Changeset 3745 for BOL/Multi_atlas
- Timestamp:
- Jul 1, 2020, 9:31:32 PM (4 years ago)
- Location:
- BOL/Multi_atlas
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BOL/Multi_atlas/AFAIRE
r3684 r3745 42 42 Mise en service de http://esgf.cines.fr/thredds prévue ultérieurement 43 43 44 2. cmor.sh et season.sh a tester44 2. cmor.sh et season.sh : ok 45 45 46 46 3. atlas classique : -
BOL/Multi_atlas/Utils/multi.sh
r3743 r3745 396 396 done 397 397 done 398 exit399 cd $COMP_D398 #exit 399 # cd $COMP_D 400 400 # ln -sf BIASYEAR.html $comp.html 401 ln -sf ACCUEIL.html $comp.html 402 fi 401 # ln -sf ACCUEIL.html $comp.html 403 402 cd $local 404 403 ./webpage_multi.sh $comp 404 405 fi -
BOL/Multi_atlas/atlas/atlas.sh
r3743 r3745 1 #PBS -N atlas2 #PBS -m a3 #PBS -j oe4 #PBS -q h125 #PBS -o atlasNOMSIMULATION.out6 #PBS -S /bin/bash7 #PBS -l nodes=1:ppn=18 #PBS -l mem=30gb9 #PBS -l vmem=30gb10 #11 # Commande pour soumettre en bash12 submit=qsub13 14 login=aidelkad15 DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods16 1 #PBS -N atlas 17 2 #PBS -m a -
BOL/Multi_atlas/atlas/lmdz_SE.py
r3743 r3745 40 40 # Definitions pour l'acces aux obs gérées par Ionela 41 41 ######################################################################################### 42 cproject('OBS', ('period','fx'), ('root','/modfs/ipslfs/dods/ aidelkad/lmdz/SE/CMOR/OBS')) #, '/data/musat/LMDZ6/SE/CMOR/OBS'))42 cproject('OBS', ('period','fx'), ('root','/modfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/CMOR/OBS')) #, '/data/musat/LMDZ6/SE/CMOR/OBS')) 43 43 dataloc(project='OBS',url='${root}/${variable}.nc') 44 44 # Définiton de variables dérivées pour ce projet -
BOL/Multi_atlas/install_multi_atlas.sh
r3743 r3745 5 5 # Reprise Mars 2020 6 6 # installer les scripts de post-traitement multi-atlas pour LMDZ sur une machine 7 # le packege sera integre r sous svn aux sources du modele ..../BOL/7 # le packege sera integre sous svn aux ..../BOL/Multi-Atlas 8 8 # Ce script permet de definir les differents repertoires en fonction de la machine 9 9 # Permet de creer les sscripts job_multi.sh et atlas.sh 10 10 ################################################################################# 11 # 12 # 11 13 # Definition des coleurs d'affichage 12 14 noir='\e[0;30m' gris='\e[1;30m' rougefonce='\e[0;31m' rose='\e[1;31m' vertfonce='\e[0;32m' vertclair='\e[1;32m' orange='\e[0;33m' jaune='\e[1;33m' bleufonce='\e[0;34m' bleuclair='\e[1;34m' violetfonce='\e[0;35m' violetclair='\e[1;35m' cyanfonce='\e[0;36m' cyanclair='\e[1;36m' grisclair='\e[0;37m' blanc='\e[1;37m' neutre='\e[0;m' … … 19 21 20 22 #set -x 21 # Nom machine et compte23 # Nom machine et login 22 24 hostname=`hostname` 23 25 login=`whoami` … … 32 34 # Rep ou se trouve les sorties cmorizees 33 35 ROOT_SIM_DIR=$DODSDIR/$login/lmdz/SE/ORIG 34 ROOT_OBS_DIR=$DODSDIR/ $login/lmdz/SE/CMOR/OBS36 ROOT_OBS_DIR=$DODSDIR/fabric/lmdz/SE/CMOR/OBS 35 37 if [ ! -d $MULTIDIR ] ; then mkdir -p $MULTIDIR ; fi 36 37 # Def entete des job 38 # Def entete des jobs 38 39 cat <<eod >> entete.sh 39 40 #PBS -N atlas … … 103 104 fi 104 105 105 # JEAN- 106 # JEAN-ZAY 106 107 if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then 107 108 cat <<eod > definerep.sh … … 133 134 134 135 # PC (formation et perso linux) 135 136 136 # Machines locales lmd 137 137 … … 140 140 echo -e "${noir}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% ${rougefonce} LMDZ MULTIATLAS ${noir}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%" 141 141 echo 142 echo -e "${ vertfonce}"To create your multi-atlas you needs :142 echo -e "${bleufonce}"To create your multi-atlas you needs : 143 143 echo 1. to create your multiatlas directory "example Multi01" : 144 144 echo mkdir -p /modfs/ipslfs/dods/$login/lmdz/MultiSimu/Multi01 … … 153 153 echo 3. Add the link to the simulation outputs in your file : $local/runs.txt 154 154 echo 155 156 ### creer le job principal 155 157 rm -f job_multi.sh 156 158 cat entete.sh >| job_multi.sh … … 170 172 \mv lmdz_SE.py atlas/. 171 173 172 173 174 echo 4. Then you can run your multiatlas : 174 175 echo ./job_multi.sh Multi01 -
BOL/Multi_atlas/multi_atlas.sh
r3743 r3745 1 1 #!/bin/bash 2 2 3 set -v3 #set -v 4 4 5 5 login=`whoami` … … 59 59 echo PROJ $proj 60 60 echo SEASON $season 61 if [ -f $sref ] ; then 61 62 for i in `sed -n -e '/TH ALIGN=LEFT.*.li/=' $sref` ; do 62 63 #for i in `sed -n -e '/<TH ALIGN=LEFT> <li>/=' $sref` ; do … … 122 123 years=`echo $sim | sed -e 's/'$simb'//'` 123 124 index=$COMP_D/ATLAS/index_${proj}_${season}_${sim}.html 124 if [ -f $index ] ; then125 # if [ -f $index ] ; then 125 126 is=`sed -n -e '/<TH ALIGN=LEFT> <li.*.('$var')/=' $index | head -1` 126 127 echo $sim $var $is … … 132 133 sed -n -e ${isbiais}p $index >> $compf 133 134 fi 134 fi135 # fi 135 136 done 136 137 echo ' <TR>' >> $compf 137 138 fi 138 139 done 140 fi 139 141 140 echo VOTRE MULTIATLAS EST DISPONIBLE SUR $HTML/ACCUEIl.html142 #echo VOTRE MULTIATLAS EST DISPONIBLE SUR $HTML/ACCUEIl.html -
BOL/Multi_atlas/webpage_multi.sh
r3737 r3745 13 13 if [ ${hostname:0:5} = cicla ] ; then 14 14 DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods 15 HTML=http ://vesg.ipsl.upmc.fr/thredds/fileServer/IPSLFS/$login/lmdz/MultiSimu/$comp15 HTML=https://vesg.ipsl.upmc.fr/thredds/fileServer/IPSLFS/$login/lmdz/MultiSimu/$comp 16 16 fi 17 17 if [ ${hostname:0:5} = camel ] ; then … … 25 25 fi 26 26 27 echo -e "${vertfonce}YOUR MULTIATLAS IS AVAILABLE ON THE PAGE: : " 27 echo -e "${noir}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%" 28 echo -e "${bleufonce}YOUR MULTIATLAS IS AVAILABLE ON THE PAGE: : " 28 29 rm -f tmp_web.txt 29 30 cat << eod >> tmp_web.txt 30 $HTML/ACCUEI l.html31 $HTML/ACCUEIL.html 31 32 eod 32 33 cat tmp_web.txt 34 echo -e "${noir}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%"
Note: See TracChangeset
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