Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/advtrac.F
===================================================================
--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/advtrac.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/advtrac.F	(revision 762)
@@ -8,7 +8,5 @@
      *                   p,  masse,q,iapptrac,teta,
      *                  flxw,
-     *                  pk,
-     *                  mmt_adj,
-     *                  hadv_flg)
+     *                  pk)
 #else
       SUBROUTINE advtrac(pbaru,pbarv ,
@@ -51,6 +49,4 @@
       REAL pk(ip1jmp1,llm)
 #ifdef INCA
-      INTEGER            :: hadv_flg(nqmx)
-      REAL               :: mmt_adj(ip1jmp1,llm,1)
       REAL               :: flxw(ip1jmp1,llm)
 #endif
@@ -215,5 +211,6 @@
 #ifdef INCA
        do iiq = iq+1, iq+3
-         q(:,:,iiq)=q(:,:,iiq)*mmt_adj(:,:,1)
+c         q(:,:,iiq)=q(:,:,iiq)*mmt_adj(:,:,1)
+          q(:,:,iiq)=q(:,:,iiq)*1
        enddo
 #endif
@@ -233,5 +230,6 @@
 #ifdef INCA
        do iiq = iq+1, iq+9
-         q(:,:,iiq)=q(:,:,iiq)*mmt_adj(:,:,1)
+c         q(:,:,iiq)=q(:,:,iiq)*mmt_adj(:,:,1)
+         q(:,:,iiq)=q(:,:,iiq)*1
        enddo
 #endif
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/advtrac.h
===================================================================
--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/advtrac.h	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/advtrac.h	(revision 762)
@@ -5,5 +5,7 @@
 c INCLUDE 'advtrac.h'
 
-      COMMON/advtr/iadv,hadv,vadv,tnom,tname,ttext,niadv
+      COMMON/advtr/iadv,hadv,vadv,tnom,tname,ttext,niadv,
+     &     nbtrac, nprath, mmt_adj, hadv_flg, vadv_flg, conv_flg, 
+     &     pbl_flg, tracnam
       INTEGER iadv(nqmx) ! indice schema de transport 
       INTEGER hadv(nqmx) ! indice schema transport horizontal 
@@ -13,3 +15,13 @@
       character*10 tname(nqmx) ! nom du traceur pour restart
       character*13 ttext(nqmx) ! nom long du traceur pour sorties
+
+
+      integer nbtrac
+      integer nprath
+      real    mmt_adj(iim+1,jjm+1,llm, 1) 
+      integer hadv_flg(nqmx)
+      integer vadv_flg(nqmx)
+      integer conv_flg(nqmx-2) 
+      integer pbl_flg(nqmx-2)
+      character*8 tracnam(nqmx-2) 
 c-----------------------------------------------------------------------
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/caladvtrac.F
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--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/caladvtrac.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/caladvtrac.F	(revision 762)
@@ -8,7 +8,5 @@
      *                   p ,masse, dq ,  teta,
      *                   flxw,
-     *                   pk,
-     *                   mmt_adj,
-     *                   hadv_flg)
+     *                   pk)
 #else
             SUBROUTINE caladvtrac(q,pbaru,pbarv ,
@@ -42,6 +40,4 @@
       REAL teta( ip1jmp1,llm),pk( ip1jmp1,llm)
 #ifdef INCA
-      INTEGER            :: hadv_flg(nqmx)
-      REAL               :: mmt_adj(iip1,jjp1,llm,1)
       REAL               :: flxw(ip1jmp1,llm)
 #endif
@@ -77,7 +73,5 @@
      *             p,  masse,q,iapptrac, teta,
      .             flxw,
-     .             pk,
-     .             mmt_adj,
-     .             hadv_flg)
+     .             pk)
 #else
       CALL advtrac( pbaru,pbarv, 
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/create_etat0_limit.F
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--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/create_etat0_limit.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/create_etat0_limit.F	(revision 762)
@@ -3,4 +3,7 @@
 !
        PROGRAM create_etat0_limit
+       USE dimphy
+       USE comgeomphy
+
 c
 c
@@ -18,5 +21,5 @@
 c
 c     on cree le masque dans etat0 que l'on passe ensuite dans limit pour 
-c     garder les cohérences
+c     garder les coherences
 
       LOGICAL interbar, extrap , oldice
@@ -25,8 +28,13 @@
 #include "paramet.h"
 #include "indicesol.h"
-#include "dimphy.h"
+cym#include "dimphy.h" 
       REAL :: masque(iip1,jjp1)
-      REAL :: pctsrf(klon, nbsrf)
+      REAL :: pctsrf(iim*(jjm-1)+2, nbsrf)
 
+      
+      call InitDimphy
+      call init_phys_openmp
+      call InitComgeomphy
+      
       WRITE(6,*) '  *********************  '
       WRITE(6,*) ' interbar = ',interbar
@@ -38,5 +46,6 @@
       WRITE(6,*) '  *********************  '
       WRITE(6,1)
-c
+      
+c     
       CALL  limit_netcdf ( interbar, extrap , oldice, masque, pctsrf )
 
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/etat0_netcdf.F
===================================================================
--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/etat0_netcdf.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/etat0_netcdf.F	(revision 762)
@@ -8,4 +8,5 @@
       USE startvar
       USE ioipsl
+      USE dimphy
       !
       IMPLICIT NONE
@@ -23,5 +24,5 @@
 #include "comconst.h"
 #include "indicesol.h"
-#include "dimphy.h"
+c#include "dimphy.h"
 #include "dimsoil.h"
 #include "temps.h"
@@ -510,5 +511,5 @@
 C verif que somme des sous surface = 1
 C
-      ji=count(abs(sum(pctsrf(1 : klon, 1 : nbsrf), dim = 2) - 1.0 ) 
+      ji=count( (abs( sum(pctsrf(1 : klon, 1 : nbsrf),dim=2))-1.0) 
      $    .GT. EPSFRA)
       IF (ji .NE. 0) THEN
@@ -671,7 +672,8 @@
       rnebcon = 0.0
       ratqs = 0.0
-      run_off_lic_0 = 0.0
+      run_off_lic_0 = 0.0 
 
 cIM   call phyredem("startphy.nc",phystep,radpas, co2_ppm, solaire,
+    
       call phyredem("startphy.nc",phystep,radpas,
      $    latfi, lonfi, pctsrf, tsolsrf, tsoil, tslab, seaice, 
@@ -683,5 +685,4 @@
      $    t_ancien, q_ancien, rnebcon, ratqs, clwcon,
      $    run_off_lic_0)
-      print*,'sortie phyredem'
 
 C     Sortie Visu pour les champs dynamiques
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/gcm.F
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--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/gcm.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/gcm.F	(revision 762)
@@ -9,5 +9,6 @@
       USE IOIPSL
 #endif
-
+      USE dimphy
+      USE comgeomphy
       IMPLICIT NONE
 
@@ -57,5 +58,5 @@
 #include "iniprint.h"
 #include "tracstoke.h"
-
+#include "advtrac.h"
 
       INTEGER         longcles
@@ -144,4 +145,15 @@
       dynhistave_file = 'dyn_hist_ave.nc'
 
+c initialisation Anne
+      hadv_flg(:) = 0.
+      vadv_flg(:) = 0.
+      conv_flg(:) = 0.
+      pbl_flg(:)  = 0. 
+      tracnam(:)  = '        ' 
+      nprath = 1
+      nbtrac = 0
+      mmt_adj(:,:,:,:) = 1
+
+
 c--------------------------------------------------------------------------
 c   Iflag_phys controle l'appel a la physique :
@@ -183,4 +195,20 @@
       CALL defrun( 99, .TRUE. , clesphy0 )
 #endif
+
+      call InitDimphy
+      call init_phys_openmp
+      call InitComgeomphy
+
+#ifdef INCA
+      call init_const_lmdz(nbtrac,anneeref,dayref,iphysiq,day_step,nday)
+      call init_inca_para(iim,jjm+1,klon2,phy_size,klon_para_nb)
+#endif
+
+c
+c
+c------------------------------------
+c   Initialisation partie parallele
+c------------------------------------
+
 c
 c
@@ -211,4 +239,8 @@
       endif
 
+#ifdef INCA
+      call init_inca_dim(klon,llm,iim,jjm,
+     $     rlonu,rlatu,rlonv,rlatv)
+#endif
 
 
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/guide.F
===================================================================
--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/guide.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/guide.F	(revision 762)
@@ -367,5 +367,4 @@
                 if (first.and.ini_anal) vcov(ij,l)=a
             enddo
-            if (first.and.ini_anal) vcov(ij,l)=a
          enddo
       endif
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/iniadvtrac.F
===================================================================
--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/iniadvtrac.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/iniadvtrac.F	(revision 762)
@@ -6,9 +6,4 @@
       subroutine iniadvtrac(nq)
       USE ioipsl
-#ifdef INCA
-      USE transport_controls, only : hadv_flg, vadv_flg
-      USE species_names
-      USE chemshut
-#endif
       IMPLICIT NONE
 c=======================================================================
@@ -59,4 +54,14 @@
       descrq(20)='SLP'
       descrq(30)='PRA'
+
+#ifdef INCA
+
+      CALL init_transport( 
+     $     hadv_flg,
+     $     vadv_flg,
+     $     conv_flg,
+     $     pbl_flg,
+     $     tracnam)
+#endif
 
 c-----------------------------------------------------------------------
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/leapfrog.F
===================================================================
--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/leapfrog.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/leapfrog.F	(revision 762)
@@ -7,7 +7,4 @@
      &                    time_0)
 
-#ifdef INCA
-      USE transport_controls, ONLY : hadv_flg, mmt_adj
-#endif
 
 cIM : pour sortir les param. du modele dans un fis. netcdf 110106
@@ -61,5 +58,5 @@
 #include "com_io_dyn.h"
 #include "iniprint.h"
-
+#include "advtrac.h"
 c#include "tracstoke.h"
 
@@ -297,7 +294,5 @@
      *                      p, masse, dq,  teta,
      .             flxw,
-     .             pk,
-     .             mmt_adj,
-     .             hadv_flg)
+     .             pk)
 #else
              CALL caladvtrac(q,pbaru,pbarv,
@@ -515,11 +510,11 @@
 
             IF( itau. EQ. itaufinp1 ) then  
-c$$$       write(79,*) 'ucov',ucov
-c$$$       write(80,*) 'vcov',vcov
-c$$$       write(81,*) 'teta',teta
-c$$$       write(82,*) 'ps',ps
-c$$$       write(83,*) 'q',q
-c$$$       WRITE(85,*) 'q1 = ',q(:,:,1)
-c$$$       WRITE(86,*) 'q3 = ',q(:,:,3)
+              write(79,*) 'ucov',ucov
+              write(80,*) 'vcov',vcov
+              write(81,*) 'teta',teta
+              write(82,*) 'ps',ps
+              write(83,*) 'q',q
+              WRITE(85,*) 'q1 = ',q(:,:,1)
+              WRITE(86,*) 'q3 = ',q(:,:,3)
 
               abort_message = 'Simulation finished'
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/limit_netcdf.F
===================================================================
--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/limit_netcdf.F	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/limit_netcdf.F	(revision 762)
@@ -5,5 +5,5 @@
 C
       SUBROUTINE limit_netcdf(interbar, extrap, oldice, masque, pctsrf)
-c
+      USE dimphy
       IMPLICIT none
 c
@@ -30,5 +30,5 @@
 #include "comgeom2.h"
 #include "comconst.h"
-#include "dimphy.h"
+cy#include "dimphy.h"
 #include "indicesol.h"
 c
Index: LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/write_paramLMDZ_dyn.h
===================================================================
--- LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/write_paramLMDZ_dyn.h	(revision 724)
+++ LMDZ4/trunk/libf/dyn3d/write_paramLMDZ_dyn.h	(revision 762)
@@ -120,5 +120,5 @@
      .               zx_tmp_2d,iip1*jjp1,ndex2d)
 c
-      zx_tmp_2d(1:iip1,1:jjp1)=ecritphy
+      zx_tmp_2d(1:iip1,1:jjp1)=FLOAT(ecritphy)
       CALL histwrite(nid_ctesGCM, "ecritphy", itau_dyn,
      .               zx_tmp_2d,iip1*jjp1,ndex2d)