Changeset 4081 for BOL


Ignore:
Timestamp:
Feb 17, 2022, 1:03:40 PM (3 years ago)
Author:
Laurent Fairhead
Message:

Clean-up/modifications not to do everything if stuff already installed
and modifications to bench/tuto section
FHourdin

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • BOL/script_install/install_lmdz.sh

    r4043 r4081  
    3535
    3636echo install_lmdz.sh DEBUT `date`
    37 
    3837set -e
    3938
    … …  
    4241################################################################
    4342
     43################################################################
    4444# A function to fetch files either locally or on the internet
     45################################################################
    4546function myget { #1st and only argument should be file name
    4647  # Path on local computer where to look for the datafile
    … …  
    5152  else
    5253    wget -nv http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/pub/$1
    53     #dir=~/LMDZ/pub/`dirname $1` ; mkdir -p $dir ; cp -r `basename $1` $dir
     54    save_pub_locally=0
     55    if [ $save_pub_locally = 1 ] ; then # saving wget files on ~/LMDZ/pub
     56       dir=~/LMDZ/pub/`dirname $1` ; mkdir -p $dir ; cp -r `basename $1` $dir
     57    fi
    5458  fi
    5559}
    … …  
    6468svn=""
    6569#version=trunk
    66 version=20211102.trunk
     70version=20220131.trunk
     71
    6772getlmdzor=1
    6873netcdf=1   #  1 for automatic installation
    … …  
    223228done
    224229
    225 #Option de compilation en fonction du code radiatif (-rad rrtm/ecrad)
    226 if [ $rad = rrtm ] ; then
    227    opt_rad="-rad rrtm"
    228 elif [ $rad = ecrad ] ; then
    229    opt_rad="-rad ecrad"
    230 else
    231    opt_rad=""
    232 fi
    233 
    234 if [ $cosp = v1 ] ; then
    235     opt_cosp="-cosp true"
    236 elif [ $cosp = v2 ] ; then
    237     opt_cosp="-cospv2 true"
    238 else
    239     opt_cosp=""
    240 fi
     230# Option de compilation du rayonnement
     231opt_rad=""
     232case $rad in
     233   rrtm) opt_rad="-rad rrtm" ;;
     234   ecrad) opt_rad="-rad ecrad" ;;
     235esac
     236
     237
     238# Option de compilation pour Cosp
     239opt_cosp=""
     240case cosp in
     241   v1) opt_cosp="-cosp true" ;;
     242   v2) opt_cosp="-cospv2 true" ;;
     243esac
    241244 
    242245# Check on veget version
    … …  
    543546
    544547###########################################################################
    545 if [ $getlmdzor = 1 ] ; then
    546 echo '##########################################################'
    547 echo  Download a slightly modified version of  LMDZ
    548 echo '##########################################################'
    549 cd $MODEL
    550 myget src/modipsl_orc_cmip6.$version.tar.gz
    551 echo install_lmdz.sh wget_OK `date`
    552 gunzip modipsl_orc_cmip6.$version.tar.gz
    553 tar xvf modipsl_orc_cmip6.$version.tar
    554 \rm modipsl_orc_cmip6.$version.tar
    555 fi
    556 
    557 if [ $netcdf = 1 ] ; then
    558 cd $MODEL
    559 netcdflog=`pwd`/netcdf.log
    560 echo '##########################################################'
    561 echo Compiling the Netcdf library
    562 echo '##########################################################'
    563 echo log file : $netcdflog
    564 if [ "$with_xios" = "n" ] ; then
    565   # keep it simple
    566   #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/netcdf-4.0.1.tar.gz
    567   myget import/netcdf-4.0.1.tar.gz
    568   gunzip netcdf-4.0.1.tar.gz
    569   tar xvf netcdf-4.0.1.tar
    570   \rm -f netcdf-4.0.1.tar
    571 
    572   cd netcdf-4.0.1
    573 
    574   localdir=`pwd -P`
    575   ./configure --prefix=$localdir --enable-shared --disable-cxx
    576   #sed -e 's/gfortran/'$gfortran'/g' Makefile >| tmp ; mv -f tmp Makefile
    577   $make check > $netcdflog 2>&1
    578   $make install >> $netcdflog 2>&1
    579 #LF rajout d'une verrue, pour une raison non encore expliquee, la librairie est parfois rangée dans lib64
    580 #   et non dans lib par certains compilateurs
    581   if [ ! -e lib -a -d lib64 ] ; then ln -s lib64 lib; fi
     548if [ $getlmdzor = 1 -a ! -d $MODEL/modipsl ] ; then
     549###########################################################################
     550   echo '##########################################################'
     551   echo  Download a slightly modified version of  LMDZ
     552   echo '##########################################################'
     553   cd $MODEL
     554   myget src/modipsl_orc_cmip6.$version.tar.gz
     555   echo install_lmdz.sh wget_OK `date`
     556   gunzip modipsl_orc_cmip6.$version.tar.gz
     557   tar xvf modipsl_orc_cmip6.$version.tar
     558   \rm modipsl_orc_cmip6.$version.tar
     559fi
     560
     561###########################################################################
     562if [ $netcdf = 1 -a ! -d $MODEL/netcdf ] ; then
     563###########################################################################
     564   cd $MODEL
     565   netcdflog=`pwd`/netcdf.log
     566   echo '##########################################################'
     567   echo Compiling the Netcdf library
     568   echo '##########################################################'
     569   echo log file : $netcdflog
     570   if [ "$with_xios" = "n" ] ; then
     571      # keep it simple
     572      #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/netcdf-4.0.1.tar.gz
     573      myget import/netcdf-4.0.1.tar.gz
     574      gunzip netcdf-4.0.1.tar.gz
     575      tar xvf netcdf-4.0.1.tar
     576      \rm -f netcdf-4.0.1.tar
     577   
     578      cd netcdf-4.0.1
     579   
     580      localdir=`pwd -P`
     581      ./configure --prefix=$localdir --enable-shared --disable-cxx
     582      #sed -e 's/gfortran/'$gfortran'/g' Makefile >| tmp ; mv -f tmp Makefile
     583      $make check > $netcdflog 2>&1
     584      $make install >> $netcdflog 2>&1
     585    #LF rajout d'une verrue, pour une raison non encore expliquee, la librairie est parfois rangée dans lib64
     586    #   et non dans lib par certains compilateurs
     587      if [ ! -e lib -a -d lib64 ] ; then ln -s lib64 lib; fi
     588   else
     589      # download and compile hdf5 and netcdf, etc. using the install_netcdf4_hdf5.bash script
     590      #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/install_netcdf4_hdf5.bash
     591      myget import/install_netcdf4_hdf5.bash
     592      chmod u=rwx install_netcdf4_hdf5.bash
     593      if [ "$compiler" = "gfortran" ] ; then
     594      ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC gcc -FC gfortran -CXX g++ -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
     595      elif [ "$compiler" = "ifort" ] ; then
     596      ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC icc -FC ifort -CXX icpc -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
     597      elif [ "$compiler" = "pgf90" ] ; then
     598      ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC pgcc -FC pgf90 -CXX pgCC -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
     599      else
     600        echo "unexpected compiler $compiler" ; exit
     601      fi
     602   fi  # of if [ "$with_xios" = "n" ]
     603   echo install_lmdz.sh netcdf_OK `date`
     604fi # of if [ $netcdf = 1 ]
     605
     606# ncdfdir contains the directory where netcdfd is installed
     607if [ $netcdf = 0 -o $netcdf = 1 ] ; then
     608   if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
     609      ncdfdir=$MODEL/netcdf4_hdf5
     610   else
     611      ncdfdir=$MODEL/netcdf-4.0.1
     612   fi
    582613else
    583   # download and compile hdf5 and netcdf, etc. using the install_netcdf4_hdf5.bash script
    584   #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/install_netcdf4_hdf5.bash
    585   myget import/install_netcdf4_hdf5.bash
    586   chmod u=rwx install_netcdf4_hdf5.bash
    587   if [ "$compiler" = "gfortran" ] ; then
    588   ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC gcc -FC gfortran -CXX g++ -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
    589   elif [ "$compiler" = "ifort" ] ; then
    590   ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC icc -FC ifort -CXX icpc -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
    591   elif [ "$compiler" = "pgf90" ] ; then
    592   ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC pgcc -FC pgf90 -CXX pgCC -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
    593   else
    594     echo "unexpected compiler $compiler" ; exit
    595   fi
    596 fi  # of if [ "$with_xios" = "n" ]
    597 echo install_lmdz.sh netcdf_OK `date`
    598 fi # of if [ $netcdf = 1 ]
    599 
    600 #======================================================================================
    601 echo OK ioipsl=$ioipsl
    602 echo '##########################################################'
    603 echo 'Installing MODIPSL, the installation package manager for the '
    604 echo 'IPSL models and tools'
    605 echo '##########################################################'
    606 echo `date`
    607 
    608 if [ $netcdf = 0 -o $netcdf = 1 ] ; then
    609   if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
    610   ncdfdir=$MODEL/netcdf4_hdf5
    611   else
    612   ncdfdir=$MODEL/netcdf-4.0.1
    613   fi
    614 else
    615   ncdfdir=$netcdf
    616 fi
    617 
     614   ncdfdir=$netcdf
     615fi
     616
     617#=========================================================================
    618618if [ $ioipsl = 1 ] ; then
    619   cd $MODEL/modipsl
    620   \rm -rf lib/*
    621 
    622   cd util
    623 
    624   cp AA_make.gdef AA_make.orig
    625   F_C="$compiler -c " ; if [ "$compiler" = "$gfortran" -o "$compiler" = "mpif90" ] ; then F_C="$compiler -c -cpp " ; fi
    626   if [ "$compiler" = "pgf90" ] ; then F_C="$compiler -c -Mpreprocess" ; fi
    627   sed -e 's/^\#.*.g95.*.\#.*.$/\#/' AA_make.gdef > tmp
    628   sed -e "s:F_L = g95:F_L = $compiler:" -e "s:F_C = g95 -c -cpp:F_C = $F_C": \
    629   -e 's/g95.*.w_w.*.(F_D)/g95      w_w = '"$OPTIMGCM"'/' \
    630   -e 's:g95.*.NCDF_INC.*.$:g95      NCDF_INC= '"$ncdfdir"'/include:' \
    631   -e 's:g95.*.NCDF_LIB.*.$:g95      NCDF_LIB= -L'"$ncdfdir"'/lib -lnetcdff -lnetcdf:' \
    632   -e 's:g95      L_O =:g95      L_O = -Wl,-rpath='"$ncdfdir"'/lib:' \
    633   -e "s:-fmod=:-$fmod:" -e 's/-fno-second-underscore//' \
    634   -e 's:#-Q- g95      M_K = gmake:#-Q- g95      M_K = make:' \
    635   tmp >| AA_make.gdef
    636 
    637   if [ $pcmac == 1 ]
    638   then
    639       cp AA_make.gdef tmp
    640       sed -e 's/rpath=/rpath,/g' tmp > AA_make.gdef
    641   fi
    642  
    643 
    644 # We use lines for g95 even for the other compilers to run ins_make
    645   if [ "$use_shell" = "ksh" ] ; then
    646     ./ins_make $o_ins_make
    647   else # bash
    648     sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g ins_make > ins_make.bash
    649     #if [ "`grep ada AA_make.gdef`" = "" ] ; then # Bidouille pour compiler sur ada des vieux modipsl.tar
    650     #    \cp -f ~rdzt401/bin/AA_make.gdef .
    651     #fi
    652     if [ "`grep jeanzay AA_make.gdef`" = "" ] ; then # Bidouille pour compiler sur ada des vieux modipsl.tar
    653         echo 'Warning jean-zay not in AA_make.gdef'
    654         echo 'Think about updating'
    655         exit 1
    656     fi
     619#=========================================================================
     620   echo OK ioipsl=$ioipsl
     621   echo '##########################################################'
     622   echo 'Installing MODIPSL, the installation package manager for the '
     623   echo 'IPSL models and tools'
     624   echo '##########################################################'
     625   echo `date`
     626   
     627   cd $MODEL/modipsl
     628   \rm -rf lib/*
     629   cd util
     630   cp AA_make.gdef AA_make.orig
     631   F_C="$compiler -c " ; if [ "$compiler" = "$gfortran" -o "$compiler" = "mpif90" ] ; then F_C="$compiler -c -cpp " ; fi
     632   if [ "$compiler" = "pgf90" ] ; then F_C="$compiler -c -Mpreprocess" ; fi
     633   sed -e 's/^\#.*.g95.*.\#.*.$/\#/' AA_make.gdef > tmp
     634   sed -e "s:F_L = g95:F_L = $compiler:" -e "s:F_C = g95 -c -cpp:F_C = $F_C": \
     635   -e 's/g95.*.w_w.*.(F_D)/g95      w_w = '"$OPTIMGCM"'/' \
     636   -e 's:g95.*.NCDF_INC.*.$:g95      NCDF_INC= '"$ncdfdir"'/include:' \
     637   -e 's:g95.*.NCDF_LIB.*.$:g95      NCDF_LIB= -L'"$ncdfdir"'/lib -lnetcdff -lnetcdf:' \
     638   -e 's:g95      L_O =:g95      L_O = -Wl,-rpath='"$ncdfdir"'/lib:' \
     639   -e "s:-fmod=:-$fmod:" -e 's/-fno-second-underscore//' \
     640   -e 's:#-Q- g95      M_K = gmake:#-Q- g95      M_K = make:' \
     641   tmp >| AA_make.gdef
     642 
     643   if [ $pcmac == 1 ]
     644   then
     645       cp AA_make.gdef tmp
     646       sed -e 's/rpath=/rpath,/g' tmp > AA_make.gdef
     647   fi
     648   
     649 
     650 # We use lines for g95 even for the other compilers to run ins_make
     651   if [ "$use_shell" = "ksh" ] ; then
     652     ./ins_make $o_ins_make
     653   else # bash
     654     sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g ins_make > ins_make.bash
     655     if [ "`grep jeanzay AA_make.gdef`" = "" ] ; then # Bidouille pour compiler sur ada des vieux modipsl.tar
     656         echo 'Warning jean-zay not in AA_make.gdef'
     657         echo 'Think about updating'
     658         exit 1
     659     fi
     660     
     661     chmod u=rwx ins_make.bash
     662     ./ins_make.bash $o_ins_make
     663   fi # of if [ "$use_shell" = "ksh" ]
     664 
     665   echo install_lmdz.sh MODIPSL_OK `date`
     666 
     667   cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/src
     668   ioipsllog=`pwd`/ioipsl.log
     669   echo '##########################################################'
     670   echo 'Compiling IOIPSL, the interface library with Netcdf'
     671   echo '##########################################################'
     672   echo `date`
     673   echo log file : $ioipsllog
     674 
     675   if [ "$use_shell" = "bash" ] ; then
     676     cp Makefile Makefile.ksh
     677     sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g Makefile.ksh > Makefile
     678   fi
     679 # if [ "$pclinux" = 1 ] ; then
     680     # Build IOIPSL modules and library
     681     $make clean
     682     $make > $ioipsllog 2>&1
     683     if [ "$compiler" = "$gfortran" -o "$compiler" = "mpif90" ] ; then # copy module files to lib
     684       cp -f *.mod ../../../lib
     685     fi
     686     # Build IOIPSL tools (ie: "rebuild", if present)
     687     if [ -f $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools/rebuild ] ; then
     688       cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools
     689       # adapt Makefile & rebuild script if in bash
     690       if [ "$use_shell" = "bash" ] ; then
     691         cp Makefile Makefile.ksh
     692         sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g Makefile.ksh > Makefile
     693         cp rebuild rebuild.ksh
     694         sed -e 's:/bin/ksh:/bin/bash:g' \
     695             -e 's:print -u2:echo:g' \
     696             -e 's:print:echo:g' rebuild.ksh > rebuild
     697       fi
     698       $make clean
     699       $make > $ioipsllog 2>&1
     700     fi
     701# fi # of if [ "$pclinux" = 1 ]
     702 
     703else # of if [ $ioipsl = 1 ]
     704   if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
     705      cd $MODEL/modipsl
     706      cd util
     707        if [ "`grep jeanzay AA_make.gdef`" = "" ] ; then
     708         echo 'Warning jean-zay not in AA_make.gdef'
     709         echo 'Think about updating'
     710         exit 1
     711        fi
     712        ./ins_make $o_ins_make
     713# Compile IOIPSL on jean-zay
     714        cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/src
     715        gmake > ioipsl.log
     716        cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools
     717        gmake > ioipsl.log
    657718   
    658     chmod u=rwx ins_make.bash
    659     ./ins_make.bash $o_ins_make
    660   fi # of if [ "$use_shell" = "ksh" ]
    661 
    662 echo install_lmdz.sh MODIPSL_OK `date`
    663 #=======================================================================================
    664   cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/src
    665   ioipsllog=`pwd`/ioipsl.log
    666   echo '##########################################################'
    667   echo 'Compiling IOIPSL, the interface library with Netcdf'
    668   echo '##########################################################'
    669   echo `date`
    670   echo log file : $ioipsllog
    671 
    672   if [ "$use_shell" = "bash" ] ; then
    673     cp Makefile Makefile.ksh
    674     sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g Makefile.ksh > Makefile
    675   fi
    676 # if [ "$pclinux" = 1 ] ; then
    677     # Build IOIPSL modules and library
    678     $make clean
    679     $make > $ioipsllog 2>&1
    680     if [ "$compiler" = "$gfortran" -o "$compiler" = "mpif90" ] ; then # copy module files to lib
    681       cp -f *.mod ../../../lib
    682     fi
    683     # Build IOIPSL tools (ie: "rebuild", if present)
    684     if [ -f $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools/rebuild ] ; then
    685       cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools
    686       # adapt Makefile & rebuild script if in bash
    687       if [ "$use_shell" = "bash" ] ; then
    688         cp Makefile Makefile.ksh
    689         sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g Makefile.ksh > Makefile
    690         cp rebuild rebuild.ksh
    691         sed -e 's:/bin/ksh:/bin/bash:g' \
    692             -e 's:print -u2:echo:g' \
    693             -e 's:print:echo:g' rebuild.ksh > rebuild
    694       fi
    695       $make clean
    696       $make > $ioipsllog 2>&1
    697     fi
    698 # fi # of if [ "$pclinux" = 1 ]
    699 
    700 else # of if [ $ioipsl = 1 ]
    701   if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
    702      cd $MODEL/modipsl
    703      cd util
    704        if [ "`grep jeanzay AA_make.gdef`" = "" ] ; then
    705         echo 'Warning jean-zay not in AA_make.gdef'
    706         echo 'Think about updating'
    707         exit 1
    708        fi
    709        ./ins_make $o_ins_make
    710 # Compile IOIPSL on jean-zay
    711        cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/src
    712        gmake > ioipsl.log
    713        cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools
    714        gmake > ioipsl.log
    715    
    716   fi
    717   echo install_lmdz.sh ioipsl_OK `date`
     719   fi
     720   echo install_lmdz.sh ioipsl_OK `date`
    718721fi # of if [ $ioipsl = 1 ]
    719722# Saving ioipsl lib for possible parallel compile
    … …  
    721724  tar cf ioipsl.tar lib/ bin/
    722725
    723 #===========================================================================
     726#=========================================================================
    724727if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
    725728  echo '##########################################################'
    … …  
    924927echo '##################################################################'
    925928echo "Preparing script compile.sh for LMDZ compilation"
    926 echo "It will only be run automatically if bench=1"
     929echo "It will only be run automatically if bench=1/tuto"
    927930echo Here bench=$bench
    928931echo '##################################################################'
    … …  
    938941  echo "./$makelmdz $optim $OPT_MAKELMDZ $optim $opt_rad $opt_cosp -d ${grid_resolution} -v $veget_version gcm " >> compile.sh
    939942  chmod +x ./compile.sh
    940   if [ $bench != 0 ] ; then
     943  if [ $bench = 1 ] ; then
    941944    echo install_lmdz.sh start_lmdz_seq_compilation `date`
    942945    echo log file: $lmdzlog
    … …  
    10221025  chmod +x ./compile.sh
    10231026
    1024   if [ $bench != 0 ] ; then
    1025     echo Compiling LMDZ in parallel mode `date`
    1026     echo LMDZ log file: $lmdzlog
    1027     ./compile.sh > $lmdzlog 2>&1
     1027  if [ $bench = 1 ] ; then
     1028     echo Compiling LMDZ in parallel mode `date`,  LMDZ log file: $lmdzlog ; ./compile.sh > $lmdzlog 2>&1
    10281029  fi
    10291030 
    … …  
    10421043
    10431044if [ "$gcm" = "" ] ; then
    1044   if [ $bench != 0 ] ; then
     1045  if [ $bench = 1 ] ; then
    10451046    echo 'Compilation failed !! Cannot run the benchmark;'
    10461047    exit
    … …  
    10561057
    10571058##################################################################
    1058 # Below, we run a benchmark test (if bench=0)
     1059# Below, we run a benchmark if bench=1 or tuto
    10591060##################################################################
    10601061
    1061 if [ $bench != 0 ] ; then
    1062 
    1063 echo '##########################################################'
    1064 echo ' Running a test run '
    1065 echo '##########################################################'
    1066 
    1067 \rm -rf BENCH${grid_resolution}
    1068 bench=bench_lmdz_${grid_resolution}
    1069 echo install_lmdz.sh before bench download  `date`
    1070 #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/$bench.tar.gz
    1071 myget 3DBenchs/$bench.tar.gz
    1072 echo install_lmdz.sh after bench download  `date`
    1073 tar xvf $bench.tar.gz
    1074 
    1075 if [ "$cosp" = "v1" -o "$cosp" = "v2" ] ; then
    1076   cd BENCH${grid_resolution}
    1077 # copier les fichiers namelist input et output our COSP
    1078   cp ../DefLists/cosp*_input_nl.txt .
    1079   cp ../DefLists/cosp*_output_nl.txt .
    1080 # Activer la cles ok_cosp pour tourner avec COSP
    1081   sed -e 's@ok_cosp=n@ok_cosp=y@' config.def > tmp
    1082    \mv -f tmp config.def
    1083   cd ..
    1084 fi
    1085 
    1086 if [ -n "$physiq" ]; then
    1087   cd BENCH${grid_resolution}
    1088   if [ -f physiq.def_${physiq} ]; then
    1089     cp physiq.def_${physiq} physiq.def
    1090     echo using physiq.def_${physiq}
    1091   else
    1092     echo using standard physiq.def
    1093   fi
    1094   cd ..
    1095 else
    1096   echo using standard physiq.def
    1097 fi
    1098 
    1099 if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
    1100   cd BENCH${grid_resolution}
    1101   cp ../DefLists/iodef.xml .
    1102   cp ../DefLists/context_lmdz.xml .
    1103   cp ../DefLists/field_def_lmdz.xml .
    1104 # A raffiner par la suite
    1105   echo A FAIRE : Copier les *xml en fonction de l option cosp
    1106   cp ../DefLists/field_def_cosp*.xml .
    1107   cp ../DefLists/file_def_hist*xml .
    1108   # adapt iodef.xml to use attached mode
    1109   sed -e 's@"using_server" type="bool">true@"using_server" type="bool">false@' iodef.xml > tmp
    1110   \mv -f tmp iodef.xml
    1111 
    1112   # and convert all the enabled="_AUTO_" (for libIGCM) to enabled=.FALSE.
    1113   # except for histday
    1114   for histfile in file_def_hist*xml
    1115   do
    1116     if [ "$histfile" = "file_def_histday_lmdz.xml" ] ; then
    1117     sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".TRUE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
    1118     sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="5"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
    1119     sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
    1120     else
    1121     sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".FALSE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
    1122     fi
    1123   done
    1124   # and add option "ok_all_xml=y" in config.def
    1125   echo "### XIOS outputs" >> config.def
    1126   echo 'ok_all_xml=.true.' >> config.def
    1127 
    1128   #activer les sorties pour Cosp
    1129   if [ "$cosp" = "v1" ] ; then
    1130    histfile=file_def_histdayCOSP_lmdz.xml
    1131    sed -e 's@enabled=".FALSE."@enabled=".TRUE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
    1132    sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="5"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
    1133    sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
    1134   fi
    1135   if [ "$cosp" = "v2" ] ; then
    1136    histfile=file_def_histdayCOSPv2_lmdz.xml
    1137    sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
    1138    contextfile=context_lmdz.xml
    1139    sed -e 's@src="./file_def_histdayCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histdayCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
    1140    sed -e 's@src="./file_def_histmthCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histmthCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
    1141    sed -e 's@src="./file_def_histhfCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histhfCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
    1142    fieldfile=field_def_lmdz.xml
    1143    sed -e 's@field_def_cosp1.xml@field_def_cospv2.xml@' $fieldfile > tmp ; \mv -f tmp $fieldfile
    1144   fi
    1145 
    1146   cd ..
    1147 fi
    1148 
    1149 # Cas Bensh avec ecrad
    1150 if [ "$rad" = "ecrad" ] ; then
    1151   cd BENCH${grid_resolution}
    1152   cp  ../DefLists/namelist_ecrad .
    1153   cp -r ../libf/phylmd/ecrad/data .
    1154 # Attention au cas ou ne 1
    1155   sed -e 's@iflag_rrtm=1@iflag_rrtm=2@' physiq.def > tmp
    1156    \mv -f tmp physiq.def
    1157   cd ..
    1158 fi
    1159 
    1160 cp $gcm BENCH${grid_resolution}/gcm.e
    1161 
    1162 cd BENCH${grid_resolution}
    1163 # On cree le fichier bench.sh au besoin
    1164 # Dans le cas 48x36x39 le bench.sh existe deja en parallele
    1165 
    1166 if [ "$grid_resolution" = "48x36x39" ] ; then
    1167    echo On ne touche pas au bench.sh
    1168    # But we have to adapt "run_local.sh" for $mpirun
    1169    sed -e "s@mpirun@$mpirun@g" run_local.sh > tmp
    1170    mv -f tmp run_local.sh
    1171    chmod u=rwx run_local.sh
    1172 elif [ "${parallel:0:3}" = "mpi" ] ; then
    1173    # Lancement avec deux procs mpi et 2 openMP
    1174    echo "export OMP_STACKSIZE=800M" > bench.sh
    1175    if [ "${parallel:4:3}" = "omp" ] ; then
    1176      echo "export OMP_NUM_THREADS=2" >> bench.sh
     1062if [ $bench = tuto ] ; then
     1063   myget Training/tutorial.tar ; tar xvf tutorial.tar ; cd TUTORIAL ; ./init.sh
     1064
     1065elif [ $bench = 1 ] ; then
     1066   # TOUTE CETTE SECTION DEVRAIT DISPARAITRE POUR UNE COMMANDE
     1067   # OU DES BENCHS PAR MOTS CLES COMME tuto
     1068
     1069   echo '##########################################################'
     1070   echo ' Running a test run '
     1071   echo '##########################################################'
     1072   
     1073   \rm -rf BENCH${grid_resolution}
     1074   bench=bench_lmdz_${grid_resolution}
     1075   echo install_lmdz.sh before bench download  `date`
     1076   #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/$bench.tar.gz
     1077   myget 3DBenchs/$bench.tar.gz
     1078   echo install_lmdz.sh after bench download  `date`
     1079   tar xvf $bench.tar.gz
     1080   
     1081   if [ "$cosp" = "v1" -o "$cosp" = "v2" ] ; then
     1082     cd BENCH${grid_resolution}
     1083   # copier les fichiers namelist input et output our COSP
     1084     cp ../DefLists/cosp*_input_nl.txt .
     1085     cp ../DefLists/cosp*_output_nl.txt .
     1086   # Activer la cles ok_cosp pour tourner avec COSP
     1087     sed -e 's@ok_cosp=n@ok_cosp=y@' config.def > tmp
     1088      \mv -f tmp config.def
     1089     cd ..
     1090   fi
     1091   
     1092   if [ -n "$physiq" ]; then
     1093     cd BENCH${grid_resolution}
     1094     if [ -f physiq.def_${physiq} ]; then
     1095       cp physiq.def_${physiq} physiq.def
     1096       echo using physiq.def_${physiq}
     1097     else
     1098       echo using standard physiq.def
     1099     fi
     1100     cd ..
     1101   else
     1102     echo using standard physiq.def
    11771103   fi
    1178    if [ "$cosp" = "v1" -o "$cosp" = "v2" ] ; then
    1179       if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then   
    1180         chmod +x ../arch.env
    1181         ../arch.env     
    1182         echo "ulimit -s 2000000" >> bench.sh
     1104   
     1105   if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
     1106     cd BENCH${grid_resolution}
     1107     cp ../DefLists/iodef.xml .
     1108     cp ../DefLists/context_lmdz.xml .
     1109     cp ../DefLists/field_def_lmdz.xml .
     1110   # A raffiner par la suite
     1111     echo A FAIRE : Copier les *xml en fonction de l option cosp
     1112     cp ../DefLists/field_def_cosp*.xml .
     1113     cp ../DefLists/file_def_hist*xml .
     1114     # adapt iodef.xml to use attached mode
     1115     sed -e 's@"using_server" type="bool">true@"using_server" type="bool">false@' iodef.xml > tmp
     1116     \mv -f tmp iodef.xml
     1117   
     1118     # and convert all the enabled="_AUTO_" (for libIGCM) to enabled=.FALSE.
     1119     # except for histday
     1120     for histfile in file_def_hist*xml
     1121     do
     1122       if [ "$histfile" = "file_def_histday_lmdz.xml" ] ; then
     1123       sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".TRUE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
     1124       sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="5"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
     1125       sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
     1126       else
     1127       sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".FALSE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
     1128       fi
     1129     done
     1130     # and add option "ok_all_xml=y" in config.def
     1131     echo "### XIOS outputs" >> config.def
     1132     echo 'ok_all_xml=.true.' >> config.def
     1133   
     1134     #activer les sorties pour Cosp
     1135     if [ "$cosp" = "v1" ] ; then
     1136      histfile=file_def_histdayCOSP_lmdz.xml
     1137      sed -e 's@enabled=".FALSE."@enabled=".TRUE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
     1138      sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="5"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
     1139      sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
     1140     fi
     1141     if [ "$cosp" = "v2" ] ; then
     1142      histfile=file_def_histdayCOSPv2_lmdz.xml
     1143      sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
     1144      contextfile=context_lmdz.xml
     1145      sed -e 's@src="./file_def_histdayCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histdayCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
     1146      sed -e 's@src="./file_def_histmthCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histmthCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
     1147      sed -e 's@src="./file_def_histhfCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histhfCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
     1148      fieldfile=field_def_lmdz.xml
     1149      sed -e 's@field_def_cosp1.xml@field_def_cospv2.xml@' $fieldfile > tmp ; \mv -f tmp $fieldfile
     1150     fi
     1151   
     1152     cd ..
     1153   fi
     1154   
     1155   # Cas Bensh avec ecrad
     1156   if [ "$rad" = "ecrad" ] ; then
     1157     cd BENCH${grid_resolution}
     1158     cp  ../DefLists/namelist_ecrad .
     1159     cp -r ../libf/phylmd/ecrad/data .
     1160   # Attention au cas ou ne 1
     1161     sed -e 's@iflag_rrtm=1@iflag_rrtm=2@' physiq.def > tmp
     1162      \mv -f tmp physiq.def
     1163     cd ..
     1164   fi
     1165   
     1166   cp $gcm BENCH${grid_resolution}/gcm.e
     1167   
     1168   cd BENCH${grid_resolution}
     1169   # On cree le fichier bench.sh au besoin
     1170   # Dans le cas 48x36x39 le bench.sh existe deja en parallele
     1171   
     1172   if [ "$grid_resolution" = "48x36x39" ] ; then
     1173      echo On ne touche pas au bench.sh
     1174      # But we have to adapt "run_local.sh" for $mpirun
     1175      sed -e "s@mpirun@$mpirun@g" run_local.sh > tmp
     1176      mv -f tmp run_local.sh
     1177      chmod u=rwx run_local.sh
     1178   elif [ "${parallel:0:3}" = "mpi" ] ; then
     1179      # Lancement avec deux procs mpi et 2 openMP
     1180      echo "export OMP_STACKSIZE=800M" > bench.sh
     1181      if [ "${parallel:4:3}" = "omp" ] ; then
     1182        echo "export OMP_NUM_THREADS=2" >> bench.sh
     1183      fi
     1184      if [ "$cosp" = "v1" -o "$cosp" = "v2" ] ; then
     1185         if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then   
     1186        chmod +x ../arch.env
     1187           ../arch.env 
     1188           echo "ulimit -s 2000000" >> bench.sh
     1189         else
     1190           echo "ulimit -s 200000" >> bench.sh       
     1191         fi     
    11831192      else
    1184         echo "ulimit -s 200000" >> bench.sh           
    1185       fi       
     1193         echo "ulimit -s unlimited" >> bench.sh
     1194      fi
     1195      if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
     1196        . ../arch/arch-${arch}.env 
     1197        echo "srun -n 2 -A $idris_acct@cpu gcm.e > listing  2>&1" >> bench.sh
     1198      else
     1199        echo "$mpirun -np 2 gcm.e > listing  2>&1" >> bench.sh
     1200      fi
     1201      # Add rebuild, using reb.sh if it is there
     1202      echo 'if [ -f reb.sh ] ; then' >> bench.sh
     1203      echo '  ./reb.sh histday ; ./reb.sh histmth ; ./reb.sh histhf ; ./reb.sh histins ; ./reb.sh stomate_history ; ./reb.sh sechiba_history ; ./reb.sh sechiba_out_2 ' >> bench.sh
     1204      echo 'fi' >> bench.sh
    11861205   else
    1187       echo "ulimit -s unlimited" >> bench.sh
     1206      echo "./gcm.e > listing  2>&1" > bench.sh
    11881207   fi
    1189    if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
    1190      . ../arch/arch-${arch}.env 
    1191      echo "srun -n 2 -A $idris_acct@cpu gcm.e > listing  2>&1" >> bench.sh
     1208   # Getting orchidee stuff
     1209   if [ $veget == 'CMIP6' ] ; then
     1210       #echo 'myget 3DBenchs/BENCHorch11.tar.gz'
     1211       #myget 3DBenchs/BENCHorch11.tar.gz
     1212       #tar xvzf BENCHorch11.tar.gz
     1213       echo 'myget 3DBenchs/BENCHCMIP6.tar.gz'
     1214       myget 3DBenchs/BENCHCMIP6.tar.gz
     1215       tar xvzf BENCHCMIP6.tar.gz
     1216       sed -e "s:VEGET=n:VEGET=y:" config.def > tmp
     1217       mv -f tmp config.def
     1218       if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
     1219         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/context_orchidee.xml .
     1220         echo '<context id="orchidee" src="./context_orchidee.xml"/>' > add.tmp
     1221         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/field_def_orchidee.xml .
     1222         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/file_def_orchidee.xml .
     1223         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/file_def_input_orchidee.xml .
     1224         if [ -f ../../ORCHIDEE/src_xml/context_input_orchidee.xml ] ; then
     1225        cp ../../ORCHIDEE/src_xml/context_input_orchidee.xml .
     1226        echo '<context id="orchidee" src="./context_input_orchidee.xml"/>' >> add.tmp
     1227         fi
     1228         sed -e '/id="LMDZ"/r add.tmp' iodef.xml > tmp
     1229         mv tmp iodef.xml
     1230         sed -e'{/sechiba1/ s/enabled="_AUTO_"/type="one_file" enabled=".TRUE."/}' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
     1231         sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".FALSE."@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
     1232         sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="1"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
     1233         sed -e 's@output_freq="_AUTO_"@output_freq="1d"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
     1234         sed -e 's@compression_level="4"@compression_level="0"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
     1235         sed -e 's@XIOS_ORCHIDEE_OK = n@XIOS_ORCHIDEE_OK = y@' orchidee.def > tmp ; \mv -f tmp orchidee.def
     1236       fi
     1237   fi
     1238   echo EXECUTION DU BENCH
     1239   set +e
     1240   date ; ./bench.sh > out.bench 2>&1 ; date
     1241   set -e
     1242   tail listing
     1243   
     1244   
     1245   echo '##########################################################'
     1246   echo 'Simulation finished in' `pwd`
     1247      echo 'You have compiled with:'
     1248      cat ../compile.sh
     1249   if [ $parallel = "none" ] ; then
     1250     echo 'You may re-run it with : cd ' `pwd` ' ; gcm.e'
     1251     echo 'or ./bench.sh'
    11921252   else
    1193      echo "$mpirun -np 2 gcm.e > listing  2>&1" >> bench.sh
     1253     echo 'You may re-run it with : '
     1254     echo 'cd ' `pwd` '; ./bench.sh'
     1255   #  echo 'ulimit -s unlimited'
     1256   #  echo 'export OMP_NUM_THREADS=2'
     1257   #  echo 'export OMP_STACKSIZE=800M'
     1258   #  echo "$mpirun -np 2 gcm.e "
    11941259   fi
    1195    # Add rebuild, using reb.sh if it is there
    1196    echo 'if [ -f reb.sh ] ; then' >> bench.sh
    1197    echo '  ./reb.sh histday ; ./reb.sh histmth ; ./reb.sh histhf ; ./reb.sh histins ; ./reb.sh stomate_history ; ./reb.sh sechiba_history ; ./reb.sh sechiba_out_2 ' >> bench.sh
    1198    echo 'fi' >> bench.sh
    1199 else
    1200    echo "./gcm.e > listing  2>&1" > bench.sh
    1201 fi
    1202 # Getting orchidee stuff
    1203 if [ $veget == 'CMIP6' ] ; then
    1204     #echo 'myget 3DBenchs/BENCHorch11.tar.gz'
    1205     #myget 3DBenchs/BENCHorch11.tar.gz
    1206     #tar xvzf BENCHorch11.tar.gz
    1207     echo 'myget 3DBenchs/BENCHCMIP6.tar.gz'
    1208     myget 3DBenchs/BENCHCMIP6.tar.gz
    1209     tar xvzf BENCHCMIP6.tar.gz
    1210     sed -e "s:VEGET=n:VEGET=y:" config.def > tmp
    1211     mv -f tmp config.def
    1212     if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
    1213       cp ../../ORCHIDEE/src_xml/context_orchidee.xml .
    1214       echo '<context id="orchidee" src="./context_orchidee.xml"/>' > add.tmp
    1215       cp ../../ORCHIDEE/src_xml/field_def_orchidee.xml .
    1216       cp ../../ORCHIDEE/src_xml/file_def_orchidee.xml .
    1217       cp ../../ORCHIDEE/src_xml/file_def_input_orchidee.xml .
    1218       if [ -f ../../ORCHIDEE/src_xml/context_input_orchidee.xml ] ; then
    1219         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/context_input_orchidee.xml .
    1220         echo '<context id="orchidee" src="./context_input_orchidee.xml"/>' >> add.tmp
    1221       fi
    1222       sed -e '/id="LMDZ"/r add.tmp' iodef.xml > tmp
    1223       mv tmp iodef.xml
    1224       sed -e'{/sechiba1/ s/enabled="_AUTO_"/type="one_file" enabled=".TRUE."/}' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
    1225       sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".FALSE."@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
    1226       sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="1"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
    1227       sed -e 's@output_freq="_AUTO_"@output_freq="1d"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
    1228       sed -e 's@compression_level="4"@compression_level="0"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
    1229       sed -e 's@XIOS_ORCHIDEE_OK = n@XIOS_ORCHIDEE_OK = y@' orchidee.def > tmp ; \mv -f tmp orchidee.def
    1230     fi
    1231 fi
    1232 echo EXECUTION DU BENCH
    1233 set +e
    1234 date ; ./bench.sh > out.bench 2>&1 ; date
    1235 set -e
    1236 tail listing
    1237 
    1238 
    1239 echo '##########################################################'
    1240 echo 'Simulation finished in' `pwd`
    1241    echo 'You have compiled with:'
    1242    cat ../compile.sh
    1243 if [ $parallel = "none" ] ; then
    1244   echo 'You may re-run it with : cd ' `pwd` ' ; gcm.e'
    1245   echo 'or ./bench.sh'
    1246 else
    1247   echo 'You may re-run it with : '
    1248   echo 'cd ' `pwd` '; ./bench.sh'
    1249 #  echo 'ulimit -s unlimited'
    1250 #  echo 'export OMP_NUM_THREADS=2'
    1251 #  echo 'export OMP_STACKSIZE=800M'
    1252 #  echo "$mpirun -np 2 gcm.e "
    1253 fi
    1254 echo '##########################################################'
     1260   echo '##########################################################'
    12551261
    12561262fi # bench
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.