Index: BOL/script_install/instal1d.sh =================================================================== --- BOL/script_install/instal1d.sh (revision 1693) +++ BOL/script_install/instal1d.sh (revision 1704) @@ -1,53 +1,76 @@ #!/bin/ksh + +############################################################################### +# Script for installing a 1D version of LMDZ. +# LMDZ team. For questions : lmdz-svp@lmd.jussieu.fr +# valid for svn version from 21/12/2012 (end of the world) or svn 1700 # -# Script d'installation de LMDZ_1D, pour la version trunk -# du 07 Octobre 2011 (=1575) et au-dela. -# ATTENTION : la prise en compte de l'heure de démarrage n'existe que dans les versions -# postérieures au 3 Novembre 2011 (=1577). -# Le script est conçu pour fonctionner aussi avec des versions antérieures mais ce n'est -# pas testé : Use at your own risk! -# -#Directory où est place le modele installé par install.sh +# 1) Modifies the directory LMDZ.../modipsl/modeles/LMDZ5/libf/phy1d +# which contains the single column version of the model. +# 2) installs a series of test cases on LMDZ.../1dcases/ +# 3) compile the lmdz1.F with vertical resolution L39 and L40 +# 4) runs a subset of the cases +############################################################################### +modele="" +if [ "$modele" = "" ] ; then + if [ -f install.sh ] ; then + version=`sed -n "s/version=//p" install.sh | tail -1` + echo $version + modele=`pwd`/LMDZ${version} + elif [ -d modipsl ] ; then + modele=`pwd` + else + echo "You should run instal1d.sh either in the directory" + echo "containing install.sh, or in that containing modipsl" + echo "or specify the path of LMDZ. modele=LMDZ... in instal1d.sh" + exit + fi +fi -version=`sed -n "s/version *=//p" install.sh` -echo $version -modele=`pwd`/LMDZ${version} -#Les directories de simulation seront placés sous $modele/1dcases . -#Le code physique sera place sous $modele/modipsl/modeles/LMDZ5/libf/. -# +############################################################################### +# Paths of main directories +# Directories of simulations will be placed in +# $modele/1dcases +# Sources of physical routines in $modele/modipsl/modeles/LMDZ5/libf/phy1d +############################################################################### cd $modele -# LMDGCM=`pwd` +LMDlibf=$LMDGCM/modipsl/modeles/LMDZ5/libf/ +############################################################################### +# Check if the svn version is more recent than 1700 +# If not, an older script must be used +############################################################################### +cd $LMDGCM/modipsl/modeles +new1d=`svn info LMDZ5 | grep Revision | awk ' { fl = 0 ; if ( $2 > 1699 ) fl=1 ; print fl } '` +echo new1d $new1d +if [ $new1d = 0 ] ; then + echo Your model verison is too old for this instal1d.sh script + echo You should use instead + echo http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/install_old_archive/instal1d.sh + exit +fi +############################################################################### +# Downloading modified source files and input files +############################################################################### +cd $LMDGCM +interne=no # can be modified once the files have been downloaded + # in order to take them directly on your computer +if [ $interne = no ] ; then + wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/lmdz1d_source_20121016.tar.gz + tar xvfz lmdz1d_source_20121016.tar.gz + rm -f lmdz1d_source_20121016.tar.gz + source=${LMDGCM}/lmdz1d_source_20121016 +else + cp -a /home/jygz/LMDZ/SLMDZ/LMDZ5_source_20120112/lmdz1d_source_20120112 . + source=${LMDGCM}/lmdz1d_source_20120112 +fi -########################################################################################## -# Recuperation des sources du modele 1D et des cas. - -cd $LMDGCM/modipsl/modeles/LMDZ5/libf/ -LMDlibf=`pwd` -cd $LMDGCM -# On va chercher les fichiers -interne=no -###interne=yes -if [ $interne = no ] -then - wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/lmdz1d_source_20121016.tar.gz - tar xvfz lmdz1d_source_20121016.tar.gz - rm -f lmdz1d_source_20121016.tar.gz - source=${LMDGCM}/lmdz1d_source_20121016 -else - cp -a /home/jygz/LMDZ/SLMDZ/LMDZ5_source_20120112/lmdz1d_source_20120112 . - source=${LMDGCM}/lmdz1d_source_20120112 -fi -# - -########################################################################################## -# Creation des repertoires des cas. -########################################################################################## - -if [ -f 1dcases ] -then +################################################################################ +# Creating directory for 1d cases +################################################################################ +if [ -f 1dcases ] ; then echo '1dcases existe deja' echo 'on continue' @@ -58,8 +81,6 @@ cd 1dcases - for cas in ayotte eq_rd_cv case_e hapex92_init twpice toga rico arm_cu ; do - if [ -f $cas ] - then + if [ -f $cas ] ; then echo $cas existe deja echo 'on continue, mais il faudra verifier qu il ne manque rien dans '$cas @@ -72,224 +93,12 @@ -########################################################################################## -# On teste si la version svn est plus recentes que la 1640 pour la gestion du 1D -cd $LMDGCM/modipsl/modeles -new1d=`svn info LMDZ5 | grep Revision | awk ' { fl = 0 ; if ( $2 > 1640 ) fl=1 ; print fl } '` +################################################################################ +# Installing source files and compiling +################################################################################ +cd $LMDlibf +chmod +x ../tools/install_1d_src.sh +../tools/install_1d_src.sh -if [ $new1d = 1 ] ; then - -cd $LMDlibf -wget http://lmdz.lmd.jussieu.fr/utilisateurs/outils/utilisation-de-lmdz/install_1d_src-sh -chmod +x install_1d_src-sh -./install_1d_src-sh - - -else -########################################################################################## -# Ancienne gestion des sources 1D avec corrections. -# Voir commemnt faire cohabiter une partie de cette facon de faire avec la nouvelle - -cd ${LMDlibf} -if [ -d phy1d ] -then - echo 'phy1d existe deja' - echo 'on continue' - cd phy1d - echo 'on cree le lien vers ../dyn3d/mod_const_para.F90 si necessaire' - if [ ! -f mod_const_para.F90 ] - then - ln -s ../dyn3d/mod_const_para.F90 mod_const_para.F90 - ln -s ../dyn3d/infotrac.F90 infotrac.F90 - ln -s ../dyn3d/conf_gcm.F conf_gcm.F - ln -s ../dyn3d/pres2lev.F90 pres2lev.F90 - ln -s ../dyn3d/control_mod.F90 control_mod.F90 - ln -s ../dyn3d/q_sat.F q_sat.F - fi -else - \rm -rf phy1d - echo 'creation du directory phy1d' - mkdir phy1d - echo copie de phylmd dans phy1d - cp -a phylmd/* phy1d - cp -a ${source}/phy1d_source/* phy1d - cp -af ${source}/phy1d_source_upd/* phy1d - cd phy1d - ln -s ../dyn3d/mod_const_para.F90 mod_const_para.F90 - ln -s ../dyn3d/infotrac.F90 infotrac.F90 - ln -s ../dyn3d/conf_gcm.F conf_gcm.F - ln -s ../dyn3d/pres2lev.F90 pres2lev.F90 - ln -s ../dyn3d/control_mod.F90 control_mod.F90 - ln -s ../dyn3d/q_sat.F q_sat.F -# - grep -i "subroutine *writelim" *.F *.F90 >/dev/null - if [ "$?" = "0" ] - then - echo Use writelim free version of 1DUTILS.h - mv 1DUTILS.h_no_writelim 1DUTILS.h - else - echo Use 1DUTILS.h version including subroutine writelim - mv 1DUTILS.h_with_writelim 1DUTILS.h - rm -f ttt - sed -e "s/^ *call *writelim *( *1 *,/ call writelim (/" lmdz1d.F >ttt - rm -f lmdz1d.F - mv ttt lmdz1d.F - fi - rm -f 1DUTILS.h*writelim -# -############################################################################ -# # -# CORRECTIONS spécifiques au 1D # -# # -############################################################################ -# - echo Update physiq.F and suppress lambda_th - rm -f physiq.F - sed -e "/add_phys_tend.*_vdf/s/add_phys_tend/add_pbl_tend/;" ../phylmd/physiq.F >physiq.F.ori -# - echo Update phys_output_mod.F90 and suppress lambda_th - rm -f phys_output_mod.F90 -sed -e "/SUBROUTINE *convers_timesteps/,/END SUBROUTINE convers_timesteps/{ - /USE *phys_cal_mod/d - /use *ioipsl/a\\ - USE phys_cal_mod - s/ioget_mon_len(annee_ref,day_ref)/mth_len/ -};/SUBROUTINE *phys_output_open/,/end *subroutine *phys_output_open/{ - /USE *ioipsl/a\\ - USE phys_cal_mod, only : hour - /ymds2ju.*annee_ref.*zjulian/c\\ -!!! CALL ymds2ju(annee_ref, 1, idayref, 0.0, zjulian) !jyg \\ -! correction pour l heure initiale !jyg \\ -! !jyg \\ - CALL ymds2ju(annee_ref, 1, idayref, hour, zjulian) !jyg -}" ../phylmd/phys_output_mod.F90 >phys_output_mod.F90.ori -# - echo Update pbl_surface_mod.F90 - rm -f pbl_surface_mod.F90 - sed -e "/^ *INCLUDE *\"temps.h\"/{ - a\\ -!****************************************************************************************\\ -! Declarations specifiques pour le 1D. A reprendre \\ - INCLUDE \"flux_arp.h\" - }; /^.*REAL *::.*fsens *, *flat/d; /^.*LOGICAL *::.*ok_flux_surf/d; /^.*COMMON.*flux_arp.*/d " ../phylmd/pbl_surface_mod.F90 >pbl_surface_mod.F90.ori -fi -# -############################################################################ -# # -# CORRECTIONS DE BUGS (corrections necessaires au # -# fonctionnement du 1D pour le cas # -# où une version trop vieille de LMDZ # -# est utilisée) # -# # -############################################################################ -# - echo Update coef_diff_turb_mod.F90 - rm -f coef_diff_turb_mod.F90 -sed -e "/zfr *= *(zq+ratqs\*zq-zqs) *\/ *(2.0\*ratqs\*zq)/{ -c\\ -!!jyg : pour eviter une division par 0 \\ -!!!! zfr = (zq+ratqs*zq-zqs) / (2.0*ratqs*zq) \\ - zfr = (zq+ratqs*zq-zqs) / (2.0*ratqs*MAX(zq,zqs/(1.+ratqs))) -}" ../phylmd/coef_diff_turb_mod.F90 >coef_diff_turb_mod.F90 -# - echo Update physiq.F and suppress lambda_th - rm -f physiq.F - sed -e "/REAL/s/lambda_th(klon,klev),//;/lambda_th.*=/d" physiq.F.ori >physiq.F -# - echo Update phys_output_mod.F90 and suppress lambda_th - rm -f phys_output_mod.F90 -sed -e "/save.*o_lambda_th/d;/CALL histdef3d(iff,clef_stations(iff),/{ -N;/o_lambda_th/d -}" phys_output_mod.F90.ori >phys_output_mod.F90 -# - echo Update phys_output_write.h and suppress lambda_th - rm -f phys_output_write.h -sed -e "/IF *( *o_lambda_th/,/ENDIF/d" ../phylmd/phys_output_write.h >phys_output_write.h -# - mv pbl_surface_mod.F90.ori pbl_surface_mod.F90 -# -############################################################################ -# # -# CORRECTIONS pour version en developpement : # -# fabrication éventuelle de phy1dref et phy1d # -# # -# Partie à effacer si on ne veut pas de ces corrections # -# (par ex. si le 3D les contients dejà, ou s'il est trop ancien) # -# # -############################################################################ -# - -# -if [ -d ${source}/phy1d_source_new ] -then -# D'abord on recopie la physique que l'on vient de construire dans phy1dref -# - echo Creation de phy1dref - cd .. - cp -a phy1d phy1dref - echo Ajout des nouveaux codes-source - cp -af ${source}/phy1d_source_new/* phy1d - cd phy1d -# - echo Update physiq.F dans phy1d - rm -f physiq.F - sed -e "/if *(iflag_thermals\.gt\.1) *then/{ -N;/call *calltherm/s/(iflag_thermals\.gt\.1)/(iflag_thermals>=1)/ -};/if *(iflag_thermals>1) *then/{ -N;N;/d_t_lscth.*d_t_lscst/s/(iflag_thermals>1)/(iflag_thermals>=1)/ -}" ../phy1dref/physiq.F >physiq.F -# - echo Update phys_output_mod.F90 dans phy1d - rm -f phys_output_mod.F90 - sed -e "/type(ctrl_out).*o_ovapinit/{ -a\\ - type(ctrl_out),save :: o_oliq = ctrl_out((/ 2, 3, 4, 10, 10, 10 /),'oliq') -};/CALL *histdef3d.*o_ovap%flag/{ -a\\ - CALL histdef3d(iff,clef_stations(iff),o_oliq%flag,o_oliq%name, \"Condensed water\", \"kg/kg\" ) -};/if *(iflag_thermals\.gt\.1) *THEN/,/endif *!iflag_thermals\.gt\.1/{ -/if *(iflag_thermals\.gt\.1)/{ -N;N;h;/dqlscth.*dqlscst/{ -s/(iflag_thermals\.gt\.1)/(iflag_thermals>=1)/ -} -};/endif *!iflag_thermals\.gt\.1/{ -x;/dqlscth.*dqlscst/{ -x;s/iflag_thermals\.gt\.1/iflag_thermals>=1/ -} -} -}" ../phy1dref/phys_output_mod.F90 >phys_output_mod.F90 -# - echo Update phys_output_write.h dans phy1d - rm -f phys_output_write.h - sed -e "/IF.*o_ovap%flag/,/ENDIF/{ -/ENDIF/{ -a\\ - \\ - IF (o_oliq%flag(iff)<=lev_files(iff)) THEN \\ - CALL histwrite_phy(nid_files(iff),clef_stations(iff), \\ - $ o_oliq%name,itau_w,ql_seri) \\ - ENDIF -} -};/IF *(o_mc\%flag(iff)/,/ENDIF/s/(iflag_thermals\.gt\.1)/(iflag_thermals>=1)/;/if *(iflag_thermals>1) *then/,/endif *! *iflag_thermals>1/{ -/if *(iflag_thermals>1)/{ -N;N;N;h;/o_dtlscth\%flag(iff)/s/(iflag_thermals>1)/(iflag_thermals>=1)/ -};/endif *! *iflag_thermals>1/{ -x;/o_dtlscth\%flag(iff)/{ -x;s/iflag_thermals>1/iflag_thermals>=1/ -} -} -};/IF *(iflag_thermals\.gt\.1) *THEN/{ -N;N;/o_ftime_th%flag(iff)/s/(iflag_thermals\.gt\.1)/(iflag_thermals>=1)/ -}" ../phy1dref/phys_output_write.h >phys_output_write.h -# -fi -# -fi -############################################################################ -# # -# FIN DES CORRECTIONS # -# # -############################################################################ -# ## Nettoyage \rm -r ${source} @@ -297,53 +106,44 @@ cd ${LMDlibf}/.. \rm -f makefile -for i in 1ere 2eme 3eme ; do - echo 1ere compilation : makegcm -d 39 -p 1d lmdz1d - ./makegcm -d 39 -p 1d lmdz1d -done -if [ -f lmdz1d.e ] -then - echo Compilation réussie - ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/ayotte - ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/case_e - ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/eq_rd_cv - ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/hapex92_init - ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/rico - ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/toga - ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/twpice +./makegcm -d 39 -p 1d lmdz1d +if [ -f lmdz1d.e ] ; then + mv lmdz1d.e lmdz1d_L39.e + echo Compilation successfull + for rep in ayotte case_e eq_rd_cv hapex92_init rico toga twpice ; do + ln -s `pwd`/lmdz1d_L39.e ${LMDGCM}/1dcases/$rep/lmdz1d.e + done else - echo La compilation a échoué + echo Compilation aborted stop fi -# -echo ======================== -echo ' Simulation test 1D' -echo ======================== -##echo Execution d un cas d equilibre radiatif-convectif -##cd ${LMDGCM}/1dcases/eq_rd_cv -##./xqt.x NPv3.1 -##echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi. -echo Execution de case_e + +echo '#########################################################################' +echo ' 1D test cases' +echo '#########################################################################' + +echo ==================================== +echo TEST CASE : case_e +echo ==================================== cd ${LMDGCM}/1dcases/case_e ./xqt.x NPv3.1 -echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi. -##echo Execution du cas Hapex92_init -##cd ${LMDGCM}/1dcases/hapex92_init -##./xqt.x NPv3.1 -##echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi. -echo 'Execution d une partie de Toga (1mois)' + +echo ==================================== +echo TEST CASE : toga' (1 month)' +echo ==================================== cd ${LMDGCM}/1dcases/toga ./xqt.x NPv3.1 -echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi. -echo Execution de arm_cu +armcu=1 +if [ $armcu = 1 ] ; then + echo ==================================== + echo TEST CASE : arm_cu + echo ==================================== + cd ${LMDGCM}/1dcases/arm_cu + ./compile.x + ln -s lmdz1d_L40.e lmdz1d.e + ./xqt.x NPv3.1 +fi -armcu=0 -if [ $armcu=1 ] ; then -cd ${LMDGCM}/1dcases/arm_cu -./compile.x ; ./compile.x ; ./compile.x -ln -s lmdz1d_L40.e lmdz1d.e -./xqt.x NPv3.1 -echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi. -fi +echo if the last line \"SIMULATION FINISHED\" is \"Everything is cool!\", the situation went to its end