source: lmdz_wrf/trunk/tools/read_ISD.py @ 664

Last change on this file since 664 was 578, checked in by lfita, 9 years ago

Adding a more appropriate way to include the 'desc' values as global attributes
File size: 28.0 KB
Line 
1# -*- coding: iso-8859-15 -*-
2# Python reader of ISD files
3## e.g. # read_ISD.py -c '#' -f 722317-13970-2005 -d description.dat -g true -t 19491201000000,seconds -s 'Baton Rouge METRO R,30.537,-91.147,23.2'
4import numpy as np
5from optparse import OptionParser
6import os
7from netCDF4 import Dataset as NetCDFFile
8
9main = 'read_ISD.py'
10errormsg = 'ERROR -- error -- ERROR -- error'
11warnmsg = 'WARNING -- warning -- WARNING -- warning'
12
13# version
14version=1.1
15
16# Filling values for floats, integer and string
17fillValueF = 1.e20
18fillValueI = -99999
19fillValueS = '---'
20
21# Length of the string variables
22StringLength = 200
23
24####### Different fixed tabuled values
25
26quality_vals = ['Passed gross limits check', 'Passed all quality control checks',    \
27  'Suspect', 'Erroneous',                                                            \
28  'Passed gross limits check , data originate from an NCDC data source',             \
29  'Passed all quality control checks, data originate from an NCDC data source',      \
30  'Suspect, data originate from an NCDC data source',                                \
31  'Erroneous, data originate from an NCDC data source',                              \
32  'Passed gross limits check if element is present' ]
33
34def searchInlist(listname, nameFind):
35    """ Function to search a value within a list
36    listname = list
37    nameFind = value to find
38    >>> searInlist(['1', '2', '3', '5'], '5')
39    True
40    """
41    for x in listname:
42      if x == nameFind:
43        return True
44    return False
45
46def set_attribute(ncvar, attrname, attrvalue):
47    """ Sets a value of an attribute of a netCDF variable. Removes previous attribute value if exists
48    ncvar = object netcdf variable
49    attrname = name of the attribute
50    attrvalue = value of the attribute
51    """
52    import numpy as np
53    from netCDF4 import Dataset as NetCDFFile
54
55    attvar = ncvar.ncattrs()
56    if searchInlist(attvar, attrname):
57        attr = ncvar.delncattr(attrname)
58
59    attr = ncvar.setncattr(attrname, attrvalue)
60
61    return ncvar
62
63def basicvardef(varobj, vstname, vlname, vunits):
64    """ Function to give the basic attributes to a variable
65    varobj= netCDF variable object
66    vstname= standard name of the variable
67    vlname= long name of the variable
68    vunits= units of the variable
69    """
70    attr = varobj.setncattr('standard_name', vstname)
71    attr = varobj.setncattr('long_name', vlname)
72    attr = varobj.setncattr('units', vunits)
73
74    return
75
76def remove_NONascii(string):
77    """ Function to remove that characters which are not in the standard 127 ASCII
78      string= string to transform
79    >>> remove_NONascii('Lluís')
80    Lluis
81    """
82    fname = 'remove_NONascii'
83
84    newstring = string
85
86    RTFchar= ['á', 'é', 'í', 'ó', 'ú', 'à', 'Ú', 'ì', 'ò', 'ù', 'â', 'ê', 'î', 'ÃŽ',  \
87      'û', 'À', 'ë', 'ï', 'ö', 'ÃŒ', 'ç', 'ñ','Ê', 'œ', 'Á', 'É', 'Í', 'Ó', 'Ú', 'À', \
88      'È', 'Ì', 'Ò', 'Ù', 'Â', 'Ê', 'Î', 'Ô', 'Û', 'Ä', 'Ë', 'Ï', 'Ö', 'Ü', 'Ç', 'Ñ',\
89      'Æ', 'Œ', '\n', '\t']
90    ASCchar= ['a', 'e', 'i', 'o', 'u', 'a', 'e', 'i', 'o', 'u', 'a', 'e', 'i', 'o',  \
91      'u', 'a', 'e', 'i', 'o', 'u', 'c', 'n','ae', 'oe', 'A', 'E', 'I', 'O', 'U', 'A', \
92      'E', 'I', 'O', 'U', 'A', 'E', 'I', 'O', 'U', 'A', 'E', 'I', 'O', 'U', 'C', 'N',\
93      'AE', 'OE', '', ' ']
94
95    Nchars = len(RTFchar)
96    for ichar in range(Nchars):
97        foundchar = string.find(RTFchar[ichar])
98        if foundchar != -1:
99            newstring = newstring.replace(RTFchar[ichar], ASCchar[ichar])
100
101    return newstring
102
103def read_description(fdobs, dbg):
104    """ reads the description file of the observational data-set
105    fdobs= descriptive observational data-set
106    dbg= boolean argument for debugging
107    * Each station should have a 'description.dat' file with:
108      institution=Institution who creates the data
109      department=Department within the institution
110      scientists=names of the data producers
111      contact=contact of the data producers
112      description=description of the observations
113      acknowledgement=sentence of acknowlegement
114      comment=comment for the measurements
115
116      MissingValue='|' list of ASCII values for missing values within the data
117        (as they appear!)
118      comment=comments
119
120      varN='|' list of variable names
121      varLN='|' list of long variable names
122      varU='|' list units of the variables
123      varBUFR='|' list BUFR code of the variables
124      varTYPE='|' list of variable types ('D', 'F', 'I', 'I64', 'S')
125      varOPER='|' list of operations to do to the variables to meet their units ([oper],[val])
126        [oper]=-,sumc,subc,mulc,divc (nothing, add, rest, multiply and divide)
127      varL='|' list of length of the sections for each variable within a given line (Fortran-like)
128
129      NAMElon=name of the variable with the longitude (x position)
130      NAMElat=name of the variable with the latitude (y position)
131      NAMEheight=ind_alt
132      NAMEtime=name of the varibale with the time
133      FMTtime=format of the time (as in 'C', 'CFtime' for already CF-like time)
134
135    """
136    fname = 'read_description'
137
138    descobj = open(fdobs, 'r')
139    desc = {}
140
141    namevalues = []
142
143    for line in descobj:
144        if line[0:1] != '#' and len(line) > 1 :
145            descn = remove_NONascii(line.split('=')[0])
146            descv = remove_NONascii(line.split('=')[1])
147            namevalues.append(descn)
148            if descn[0:3] != 'var':
149                if descn != 'MissingValue':
150                    desc[descn] = descv
151                else:
152                    desc[descn] = []
153                    for dn in descv.split('|'): desc[descn].append(dn)
154                    print '  ' + fname + ': missing values found:',desc[descn]
155            elif descn[0:3] == 'var':
156                desc[descn] = descv.split('|')
157            elif descn[0:4] == 'NAME':
158                desc[descn] = descv
159            elif descn[0:3] == 'FMT':
160                desc[descn] = descv
161
162    if dbg:
163        Nvars = len(desc['varN'])
164        print '  ' + fname + ": description content of '" + fdobs + "'______________"
165        for varn in namevalues:
166            if varn[0:3] != 'var':
167                print '    ' + varn + ':',desc[varn]
168            elif varn == 'varN':
169                print '    * Variables:'
170                for ivar in range(Nvars):
171                    varname = desc['varN'][ivar]
172                    varLname = desc['varLN'][ivar]
173                    varunits = desc['varU'][ivar]
174                    varsec = int(desc['varL'][ivar])
175                    if desc.has_key('varBUFR'): 
176                        varbufr = desc['varBUFR'][ivar]
177                    else:
178                        varbufr = None
179                    if desc['varOPER'] is not None:
180                        opv = desc['varOPER'][ivar]
181                    else:
182                        opv = None
183                    print '      ', ivar, varname+':',varLname,'[',varunits, \
184                       ']','bufr code:',varbufr,'oper:',opv
185
186    descobj.close()
187
188    return desc
189
190def value_fmt(val, miss, op, fmt):
191    """ Function to transform an ASCII value to a given format
192      val= value to transform
193      miss= list of possible missing values
194      op= operation to perform to the value
195      fmt= format to take:
196        'D': float double precission
197        'F': float
198        'I': integer
199        'I64': 64-bits integer
200        'S': string
201    >>> value_fmt('9876.12', '-999', 'F')
202    9876.12
203    """
204
205    fname = 'value_fmt'
206
207    aopers = ['sumc','subc','mulc','divc']
208
209    fmts = ['D', 'F', 'I', 'I64', 'S']
210    Nfmts = len(fmts)
211
212    if not searchInlist(miss,val):
213        if searchInlist(miss,'empty') and len(val) == 0: 
214            newval = None
215        else:
216            if op != '-':
217                opern = op.split(',')[0]
218                operv = np.float(op.split(',')[1])
219
220                if not searchInlist(aopers,opern):
221                    print errormsg
222                    print '  ' + fname + ": operation '" + opern + "' not ready!!"
223                    print '    availables:',aopers
224                    quit(-1)
225            else:
226                opern = 'sumc'
227                operv = 0.
228
229            if not searchInlist(fmts, fmt):
230                print errormsg
231                print '  ' + fname + ": format '" + fmt + "' not ready !!"
232                quit(-1)
233            else:
234                if fmt == 'D':
235                    opv = np.float32(operv)
236                    if opern == 'sumc': newval = np.float32(val) + opv
237                    elif opern == 'subc': newval = np.float32(val) - opv
238                    elif opern == 'mulc': newval = np.float32(val) * opv
239                    elif opern == 'divc': newval = np.float32(val) / opv
240                elif fmt == 'F':
241                    opv = np.float(operv)
242                    if opern == 'sumc': newval = np.float(val) + opv
243                    elif opern == 'subc': newval = np.float(val) - opv
244                    elif opern == 'mulc': newval = np.float(val) * opv
245                    elif opern == 'divc': newval = np.float(val) / opv
246                elif fmt == 'I':
247                    opv = int(operv)
248                    if opern == 'sumc': newval = int(val) + opv
249                    elif opern == 'subc': newval = int(val) - opv
250                    elif opern == 'mulc': newval = int(val) * opv
251                    elif opern == 'divc': newval = int(val) / opv
252                elif fmt == 'I64':
253                    opv = np.int64(operv)
254                    if opern == 'sumc': newval = np.int64(val) + opv
255                    elif opern == 'subc': newval = np.int64(val) - opv
256                    elif opern == 'mulc': newval = np.int64(val) * opv
257                    elif opern == 'divc': newval = np.int64(val) / opv
258                elif fmt == 'S':
259                    newval = val
260    else:
261        newval = None
262
263    return newval
264
265def writing_str_nc(varo, values, Lchar):
266    """ Function to write string values in a netCDF variable as a chain of 1char values
267    varo= netCDF variable object
268    values = list of values to introduce
269    Lchar = length of the string in the netCDF file
270    """
271
272    Nvals = len(values)
273    for iv in range(Nvals):   
274        if values[iv] is None:
275            stringv = 'None'
276        else:
277            stringv = values[iv] 
278        charvals = np.chararray(Lchar)
279        Lstr = len(stringv)
280        charvals[Lstr:Lchar] = ''
281
282        for ich in range(Lstr):
283            charvals[ich] = stringv[ich:ich+1]
284
285        varo[iv,:] = charvals
286
287    return
288
289def Stringtimes_CF(tvals, fmt, Srefdate, tunits, dbg):
290    """ Function to transform a given data in String formats to a CF date
291      tvals= string temporal values
292      fmt= format of the the time values
293      Srefdate= reference date in [YYYY][MM][DD][HH][MI][SS] format
294      tunits= units to use ('weeks', 'days', 'hours', 'minutes', 'seconds')
295      dbg= debug
296    >>> Stringtimes_CF(['19760217082712','20150213101837'], '%Y%m%d%H%M%S',
297      '19491201000000', 'hours', False)
298    [229784.45333333  571570.31027778]
299    """
300    import datetime as dt
301
302    fname = 'Stringtimes'
303
304    dimt = len(tvals)
305
306    yrref = int(Srefdate[0:4])
307    monref = int(Srefdate[4:6])
308    dayref = int(Srefdate[6:8])
309    horref = int(Srefdate[8:10])
310    minref = int(Srefdate[10:12])
311    secref = int(Srefdate[12:14])
312    refdate = dt.datetime( yrref, monref, dayref, horref, minref, secref)
313
314    cftimes = np.zeros((dimt), dtype=np.float)
315
316    Nfmt=len(fmt.split('%'))
317
318    if dbg: print '  ' + fname + ': fmt=',fmt,'refdate:',Srefdate,'uits:',tunits,    \
319      'date dt_days dt_time deltaseconds CFtime _______'
320    for it in range(dimt):
321
322# Removing excess of mili-seconds (up to 6 decimals)
323        if fmt.split('%')[Nfmt-1] == 'f':
324            tpoints = tvals[it].split('.')
325            if len(tpoints[len(tpoints)-1]) > 6:
326                milisec = '{0:.6f}'.format(np.float('0.'+tpoints[len(tpoints)-1]))[0:7]
327                newtval = ''
328                for ipt in range(len(tpoints)-1):
329                    newtval = newtval + tpoints[ipt] + '.'
330                newtval = newtval + str(milisec)[2:len(milisec)+1]
331            else:
332                newtval = tvals[it]
333            tval = dt.datetime.strptime(newtval, fmt)
334        else:
335            tval = dt.datetime.strptime(tvals[it], fmt)
336
337        deltatime = tval - refdate
338        deltaseconds = deltatime.days*24.*3600. + deltatime.seconds +                \
339          deltatime.microseconds/100000.
340        if tunits == 'weeks':
341            deltat = 7.*24.*3600.
342        elif tunits == 'days':
343            deltat = 24.*3600.
344        elif tunits == 'hours':
345            deltat = 3600.
346        elif tunits == 'minutes':
347            deltat = 60.
348        elif tunits == 'seconds':
349            deltat = 1.
350        else:
351            print errormsg
352            print '  ' + fname + ": time units '" + tunits + "' not ready !!"
353            quit(-1)
354
355        cftimes[it] = deltaseconds / deltat
356        if dbg:
357            print '  ' + tvals[it], deltatime, deltaseconds, cftimes[it]
358
359    return cftimes
360
361def additional_vars(string):
362    """ Function for the additional variables
363      string: sectino of the file line which has to be evaluated
364    """
365    fname = 'additional_vars'
366
367    Lstring=len(string)
368
369# Generic list of additional variables '-' for range of values
370    addvars0 = ['AA1-4', 'AB1', 'AC1', 'AD1', 'AE1', 'AG1', 'AH1-6', 'AI1-6', 'AJ1', \
371      'AK1', 'AL1-4', 'AM1', 'AN1', 'AO1-4', 'AP1-4', 'HPD', 'AU1-9', 'AW1-4',       \
372      'AX1-6', 'AY1-2', 'AZ1-2', 'CB1-2', 'CF1-3', 'CG1-3', 'CH1-2', 'CI1', 'CN1-4', \
373      'CO1-9', 'CR1', 'CT1-3', 'CU1-3', 'CV1-3', 'CW1-3', 'CX1-3', 'ED1', 'GA1-6',   \
374      'GE1', 'GF1', 'GG1-6', 'GH1', 'GJ1', 'GK1', 'GM1', 'GN1', 'GO1', 'GP1', 'GQ1', \
375      'GR1', 'HL1', 'IA1-2', 'IB1-2', 'IC1', 'KA1-4', 'KB1-3', 'KC1-2', 'KD1-2',     \
376      'KE1', 'KF1', 'KG1-2', 'MA1', 'MD1', 'ME1', 'MF1', 'MG1', 'MH1', 'MK1',        \
377      'MV1-7', 'MW1-7', 'OA1-3', 'OB1-2', 'OC1', 'OD1-3', 'OE1-3', 'RH1-3', 'SA1',   \
378      'ST1', 'UA1', 'UG1-2', 'WA1', 'WD1', 'WG1', 'WJ1', 'REM', 'EQD', 'N01-99',     \
379      'QNN']
380
381    addvars = []
382    for avar in addvars0:
383        if avar.find('-') == -1:
384            addvars.append(avar)
385        else:
386            totrange=avar.split('-')
387            erange = totrange[1]
388
389            if len(erange) > 1:
390                irange = totrange[0][1:3]
391            else:
392                irange = totrange[0][2:3]
393         
394            for ir in range(int(irange), int(erange)+1):
395                if len(erange) > 1:
396                    addvars.append(avar[0:1] + str(ir).zfill(2))
397                else:
398                    addvars.append(avar[0:2] + str(ir))
399
400#    print addvars
401# Looking for the variables
402    ichar=0
403
404    additionals = []
405    while ichar <= Lstring:
406        sec3 = string[ichar:ichar+3]
407        if searchInlist(addvars, sec3):
408            additionals.append(sec3)
409#            print '  ' , sec3, 'Additional!!'
410            ichar = ichar + 2
411
412        ichar = ichar + 1
413
414    return additionals
415
416def read_datavalues_conline(dataf, comchar, fmt, oper, Lv, miss, varns, dbg):
417    """ Function to read from an ASCII file values in ISH format (continuos line)
418      dataf= data file
419      comchar= list of the characters indicating comment in the file
420      dbg= debug mode or not
421      fmt= list of kind of values to be found
422      oper= list of operations to perform
423      Lv= length of the value section
424      miss= missing value
425      varns= list of name of the variables to find
426    """
427    fname = 'read_datavalues_conline'
428
429    ofile = open(dataf, 'r')
430    Nvals = len(fmt)
431
432    if oper is None:
433        opers = []
434        for ioper in range(Nvals):
435            opers.append('-')
436    else:
437        opers = oper
438
439    finalvalues = {}
440
441    iline = 0
442    for line in ofile:
443        line = line.replace('\n','').replace(chr(13),'')
444        Lline = len(line)
445        if not searchInlist(comchar,line[0:1]) and len(line) > 1:
446# Removing no-value columns
447            values = []
448
449            for ivar in range(Nvals):
450                if ivar == 0:
451                    isec = 0
452                else:
453                    isec = int(Lv[ivar-1])
454
455                esec = int(Lv[ivar])
456                val = line[isec:esec]
457
458                values.append(val)
459                if dbg: 
460                    print iline, varns[ivar],'value:',values[ivar],miss,opers[ivar], \
461                      fmt[ivar]
462
463                if iline == 0:
464                    listvals = []
465                    listvals.append(value_fmt(values[ivar], miss, opers[ivar],       \
466                      fmt[ivar]))
467                    finalvalues[varns[ivar]] = listvals
468                else:
469                    listvals = finalvalues[varns[ivar]]
470                    listvals.append(value_fmt(values[ivar], miss, opers[ivar],       \
471                      fmt[ivar]))
472                    finalvalues[varns[ivar]] = listvals
473# Additional variables
474            if Lline > esec and line[esec:esec+3] == 'ADD':
475                if iline == 0: print '  ' + fname + ': Additional variables!!'
476                ichar=esec+3
477                print '    ', additional_vars(line[esec+4:Lline+1])
478
479        else:
480# First line without values
481            if iline == 0: iline = -1
482   
483        iline = iline + 1
484
485    ofile.close()
486
487    return finalvalues
488
489def adding_station_desc(onc,stdesc):
490    """ Function to add a station description in a netCDF file
491      onc= netCDF object
492      stdesc= station description lon, lat, height
493    """
494    fname = 'adding_station_desc'
495
496    newvar = onc.createVariable( 'station', 'c', ('StrLength'))
497    newvar[0:len(stdesc[0])] = stdesc[0].replace('!', ' ')
498
499    newdim = onc.createDimension('nst',1)
500
501    newvar = objfile.createVariable( 'lonstGDM', 'c', ('nst','StrLength'))
502    Gv = int(stdesc[1])
503    Dv = int((stdesc[1] - Gv)*60.)
504    Mv = int((stdesc[1] - Gv - Dv/60.)*3600.)
505    writing_str_nc(newvar, [str(Gv)+"d" + str(Dv)+"m" + str(Mv)+'s'], StringLength)
506
507    if onc.variables.has_key('lon'):
508        print warnmsg
509        print '  ' + fname + ": variable 'lon' already exist !!"
510        print "    renaming it as 'lonst'"
511        lonname = 'lonst'
512    else:
513        lonname = 'lon'
514
515    newvar = onc.createVariable( lonname, 'f4', ('nst'))
516    basicvardef(newvar, lonname, 'longitude', 'degrees_West' )
517    newvar[:] = stdesc[1]
518
519    newvar = objfile.createVariable( 'latstGDM', 'c', ('nst','StrLength'))
520    Gv = int(stdesc[2])
521    Dv = int((stdesc[2] - Gv)*60.)
522    Mv = int((stdesc[2] - Gv - Dv/60.)*3600.)
523    writing_str_nc(newvar, [str(Gv)+"d" + str(Dv)+"m" + str(Mv)+'s'], StringLength)
524
525    if onc.variables.has_key('lat'):
526        print warnmsg
527        print '  ' + fname + ": variable 'lat' already exist !!"
528        print "    renaming it as 'latst'"
529        latname = 'latst'
530    else:
531        latname = 'lat'
532
533    newvar = onc.createVariable( latname, 'f4', ('nst'))
534    basicvardef(newvar, lonname, 'latitude', 'degrees_North' )
535    newvar[:] = stdesc[2]
536
537    if onc.variables.has_key('height'):
538        print warnmsg
539        print '  ' + fname + ": variable 'height' already exist !!"
540        print "    renaming it as 'heightst'"
541        heightname = 'heightst'
542    else:
543        heightname = 'height'
544
545    newvar = onc.createVariable( heightname, 'f4', ('nst'))
546    basicvardef(newvar, heightname, 'height above sea level', 'm' )
547    newvar[:] = stdesc[3]
548
549    return
550
551####### ###### ##### #### ### ## #
552
553strCFt="Refdate,tunits (CF reference date [YYYY][MM][DD][HH][MI][SS] format and " +  \
554  " and time units: 'weeks', 'days', 'hours', 'miuntes', 'seconds')"
555
556parser = OptionParser()
557parser.add_option("-c", "--comments", dest="charcom",
558  help="':', list of characters used for comments", metavar="VALUES")
559parser.add_option("-d", "--descriptionfile", dest="fdesc",
560  help="description file to use", metavar="FILE")
561parser.add_option("-f", "--file", dest="obsfile",
562  help="observational file to use", metavar="FILE")
563parser.add_option("-g", "--debug", dest="debug",
564  help="whther debug is required ('false', 'true')", metavar="VALUE")
565parser.add_option("-s", "--stationLocation", dest="stloc", 
566  help="',' list with Name, longitude, latitude and height of the station", metavar="VALUES")
567parser.add_option("-t", "--CFtime", dest="CFtime", help=strCFt, metavar="VALUE")
568(opts, args) = parser.parse_args()
569
570#######    #######
571## MAIN
572    #######
573
574ofile='ISD.nc'
575
576if opts.charcom is None:
577    print warnmsg
578    print '  ' + main + ': No list of comment characters provided!!'
579    print '    assuming no need!'
580    charcomments = []
581else:
582    charcomments = opts.charcom.split(':')   
583
584if opts.fdesc is None:
585    print errormsg
586    print '  ' + main + ': No description file for the observtional data provided!!'
587    quit(-1)
588
589if opts.obsfile is None:
590    print errormsg
591    print '  ' + main + ': ISD file not provided !!'
592    quit(-1)
593
594if opts.debug is None:
595    print warnmsg
596    print '  ' + main + ': No debug provided!!'
597    print "    assuming 'False'"
598    debug = False
599else:
600    if opts.debug == 'true':
601        debug = True
602    else:
603        debug = False
604
605if not os.path.isfile(opts.fdesc):
606    print errormsg
607    print '   ' + main + ": description file '" + opts.fdesc + "' does not exist !!"
608    quit(-1)
609
610if not os.path.isfile(opts.obsfile):
611    print errormsg
612    print '   ' + main + ": observational file '" + opts.obsfile + "' does not exist !!"
613    quit(-1)
614
615if opts.CFtime is None:
616    print warnmsg
617    print '  ' + main + ': No CFtime criteria are provided !!'
618    print "    either time is already in CF-format ('timeFMT=CFtime') in '" +        \
619      opts.fdesc + "'"
620    print "    or assuming refdate: '19491201000000' and time units: 'hours'"
621    referencedate = '19491201000000'
622    timeunits = 'hours'
623else:
624    referencedate = opts.CFtime.split(',')[0]
625    timeunits = opts.CFtime.split(',')[1]
626
627if opts.stloc is None:
628    print errornmsg
629    print '  ' + main + ': No station location provided !!'
630    quit(-1)
631else:
632    print opts.stloc.split(',')
633    stationdesc = [opts.stloc.split(',')[0], np.float(opts.stloc.split(',')[1]),     \
634      np.float(opts.stloc.split(',')[2]), np.float(opts.stloc.split(',')[3])]
635
636# Reading description file
637##
638description = read_description(opts.fdesc, debug)
639
640Nvariables=len(description['varN'])
641formats = description['varTYPE']
642
643if len(formats) != Nvariables: 
644    print errormsg
645    print '  ' + main + ': number of formats:',len(formats),' and number of ' +     \
646      'variables', Nvariables,' does not coincide!!'
647    print '    * what is found is _______'
648    if Nvariables > len(formats):
649        Nshow = len(formats)
650        for ivar in range(Nshow):
651            print '      ',description['varN'][ivar],':', description['varLN'][ivar],\
652               '[', description['varU'][ivar], '] fmt:', formats[ivar]
653        print '      missing values for:', description['varN'][Nshow:Nvariables+1]
654    else:
655        Nshow = Nvariables
656        for ivar in range(Nshow):
657            print '      ',description['varN'][ivar],':', description['varLN'][ivar],\
658               '[', description['varU'][ivar], '] fmt:', formats[ivar]
659        print '      excess of formats for:', formats[Nshow:len(formats)+1]
660
661    quit(-1)
662
663# Reading values
664##
665datavalues = read_datavalues_conline(opts.obsfile, charcomments, formats,            \
666  description['varOPER'], description['varL'], description['MissingValue'],          \
667  description['varN'], debug)
668
669# Total number of values
670Ntvalues = len(datavalues[description['varN'][0]])
671print main + ': total temporal values found:',Ntvalues
672
673objfile = NetCDFFile(ofile, 'w')
674
675# Creation of dimensions
676##
677objfile.createDimension('time',None)
678objfile.createDimension('StrLength',StringLength)
679
680# Creation of variables
681##
682for ivar in range(Nvariables):
683    varn = description['varN'][ivar]
684    print "  including: '" + varn + "' ... .. ."
685
686    if formats[ivar] == 'D':
687        newvar = objfile.createVariable(varn, 'f32', ('time'), fill_value=fillValueF)
688        basicvardef(newvar, varn, description['varLN'][ivar],                        \
689          description['varU'][ivar])
690        vals = np.array(datavalues[varn])
691        for iv in range(Ntvalues):
692            if vals[iv] is None: vals[iv] = fillValueF
693        newvar[:] = vals
694#        newvar[:] = np.where(datavalues[varn] is None, fillValueF, datavalues[varn])
695    elif formats[ivar] == 'F':
696        newvar = objfile.createVariable(varn, 'f', ('time'), fill_value=fillValueF)
697        basicvardef(newvar, varn, description['varLN'][ivar],                        \
698          description['varU'][ivar])
699        vals = np.array(datavalues[varn])
700        for iv in range(Ntvalues):
701            if vals[iv] is None: vals[iv] = fillValueF
702        newvar[:] = vals
703#        newvar[:] = np.where(datavalues[varn] is None, fillValueF, datavalues[varn])
704    elif formats[ivar] == 'I':
705        newvar = objfile.createVariable(varn, 'i', ('time'), fill_value=fillValueI)
706        basicvardef(newvar, varn, description['varLN'][ivar],                        \
707          description['varU'][ivar])
708# Why is not wotking with integers?
709        vals = np.array(datavalues[varn])
710        for iv in range(Ntvalues):
711            if vals[iv] is None: vals[iv] = fillValueI
712        newvar[:] = vals
713    elif formats[ivar] == 'S':
714        newvar = objfile.createVariable(varn, 'c', ('time','StrLength'))
715        basicvardef(newvar, varn, description['varLN'][ivar],                        \
716          description['varU'][ivar])
717        writing_str_nc(newvar, datavalues[varn], StringLength)
718
719# Time variable in CF format
720##
721if description['FMTtime'] == 'CFtime':
722    timevals = datavalues[description['NAMEtime']]
723    iv = 0
724    for ivn in description['varN']:
725        if ivn == description['NAMEtime']:
726            tunits = description['varU'][iv]
727            break
728        iv = iv + 1
729else:
730    # Time as a composition of different columns
731    tcomposite = description['NAMEtime'].find('@')
732    if tcomposite != -1:
733        timevars = description['NAMEtime'].split('@')
734
735        print warnmsg
736        print '  ' + main + ': time values as combination of different columns!'
737        print '    combining:',timevars,' with a final format: ',description['FMTtime']
738
739        timeSvals = []
740        if debug: print '  ' + main + ': creating times _______'
741        for it in range(Ntvalues):
742            tSvals = ''
743            for tvar in timevars:
744                tSvals = tSvals + datavalues[tvar][it] + ' '
745
746            timeSvals.append(tSvals[0:len(tSvals)-1])
747            if debug: print it, '*' + timeSvals[it] + '*'
748
749        timevals = Stringtimes_CF(timeSvals, description['FMTtime'], referencedate,      \
750          timeunits, debug)
751    else:
752        timevals = Stringtimes_CF(datavalues[description['NAMEtime']],                   \
753          description['FMTtime'], referencedate, timeunits, debug)
754
755    CFtimeRef = referencedate[0:4] +'-'+ referencedate[4:6] +'-'+ referencedate[6:8] +   \
756      ' ' + referencedate[8:10] +':'+ referencedate[10:12] +':'+ referencedate[12:14]
757    tunits = timeunits + ' since ' + CFtimeRef
758
759if objfile.variables.has_key('time'):
760    print warnmsg
761    print '  ' + main + ": variable 'time' already exist !!"
762    print "    renaming it as 'CFtime'"
763    timeCFname = 'CFtime'
764    newdim = objfile.renameDimension('time','CFtime')
765    newvar = objfile.createVariable( timeCFname, 'f8', ('CFtime'))
766    basicvardef(newvar, timeCFname, 'time', tunits )
767else:
768    timeCFname = 'time'
769    newvar = objfile.createVariable( timeCFname, 'f8', ('time'))
770    basicvardef(newvar, timeCFname, 'time', tunits )
771
772set_attribute(newvar, 'calendar', 'standard')
773newvar[:] = timevals
774
775# Global attributes
776##
777for descn in description.keys():
778    if descn[0:3] != 'var' and descn[0:4] != 'NAME' and descn[0:3] != 'FMT':
779        string=''
780        for sval in description[descn]:
781            string = string + str(sval) + ', '
782        set_attribute(objfile, descn, string)
783
784set_attribute(objfile,'author_nc','Lluis Fita')
785set_attribute(objfile,'institution_nc','Laboratoire de Meteorology Dynamique, ' +    \
786  'LMD-Jussieu, UPMC, Paris')
787set_attribute(objfile,'country_nc','France')
788set_attribute(objfile,'script_nc',main)
789set_attribute(objfile,'version_script',version)
790
791# Adding three variables with the station name, location, longitude, latitude and height
792adding_station_desc(objfile,stationdesc)
793
794objfile.sync()
795objfile.close()
796
797print main + ": Successfull generation of netcdf observational file '" + ofile + "' !!"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.