up with minor changes
- integrd.F : keep up with changes (get rid of finvmaold which was not used)
- calfis.F : keep up with minor changes (#CPP_...)
- iniacademic.F90 : keep up with minor changes (pressure_exner flag)
- inidissip.F90 : keep up with minor changes (simplify computation of zh)
- ce0l.F90 : keep up with minor changes
- dynetat0.F : keep up with minor changes (use netcdf90 function)
- iniconst.F => iniconst.F90 (+ introduce pressure_exner flag)
- exner_milieu.F : keep up with minor changes (can be used for all planets)
- exner_hyb.F : keep up with minor changes (can be used for all planets)
- gcm.F : keep up with minor changes (CPP_PHYS instead of CPP_EARTH)
- comvert.h : keep up with minor changes (pressure_exner flag)
- etat0_netcdf.F : keep up with minor changes (pressure_exner flag)
- wrgrads.F : keep up with minor changes (lnblnk => trim)
- disvert.F90 : keep up with changes (Earth version of disvert anyways)
- dynredem.F : keep up with minor changes (use netcdf90 functions)
- leapfrog.F : updates (get rid of finvmold , pressure_exner flag, updated
               computation of time, get rid of "dissipation bug"
               that kills 1+1=2 in dynamics)

* dyn3dpar:
- same updates as in dyn3 for routines : inigrads.F, iniacademic.F90,
  inidissip.F90, dynetat0.F, iniconst.F90, exner_milieu.F, exner_hyb.F,
  comvert.h, etat0_netcdf.F90, wrgrads.F, disvert.F90, dynredem.F
- guide_p_mod.F : keep up with minor changes (pressure_exner flag)
- gr_fi_dyn_p.F : keep up with minor changes (CPP_PHYS condition)
- gr_dyn_fi_p.F : keep up with minor changes (CPP_PHYS condition)
- integrd_p.F : keep up with changes (get rid of finvmaold which was not used)
- calfis_p.F : keep up with minor changes (CPP_PHYS condition)
- mod_interface_dyn_phys.F90 : keep up with minor changes (CPP_PHYS condition)
- ce0l.F : keep up with minor changes
- exner_milieu_p.F : keep up with minor changes (can be used for all planets)
- exner_hyb_p.F : keep up with minor changes (can be used for all planets)
- gcm.F : keep up with minor changes (CPP_PHYS)
- bands.F : keep up with minor changes (CPP_PHYS)
- dynredem_p.F : keep up with minor changes (use netcdf90 functions)
- leapfrog_p.F : updates (get rid of finvmold , pressure_exner flag, updated
                 computation of time, get rid of "dissipation bug"
                 that kills 1+1=2 in dynamics)

*********************
**** commit_v808 ****
*********************

For Venus (but should be done for Titan also, soon):

To be able to use start2archive.F and newstart-VT.F, the following routines are added in the phy* directory:
ini_archive.F
interp_vert.F
readstart.F
scal_wind.F
wind_scal.F
write_archive.F
writerestart.F

Also,  dyn3d/startvar.F90 and dyn3d/grid_noro have been transfered to the
phyvenus directory and adapted (mostly to remove the mask). They have also been removed from dyn3dpar.

start2archive.F and newstart-VT.F should be in dyn3d. However, they depend on the planet. For the moment, not put in the SVN depository...

For Titan: 

Update to be able to run clouds in the GCM. TO BE CHECKED !
- optc*_1pt3 replace optc*_1pt2 (called in optc*.F)
- use of effg (though effg=RG for the moment) everywhere it was already implemented. Beware that there are still lots of places where RG is used directly. Many modifications still to be done for variable g.
- added optcld.F90
- physiq.F, write_hist[day/mth].h : use of zlsm1 to get a correct average of Ls in the outputs when crossing the 360->0 transition.

+ some changes in NCL scripts...

*********************
**** commit_v841 ****
*********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 1678):
* dyn3d:
- leapfrog.F : jD_cur initialization for planet_type=generic ; 
               comment out calls to "ini_paramLMDZ_dyn.h" and
               "write_paramLMDZ_dyn.h" (unused outputs)
- comvert.h : add pseudoalt()
- comconst.h : add comments
- fxhyp.F : add modification (FH) to run with only 1 longitude point
- gcm.F : remove call to iniaqua.F + add iflag_phys argument to call
          to iniphysiq => adapt iniphysiq.F in "phyvenus" and "phytitan"
- dyetat0.F : adapt loading of "controle" start.nc file so it works for
              Earth/Venus/Titan and Mars/Generic planets.
- groupe.F : add modification (FH) to run with only 1 longitude point
- paramet.h : add modification (FH) to run with only 1 longitude point
- calfis.F : add planet_type=="generic" case call to physiq
- disvert_noterre.F : remove "pseudoalt" from local variables

* phyvenus/phytitan :
- iniphysiq.F : add the iflag_phys argument to routine input argument list

* dyn3dpar:
- identical changes to those in 'dyn3d' for comvert.h, comconst.h, paramet.h,
  fxhyp.F, dynetat0.F, disvert_noterre.F
- gcm.F : add possibility to call to iniphysiq.F for iflag_phys>=100 and
          remove call to iniaqua.F + add iflag_phys argument to call
          to iniphysiq
- leapfrog_p.F : add "physiq" logical (to control calls to physics) and
                 jD_cur initialization for planet_type=generic
- groupe_p.F : add modification (FH) to run with only 1 longitude point
- calfis_p.F : add planet_type=="generic" case call to physiq

* Important bug fix in leapfrog_p.F : moved compuation of tsurpk() so that
  it is done BEFORE the "Register Hallo" calls (prior to calling caldyn_p).
  Now dynamics in seq/MPI/OpenMP/mixed modes yield identical results when
  running in Newtonian mode (i.e. dynamics only).

*********************
**** commit_v979 ****
*********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 1760):
* General stuff (essentially to keep up with Earth model):
- Updated makelmdz_fcm and makelmdz (more control on dimension.h, 
  added option -mem, although it is not usefull for now)
- Updated build_gcm with more control over fcm
- Updated create_make_gcm (enable looking for code in subdirectories)

* bibio:
- updates (just renaming the files actually...) new_unit.F90 => new_unit_m.F90,
  pchsp_95.F90 => pchsp_95_m.F90 and pchfe_95.F90 => pchfe_95_m.F90

* filtrez:
- mod_fft.F90: use more baseline CPP directives for preprocessor compatibility
- mod_filtre_fft_loc.F90: added this new file
- filtreg_mod.f90: added calls to init_..._loc
- filtreg.F: fixed calls to DGEMM into SGEMM (preprocessing does the switch)

* dyn3d:
- removed obsolete files: etat0_netcdf.F90 limit_netcdf.F90
                          pres2lev.F90
- added new file : pres2lev_mod.F90 (module containing "old" pres2lev)
- gcm.F: changed args to call to inidissip (added arg "vert_prof_dissip")
- inidissip.F90: added arg "vert_prof_dissip" and the "earth model"
  discterizations (flagged with "planet_type=="earth")
- comdissnew.h: added 'vert_prof_dissip' to the common block
- guide_mod.F90: added the "use pres2lev_mod"
- conf_gcm.F: cosmetics, and evaluation of vert_prof_dissip,
  (and also of dissip_* factors, for Earth model)
- comconst.h : added dissip_factz,dissip_zref variables (for Earth mode dissip)

* dyn3dpar:
- removed obsolete files: etat0_netcdf.F90 limit_netcdf.F90
                          pres2lev.F90 mod_const_para.F90
- added new files: pres2lev_mod.F90 (module containing "old" pres2lev)
                   mod_const_mpi
- abort_gcm : better control of abort in parallel mode
- gcm.F: changed args to call to inidissip (added arg "vert_prof_dissip")
- inidissip.F90: added arg "vert_prof_dissip" and the "earth model"
  discterizations (flagged with "planet_type=="earth")
- comdissnew.h: added 'vert_prof_dissip' to the common block
- filtreg_p.F : bug correction (array bounds)
- guide_p_mod.F90 : added the "use pres2lev_mod"
- conf_gcm.F : cosmetics (and evaluation of vert_prof_dissip , and
               also of dissip_* factors, for Earth model)
               plus check if "adjust" is indeed not used in OpenMP
- comconst.h : add dissip_factz,dissip_zref variables (for Earth mode dissip)

**********************
**** commit_v1000 ****
**********************
Ehouarn: Some cleanup in the dynamics: ismax.F,ismin.F and cray.F (scopy/ssum)
moved to 'bibio' (rather than being in dyn3d and dyn3dpar).

**********************
**** commit_v1010 ****
**********************
Ehouarn: Improved sponge layer scheme (top_bound):
- Sponge tendencies are now computed analytically, instead than using
  a Forward Euler approximation.
- Sponge tendencies are now added within top_bound.

**********************
**** commit_v1017 ****
**********************
Ehouarn: Improved cpdet routines in // and additional sponge mode:
- Additionnal sponge mode (trigered with "callsponge" flag), in line with the one used
  in the Generic and Martian GCM. This sponge is called whenever there is a dissipation
  step.
- Improvement of the // cpdet routines : created routines tpot2t_glo_p and t2tpot_glo_p
  which handle fields on the whole dynamics (scaler) grid, which are more efficient than
  calling tpot2t_p or t2tpot_p with slabs of data (generated use of intermediate copies
  of these chunks of data at every call)
- Turned cpdet.F into a module cpdet_mod.F90 (and correspondingly adapted all routines
  in the Venus physics).

**********************
**** commit_v1019 ****
**********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 1845):
* General stuff:
- makelmdz_fcm: add options -j # (compile using # threads) and -full, and to keep up
   with Earth model, possibility to compile with various versions of orchidee
- bld.cfg: adaptations to enable compiling using multiple threads
- build_gcm: adaptations to enable compiling using multiple threads
- makelmdz: keep up with Earth model: possibility to compile with various versions of orchidee + cosmetic changes + library directory name change

* bibio:
- wxios.F90 : Added for possible future use of XIOS library

* filtrez:
- mkl_dft_type.f90 & mkl_dfti.f90 : MKL (for MKL FFT) interface definitions
- filtreg_mod : limit use of FFT to parallel mode
- mod_filtre_fft.F90 & mod_filtre_fft_lov.F90 : swich to use parallel_lmdz 

* dyn3d:
- abort_gcm.F : add things for xios
- advtrac.F90 : minor change in CFL outputs
- ce0l.F90 : indicesol.h is now module indice_sol_mod
- comvert.h : cosmetic change on comments
- gcm.F : add xios and use module indice_sol_mod (for INCA)
- inigeom.F : move two computations outside loop

* dyn3dpar:
- parallel.F90 => parallel_lmdz.F90 : and change all the "use parallel" into
  "use parallel_lmdz" in all files in dyn3dpar
- comvert.h : cosmetic change on comments
- gcm.F : add xios and use module indice_sol_mod (for INCA)
- leapfrog_p.F : add xios + correction for times in Newtonian case
- ce0l.F90 : indicesol.h is now module indice_sol_mod
- inigeom.F : move two computations outside loop

**********************
**** commit_v1056 ****
**********************

SL: Titan runs parallel !
To do this, I had to add the possibility to do zonal averages in calfis...
This is under flags moyzon_ch (chemistry) and moyzon_mu (microphysics).
These flags are false by default and are activated through physiq.def.
This should not be a problem for other users of LMDZ.COMMON

Also, you'll find updated arch files for GNOMEp_large using dynamic libraries that are located in the COMMON dir on "gnome".

Other Titan modifications: 
- use of tholin_cvd instead of tholin => xvis and xir read in physiq.def instead of initpar now (easier). These coeffs need to be adjusted for tholin_cvf... for the moment, they are =1.
- updated deftank. You can find a z2sig.def for 65 levels (10 additional levels above the usual model top)
- gravity waves parameterization is implemented but not usable yet !

**********************
**** commit_v1107 ****
**********************
Ehouarn: Updates and modifications to enable running Mars physics with
         LMDZ.COMMON dynamics:
- For compilation: adapted makelmdz, create_make_gcm and makelmdz_fcm, bld.cfg
  to compile aeronomy routines in "aerono$physique" if it exists,
  and added "-P -traditional" preprocessing flags in "arch-linux-ifort*"
- Added function "cbrt.F" (cubic root) in 'bibio'
- Adapted the reading/writing of dynamics (re)start.nc files for Mars. The main
  issue is that different information (on time, reference and current) is 
  stored and used differently, hence a few if (planet_type =="mars") here and
  there. Moreover in the martian case there is the possibility to store fields
  over multiple times.
  Some Mars-specific variables (ecritphy,ecritstart,timestart) added in 
  control_mod.F and (hour_ini) in temps.h

**********************
**** commit_v1189 ****
**********************
Ehouarn : updates in the dynamics:
- Correctly account for the change in pressure, masse, etc. after modifying surface
  pressure following a call to the physics
- Corrected tracer advection, which is computed using values at the beginning of the
  time step, so it is done at Matsuno forward step.

**********************
**** commit_v1300 ****
**********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 1955):
* compilation:
- bld.cfg : adaptations for XIOS and SISVAT (Earth physics sub-package).
- makelmdz_fcm : adaptations for XIOS and SISVAT.
- makelmdz: adaptations for dyn3D_common and XIOS and SISVAT
- create_make_gcm : adaptations for dyn3d_common

* dyn3d_common :
- new directory which holds routines common to dyn3d and dyn3dpar:
  academic.h, adaptdt.F, advn.F, advx.F, advxp.F, advy.F, advyp.F, advz.F, advzp.F,
  bernoui.F, clesph0.h, coefpoly.F, com_io_dyn_mod.F90, comuforc_h.F90,
  comconst.h, comdissip.h, comdissipn.h, comdissnew.h, comgeom.h, 
  comgeom2.h, comvert.h, conf_planete.F90, control_mod.F90, convflu.F,
  convmas.F, coordij.F, covcont.F, covnat.F, cpdet_mod.F90, defrun.F, description.h,
  diagedyn.F, disvert.F90, disvert_noterre.F, diverg.F, divergf.F, diverg_gam.F,
  divergst.F, divgrad.F, divgrad2.F, dump2d.F, dynetat0.F, dynredem.F, ener.h, enercin.F, 
  exner_hyb.F,exner_milieu.F, extrapol.F, flumass.F, fxhyp.F, fxy.F, fxyhyper.F, 
  fxysinus.F, fyhyp.F, geopot.F, gr_dyn_fi.F, gr_ecrit_fi.F, gr_fi_dyn.F, gr_int_dyn.F, 
  gr_u_scal.F, grad.F, gradiv.F, gradiv2.F, gradsdef.h, grid_atob.F,
  grilles_gcm_netcdf.F, grilles_gcm_netcdf_sub.F90, heavyside.F, infotrac.F90,
  iniconst.F90, inidissip.F90, inigeom.F, inigrads.F, iniprint.h, initial0.F,
  inter_barxy_m.F90, interpost.F, interpre.F, invert_lat.F90, juldate.F,
  laplacien.F, laplacien_gam.F, laplacien_rot.F, laplacien_rotgam.F,
  limx.F, limy.F, limz.F, massbar.F, massbarxy.F, massdair.F, minmax.F,
  minmax2.F, nxgrad.F, nxgrad_gam.F, nxgradst.F, nxgrarot.F,nxgraro2.F,
  paramet.h, pbar.F, pentes_ini.F, ppm3d.F, prather.F, pres2lev_mod.F90,
  pression.F, psextbar.F, PVtheta.F, q_sat.F, ran1.F, relaxetat0.F,
  rotat.F, rotatf.F, rotat_nfil.F, rotatst.F, serre.h, sort.F,
  sortvarc.F, sortvarc0.F, temps.h, test_period.F, tidal_forces.F,
  tourabs.F, tourpot.F, traceurpole.F, tracstoke.h, ugeostr.F90, vitvert.F
  write_grads_dyn.h
- defrun.F: change abort() (not a Fortran standard) for abort_gcm()
- fxhyp.F : change abort() (not a Fortran standard) for abort_gcm()
- fyhyp.F : change abort() (not a Fortran standard) for abort_gcm()
- grid_atob.F : change abort() (not a Fortran standard) for abort_gcm()
- juldate.F : change dfloat() (not a Fortran standard) to dble()
- ran1.F better to use a "stop" instead of a "pause"
- dynetat0.F : change abort() (not a Fortran standard) for abort_gcm()
- dynredem.F : change abort() (not a Fortran standard) for abort_gcm()

* bibio:
- wxios.F90 : updates on handling xios outputs.

* dyn3d_par:
- mod_const_mpi.F90 : ajustments for XIOS.
- abort_gcm.F90 : cosmetic changes.
- gcm.F : adaptations for XIOS.
- leapfrog_p.F90 : adaptations for XIOS and for calls to bilan_dyn_p.
- parallel_lmdz.F90 : enable reading "omp_chunk" from def files. Adaptations for XIOS.
- conf_gcm.F90: remove "reading omp_chunk" from def files.
- bilan_dyn_p.F : corrections to make it work in MPI and OpenMP. >>> Earth version!!!
  >>> not the same as "bilan_dyn" in dyn3D !!
- guide_mod_p.F : update to keep up with Earth model 

* dyn3d:
- guide_mod.F : upate to keep up with Earth model

**********************
**** commit_v1302 ****
**********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 2070):
* compilation:
- bld.cfg : adaptations for compilation with RRTM and PRISM.
- makelmdz_fcm : adaptations for compilation with RRTM and OASIS-MCT ocean coupled mode
  and change handling of RRTM and SISVAT so that bld.cfg is never overwritten (as is the case
  for COSP), since bld.cfg is sometimes a link to the one located in LMDZ.COMMON.
- makelmdz : adaptations for compilation with RRTM and in 1D, and some cleanup.
- create_make_gcm : cleanup and improved scaning of dependencies 

* dyn3d_common:
- iniconst.F90 : change argument list in call to disvert
- disvert.F90 : change argument list; add "sima", "starto_**" cases
- grilles_gcm_netcdf.F : removed because obsolete
- q_sat.F : made free-form compatible
- exner_hyb_m.F90 : now a module; some cleanup around beta and alpha;
  made pkf an optional argument and removed the averaging of pks at the poles (because was
  is not necessary; note that it changes model results wrt previous versions of code)
- exner_milieu_m.F90 : now a module; some cleanup around beta and alpha;
  made pkf an optional argument and removed the averaging of pks at the poles (because was
  is not necessary; note that it changes model results wrt previous versions of code)
- iniacademic.F90 : adaptations for changes with exner_* routines
- removed PVtheta.F and tourabs.F

* dyn3dpar :
- parallel_lmdz.F90 : updates for XIOS and Oasis-MCT coupler
- mod_const_mpi.F90 : updates for XIOS and Oasis-MCT coupler
- conf_gcm.F : remove obsolete "grilles_gcm_netcdf" flag
- logic.h : remove obsolete "grilles_gcm_netcdf" flag
- ce0l.F : follow up on updates from Earth model
- leapfrog_p.F : enable runing a number of dyn steps given by a negative "nday" value. Adaptations
  for exner_* routines. Add computation of geopotential before calling physics.
- gcm.F : enable runing a number of dyn steps given by a negative "nday" value
- guide_p_mod.F90 : follow up on updates from Earth model
- exner_hyb_p_m.F90 : now a module; some cleanup around beta and alpha;
  made pkf an optional argument and removed the averaging of pks at the poles (because was
  is not necessary; note that it changes model results wrt previous versions of code)
- exner_milieu_p_m.F90 : now a module; some cleanup around beta and alpha;
  made pkf an optional argument and removed the averaging of pks at the poles (because was
  is not necessary; note that it changes model results wrt previous versions of code)
- calfis_p.F : removed call to PVtheta

* dyn3d :
- conf_gcm.F : remove obsolete "grilles_gcm_netcdf" flag and made free-form compatible
  (because it is included in the 1D Earth model, which is free form)
- logic.h : remove obsolete "grilles_gcm_netcdf" flag
- ce0l.F : follow up on updates from Earth model
- leapfrog.F : enable runing a number of dyn steps given by a negative "nday" value. Adaptations
  for exner_* routines. Add computation of geopotential before calling physics.
- gcm.F : enable runing a number of dyn steps given by a negative "nday" value
- guide_mod.F90 : follow up on updates from Earth model
- calfis.F : removed call to PVtheta

* bibio :
- pres2lev_mod.F90 : move from dyn3d_common to bibio
- wxios.F90 : follow up on updates on XIOS usage

**********************
**** commit_v1391 ****
**********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 2200):
* compilation:
- create_make_gcm : added processing of .f & .f90 files (not just .F and .F90)
- makelmdz: add "mix" option for -io (ouptut with both IOIPSL and XIOS)
- makelmdz_fcm: add "mix" option for -io

* filtrez:
- acc.F and eigen.F : add "implicit none" and variable declarations

* bibio:
- handle_err_m.F90: replace "stop" with call to abort_gcm()
- i1mach.F, j4save.F: add "implicit none" and variable declarations
- xercnt.F, xermsg.F, xerprn.F, xersve.F, xgetua.F: add "implicit none" 
  and variable declarations

* dyn3d_common:
- disvert.F90 : added comments on meaning of "pa" variable
- grid_atob.F : better control on level of default ouputs
- infotrac.F90: update Earth-specific stuff (nqo water tracers)
- interpre.F: correction on the size of input array w
- juldate.F, massbar.F, ppm3d.F, ran1.F: add "implicit none"
  and variable declarations
- sortvarc.F: code cleanup
- iniacademic.F90: cleanup and extra sanity check.

* dyn3d:
- abort_gcm.F: additions for XIOS
- conf_gcm.F90: transformed to free form from conf_gcm.F
- gcm.F: added test to check that iphysiq is a multiple of iperiod
- getparam.F90, guidz_mod.F: update from LMDZ5
- integrd.F: replace stop with call_abort()

* dyn3dpar:
- abort_gcm.F: minor cleanup
- gcm.F: added test to check that iphysiq is a multiple of iperiod
- getparam.F90, guide_p_mod.F90: update from LMDZ5
- integrd_p.F: abort with call_abort when there is negative surface pressure
- leapfrog_p.F: add INCA specific stuff to keep up with current LMDZ5
- conf_gcm.F90: transformed to free form from conf_gcm.F

**********************
**** commit_v1395 ****
**********************
Ehouarn: some cleanup and tidying on the dynamics/physics interface.
Essentially affects the "iniphysiq" routine in all physics packages.

**********************
**** commit_v1403 ****
**********************
Ehouarn: Reorganizing the physics/dynamics interface.

* makelmdz and makelmdz_fcm scripts adapted to handle the new directory
  settings

* misc: (replaces what was the "bibio" directory)
- Should only contain extremely generic (and non physics or
  dynamics-specific) routines
- Therefore moved initdynav.F90, initfluxsto.F, inithist.F, writedynav.F90,
  write_field.F90, writehist.F to "dyn3d_common"

* dynlonlat_phylonlat: (new interface directory)
- This directory contains routines relevent to physics/dynamics grid
  interactions, e.g. routines gr_dyn_fi or gr_fi_dyn and calfis
- Moreover the dynlonlat_phylonlat contains directories "phy***" corresponding
  to each physics package "phy***" to be used. These subdirectories should
  only contain specific interfaces (e.g. iniphysiq) or main programs (e.g.
  newstart)

* phy***/dyn1d: this subdirectory contains the 1D model using physics
  from phy***

**********************
**** commit_v1441 ****
**********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 2250):
* compilation:
- added test in grid/dimension/makdim to check that # of longitudes
  is a multiple of 8

* dyn3d_common:
Bug correction concerning zoom (cf LMDZ5 rev 2218)
- coefpoly.F becomes coefpoly_m.F90 (in misc)
- fxhyp.F => fxhyp_m.F90 , fyhyp.F => fyhyp_m.F90
- new routines for zoom: invert_zoom_x_m.F90 and principal_cshift_m.F90  
- inigeom.F adapted to new zoom definition routines
- fluxstokenc.F : got rid of calls to initial0()

* dyn3d:
- advtrac.F90 : got rid of calls to initial0()
- conf_gcm.F90 : cosmetic changes and change in default dzoomx,dzoomy values
- guide_mod.F90 : followed updates from Earth Model
- gcm.F is now gcm.F90

* dyn3dpar:
- advtrac_p.F90, covcont_p.F90, mod_hallo.F90 : cosmetic changes
- conf_gcm.F90 : cosmetic and changed in default dzoomx,dzoomy values
- parallel_lmdz.F90 : updates to keep up with Earth model 

* misc:
- arth.F90 becomes arth_m.F90
- wxios.F90 updated wrt Earth model changes 
- nrtype.F90 and coefpoly_m.F90 added
- ran1.F, sort.F, minmax.F, minmax2.F, juldate.F moved over from dyn3d_common

**********************
**** commit_v1508 ****
**********************
Ehouarn: Updates in the dynamics (seq and //) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 2325):
IMPORTANT: Modifications for isotopes are only done in dyn3d, not in dyn3dpar
           as in LMDZ5 these modifications were done in dyn3dmem.
           Related LMDZ5 revisions are r2270 and r2281
* in dynlonlat_phylonlat:
- add module "grid_atob_m.F90" (a regridding utility
  so far only used by phylmd/ce0l.F90, used to be dyn3d_common/grid_atob.F)

* in misc:
- follow up updates on wxios.F (add missing_val module variable)

* in dyn3d_common:
- pression.F => pression.F90
- misc_mod.F90: moved from misc to dyn3d_common
- added new iso_verif_dyn.F 
- covcont.F => covcont.F90
- infotrac.F90 : add handling of isotopes (reading of corresponding
  traceur.def for planets not implemented)
- dynetat0.F => dynetat0.F90 with some code factorization
- dynredem.F => dynredem.F90 with some code factorization
- added dynredem_mod.F90: routines used by dynredem 
- iniacademic.F90 : added isotopes-related initialization for Earth case

* in dyn3d:
- added check_isotopes.F
- modified (isotopes) advtrac.F90, caladvtrac.F
- guide_mod.F90: ported updates
- leapfrog.F : (isotopes) updates (NB: call integrd with nqtot tracers)
- qminimium.F : adaptations for isotopes (copied over, except that #include
  comvert.h is not needed).
- vlsplt.F: adaptations for isotopes (copied over, except than #include
  logic.h, comvert.h not needed, and replace "include comconst.h" with 
  use comconst_mod, ONLY: pi)
- vlspltqs.F : same as vlsplt.F, but also keeping added modification for CP(T)

* in dyn3dpar:
- leapfrog_p.F: remove unecessary #ifdef CPP_EARTH cpp flag. and call
  integrd_p with nqtot tracers (only important for Earth)
- dynredem_p.F => dynredem_p.F90 and some code factorization
- and no isotopes-relates changes in dyn3dpar (since these changes
  have been made in LMDZ5 dyn3dmem).

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**** commit_v1521 ****
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Ehouarn: Updates to make planetary codes (+Earth) setups converge.
* Made a "phy_common" directory in libf, to contain routines common (wrt
  structural nature of underlying code/grid) to all LMDZ-related physics
  packages.
* moved all "mod_phys_*" and "mod_grid_phy_lmdz" files from dynlonlat_phylonlat
  to "phy_common"
* moved "ioipsl_getincom_p.F90 from "misc" to "phy_common" and modified
  it to match Earth GCM version and renamed it ioipsl_getin_p_mod.F90
* added an "abort_physics" (as in Earth GCM) in "phy_common"
* added a "print_control_mod.F90 (as in Earth GCM) in phy_common
* made similar changes in LMDZ.GENERIC and LMDZ.MARS

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**** commit_v1523 ****
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Ehouarn: More updates to make planetary codes (+Earth) setups converge.

* in dyn3d_common:
- convmas.F => convmas.F90
- enercin.F => enercin.F90
- flumass.F => flumass.F90
- massbar.F => massbar.F90
- tourpot.F => tourpot.F90
- vitvert.F => vitvert.F90

* in misc:
- move "q_sat" from "dyn3d_common" to "misc" (in Earth model, it is also called
  by the physics)
- move "write_field" from "dyn3d_common" to "misc"(may be called from physics
  or dynamics and depends on neither).

* in phy_common:
- move "write_field_phy" here since it may be called from any physics package)
- add module "regular_lonlat_mod" to store global information on lon-lat grid

* in dynlonlat_phylonlat/phy*:
- turn "iniphysiq.F90" into module "iniphysiq_mod.F90"
  (and of course adapt gcm.F[90] and 1D models accordingly)

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**** commit_v1524 ****
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Ehouarn: More updates to enforce dynamics/physics separation:
  get rid of references to "temps_mod" from physics packages;
  make a "time_phylmdz_mod.F90" module to store that
  information and fill it via "iniphysiq".

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**** commit_v1525 ****
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Ehouarn: Further adaptations to enforce dynamics/physics separation:
- get rid of references to "control_mod" from physics packages.

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**** commit_v1530 ****
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Ehouarn: Updates in the physics (Venus and Titan) to keep up with updates
in LMDZ5 (up to LMDZ5 trunk, rev 2350) concerning dynamics/physics separation:
- Adapted makelmdz and makelmdz_fcm script to stop if trying to compile
  1d model or newstart or start2archive in parallel.
- got rid of references to "dimensions.h" in physics.
  Within physics packages, use nbp_lon (=iim), nbp_lat (=jjmp1) and
  nbp_lev (=llm) from module mod_grid_phy_lmdz (in phy_common) instead.
  Only partially done for Titan, because of many hard-coded commons; a
  necessary first step will be to clean these up (using modules).

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**** commit_v1540 ****
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Ehouarn: Further adaptations to keep up with changes in LMDZ5 concerning
physics/dynamics separation:
- changed directory "dynlonlat_phylonlat" to "dynphy_lonlat" and adapted
  makelmdz and makelmdz_fcm scripts accordingly.
- added option "-libphy" to makelmdz_fcm to just build a physics library,
  without any main program (not operational yet; further cleanup in the
  physics required).
- moved "iniprint.h" from dyn3d_common to misc (NB: it is used in both physics
  and dynamics; this should be cleaned up further...)

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**** commit_v1543 ****
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Ehouarn: Further adaptations to keep up with changes in LMDZ5 concerning
physics/dynamics separation:
* dyn3d:
- adapted gcm.F so that all physics initializations are now done in iniphysiq.

* dyn3dpar:
- adapted gcm.F so that all physics initializations are now done in iniphysiq.
- updated calfis_p.F to follow up with changes.
- copied over updated "bands.F90" from LMDZ5.

* dynphy_lonlat:
- calfis_p.F90, mod_interface_dyn_phys.F90,
  follow up of changes in phy_common/mod_* routines

* phy_common:
- added "geometry_mod.F90" to store information about the grid (replaces
  phy*/comgeomphy.F90) and give variables friendlier names: rlond =>
  longitude , rlatd => latitude, airephy => cell_area,
  cuphy => dx , cvphy => dy
- added "physics_distribution_mod.F90"
- updated "mod_grid_phy_lmdz.F90", "mod_phys_lmdz_mpi_data.F90",
  "mod_phys_lmdz_para.F90", "mod_phys_lmdz_mpi_transfert.F90",
  "mod_grid_phy_lmdz.F90", "mod_phys_lmdz_omp_data.F90",
  "mod_phys_lmdz_omp_transfert.F90", "write_field_phy.F90"
  and "ioipsl_getin_p_mod.F90" to LMDZ5 versions.

* phy[venus/titan/mars/std]:
- removed "init_phys_lmdz.F90", "comgeomphy.F90"; adapted routines to use
  geometry_mod (longitude, latitude, cell_area, etc.)

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**** commit_v1545 ****
**********************
Ehouarn: Adaptation wrt previous changes for Titan and Venus where
longitude and latitude arrays (in phycommon/geometry_mod) were overwritten
with values from startphy.nc files, where values are given in degrees.
For the sake of homegeneity with other physics package, revert to "default"
behaviour: longitude/latitude are in radians and longitude_deg/latitude_deg
are in degrees.
Also added checking in phyetat0 that the longitude/latitude read in the
restartphy.nc files match the ones provided by the dynamics.

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**** commit_v1549 ****
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Ehouarn: Further adaptations to keep up with changes in LMDZ5 concerning
physics/dynamics separation (up to rev r2420 of LMDZ5)
* all physics packages:
- added module callphysiq_mod.F90 in dynphy_lonlat/phy*** which contains 
  the routine "call_physiq" which is called by calfis* and calls the 
  physics. This way different "physiq" routine from different physics 
  packages may be called: The calfis* routines now exposes all available 
  fields that might be transmitted to physiq but which is actually send 
  (ie: expected/needed by physiq) is decided in call_physiq.
- turned "physiq.F[90]" into module "physiq_mod.F[90]" for better control  
  of "physiq" arguments. for phyvenus/phytitan, extracted gr_fi_ecrit from
  physiq.F as gr_fi_ecrit.F90 (note that it can only work in serial).

* misc:
- updated wxios.F90 to keep up with LMDZ5 modifications.

* dyn3d_common:
- infotrac.F90 keep up with LMDZ5 modifications (cosmetics)

* dyn3d:
- gcm.F90: cosmetic cleanup.
- leapfrog.F90: fix computation of date as function of itau.

* dyn3dpar:
- gcm.F: cosmetic cleanup.
- leapfrog_p.F90: fix computation of date as function of itau.
    NB: physics are given the date corresponding to the end of the
    physics step.

* dynphy_lonlat:
- calfis.F : added computation of relative wind vorticity.
- calfis_p.F: added computation of relative wind vorticity (input required
  by Earth physics)

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**** commit_v1563 ****
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iniphysiq in all GCMs
---------------------

iniphysiq was performing two main tasks
- one that is planet-independent i.e. setting the physics grid and geometry
(we checked: the lines of code in phyxxx/iniphysiq_mod were doing
the exact same things)
- one that is planet-dependent i.e. time settings, planetary constants

now the planet-independent initialization is done by inigeomphy_mod
which is in dynphy_lonlat and the planet-dependent initialization is done
in the respective phyxxx folders

this commit is intended for interface lisibility and modular approach
following the framework adopted by Ehouarn in the last commits
it paves the path for a similar (and, now, easy) counterpart for mesoscale
models

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**** commit_v1572 ****
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Ehouarn: Further adaptations to keep up with changes in LMDZ5 concerning
physics/dynamics separation (up to rev r2500 of LMDZ5)

* arch:
- remove ifort debug option '-check all', replace it with
  '-check bounds,format,output_conversion,pointers,uninit' (i.e.
  get it to stop complaining about copying into temporary arrays)

* dyn3d_common:
- comconst_mod.F90 : add ngroup

* dyn3d:
- gcm.F90 : minor bug fix (arguments to a call_abort())
- leapfrog.F90 : recompute geopotential for bilan_dyn outputs
- conf_gcm.F90 : read "ngroup" from run.def
- groupe.F , groupeun.F : ngroup no longer a local parameter

* dyn3d_par:
- conf_gcm.F90 : read "ngroup" from run.def
- groupe_p.F , groupeun_p.F : ngroup no longer a local parameter

* misc:
- regr1_step_av_m.F90 : removed (not used)

* phy_common:
- mod_phys_lmdz_mpi_transfert.F90 , mod_phys_lmdz_mpi_data.F90 : change
  is_north_pole and is_south_pole to is_north_pole_dyn and is_south_pole_dyn
- mod_phys_lmdz_omp_data.F90 : introduce is_nort_pole_phy and is_south_pole_phy

* dynphy_lonlat:
- mod_interface_dyn_phys.F90 : use is_north_pole_dyn and is_south_pole_dyn
- calfis_p.F : use is_north_pole_dyn and is_south_pole_dyn

* phyvenus:
- physiq_mod , write_hist*.h : use is_north_pole_phy and is_south_pole_phy
  to correctly compute mesh area at poles to send to hist*nc files.

* phytitan:
- physiq_mod , write_hist*.h : use is_north_pole_phy and is_south_pole_phy
  to correctly compute mesh area at poles to send to hist*nc files.


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**** commit_v1573 ****
**********************
Cleanup concerning iniphysiq/inigeomphy initializations: initializations
related to routines in phy_common or dynphy_lonlat can be done in 
inigeomphy, but any initialization for modules/routines in a physics
package (directory phy***) must be done in the related phy***/iniphysiq
routine.

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**** commit_v1575 ****
**********************
Ehouarn: Further adaptations to keep up with changes in LMDZ5 concerning
physics/dynamics separation (up to rev r2575 of LMDZ5)

* dyn3d_common:
- infotrac.F90 : propagate initialisations for INCA (Earth GCM)

* misc:
- wxios.F90: updates to use the XIOS2 library

* dynphy_lonlat:
- grid_atob_m.F90: fix for some zoomed grid interpolation cases

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**** commit_v1576 ****
**********************
Ehouarn: Clean up the dynamics/physics interface to converge with LMDZ5;
get rid of tracerdyn parameter (which was supposed to send information
about wether tracers should be advected or not in the Mars and Generic
models).

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**** commit_v1592 ****
**********************
Ehouarn: Further adaptations to stick with LMDZ5 (at this point one can
compile phylmd, from LMDZ5 revision 2602, with LMDZ.COMMON!)

* dyn3d and dyn3dpar:
- removed ce0l.F90

* dyn3d_common:
- added conf_dat_m.F90 (for Earth model)
- modified diagedyn.F: hard coded constants for Earth and error message
  for other planets

* misc:
- added slopes_m.F90 and regr1_conserv_m.F90 used by Earth model

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**** commit_v1621 ****
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Ehouarn: Further work on full dynamics/physics separation.

LMDZ.COMMON:
- added phy_common/vertical_layers_mod.F90 to store information on vertical
  grid. This is where routines in the physics should get the information.
- The contents of vertical_layers_mod intialized via
  dynphy_lonlat/inigeomphy_mod.F90.

LMDZ.MARS:
- physics now completely decoupled from dynamics; the physics package
  may now be compiled as a library (-libphy option of makelmdz_fcm).
- created an "ini_tracer_mod" routine in module "tracer_mod" for a cleaner
  initialization of the later.
- removed some purely dynamics-related outputs (etot0, zoom parameters, etc.)
  from diagfi.nc and stats.nc outputs as these informations are not available
  in the physics.

LMDZ.GENERIC:
- physics now completely decoupled from dynamics; the physics package
  may now be compiled as a library (-libphy option of makelmdz_fcm).
- added nqtot to tracer_h.F90.
- removed some purely dynamics-related outputs (etot0, zoom parameters, etc.)
  from diagfi.nc and stats.nc outputs as these informations are not available
  in the physics.

LMDZ.VENUS:
- physics now completely decoupled from dynamics; the physics package
  may now be compiled as a library (-libphy option of makelmdz_fcm).
- added infotrac_phy.F90 to store information on tracers in the physics.
  Initialized via iniphysiq.
- added cpdet_phy_mod.F90 to store t2tpot etc. functions to be used in the
  physics. Initialized via iniphysiq. IMPORTANT: there are some hard-coded
  constants! These should match what is in cpdet_mod.F90 in the dynamics.
- got rid of references to moyzon_mod module within the physics. The 
  required variables (tmoy, plevmoy) are passed to the physics as arguments
  to physiq.

LMDZ.TITAN:
- added infotrac_phy.F90 to store information on tracers in the physics.
  Initialized via iniphysiq.
- added cpdet_phy_mod.F90 to store t2tpot etc. functions to be used in the
  physics.
- Extra work required to completely decouple physics and dynamics: moyzon_mod
  should be cleaned up and information passed from dynamics to physics as
  as arguments. Likewise moyzon_ch and moyzon_mu should not be queried from
  logic_mod (which is in the dynamics).

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**** commit_v1650 ****
**********************
Ehouarn: Further adaptations to stick with LMDZ5 (up to rev r2750)

* libf
- makelmdz[_fcm] : added Earth-specific "dust" and "strataer" cases and
                   -arch_path option
- bld.cfg : added dust and strataer cases

* dyn3d[par]
- conf_gcm.F90 : added read_orop parameter (Earth-related) for
                 loading subgrid orography parameters.
- guide[_p]_mod.F90: added output of nudging coefficients for winds
                     and temperature
- temps_mod.F90 : cosmetics/comments
- logic_mod.F90 : cosmetics/comments

* dyn3d_common
- comconst_mod.F90 : cosmetics/comments + added year_day module variable
- conf_planete.F90 : added year_day from comconst_mod as done in LMDZ5
- comvert_mod.F90 : cosmetics/comments
- infotrac.F90 : added "startAer" case to follow up with LMDZ5

* misc
- wxios.F90 : follow up on changes in LMDZ5

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**** commit_v1682 ****
**********************
Ehouarn: set things up to enable pluging physics with dynamico

* dyn3d
- gcm.F90 : move I/O initialization (dates) to be done before physics
            initialization

* dyn3dpar
- gcm.F : move I/O initialization (dates) to be done before physics
          initialization

* dynphy_lonlat:
- inigeomphy_mod.F90 : add ind_cell_glo computation and  transfer
                       to init_geometry

* phy_common:
- geometry_mod.F90 : add ind_cell_glo module variable to store global
                     column index
- print_control_mod.F90 : make initialization occur via init_print_control_mod
                          to avoid circular module dependencies
- init_print_control_mod.F90 : added to initialize print_control_mod module
                               variables
- mod_phys_lmdz_mpi_data.F90 : use print_control_mod (rather than iniprint.h)
- mod_phys_lmdz_para.F90 : use print_control_mod (rather than iniprint.h)
- mod_phys_lmdz_omp_data.F90 : add is_omp_master (alias of is_omp_root) module
                               variable and use print_control_mod (rather than
                               iniprint.h)
- physics_distribution_mod.F90 : add call to init_dimphy in
                                 init_physics_distribution
- xios_writefield.F90 : generic routine to output field with XIOS (for debug)

* misc:
- handle_err_m.F90 : call abort_physic, rather than abort_gcm
- wxios.F90 : updates to enable unstructured grids
   set module variable g_ctx_name to "LMDZ"
   wxios_init(): remove call to wxios_context_init
   wxios_context_init(): call xios_context_initialize with COMM_LMDZ_PHY
   add routine wxios_set_context() to get handle and set context to XIOS
   wxios_domain_param(): change arguments and generate the domain in-place
   add wxios_domain_param_unstructured(): generate domain for unstructured case
       NB: access is via "domain group" (whereas it is via "domain" in 
                                         wxios_domain_param)
* dynphy_lonlat/phy[std|mars|venus|titan]:
- iniphysiq_mod.F90 : Remove call to init_dimphy (which is now done in
                      phy_common/physics_distribution_mod.F90)

* phystd:
- ocean_slab_mod.F90 : call abort_physic, rather than abort_gcm
- inifis_mod.F90 : initialize print_control variables
- physiq_mod.F90 : add XIOS context initialization and finalization
- xios_output_mod.F90 : update initialize_xios_output initialization
                        of the horizontal domain

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**** commit_v1695 ****
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Reorganization of the way paths to external libraries are handles by makelmdz_fcm
and makelmdz. This will ease interfacing with Dynamico which follows simillar rules
with respect to a given external library ,e.g. for SOMELIBRARY, in the arch.path file:
SOMELIBRARY_LIBDIR="-L/path/to/the/library/libdir -L/possible/other/required/path"
SOMELIBRARY_LIB"-lsomelib -lsomeotherrequiredlib"
SOMELIBRARY_INCDIR"-I/path/to/the/library/incdir -I/possible/other/required/include/path"

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**** commit_v1696 ****
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Introducing an interface between Dynamico and LMDZ.COMMON physics packages:
directory ICOSA_LMDZ (and related ARCH directory). Compiling with Dynamico
requires having directories ICOSAGCM (dynamico dynamical core) and
IOIPSL alongside ICOSA_LMDZ.
Still quite experimental (and so far only tested on Ada with phystd physics)