Changes between Version 2 and Version 3 of AquaplaneteDynamicoJeanZay

Timestamp:

May 18, 2020, 6:58:49 PM (4 years ago)

Author:

Ehouarn Millour

Comment:

--

AquaplaneteDynamicoJeanZay

@@ -6 +6 @@
 svn co --revision 3679 http://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ/LMDZ6/trunk LMDZ
 svn co --revision 1025 http://forge.ipsl.jussieu.fr/dynamico/svn/codes/icosagcm/trunk DYNAMICO
-svn co --revision 1868 http://forge.ipsl.jussieu.fr/heat/svn/codes/dynamico_lmdz/aquaplanet/XIOS
+svn co --revision 1868 http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver/svn/XIOS/trunk XIOS
 svn co --revision 431 http://forge.ipsl.jussieu.fr/heat/svn/codes/dynamico_lmdz/aquaplanet/IOIPSL
 svn co --revision 431 http://forge.ipsl.jussieu.fr/heat/svn/codes/dynamico_lmdz/aquaplanet/ICOSA_LMDZ
@@ -13 +13 @@
 
 == 2. Adaptations, modifications et ajouts à faire
-* Ajouter un fichier arch-X64_JEANZAY.fcm dans IOIPSL/arch/ (par exemple celui de ICOSAGCM/arch)
-* Ajouter des fichiers arch-X64_JEANZAY.env et arch-X64_JEANZAY.path dans ARCH/ (par exemple ceux de de ICOSAGCM/arch)
+* Ajouter un fichier arch-X64_JEANZAY.fcm dans IOIPSL/arch/ (par exemple celui de DYNAMICO/arch)
+* Ajouter des fichiers arch-X64_JEANZAY.env et arch-X64_JEANZAY.path dans ARCH/ (par exemple ceux de de DYNAMICO/arch)
 * Adapter les scripts "compile" et "make_icosa_lmdz" dans ICOSA_LMDZ/:
 {{{
@@ -58 +58 @@
 
 == 3. Mise en place la simulation
+Par exemple dans un répertoire "test_ini_aquaplanet" au même niveau que DYNAMICO, LMDZ, XIOS, etc.
+1. Récupérer exécutable et fichiers xml pour la dynamique
+{{{
+mv ../ICOSA_LMDZ/bin/icosa_lmdz.exe .
+cp ../DYNAMICO/xml/* .
+}}}
+Et adapter le fichier iodef.xml (pour y ajouter les références aux fichiers LMDZ):
+{{{
+    <context id="LMDZ" src="./context_lmdz.xml" /> 
+    <context id="LMDZ" src="./context_input_lmdz.xml"/>
+}}}
+2. Récupérer les fichiers xml de LMDZ:
+{{{
+cp ../LMDZ/DefLists/context_lmdz.xml .
+cp ../LMDZ/DefLists/context_input_lmdz.xml .
+cp ../LMDZ/DefLists/field_def_lmdz.xml .
+cp ../LMDZ/DefLists/field_def_cosp1.xml .
+cp ../LMDZ/DefLists/file_def_hist*xml .
+}}}
+Et corriger tous les "_auto_" qui y trainent...
+3. Faire les fichiers .def qui vont bien en précisant en particulier create_etat0_limit=y et iflag_phys = 101
+4. Ecrire le job qui va bien, par exemple:
+{{{
+#!/bin/bash
+#SBATCH -A dzt@cpu              # account on which the job should run
+#SBATCH --job-name=job.mpi      #job name
+#SBATCH --partition=cpu_p1       # job partition
+#SBATCH --ntasks=20                # number of MPI processes
+#SBATCH --ntasks-per-node=20       # number of MPI processes per node
+#SBATCH --hint=nomultithread       #no hyperthreading
+#SBATCH --time=00:45:00            # Max run time
+#SBATCH --output=job.mpi_%j.out  # job stdout file
+#SBATCH --error=job.mpi_%j.out   # job stderr file (same as stdout here)
+#SBATCH --exclusive             # to have the whole node
+
+#0. General stuff
+set -ex
+## environment
+module purge
+
+# go to job submission directory
+cd ${SLURM_SUBMIT_DIR}
+
+#1. Run GCM
+export OMP_NUM_THREADS=1
+source ../ARCH/arch-X64_JEANZAY.env
+#srun --label --multi-prog ./mpmd.conf > icosa_lmdz.out 2>&1 
+srun --label icosa_lmdz.exe > icosa_lmdz.out 2>&1
+}}}