Index: BOL/Multi_atlas/Utils/lmdz_SE0.py
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@@ -0,0 +1,502 @@
+# -*- coding: iso-8859-1 -*-
+# Created : S.Sénési - nov 2015
+
+""" 
+Base pour le traitement des données SE de LMDZ : 
+  - variables, saisons et grilles habituellement gérées, 
+  - organisation des données SE
+  - renommage et re-scaling des variables
+  - dictionnaire de fichiers d'exemples pour les grilles traitées
+et une fonction pour rendre un objet CliMAF pour tuple (simu, variable, saison, grille)
+"""
+
+from climaf.api import *
+
+# Liste des variables LMDZ objet d'une cmorisation ou d'une projection+moyenne saisonniere
+#########################################################################################
+"""
+variables_list=['sfcWind','hfls','hfss','huss','hurs','pr',\
+    'rldscs','rlds','rlus','rsdscs','rsds','rsuscs','rsus','rsutcs','rsut','rlut','rlutcs','rsdt',\
+    'sfcWind','tas','ts','tauu','tauv','psl','zg500','hfns','ta','ua','va','wap','hus','hur',\
+    'cllcalipso','clmcalipso','clhcalipso','cltcalipso','clt','prw','tasmax','tasmin']
+"""
+variables_list=['sfcWind','hfls','hfss','bil','huss','hurs','pr',\
+    'rldscs','rlds','rlus','rsdscs','rsds','rsuscs','rsus','rsutcs','rsut','rlut','rlutcs','rsdt',\
+    'sfcWind','tas','sst','tauu','tauv','psl','zg500','hfns','ta','ua','va','wap','hus','hur',\
+    'cllcalipso','clmcalipso','clhcalipso','cltcalipso','clt','prw','tasmax','tasmin']
+
+#Dictionnaire des grilles connues et de fichiers d'exemple
+#########################################################################################
+grid_remapfiles={ 'VLR' : '/data/ssenesi/stable/VLR.nc'}
+
+# Saisons gérées et leur traduction CDO
+#########################################################################################
+seasons={ 'YEAR':"", 'DJF' : "-timavg -selmon,1,2,12", 'JJA' : "-timavg -selmon,6,7,8" , 'JJAS' : "-timavg -selmon,6,7,8,9" }
+#seasons={ 'YEAR':"", 'DJF' : " selmon,1,2,12", 'JJA' : " selmon,6,7,8" , 'JJAS' : "-timavg -selmon,6,7,8,9" }
+
+
+
+#########################################################################################
+# Definitions pour l'acces aux obs gérées par Ionela
+#########################################################################################
+cproject('OBS', ('period','fx'),   ('root','ROOT_OBS_DIR'))  #, '/data/musat/LMDZ6/SE/CMOR/OBS'))
+dataloc(project='OBS',url='${root}/${variable}.nc')
+# Définiton de variables dérivées pour ce projet
+
+#derive('OBS','rstt','minus','rsdt','rsut')
+#derive('OBS','rstscs','minus','rsdscs','rsuscs')
+#derive('OBS','rsts','minus','rsds','rsus')
+
+#derive('OBS','cress','minus','rsds','rsdscs')
+#derive('OBS','crels','minus','rlds','rldscs')
+#derive('OBS','crets','plus','crels','cress')
+#derive('OBS','crest','minus','rsutcs','rsut')
+#derive('OBS','crelt','minus','rlutcs','rlut')
+#derive('OBS','crett','plus','crest','crelt')
+
+# Variables dérivées
+derive('OBS','rstt','minus','rsdt','rsut')
+derive('OBS','rsts','minus','rsds','rsus')
+#BUH here: IMderive('OBS','rlts','minus','rlds','rlus')
+derive('OBS','rlts','minus','rlus','rlds')
+derive('OBS','rtt','minus','rstt','rlut')
+derive('OBS','rts','plus','rsts','rlts')
+
+derive('OBS','rstscs','minus','rsdscs','rsuscs')
+derive('OBS','rsttcs','minus','rsdt'  ,'rsutcs')
+
+derive('OBS','cress','minus','rsds','rsdscs')
+derive('OBS','crels','minus','rlds','rldscs')
+derive('OBS','crets','plus','cress','crels')
+
+derive('OBS','crest','minus','rsutcs','rsut')
+derive('OBS','crelt','minus','rlutcs','rlut')
+derive('OBS','crett','plus','crest','crelt')
+
+derive('OBS','hfns','plus','hfls','hfss')
+derive('OBS','bil' ,'minus','rts','hfns')
+derive('OBS','tsmtas','minus','ts','tas')
+
+derive('OBS','rlah','minus','rlts','rlut')
+derive('OBS','rtmp','plus','rldscs','rlutcs')
+derive('OBS','rlahcs','minus','rlus','rtmp')
+
+derive('OBS','rlahcre','minus','rlah','rlahcs')
+
+derive('OBS','rsah','minus','rstt','rsts')
+derive('OBS','rsahcs','minus','rsttcs','rstscs')
+derive('OBS','rsahcre','minus','rsah','rsahcs')
+
+derive('OBS','rah','plus','rsah','rlah')
+derive('OBS','rahcs','plus','rsahcs','rlahcs')
+derive('OBS','rahcre','minus','rah','rahcs')
+
+cscript('mask_val_inf_1','cdo setrtomiss,0,1 ${in} ${out}')
+derive('OBS','rsdt_mask','mask_val_inf_1','rsdt')
+derive('OBS','albt','divide','rsut','rsdt_mask')
+derive('OBS','albtcs','divide','rsutcs','rsdt_mask')
+
+
+derive('OBS','albs','divide','rsus','rsds')
+derive('OBS','dtr','minus','tasmax','tasmin')
+
+
+#########################################################################################
+# Définition logique des donnees de type 'SE' de l'IPSL, et de leur localisation
+# La periode n'est pas traitee comme un objet 'period' de CliMAF, mais comme une chaine 
+# de caracteres dont le nom de facette est 'years'
+
+# Le nommage des données découvert chez F.Hourdin est traité. On utilise la facette 'root' 
+# pour indiquer le répertoire de base
+# Les re-scaling habituels sont decrits a l'aide de la fonction calias
+# Les variables dérivées sont décrites aussi
+#########################################################################################
+
+cproject('SE', 
+         ('frequency','seasonnal'), 
+         ('period','fx'), 
+         'years',
+         ('root','ROOT_SIM_DIR'), 
+         separator='|')
+#exemple de nom de fichier : NPv3.1ada_SE_1982_1991_1M_histmthCOSP.nc
+pattern='${root}/${simulation}_SE_${years}_1M_histmth*.nc'
+dataloc(project='SE',url=pattern, organization='generic')
+    
+    
+calias('SE','hfls','flat',scale=-1.)
+calias('SE','hfss','sens',scale=-1.)
+calias('SE','pr','precip')
+calias('SE','sfcWind','wind10m')
+calias('SE','rldscs','LWdnSFCclr')
+calias('SE','rlds','LWdnSFC')
+calias('SE','rlus','LWupSFC')
+calias('SE','rsdscs','SWdnSFCclr')
+calias('SE','rsds','SWdnSFC')
+calias('SE','rsuscs','SWupSFCclr')
+calias('SE','rsus','SWupSFC')
+calias('SE','rsutcs','SWupTOAclr')
+calias('SE','rsut','SWupTOA')
+calias('SE','rsdt','SWdnTOA')
+calias('SE','rlut','topl')
+calias('SE','rlutcs','topl0')
+calias('SE','sfcWind','wind10m')
+calias('SE','tas','t2m')
+calias('SE','tasmax','ave_t2m_daily_max')
+calias('SE','tasmin','ave_t2m_daily_min')
+calias('SE','ts','tsol')
+calias('SE','sst','tsol_oce')
+calias('SE','huss','q2m')
+calias('SE','hurs','rh2m')
+calias('SE','tauu','taux_oce')
+calias('SE','tauv','tauy_oce')
+#calias('SE','psl','slp')
+calias('SE','psl','slp', scale=0.01)
+calias('SE','zg500','z500')
+#calias('SE','pslhPa','slp', scale=0.01)
+#calias('OBS','pslhPa','psl', scale=0.01)
+
+#calias('SE','hfns','bils')
+calias('SE','ta','temp')
+calias('SE','ua','vitu')
+calias('SE','va','vitv')
+calias('SE','wap','vitw')
+calias('SE','hus','ovap')
+calias('SE','hur','rhum', scale=100.)
+calias('SE','clt','cldt', scale=100.)
+calias('SE','cltcalipso', scale=100.)
+calias('SE','clhcalipso', scale=100.)
+calias('SE','clmcalipso', scale=100.)
+calias('SE','cllcalipso', scale=100.)
+
+# Variables dérivées
+derive('SE','rstt','minus','rsdt','rsut')
+derive('SE','rsts','minus','rsds','rsus')
+#BUG HERE derive('SE','rlts','minus','rlds','rlus')
+derive('SE','rlts','minus','rlus','rlds')
+derive('SE','rltscs','minus','rldscs','rluscs')
+
+derive('SE','rtt','minus','rstt','rlut')
+derive('SE','rts','plus','rsts','rlts')
+
+derive('SE','rstscs','minus','rsdscs','rsuscs')
+derive('SE','rsttcs','minus','rsdt'  ,'rsutcs')
+
+derive('SE','cress','minus','rsds','rsdscs')
+derive('SE','crels','minus','rlds','rldscs')
+derive('SE','crets','plus','cress','crels')
+
+derive('SE','crest','minus','rsutcs','rsut')
+derive('SE','crelt','minus','rlutcs','rlut')
+derive('SE','crett','plus','crest','crelt')
+
+derive('SE','hfns','plus','hfls','hfss')
+derive('SE','bil' ,'minus','rts','hfns')
+derive('SE','tsmtas','minus','ts','tas')
+
+derive('SE','rlah','minus','rlts','rlut')
+derive('SE','rtmp','plus','rldscs','rlutcs')
+derive('SE','rlahcs','minus','rlus','rtmp')
+
+#let rlahcs=rlus-rldscs-rlutcs
+derive('SE','rlahcre','minus','rlah','rlahcs')
+#
+derive('SE','rsah','minus','rstt','rsts')
+derive('SE','rsahcs','minus','rsttcs','rstscs')
+derive('SE','rsahcre','minus','rsah','rsahcs')
+
+derive('SE','rah','plus','rsah','rlah')
+derive('SE','rahcs','plus','rsahcs','rlahcs')
+derive('SE','rahcre','minus','rah','rahcs')
+
+cscript('mask_valLMDZ_inf_1','cdo setrtomiss,0,1 ${in} ${out}')
+derive('SE','rsdt_maskLMDZ','mask_valLMDZ_inf_1','rsdt')
+derive('SE','albt','divide','rsut','rsdt_maskLMDZ')
+derive('SE','albtcs','divide','rsutcs','rsdt_maskLMDZ')
+#derive('SE','albt','divide','rsut','rsdt')
+#derive('SE','albtcs','divide','rsutcs','rsdt')
+
+derive('SE','albs','divide','rsus','rsds')
+
+derive('SE','dtr','minus','tasmax','tasmin')
+
+# -- P - E
+calias('SE', 'hflsevap', 'flat', scale=-1./2.5e6, filenameVar='histmth')
+derive('SE', 'pme', 'minus', 'pr' ,'hflsevap')
+
+
+# -- Atmospheric Variables on vertical levels
+for tmpvar in ['ua', 'va', 'ta', 'hus', 'hur']:
+    for tmplev in ['850', '700', '500', '200']:
+        derive('OBS', tmpvar+tmplev, 'ccdo', tmpvar, operator='intlevel,'+tmplev)
+        derive('SE', tmpvar+tmplev, 'ccdo', tmpvar, operator='intlevel,'+tmplev+'00')
+
+
+# let albt=100*(rsut/rsdt)
+# let albs=100*(rsus/rsds)
+# let tsk=ts+273.18
+# let pslhPa=psl/100.
+# let tasc=tas-273.16
+
+def all_SE_simulations():
+    """
+    Listage de toutes les simulations du projet par listage de leurs 
+    fichiers de données et décodage de leur nom
+    
+    Il faudrait quelque chose de moins adhoc ...
+    """
+    import re
+    simus=[]
+    # Listage des fichiers de donnees
+    a=ds(project='SE',years="*", simulation='*', variable='*')
+    for f in a.baseFiles().split(' ') : 
+        basename=f.split('/')[-1].replace('_SE','')
+        #basename=re.sub(r'_1M_histmth.*.nc','',basename)
+        basename=re.sub(r'_1M_histmth*.*.nc','',basename)
+        if basename not in simus  : simus.append(basename)
+    return simus
+
+
+def svsg(simulation,variable,season='YEAR',grid='',root='ROOT_SIM_DIR'):
+    """
+    Rend l'objet CliMAF pour une variable d'une simulation, pour les  données 
+    - SE d'un intervalle d'annéees (forme YYY1_YYY2)
+    - ou OBS 
+    et une saison et une grille
+
+    (Le nom de la fonction est la concaténation des intiales des arguments)
+
+    Exemples : 
+    >>> svsg('NPv3.1ada','1982_1991','hurs')
+    >>> svsg(simulation='NPv3.1ada',years='1982_1991',variable='hurs',season='DJF, grid='')
+    >>> svsg('OBS','','hurs','JJA')
+
+    Il faut au préalable avoir déclaré les projets 'SE' et 'OBS'
+    """
+    if simulation != 'OBS' :
+        # Il faut identifier les annees dans le nom de la simu
+        yeardeb=simulation.split('_')[1]
+        yearfin=simulation.split('_')[2]
+        years=yeardeb+"_"+yearfin
+        simulation=simulation.split('_')[0]
+        data=ds(project='SE',variable=variable,years=years, simulation=simulation)
+    else:
+        data=ds(project='OBS',variable=variable)
+    if season != 'YEAR' : 
+        seas=ccdo(data,operator=seasons[season])
+    else : 
+        seas=time_average(data)
+    rds=seas
+    if grid != '' : 
+        if grid not in grid_remapfiles : 
+            print "La grille %s n'est pas connue"%options.grid ; 
+            return None
+        rds=regrid(seas,fds(grid_remapfiles[grid],period='fx'))
+    return rds
+
+def bias_SE(simu,variable,season='YEAR',grid='',root='ROOT_SIM_DIR') :
+    """
+    Calcule le biais pour une variable d'une simu, vs 'OBS'
+    Rend -999. en cas de probleme
+    """
+    try :
+        sim=svsg(simu ,variable,season,grid,root)
+        ref=svsg('OBS',variable,season,grid)
+        if (grid == '' ) : ref=regrid(ref,sim)
+        dif=minus(sim,ref)
+        return cvalue(space_average(dif))
+    except :
+        return -999.
+
+def is3d(variable) :
+    if variable in ['ta','ua','va','hus','hur','wap','cl','clw','cli','mc','tro3'] :
+        return True
+    return False
+
+
+def varlongname(variable,short=False):
+   """
+   Returns the long name of variable
+   """
+   shortvarname = longvarname = variable
+   if variable=='tas':
+   	longvarname  = '2M Temperature'
+	shortvarname = '2M Temp.'
+   if variable=='tasmax':
+   	longvarname  = '2M daymax Temperature'
+	shortvarname = '2M daymx Temp.'
+   if variable=='tasmin':
+   	longvarname  = '2M daymin Temperature'
+	shortvarname = '2M daymn Temp.'
+   if variable=='DRT':
+   	longvarname  = '2M diurnal amplitude temperature'
+	shortvarname = '2M dtr '
+   if variable=='pr':
+        longvarname  = 'Precipitation'
+        shortvarname = 'Precip.'
+   if variable=='psl':
+        longvarname  = 'Sea Level Pressure'
+        shortvarname = 'Sea Level Pres.'
+   if variable=='ua':
+        longvarname  = 'Zonal Wind'
+        shortvarname = 'U-Wind'
+   if variable=='va':
+        longvarname  = 'Meridional Wind'
+        shortvarname = 'V-Wind'
+   if variable=='ta':
+        longvarname  = 'Air Temperature'
+        shortvarname = 'Air Temp.'
+   if variable=='hus':
+        longvarname  = 'Specific Humidity'
+        shortvarname = 'Sp. Humidity'
+   if variable=='hur':
+        longvarname  = 'Relative Humidity'
+        shortvarname = 'Rel. Humidity'
+   if variable=='huss':
+        longvarname  = 'Specific Humidity at Surface'
+        shortvarname = 'Sp. Humidity (surf)'
+   if variable=='rstt':
+        longvarname  = 'Rad SW Total TOA'
+        shortvarname = 'Rad SW Total TOA'
+   if variable=='rsts':
+        longvarname  = 'Total SW rad surface'
+        shortvarname = 'Total SW rad surf.'
+   if variable=='rtt':
+        longvarname  = 'Total Radiation TOA'
+        shortvarname = 'Total Rad. TOA'
+   if variable=='crelt':
+        longvarname  = 'Longwave Cloud Radiative Effect TOA'
+        shortvarname = 'LW CRE TOA'
+   if variable=='crest':
+        longvarname  = 'Shortwave Cloud Radiative Effect TOA'
+        shortvarname = 'SW CRE TOA'
+   if variable=='crett':
+        longvarname  = 'Total CRE TOA'
+        shortvarname = 'Total CRE TOA'
+   if variable=='hfls':
+        longvarname  = 'Latent Heat Flux'
+        shortvarname = 'Latent HF'
+   if variable=='hfss':
+        longvarname  = 'Sensible Heat Flux'
+        shortvarname = 'Sensible HF'
+   if variable=='hfns':
+        longvarname  = 'Surface Total Heat Flux'
+        shortvarname = 'Surf. Tot. HF'
+   if variable=='zg500':
+        longvarname  = '500mb geopotential height'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsut':
+        longvarname  = 'Upward SW rad TOA'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rlut':
+        longvarname  = 'Outgoing Long Wave Radiation'
+        shortvarname = 'OLR'
+   if variable=='rlutcs':
+        longvarname  = 'Clear Sky OLR'
+        shortvarname = 'Clear sky OLR'
+   if variable=='albs':
+        longvarname  = 'Surface albedo'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='albt':
+        longvarname  = 'Planetary albedo'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='albtcs':
+        longvarname  = 'Clear Sky Planetary albedo'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='cress':
+        longvarname  = 'SW CRE surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='crels':
+        longvarname  = 'LW CRE surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='crets':
+        longvarname  = 'Total CRE surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rts':
+        longvarname  = 'Total radiation surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rah':
+        longvarname  = 'Atm. Rad. Heat.'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rahcs':
+        longvarname  = 'Atm. Rad. Heat. - clear sky'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rahcre':
+        longvarname  = 'Atm. rad. Heat. - CRE'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsah':
+        longvarname  = 'Atm. SW Heat.'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsahcs':
+        longvarname  = 'Atm. SW Heat. - Clear sky'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsahcre':
+        longvarname  = 'Atm. SW Heat. - CRE'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rlah':
+        longvarname  = 'Atm. LW Heat.'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rlahcs':
+        longvarname  = 'Atm. LW Heat. - Clear sky'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rlahcre':
+        longvarname  = 'Atm. LW Heat. - CRE'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='cltcalipso':
+        longvarname  = 'Total Cloud Cover'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='cllcalipso':
+        longvarname  = 'Low Cloud Cover'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='clmcalipso':
+        longvarname  = 'Medium Cloud Cover'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='clhcalipso':
+        longvarname  = 'High Cloud Cover'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rlds':
+        longvarname  = 'Downward LW rad at Surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rldscs':
+        longvarname  = 'Downward LW rad at Surface - Clear Sky'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='hurs':
+        longvarname  = 'Relative Humidity at Surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rlus':
+        longvarname  = 'Upward LW rad at Surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsus':
+        longvarname  = 'Upward SW rad at Surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsuscs':
+        longvarname  = 'Upward SW rad at Surface - Clear Sky'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsdscs':
+        longvarname  = 'Downward SW rad at Surface - Clear Sky'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsds':
+        longvarname  = 'Downward SW rad at Surface'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsucs':
+        longvarname  = 'Upward SW rad at Surface - Clear Sky'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='rsutcs':
+        longvarname  = 'Upward SW rad at TOA - Clear Sky'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='tauu':
+        longvarname  = 'Zonal Wind Stress'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='tauv':
+        longvarname  = 'Meridional Wind Stress'
+        shortvarname = ''
+   if variable=='pme':
+        longvarname  = 'P-E Precip-Evap(hfls/2.5e6) mm/day'
+        shortvarname = ''
+   #
+   if short:
+	return shortvarname
+   else:
+	return longvarname
+
+
+
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===================================================================
--- BOL/Multi_atlas/Utils/multi.sh	(revision 3737)
+++ BOL/Multi_atlas/Utils/multi.sh	(revision 3743)
@@ -401,4 +401,4 @@
    ln -sf ACCUEIL.html  $comp.html
 fi
-
+cd $local
 ./webpage_multi.sh $comp
Index: BOL/Multi_atlas/atlas/atlas.py
===================================================================
--- BOL/Multi_atlas/atlas/atlas.py	(revision 3737)
+++ BOL/Multi_atlas/atlas/atlas.py	(revision 3743)
@@ -14,5 +14,5 @@
 #dir_default='/data/hourdin/LMDZ6/SE/ORIG'
 #dir_default='/prodigfs/fabric/LMDZ6/SE/ORIG'
-dir_default='/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/ORIG'
+#dir_default='/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/ORIG'
 
 # Gestion des options et arguments d'appel
Index: BOL/Multi_atlas/atlas/atlas.sh
===================================================================
--- BOL/Multi_atlas/atlas/atlas.sh	(revision 3737)
+++ BOL/Multi_atlas/atlas/atlas.sh	(revision 3743)
@@ -1,107 +1,2 @@
-#PBS -N atlas
-#PBS -m a
-#PBS -j oe
-#PBS -q h12
-#PBS -o atlasNOMSIMULATION.out
-#PBS -S /bin/bash
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
-#PBS -l mem=30gb
-#PBS -l vmem=30gb
-#
-# Commande pour soumettre en bash
-submit=qsub
-
-login=aidelkad
-DODSDIR=/prodigfs/ipslfs/dods
-#PBS -N atlas
-#PBS -m a
-#PBS -j oe
-#PBS -q h12
-#PBS -o atlasNOMSIMULATION.out
-#PBS -S /bin/bash
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
-#PBS -l mem=30gb
-#PBS -l vmem=30gb
-#
-# Commande pour soumettre en bash
-submit=qsub
-
-login=aidelkad
-DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods
-#PBS -N atlas
-#PBS -m a
-#PBS -j oe
-#PBS -q h12
-#PBS -o atlasNOMSIMULATION.out
-#PBS -S /bin/bash
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
-#PBS -l mem=30gb
-#PBS -l vmem=30gb
-#
-# Commande pour soumettre en bash
-submit=qsub
-
-login=aidelkad
-DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods
-#PBS -N atlas
-#PBS -m a
-#PBS -j oe
-#PBS -q h12
-#PBS -o atlasNOMSIMULATION.out
-#PBS -S /bin/bash
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
-#PBS -l mem=30gb
-#PBS -l vmem=30gb
-#
-# Commande pour soumettre en bash
-submit=qsub
-
-login=aidelkad
-DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods
-#PBS -N atlas
-#PBS -m a
-#PBS -j oe
-#PBS -q h12
-#PBS -o atlasNOMSIMULATION.out
-#PBS -S /bin/bash
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
-#PBS -l mem=30gb
-#PBS -l vmem=30gb
-#
-# Commande pour soumettre en bash
-submit=qsub
-
-login=aidelkad
-DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods
-#PBS -N atlas
-#PBS -m a
-#PBS -j oe
-#PBS -q h12
-#PBS -o atlasNOMSIMULATION.out
-#PBS -S /bin/bash
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
-#PBS -l mem=30gb
-#PBS -l vmem=30gb
-#
-# Commande pour soumettre en bash
-submit=qsub
-
-login=aidelkad
-DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods
-#PBS -N atlas
-#PBS -m a
-#PBS -j oe
-#PBS -q h12
-#PBS -o atlasNOMSIMULATION.out
-#PBS -S /bin/bash
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
-#PBS -l mem=30gb
-#PBS -l vmem=30gb
-#
-# Commande pour soumettre en bash
-submit=qsub
-
-login=aidelkad
-DODSDIR=/modfs/ipslfs/dods
 #PBS -N atlas
 #PBS -m a
Index: BOL/Multi_atlas/atlas/atlas_SH.py
===================================================================
--- BOL/Multi_atlas/atlas/atlas_SH.py	(revision 3737)
+++ BOL/Multi_atlas/atlas/atlas_SH.py	(revision 3743)
@@ -14,5 +14,5 @@
 #dir_default='/data/hourdin/LMDZ6/SE/ORIG'
 #dir_default='/prodigfs/fabric/LMDZ6/SE/ORIG'
-dir_default='/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/ORIG'
+#dir_default='/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/ORIG'
 
 # Gestion des options et arguments d'appel
Index: BOL/Multi_atlas/atlas/lmdz_SE.py
===================================================================
--- BOL/Multi_atlas/atlas/lmdz_SE.py	(revision 3737)
+++ BOL/Multi_atlas/atlas/lmdz_SE.py	(revision 3743)
@@ -29,5 +29,4 @@
 #########################################################################################
 grid_remapfiles={ 'VLR' : '/data/ssenesi/stable/VLR.nc'}
-#grid_remapfiles={ 'VLR' : '/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/CMOR/OBS/tas.nc'}
 
 # Saisons gérées et leur traduction CDO
@@ -41,6 +40,5 @@
 # Definitions pour l'acces aux obs gérées par Ionela
 #########################################################################################
-#cproject('OBS', ('period','fx'),   ('root','/data/hourdin/LMDZ6/SE/CMOR/OBS'))  #, '/data/musat/LMDZ6/SE/CMOR/OBS'))
-cproject('OBS', ('period','fx'),   ('root','/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/CMOR/OBS'))  #, '/data/musat/LMDZ6/SE/CMOR/OBS'))
+cproject('OBS', ('period','fx'),   ('root','/modfs/ipslfs/dods/aidelkad/lmdz/SE/CMOR/OBS'))  #, '/data/musat/LMDZ6/SE/CMOR/OBS'))
 dataloc(project='OBS',url='${root}/${variable}.nc')
 # Définiton de variables dérivées pour ce projet
@@ -119,6 +117,5 @@
          ('period','fx'), 
          'years',
-         #('root','/prodigfs/fabric/LMDZ6/SE/ORIG'), 
-         ('root','/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/ORIG'), 
+         ('root','/modfs/ipslfs/dods/aidelkad/lmdz/SE/ORIG'), 
          separator='|')
 #exemple de nom de fichier : NPv3.1ada_SE_1982_1991_1M_histmthCOSP.nc
@@ -260,6 +257,5 @@
 
 
-#def svsg(simulation,variable,season='YEAR',grid='',root='/data/hourdin/LMDZ6/SE/ORIG'):
-def svsg(simulation,variable,season='YEAR',grid='',root='/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/ORIG'):
+def svsg(simulation,variable,season='YEAR',grid='',root='/modfs/ipslfs/dods/aidelkad/lmdz/SE/ORIG'):
     """
     Rend l'objet CliMAF pour une variable d'une simulation, pour les  données 
@@ -298,6 +294,5 @@
     return rds
 
-#def bias_SE(simu,variable,season='YEAR',grid='',root='/data/hourdin/LMDZ6/SE/ORIG') :
-def bias_SE(simu,variable,season='YEAR',grid='',root='/prodigfs/ipslfs/dods/fabric/lmdz/SE/ORIG') :
+def bias_SE(simu,variable,season='YEAR',grid='',root='/modfs/ipslfs/dods/aidelkad/lmdz/SE/ORIG') :
     """
     Calcule le biais pour une variable d'une simu, vs 'OBS'
Index: BOL/Multi_atlas/install_multi_atlas.sh
===================================================================
--- BOL/Multi_atlas/install_multi_atlas.sh	(revision 3737)
+++ BOL/Multi_atlas/install_multi_atlas.sh	(revision 3743)
@@ -30,4 +30,7 @@
 # Rep ou sont stockes les multiatlas
 MULTIDIR=$DODSDIR/$login/lmdz/MultiSimu
+# Rep ou se trouve les sorties cmorizees
+ROOT_SIM_DIR=$DODSDIR/$login/lmdz/SE/ORIG
+ROOT_OBS_DIR=$DODSDIR/$login/lmdz/SE/CMOR/OBS
 if [ ! -d $MULTIDIR ] ; then mkdir -p $MULTIDIR ; fi
 
@@ -155,4 +158,5 @@
 chmod +x job_multi.sh
 
+#### script pour creer les atlas 
 rm -f atlas.sh
 cat entete.sh >| atlas.sh
@@ -160,4 +164,10 @@
 chmod +x atlas.sh
 \mv atlas.sh atlas/.
+cp Utils/lmdz_SE0.py tmp0.py
+sed -e s:ROOT_SIM_DIR:$ROOT_SIM_DIR:g tmp0.py > tmp.py
+sed -e s:ROOT_OBS_DIR:$ROOT_OBS_DIR:g tmp.py > lmdz_SE.py
+rm -f tmp0.py tmp.py
+\mv lmdz_SE.py atlas/.
+
 
 echo 4. Then you can run your multiatlas :
Index: BOL/Multi_atlas/multi_atlas.sh
===================================================================
--- BOL/Multi_atlas/multi_atlas.sh	(revision 3737)
+++ BOL/Multi_atlas/multi_atlas.sh	(revision 3743)
@@ -122,4 +122,5 @@
          years=`echo $sim | sed -e 's/'$simb'//'`
          index=$COMP_D/ATLAS/index_${proj}_${season}_${sim}.html
+        if [ -f $index ] ; then
          is=`sed -n -e '/<TH ALIGN=LEFT> <li.*.('$var')/=' $index | head -1`
          echo $sim $var $is
@@ -131,4 +132,5 @@
             sed -n -e ${isbiais}p $index >> $compf
          fi
+        fi
       done
       echo ' <TR>' >> $compf