Changeset 5464

Timestamp:

Jan 2, 2025, 10:16:57 AM (3 days ago)

Author:

fhourdin

Message:

$local -> $local_d + SPLA specific

File:

• BOL/LMDZ_Setup/setup.sh (modified) (21 diffs)

BOL/LMDZ_Setup/setup.sh

@@ -90 +90 @@
 #---------------------------------------------------------------------------
 
-  SIM=$(basename "$local")CTL  # name
+  SIM=$(basename "$local_d")CTL  # name
   phylmd="lmd" #option -p $phylmd for makelmdz
 
@@ -267 +267 @@
   echo "Installing model"
   cd "$LMDZD"
-  cp "$local/install_lmdz.sh" .
+  cp "$local_d/install_lmdz.sh" .
   chmod +x install_lmdz.sh
   local make_j=8
@@ -284 +284 @@
   set +o pipefail
   mv install_lmdz.sh install_lmdz.$$.sh
-  cd "$local"
+  cd "$local_d"
 }
 
@@ -290 +290 @@
 function setup_def() {  # modify various .def in ./DEF (+ xios xml )
 #---------------------------------------------------------------------------
-  cd "$local"
+  cd "$local_d"
 
   # Utilisation des .def_iso pour LMDZ-ISOtopes
@@ -310 +310 @@
   ######################################################################
   # Changements dans les fichiers DEF/*def
-  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
+  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local_d/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
   ######################################################################
 
@@ -364 +364 @@
   # COSP : ok_cosp desactive COSP si on a compile avec; il ne l'active pas si on a compile sans
   sed -i'' -e 's/ok_cosp.*.$/ok_cosp='$cosp'/' DEF/config.def
-  if [[ $cosp = "y" ]]; then \cp -f "$MODEL"/DefLists/cosp*.txt "$local"/DEF/; fi
+  if [[ $cosp = "y" ]]; then \cp -f "$MODEL"/DefLists/cosp*.txt "$local_d"/DEF/; fi
 
   # Sorties LMDZ en fonction de l'option "xios"
@@ -399 +399 @@
   ######################################################################
   # Si on tourne avec XIOS, mise a jour des fichiers context et field* dans XMLfilesLMDZ
-  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
+  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local_d/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
   ######################################################################
   if [[ $xios = y ]]; then
-    cp -f "$MODEL"/DefLists/context_lmdz.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
-    cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_lmdz.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
-    if [[ $cosp = y ]]; then cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_cosp1.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.; fi
+    cp -f "$MODEL"/DefLists/context_lmdz.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
+    cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_lmdz.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
+    if [[ $cosp = y ]]; then cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_cosp1.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.; fi
   fi
 }
@@ -423 +423 @@
       ce0l=${gcm/gcm/ce0l}
 
-      cd "$local"
+      cd "$local_d"
     fi
   elif [[ $init = 1 ]]; then
@@ -433 +433 @@
 function setup_simu() {
 #---------------------------------------------------------------------------
-  #SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR/$(basename "$local")"
+  #SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR/$(basename "$local_d")"
   SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR"
   SIMRUNDIR=$SIMRUNTOPDIR
@@ -443 +443 @@
   # Creation du repertoire $SIM s'il n'existe pas deja
   #####################################################################
-  if [[ ! -d $local/$SIM ]]; then
-    mkdir "$local/$SIM"
-    cd "$local"
+  if [[ ! -d $local_d/$SIM ]]; then
+    mkdir "$local_d/$SIM"
+    cd "$local_d"
 
     # Edit reb.sh
-    cp reb.sh "$local/$SIM/reb.sh"; chmod +x "$local/$SIM/reb.sh"
-    sed -i'' -e "s:^rebuild=.*.$:rebuild=$LMDZD/$LMDZname/modipsl/bin/rebuild:" "$local/$SIM/reb.sh"
-    enable_platform "$local/$SIM/reb.sh"
+    cp reb.sh "$local_d/$SIM/reb.sh"; chmod +x "$local_d/$SIM/reb.sh"
+    sed -i'' -e "s:^rebuild=.*.$:rebuild=$LMDZD/$LMDZname/modipsl/bin/rebuild:" "$local_d/$SIM/reb.sh"
+    enable_platform "$local_d/$SIM/reb.sh"
 
     # Copy .def
-    cp lmdz_env.sh "$local/$SIM/"
-    mkdir "$local/$SIM/DEF"; cp DEF/*def DEF/namelis* "$local/$SIM/DEF/"
+    cp lmdz_env.sh "$local_d/$SIM/"
+    mkdir "$local_d/$SIM/DEF"; cp DEF/*def DEF/namelis* "$local_d/$SIM/DEF/"
     #Pour XIOS, respectivement COSP, copier aussi les fichiers *xml / *txt
-    if [[ $cosp = "y" ]]; then cp DEF/cosp*txt "$local/$SIM/DEF/"; fi
+    if [[ $cosp = "y" ]]; then cp DEF/cosp*txt "$local_d/$SIM/DEF/"; fi
     if [[ $xios = "y" ]]; then
-       cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml "$local/$SIM/DEF/"
-       if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml "$local/$SIM/DEF/"; fi
+       cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml "$local_d/$SIM/DEF/"
+       if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml "$local_d/$SIM/DEF/"; fi
     fi
-    chmod u+w "$local/$SIM"/DEF/*
+    chmod u+w "$local_d/$SIM"/DEF/*
 
     # Gestion du calendrier
@@ -482 +482 @@
     cp "$gcm" gcm.e
   fi
-  cd "$local"/..
+  cd "$local_d"/..
 
   #####################################################################
@@ -497 +497 @@
   -e "s/cpus-per-task=.*.$/cpus-per-task=$omp/" \
   -e "s/nthreads=.*./nthreads=$omp/" \
-  -e "s/MAINDIR=.*.$/MAINDIR=$(basename "$local")/" \
-  -e "s:STORED=.*.*:STORED=$(dirname "$local"):" \
+  -e "s/MAINDIR=.*.$/MAINDIR=$(basename "$local_d")/" \
+  -e "s:STORED=.*.*:STORED=$(dirname "$local_d"):" \
   -e "s:SCRATCHD=.*.*:SCRATCHD=$SIMRUNBASEDIR:" \
   -e "s/stopsim=.*.$/stopsim=$stopsim/" \
@@ -506 +506 @@
   -e "s/^climato=.*.$/climato=$climato/" \
   -e "s/^ok_guide=.*.$/ok_guide=$ok_guide/" \
-  "$local/script_SIMU" >| "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
+  "$local_d/script_SIMU" >| "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
 
   enable_platform "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
@@ -581 +581 @@
            mo_=$( increment_month $mo_ )
        done
+       cd $local_d ; ln -sf $LMDZ_INIT/3DInputData/SPLA_WA/ERA5 GUIDE
   fi
 }
@@ -587 +588 @@
 function run_sim_or_init() {
 #----------------------------------------------------------------------
-  cd "$local"
+  cd "$local_d"
 
   if [[ $init = 1 ]]; then
@@ -596 +597 @@
     # Creation du repertoire INIT et mise en place de liens logiques vers les starts
     # en anticipation de leur création :
-    mkdir "$local/$INIT"; cd "$local/$INIT"
+    mkdir "$local_d/$INIT"; cd "$local_d/$INIT"
     for an in $mthini $yearini; do for f in start startphy; do ln -s "$f.nc" "$f.$an.nc"; done; done
 
     # Creation du repertoire INIT temporaire et rapatriement des fichiers necessaires
     if [[ -d $SIMRUNDIR/$INIT ]]; then mv "$SIMRUNDIR/$INIT" "$SIMRUNDIR/$INIT$$"; fi
-    mkdir "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp -r "$local/DEF" "$SIMRUNDIR/$INIT/"
-    cd "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp DEF/*.def .; cp "$local/lmdz_env.sh" .
+    mkdir "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp -r "$local_d/DEF" "$SIMRUNDIR/$INIT/"
+    cd "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp DEF/*.def .; cp "$local_d/lmdz_env.sh" .
     if [[ $xios = "y" ]]; then
       cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml .
@@ -700 +701 @@
 # ANCIEN MULTI STEP   interp )
 if [[ $aerosols = clim ]]; then
-  cp $local/interp_aerosols.sh .; chmod +x interp_aerosols.sh
+  cp $local_d/interp_aerosols.sh .; chmod +x interp_aerosols.sh
   # Les aerosols de l'annee 2000 ont été remplacés par "9999" qui pointe vers un fichier moyen sur 1995-2014
   #for year in 2000 1850; do  ./interp_aerosols.sh \$year; done
@@ -708 +709 @@
 fi
 
-for f in sta* gri*nc; do cp \$f $local/$INIT/\$f; done
-if [[ $climato = 1 ]]; then cp limit.nc $local/$INIT/limit.nc; fi
-mkdir -p $local/$LIMIT
-for f in limit*.nc ; do cp \$f $local/$LIMIT/\$f; done
-if [ $aerosols = clim ]; then  for f in aerosols[.0-9]*nc; do cp \$f $local/$LIMIT/\$f; done; fi
+for f in sta* gri*nc; do cp \$f $local_d/$INIT/\$f; done
+if [[ $climato = 1 ]]; then cp limit.nc $local_d/$INIT/limit.nc; fi
+mkdir -p $local_d/$LIMIT
+for f in limit*.nc ; do cp \$f $local_d/$LIMIT/\$f; done
+if [ $aerosols = clim ]; then  for f in aerosols[.0-9]*nc; do cp \$f $local_d/$LIMIT/\$f; done; fi
 #
 cd $SIMRUNDIR
@@ -753 +754 @@
 #---------------------------------------------------------------------------
   if [[ $ok_guide = "y" && $init = 1 ]]; then
-    cd "$local"
+    cd "$local_d"
     enable_platform era2gcm_tuto.sh
     echo "Once initialisation is finished, you have to create nudging files"
@@ -772 +773 @@
   if [[ ! -f .lmdz_setup_root_dir ]]; then echo "STOP: setup.sh is not located in the root dir ??!!"; exit 1; fi
   # sed root_dir in lmdz_env.sh
-  sed -i'' "s<root_dir=.*<root_dir=$local<" lmdz_env.sh
+  sed -i'' "s<root_dir=.*<root_dir=$local_d<" lmdz_env.sh
 
   # Set up the appropriate environment
@@ -778 +779 @@
 }
 
-local=$(pwd)
+local_d=$(pwd)
 
 setup_and_load_lmdz_env