Changeset 4063


Ignore:
Timestamp:
Jan 25, 2022, 1:01:52 AM (3 years ago)
Author:
dcugnet
Message:

Except if the bench fails, last commit before switching to the new parser.

  • parser routines taken from version 6 of https://svn.lmd.jussieu.fr/tracers-parser
  • significant changes in "infotrac", now close to its target version. Modified old code is active (hard-coded flag: lOldCode=.TRUE.). New code will be activated in the next commit, then old code will be suppressed.
  • probably problems with the isotopic version, to be fixed after tgcc maintenance...
Location:
LMDZ6/trunk/libf
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • LMDZ6/trunk/libf/dyn3d/dynetat0.f90

    r4052 r4063  
    77!-------------------------------------------------------------------------------
    88  USE infotrac,    ONLY: nqtot, tracers, iqiso, iso_indnum, tnat, alpha_ideal, &
    9                          ok_isotopes, maxlen
     9                         ok_isotopes
     10  USE strings_mod, ONLY: maxlen
    1011  USE netcdf,      ONLY: NF90_OPEN,  NF90_NOWRITE, NF90_INQ_VARID, NF90_NoErr, &
    1112                         NF90_CLOSE, NF90_GET_VAR
  • LMDZ6/trunk/libf/dyn3d/dynredem.F90

    r4050 r4063  
    77  USE IOIPSL
    88#endif
    9   USE infotrac, ONLY: nqtot, tracers, maxlen
     9  USE strings_mod, ONLY: maxlen
     10  USE infotrac, ONLY: nqtot, tracers
    1011  USE netcdf, ONLY: NF90_CREATE, NF90_DEF_DIM, NF90_INQ_VARID, NF90_GLOBAL,    &
    1112                    NF90_CLOSE,  NF90_PUT_ATT, NF90_UNLIMITED, NF90_CLOBBER,   &
     
    166167! Purpose: Write the NetCDF restart file (append).
    167168!-------------------------------------------------------------------------------
    168   USE infotrac, ONLY: nqtot, tracers, type_trac, maxlen
     169  USE strings_mod, ONLY: maxlen
     170  USE infotrac, ONLY: nqtot, tracers, type_trac
    169171  USE control_mod
    170172  USE netcdf,   ONLY: NF90_OPEN,  NF90_NOWRITE, NF90_GET_VAR, NF90_INQ_VARID,  &
  • LMDZ6/trunk/libf/dyn3d_common/infotrac.F90

    r4057 r4063  
    33MODULE infotrac
    44
    5   USE readTracFiles_mod, ONLY: trac_type, isot_type, maxlen, ancestor, delPhase
    6 
    7 ! nqtot : total number of tracers and higher order of moment, water vapor and liquid included
    8   INTEGER, SAVE :: nqtot
    9 !CR: on ajoute le nombre de traceurs de l eau
    10   INTEGER, SAVE :: nqo
    11 
    12 ! nbtr : number of tracers not including higher order of moment or water vapor or liquid
    13 !        number of tracers used in the physics
    14   INTEGER, SAVE :: nbtr
    15 
    16 ! Nombre de traceurs passes a phytrac
    17   INTEGER, SAVE :: nqtottr
    18 
    19 ! ThL: nb traceurs CO2
    20   INTEGER, SAVE :: nqCO2
    21 
    22 ! DC: derived types containing informations about tracers and isotopes
    23   TYPE(trac_type), TARGET,  SAVE, ALLOCATABLE ::  tracers(:)    !=== TRACERS DESCRIPTORS VECTOR
    24   TYPE(isot_type), TARGET,  SAVE, ALLOCATABLE :: isotopes(:)    !=== ISOTOPES PARAMETERS VECTOR
    25 
    26   REAL :: qperemin,masseqmin,ratiomin ! MVals et CRisi
    27   PARAMETER (qperemin=1e-30,masseqmin=1e-18,ratiomin=1e-16) ! MVals
    28 
    29 ! conv_flg(it)=0 : convection desactivated for tracer number it
    30   INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:), SAVE  :: conv_flg
    31 ! pbl_flg(it)=0  : boundary layer diffusion desactivaded for tracer number it
    32   INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:), SAVE  :: pbl_flg
    33 
    34   CHARACTER(len=4),SAVE :: type_trac
    35   CHARACTER(len=8),DIMENSION(:),ALLOCATABLE, SAVE :: solsym
     5   USE       strings_mod, ONLY: msg, find, strIdx,  strFind, strParse, dispTable, int2str, reduceExpr,   &
     6                               fmsg, test, strTail, strHead, strStack, strReduce, maxlen,  testFile, cat
     7   USE readTracFiles_mod, ONLY: trac_type, readTracersFiles, addPhase,  phases_sep,  nphases, ancestor,  &
     8                                isot_type, readIsotopesFile, delPhase,   old_phases, getKey_init, tran0, &
     9                                keys_type, initIsotopes,  indexUpdate, known_phases, getKey, setGeneration
     10
     11   IMPLICIT NONE
     12
     13   PRIVATE
     14
     15   !=== FOR TRACERS:
     16   PUBLIC :: infotrac_init                                 !--- Initialization of the tracers
     17   PUBLIC :: tracers, type_trac                            !--- Full tracers database, tracers type keyword
     18   PUBLIC :: nqtot,   nbtr,   nqo,   nqCO2,   nqtottr      !--- Main dimensions
     19   PUBLIC :: solsym, conv_flg, pbl_flg                     !--- Tracers names + convection & boundary layer activation keys
     20
     21   !=== FOR ISOTOPES: General
     22   PUBLIC :: isotopes,  nbIso                              !--- Derived type, full isotopes families database + nb of families
     23   PUBLIC :: isoSelect, ixIso                              !--- Isotopes family selection tool + selected family index
     24   PUBLIC :: min_qParent, min_qMass, min_ratio             !--- Min. values for various isotopic quantities
     25   !=== FOR ISOTOPES: Specific to water
     26   PUBLIC :: iH2O, tnat, alpha_ideal                       !--- H2O isotopes index, natural abundance, fractionning coeff.
     27   !=== FOR ISOTOPES: Depending on the selected isotopes family
     28   PUBLIC :: isotope, isoKeys                              !--- Selected isotopes database + associated keys (cf. getKey)
     29   PUBLIC :: isoName, isoZone, isoPhas                     !--- Isotopes and tagging zones names, phases
     30   PUBLIC :: niso,    nzone,   nphas,   ntiso              !---  " " numbers + isotopes & tagging tracers number
     31   PUBLIC :: iZonIso, iTraPha                              !--- 2D index tables to get "iq" index
     32   PUBLIC :: isoCheck                                      !--- Run isotopes checking routines
     33   !=== FOR BOTH TRACERS AND ISOTOPES
     34   PUBLIC :: getKey                                        !--- Get a key from "tracers" or "isotope"
     35
     36   PUBLIC :: ntraciso, ntraceurs_zone, iqiso
     37   PUBLIC :: ok_isotopes, ok_iso_verif, ok_isotrac, ok_init_iso, use_iso
     38   PUBLIC :: index_trac, iso_indnum, indnum_fn_num, niso_possibles
     39   PUBLIC :: qperemin, masseqmin, ratiomin
     40
     41   INTERFACE isoSelect; MODULE PROCEDURE isoSelectByIndex, isoSelectByName; END INTERFACE isoSelect
     42
     43!=== CONVENTIONS FOR TRACERS NUMBERS:
     44!  |--------------------+-----------------------+-----------------+---------------+----------------------------|
     45!  | water in different |    water tagging      |  water isotopes | other tracers | additional tracers moments |
     46!  | phases: H2O_[gls]  |      isotopes         |                 |               |  for higher order schemes  |
     47!  |--------------------+-----------------------+-----------------+---------------+----------------------------|
     48!  |                    |                       |                 |               |                            |
     49!  |<--     nqo      -->|<-- nqo*niso* nzone -->|<-- nqo*niso  -->|<--  nbtr   -->|<--        (nmom)        -->|         
     50!  |                    |                                         |                                            |
     51!  |                    |<-- nqo*niso*(nzone+1)  =   nqo*ntiso -->|<--    nqtottr = nbtr + nmom             -->|
     52!  |                                                                              = nqtot - nqo*(ntiso+1)      |
     53!  |                                                                                                           |
     54!  |<--                        nqtrue  =  nbtr + nqo*(ntiso+1)                 -->|                            |
     55!  |                                                                                                           |
     56!  |<--                        nqtot   =  nqtrue + nmom                                                     -->|
     57!  |                                                                                                           |
     58!  |-----------------------------------------------------------------------------------------------------------|
     59!  NOTES FOR THIS TABLE:
     60!  * Used "niso", "nzone" and "ntiso" are components of "isotopes(ip)" for water (isotopes(ip)%parent == 'H2O'),
     61!    since water is so far the sole tracers family, except passive CO2, removed from the main tracers table.
     62!  * For water, "nqo" is equal to the more general field "isotopes(ip)%nphas".
     63!  * "niso", "nzone", "ntiso", "nphas" are defined for other isotopic tracers families, if any.
     64!
     65!=== DERIVED TYPE EMBEDDING MOST OF THE TRACERS-RELATED QUANTITIES (LENGTH: nqtot)
     66!    Each entry is accessible using "%" sign.
     67!  |-------------+------------------------------------------------------+-------------+------------------------+
     68!  |  entry      | Meaning                                              | Former name | Possible values        |
     69!  |-------------+------------------------------------------------------+-------------+------------------------+
     70!  | name        | Name (short)                                         | tname       |                        |
     71!  | gen0Name    | Name of the 1st generation ancestor                  | /           |                        |
     72!  | parent      | Name of the parent                                   | /           |                        |
     73!  | longName    | Long name (with adv. scheme suffix) for outputs      | ttext       |                        |
     74!  | type        | Type (so far: tracer or tag)                         | /           | tracer,tag             |
     75!  | phase       | Phases list ("g"as / "l"iquid / "s"olid)             | /           | [g][l][s]              |
     76!  | component   | Name(s) of the merged/cumulated section(s)           | /           | coma-separated names   |
     77!  | iadv        | Advection scheme number                              | iadv        | 1-20,30 exc. 3-9,15,19 |
     78!  | iGeneration | Generation (>=1)                                     | /           |                        |
     79!  | isAdvected  | advected tracers flag (.TRUE. if iadv > 0)           | /           | nqtrue  .TRUE. values  |
     80!  | isH2Ofamily | H2O tracer/isotope/tagging tracer                    | /           | nqtottr .TRUE. values  |
     81!  | iqParent    | Index of the parent tracer                           | iqpere      | 1:nqtot                |
     82!  | iqDescen    | Indexes of the childs       (all generations)        | iqfils      | 1:nqtot                |
     83!  | nqDescen    | Number of the descendants   (all generations)        | nqdesc      | 1:nqtot                |
     84!  | nqChilds    | Number of childs            (1st generation only)    | nqfils      | 1:nqtot                |
     85!  | iso_iGroup  | Isotopes group index in isotopes(:)                  | /           | 1:nbIso                |
     86!  | iso_iName   | Isotope  name  index in isotopes(iso_iGroup)%trac(:) | iso_indnum  | 1:niso                 |
     87!  | iso_iZone   | Isotope  zone  index in isotopes(iso_iGroup)%zone(:) | zone_num    | 1:nzone                |
     88!  | iso_iPhas   | Isotope  phase index in isotopes(iso_iGroup)%phas(:) | phase_num   | 1:nphas                |
     89!  | keys        | key/val pairs accessible with "getKey" routine       | /           |                        |
     90!  +-------------+------------------------------------------------------+-------------+------------------------+
     91!
     92!=== DERIVED TYPE EMBEDDING MOST OF THE ISOTOPES-RELATED QUANTITIES (LENGTH: nbIso, NUMBER OF ISOTOPES FAMILIES)
     93!    Each entry is accessible using "%" sign.
     94!  |-----------------+--------------------------------------------------+----------------+-----------------+
     95!  |  entry | length | Meaning                                          | Former name    | Possible values |
     96!  |-----------------+--------------------------------------------------+----------------+-----------------+
     97!  | parent          | Parent tracer (isotopes family name)             |                |                 |
     98!  | keys   | niso   | Isotopes keys/values pairs list + number         |                |                 |
     99!  | trac   | ntiso  | Isotopes + tagging tracers list + number         |                |                 |
     100!  | zone   | nzone  | Geographic tagging zones   list + number         |                |                 |
     101!  | phase  | nphas  | Phases                     list + number         |                | [g][l][s], 1:3  |
     102!  | niso            | Number of isotopes, excluding tagging tracers    |                |                 |
     103!  | ntiso           | Number of isotopes, including tagging tracers    | ntraciso       |                 |
     104!  | nzone           | Number of geographic tagging zones               | ntraceurs_zone |                 |
     105!  | nphas           | Number of phases                                 |                |                 |
     106!  | iTraPha         | Index in "trac(1:niso)" = f(name(1:ntiso)),phas) | iqiso          | 1:niso          |
     107!  | iZonIso         | Index in "trac(1:ntiso)" = f(zone, name(1:niso)) | index_trac     | 1:nzone         |
     108!  |-----------------+--------------------------------------------------+----------------+-----------------+
     109
     110   REAL, PARAMETER :: min_qParent = 1.e-30, min_qMass = 1.e-18, min_ratio = 1.e-16 ! MVals et CRisi
     111
     112   !=== DIMENSIONS OF THE TRACERS TABLES AND OTHER SCALAR VARIABLES
     113   INTEGER,                 SAVE :: nqtot,  &                   !--- Tracers nb in dynamics (incl. higher moments + H2O)
     114                                    nbtr,   &                   !--- Tracers nb in physics  (excl. higher moments + H2O)
     115                                    nqo,    &                   !--- Number of water phases
     116                                    nbIso,  &                   !--- Number of available isotopes family
     117                                    nqtottr, &                  !--- Number of tracers passed to phytrac (TO BE DELETED ?)
     118                                    nqCO2                       !--- Number of tracers of CO2  (ThL)
     119   CHARACTER(LEN=maxlen),   SAVE :: type_trac                   !--- Keyword for tracers type
     120
     121   !=== DERIVED TYPES EMBEDDING MOST INFORMATIONS ABOUT TRACERS AND ISOTOPES FAMILIES
     122   TYPE(trac_type), TARGET, SAVE, ALLOCATABLE ::  tracers(:)    !=== TRACERS DESCRIPTORS VECTOR
     123   TYPE(isot_type), TARGET, SAVE, ALLOCATABLE :: isotopes(:)    !=== ISOTOPES PARAMETERS VECTOR
     124
     125   !=== ALIASES FOR CURRENTLY SELECTED ISOTOPES FAMILY OF VARIABLES EMBEDDED IN THE VECTOR "isotopes"
     126   TYPE(isot_type),         SAVE, POINTER :: isotope            !--- CURRENTLY SELECTED ISOTOPES FAMILY DESCRIPTOR
     127   INTEGER,                 SAVE          :: ixIso, iH2O        !--- Index of the selected isotopes family and H2O family
     128   LOGICAL,                 SAVE          :: isoCheck           !--- Flag to trigger the checking routines
     129   TYPE(keys_type),         SAVE, POINTER :: isoKeys(:)         !--- ONE SET OF KEYS FOR EACH ISOTOPE (LISTED IN isoName)
     130   CHARACTER(LEN=maxlen),   SAVE, POINTER :: isoName(:),   &    !--- ISOTOPES NAMES FOR THE CURRENTLY SELECTED FAMILY
     131                                             isoZone(:),   &    !--- TAGGING ZONES  FOR THE CURRENTLY SELECTED FAMILY
     132                                             isoPhas            !--- USED PHASES    FOR THE CURRENTLY SELECTED FAMILY
     133   INTEGER, TARGET,         SAVE          ::  niso, nzone, &    !--- NUMBER OF ISOTOPES, TAGGING ZONES AND PHASES
     134                                             nphas, ntiso       !--- NUMBER OF PHASES AND ISOTOPES + ISOTOPIC TAGGING TRACERS
     135   INTEGER,                 SAVE, POINTER :: iZonIso(:,:)       !--- INDEX IN "isoTrac" AS f(tagging zone, isotope)
     136   INTEGER,                 SAVE, POINTER :: iTraPha(:,:)       !--- INDEX IN "isoTrac" AS f(isotopic tracer, phase)
     137   INTEGER, ALLOCATABLE,    SAVE ::  index_trac(:,:) ! numero ixt en fn izone, indnum entre 1 et niso
     138   INTEGER, ALLOCATABLE,    SAVE ::  iqiso(:,:)      ! donne indice iq en fn de (ixt,phase)
     139
     140   !--- Aliases for older names
     141   INTEGER, POINTER, SAVE :: ntraciso, ntraceurs_zone
     142   REAL,    POINTER, SAVE :: qperemin, masseqmin, ratiomin
    36143
    37144! CRisi: cas particulier des isotopes
    38   LOGICAL,SAVE :: ok_isotopes,ok_iso_verif,ok_isotrac,ok_init_iso
    39   INTEGER :: niso_possibles   
    40   PARAMETER ( niso_possibles=5)
    41   REAL, DIMENSION (niso_possibles),SAVE :: tnat,alpha_ideal
    42   LOGICAL, DIMENSION(niso_possibles),SAVE ::  use_iso
    43   INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:), SAVE ::  iqiso ! donne indice iq en fn de (ixt,phase)
    44   INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:), SAVE ::  iso_indnum ! donne numero iso entre 1 et niso effectif en fn de nqtot
    45   INTEGER, DIMENSION(niso_possibles), SAVE :: indnum_fn_num ! donne indice entre entre 1 et niso en fonction du numero d isotope entre 1 et niso_possibles
    46   INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:), SAVE ::  index_trac ! numero ixt en fn izone, indnum entre 1 et niso
    47   INTEGER,SAVE :: niso,ntraceurs_zone,ntraciso
     145   INTEGER, PARAMETER :: niso_possibles = 5
     146   LOGICAL, SAVE      :: ok_isotopes, ok_iso_verif, ok_isotrac, ok_init_iso
     147   LOGICAL, SAVE, ALLOCATABLE ::       use_iso(:)
     148   INTEGER, SAVE, ALLOCATABLE ::    iso_indnum(:)     !--- Gives 1<=idx<=niso_possibles as function(1<=iq <=nqtot)
     149   INTEGER, SAVE, ALLOCATABLE :: indnum_fn_num(:)     !--- Gives 1<=idx<=niso           as function(1<=idx<=niso_possibles)
     150
     151   !=== VARIABLES FOR ISOTOPES INITIALIZATION AND FOR INCA
     152   REAL,               SAVE, ALLOCATABLE ::     tnat(:),  &     !--- Natural relative abundance of water isotope        (niso)
     153                                         alpha_ideal(:)         !--- Ideal fractionning coefficient (for initial state) (niso)
     154   INTEGER,            SAVE, ALLOCATABLE :: conv_flg(:),  &     !--- Convection     activation ; needed for INCA        (nbtr)
     155                                             pbl_flg(:)         !--- Boundary layer activation ; needed for INCA        (nbtr)
     156   CHARACTER(LEN=8),   SAVE, ALLOCATABLE ::   solsym(:)         !--- Names from INCA                                    (nbtr)
     157   LOGICAL, PARAMETER :: lOldCode = .TRUE.
    48158
    49159CONTAINS
    50160
    51   SUBROUTINE infotrac_init
    52     USE control_mod, ONLY: planet_type, config_inca
     161SUBROUTINE infotrac_init
     162   USE control_mod, ONLY: planet_type, config_inca
    53163#ifdef REPROBUS
    54     USE CHEM_REP, ONLY : Init_chem_rep_trac
    55 #endif
    56     IMPLICIT NONE
    57 !=======================================================================
     164   USE CHEM_REP,    ONLY: Init_chem_rep_trac
     165#endif
     166   IMPLICIT NONE
     167!==============================================================================================================================
    58168!
    59169!   Auteur:  P. Le Van /L. Fairhead/F.Hourdin
    60170!   -------
    61 !   Modif special traceur F.Forget 05/94
    62 !   Modif M-A Filiberti 02/02 lecture de traceur.def
     171!
     172!   Modifications:
     173!   --------------
     174!   05/94: F.Forget      Modif special traceur
     175!   02/02: M-A Filiberti Lecture de traceur.def
     176!   01/22: D. Cugnet     Nouveaux tracer.def et tracer_*.def + encapsulation (types tr et iso)
    63177!
    64178!   Objet:
     
    66180!   GCM LMD nouvelle grille
    67181!
    68 !=======================================================================
     182!==============================================================================================================================
    69183!   ... modification de l'integration de q ( 26/04/94 ) ....
    70 !-----------------------------------------------------------------------
    71 ! Declarations
    72 
    73     INCLUDE "dimensions.h"
    74     INCLUDE "iniprint.h"
    75 
     184!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     185! Declarations:
     186   INCLUDE "dimensions.h"
     187   INCLUDE "iniprint.h"
     188
     189!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    76190! Local variables
    77     INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: hadv  ! index of horizontal trasport schema
    78     INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: vadv  ! index of vertical trasport schema
    79 
    80     INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: hadv_inca  ! index of horizontal trasport schema
    81     INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: vadv_inca  ! index of vertical trasport schema
    82 
    83     INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: conv_flg_inca
    84     INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: pbl_flg_inca
    85     CHARACTER(len=8), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: solsym_inca
    86 
    87     CHARACTER(len=maxlen), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: tnom_0  ! tracer short name
    88     CHARACTER(len=maxlen), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: tnom_transp ! transporting fluid short name: CRisi
    89     CHARACTER(len=3), DIMENSION(30) :: descrq
    90     CHARACTER(len=1), DIMENSION(3)  :: txts
    91     CHARACTER(len=2), DIMENSION(9)  :: txtp
    92     CHARACTER(len=maxlen)           :: str1,str2
    93  
    94     INTEGER :: nqtrue  ! number of tracers read from tracer.def, without higer order of moment
    95     INTEGER :: iq, new_iq, iiq, jq, ierr,itr, iadv
    96     INTEGER :: ifils,ipere ! CRisi
    97     LOGICAL :: continu,nouveau_traceurdef
    98     INTEGER :: IOstatus ! gestion de la retrocompatibilite de traceur.def
    99     CHARACTER(len=maxlen) :: tchaine, msg1
    100     INTEGER, ALLOCATABLE  :: iqfils(:,:)
    101     INTEGER :: nqINCA
    102 
    103     character(len=*),parameter :: modname="infotrac_init"
    104 
    105 !-----------------------------------------------------------------------
     191   INTEGER, ALLOCATABLE :: &
     192                  hadv(:), had(:), hadv_inca(:), conv_flg_inca(:), & !--- Horizontal/vertical transport scheme number
     193                  vadv(:), vad(:), vadv_inca(:),  pbl_flg_inca(:)    !---   + specific variables for INCA
     194   CHARACTER(LEN=8), ALLOCATABLE :: solsym_inca(:)                   !--- Tracers names for INCA
     195   CHARACTER(LEN=2)      ::   suff(9)                                !--- Suffixes for schemes of order 3 or 4 (Prather)
     196   CHARACTER(LEN=3)      :: descrq(30)                               !--- Advection scheme description tags
     197   CHARACTER(LEN=maxlen) :: oldH2O, newH2O                           !--- Old and new water names
     198   CHARACTER(LEN=maxlen) :: msg1, msg2                               !--- Strings for messages
     199   CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: str(:)                      !--- Temporary storage
     200   INTEGER :: fType                                                  !--- Tracers description file type ; 0: none
     201                                                                     !--- 1/2/3: "traceur.def"/"tracer.def"/"tracer_*.def"
     202   INTEGER :: nqtrue                                                 !--- Tracers nb from tracer.def (no higher order moments)
     203   INTEGER :: iad                                                    !--- Advection scheme number
     204   INTEGER :: ic, ip, np, iq, jq, it, nt, im, nm, ix, iz, nz         !--- Indexes and temporary variables
     205   LOGICAL :: lerr, ll
     206   CHARACTER(LEN=1) :: p
     207   TYPE(trac_type), ALLOCATABLE, TARGET :: ttr(:)
     208   TYPE(trac_type), POINTER             :: t1, tp, t(:)
     209   TYPE(isot_type), POINTER             :: iso
     210
     211   CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: tnom_0(:), tnom_transp(:)        !--- Tracer short name + transporting fluid name
     212   CHARACTER(LEN=maxlen)              :: tchaine
     213   INTEGER :: ierr, nqINCA
     214   LOGICAL :: lINCA
     215
     216   CHARACTER(LEN=*), PARAMETER :: modname="infotrac_init"
     217!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    106218! Initialization :
     219!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     220   suff          = ['x ','y ','z ','xx','xy','xz','yy','yz','zz']
     221   descrq( 1: 2) = ['LMV','BAK']
     222   descrq(10:20) = ['VL1','VLP','FH1','FH2','VLH','   ','PPM','PPS','PPP','   ','SLP']
     223   descrq(30)    =  'PRA'
     224   
     225   CALL msg('type_trac='//TRIM(type_trac), modname)
     226   IF(lOldCode) THEN
     227      str = [type_trac]; nt = 1
     228   ELSE
     229      IF(strParse(type_trac, ',', str, n=nt)) CALL abort_gcm(modname,'can''t parse "type_trac = '//TRIM(type_trac)//'"',1)
     230   END IF
     231
     232   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     233   DO it = 1, nt                                                          !--- nt>1=> "type_trac": coma-separated keywords list
     234   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     235      !--- MESSAGE ABOUT THE CHOSEN CONFIGURATION
     236      msg1 = 'For type_trac = "'//TRIM(str(it))//'":'
     237      SELECT CASE(type_trac)
     238         CASE('inca'); CALL msg(TRIM(msg1)//' coupling with INCA chemistry model, config_inca='//config_inca, modname)
     239         CASE('inco'); CALL msg(TRIM(msg1)//' coupling jointly with INCA and CO2 cycle',  modname)
     240         CASE('repr'); CALL msg(TRIM(msg1)//' coupling with REPROBUS chemistry model',    modname)
     241         CASE('co2i'); CALL msg(TRIM(msg1)//' you have chosen to run with CO2 cycle',     modname)
     242         CASE('coag'); CALL msg(TRIM(msg1)//' tracers are treated for COAGULATION tests', modname)
     243         CASE('lmdz'); CALL msg(TRIM(msg1)//' tracers are treated in LMDZ only',          modname)
     244         CASE DEFAULT; CALL abort_gcm(modname,'type_trac='//TRIM(str(it))//' not possible yet.',1)
     245      END SELECT
     246
     247      !--- COHERENCE TEST BETWEEN "type_trac" AND "config_inca"
     248      IF(ANY(['inca', 'inco'] == str(it)) .AND. ALL(['aero', 'aeNP', 'chem'] /= config_inca)) &
     249         CALL abort_gcm(modname, 'Incoherence between type_trac and config_inca. Please modify "run.def"',1)
     250
     251      !--- COHERENCE TEST BETWEEN "type_trac" AND PREPROCESSING KEYS
     252      SELECT CASE(str(it))
     253         CASE('inca','inco')
     254#ifndef INCA
     255            CALL abort_gcm(modname, 'You must add cpp key INCA and compile with INCA code', 1)
     256#endif
     257         CASE('repr')
     258#ifndef REPROBUS
     259            CALL abort_gcm(modname, 'You must add cpp key REPROBUS and compile with REPROBUS code', 1)
     260#endif
     261         CASE('coag')
     262#ifndef CPP_StratAer
     263            CALL abort_gcm(modname, 'You must add cpp key StratAer and compile with StratAer code', 1)
     264#endif
     265      END SELECT
     266
     267      !--- DISABLE "config_inca" OPTION FOR A RUN WITHOUT "INCA" IF IT DIFFERS FROM "none"
     268      IF(fmsg('Setting config_inca="none" as you do not couple with INCA model', &
     269              modname, ALL(['inca', 'inco'] /= str(it)) .AND. config_inca /= 'none')) config_inca = 'none'
     270
     271   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     272   END DO
     273   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     274
     275   nqCO2 = 0; IF(ANY(str == 'inco')) nqCO2 = 1
     276
     277!==============================================================================================================================
     278! 1) Get the numbers of: true (first order only) tracers "nqtrue", water tracers "nqo" (vapor/liquid/solid)
     279!==============================================================================================================================
     280
     281!++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     282   IF(lOldCode) THEN
     283!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     284   !--- Determine nqtrue and (INCA only) nqo, nbtr
     285   OPEN(90, FILE='traceur.def', FORM='formatted', STATUS='old', IOSTAT=ierr)
     286   IF(ierr /= 0) CALL abort_gcm(modname, 'file "traceur.def" not found !', 1)
     287   CALL msg('File "traceur.def" successfully opened.', modname)
     288   lINCA = ANY(['inca','inco'] == type_trac)
     289
     290   IF(lINCA) THEN
     291#ifdef INCA
     292      READ(90,*) nqo
     293      IF(nqCO2==1 .AND. nqo==4) nqo = 3
     294      CALL Init_chem_inca_trac(nqINCA)
     295      nbtr = nqINCA + nqCO2
     296      nqtrue = nbtr + nqo
     297      IF(ALL([2,3] /= nqo) CALL abort_gcm(modname, 'Only 2 or 3 water phases allowed ; found nqo='//TRIM(int2str(nqo)), 1)
     298      CALL msg('nqo    = '//TRIM(int2str(nqo)),    modname)
     299      CALL msg('nbtr   = '//TRIM(int2str(nbtr)),   modname)
     300      CALL msg('nqtrue = '//TRIM(int2str(nqtrue)), modname)
     301      CALL msg('nqCO2  = '//TRIM(int2str(nqCO2)),  modname)
     302      CALL msg('nqINCA = '//TRIM(int2str(nqINCA)), modname)
     303      ALLOCATE(hadv_inca(nqINCA), conv_flg_inca(nqINCA), solsym_inca(nqINCA))
     304      ALLOCATE(vadv_inca(nqINCA),  pbl_flg_inca(nqINCA))
     305      CALL init_transport(hadv_inca, vadv_inca, conv_flg_inca, pbl_flg_inca, solsym_inca)
     306      ! DC passive CO2 tracer is at position 1: H2O was removed ; nqCO2/=0 in "inco" case only
     307      conv_flg = [(  1,        ic=1, nqCO2),conv_flg_inca]
     308       pbl_flg = [(  1,        ic=1, nqCO2), pbl_flg_inca]
     309       solsym  = [('CO2     ', ic=1, nqCO2)   solsym_inca]
     310      DEALLOCATE(conv_flg_inca, pbl_flg_inca, solsym_inca)
     311#endif
     312   ELSE
     313      READ(90,*) nqtrue
     314   END IF
     315
     316   IF (planet_type=="earth" .AND. nqtrue < 2) &
     317      CALL abort_gcm('infotrac_init', 'Not enough tracers: nqtrue='//TRIM(int2str(nqtrue))//', 2 tracers is the minimum', 1)
     318
     319   !--- Allocate variables depending on nqtrue
     320   ALLOCATE(hadv(nqtrue), vadv(nqtrue), tnom_0(nqtrue), tnom_transp(nqtrue), tracers(nqtrue))
     321
     322   !--- Continue to read tracer.def
     323   it = 0
     324   DO iq = 1, nqtrue
     325#ifdef INCA
     326      IF(iq > nqo+nqCO2) THEN
     327         it = it+1
     328         hadv  (iq) = hadv_inca  (it)
     329         vadv  (iq) = vadv_inca  (it)
     330         tnom_0(iq) = solsym_inca(it)
     331         tnom_transp(iq) = 'air'
     332         CYCLE
     333      END IF
     334#endif
     335      CALL msg('237: iq='//TRIM(int2str(iq)), modname)
     336      READ(90,'(I2,X,I2,X,A)',IOSTAT=ierr) hadv(iq),vadv(iq),tchaine
     337      WRITE(msg1,'("iq, hadv(iq), vadv(iq) = ",i0,2(", ",i0))')iq, hadv(iq), vadv(iq)
     338      CALL msg(msg1, modname)
     339      CALL msg('tchaine = "'//TRIM(tchaine)//'"', modname)
     340      CALL msg('infotrac 238: IOstatus='//TRIM(int2str(ierr)), modname)
     341      IF(ierr/=0) CALL abort_gcm('infotrac_init', 'Pb dans la lecture de traceur.def', 1)
     342      jq = INDEX(tchaine(1:LEN_TRIM(tchaine)),' ')
     343      CALL msg("Ancienne version de traceur.def: traceurs d'air uniquement", modname, iq==1 .AND. jq==0)
     344      CALL msg("Nouvelle version de traceur.def",                            modname, iq==1 .AND. jq/=0)
     345      IF(jq /= 0) THEN                                               !--- Space in the string chain => new format
     346         tnom_0     (iq) = tchaine(1:jq-1)
     347         tnom_transp(iq) = tchaine(jq+1:)
     348      ELSE
     349         tnom_0     (iq) = tchaine
     350         tnom_transp(iq) = 'air'
     351      END IF
     352      CALL msg(     'tnom_0(iq)=<'//TRIM(tnom_0(iq))     //'>', modname)
     353      CALL msg('tnom_transp(iq)=<'//TRIM(tnom_transp(iq))//'>', modname)
     354   END DO
     355
     356   CLOSE(90)
     357
     358#ifndef INCA
     359   conv_flg = [(1, ic=1, nbtr)]                                      !--- Convection activated for all tracers
     360    pbl_flg = [(1, ic=1, nbtr)]                                      !--- Boundary layer activated for all tracers
     361   ALLOCATE(solsym(nbtr))
     362   CALL msg('Valeur de traceur.def :', modname)
     363   CALL msg('nombre total de traceurs '//TRIM(int2str(nqtrue)), modname)
     364   DO iq = 1, nqtrue
     365      CALL msg(strStack([int2str(hadv(iq)), int2str(vadv(iq)), tnom_0(iq), tnom_transp(iq)]), modname)
     366   END DO
     367   IF(planet_type /= 'earth') nqo = 0                                !--- Same number of tracers in dynamics and physics
     368   IF(planet_type == 'earth') nqo = COUNT(delPhase(tnom_0) == 'H2O') !--- for all planets except for Earth
     369   nbtr = nqtrue - nqo               
     370#endif
     371
     372   !--- SET FIELDS %name, %parent, %phase, %component
     373   tracers(:)%name      = tnom_0
     374   tracers(:)%parent    = tnom_transp
     375   tracers(:)%phase     = 'g'
     376   tracers(:)%component = type_trac
     377   DO ip = 1, nphases
     378      p = old_phases(ip:ip)
     379      iq = strIdx(tracers(:)%name, 'H2O'//p)
     380      IF(iq /= 0) CYCLE
     381      tracers(iq)%phase = p
     382      IF(lINCA) tracers(iq)%component = 'lmdz'
     383   END DO
     384   IF(lINCA) tracers(1+nqo:nqCO2+nqo)%component = 'co2i'
     385   CALL setGeneration(tracers)                                       !--- SET FIELDS %iGeneration, %gen0Name
     386
     387! manque "type"
     388
     389!++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     390ELSE
     391!++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     392   IF(readTracersFiles(type_trac, fType, tracers)) CALL abort_gcm(modname, 'problem with tracers file(s)',1)
     393   IF(fType == 0) CALL abort_gcm(modname, 'Missing tracers file: "traceur.def", "tracer.def" or "tracer_<keyword>.def file.',1)
     394   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     395   IF(fType == 1) THEN                                               !=== FOUND AN OLD STYLE "traceur.def"
     396   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     397#ifdef INCA
     398      nqo = SIZE(tracers)
     399      IF(nqCO2==1 .AND. nqo==4) nqo = 3                              !--- Force nqo to 3 (ThL)
     400      CALL Init_chem_inca_trac(nqINCA)                               !--- Get nqINCA from INCA
     401      nbtr = nqINCA + nqCO2                                          !--- Number of tracers passed to phytrac
     402      nqtrue = nbtr + nqo                                            !--- Total number of "true" tracers
     403      IF(ALL([2,3] /= nqo) CALL abort_gcm(modname, 'Only 2 or 3 water phases allowed ; found nqo='//TRIM(int2str(nqo)), 1)
     404      CALL msg('nqo    = '//TRIM(int2str(nqo)),    modname)
     405      CALL msg('nbtr   = '//TRIM(int2str(nbtr)),   modname)
     406      CALL msg('nqtrue = '//TRIM(int2str(nqtrue)), modname)
     407      CALL msg('nqCO2  = '//TRIM(int2str(nqCO2)),  modname)
     408      CALL msg('nqINCA = '//TRIM(int2str(nqINCA)), modname)
     409      ALLOCATE(hadv(nqtrue), hadv_inca(nqINCA), conv_flg_inca(nqINCA), solsym_inca(nqINCA))
     410      ALLOCATE(vadv(nqtrue), vadv_inca(nqINCA),  pbl_flg_inca(nqINCA))
     411      CALL init_transport(hadv_inca, vadv_inca, conv_flg_inca, pbl_flg_inca, solsym_inca)
     412      ! DC passive CO2 tracer is at position 1: H2O was removed ; nqCO2/=0 in "inco" case only
     413      conv_flg = [(  1,        k=1, nqCO2), conv_flg_inca]
     414       pbl_flg = [(  1,        k=1, nqCO2),  pbl_flg_inca]
     415       solsym  = [('CO2     ', k=1, nqCO2)    solsym_inca]
     416      DEALLOCATE(conv_flg_inca, pbl_flg_inca, solsym_inca)
     417      ALLOCATE(ttr(nqtrue))
     418      ttr(1:nqo+nqCO2)                    = tracers
     419      ttr(1    :      nqo   )%component   = 'lmdz'
     420      ttr(1+nqo:nqCO2+nqo   )%component   = 'co2i'
     421      ttr(1+nqo+nqCO2:nqtrue)%component   = 'inca'
     422      ttr(1+nqo      :nqtrue)%name        = solsym
     423      ttr(1+nqo+nqCO2:nqtrue)%parent      = tran0
     424      ttr(1+nqo+nqCO2:nqtrue)%phase       = 'g'
     425      lerr = getKey('hadv', had, ky=ttr(:)%keys); hadv(:) = [had, hadv_inca]
     426      lerr = getKey('vadv', vad, ky=ttr(:)%keys); vadv(:) = [vad, vadv_inca]
     427      DEALLOCATE(had, hadv_inca, vad, vadv_inca)
     428      CALL MOVE_ALLOC(FROM=ttr, TO=tracers)
     429      CALL setGeneration(tracers)                                    !--- SET FIELDS %iGeneration, %gen0Name
     430#else
     431      nqo    = COUNT(delPhase(tracers(:)%name) == 'H2O')             !--- Number of water phases
     432      nqtrue = SIZE(tracers)                                         !--- Total number of "true" tracers
     433      nbtr   = nqtrue - nqo                                          !--- Number of tracers passed to phytrac
     434      lerr = getKey('hadv', hadv, ky=tracers(:)%keys)
     435      lerr = getKey('vadv', vadv, ky=tracers(:)%keys)
     436#endif
     437   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     438   ELSE                                                              !=== FOUND NEW STYLE TRACERS CONFIGURATION FILE(S)
     439   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     440      nqo    = COUNT(delPhase(tracers(:)%name) == 'H2O')             !--- Number of water phases
     441      nqtrue = SIZE(tracers)                                         !--- Total number of "true" tracers
     442      nbtr   = nqtrue - nqo                                          !--- Number of tracers passed to phytrac
     443      lerr = getKey('hadv', hadv, ky=tracers(:)%keys)
     444      lerr = getKey('vadv', vadv, ky=tracers(:)%keys)
     445      ALLOCATE(solsym(nbtr))
     446      conv_flg = [(1, it=1, nbtr)]
     447       pbl_flg = [(1, it=1, nbtr)]
     448   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     449   END IF
     450   !---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     451END IF
     452!++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     453
     454   CALL getKey_init(tracers)
     455
     456   !--- Transfert the number of tracers to Reprobus
     457#ifdef REPROBUS
     458   CALL Init_chem_rep_trac(nbtr, nqo, tracers(:)%name)
     459#endif
     460
     461!==============================================================================================================================
     462! 2) Calculate nqtot, number of tracers needed (greater if advection schemes 20 or 30 have been chosen).
     463!==============================================================================================================================
     464   DO iq = 1, nqtrue
     465      IF( hadv(iq)<20 .OR. (ANY(hadv(iq)==[20,30]) .AND. hadv(iq)==vadv(iq)) ) CYCLE
     466      WRITE(msg1,'("The choice hadv=",i0,", vadv=",i0,a)')hadv(iq),vadv(iq),' for "'//TRIM(tracers(iq)%name)//'" is not available'
     467      CALL abort_gcm(modname, TRIM(msg1), 1)
     468   END DO
     469   nqtot =    COUNT( hadv< 20 .AND. vadv< 20 ) &                     !--- No additional tracer
     470         +  4*COUNT( hadv==20 .AND. vadv==20 ) &                     !--- 3  additional tracers
     471         + 10*COUNT( hadv==30 .AND. vadv==30 )                       !--- 9  additional tracers
     472
     473   !--- More tracers due to the choice of advection scheme => assign total number of tracers
     474   IF( nqtot /= nqtrue ) THEN
     475      CALL msg('The choice of advection scheme for one or more tracers makes it necessary to add tracers')
     476      CALL msg('The number of true tracers is '//TRIM(int2str(nqtrue)))
     477      CALL msg('The total number of tracers needed is '//TRIM(int2str(nqtot)))
     478   END IF
     479   CALL msg('nqo    = '//TRIM(int2str(nqo)),    modname)
     480   CALL msg('nbtr   = '//TRIM(int2str(nbtr)),   modname)
     481   CALL msg('nqtrue = '//TRIM(int2str(nqtrue)), modname)
     482   CALL msg('nqtot  = '//TRIM(int2str(nqtot)),  modname)
     483
     484!==============================================================================================================================
     485! 3) Determine the advection scheme choice for water and tracers "iadv" and the fields long name, isAdvected.
     486!     iadv = 1    "LMDZ-specific humidity transport" (for H2O vapour)          LMV
     487!     iadv = 2    backward                           (for H2O liquid)          BAK
     488!     iadv = 14   Van-Leer + specific humidity, modified by Francis Codron     VLH
     489!     iadv = 10   Van-Leer (chosen for vapour and liquid water)                VL1
     490!     iadv = 11   Van-Leer for hadv and PPM version (Monotonic) for vadv       VLP
     491!     iadv = 12   Frederic Hourdin I                                           FH1
     492!     iadv = 13   Frederic Hourdin II                                          FH2
     493!     iadv = 16   Monotonic         PPM (Collela & Woodward 1984)              PPM
     494!     iadv = 17   Semi-monotonic    PPM (overshoots allowed)                   PPS
     495!     iadv = 18   Definite positive PPM (overshoots and undershoots allowed)   PPP
     496!     iadv = 20   Slopes                                                       SLP
     497!     iadv = 30   Prather                                                      PRA
    107498!
    108     txts=(/'x','y','z'/)
    109     txtp=(/'x ','y ','z ','xx','xy','xz','yy','yz','zz'/)
    110 
    111     descrq(14)='VLH'
    112     descrq(10)='VL1'
    113     descrq(11)='VLP'
    114     descrq(12)='FH1'
    115     descrq(13)='FH2'
    116     descrq(16)='PPM'
    117     descrq(17)='PPS'
    118     descrq(18)='PPP'
    119     descrq(20)='SLP'
    120     descrq(30)='PRA'
    121    
    122     !--- MESSAGE ABOUT THE CHOSEN CONFIGURATION
    123     WRITE(lunout,*)'type_trac='//TRIM(type_trac)
    124     msg1 = 'For type_trac = "'//TRIM(type_trac)//'":'
    125     SELECT CASE(type_trac)
    126       CASE('inca'); WRITE(lunout,*)TRIM(msg1)//' coupling with INCA chemistry model, config_inca='//config_inca
    127       CASE('inco'); WRITE(lunout,*)TRIM(msg1)//' coupling jointly with INCA and CO2 cycle'
    128       CASE('repr'); WRITE(lunout,*)TRIM(msg1)//' coupling with REPROBUS chemistry model'
    129       CASE('co2i'); WRITE(lunout,*)TRIM(msg1)//' you have chosen to run with CO2 cycle'
    130       CASE('coag'); WRITE(lunout,*)TRIM(msg1)//' tracers are treated for COAGULATION tests'
    131       CASE('lmdz'); WRITE(lunout,*)TRIM(msg1)//' tracers are treated in LMDZ only'
    132       CASE DEFAULT
    133         CALL abort_gcm(modname,'type_trac='//TRIM(type_trac)//' not possible yet.',1)
    134     END SELECT
    135 
    136     !--- COHERENCE TEST BETWEEN "type_trac", "config_inca" AND PREPROCESSING KEYS
    137     SELECT CASE(type_trac)
    138       CASE('inca','inco'); IF(ALL(['aero', 'aeNP', 'chem']/=config_inca)) &
    139         CALL abort_gcm(modname, 'Incoherence between type_trac and config_inca. Please modify "run.def"',1)
    140 #ifndef INCA
    141         CALL abort_gcm(modname, 'You must add cpp key INCA and compile with INCA code',1)
    142 #endif
    143       CASE('repr')
    144 #ifndef REPROBUS
    145         CALL abort_gcm(modname, 'You must add cpp key REPROBUS and compile with REPROBUS code',1)
    146 #endif
    147       CASE('coag')
    148 #ifndef CPP_StratAer
    149         CALL abort_gcm(modname, 'You must add cpp key StratAer and compile with StratAer code',1)
    150 #endif
    151     END SELECT
    152 
    153     !--- Disable "config_inca" option for a run without INCA if it differs from "none"
    154     IF (ALL(['inca', 'inco', 'none'] /= config_inca)) THEN
    155       WRITE(lunout,*)'setting config_inca="none" as you do not couple with INCA model'
    156       config_inca = 'none'
    157     END IF
    158 
    159 !-----------------------------------------------------------------------
    160 !
    161 ! 1) Get the true number of tracers + water vapor/liquid
    162 !    Here true tracers (nqtrue) means declared tracers (only first order)
    163 !
    164 !-----------------------------------------------------------------------
    165     OPEN(90,file='traceur.def',form='formatted',status='old', iostat=ierr)
    166     IF(ierr.EQ.0) THEN
    167        WRITE(lunout,*) trim(modname),': Open traceur.def : ok'
    168     ELSE
    169        WRITE(lunout,*) trim(modname),': Failed opening traceur.def'
    170        CALL abort_gcm(modname,"file traceur.def not found!",1)
    171     ENDIF
    172     nqCO2 = 0; IF(type_trac == 'inco') nqCO2 = 1
    173     SELECT CASE(type_trac)
    174        CASE('lmdz','repr','coag','co2i'); READ(90,*) nqtrue
    175        CASE('inca','inco');               READ(90,*) nqo
    176           ! The traceur.def file is used to define the number "nqo" of water phases
    177           ! present in the simulation. Default : nqo = 2.
    178           IF (nqo == 4 .AND. type_trac=='inco') nqo = 3
    179           IF(ALL([2,3] /= nqo)) THEN
    180              WRITE(lunout,*) trim(modname),': nqo=',nqo, ' is not allowed. Only 2 or 3 water phases allowed'
    181              CALL abort_gcm('infotrac_init','Bad number of water phases',1)
    182           END IF
    183           ! nbtr has been read from INCA by init_const_lmdz() in gcm.F
    184 #ifdef INCA
    185           CALL Init_chem_inca_trac(nqINCA)
     499!        In array q(ij,l,iq) : iq = 1/2[/3]    for vapour/liquid[/ice] water
     500!        And optionaly:        iq = 3[4],nqtot for other tracers
     501!==============================================================================================================================
     502   ALLOCATE(ttr(nqtot))
     503   jq = nqtrue+1; tracers(:)%iadv = -1
     504   DO iq = 1, nqtrue
     505      t1 => tracers(iq)
     506
     507      !--- VERIFY THE CHOICE OF ADVECTION SCHEME
     508      iad = -1
     509      IF(hadv(iq)     ==    vadv(iq)    ) iad = hadv(iq)
     510      IF(hadv(iq)==10 .AND. vadv(iq)==16) iad = 11
     511      WRITE(msg1,'("Bad choice of advection scheme for ",a,": hadv = ",i0,", vadv = ",i0)')TRIM(t1%name), hadv(iq), vadv(iq)
     512      IF(iad == -1) CALL abort_gcm(modname, msg1, 1)
     513
     514      !--- SET FIELDS %longName, %iadv, %isAdvected, %isH2Ofamily
     515      t1%longName   = t1%name; IF(iad > 0) t1%longName=TRIM(t1%name)//descrq(iad)
     516      t1%iadv       = iad
     517      t1%isAdvected = iad > 0
     518      t1%isH2Ofamily= delPhase(t1%gen0Name) == 'H2O'
     519      ttr(iq)       = t1
     520
     521      !--- DEFINE THE HIGHER ORDER TRACERS, IF ANY
     522      nm = 0
     523      IF(iad == 20) nm = 3                                             !--- 2nd order scheme
     524      IF(iad == 30) nm = 9                                             !--- 3rd order scheme
     525      ttr(jq+1:jq+nm)             = t1
     526      ttr(jq+1:jq+nm)%name        = [(TRIM(t1%name)    //'-'//TRIM(suff(im)), im=1, nm) ]
     527      ttr(jq+1:jq+nm)%parent      = [(TRIM(t1%parent)  //'-'//TRIM(suff(im)), im=1, nm) ]
     528      ttr(jq+1:jq+nm)%longName    = [(TRIM(t1%longName)//'-'//TRIM(suff(im)), im=1, nm) ]
     529      ttr(jq+1:jq+nm)%iadv        = [(-iad,    im=1, nm) ]
     530      ttr(jq+1:jq+nm)%isAdvected  = [(.FALSE., im=1, nm) ]
     531      jq = jq + nm
     532   END DO
     533   DEALLOCATE(hadv, vadv)
     534   CALL MOVE_ALLOC(FROM=ttr, TO=tracers)
     535
     536   !--- SET FIELDS %iqParent, %nqChilds, %iGeneration, %iqDescen, %nqDescen
     537   CALL indexUpdate(tracers)
     538
     539   CALL msg('Information stored in infotrac :', modname)
     540   CALL msg('iadv  name  long_name :', modname)
     541
     542   !=== TEST ADVECTION SCHEME
     543   DO iq=1,nqtot ; t1 => tracers(iq); iad = t1%iadv
     544
     545      !--- ONLY TESTED VALUES FOR TRACERS FOR NOW:               iadv = 14, 10 (and 0 for non-transported tracers)
     546      IF(ALL([10,14,0] /= iad)) &
     547         CALL abort_gcm(modname, 'Not tested for iadv='//TRIM(int2str(iad))//' ; 10 or 14 only are allowed !', 1)
     548
     549      !--- ONLY TESTED VALUES FOR PARENTS HAVING CHILDS FOR NOW: iadv = 14, 10 (PARENTS: TRACERS OF GENERATION 1)
     550      IF(ALL([10,14] /= iad) .AND. t1%iGeneration == 1 .AND. ANY(tracers(:)%iGeneration > 1)) &
     551         CALL abort_gcm(modname, 'iadv='//TRIM(int2str(iad))//' not implemented for parents ; 10 or 14 only are allowed !', 1)
     552
     553      !--- ONLY TESTED VALUES FOR CHILDS FOR NOW:                iadv = 10     (CHILDS:  TRACERS OF GENERATION GREATER THAN 1)
     554      IF(fmsg('WARNING ! iadv='//TRIM(int2str(iad))//' not implemented for childs. Setting iadv=10 for "'//TRIM(t1%name)//'"',&
     555         modname, iad /= 10 .AND. t1%iGeneration > 1)) t1%iadv = 10
     556
     557      !--- ONLY VALID SCHEME NUMBER FOR WATER VAPOUR:            iadv = 14
     558      ll = t1%name /= addPhase('H2O','g'); IF(lOldCode) ll = t1%name /= 'H2Ov'
     559      IF(fmsg('WARNING ! iadv=14 is valid for water vapour only. Setting iadv=10 for "'//TRIM(t1%name)//'".', &
     560         modname, iad == 14 .AND. ll))                 t1%iadv = 10
     561   END DO
     562
     563IF(lOldCode) THEN
     564
     565   CALL infotrac_setHeredity                !--- SET FIELDS %iqParent, %nqChilds, %iGeneration, %gen0Name, %iqDescen, %nqDescen
     566   CALL infotrac_isoinit(tnom_0, nqtrue)    !--- SET FIELDS %type, %iso_iName, %iso_iZone, %iso_iPhase
     567   CALL getKey_init(tracers, isotopes)
     568   IF(isoSelect('H2O')) RETURN                                    !--- Select water isotopes ; finished if no water isotopes
     569   iH2O = ixIso                                                   !--- Keep track of water family index
     570
     571   !--- Remove the isotopic tracers from the tracers list passed to phytrac
     572   nbtr    = nbtr -nqo*   ntiso             !--- ISOTOPIC TAGGING TRACERS ARE NOT PASSED TO THE PHYSICS
     573   nqtottr = nqtot-nqo*(1+ntiso)            !--- NO H2O-FAMILY    TRACER  IS      PASSED TO THE PHYSICS
     574   CALL msg('702: nbtr, ntiso='//strStack(int2str([nbtr, ntiso])), modname)
     575   CALL msg('704: nqtottr, nqtot, nqo = '//strStack(int2str([nqtottr, nqtot, nqo])), modname)
     576   ! Rq: nqtottr n'est pas forcement egal a nbtr dans le cas ou nmom/=0
     577   IF(COUNT(tracers%iso_iName == 0 .AND. delPhase(tracers(:)%name)/='H2O') /= nqtottr) &
     578      CALL abort_gcm('infotrac_init', 'pb dans le calcul de nqtottr', 1)
     579
     580   !--- Finalize :
     581   DEALLOCATE(tnom_0, hadv, vadv, tnom_transp)
     582
     583ELSE
     584
     585   CALL initIsotopes(tracers, isotopes)
     586   nbIso = SIZE(isotopes); IF(nbIso==0) RETURN                    !--- No isotopes: finished.
     587
     588   !=== READ PHYSICAL PARAMETERS FROM "isotopes_params.def" FILE SPECIFIC TO WATER ISOTOPES
     589   !    DONE HERE, AND NOT ONLY IN "infotrac_phy", BECAUSE SOME PHYSICAL PARAMS ARE NEEDED FOR RESTARTS (tnat, alpha_ideal)
     590   CALL getKey_init(tracers, isotopes)
     591   IF(isoSelect('H2O')) RETURN                                    !--- Select water isotopes ; finished if no water isotopes
     592   iH2O = ixIso                                                   !--- Keep track of water family index
     593   IF(getKey('tnat' , tnat,        isoName(1:niso))) CALL abort_gcm(modname, 'can''t read "tnat"', 1)
     594   IF(getKey('alpha', alpha_ideal, isoName(1:niso))) CALL abort_gcm(modname, 'can''t read "alpha_ideal"', 1)
     595
     596   !=== ENSURE THE MEMBERS OF AN ISOTOPES FAMILY ARE PRESENT IN THE SAME PHASES
     597   DO ix = 1, nbIso
     598      iso => isotopes(ix)
     599      !--- Check whether each isotope and tagging isotopic tracer is present in the same number of phases
     600      DO it = 1, iso%ntiso
     601         np = SUM([(COUNT(tracers(:)%name == addPhase(iso%trac(it), iso%phase(ip:ip))), ip=1, iso%nphas)])
     602         IF(np == iso%nphas) CYCLE
     603         WRITE(msg1,'("Found ",i0," phases for ",s," instead of ",i0)')np, iso%trac(it), iso%nphas
     604         CALL abort_gcm(modname, msg1, 1)
     605      END DO
     606      DO it = 1, iso%niso
     607         nz = SUM([(COUNT(iso%trac == iso%trac(it)//'_'//iso%zone(iz)), iz=1, iso%nzone)])
     608         IF(nz == iso%nzone) CYCLE
     609         WRITE(msg1,'("Found ",i0," tagging zones for ",s," instead of ",i0)')nz, iso%trac(it), iso%nzone
     610         CALL abort_gcm(modname, msg1, 1)
     611      END DO
     612   END DO
     613   nqtottr = COUNT(tracers%iso_iName == 0)
     614
     615END IF
     616
     617   !=== DISPLAY THE RESULTING LIST
     618   t => tracers
     619   CALL msg('Information stored in infotrac :')
     620   IF(dispTable('issssiii', ['iq      ', 'name    ', 'longName', 'gen0Name', 'parent  ', 'iadv    ', 'iqParent', 'iGenerat'], &
     621                cat(t%name, t%longName, t%gen0Name, t%parent), cat([(iq, iq=1, nqtot)], t%iadv, t%iqParent, t%iGeneration)))  &
     622      CALL abort_gcm(modname, "problem with the tracers table content", 1)
     623
     624   !--- Some aliases to be removed later
     625   ntraciso       => iso%ntiso
     626   ntraceurs_zone => iso%nzone
     627   qperemin       =  min_qParent
     628   masseqmin      =  min_qMass
     629   ratiomin       =  min_ratio
     630   CALL msg('end', modname)
     631
     632END SUBROUTINE infotrac_init
     633
     634
     635
     636SUBROUTINE infotrac_setHeredity
     637   !--- Purpose: Set fields %iqParent, %nqChilds, %iGeneration, %iqDescen, %nqDescen (old method)
     638   USE strings_mod, ONLY: strIdx
     639   INTEGER               :: iq, ipere, ifils
     640   INTEGER, ALLOCATABLE  :: iqfils(:,:)
     641   CHARACTER(LEN=maxlen) :: msg1, modname='infotrac_init'
     642   INCLUDE "iniprint.h"
     643
     644   !=== SET FIELDS %iqParent, %nqChilds
     645   ALLOCATE(iqfils(nqtot,nqtot)); iqfils(:,:) = 0
     646
     647   DO iq = 1, nqtot
     648      msg1 = 'Tracer nr. '//TRIM(int2str(iq))//', called "'//TRIM(tracers(iq)%name)//'" is '
     649
     650      !--- IS IT A GENERATION 0 TRACER ? IF SO, tracers(iq)%iqParent KEEPS ITS DEFAULT VALUE (0)
     651      IF(fmsg(TRIM(msg1)//' a parent', modname, tracers(iq)%parent == tran0)) CYCLE
     652
     653      !--- TRACERS OF GENERATION > 0 ; FIND ITS PARENT INDEX
     654      ipere = strIdx(tracers(:)%name, tracers(iq)%parent)
     655      IF(ipere == 0)  CALL abort_gcm('infotrac_init', TRIM(msg1)//' an orphan', 1)
     656      IF(iq == ipere) CALL abort_gcm('infotrac_init', TRIM(msg1)//' its own parent',1)
     657
     658      CALL msg(TRIM(msg1)//' the child of '//TRIM(tracers(ipere)%name), modname)
     659      tracers(iq)%iqParent    = ipere
     660      tracers(ipere)%nqChilds = tracers(ipere)%nqChilds+1
     661      iqfils(tracers(ipere)%nqChilds,ipere) = iq
     662   END DO
     663   CALL msg('nqGen0   = '//int2str(COUNT(tracers(:)%parent == 'air')), modname)
     664   CALL msg('nqChilds = '//strStack(int2str(tracers(:)%nqChilds)),     modname)
     665   CALL msg('iqParent = '//strStack(int2str(tracers(:)%iqParent)),     modname)
     666   WRITE(lunout,*)TRIM(modname)//': iqfils = ',iqfils
     667
     668   !=== SET FIELDS %iGeneration, %iqDescen, %nqDescen
     669   tracers(:)%iGeneration = 0
     670   DO iq = 1, nqtot
     671      ifils = iq
     672      DO WHILE(tracers(ifils)%iqParent > 0)
     673         ipere = tracers(ifils)%iqParent
     674         tracers(ipere)%nqDescen = tracers(ipere)%nqDescen+1   
     675         tracers(iq)%iGeneration = tracers(iq)%iGeneration+1
     676         iqfils(tracers(ipere)%nqDescen,ipere) = iq
     677         ifils = ipere
     678      END DO
     679      msg1 = 'Tracer nr. '//TRIM(int2str(iq))//', called "'//TRIM(tracers(iq)%name)//'" is '
     680      CALL msg(TRIM(msg1)//' of generation '//TRIM(int2str(tracers(iq)%iGeneration)), modname)
     681   END DO
     682   DO iq=1,nqtot
     683      tracers(iq)%iqDescen = iqfils(1:tracers(iq)%nqDescen,iq)
     684   END DO
     685
     686   CALL msg('nqDescen = '//TRIM(strStack(int2str(tracers(:)%nqDescen))), modname)
     687   CALL msg('nqDescen_tot = ' //TRIM(int2str(SUM(tracers(:)%nqDescen))), modname)
     688   WRITE(lunout,*)TRIM(modname)//': iqfils = ',iqfils
     689
     690END SUBROUTINE infotrac_setHeredity
     691
     692
     693
     694SUBROUTINE infotrac_isoinit(tnom_0, nqtrue)
     695
     696#ifdef CPP_IOIPSL
     697   USE IOIPSL
    186698#else
    187           nqINCA=0
    188 #endif
    189           nbtr=nqINCA+nqCO2
    190           nqtrue=nbtr+nqo
    191           WRITE(lunout,*) trim(modname),': nqo    = ',nqo
    192           WRITE(lunout,*) trim(modname),': nbtr   = ',nbtr
    193           WRITE(lunout,*) trim(modname),': nqtrue = ',nqtrue
    194           WRITE(lunout,*) trim(modname),': nqCO2 = ',nqCO2
    195           WRITE(lunout,*) trim(modname),': nqINCA = ',nqINCA
    196           ALLOCATE(hadv_inca(nqINCA), vadv_inca(nqINCA), conv_flg_inca(nqINCA), pbl_flg_inca(nqINCA), solsym_inca(nqINCA))
    197     END SELECT
    198 !>jyg
    199 
    200     IF ((planet_type=="earth").and.(nqtrue < 2)) THEN
    201        WRITE(lunout,*) trim(modname),': nqtrue=',nqtrue, ' is not allowed. 2 tracers is the minimum'
    202        CALL abort_gcm('infotrac_init','Not enough tracers',1)
    203     ENDIF
    204    
    205 !jyg<
    206        
    207 !
    208 ! Allocate variables depending on nqtrue
    209 !
    210     ALLOCATE(tnom_0(nqtrue), hadv(nqtrue), vadv(nqtrue),tnom_transp(nqtrue))
    211 
    212 
    213 !-----------------------------------------------------------------------
    214 ! 2)     Choix  des schemas d'advection pour l'eau et les traceurs
    215 !
    216 !     iadv = 1    schema  transport type "humidite specifique LMD"
    217 !     iadv = 2    schema   amont
    218 !     iadv = 14   schema  Van-leer + humidite specifique
    219 !                            Modif F.Codron
    220 !     iadv = 10   schema  Van-leer (retenu pour l'eau vapeur et liquide)
    221 !     iadv = 11   schema  Van-Leer pour hadv et version PPM (Monotone) pour vadv
    222 !     iadv = 12   schema  Frederic Hourdin I
    223 !     iadv = 13   schema  Frederic Hourdin II
    224 !     iadv = 16   schema  PPM Monotone(Collela & Woodward 1984)
    225 !     iadv = 17   schema  PPM Semi Monotone (overshoots autorises)
    226 !     iadv = 18   schema  PPM Positif Defini (overshoots undershoots autorises)
    227 !     iadv = 20   schema  Slopes
    228 !     iadv = 30   schema  Prather
    229 !
    230 !        Dans le tableau q(ij,l,iq) : iq = 1  pour l'eau vapeur
    231 !                                     iq = 2  pour l'eau liquide
    232 !       Et eventuellement             iq = 3,nqtot pour les autres traceurs
    233 !
    234 !        iadv(1): choix pour l'eau vap. et  iadv(2) : choix pour l'eau liq.
    235 !------------------------------------------------------------------------
    236 !
    237 !    Get choice of advection schema from file tracer.def or from INCA
    238 !---------------------------------------------------------------------
    239     IF (ANY(['lmdz', 'repr', 'coag', 'co2i'] == type_trac)) THEN
    240 
    241        ! Continue to read tracer.def
    242        DO iq=1,nqtrue
    243 
    244           write(*,*) 'infotrac 237: iq=',iq
    245           ! CRisi: ajout du nom du fluide transporteur
    246           ! mais rester retro compatible
    247           READ(90,'(I2,X,I2,X,A)',IOSTAT=IOstatus) hadv(iq),vadv(iq),tchaine
    248           write(lunout,*) 'iq,hadv(iq),vadv(iq)=',iq,hadv(iq),vadv(iq)
    249           write(lunout,*) 'tchaine=',trim(tchaine)
    250           write(*,*) 'infotrac 238: IOstatus=',IOstatus
    251           if (IOstatus.ne.0) CALL abort_gcm('infotrac_init','Pb dans la lecture de traceur.def',1)
    252           ! Y-a-t-il 1 ou 2 noms de traceurs separes par un espace ?
    253           iiq = INDEX(tchaine(1:LEN_TRIM(tchaine)),' ')
    254           nouveau_traceurdef=iiq/=0
    255           write(*,*) 'iiq,nouveau_traceurdef=',iiq,nouveau_traceurdef
    256           if (nouveau_traceurdef) then
    257              IF(iq==1) write(lunout,*) "Nouvelle version de traceur.def"
    258              tnom_0     (iq) = tchaine(1:iiq-1)
    259              tnom_transp(iq) = tchaine(iiq+1:)
    260           else
    261              IF(iq==1) write(lunout,*) "Nouvelle version de traceur.def: traceurs d'air uniquement"
    262              tnom_0     (iq) = tchaine
    263              tnom_transp(iq) = 'air'
    264           endif
    265           write(lunout,*) 'tnom_0(iq)=<',trim(tnom_0(iq)),'>'
    266           write(lunout,*) 'tnom_transp(iq)=<',trim(tnom_transp(iq)),'>'
    267        ENDDO!DO iq=1,nqtrue
    268 
    269        CLOSE(90) 
    270 
    271        WRITE(lunout,*) trim(modname),': Valeur de traceur.def :'
    272        WRITE(lunout,*) trim(modname),': nombre total de traceurs ',nqtrue
    273        DO iq=1,nqtrue
    274           WRITE(lunout,*) hadv(iq),vadv(iq),' ',trim(tnom_0(iq)),' ',trim(tnom_transp(iq))
    275        END DO
    276 
    277        IF ( planet_type=='earth') THEN
    278          !CR: nombre de traceurs de l eau
    279          nqo=2; IF (tnom_0(3) == 'H2Oi') nqo=3
    280          ! For Earth, water vapour & liquid tracers are not in the physics
    281          nbtr=nqtrue-nqo
    282        ELSE
    283          ! Other planets (for now); we have the same number of tracers
    284          ! in the dynamics than in the physics
    285          nbtr=nqtrue
    286        ENDIF
    287 
    288     ENDIF
    289 !jyg<
    290 !
    291 
    292 ! Transfert number of tracers to Reprobus
    293 #ifdef REPROBUS
    294     IF (type_trac == 'repr') CALL Init_chem_rep_trac(nbtr,nqo,tnom_0)
    295 #endif
    296 !
    297 ! Allocate variables depending on nbtr
    298 !
    299     ALLOCATE(conv_flg(nbtr), pbl_flg(nbtr), solsym(nbtr))
    300     conv_flg(:) = 1 ! convection activated for all tracers
    301     pbl_flg(:)  = 1 ! boundary layer activated for all tracers
    302 
    303     IF (type_trac == 'inca' .OR. type_trac == 'inco') THEN   ! config_inca='aero' ou 'chem'
    304 !>jyg
    305 ! le module de chimie fournit les noms des traceurs et les schemas d'advection associes.
    306 ! excepte pour ceux lus dans traceur.def
    307 
    308 #ifdef INCA
    309        CALL init_transport(hadv_inca, vadv_inca, conv_flg_inca, pbl_flg_inca, solsym_inca)
    310        ! DC passive CO2 tracer is at index 1: H2O was removed ; nqCO2/=0 in "inco" case only
    311        conv_flg(1:nqCO2) = 1;   conv_flg(1+nqCO2:nbtr) = conv_flg_inca
    312         pbl_flg(1:nqCO2) = 1;    pbl_flg(1+nqCO2:nbtr) =  pbl_flg_inca
    313          solsym(1:nqCO2) = 'CO2'; solsym(1+nqCO2:nbtr) =   solsym_inca
    314 #endif
    315 
    316        itr = 0
    317        DO iq = 1, nqtot
    318           IF(iq > nqo+nqCO2) THEN
    319              itr = itr+1
    320              hadv  (iq) = hadv_inca  (itr)
    321              vadv  (iq) = vadv_inca  (itr)
    322              tnom_0(iq) = solsym_inca(itr)
    323              tnom_transp(iq) = 'air'
    324              CYCLE
    325           END IF
    326           write(*,*) 'infotrac 237: iq=',iq
    327           ! CRisi: ajout du nom du fluide transporteur en restant retro-compatible
    328           READ(90,'(I2,X,I2,X,A)',IOSTAT=IOstatus) hadv(iq),vadv(iq),tchaine
    329           write(lunout,*) 'iq,hadv(iq),vadv(iq)=',iq,hadv(iq),vadv(iq)
    330           write(lunout,*) 'tchaine=',trim(tchaine)
    331           write(*,*) 'infotrac 238: IOstatus=',IOstatus
    332           if (IOstatus.ne.0) CALL abort_gcm('infotrac_init','Pb dans la lecture de traceur.def',1)
    333           ! Y-a-t-il 1 ou 2 noms de traceurs separes par un espace ?
    334           iiq = INDEX(tchaine(1:LEN_TRIM(tchaine)),' ')
    335           nouveau_traceurdef=iiq/=0
    336           write(*,*) 'iiq,nouveau_traceurdef=',iiq,nouveau_traceurdef
    337           if (nouveau_traceurdef) then
    338              IF(iq==1) write(lunout,*) "Nouvelle version de traceur.def"
    339              tnom_0     (iq) = tchaine(1:iiq-1)
    340              tnom_transp(iq) = tchaine(iiq+1:)
    341           else
    342              IF(iq==1) write(lunout,*) "Nouvelle version de traceur.def: traceurs d'air uniquement"
    343              tnom_0     (iq) = tchaine
    344              tnom_transp(iq) = 'air'
    345           endif
    346           write(lunout,*) 'tnom_0(iq)=<',trim(tnom_0(iq)),'>'
    347           write(lunout,*) 'tnom_transp(iq)=<',trim(tnom_transp(iq)),'>'
    348        END DO
    349        CLOSE(90) 
    350     ENDIF ! (type_trac == 'inca' or 'inco')
    351 
    352 !-----------------------------------------------------------------------
    353 !
    354 ! 3) Verify if advection schema 20 or 30 choosen
    355 !    Calculate total number of tracers needed: nqtot
    356 !    Allocate variables depending on total number of tracers
    357 !-----------------------------------------------------------------------
    358     new_iq=0
    359     DO iq=1,nqtrue
    360        ! Add tracers for certain advection schema
    361        IF (hadv(iq)<20 .AND. vadv(iq)<20 ) THEN
    362           new_iq=new_iq+1  ! no tracers added
    363        ELSE IF (hadv(iq)==20 .AND. vadv(iq)==20 ) THEN
    364           new_iq=new_iq+4  ! 3 tracers added
    365        ELSE IF (hadv(iq)==30 .AND. vadv(iq)==30 ) THEN
    366           new_iq=new_iq+10 ! 9 tracers added
    367        ELSE
    368           WRITE(lunout,*) trim(modname),': This choice of advection schema is not available',iq,hadv(iq),vadv(iq)
    369           CALL abort_gcm('infotrac_init','Bad choice of advection schema - 1',1)
    370        ENDIF
    371     END DO
    372    
    373     IF (new_iq /= nqtrue) THEN
    374        ! The choice of advection schema imposes more tracers
    375        ! Assigne total number of tracers
    376        nqtot = new_iq
    377 
    378        WRITE(lunout,*) trim(modname),': The choice of advection schema for one or more tracers'
    379        WRITE(lunout,*) 'makes it necessary to add tracers'
    380        WRITE(lunout,*) trim(modname)//': ',nqtrue,' is the number of true tracers'
    381        WRITE(lunout,*) trim(modname)//': ',nqtot, ' is the total number of tracers needed'
    382 
    383     ELSE
    384        ! The true number of tracers is also the total number
    385        nqtot = nqtrue
    386     ENDIF
    387 
    388 !
    389 ! Allocate variables with total number of tracers, nqtot
    390 !
    391     ALLOCATE(tracers(nqtot))
    392 
    393 !-----------------------------------------------------------------------
    394 !
    395 ! 4) Determine iadv, long and short name
    396 !
    397 !-----------------------------------------------------------------------
    398     new_iq=0
    399     DO iq=1,nqtrue
    400        new_iq=new_iq+1
    401 
    402        ! Verify choice of advection schema
    403        IF (hadv(iq)==vadv(iq)) THEN
    404           tracers(new_iq)%iadv=hadv(iq)
    405        ELSE IF (hadv(iq)==10 .AND. vadv(iq)==16) THEN
    406           tracers(new_iq)%iadv=11
    407        ELSE
    408           WRITE(lunout,*)trim(modname),': This choice of advection schema is not available',iq,hadv(iq),vadv(iq)
    409 
    410           CALL abort_gcm('infotrac_init','Bad choice of advection schema - 2',1)
    411        ENDIF
    412      
    413        str1=tnom_0(iq)
    414        tracers(new_iq)%name = TRIM(tnom_0(iq))
    415        tracers(new_iq)%parent = TRIM(tnom_transp(iq))
    416        IF (tracers(new_iq)%iadv==0) THEN
    417           tracers(new_iq)%longName=trim(str1)
    418        ELSE
    419           tracers(new_iq)%longName=trim(tnom_0(iq))//descrq(tracers(new_iq)%iadv)
    420        ENDIF
    421 
    422        ! schemas tenant compte des moments d'ordre superieur
    423        str2=TRIM(tracers(new_iq)%longName)
    424        IF (tracers(new_iq)%iadv==20) THEN
    425           DO jq=1,3
    426              new_iq=new_iq+1
    427              tracers(new_iq)%iadv=-20
    428              tracers(new_iq)%longName=trim(str2)//txts(jq)
    429              tracers(new_iq)%name=trim(str1)//txts(jq)
    430           END DO
    431        ELSE IF (tracers(new_iq)%iadv==30) THEN
    432           DO jq=1,9
    433              new_iq=new_iq+1
    434              tracers(new_iq)%iadv=-30
    435              tracers(new_iq)%longName=trim(str2)//txtp(jq)
    436              tracers(new_iq)%name=trim(str1)//txtp(jq)
    437           END DO
    438        ENDIF
    439     END DO
    440 
    441     WRITE(lunout,*) trim(modname),': Information stored in infotrac :'
    442     WRITE(lunout,*) trim(modname),': iadv  name  long_name :'
    443 
    444     DO iq=1,nqtot
    445        WRITE(lunout,*) tracers(iq)%iadv,' ',trim(tracers(iq)%name),' ',trim(tracers(iq)%longName)
    446     END DO
    447 
    448 !
    449 ! Test for advection schema.
    450 ! This version of LMDZ only garantees iadv=10 and iadv=14 (14 only for water vapour) .
    451 !
    452     DO iq=1,nqtot
    453        iadv=tracers(iq)%iadv
    454        IF (ALL([10, 14, 0]/=iadv)) THEN
    455           WRITE(lunout,*)trim(modname),' STOP : The option iadv=',iadv,' is not tested in this version of LMDZ'
    456           CALL abort_gcm('infotrac_init','In this version only iadv=10 and iadv=14 is tested!',1)
    457        ELSE IF (iadv==14 .AND. iq/=1) THEN
    458           WRITE(lunout,*)trim(modname),'STOP : The option iadv=',iadv,' is not tested in this version of LMDZ'
    459           CALL abort_gcm('infotrac_init','In this version iadv=14 is only permitted for water vapour!',1)
    460        ENDIF
    461     END DO
    462 
    463 
    464 ! CRisi: quels sont les traceurs fils et les traceurs peres.
    465 ! initialiser tous les tableaux d'indices lies aux traceurs familiaux
    466 ! + verifier que tous les peres sont ecrits en premieres positions
    467     ALLOCATE(iqfils(nqtot,nqtot))   
    468     iqfils(:,:)=0
    469     tracers(:)%iqParent=0
    470     DO iq=1,nqtot
    471       if (tnom_transp(iq) == 'air') then
    472         ! ceci est un traceur pere
    473         WRITE(lunout,*) 'Le traceur',iq,', appele ',trim(tnom_0(iq)),', est un pere'
    474         tracers(iq)%iqParent=0
    475       else !if (tnom_transp(iq) == 'air') then
    476         ! ceci est un fils. Qui est son pere?
    477         WRITE(lunout,*) 'Le traceur',iq,', appele ',trim(tnom_0(iq)),', est un fils'
    478         continu=.true.
    479         ipere=1
    480         do while (continu)           
    481           if (tnom_transp(iq) == tnom_0(ipere)) then
    482             ! Son pere est ipere
    483             WRITE(lunout,*) 'Le traceur',iq,'appele ', &
    484       &          trim(tnom_0(iq)),' est le fils de ',ipere,'appele ',trim(tnom_0(ipere))
    485             if (iq.eq.ipere) then
    486                 CALL abort_gcm('infotrac_init','Un fils est son propre pere',1)
    487             endif
    488             tracers(ipere)%nqChilds = tracers(ipere)%nqChilds+1 
    489             iqfils(tracers(ipere)%nqChilds,ipere)=iq
    490             tracers(iq)%iqParent=ipere         
    491             continu=.false.
    492           else !if (tnom_transp(iq) == tnom_0(ipere)) then
    493             ipere=ipere+1
    494             if (ipere.gt.nqtot) then
    495                 WRITE(lunout,*) 'Le traceur',iq,'appele ', &
    496       &          trim(tnom_0(iq)),', est orphelin.'
    497                 CALL abort_gcm('infotrac_init','Un traceur est orphelin',1)
    498             endif !if (ipere.gt.nqtot) then
    499           endif !if (tnom_transp(iq) == tnom_0(ipere)) then
    500         enddo !do while (continu)
    501       endif !if (tnom_transp(iq) == 'air') then
    502     enddo !DO iq=1,nqtot
    503     WRITE(lunout,*) 'infotrac: nqGen0=',COUNT(tracers(:)%parent == 'air')
    504     WRITE(lunout,*) 'nqChilds=',tracers(:)%nqChilds
    505     WRITE(lunout,*) 'iqParent=',tracers(:)%iqParent
    506     WRITE(lunout,*) 'iqfils=',iqfils
    507 
    508 ! Calculer le nombre de descendants a partir de iqfils et de nbfils
    509     DO iq=1,nqtot   
    510       tracers(iq)%iGeneration=0
    511       continu=.true.
    512       ifils=iq
    513       do while (continu)
    514         ipere=tracers(ifils)%iqParent
    515         if (ipere.gt.0) then
    516          tracers(ipere)%nqDescen = tracers(ipere)%nqDescen+1   
    517          iqfils(tracers(ipere)%nqDescen,ipere)=iq
    518          ifils=ipere
    519          tracers(iq)%iGeneration=tracers(iq)%iGeneration+1
    520         else !if (ipere.gt.0) then
    521          continu=.false.
    522         endif !if (ipere.gt.0) then
    523       enddo !do while (continu)   
    524       WRITE(lunout,*) 'Le traceur ',iq,', appele ',trim(tnom_0(iq)), &
    525         ' est un traceur de generation: ',tracers(iq)%iGeneration
    526     enddo !DO iq=1,nqtot
    527     DO iq=1,nqtot
    528       ALLOCATE(tracers(iq)%iqDescen(tracers(iq)%nqDescen))
    529       tracers(iq)%iqDescen(:) = iqfils(1:tracers(iq)%nqDescen,iq)
    530     END DO
    531 
    532     WRITE(lunout,*) 'infotrac: nqDescen=',tracers(:)%nqDescen
    533     WRITE(lunout,*) 'iqfils=',iqfils
    534     WRITE(lunout,*) 'nqDescen_tot=',SUM(tracers(:)%nqDescen)
    535 
    536 ! Interdire autres schemas que 10 pour les traceurs fils, et autres schemas
    537 ! que 10 et 14 si des peres ont des fils
    538     do iq=1,nqtot
    539       if (tracers(iq)%iqParent > 0) then
    540         ! ce traceur a un pere qui n'est pas l'air
    541         ! Seul le schema 10 est autorise
    542         iadv=tracers(iq)%iadv
    543         if (iadv/=10) then
    544            WRITE(lunout,*)trim(modname),' STOP : The option iadv=',iadv,' is not implemented for sons'
    545           CALL abort_gcm('infotrac_init','Sons should be advected by scheme 10',1)
    546         endif
    547         ! Le traceur pere ne peut etre advecte que par schema 10 ou 14:
    548         IF (ALL([10,14]/=tracers(tracers(iq)%iqParent)%iadv)) THEN
    549           WRITE(lunout,*)trim(modname),' STOP : The option iadv=',iadv,' is not implemented for fathers'
    550           CALL abort_gcm('infotrac_init','Fathers should be advected by scheme 10 ou 14',1)
    551         endif
    552      endif
    553     enddo !do iq=1,nqtot
    554     tracers(:)%gen0Name = ancestor(tracers)      !--- Name of the first generation ancestor
    555     tracers(:)%isAdvected = tracers(:)%iadv  >   0
    556 !    tracers(:)%isH2Ofamily = delPhase(tracers(:)%gen0Name) == 'H2O'
    557     tracers(:)%isH2Ofamily = [(tracers(iq)%gen0Name(1:3) == 'H2O', iq=1, nqtot)]
    558 
    559 ! detecter quels sont les traceurs isotopiques parmi des traceurs
    560     call infotrac_isoinit(tnom_0,nqtrue)
    561 
    562 !    if (ntraciso.gt.0) then
    563 ! le 18 sep 2020: on enleve la condition ntraciso.gt.0 car nqtottr doit etre
    564 ! connu meme si il n'y a pas d'isotopes!
    565         write(lunout,*) 'infotrac 702: nbtr,ntraciso=',nbtr,ntraciso
    566 ! retrancher les traceurs isotopiques de la liste des traceurs qui passent dans
    567 ! phytrac
    568         nbtr=nbtr-nqo*ntraciso
    569 
    570 ! faire un tableau d'indice des traceurs qui passeront dans phytrac
    571         nqtottr=nqtot-nqo*(1+ntraciso)
    572         write(lunout,*) 'infotrac 704: nqtottr,nqtot,nqo=',nqtottr,nqtot,nqo
    573         ! Rq: nqtottr n'est pas forcement egal a nbtr dans le cas ou new_iq /= nqtrue
    574 !        if (COUNT(tracers(:)%iso_iName == 0) /= nqtottr) &
    575 !            CALL abort_gcm('infotrac_init','pb dans le calcul de nqtottr',1)
    576 !    endif !if (ntraciso.gt.0) then
    577 
    578 !-----------------------------------------------------------------------
    579 ! Finalize :
    580 !
    581     DEALLOCATE(tnom_0, hadv, vadv,tnom_transp)
    582 
    583     WRITE(lunout,*) 'infotrac init fin'
    584 
    585   END SUBROUTINE infotrac_init
    586 
    587   SUBROUTINE infotrac_isoinit(tnom_0,nqtrue)
    588 
    589 #ifdef CPP_IOIPSL
    590   use IOIPSL
    591 #else
    592   ! if not using IOIPSL, we still need to use (a local version of) getin
    593   use ioipsl_getincom
    594 #endif
    595   implicit none
     699   USE ioipsl_getincom
     700#endif
     701   IMPLICIT NONE
     702   INTEGER,          INTENT(IN) :: nqtrue
     703   CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: tnom_0(nqtrue)
     704   CHARACTER(LEN=3)      :: tnom_iso(niso_possibles)
     705   INTEGER, ALLOCATABLE  :: nb_iso(:,:), nb_traciso(:,:)
     706   INTEGER               :: ii, ip, iq, it, iz, ixt, n, nb_isoind, nzone_prec
     707   TYPE(isot_type), POINTER :: i
     708   TYPE(trac_type), POINTER :: t(:)
     709   CHARACTER(LEN=1)         :: p
     710   CHARACTER(LEN=maxlen)    :: tnom_trac
     711   CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: str(:)
     712   INCLUDE "iniprint.h"
     713
     714   tnom_iso = ['eau', 'HDO', 'O18', 'O17', 'HTO']
     715   ALLOCATE(nb_iso       (niso_possibles,nqo))
     716   ALLOCATE(nb_traciso   (niso_possibles,nqo))
     717   ALLOCATE(use_iso      (niso_possibles))
     718   ALLOCATE(indnum_fn_num(niso_possibles))
     719   ALLOCATE(iso_indnum(nqtot))
     720     
     721   iso_indnum   (:) = 0
     722   use_iso      (:) = .FALSE.
     723   indnum_fn_num(:) = 0
     724   nb_iso     (:,:) = 0 
     725   nb_traciso (:,:) = 0
     726
     727   DO iq=1, nqtot
     728      IF(delPhase(tracers(iq)%name) == 'H2O' .OR. .NOT.tracers(iq)%isAdvected) CYCLE
     729outer:DO ip = 1, nqo
     730         nb_isoind = 0
     731         DO ixt= 1,niso_possibles
     732            tnom_trac = 'H2O'//old_phases(ip:ip)//'_'//TRIM(tnom_iso(ixt))
     733            IF (tracers(iq)%name == tnom_trac) THEN
     734               nb_iso(ixt,ip)         = nb_iso(ixt,ip)+1
     735               nb_isoind              = nb_isoind+1
     736               tracers(iq)%type       = 'tracer'
     737               tracers(iq)%iso_iGroup = 1
     738               tracers(iq)%iso_iName  = ixt
     739               iso_indnum(iq)         = nb_isoind
     740               indnum_fn_num(ixt)     = iso_indnum(iq)
     741               tracers(iq)%iso_iPhase = ip
     742               EXIT outer
     743            ELSE IF(tracers(iq)%iqParent> 0) THEN
     744               IF(tracers(tracers(iq)%iqParent)%name == tnom_trac) THEN
     745                  nb_traciso(ixt,ip)  = nb_traciso(ixt,ip)+1
     746                  iso_indnum(iq)         = indnum_fn_num(ixt)
     747                  tracers(iq)%type    = 'tag'
     748                  tracers(iq)%iso_iGroup = 1
     749                  tracers(iq)%iso_iName  = ixt
     750                  tracers(iq)%iso_iZone  = nb_traciso(ixt,ip)
     751                  tracers(iq)%iso_iPhase = ip
     752                  EXIT outer
     753               END IF
     754            END IF
     755         END DO
     756      END DO outer
     757   END DO
     758
     759   niso = 0; nzone_prec = nb_traciso(1,1)
     760   DO ixt = 1, niso_possibles
     761      IF(nb_iso(ixt,1) == 0) CYCLE
     762      IF(nb_iso(ixt,1) /= 1) CALL abort_gcm('infotrac_init', 'Isotopes are not well defined in traceur.def', 1)
     763
     764      ! on verifie que toutes les phases ont le meme nombre d'isotopes
     765      IF(ANY(nb_iso(ixt,:) /= 1)) CALL abort_gcm('infotrac_init', 'Phases must have same number of isotopes', 1)
     766
     767      niso = niso+1
     768      use_iso(ixt) = .TRUE.
     769      nzone = nb_traciso(ixt,1)
     770
     771      ! on verifie que toutes les phases ont le meme nombre de traceurs d'isotopes
     772      IF(ANY(nb_traciso(ixt,2:nqo) /= nzone)) CALL abort_gcm('infotrac_init','Phases must have same number of tracers',1)
     773
     774      ! on verifie que tous les isotopes ont le meme nombre de traceurs d'isotopes
     775      IF(nzone /= nzone_prec) CALL abort_gcm('infotrac_init','Isotope tracers are not well defined in traceur.def',1)
     776      nzone_prec = nzone
     777   END DO
     778
     779   ! dimensions et flags isotopiques:
     780   ntiso = niso*(nzone+1)
     781   ok_isotopes = niso  > 0
     782   ok_isotrac  = nzone > 0
    596783 
    597     ! inputs
    598     INTEGER,INTENT(IN) :: nqtrue
    599     CHARACTER(len=*),INTENT(IN) :: tnom_0(nqtrue)
    600    
    601     ! locals   
    602     CHARACTER(len=3), DIMENSION(niso_possibles) :: tnom_iso
    603     INTEGER, ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:) :: nb_iso,nb_traciso
    604     INTEGER, ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: nb_isoind
    605     INTEGER :: ntraceurs_zone_prec,iq,phase,ixt,iiso,izone
    606     CHARACTER(len=maxlen) :: tnom_trac
    607     INCLUDE "iniprint.h"
    608 
    609     tnom_iso=(/'eau','HDO','O18','O17','HTO'/)
    610 
    611     ALLOCATE(nb_iso(niso_possibles,nqo))
    612     ALLOCATE(nb_isoind(nqo))
    613     ALLOCATE(nb_traciso(niso_possibles,nqo))
    614     ALLOCATE(iso_indnum(nqtot))
    615      
    616     iso_indnum(:)=0
    617     indnum_fn_num(:)=0
    618     use_iso(:)=.false. 
    619     nb_iso(:,:)=0 
    620     nb_isoind(:)=0     
    621     nb_traciso(:,:)=0
    622     niso=0
    623     ntraceurs_zone=0 
    624     ntraceurs_zone_prec=0
    625     ntraciso=0
    626 
    627     do iq=nqo+1,nqtot
    628 !       write(lunout,*) 'infotrac 569: iq,tnom_0(iq)=',iq,tnom_0(iq)
    629        do phase=1,nqo   
    630         do ixt= 1,niso_possibles   
    631          tnom_trac=trim(tnom_0(phase))//'_'
    632          tnom_trac=trim(tnom_trac)//trim(tnom_iso(ixt))
    633 !         write(*,*) 'phase,ixt,tnom_trac=',phase,ixt,tnom_trac     
    634          IF (tnom_0(iq) == tnom_trac) then
    635 !          write(lunout,*) 'Ce traceur est un isotope'
    636           nb_iso(ixt,phase)=nb_iso(ixt,phase)+1   
    637           nb_isoind(phase)=nb_isoind(phase)+1   
    638           tracers(iq)%iso_iName=ixt
    639           iso_indnum(iq)=nb_isoind(phase)
    640           indnum_fn_num(ixt)=iso_indnum(iq)
    641           tracers(iq)%iso_iPhase=phase
    642           goto 20
    643          else if ( tracers(iq)%iqParent> 0) then         
    644           if (tnom_0(tracers(iq)%iqParent) == tnom_trac) then
    645 !           write(lunout,*) 'Ce traceur est le fils d''un isotope'
    646            ! c'est un traceur d'isotope
    647            nb_traciso(ixt,phase)=nb_traciso(ixt,phase)+1
    648            tracers(iq)%iso_iName=ixt
    649            iso_indnum(iq)=indnum_fn_num(ixt)
    650            tracers(iq)%iso_iZone=nb_traciso(ixt,phase)
    651            tracers(iq)%iso_iPhase=phase
    652            goto 20
    653           endif !if (tnom_0(tracers(iq)%iqParent) == trim(tnom_0(phase))//trim(tnom_iso(ixt))) then
    654          endif !IF (tnom_0(iq) == trim(tnom_0(phase))//trim(tnom_iso(ixt))) then
    655         enddo !do ixt= niso_possibles
    656        enddo !do phase=1,nqo
    657   20   continue
    658       enddo !do iq=1,nqtot
    659 
    660       do ixt= 1,niso_possibles 
    661 
    662         if (nb_iso(ixt,1).eq.1) then
    663           ! on verifie que toutes les phases ont le meme nombre de
    664           ! traceurs
    665           do phase=2,nqo
    666             if (nb_iso(ixt,phase).ne.nb_iso(ixt,1)) then
    667 !              write(lunout,*) 'ixt,phase,nb_iso=',ixt,phase,nb_iso(ixt,phase)
    668               CALL abort_gcm('infotrac_init','Phases must have same number of isotopes',1)
    669             endif
    670           enddo !do phase=2,nqo
    671 
    672           niso=niso+1
    673           use_iso(ixt)=.true.
    674           ntraceurs_zone=nb_traciso(ixt,1)
    675 
    676           ! on verifie que toutes les phases ont le meme nombre de
    677           ! traceurs
    678           do phase=2,nqo
    679             if (nb_traciso(ixt,phase).ne.ntraceurs_zone) then
    680               write(lunout,*) 'ixt,phase,nb_traciso=',ixt,phase,nb_traciso(ixt,phase)
    681               write(lunout,*) 'ntraceurs_zone=',ntraceurs_zone
    682               CALL abort_gcm('infotrac_init','Phases must have same number of tracers',1)
    683             endif 
    684           enddo  !do phase=2,nqo
    685           ! on verifie que tous les isotopes ont le meme nombre de
    686           ! traceurs
    687           if (ntraceurs_zone_prec.gt.0) then               
    688             if (ntraceurs_zone.eq.ntraceurs_zone_prec) then
    689               ntraceurs_zone_prec=ntraceurs_zone
    690             else !if (ntraceurs_zone.eq.ntraceurs_zone_prec) then
    691               write(*,*) 'ntraceurs_zone_prec,ntraceurs_zone=',ntraceurs_zone_prec,ntraceurs_zone   
    692               CALL abort_gcm('infotrac_init', &
    693                &'Isotope tracers are not well defined in traceur.def',1)           
    694             endif !if (ntraceurs_zone.eq.ntraceurs_zone_prec) then
    695            endif !if (ntraceurs_zone_prec.gt.0) then
    696 
    697         else if (nb_iso(ixt,1).ne.0) then
    698            WRITE(lunout,*) 'nqo,ixt=',nqo,ixt
    699            WRITE(lunout,*) 'nb_iso(ixt,1)=',nb_iso(ixt,1)   
    700            CALL abort_gcm('infotrac_init','Isotopes are not well defined in traceur.def',1)     
    701         endif   !if (nb_iso(ixt,1).eq.1) then       
    702     enddo ! do ixt= niso_possibles
    703 
    704     ! dimensions isotopique:
    705     ntraciso=niso*(ntraceurs_zone+1)
    706 !    WRITE(lunout,*) 'niso=',niso
    707 !    WRITE(lunout,*) 'ntraceurs_zone,ntraciso=',ntraceurs_zone,ntraciso   
    708  
    709     ! flags isotopiques:
    710     ok_isotopes = niso > 0
    711 !    WRITE(lunout,*) 'ok_isotopes=',ok_isotopes
    712  
    713     if (ok_isotopes) then
    714         ok_iso_verif=.false.
    715         call getin('ok_iso_verif',ok_iso_verif)
    716         ok_init_iso=.false.
    717         call getin('ok_init_iso',ok_init_iso)
    718         tnat=(/1.0,155.76e-6,2005.2e-6,0.004/100.,0.0/)
    719         alpha_ideal=(/1.0,1.01,1.006,1.003,1.0/)
    720     endif !if (ok_isotopes) then 
    721 !    WRITE(lunout,*) 'ok_iso_verif=',ok_iso_verif
    722 !    WRITE(lunout,*) 'ok_init_iso=',ok_init_iso
    723 
    724     if (ntraceurs_zone.gt.0) then
    725         ok_isotrac=.true.
    726     else
    727         ok_isotrac=.false.
    728     endif   
    729 !    WRITE(lunout,*) 'ok_isotrac=',ok_isotrac
    730 
    731     ! remplissage du tableau iqiso(ntraciso,phase)
    732     ALLOCATE(iqiso(ntraciso,nqo))   
    733     iqiso(:,:)=0     
    734     do iq=1,nqtot
    735         if (tracers(iq)%iso_iName > 0) then
    736           ixt=iso_indnum(iq)+tracers(iq)%iso_iZone*niso
    737           iqiso(ixt,tracers(iq)%iso_iPhase)=iq
    738         endif
    739     enddo
    740 !    WRITE(lunout,*) 'iqiso=',iqiso
    741 
    742     ! replissage du tableau index_trac(ntraceurs_zone,niso)
    743     ALLOCATE(index_trac(ntraceurs_zone,niso)) 
    744     if (ok_isotrac) then
    745         do iiso=1,niso
    746           do izone=1,ntraceurs_zone
    747              index_trac(izone,iiso)=iiso+izone*niso
    748           enddo
    749         enddo
    750     else !if (ok_isotrac) then     
    751         index_trac(:,:)=0.0
    752     endif !if (ok_isotrac) then
    753 !    write(lunout,*) 'index_trac=',index_trac   
    754 
    755 ! Finalize :
    756     DEALLOCATE(nb_iso)
    757 
    758   END SUBROUTINE infotrac_isoinit
     784   IF(ok_isotopes) THEN
     785      ok_iso_verif = .FALSE.; CALL getin('ok_iso_verif', ok_iso_verif)
     786      ok_init_iso  = .FALSE.; CALL getin('ok_init_iso',  ok_init_iso)
     787   END IF
     788      tnat        = [1.0, 155.76e-6, 2005.2e-6, 0.004/100., 0.0]
     789      alpha_ideal = [1.0, 1.01,      1.006,     1.003,      1.0]
     790!   END IF
     791
     792   ! remplissage du tableau iqiso(ntiso,phase)
     793   ALLOCATE(iqiso(ntiso,nqo))   
     794   iqiso(:,:)=0     
     795   DO iq = 1, nqtot
     796      IF(tracers(iq)%iso_iName <= 0) CYCLE
     797      ixt = iso_indnum(iq) + tracers(iq)%iso_iZone*niso
     798      iqiso(ixt, tracers(iq)%iso_iPhase) = iq
     799   END DO
     800
     801   ! remplissage du tableau index_trac(nzone,niso)
     802   ALLOCATE(index_trac(nzone, niso)) 
     803   IF(ok_isotrac) then
     804      DO ii = 1, niso; index_trac(:, ii) = ii + niso*[(iz, iz=1, nzone)]; END DO
     805   ELSE
     806      index_trac(:,:)=0.0
     807   END IF
     808
     809   ALLOCATE(isotopes(1))                                             !--- Only water
     810   nbIso = 1
     811   i => isotopes(1)
     812   t => tracers
     813   str = PACK(delPhase(t%name), MASK = t%type=='tracer' .AND. delPhase(t%parent) == 'H2O' .AND. t%phase == 'g')
     814   i%parent = 'H2O'
     815   i%niso  = SIZE(str)
     816   i%nzone = nzone
     817   i%nphas = nqo
     818   FORALL(it = 1:i%niso) i%keys(it)%name = str(it)
     819   i%zone = PACK(strTail(t%name,'_',.TRUE.), MASK = t%type=='tag' .AND. delPhase(t%gen0Name)=='H2O' .AND. t%iGeneration==3)
     820   CALL strReduce(i%zone)
     821   i%phase = strStack([(known_phases(ip:ip), ip=1, nphases)], MASK=[(strIdx(t%name,addPhase('H2O',known_phases(ip:ip)))/=0)])
     822   i%iTraPha = RESHAPE([((strIdx(t(:)%name,addPhase(i%trac(it),i%phase(ip:ip))) ,it=1,i%ntiso),ip=1,i%nphas)],[i%ntiso,i%nphas])
     823   i%iZonIso = RESHAPE([((strIdx(i%trac,TRIM(i%trac(it))//'_'//TRIM(i%zone(iz))),iz=1,i%nzone),it=1,i%niso )],[i%nzone,i%niso ])
     824   DO it=1,ntiso
     825      WRITE(lunout,'(a,i0,a)')TRIM('infotrac_init')//': iqiso  (',it,',:) = '//strStack(int2str(iqiso(it,:)))
     826      WRITE(lunout,'(a,i0,a)')TRIM('infotrac_init')//': iTraPha(',it,',:) = '//strStack(int2str(i%iTraPha(it,:)))
     827   END DO
     828   DO iz=1,nzone
     829      WRITE(lunout,'(a,i0,a)')TRIM('infotrac_init')//': index_trac(',iz,',:) = '//strStack(int2str(index_trac(iz,:)))
     830      WRITE(lunout,'(a,i0,a)')TRIM('infotrac_init')//': iZonIso   (',iz,',:) = '//strStack(int2str(i%iZonIso(iz,:)))
     831   END DO
     832
     833   ! Finalize :
     834   DEALLOCATE(nb_iso)
     835
     836END SUBROUTINE infotrac_isoinit
     837
     838
     839!==============================================================================================================================
     840!=== THE ROUTINE isoSelect IS USED TO SWITCH FROM AN ISOTOPE FAMILY TO ANOTHER: ISOTOPES DEPENDENT PARAMETERS ARE UPDATED
     841!     Single generic "isoSelect" routine, using the predefined index of the parent (fast version) or its name (first call).
     842!==============================================================================================================================
     843LOGICAL FUNCTION isoSelectByName(iName, lVerbose) RESULT(lerr)
     844   IMPLICIT NONE
     845   CHARACTER(LEN=*),  INTENT(IN)  :: iName
     846   LOGICAL, OPTIONAL, INTENT(IN) :: lVerbose
     847   INTEGER :: iIso
     848   LOGICAL :: lV
     849   lV = .FALSE.; IF(PRESENT(lVerbose)) lV = lVerbose
     850   iIso = strIdx(isotopes(:)%parent, iName)
     851   lerr = iIso == 0
     852   CALL msg('no isotope family named "'//TRIM(iName)//'"', ll=lerr .AND. lV)
     853   IF(lerr) RETURN
     854   lerr = isoSelectByIndex(iIso, lV)
     855END FUNCTION isoSelectByName
     856!==============================================================================================================================
     857LOGICAL FUNCTION isoSelectByIndex(iIso, lVerbose) RESULT(lerr)
     858   IMPLICIT NONE
     859   INTEGER,           INTENT(IN) :: iIso
     860   LOGICAL, OPTIONAL, INTENT(IN) :: lVerbose
     861   LOGICAL :: lv
     862   lv = .FALSE.; IF(PRESENT(lVerbose)) lv = lVerbose
     863   lerr = .FALSE.
     864   IF(iIso == ixIso) RETURN                                      !--- Nothing to do if the index is already OK
     865   lerr = iIso<=0 .OR. iIso>nbIso
     866   CALL msg('Inconsistent isotopes family index '//TRIM(int2str(iIso))//': should be > 0 and <= '//TRIM(int2str(nbIso))//'"',&
     867            ll=lerr .AND. lV)
     868   IF(lerr) RETURN
     869   ixIso = iIso                                                  !--- Update currently selected family index
     870   isotope => isotopes(ixIso)                                    !--- Select corresponding component
     871   isoKeys => isotope%keys;    niso     = isotope%niso
     872   isoName => isotope%trac;    ntiso    = isotope%ntiso
     873   isoZone => isotope%zone;    nzone    = isotope%nzone
     874   isoPhas => isotope%phase;   nphas    = isotope%nphas
     875   iZonIso => isotope%iZonIso; isoCheck = isotope%check
     876   iTraPha => isotope%iTraPha
     877END FUNCTION isoSelectByIndex
     878!==============================================================================================================================
    759879
    760880END MODULE infotrac
  • LMDZ6/trunk/libf/dyn3dmem/dynetat0_loc.F90

    r4052 r4063  
    77!-------------------------------------------------------------------------------
    88  USE parallel_lmdz
    9   USE infotrac,    ONLY: nqtot, tracers, iqiso, iso_indnum, tnat, alpha_ideal, ok_isotopes, maxlen
     9  USE strings_mod, ONLY: maxlen
     10  USE infotrac,    ONLY: nqtot, tracers, iqiso, iso_indnum, tnat, alpha_ideal, ok_isotopes
    1011  USE netcdf, ONLY: NF90_OPEN,  NF90_INQUIRE_DIMENSION, NF90_INQ_VARID,        &
    1112      NF90_NOWRITE, NF90_CLOSE, NF90_INQUIRE_VARIABLE,  NF90_GET_VAR, NF90_NoErr
  • LMDZ6/trunk/libf/dyn3dmem/dynredem_loc.F90

    r4050 r4063  
    99  USE parallel_lmdz
    1010  USE mod_hallo
    11   USE infotrac, ONLY: nqtot, tracers, maxlen
     11  USE strings_mod, ONLY: maxlen
     12  USE infotrac, ONLY: nqtot, tracers
    1213  USE netcdf, ONLY: NF90_CREATE, NF90_DEF_DIM, NF90_INQ_VARID, NF90_GLOBAL,    &
    1314                    NF90_CLOSE,  NF90_PUT_ATT, NF90_UNLIMITED, NF90_CLOBBER,   &
     
    174175  USE parallel_lmdz
    175176  USE mod_hallo
    176   USE infotrac, ONLY: nqtot, tracers, type_trac, maxlen
     177  USE strings_mod, ONLY: maxlen
     178  USE infotrac, ONLY: nqtot, tracers, type_trac
    177179  USE control_mod
    178180  USE netcdf,   ONLY: NF90_OPEN,  NF90_NOWRITE, NF90_GET_VAR, NF90_INQ_VARID,  &
  • LMDZ6/trunk/libf/misc/readTracFiles_mod.f90

    r4046 r4063  
    11MODULE readTracFiles_mod
    22
    3   USE strings_mod, ONLY:  msg, testFile,  strFind, strStack, strReduce,  strHead, strCount,   find, maxlen, fmsg, &
    4             removeComment, cat, checkList, strIdx,  strParse, strReplace, strTail, reduceExpr, test, get_in, dispTable
    5   USE trac_types_mod, ONLY : trac_type, isot_type, keys_type
     3  USE strings_mod,    ONLY: msg, testFile,  strFind, strStack, strReduce,  strHead, strCount,   find, maxlen, fmsg, &
     4             removeComment, cat, checkList, strIdx,  strParse, strReplace, strTail, reduceExpr, test, get_in, dispTable
     5  USE trac_types_mod, ONLY: trac_type, isot_type, keys_type
    66
    77  IMPLICIT NONE
     
    99  PRIVATE
    1010
    11   PUBLIC :: initIsotopes, maxlen, trac_type, isot_type
    12   PUBLIC :: readTracersFiles, aliasTracer, tracersSubset, indexUpdate!--- TOOLS ASSOCIATED TO TRACERS  DESCRIPTORS
     11  PUBLIC :: initIsotopes, maxlen, trac_type, isot_type, keys_type
     12  PUBLIC :: readTracersFiles, indexUpdate, setGeneration             !--- TOOLS ASSOCIATED TO TRACERS  DESCRIPTORS
    1313  PUBLIC :: readIsotopesFile                                         !--- TOOLS ASSOCIATED TO ISOTOPES DESCRIPTORS
    1414  PUBLIC :: getKey_init, getKey, setDirectKeys                       !--- GET/SET KEYS FROM/TO tracers & isotopes
     
    4545  CHARACTER(LEN=maxlen), SAVE      :: phases_names(nphases) &        !--- Known phases names
    4646                                = ['gaseous', 'liquid ', 'solid  ']
    47   CHARACTER(LEN=1),   SAVE      :: phases_sep  =  '_'                !--- Phase separator
    48   LOGICAL,            SAVE      :: tracs_merge = .TRUE.              !--- Merge/stack tracers lists
    49   LOGICAL,            SAVE      :: lSortByGen  = .TRUE.              !--- Sort by growing generation
     47  CHARACTER(LEN=1), SAVE :: phases_sep  =  '_'                       !--- Phase separator
     48  LOGICAL,          SAVE :: tracs_merge = .TRUE.                     !--- Merge/stack tracers lists
     49  LOGICAL,          SAVE :: lSortByGen  = .TRUE.                     !--- Sort by growing generation
    5050
    5151  !=== LOCAL COPIES OF THE TRACERS AND ISOTOPES DESCRIPTORS, USED BY getKey (INITIALIZED IN getKey_init)
     
    7676!     * The "keys" component (of type keys_type) is in principle enough to store everything we could need.
    7777!     But some variables are stored as direct-access keys to make the code more readable and because they are used often.
    78 !     * Most of the direct-access keys are set in this module, but some are not (lnam, iadv and itr for example).
     78!     * Most of the direct-access keys are set in this module, but some are not (longName, iadv, isAdvected for now).
    7979!     * Some of the direct-access keys must be updated (using the routine "setDirectKeys") is a subset of "tracers(:)"
    80 !     is extracted: the indexes are no longer valid for a subset (examples: tracers(:)%iqParent or tracers(:)%ichld).
     80!     is extracted: the indexes are no longer valid for a subset (examples: iqParent, iqDescen).
    8181!     * If you need to convert a %key/%val pair into a direct-access key, add the corresponding line in "setDirectKeys".
    8282!==============================================================================================================================
     
    8787  TYPE(trac_type), ALLOCATABLE, INTENT(OUT) :: tracs(:)
    8888  CHARACTER(LEN=maxlen),  ALLOCATABLE ::  s(:), sections(:), trac_files(:)
    89   CHARACTER(LEN=maxlen) :: str, fname, mesg
    90   INTEGER               :: is, nsec, ierr, it, ntrac, ns, ip
     89  CHARACTER(LEN=maxlen) :: str, fname, mesg, oldH2O, newH2O
     90  INTEGER               :: is, nsec, ierr, it, ntrac, ns, ip, ix
    9191  LOGICAL, ALLOCATABLE  :: ll(:), lGen3(:)
    9292!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     
    111111  END IF
    112112
     113  !--- CHECK WHETHER type_trac AND FILE TYPE ARE COMPATIBLE
     114  IF(test(fmsg('No multiple sections for the old format "traceur.def"', ll = SIZE(sections)>1 .AND. fType==1), lerr)) RETURN
     115
    113116  !--- TELLS WHAT WAS IS ABOUT TO BE USED
    114117  IF (fmsg('No adequate tracers description file(s) found ; default values will be used',          modname, fType==0)) RETURN
     
    118121
    119122  !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
    120   IF(fType==1) THEN                                                  !=== OLD FORMAT "traceur.def"
    121   !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
    122     !--- OPEN THE "traceur.def" FILE
    123     OPEN(90, FILE="traceur.def", FORM='formatted', STATUS='old', IOSTAT=ierr)
    124 
    125     !--- GET THE TRACERS NUMBER
    126     READ(90,'(i3)',IOSTAT=ierr)ntrac                                 !--- Number of lines/tracers
    127     IF(test(fmsg('Invalid format for "'//TRIM(fname)//'"', modname, ierr /= 0), lerr)) RETURN
    128 
    129     !--- READ THE REMAINING LINES: <hadv> <vadv> <tracer> [<transporting fluid>]
    130     ALLOCATE(tracs(ntrac))
    131     DO it=1,ntrac                                                    !=== READ RAW DATA: loop on the line/tracer number
    132       READ(90,'(a)',IOSTAT=ierr) str
    133       IF(test(fmsg('Invalid format for "' //TRIM(fname)//'"', modname, ierr>0), lerr)) RETURN
    134       IF(test(fmsg('Not enough lines in "'//TRIM(fname)//'"', modname, ierr<0), lerr)) RETURN
    135       ll = strParse(str, ' ', s, n=ns)
    136       tracs(it)%keys%key = ['hadv', 'vadv']
    137       tracs(it)%keys%val = s(1:2)
    138       CALL msg('This file is for air tracers only',           modname, ns == 3 .AND. it == 1)
    139       CALL msg('This files specifies the transporting fluid', modname, ns == 4 .AND. it == 1)
    140       tracs(it)%name = TRIM(s(3))                                    !--- Name of the tracer
    141       tracs(it)%phase = known_phases(1:1)                            !--- Phase (default: "g" for gazeous)
     123  SELECT CASE(fType)                         !--- Set %name, %genOName, %parent, %type, %phase, %component, %iGeneration, %keys
     124  !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     125    CASE(1)                                                               !=== OLD FORMAT "traceur.def"
     126    !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     127      !--- OPEN THE "traceur.def" FILE
     128      OPEN(90, FILE="traceur.def", FORM='formatted', STATUS='old', IOSTAT=ierr)
     129
     130      !--- GET THE TRACERS NUMBER
     131      READ(90,'(i3)',IOSTAT=ierr)ntrac                               !--- Number of lines/tracers
     132      IF(test(fmsg('Invalid format for "'//TRIM(fname)//'"', modname, ierr /= 0), lerr)) RETURN
     133
     134      !--- READ THE REMAINING LINES: <hadv> <vadv> <tracer> [<transporting fluid>]
     135      ALLOCATE(tracs(ntrac))
     136      DO it=1,ntrac                                                  !=== READ RAW DATA: loop on the line/tracer number
     137        READ(90,'(a)',IOSTAT=ierr) str
     138        IF(test(fmsg('Invalid format for "' //TRIM(fname)//'"', modname, ierr>0), lerr)) RETURN
     139        IF(test(fmsg('Not enough lines in "'//TRIM(fname)//'"', modname, ierr<0), lerr)) RETURN
     140        ll = strParse(str, ' ', s, n=ns)
     141        CALL msg('This file is for air tracers only',           modname, ns == 3 .AND. it == 1)
     142        CALL msg('This files specifies the transporting fluid', modname, ns == 4 .AND. it == 1)
     143        tracs(it)%name = TRIM(s(3))                                  !--- Set %name:   name of the tracer
     144        tracs(it)%parent = tran0                                     !--- Set %parent: transporting fluid
     145        IF(ns == 4) tracs(it)%parent = s(4)                          !---     default: 'air' or defined in the file
     146        tracs(it)%phase = known_phases(1:1)                          !--- Set %phase:  tracer phase (default: "g"azeous)
     147        tracs(it)%component = TRIM(type_trac)                        !--- Set %component: model component name
     148        tracs(it)%keys%key = ['hadv', 'vadv']                        !--- Set %keys%key
     149        tracs(it)%keys%val = s(1:2)                                  !--- Set %keys%val
     150      END DO
     151      CLOSE(90)
    142152      DO ip = 1, nphases                                             !--- Deal with old water names
    143         IF(s(3) /= 'H2O'//old_phases(ip:ip)) CYCLE
    144         tracs(it)%phase = known_phases(ip:ip); tracs(it)%name = 'H2O'//phases_sep//TRIM(tracs(it)%phase)
     153        oldH2O = 'H2O'//old_phases(ip:ip)
     154        newH2O = 'H2O'//phases_sep//known_phases(ip:ip)
     155        ix = strIdx(tracs(:)%name, oldH2O)
     156        IF(ix == 0) CYCLE
     157        tracs(ix)%name  = newH2O                                     !--- Set %name:   name of the tracer
     158        WHERE(tracs(:)%parent == oldH2O) tracs(:)%parent = newH2O    !--- Set %parent: transporting fluid
     159        tracs(ix)%phase = known_phases(ip:ip)                        !--- Set %phase:  tracer phase
    145160      END DO
    146       tracs(it)%parent = tran0                                       !--- Default transporting fluid: Air
    147       IF(ns == 4) tracs(it)%parent = s(4)                            !--- Transporting fluid name
    148     END DO
    149     CLOSE(90)
    150 
    151     lGen3 = tracs%iGeneration==3
    152     CALL setGeneration(tracs)                                        !--- Determine tracs(:)%iGeneration values
    153     IF(test(checkTracers(tracs,      fname,fname),lerr)) RETURN      !--- Detect orphans and check phases
    154     IF(test(checkUnique (tracs,lGen3,fname,fname),lerr)) RETURN      !--- Detect repeated tracers
    155     CALL sortTracers  (tracs)                                        !--- Sort the tracers
    156     CALL setDirectKeys(tracs)                                        !--- Set the directly accessible keys
    157     tracs(:)%keys%name = tracs(:)%name                               !--- Copy tracers names in keys components
    158     RETURN
    159   !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     161      CALL setGeneration(tracs)                                      !--- Set %iGeneration and %gen0Name
     162      WHERE(tracs%iGeneration == 3) tracs%type = 'tag'               !--- Set %type:        'tracer' or 'tag'
     163      IF(test(checkTracers(tracs, fname, fname), lerr)) RETURN       !--- Detect orphans and check phases
     164      IF(test(checkUnique (tracs, fname, fname), lerr)) RETURN       !--- Detect repeated tracers
     165      CALL sortTracers  (tracs)                                      !--- Sort the tracers
     166      tracs(:)%keys%name = tracs(:)%name                             !--- Copy tracers names in keys components
     167    !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     168    CASE(2); IF(test(feedDBase(["tracer.def"],[type_trac]), lerr)) RETURN  !=== SINGLE FILE, COMA-SEPARATED SECTIONS LIST
     169    !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     170    CASE(3); IF(test(feedDBase(  trac_files  , sections  ), lerr)) RETURN  !=== MULTIPLE FILES, ONE SECTION EACH FILE
     171  !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     172  END SELECT
     173  !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     174
     175  IF(ANY([2,3] == fType) .AND. nsec > 1) THEN
     176    IF(tracs_merge) THEN
     177      CALL msg('The multiple required sections will be MERGED.',    modname)
     178      IF(test(mergeTracers(dBase, tracs), lerr)) RETURN
     179    ELSE
     180      CALL msg('The multiple required sections will be CUMULATED.', modname)
     181      IF(test(cumulTracers(dBase, tracs), lerr)) RETURN
     182    END IF
     183    WHERE(tracs%gen0Name(1:3) == 'H2O') tracs%isH2Ofamily=.TRUE.     !--- Set %isH2Ofamily: belongs to H2O family
     184    CALL setDirectKeys(tracs)                                        !--- Set %iqParent, %iqDescen, %nqDescen, %nqChilds
    160185  END IF
    161   !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
    162 
    163   !=== USING NEW FORMAT TRACERS DESCRIPTION FILES WITH POSSIBLY SEVERAL SECTIONS
    164   CALL msg('The multiple required sections will be MERGED.',    modname, nsec > 1 .AND.      tracs_merge)
    165   CALL msg('The multiple required sections will be CUMULATED.', modname, nsec > 1 .AND. .NOT.tracs_merge)
    166 
    167   !=== FEED THE DATABASE WITH THE RAW CONTENT OF THE FILE
    168   SELECT CASE(fType)
    169     CASE(2); lerr = feedDBase(["tracer.def"],[type_trac])            !--- Single file, coma-separated sections list
    170     CASE(3); lerr = feedDBase(trac_files,     sections  )            !--- Multiple files, one section name each file
    171   END SELECT
    172   IF(lerr) RETURN
    173   IF(     tracs_merge) lerr = mergeTracers(dBase, tracs)             !--- MERGE    THE COMPONENTS OF THE DATABASE
    174   IF(.NOT.tracs_merge) lerr = cumulTracers(dBase, tracs)             !--- CUMULATE THE COMPONENTS OF THE DATABASE
    175   IF(lerr) RETURN
    176   CALL setDirectKeys(tracs)                                          !--- Set the directly accessible keys
    177186
    178187END FUNCTION readTracersFiles
     
    201210  ll = strCount(snames, ',', ndb)                                    !--- Number of sections for each file
    202211  ALLOCATE(ixf(SUM(ndb)))
    203   DO i=1, SIZE(fnames)
     212  DO i=1, SIZE(fnames)                                               !--- Set %name, %keys
    204213    IF(test(readSections(fnames(i), snames(i), 'default'), lerr)) RETURN
    205214    ixf(1+SUM(ndb(1:i-1)):SUM(ndb(1:i))) = i                         !--- File index for each section of the expanded list
     
    208217  DO idb=1,SIZE(dBase)                                               !--- LOOP ON THE LOADED SECTIONS
    209218  !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
    210     fnm = fnames(ixf(idb)); snm = dBase(idb)%name
    211     IF(test(expandSection(dBase(idb)%trac,   snm, fnm),lerr)) RETURN !--- EXPAND NAMES AND PARENTS LISTS
    212     CALL setGeneration   (dBase(idb)%trac)                           !--- DETERMINE GENERATION NUMBER
    213     IF(test(checkTracers (dBase(idb)%trac,   snm, fnm),lerr)) RETURN !--- CHECK ORPHANS AND PHASES
    214     lTg = dBase(idb)%trac(:)%type == 'tag'                           !--- Flag for tagging tracers
    215     IF(test(checkUnique  (dBase(idb)%trac,lTg,snm,fnm),lerr)) RETURN !--- CHECK TRACERS UNIQUENESS
    216     CALL expandPhases    (dBase(idb)%trac)                           !--- EXPAND THE PHASES
     219    fnm = fnames(ixf(idb)); snm = dBase(idb)%name                    !--- FILE AND SECTION NAMES
     220    IF(test(expandSection(dBase(idb)%trac, snm, fnm), lerr)) RETURN  !--- EXPAND NAMES ;  set %parent, %type, %component
     221    CALL setGeneration   (dBase(idb)%trac)                           !---                 set %iGeneration,   %genOName
     222    IF(test(checkTracers (dBase(idb)%trac, snm, fnm), lerr)) RETURN  !--- CHECK ORPHANS AND PHASES
     223    IF(test(checkUnique  (dBase(idb)%trac, snm, fnm), lerr)) RETURN  !--- CHECK TRACERS UNIQUENESS
     224    CALL expandPhases    (dBase(idb)%trac)                           !--- EXPAND PHASES ; set %phase
    217225    CALL sortTracers     (dBase(idb)%trac)                           !--- SORT TRACERS
    218226  !++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
     
    283291      ll = strParse(str,' ', keys = s, vals = v, n = n)              !--- Parse <key>=<val> pairs
    284292      tt = dBase(ndb)%trac(:)
    285       tmp%name = s(1); tmp%component=secn; tmp%keys = keys_type(s(1), s(2:n), v(2:n))
     293      tmp%name = s(1); tmp%keys = keys_type(s(1), s(2:n), v(2:n))    !--- Set %name and %keys
    286294      dBase(ndb)%trac = [tt(:), tmp]
    287295      DEALLOCATE(tt)
    288 !      dBase(ndb)%trac = [dBase(ndb)%trac(:), tra(name=s(1), comp=secn, keys=keys_type(s(1), s(2:n), v(2:n)))]
     296!      dBase(ndb)%trac = [dBase(ndb)%trac(:), tra(name=s(1), keys=keys_type(s(1), s(2:n), v(2:n)))]
    289297    END IF
    290298  END DO
     
    421429!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    422430! Purpose: Determine, for each tracer of "tr(:)":
    423 !   * the generation number
    424 !   * the first generation ancestor name
    425 !------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    426 ! Arguments:
    427   TYPE(trac_type), INTENT(INOUT) :: tr(:)                            !--- Tracer derived type vector
    428 !------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    429 ! Local variables:
    430   INTEGER :: iq, nq, ig
     431!   * %iGeneration: the generation number
     432!   * %gen0Name:    the generation 0 ancestor name
     433!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     434  TYPE(trac_type),     INTENT(INOUT) :: tr(:)                        !--- Tracer derived type vector
     435  INTEGER                            :: iq, nq, ig
    431436  LOGICAL,               ALLOCATABLE :: lg(:)
    432437  CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: prn(:)
    433438!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    434   tr(:)%iGeneration = 0                                              !--- error if 0
     439  tr(:)%iGeneration = -1                                             !--- error if -1
    435440  nq = SIZE(tr, DIM=1)                                               !--- Number of tracers lines
    436441  lg = tr(:)%parent == tran0                                         !--- First generation tracers flag
    437   WHERE(lg) tr(:)%iGeneration = 1                                    !--- First generation tracers
     442  WHERE(lg) tr(:)%iGeneration = 0                                    !--- First generation tracers
    438443
    439444  !=== Determine generation for each tracer
    440   ig=0; prn = [tran0]
     445  ig=-1; prn = [tran0]
    441446  DO                                                                 !--- Update current generation flag
    442     IF(ig/=0) prn = PACK( tr(:)%name, MASK=tr(:)%iGeneration == ig)
     447    IF(ig/=-1) prn = PACK( tr(:)%name, MASK=tr(:)%iGeneration == ig)
    443448    lg(:) = [(ANY(prn(:) == tr(iq)%parent), iq=1, nq)]               !--- Current generation tracers flag
    444449    IF( ALL( .NOT. lg ) ) EXIT                                       !--- Empty current generation
     
    470475
    471476  !=== CHECK FOR ORPHAN TRACERS
    472   IF(test(checkList(tr%name, tr%iGeneration==0, mesg, 'tracers', 'orphan'), lerr)) RETURN
     477  IF(test(checkList(tr%name, tr%iGeneration==-1, mesg, 'tracers', 'orphan'), lerr)) RETURN
    473478
    474479  !=== CHECK PHASES
    475   DO iq=1,nq; IF(tr(iq)%iGeneration/=1) CYCLE                        !--- Generation 1 only is checked
     480  DO iq=1,nq; IF(tr(iq)%iGeneration/=0) CYCLE                        !--- Generation O only is checked
    476481    pha = fgetKey(iq, 'phases', tr(:)%keys, 'g')                     !--- Phases
    477482    np = LEN_TRIM(pha); bp(iq)=' '
     
    479484    IF(TRIM(bp(iq)) /= '') bp(iq) = TRIM(tr(iq)%name)//': '//TRIM(bp(iq))
    480485  END DO
    481   lerr = checkList(bp, tr%iGeneration==1 .AND. bp/='', mesg, 'tracers phases', 'unknown')
     486  lerr = checkList(bp, tr%iGeneration==0 .AND. bp/='', mesg, 'tracers phases', 'unknown')
    482487END FUNCTION checkTracers
    483488!==============================================================================================================================
    484489
    485490!==============================================================================================================================
    486 LOGICAL FUNCTION checkUnique(tr, lTag, sname, fname) RESULT(lerr)
     491LOGICAL FUNCTION checkUnique(tr, sname, fname) RESULT(lerr)
    487492!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    488493! Purpose: Make sure that tracers are not repeated.
    489494!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    490495  TYPE(trac_type),            INTENT(IN) :: tr(:)                    !--- Tracer derived type vector
    491   LOGICAL,                    INTENT(IN) :: lTag(:)                  !--- Tagging tracer flag
    492496  CHARACTER(LEN=*),           INTENT(IN) :: sname                    !--- Section name
    493497  CHARACTER(LEN=*), OPTIONAL, INTENT(IN) :: fname                    !--- File name
     
    502506  nq=SIZE(tr,DIM=1); lerr=.FALSE.                                    !--- Number of lines ; error flag
    503507  tdup(:) = ''
    504   DO iq=1,nq; IF(lTag(iq)) CYCLE                                     !--- Tags can be repeated
     508  DO iq=1,nq; IF(tr(iq)%type == 'tag') CYCLE                         !--- Tags can be repeated
    505509    tnam = TRIM(tr(iq)%name)
    506510    ll = tr(:)%name==TRIM(tnam)                                      !--- Mask for current tracer name
     
    585589!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    586590! Purpose: Sort tracers:
     591!  * Put water at first places, in the "known_phases" order.
    587592!  * lGrowGen == T: in ascending generations numbers.
    588593!  * lGrowGen == F: tracer + its childs sorted by growing generation, one after the other.
     594!   TO BE ADDED IF NECESSARY: HIGHER MOMENTS AT THE END
    589595!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    590596  TYPE(trac_type), ALLOCATABLE, INTENT(INOUT) :: tr(:)               !--- Tracer derived type vector
    591   INTEGER :: ig, ng, iq, jq, n, ix(SIZE(tr)), k
     597  INTEGER :: ig, ng, iq, jq, ip, nq, n, ix(SIZE(tr)), k
    592598  INTEGER, ALLOCATABLE :: iy(:), iz(:)
    593599!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     600  nq = SIZE(tr)
     601  iy = [(k, k=1, nq)]
     602  DO ip = nphases, 1, -1
     603    iq = strIdx(tracers(:)%name, 'H2O'//phases_sep//known_phases(ip:ip))
     604    IF(iq/=0) iy = [iq, iy(1:iq-1), iy(iq:nq)]
     605  END DO
     606  tr = tr(iy)                                                        !--- Water displaces at first positions
    594607  iq = 1
    595608  IF(lSortByGen) THEN
    596609    ng = MAXVAL(tr(:)%iGeneration, MASK=.TRUE., DIM=1)               !--- Number of generations
    597610    DO ig = 0, ng                                                    !--- Loop on generations
    598       iy = PACK([(k, k=1, SIZE(tr))], MASK=tr(:)%iGeneration==ig)    !--- Generation ig tracers indexes
     611      iy = PACK([(k, k=1, nq)], MASK=tr(:)%iGeneration==ig)          !--- Generation ig tracers indexes
    599612      n = SIZE(iy)
    600613      ix(iq:iq+n-1) = iy                                             !--- Stack growing generations idxs
     
    602615    END DO
    603616  ELSE
    604     DO jq = 1, SIZE(tr,DIM=1)                                        !--- Loop on first generation tracers
     617    DO jq = 1, nq                                                    !--- Loop on first generation tracers
    605618      IF(tr(jq)%iGeneration /= 1) CYCLE                              !--- Skip generations >= 1
    606619      ix(iq) = jq                                                    !--- First generation ancestor index first
     
    727740SUBROUTINE setDirectKeys(tr)
    728741  TYPE(trac_type), INTENT(INOUT) :: tr(:)
    729   CALL indexUpdate(tr)                                               !--- Update iqParent and iqDescen indexes vectors
     742
     743  !--- Update %iqParent, %iqDescen, %nqDescen, %nqChilds
     744  CALL indexUpdate(tr)
     745
     746  !--- Extract some direct-access keys
    730747!  DO iq = 1, SIZE(tr)
    731 !    tr(iq)%keys%<key> = getKey_prv(it, "<key>", tr%keys,  tran0 )   !--- For additional keys
     748!    tr(iq)%keys%<key> = getKey_prv(it, "<key>", tr%keys, <default_value> )
    732749!  END DO
    733750END SUBROUTINE setDirectKeys
     
    829846!=== NOTES:                                                                                                                ====
    830847!===  * Most of the "isot" components have been defined in the calling routine (initIsotopes):                             ====
    831 !===      prnt,   nzon, zone(:),   niso, keys(:)%name,   nitr, trac(:),   npha, phas,  iTraPha(:,:),  iZonPhi(:,:)         ====
     848!===      parent,  nzone, zone(:),  niso, keys(:)%name,  ntiso, trac(:),  nphas, phas,  iTraPha(:,:),  iZonPhi(:,:)        ====
    832849!===  * Same syntax for isotopes file and "tracer.def": a tracers section contains one line for each of its isotopes       ====
    833850!===  * Each tracers section can contain a "params" virtual isotope line of isotopes parameters default values             ====
     
    939956    s%zone = PACK(strTail(t(:)%name,'_',lFirst=.TRUE.), MASK = ll)   !--- Tagging zones names  for isotopes category "iname"
    940957    CALL strReduce(s%zone)
    941     s%nzon = SIZE(s%zone)                                            !--- Tagging zones number for isotopes category "iname"
     958    s%nzone = SIZE(s%zone)                                           !--- Tagging zones number for isotopes category "iname"
    942959
    943960    !=== Geographic tracers of the isotopes childs of tracer "iname" (same for each phase of "iname")
     
    945962    str = PACK(delPhase(t(:)%name), MASK=ll)
    946963    CALL strReduce(str)
    947     s%nitr = s%niso + SIZE(str)                                      !--- Number of isotopes + their geographic tracers [ntraciso]
    948     ALLOCATE(s%trac(s%nitr))
     964    s%ntiso = s%niso + SIZE(str)                                     !--- Number of isotopes + their geographic tracers [ntraciso]
     965    ALLOCATE(s%trac(s%ntiso))
    949966    FORALL(it = 1:s%niso) s%trac(it) = s%keys(it)%name
    950     FORALL(it = s%niso+1:s%nitr) s%trac(it) = str(it-s%niso)
     967    FORALL(it = s%niso+1:s%ntiso) s%trac(it) = str(it-s%niso)
    951968
    952969    !=== Phases for tracer "iname"
    953970    s%phase = ''
    954971    DO ip = 1, nphases; ph = known_phases(ip:ip); IF(strIdx(t%name,addPhase(iname, ph)) /= 0) s%phase = TRIM(s%phase)//ph; END DO
    955     s%npha = LEN_TRIM(s%phase)                                        !--- Equal to "nqo" for water
     972    s%nphas = LEN_TRIM(s%phase)                                       !--- Equal to "nqo" for water
    956973
    957974    !=== Tables giving the index in a table of effectively found items for each dynamical tracer (1<=iq<=nqtot)
     
    968985    !=== Table used to get iq (index in dyn array, size nqtot) from the isotope and phase indexes ; the full isotopes list
    969986    !    (including tagging tracers) is sorted this way:  iso1, iso2, ..., iso1_zone1, iso2_zone1, ..., iso1_zoneN, iso2_zoneN
    970     s%iTraPha = RESHAPE( [( (strIdx(t(:)%name,  addPhase(s%trac(it),s%phase(ip:ip))),    it=1, s%nitr), ip=1, s%npha)], &
    971                          [s%nitr, s%npha] )
    972 
    973     !=== Table used to get ix (index in tagging tracers isotopes list, size nitr) from the zone and isotope indexes
    974     s%iZonIso = RESHAPE( [( (strIdx(s%trac(:), TRIM(s%trac(it))//'_'//TRIM(s%zone(iz))), iz=1, s%nzon), it=1, s%niso)], &
    975                          [s%nzon, s%niso] )
     987    s%iTraPha = RESHAPE( [( (strIdx(t(:)%name,  addPhase(s%trac(it),s%phase(ip:ip))),    it=1, s%ntiso), ip=1, s%nphas)], &
     988                         [s%ntiso, s%nphas] )
     989
     990    !=== Table used to get ix (index in tagging tracers isotopes list, size ntiso) from the zone and isotope indexes
     991    s%iZonIso = RESHAPE( [( (strIdx(s%trac(:), TRIM(s%trac(it))//'_'//TRIM(s%zone(iz))), iz=1, s%nzone), it=1, s%niso )], &
     992                         [s%nzone, s%niso] )
    976993  END DO
    977994
     
    12401257  out = s
    12411258  IF(s == '') RETURN                                                           !--- Empty string: nothing to do
     1259
     1260  !--- Special case: old phases for water, no phases separator
     1261  IF(ANY([('H2O'//old_phases(ix:ix), ix=1, nphases)] == s)) THEN; out='H2O'; RETURN; END IF
     1262
    12421263  !--- Index of found phase in "known_phases"
    12431264  ix = MAXLOC( [(i, i=1,nphases)], MASK=[( INDEX(s, phases_sep//known_phases(i:i))/=0, i=1, nphases)], DIM=1 )
     
    12521273END FUNCTION delPhase
    12531274!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    1254 CHARACTER(LEN=maxlen) FUNCTION addPhase_1(s,pha) RESULT(out)
    1255   CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: s
    1256   CHARACTER(LEN=1), INTENT(IN) :: pha
     1275CHARACTER(LEN=maxlen) FUNCTION addPhase_1(s,pha,ph_sep) RESULT(out)
     1276  CHARACTER(LEN=*),           INTENT(IN) :: s
     1277  CHARACTER(LEN=1),           INTENT(IN) :: pha
     1278  CHARACTER(LEN=*), OPTIONAL, INTENT(IN) :: ph_sep
     1279  CHARACTER(LEN=1) :: psep
    12571280  INTEGER :: l, i
    12581281  out = s
    12591282  IF(s == '') RETURN                                                           !--- Empty string: nothing to do
     1283  psep = phases_sep; IF(PRESENT(ph_sep)) psep = ph_sep
    12601284  i = INDEX(s, '_')                                                            !--- /=0 for <var>_<tag> tracers names
    12611285  l = LEN_TRIM(s)
    1262   IF(i == 0) out =  TRIM(s)//phases_sep//pha                                   !--- <var>       => return <var><sep><pha>
    1263   IF(i /= 0) out = s(1:i-1)//phases_sep//pha//'_'//s(i+1:l)                    !--- <var>_<tag> => return <var><sep><pha>_<tag>
     1286  IF(i == 0) out =  TRIM(s)//TRIM(psep)//pha                                   !--- <var>       => return <var><sep><pha>
     1287  IF(i /= 0) out = s(1:i-1)//TRIM(psep)//pha//'_'//s(i+1:l)                    !--- <var>_<tag> => return <var><sep><pha>_<tag>
    12641288END FUNCTION addPhase_1
    12651289!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    1266 FUNCTION addPhase_m(s,pha) RESULT(out)
    1267   CHARACTER(LEN=*),      INTENT(IN)  :: s(:)
    1268   CHARACTER(LEN=1),      INTENT(IN)  :: pha
    1269   CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: out(:) 
     1290FUNCTION addPhase_m(s,pha,ph_sep) RESULT(out)
     1291  CHARACTER(LEN=*),           INTENT(IN) :: s(:)
     1292  CHARACTER(LEN=1),           INTENT(IN) :: pha
     1293  CHARACTER(LEN=*), OPTIONAL, INTENT(IN) :: ph_sep
     1294  CHARACTER(LEN=maxlen),     ALLOCATABLE :: out(:)
     1295  CHARACTER(LEN=1) :: psep
    12701296  INTEGER :: k
    1271   out = [( addPhase_1(s(k), pha), k=1, SIZE(s) )]
     1297  psep = phases_sep; IF(PRESENT(ph_sep)) psep = ph_sep
     1298  out = [( addPhase_1(s(k), pha, psep), k=1, SIZE(s) )]
    12721299END FUNCTION addPhase_m
    12731300!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     
    12821309  INTEGER, OPTIONAL, INTENT(IN) :: igen
    12831310  INTEGER :: ig, ix
    1284   ig = 1; IF(PRESENT(igen)) ig = igen
     1311  ig = 0; IF(PRESENT(igen)) ig = igen
    12851312  ix = idxAncestor_1(t, tname, ig)
    12861313  out = ''; IF(ix /= 0) out = t(ix)%name
     
    12941321  INTEGER, ALLOCATABLE :: ix(:)
    12951322  INTEGER :: ig
    1296   ig = 1; IF(PRESENT(igen)) ig = igen
     1323  ig = 0; IF(PRESENT(igen)) ig = igen
    12971324  IF(     PRESENT(tname)) ix = idxAncestor_m(t, tname,     ig)
    12981325  IF(.NOT.PRESENT(tname)) ix = idxAncestor_m(t, t(:)%name, ig)
     
    13071334!==============================================================================================================================
    13081335INTEGER FUNCTION idxAncestor_1(t, tname, igen) RESULT(out)
    1309 ! Return the name of the generation "igen" ancestor of "tname"
     1336! Return the name of the generation "igen" (>=0) ancestor of "tname"
    13101337  TYPE(trac_type),   INTENT(IN) :: t(:)
    13111338  CHARACTER(LEN=*),  INTENT(IN) :: tname
    13121339  INTEGER, OPTIONAL, INTENT(IN) :: igen
    13131340  INTEGER :: ig
    1314   ig = 1; IF(PRESENT(igen)) ig = igen
     1341  ig = 0; IF(PRESENT(igen)) ig = igen
    13151342  out = strIdx(t(:)%name, tname)
    1316   IF(out == 0)          RETURN
    1317   IF(t(out)%iGeneration <= ig) RETURN
     1343  IF(out == 0)                 RETURN            !--- Tracer not found
     1344  IF(t(out)%iGeneration <= ig) RETURN            !--- Tracer has a lower generation number than asked generation 'igen"
    13181345  DO WHILE(t(out)%iGeneration > ig); out = strIdx(t(:)%name, t(out)%parent); END DO
    13191346END FUNCTION idxAncestor_1
     
    13251352  INTEGER,          OPTIONAL, INTENT(IN) :: igen
    13261353  INTEGER :: ig, ix
    1327   ig = 1; IF(PRESENT(igen)) ig = igen
     1354  ig = 0; IF(PRESENT(igen)) ig = igen
    13281355  IF(     PRESENT(tname)) out = [(idxAncestor_1(t, tname(ix),  ig), ix=1, SIZE(tname))]
    13291356  IF(.NOT.PRESENT(tname)) out = [(idxAncestor_1(t, t(ix)%name, ig), ix=1, SIZE(t))]
  • LMDZ6/trunk/libf/misc/strings_mod.F90

    r4047 r4063  
    106106  INTEGER,          OPTIONAL, INTENT(IN) :: unit
    107107  INTEGER :: unt
    108   IF(PRESENT(ll)) THEN; IF(ll) RETURN; END IF
     108  IF(PRESENT(ll)) THEN; IF(.NOT.ll) RETURN; END IF
    109109  unt = lunout; IF(PRESENT(unit)) unt = unit
    110110  IF(PRESENT(modname)) THEN
     
    124124  CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: s(:)
    125125  INTEGER :: unt, nmx, k
    126   LOGICAL :: lerr
    127   lerr = .TRUE.; IF(PRESENT(ll))  lerr = ll
    128   unt = lunout ; IF(PRESENT(unit)) unt = unit
    129   nmx = 128;     IF(PRESENT(nmax)) nmx = nmax
     126  LOGICAL :: l
     127  l   = .TRUE.; IF(PRESENT(ll))     l = ll
     128  unt = lunout; IF(PRESENT(unit)) unt = unit
     129  nmx = 128;    IF(PRESENT(nmax)) nmx = nmax
    130130  s = strStackm(str, ', ', nmx)
    131131  IF(PRESENT(modname)) THEN
    132     DO k=1,SIZE(s); CALL msg_1(s(k), modname, lerr, unt); END DO
     132    DO k=1,SIZE(s); CALL msg_1(s(k), modname, l, unt); END DO
    133133  ELSE
    134     DO k=1,SIZE(s); CALL msg_1(s(k), ll=lerr, unit=unt);  END DO
     134    DO k=1,SIZE(s); CALL msg_1(s(k), ll=l, unit=unt);  END DO
    135135  END IF
    136136END SUBROUTINE msg_m
    137137!==============================================================================================================================
    138 LOGICAL FUNCTION fmsg_1(str, modname, ll, unit) RESULT(lerr)
     138LOGICAL FUNCTION fmsg_1(str, modname, ll, unit) RESULT(l)
    139139  CHARACTER(LEN=*),           INTENT(IN) :: str
    140140  CHARACTER(LEN=*), OPTIONAL, INTENT(IN) :: modname
     
    142142  INTEGER,          OPTIONAL, INTENT(IN) :: unit
    143143  INTEGER :: unt
    144   lerr = .TRUE.; IF(PRESENT(ll))  lerr = ll
    145   unt = lunout ; IF(PRESENT(unit)) unt = unit
     144  l   = .TRUE.; IF(PRESENT(ll))     l = ll
     145  unt = lunout; IF(PRESENT(unit)) unt = unit
    146146  IF(PRESENT(modname)) THEN
    147     CALL msg_1(str, modname, lerr, unt)
     147    CALL msg_1(str, modname, l, unt)
    148148  ELSE
    149     CALL msg_1(str, ll=lerr, unit=unt)
     149    CALL msg_1(str, ll=l, unit=unt)
    150150  END IF
    151151END FUNCTION fmsg_1
    152152!==============================================================================================================================
    153 LOGICAL FUNCTION fmsg_m(str, modname, ll, unit, nmax) RESULT(lerr)
     153LOGICAL FUNCTION fmsg_m(str, modname, ll, unit, nmax) RESULT(l)
    154154  CHARACTER(LEN=*),           INTENT(IN)  :: str(:)
    155155  CHARACTER(LEN=*), OPTIONAL, INTENT(IN) :: modname
     
    158158  INTEGER,          OPTIONAL, INTENT(IN)  :: nmax
    159159  INTEGER :: unt, nmx
    160   lerr = .TRUE.; IF(PRESENT(ll))  lerr = ll
    161   unt = lunout ; IF(PRESENT(unit)) unt = unit
    162   nmx = 128;     IF(PRESENT(nmax)) nmx = nmax
     160  l   = .TRUE.; IF(PRESENT(ll))     l = ll
     161  unt = lunout; IF(PRESENT(unit)) unt = unit
     162  nmx = 128;    IF(PRESENT(nmax)) nmx = nmax
    163163  IF(PRESENT(modname)) THEN
    164     CALL msg_m(str, modname, lerr, unt, nmx)
     164    CALL msg_m(str, modname, l, unt, nmx)
    165165  ELSE
    166     CALL msg_m(str, ll=lerr, unit=unt, nmax=nmx)
     166    CALL msg_m(str, ll=l, unit=unt, nmax=nmx)
    167167  END IF
    168168END FUNCTION fmsg_m
     
    267267!=== Concatenates the strings "str(:)" with separator "sep" into a single string using a separator (',' by default). ==========
    268268!==============================================================================================================================
    269 FUNCTION strStack(str, sep) RESULT(out)
     269FUNCTION strStack(str, sep, mask) RESULT(out)
    270270  CHARACTER(LEN=:),          ALLOCATABLE :: out
    271271  CHARACTER(LEN=*),           INTENT(IN) :: str(:)
    272272  CHARACTER(LEN=*), OPTIONAL, INTENT(IN) :: sep
     273  LOGICAL,          OPTIONAL, INTENT(IN) :: mask(:)
    273274  CHARACTER(LEN=:), ALLOCATABLE :: s
    274   INTEGER :: is
     275  INTEGER :: is, i0
    275276  IF(SIZE(str) == 0) THEN; out = ''; RETURN; END IF
    276277  ALLOCATE(s, SOURCE=', '); IF(PRESENT(sep)) s=sep
    277   out = str(1); DO is=2,SIZE(str, DIM=1); out = TRIM(out)//s//TRIM(str(is)); END DO
     278  IF(PRESENT(mask)) THEN
     279    IF(ALL(.NOT.mask)) THEN; out = ''; RETURN; END IF
     280    i0 = 0; DO WHILE(.NOT.mask(i0+1)); i0 = i0+1; END DO
     281    out = str(i0); DO is=i0+1,SIZE(str, DIM=1); IF(.NOT.mask(is)) CYCLE; out = TRIM(out)//s//TRIM(str(is)); END DO
     282  ELSE
     283    out = str(1); DO is=2,SIZE(str, DIM=1); out = TRIM(out)//s//TRIM(str(is)); END DO
     284  END IF
    278285END FUNCTION strStack
    279286!==============================================================================================================================
  • LMDZ6/trunk/libf/misc/trac_types_mod.F90

    r4046 r4063  
    2222    CHARACTER(LEN=maxlen) :: component                     !--- Coma-separated list of components (Ex: lmdz,inca)
    2323    INTEGER               :: iadv        = 10              !--- Advection scheme used
    24     INTEGER               :: iGeneration = 1               !--- Generation number (>=1)
     24    INTEGER               :: iGeneration = -1              !--- Generation number (>=0)
    2525    LOGICAL               :: isAdvected  = .FALSE.         !--- "true" tracers: iadv > 0 . COUNT(     isAdvected) =nqtrue
    2626    LOGICAL               :: isH2Ofamily = .FALSE.         !--- H2O tracers/isotopes/tags. COUNT(.NOT.isH2Ofamily)=nqtottr
     
    4040    LOGICAL                            :: check=.FALSE.    !--- Triggering of the checking routines
    4141    TYPE(keys_type),       ALLOCATABLE :: keys(:)          !--- Isotopes keys/values pairs list     (length: niso)
    42     CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: trac(:)          !--- Isotopes + tagging tracers list     (length: nitr)
    43     CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: zone(:)          !--- Geographic tagging zones names list (length: nzon)
    44     CHARACTER(LEN=maxlen)              :: phase = 'g'      !--- Phases list: [g][l][s]              (length: npha)
    45     INTEGER                            :: niso = 0         !--- Number of isotopes, excluding tagging tracers
    46     INTEGER                            :: nzon = 0         !--- Number of geographic tagging zones
    47     INTEGER                            :: nitr = 0         !--- Number of isotopes, including tagging tracers
    48     INTEGER                            :: npha = 0         !--- Number phases
    49     INTEGER,               ALLOCATABLE :: iTraPha(:,:)     !--- Idx in "trac(1:niso)" = f(name(1:nitr)),phas)
     42    CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: trac(:)          !--- Isotopes + tagging tracers list     (length: ntiso)
     43    CHARACTER(LEN=maxlen), ALLOCATABLE :: zone(:)          !--- Geographic tagging zones names list (length: nzone)
     44    CHARACTER(LEN=maxlen)              :: phase = 'g'      !--- Phases list: [g][l][s]              (length: nphas)
     45    INTEGER                            :: niso  = 0        !--- Number of isotopes, excluding tagging tracers
     46    INTEGER                            :: nzone = 0        !--- Number of geographic tagging zones
     47    INTEGER                            :: ntiso = 0        !--- Number of isotopes, including tagging tracers
     48    INTEGER                            :: nphas = 0        !--- Number phases
     49    INTEGER,               ALLOCATABLE :: iTraPha(:,:)     !--- Idx in "trac(1:niso)" = f(name(1:ntiso)),phas)
    5050                                                           !---        "iTraPha" former name: "iqiso"
    51     INTEGER,               ALLOCATABLE :: iZonIso(:,:)     !--- Idx in "trac(1:nitr)" = f(zone, name(1:niso))
     51    INTEGER,               ALLOCATABLE :: iZonIso(:,:)     !--- Idx in "trac(1:ntiso)" = f(zone, name(1:niso))
    5252                                                           !---        "iZonIso" former name: "index_trac"
    5353  END TYPE isot_type
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.