Index: BOL/LMDZ_Setup_amaury/main.sh =================================================================== --- BOL/LMDZ_Setup_amaury/main.sh (revision 4953) +++ BOL/LMDZ_Setup_amaury/main.sh (revision 4954) @@ -39,5 +39,5 @@ # Version of the tar file on https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/src # Last "testing" version, thoroughly checked by the LMDZ team : contains LMDZ rev 4729 (2023-10-22) -# TODO move to expert-level settings +# TODO move to expert-level settings ? version="20240308.trunk" #!! DON'T CHANGE IT WITHOUT CHECKING WITH LMDZ TEAM !! svn="" #!! DON'T CHANGE IT WITHOUT CHECKING WITH LMDZ TEAM !! @@ -48,7 +48,4 @@ # Grid number of points IMxJMxLM resol="144x142x79" - -# Whether to install the model: "-install" to install the model, else "" -install="-install" # Using XIOS for IOs: "-xios" for enabled, else "" @@ -133,6 +130,6 @@ # launching setup.sh with the options defined in this main.sh. # Remember: some other options are only available in lmdz_env.sh and setup.sh. - # TODO clarifier la diff entre $phys et $lmd_phys ? - ./setup.sh -v "$version" "$svn" -d "$resol" "$install" "$cosp" "$xios" -init "$init" -climato "$climato" "$nudging" -f "$freq" -mthini "$mthini" -mthend "$mthend" -p "$lmd_phys" -name "$name" + # shellcheck disable=SC2086 + ./setup.sh -v "$version" -d "$resol" -mthini "$mthini" -mthend "$mthend" -init "$init" -climato "$climato" -f "$freq" -p "$lmd_phys" -name "$name" $cosp $xios $nudging $svn else echo "File $deffile inexistent"; exit 1 Index: BOL/LMDZ_Setup_amaury/setup.sh =================================================================== --- BOL/LMDZ_Setup_amaury/setup.sh (revision 4953) +++ BOL/LMDZ_Setup_amaury/setup.sh (revision 4954) @@ -69,5 +69,5 @@ function load_install_lib { - # Fetch and source install_lmdz.sh + # Fetch and source install_lmdz.sh to get `myget` if [[ ! -f "install_lmdz.sh" ]]; then wget "http://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ/BOL/script_install_amaury/install_lmdz.sh" # TODO change to normal branch once ready @@ -103,4 +103,25 @@ LIMIT="LIMIT" + + ###################################################################### + # Choix du nombre de processeurs + # NOTES : + # omp=8 by default (for Jean-Zay must be a divisor of 40 procs/node), but we need + # omp=1 for SPLA (only MPI parallelisation) + # omp=2 for veget=CMIP6 beacause of a bug in ORCHIDEE/src_xml/xios_orchidee.f90 + ###################################################################### + jm=$(echo "$resol" | cut -dx -f2) + (( mpi = ( jm + 1 ) / 2 )) + omp=8 + if [[ $aerosols = "spla" ]]; then omp=1; fi + if [[ $veget = "CMIP6" && $xios = "y" ]]; then omp=2; fi + if [[ $mpi -gt $NB_MPI_MAX ]]; then mpi=$NB_MPI_MAX; fi + if [[ $omp -gt $NB_OMP_MAX ]]; then omp=$NB_OMP_MAX; fi + + case $rad in + oldrad) iflag_rrtm=0; NSW=2;; + rrtm) iflag_rrtm=1; NSW=6;; + ecrad) iflag_rrtm=2; NSW=6;; + esac } @@ -111,6 +132,6 @@ setup.sh can be launched/driven by main.sh; some options can only be specified in setup.sh (ex: veget, aerosols). setup.sh [-v version] [-r svn_release] [-init INIT] [-d 96x95x79] [-f mo] [-nudging] - "version" like 20150828.trunk; see https://lmdz.lmd.jussieu.fr/Distrib/LISMOI.trunk (default <$version>) - "svn_release" either the svn release number or "last" (default <$svn>) + -v "version" like 20150828.trunk; see https://lmdz.lmd.jussieu.fr/Distrib/LISMOI.trunk (default <$version>) + -r "svn_release" either the svn release number or "last" (default <$svn>) -d IMxJMxLM to run in resolution IM x JM x LM (default <$resol>) -install pour installer et compiler le modele @@ -138,5 +159,5 @@ "-mthini") mthini=$2; shift; shift;; "-mthend") mthend=$2; shift; shift;; - *) $0 -h; exit + *) echo "unexpected $1"; $0 -h; exit esac done @@ -206,5 +227,135 @@ ./install_lmdz_options.$$.sh mv install_lmdz.sh install_lmdz.$$.sh - cd - + cd "$local" +} + +function setup_def { # modify various .def (+ xios xml as needed) + cd "$local" + + # Utilisation des .def_iso pour LMDZ-ISOtopes + if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then + for file_iso in $(ls DEF | grep _iso); do + cp DEF/"$file_iso" DEF/"${file_iso%%_iso}" + done + fi + + ###################################################################### + # Choix de la grille verticale + ###################################################################### + lm=$(echo "$resol" | cut -dx -f3) + if [ ! -f "DEF/L$lm.def" ]; then + echo "STOP: Résolution verticale non prévue - créer un fichier DEF/L$lm.def"; exit 1 + else + sed -i'' -e "s/INCLUDEDEF=L.*.def/INCLUDEDEF=L$lm.def/" DEF/run.def + fi + + ###################################################################### + # Changements dans les fichiers DEF/*def + # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $WRK) + ###################################################################### + + # Choix du fichier traceur.def coherent avec l'option "aerosols" + # NOTE : Le nouveau tracer.def_nospla par defaut n'inclut pas Rn-Pb; + # si on les veut, il faut utiliser ci-dessous; a la place, tracer_RN_PB.def + #--------------------------------------------------------------------- + # NB: Si on change de traceur.def (entre spla et nospla), il faut refaire l'etape "initialisation" (ce0l)? + # Normalement les traceurs absents de start* files sont initialises=0 dans le code; verifier pour spla ! + if [[ $aerosols = "spla" ]]; then + # ancien traceur pour l instant + cp DEF/traceur.def_spla DEF/traceur.def + elif [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then + # nouveau traceur , déjà copié si 'y' + cp DEF/tracer.def_nospla DEF/tracer.def + fi + + # TEMPORAIREMENT pour spla on force l'utilisation de gcm.def_zNAfrica_BiJe (avec resolution 128x88x79) + #---------------------------------------------------------------------- + if [[ $aerosols = spla ]]; then cp DEF/gcm.def_zNAfrica_BiJe DEF/gcm.def; fi + + # Inscription du choix ok_guide dans DEF/guide.def + #--------------------------------------------------------------------- + sed -i'' -e 's/ok_guide=.*.$/ok_guide='$ok_guide'/' DEF/guide.def + + # Inscription du type de calendrier (qui est fonction de $climato) dans DEF/run.def + #--------------------------------------------------------------------- + # NB Contrairement a ce qui est ecrit dans les fichiers run.def standard, + # dans ce tutorial le choix earth_365d n'est pas disponible, et earth_366d s'appelle gregorian + if [[ $climato = 0 ]]; then calend="gregorian"; else calend="earth_360d"; fi + sed -i'' -e 's/calend=.*.$/calend='$calend'/' DEF/run.def + + # Changements dans config.def (pre-choisi, et regle pour output si utilisation avec IOIPSL) + # cf options veget, aerosols, cosp, xios + #--------------------------------------------------------------------- + if [[ $veget = NONE ]]; then VEGET="n"; else VEGET="y"; fi + sed -i'' -e 's/VEGET=.*.$/VEGET='$VEGET'/' DEF/config.def + + if [[ $aerosols = "n" ]]; then + # set flag_aerosols=0 and flags ok_ade&co=n + sed -i'' -e 's/^ok_cdnc=.*.$/ok_cdnc=n/' -e 's/^ok_ade=.*.$/ok_ade=n/' -e 's/^ok_aie=.*.$/ok_aie=n/' -e 's/^ok_alw=.*.$/ok_alw=n/' -e 's/^flag_aerosol=.*.$/flag_aerosol=0/' DEF/config.def + fi + + # COSP : ok_cosp desactive COSP si on a compile avec; il ne l'active pas si on a compile sans + sed -i'' -e 's/ok_cosp.*.$/ok_cosp='$cosp'/' DEF/config.def + if [[ $cosp = "y" ]]; then \cp -f "$MODEL"/DefLists/cosp*.txt "$local"/DEF/; fi + + # Sorties LMDZ en fonction de l'option "xios" + sed -i'' -e 's/ok_all_xml=.*.$/ok_all_xml='$xios'/' DEF/config.def + + # Ajuster physiq.def en fonction de radiative code (default: values for rad=rrtm) + # Pour isotopes=y , mettre iflag_ice_thermo=0 au lieu de 1 + #--------------------------------------------------------------------- + sed -i'' -e 's/iflag_rrtm=.*.$/iflag_rrtm='"$iflag_rrtm"'/' -e 's/NSW=.*.$/NSW='"$NSW"'/' DEF/physiq.def + sed -i'' -e 's:directory_name.*$:directory_name="'"$local"'/ecrad_data",:' DEF/namelist_ecrad + + if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then iflag_ice_thermo=0; else iflag_ice_thermo=1; fi + sed -i -e 's/iflag_ice_thermo=.*.$/iflag_ice_thermo='$iflag_ice_thermo'/' DEF/physiq.def + + # Choix de orchidee.def en fonction de orchidee_rev; modification pour xios + # NOTE separate orchidee_pft.def file for ORCHIDEE trunk post-CMIP6 + #--------------------------------------------------------------------- + orchidee_def=orchidee.def_6.1 + orchidee_pft_def="" + if [[ $veget = "7983" ]]; then + orchidee_def=orchidee.def_6.2work + elif [[ $veget = "7994" ]]; then + orchidee_def=orchidee.def_6.4work + orchidee_pft_def=orchidee_pft.def_6.4work + if ! grep "INCLUDEDEF=orchidee_pft.def" DEF/run.def; then + sed -i'' -e 's/INCLUDEDEF=orchidee.def/INCLUDEDEF=orchidee.def\nINCLUDEDEF=orchidee_pft.def/' DEF/run.def; fi + fi + cp -f DEF/$orchidee_def DEF/orchidee.def + if [[ $orchidee_pft_def != "" ]]; then cp -f DEF/$orchidee_pft_def DEF/orchidee_pft.def; fi + + # Only for veget=CMIP6 it is still possible to use IOIPSL; newer versions of orchidee.def have XIOS_ORCHIDEE_OK = y + sed -i'' -e 's/XIOS_ORCHIDEE_OK =.*.$/XIOS_ORCHIDEE_OK = '$xios'/' DEF/orchidee.def + + ###################################################################### + # Si on tourne avec XIOS, mise a jour des fichiers context et field* dans XMLfilesLMDZ + # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $WRK) + ###################################################################### + if [[ $xios = y ]]; then + cp -f "$MODEL"/DefLists/context_lmdz.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/. + cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_lmdz.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/. + if [[ $cosp = y ]]; then cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_cosp1.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.; fi + fi +} + +function setup_init { # Verification de l'existance de l'état initial et compilation eventuelle pour sa creation + if [[ ! -d $INIT ]]; then + if [[ $init = 0 ]]; then + echo "STOP: Récuperer les repertoires $INIT ou lancer avec option -init"; exit 1 + else + # Compile ce0l + cd "$MODEL" + sed -e 's/gcm$/ce0l/' compile.sh > compile_ce0l.sh; chmod +x compile_ce0l.sh + echo "Compiling ce0l" + if ! ./compile_ce0l.sh &> ce0l.log; then echo "STOP: ce0l compilation failed, see $MODEL/ce0l.log"; exit 1; fi + echo "Compiled ce0l" + + cd "$local" + fi + elif [[ $init = 1 ]]; then + echo "STOP: Vous essayez d initialiser le modele mais $INIT existe deja"; exit 1 + fi } @@ -223,4 +374,6 @@ ensure_correct_option_combinations install_model +setup_def +setup_init exit 1 @@ -230,166 +383,18 @@ #------------------------------------------------------- if [[ $rad = "ecrad" && ! -d ecrad_data ]]; then - cd $local; wget https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/3DInputData/ecrad/ecrad_data.tar; tar xvf ecrad_data.tar; cd - -fi - -if [ "$rad" = "ecrad" -a "$aerosols" != "n" -a "$mysvn" -lt 4489 ] ; then echo "Les aerosols tropospheriques ne sont pas pris en charge par ecrad avant LMDZ rev 4489, ici rev est $mysvn"; exit 1; fi - - -###################################################################### -# Choix du nombre de processeurs -# NOTES : -# omp=8 by default (for Jean-Zay must be a divisor of 40 procs/node), but we need -# omp=1 for SPLA (only MPI parallelisation) -# omp=2 for veget=CMIP6 beacause of a bug in ORCHIDEE/src_xml/xios_orchidee.f90 -###################################################################### - -cd "$local" - -jm=$(echo "$resol" | cut -dx -f2) -(( mpi = ( jm + 1 ) / 2 )) -omp=8 -if [[ $aerosols = "spla" ]]; then omp=1; fi -if [[ $veget = "CMIP6" && $xios = "y" ]]; then omp=2; fi -if [[ $mpi -gt $NB_MPI_MAX ]]; then mpi=$NB_MPI_MAX; fi -if [[ $omp -gt $NB_OMP_MAX ]]; then omp=$NB_OMP_MAX; fi - -# Utilisation des .def_iso pour LMDZ-ISOtopes -if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then - for file_iso in $(ls DEF | grep _iso); do - cp DEF/"$file_iso" DEF/"${file_iso%%_iso}" - done -fi - -###################################################################### -# Choix de la grille verticale -###################################################################### -lm=$(echo "$resol" | cut -dx -f3) -if [ ! -f "DEF/L$lm.def" ]; then - echo "STOP: Résolution verticale non prévue - créer un fichier DEF/L$lm.def"; exit 1 -else - sed -i'' -e "s/INCLUDEDEF=L.*.def/INCLUDEDEF=L$lm.def/" DEF/run.def -fi - -###################################################################### -# Changements dans les fichiers DEF/*def -# (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $WRK) -###################################################################### - -# Choix du fichier traceur.def coherent avec l'option "aerosols" -# NOTE : Le nouveau tracer.def_nospla par defaut n'inclut pas Rn-Pb; -# si on les veut, il faut utiliser ci-dessous; a la place, tracer_RN_PB.def -#--------------------------------------------------------------------- -# NB: Si on change de traceur.def (entre spla et nospla), il faut refaire l'etape "initialisation" (ce0l)? -# Normalement les traceurs absents de start* files sont initialises=0 dans le code; verifier pour spla ! -if [[ $aerosols = "spla" ]]; then - # ancien traceur pour l instant - cp DEF/traceur.def_spla DEF/traceur.def -elif [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then - # nouveau traceur , déjà copié si 'y' - cp DEF/tracer.def_nospla DEF/tracer.def -fi - -# TEMPORAIREMENT pour spla on force l'utilisation de gcm.def_zNAfrica_BiJe (avec resolution 128x88x79) -#---------------------------------------------------------------------- -if [[ $aerosols = spla ]]; then cp DEF/gcm.def_zNAfrica_BiJe DEF/gcm.def; fi - -# Inscription du choix ok_guide dans DEF/guide.def -#--------------------------------------------------------------------- -sed -i -e 's/ok_guide=.*.$/ok_guide='$ok_guide'/' DEF/guide.def - -# Inscription du type de calendrier (qui est fonction de $climato) dans DEF/run.def -#--------------------------------------------------------------------- -# NB Contrairement a ce qui est ecrit dans les fichiers run.def standard, -# dans ce tutorial le choix earth_365d n'est pas disponible, et earth_366d s'appelle gregorian -if [ $climato = 0 ]; then calend=gregorian; else calend=earth_360d; fi -sed -i -e 's/calend=.*.$/calend='$calend'/' DEF/run.def - -# Changements dans config.def (pre-choisi, et regle pour output si utilisation avec IOIPSL) -# cf options veget, aerosols, cosp, xios -#--------------------------------------------------------------------- -if [ $veget = NONE ]; then VEGET=n; else VEGET=y; fi -sed -i -e 's/VEGET=.*.$/VEGET='$VEGET'/' DEF/config.def - -if [ $aerosols = n ]; then - # set flag_aerosols=0 and flags ok_ade&co=n - sed -i'' -e 's/^ok_cdnc=.*.$/ok_cdnc=n/' -e 's/^ok_ade=.*.$/ok_ade=n/' -e 's/^ok_aie=.*.$/ok_aie=n/' -e 's/^ok_alw=.*.$/ok_alw=n/' -e 's/^flag_aerosol=.*.$/flag_aerosol=0/' DEF/config.def -fi - -# COSP : ok_cosp desactive COSP si on a compile avec; il ne l'active pas si on a compile sans -sed -i -e 's/ok_cosp.*.$/ok_cosp='$cosp'/' DEF/config.def -if [ $cosp = y ]; then \cp -f $MODEL/DefLists/cosp*.txt $local/DEF/; fi - -# Sorties LMDZ en fonction de l'option "xios" -sed -i'' -e 's/ok_all_xml=.*.$/ok_all_xml='$xios'/' DEF/config.def - -# Ajuster physiq.def en fonction de radiative code (default: values for rad=rrtm) -# Pour isotopes=y , mettre iflag_ice_thermo=0 au lieu de 1 -#--------------------------------------------------------------------- -sed -i'' -e 's/iflag_rrtm=.*.$/iflag_rrtm='$iflag_rrtm'/' -e 's/NSW=.*.$/NSW='$NSW'/' DEF/physiq.def -pwd -sed -i'' -e 's:directory_name.*$:directory_name="'$local'/ecrad_data",:' DEF/namelist_ecrad - -if [ $isotopes = y ]; then iflag_ice_thermo=0; else iflag_ice_thermo=1; fi -sed -i -e 's/iflag_ice_thermo=.*.$/iflag_ice_thermo='$iflag_ice_thermo'/' DEF/physiq.def - -# Choix de orchidee.def en fonction de orchidee_rev; modification pour xios -# NOTE separate orchidee_pft.def file for ORCHIDEE trunk post-CMIP6 -#--------------------------------------------------------------------- -orchidee_def=orchidee.def_6.1 -orchidee_pft_def="" -if [ $veget = "7983" ]; then - orchidee_def=orchidee.def_6.2work -elif [ $veget = "7994" ]; then - orchidee_def=orchidee.def_6.4work - orchidee_pft_def=orchidee_pft.def_6.4work - if ! grep "INCLUDEDEF=orchidee_pft.def" DEF/run.def; then - sed -i'' -e 's/INCLUDEDEF=orchidee.def/INCLUDEDEF=orchidee.def\nINCLUDEDEF=orchidee_pft.def/' DEF/run.def; fi -fi -\cp -f DEF/$orchidee_def DEF/orchidee.def -if [ "$orchidee_pft_def" != "" ]; then \cp -f DEF/$orchidee_pft_def DEF/orchidee_pft.def; fi - -# Only for veget=CMIP6 it is still possible to use IOIPSL; newer versions of orchidee.def have XIOS_ORCHIDEE_OK = y -sed -i'' -e 's/XIOS_ORCHIDEE_OK =.*.$/XIOS_ORCHIDEE_OK = '$xios'/' DEF/orchidee.def - - -###################################################################### -# Si on tourne avec XIOS, mise a jour des fichiers context et field* dans XMLfilesLMDZ -# (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $WRK) -###################################################################### -if [ $xios = y ]; then - \cp -f $MODEL/DefLists/context_lmdz.xml $local/DEF/XMLfilesLMDZ/. - \cp -f $MODEL/DefLists/field_def_lmdz.xml $local/DEF/XMLfilesLMDZ/. - if [ $cosp = y ]; then \cp -f $MODEL/DefLists/field_def_cosp1.xml $local/DEF/XMLfilesLMDZ/.; fi -fi - - -###################################################################### -# Verification de l'existance de l'etat initial et compilation eventuelle -# pour sa creation -###################################################################### -if [ ! -d $INIT ]; then - if [ $init = 0 ]; then - echo Recuperer les repertoires $INIT ou lancer avec option -init; exit - else - ce0l=$MODEL/bin/ce0l${suffix}.e - echo $ce0l - - # Test if $ce0l exists (it may be the case if you use a model configuration already installed and compiled) - if [ ! -f $ce0l ]; then - echo L executable $ce0l n existe pas - echo il va se compiler automatiquement sur $MODEL - sleep 10 - - $local/compile.sh ce0l - fi - - if [ ! -f $ce0l ]; then echo la compilation de $ce0l a echoue; exit; fi - - cd $local - fi -elif [ $init = 1 ]; then - echo Vous essayez d initialiser le modele mais $INIT existe deja - exit -fi + cd "$local"; wget https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/3DInputData/ecrad/ecrad_data.tar; tar xvf ecrad_data.tar; cd - +fi + +if [[ $rad = "ecrad" && $aerosols != "n" && $mysvn -lt 4489 ]] ; then echo "Les aerosols tropospheriques ne sont pas pris en charge par ecrad avant LMDZ rev 4489, ici rev est $mysvn"; exit 1; fi + + + + + + + + + + MAINDIR=`basename \`pwd\``