source: lmdz_wrf/trunk/tools/WRFLMDZ_regularout.py @ 1423

Last change on this file since 1423 was 177, checked in by lfita, 10 years ago

Adding 'WRFLMDZ_regularout.py' to provide regular (dx,dy,dz) files from LMDZ

output (klon, klev)

File size: 7.0 KB
Line 
1# Python script to transform from LMDZ output to regular output
2# L. Fita, LMD. Jussieu, September 2013
3#   On de coupling of WRF and LMDZ, matrices of (1,dimx*dimy,dimz) sizre are passed and therefore outputted with this shape.
4#     This script transform the LMDZ output to a regular (dimx,dimy,dimz) output
5#
6## export PATH=/u/lflmd/bin/gcc_Python-2.7.5/bin:${PATH}
7## e.g.: # WRFLMDZ_regularout.py -d 31,31 -f /d4/lflmd/etudes/WRF_LMDZ/test_phylmd/run/histmth.nc -o histins_reg.nc
8import numpy as np
9from netCDF4 import Dataset as NetCDFFile
10import os
11import re
12import nc_var_tools as ncvar
13from optparse import OptionParser
14
15main='WRFLMDZout_regularout.py'
16errormsg='ERROR -- error -- ERROR -- error'
17warnmsg='WARNING -- warning -- WARNING -- warning'
18
19####### ###### ##### #### #### ## #
20
21parser = OptionParser()
22parser.add_option("-d", "--dimensions", dest="dims",
23                  help="dimx,dimy", metavar="VALUES")
24parser.add_option("-f", "--LMDZ_file", dest="lfile",
25                  help="LMDZ file to use", metavar="FILE")
26parser.add_option("-o", "--output_file", dest="ofile",
27                  help="output file name to use", metavar="FILE")
28
29(opts, args) = parser.parse_args()
30
31#######    #######
32## MAIN
33    #######
34
35ofile=opts.ofile
36
37dimx=int(opts.dims.split(',')[0])
38dimy=int(opts.dims.split(',')[1])
39
40if not os.path.isfile(opts.lfile):
41    print errormsg
42    print '  ' + main + ' LMDZ file: "' + opts.lfile + '" does not exist !!'
43    print errormsg
44    quit(-1)
45
46objlfile = NetCDFFile(opts.lfile, 'r')
47
48# Checking dimensions. Remeber lat=(dimx*dimy)
49##
50varobj=objlfile.variables['lat']
51varinf = ncvar.variable_inf(varobj)
52if dimx*dimy != varinf.dims[0]:
53    print errormsg
54    print '  ' + main + ': given dimensions', dimx,',', dimy,                        \
55      'does not coincide with lat size: ',varinf.dims [0],'!!!'
56    quit(-1)
57
58# Checking dimensions. time
59##
60varobj=objlfile.variables['time_counter']
61varinf = ncvar.variable_inf(varobj)
62if varinf.dims[0] == 0:
63    print errormsg
64    print '  ' + main + ': variable "time_counter" does not have values!!!!'
65    quit(-1)
66
67objofile = NetCDFFile(opts.ofile, 'w')
68
69lfilevars = objlfile.variables
70for varn in lfilevars:
71    print '  Transforming "' + varn + '"...'
72    varobj=objlfile.variables[varn]
73
74    varinf = ncvar.variable_inf(varobj)
75
76    vardims = varinf.dims
77    vardimns = varinf.dimns
78    vartype = varinf.dtype
79    varattr = varinf.attributes
80
81# Checking dimensions
82##
83    newdimns = []
84    for vdim in vardimns:
85        objofiledimns = objofile.dimensions.keys()
86        if vdim == 'time_counter':
87            newvdim = 'time'
88        elif vdim == 'tbnds':
89            newvdim = 'bnds'
90        else:
91            newvdim = vdim
92
93        if not ncvar.searchInlist(objofiledimns, newvdim):
94            objvdim = objlfile.dimensions[vdim]
95            if vdim == 'lon':
96                dimsize = dimx
97            elif vdim == 'lat':
98                dimsize = dimy
99            else:
100                if objvdim.isunlimited():
101                    dimsize=None
102                else:
103                    dimsize = len(objvdim)
104
105            print '      Adding dimension "' + newvdim + '" size:', dimsize
106            dim = objofile.createDimension(newvdim, dimsize)
107        newdimns.append(newvdim)
108
109    newvardimns=tuple(newdimns)
110
111# Checking fill value
112##
113    if ncvar.searchInlist(varattr, '_FillValue'):
114        varfil = varobj._FillValue
115    else:
116        varfil = False
117
118    if varn == 'time_counter':
119        varn = 'time'
120    elif varn == 'time_counter_bnds':
121        varn='time_bnds'
122
123    varvalues = varobj[:]
124
125    varshape = varvalues.shape
126    Ndims = len(varshape)
127
128    regvardims = list(vardims)
129    for idim in range(varinf.Ndims):
130        if vardimns[idim] == 'lon':
131            regvardims[idim] = dimx
132        elif vardimns[idim] == 'lat':
133            regvardims[idim] = dimy
134        else:
135            regvardims[idim] = vardims[idim]
136
137    if varinf.Ndims != 0:
138        print '      Adding variable: "' + varn + '" shape: ', regvardims[0:varinf.Ndims]
139        newvar = objofile.createVariable(varn, vartype, newvardimns, fill_value=varfil)
140
141        if varinf.Ndims == 1:
142            varvals = np.zeros(regvardims[0], dtype=vartype) 
143            if varn == 'lon':
144                dlon=360./(dimx*1.)
145                print 'Computing the lon values centered at 180.!'
146                varvals=dlon/2. + dlon*np.array(range(dimx))
147                print varvals
148            elif varn == 'lat':
149                varvals = varvalues[dimx*np.array(range(dimy))]
150            elif varn == 'presnivs':
151                print varvalues
152                dimz=regvardims[0]
153                varvals = varvalues
154#                varvals = dimz*1.-np.array(range(dimz))*1.
155            else:
156                varvals = varvalues
157        elif varinf.Ndims == 2:
158            varvals = np.zeros((regvardims[0], regvardims[1]), dtype=vartype)
159            varvals = varvalues.reshape(regvardims[0], regvardims[1])
160        elif varinf.Ndims == 3:
161            varvals = np.zeros((regvardims[0], regvardims[1], regvardims[2]),        \
162              dtype=vartype)
163            varvals = varvalues.reshape(regvardims[0], regvardims[1], regvardims[2])
164        elif varinf.Ndims == 4:
165            varvals = np.zeros((regvardims[0], regvardims[1], regvardims[2],         \
166              regvardims[3]), dtype=vartype) 
167            varvals = varvalues.reshape(regvardims[0], regvardims[1], regvardims[2], \
168              regvardims[3])
169        elif varinf.Ndims == 5:
170            varvals = np.zeros((regvardims[0], regvardims[1], regvardims[2],         \
171              regvardims[3], regvardims[4]), dtype=vartype)
172            varvals = varvalues.reshape(regvardims[0], regvardims[1], regvardims[2], \
173              regvardims[3], regvardims[4])
174        elif varinf.Ndims == 6:
175            varvals = np.zeros((regvardims[0], regvardims[1], regvardims[2],         \
176              regvardims[3], regvardims[4], regvardims[5]), dtype=vartype)
177            varvals = varvalues.reshape(regvardims[0], regvardims[1], regvardims[2], \
178              regvardims[3], regvardims[4], regvardims[5])
179        else:
180            print errormsg
181            print '  variable size ',varinf.Ndims,' is not ready!!!!'
182
183    for attr in varattr:
184        newvarattrs = newvar.ncattrs()
185        attrv = varobj.getncattr(attr)
186        if not ncvar.searchInlist(newvarattrs, attr):
187            if attr == 'coordinates':
188                newattrv = attrv.replace('time_counter','time')
189                attrv = newattrv.replace('time_counter_bnds','time_bnds')
190                newattrv = attrv.replace('tbnds','bnds')
191                attrv = newattrv
192
193            newvar.setncattr(attr, attrv)
194
195    newvar[:] = varvals
196    objofile.sync()
197
198objofile.sync()
199lfilegattrs = objlfile.ncattrs()
200Nattrs = len(lfilegattrs)
201print '   Adding ', Nattrs,' global atributes'
202
203for attr in lfilegattrs:
204    attrv = objlfile.getncattr(attr)
205    atvar = ncvar.set_attribute(objofile, attr, attrv)
206
207objlfile.close()
208objofile.sync()
209objofile.close()
210
211print 'File "' + opts.ofile + '" succesffully created!'
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.