Changeset 3745 for BOL


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Timestamp:
Jul 1, 2020, 9:31:32 PM (4 years ago)
Author:
idelkadi
Message:

Repository under svn of a first version of Multiatlas diagnostics for LMDZ. This version is adapted to be able to run a LMDZ multiatlas on an individual account on the ciclad machine of the IPSL. In this version, the parts to be modified are identified so as to subsequently adapt it to other machines.
Update atlas scripts

Location:
BOL/Multi_atlas
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • BOL/Multi_atlas/AFAIRE

    r3684 r3745  
    4242Mise en service de http://esgf.cines.fr/thredds prévue ultérieurement
    4343
    44 2. cmor.sh et season.sh a tester
     442. cmor.sh et season.sh :  ok
    4545
    46463. atlas classique :
  • BOL/Multi_atlas/Utils/multi.sh

    r3743 r3745  
    396396   done
    397397   done
    398 exit
    399    cd $COMP_D
     398#exit
     399#   cd $COMP_D
    400400#   ln -sf BIASYEAR.html  $comp.html
    401    ln -sf ACCUEIL.html  $comp.html
    402 fi
     401#   ln -sf ACCUEIL.html  $comp.html
    403402cd $local
    404403./webpage_multi.sh $comp
     404
     405fi
  • BOL/Multi_atlas/atlas/atlas.sh

    r3743 r3745  
    1 #PBS -N atlas
    2 #PBS -m a
    3 #PBS -j oe
    4 #PBS -q h12
    5 #PBS -o atlasNOMSIMULATION.out
    6 #PBS -S /bin/bash
    7 #PBS -l nodes=1:ppn=1
    8 #PBS -l mem=30gb
    9 #PBS -l vmem=30gb
    10 #
    11 # Commande pour soumettre en bash
    12 submit=qsub
    13 
    14 login=aidelkad
    15 DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods
    161#PBS -N atlas
    172#PBS -m a
  • BOL/Multi_atlas/atlas/lmdz_SE.py

    r3743 r3745  
    4040# Definitions pour l'acces aux obs gérées par Ionela
    4141#########################################################################################
    42 cproject('OBS', ('period','fx'),   ('root','/modfs/ipslfs/dods/aidelkad/lmdz/SE/CMOR/OBS'))  #, '/data/musat/LMDZ6/SE/CMOR/OBS'))
     42cproject('OBS', ('period','fx'),   ('root','/modfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/CMOR/OBS'))  #, '/data/musat/LMDZ6/SE/CMOR/OBS'))
    4343dataloc(project='OBS',url='${root}/${variable}.nc')
    4444# Définiton de variables dérivées pour ce projet
  • BOL/Multi_atlas/install_multi_atlas.sh

    r3743 r3745  
    55# Reprise Mars 2020
    66# installer les scripts de post-traitement multi-atlas pour LMDZ sur une machine
    7 # le packege sera integrer sous svn aux sources du modele ..../BOL/
     7# le packege sera integre sous svn aux ..../BOL/Multi-Atlas
    88# Ce script permet de definir les differents repertoires en fonction de la machine
    99# Permet de creer les sscripts job_multi.sh et atlas.sh
    1010#################################################################################
     11#
     12#
    1113# Definition des coleurs d'affichage
    1214noir='\e[0;30m' gris='\e[1;30m' rougefonce='\e[0;31m' rose='\e[1;31m' vertfonce='\e[0;32m' vertclair='\e[1;32m' orange='\e[0;33m' jaune='\e[1;33m' bleufonce='\e[0;34m' bleuclair='\e[1;34m' violetfonce='\e[0;35m' violetclair='\e[1;35m' cyanfonce='\e[0;36m' cyanclair='\e[1;36m' grisclair='\e[0;37m' blanc='\e[1;37m' neutre='\e[0;m'
     
    1921
    2022#set -x
    21 # Nom machine et compte
     23# Nom machine et login
    2224hostname=`hostname`
    2325login=`whoami`
     
    3234# Rep ou se trouve les sorties cmorizees
    3335ROOT_SIM_DIR=$DODSDIR/$login/lmdz/SE/ORIG
    34 ROOT_OBS_DIR=$DODSDIR/$login/lmdz/SE/CMOR/OBS
     36ROOT_OBS_DIR=$DODSDIR/fabric/lmdz/SE/CMOR/OBS
    3537if [ ! -d $MULTIDIR ] ; then mkdir -p $MULTIDIR ; fi
    36 
    37 # Def entete des job
     38# Def entete des jobs
    3839cat <<eod >> entete.sh
    3940#PBS -N atlas
     
    103104fi
    104105
    105 # JEAN-
     106# JEAN-ZAY
    106107if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
    107108cat <<eod > definerep.sh
     
    133134
    134135# PC (formation et perso linux)
    135 
    136136# Machines locales lmd
    137137
     
    140140echo -e "${noir}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% ${rougefonce} LMDZ MULTIATLAS ${noir}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%"
    141141echo
    142 echo -e "${vertfonce}"To create your multi-atlas you needs :
     142echo -e "${bleufonce}"To create your multi-atlas you needs :
    143143echo 1.  to create your multiatlas directory "example Multi01" :
    144144echo     mkdir -p /modfs/ipslfs/dods/$login/lmdz/MultiSimu/Multi01
     
    153153echo 3.   Add the link to the simulation outputs in your file : $local/runs.txt
    154154echo
     155
     156### creer le job principal
    155157rm -f job_multi.sh
    156158cat entete.sh >| job_multi.sh
     
    170172\mv lmdz_SE.py atlas/.
    171173
    172 
    173174echo 4. Then you can run your multiatlas :
    174175echo ./job_multi.sh Multi01
  • BOL/Multi_atlas/multi_atlas.sh

    r3743 r3745  
    11#!/bin/bash
    22
    3 set -v
     3#set -v
    44
    55login=`whoami`
     
    5959echo PROJ $proj
    6060echo SEASON $season
     61if [ -f $sref ] ; then
    6162for i in `sed -n -e '/TH ALIGN=LEFT.*.li/=' $sref` ; do
    6263#for i in `sed -n -e '/<TH ALIGN=LEFT> <li>/=' $sref` ; do
     
    122123         years=`echo $sim | sed -e 's/'$simb'//'`
    123124         index=$COMP_D/ATLAS/index_${proj}_${season}_${sim}.html
    124         if [ -f $index ] ; then
     125#        if [ -f $index ] ; then
    125126         is=`sed -n -e '/<TH ALIGN=LEFT> <li.*.('$var')/=' $index | head -1`
    126127         echo $sim $var $is
     
    132133            sed -n -e ${isbiais}p $index >> $compf
    133134         fi
    134         fi
     135#        fi
    135136      done
    136137      echo ' <TR>' >> $compf
    137138   fi
    138139done
     140fi
    139141
    140 echo VOTRE MULTIATLAS EST DISPONIBLE SUR $HTML/ACCUEIl.html
     142#echo VOTRE MULTIATLAS EST DISPONIBLE SUR $HTML/ACCUEIl.html
  • BOL/Multi_atlas/webpage_multi.sh

    r3737 r3745  
    1313if [ ${hostname:0:5} = cicla ] ; then
    1414DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods
    15 HTML=http://vesg.ipsl.upmc.fr/thredds/fileServer/IPSLFS/$login/lmdz/MultiSimu/$comp
     15HTML=https://vesg.ipsl.upmc.fr/thredds/fileServer/IPSLFS/$login/lmdz/MultiSimu/$comp
    1616fi
    1717if [ ${hostname:0:5} = camel ] ; then
     
    2525fi
    2626
    27 echo -e "${vertfonce}YOUR MULTIATLAS IS AVAILABLE ON THE PAGE: : "
     27echo -e "${noir}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%"
     28echo -e "${bleufonce}YOUR MULTIATLAS IS AVAILABLE ON THE PAGE: : "
    2829rm -f tmp_web.txt
    2930cat <<  eod >> tmp_web.txt
    30 $HTML/ACCUEIl.html
     31$HTML/ACCUEIL.html
    3132eod
    3233cat tmp_web.txt
     34echo -e "${noir}%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%"
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.