source: BOL/script_install/install_lmdz.sh @ 4089

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Clean-up/modifications not to do everything if stuff already installed
and modifications to bench/tuto section
FHourdin
File size: 48.1 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3###########################################################################
4# Author : Laurent Fairhead et Frédéric Hourdin
5# Usage  : install_lmdz.sh -help
6#
7# bash installation script of the LMDZ model on different computer types :
8# Linux PC, "mesocentre" (IPSL-UPMC, IPSL-X), super-computer (IDRIS)
9#
10# The model is downloaded in the following directory tree
11# $MODEL/modipsl/modeles/...
12# using the "modipsl" infrastructure created by the "IPSL"
13# for coupled (atmosphere/ocean/vegetation/chemistry) climate modeling
14# activities.
15# Here we only download atmospheric (LMDZ) and vegetation (ORCHIDEE)
16# components.
17#
18# The sources of the models can be found in the "modeles" directory.
19# In the present case, LMDZ, ORCHIDEE, and IOIPSL or XIOS (handling of input-outputs
20# using the NetCDF library).
21#
22# The script downloads various source files (including a version of NetCDF)
23# and utilities, compiles the model, and runs a test simulation in a
24# minimal configuration.
25#
26# Prerequisites : pgf90/gfortran, bash or ksh, wget , gunzip, tar, ...
27#
28# Modif 18/11/2011
29#    changes for option real 8.
30#      We compile with -r8 (or equivalent) and -DNC_DOUBLE for the GCM
31#      but with -r4 for netcdf. Variable real must be set to
32#      r4 or r8 at the beginning of the script below.
33#
34###########################################################################
35
36echo install_lmdz.sh DEBUT `date`
37set -e
38
39################################################################
40# Choice of installation options
41################################################################
42
43################################################################
44# A function to fetch files either locally or on the internet
45################################################################
46function myget { #1st and only argument should be file name
47  # Path on local computer where to look for the datafile
48  if [ -f /u/lmdz/WWW/LMDZ/pub/$1 ] ; then
49    \cp -f -p /u/lmdz/WWW/LMDZ/pub/$1 .
50  elif [ -f ~/LMDZ/pub/$1 ] ; then
51    \cp -f -p ~/LMDZ/pub/$1 .
52  else
53    wget -nv http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/pub/$1
54    save_pub_locally=0
55    if [ $save_pub_locally = 1 ] ; then # saving wget files on ~/LMDZ/pub
56       dir=~/LMDZ/pub/`dirname $1` ; mkdir -p $dir ; cp -r `basename $1` $dir
57    fi
58  fi
59}
60
61# 04_2021 : tester si r4 marche encore !
62#real=r4
63real=r8
64
65#########################################################################
66# Valeur par défaut des parametres
67#########################################################################
68svn=""
69#version=trunk
70version=20220131.trunk
71
72getlmdzor=1
73netcdf=1   #  1 for automatic installation
74           #  0 for no installation
75           #  /.../../netcdf-4.0.1 if wanting to link with an already
76           #  compiled netcdf library (implies to check option compatibility)
77check_linux=1
78ioipsl=1
79bench=1
80pclinux=1
81pcmac=0 # default: not on a Mac
82compiler=gfortran
83SCM=0
84# surface/vegetation scheme treatment
85# controlled by the single variable veget which can have the following values
86# - NONE: bucket scheme (default)
87# - CMIP6: orchidee version used in CMIP exercise, rev 5661
88# - number: orchidee version number
89veget=NONE
90# choose the resolution for the bench runs
91# grid_resolution= 32x24x11 or 48x36x19 for tests (test without ORCHIDEE)
92#                  96x71x19  standard configuration
93grid_resolution=144x142x79
94grid_resolution=96x95x39
95grid_resolution=48x36x19
96grid_resolution=32x32x39
97# choose the physiq version you want to test
98#physiq=NPv6.0.14splith
99physiq=
100
101## parallel can take the values none/mpi/omp/mpi_omp
102parallel=mpi_omp
103parallel=none
104idris_acct=lmd
105OPT_GPROF=""
106OPT_MAKELMDZ=""
107MODEL=""
108
109## also compile XIOS? (and more recent NetCDF/HDF5 libraries) Default=no
110with_xios="n"
111opt_makelmdz_xios=""
112
113## compile with old/rrtm/ecrad radiatif code (Default=rrtm)
114rad=rrtm
115
116## compile_with_fcm=1 : use makelmdz_fcm (1) or makelmdz (0)
117compile_with_fcm=1
118
119#Compilation with Cosp (cosp=NONE/v1/v2 ; default=NONE)
120cosp=NONE
121opt_cosp=""
122
123# Check if on a Mac
124if [ `uname` = "Darwin" ]
125then
126    pcmac=1
127    export MAKE=make
128fi
129#echo "pcmac="$pcmac
130
131env_file=""
132
133#########################################################################
134#  Options interactives
135#########################################################################
136while (($# > 0))
137   do
138   case $1 in
139     "-h") cat <<........fin
140    $0 [ -v version ] [ -r svn_release ]
141           [ -parallel PARA ] [ -d GRID_RESOLUTION ] [ -bench 0/1 ]
142           [-name LOCAL_MODEL_NAME] [-gprof] [-opt_makelmdz] [-rad RADIATIF]
143
144    -v       "version" like 20150828.trunk
145             see http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/LISMOI.trunk
146
147    -r       "svn_release" : either the svn release number or "last"
148   
149    -compiler gfortran|ifort|pgf90 (default: gfortran)
150
151    -parallel PARA : can be mpi_omp (mpi with openMP) or none (for sequential)
152
153    -d        GRID_RESOLUTION should be among the available benchs if -bench 1
154              among which : 48x36x19, 48x36x39
155              if wanting to run a bench simulation in addition to compilation
156              default : 48x36x19
157
158    -bench     activating the bench or not (0/1). Default 1
159
160    -name      LOCAL_MODEL_NAME : default = LMDZversion.release
161
162    -netcdf    PATH : full path to an existing installed NetCDF library
163               (without -netcdf: also download and install the NetCDF library) 
164   
165    -xios      also download and compile the XIOS library
166               (requires the NetCDF4-HDF5 library, also installed by default)
167               (requires to also have -parallel mpi_omp)
168
169    -gprof     to compile with -pg to enable profiling with gprof
170
171    -cosp      to run without our with cospv1 or cospv2 [none/v1/v2]
172 
173    -rad RADIATIF can be old, rrtm or ecrad radiatif code
174
175    -nofcm     to compile without fcm
176
177    -SCM        install 1D version automatically
178
179    -debug      compile everything in debug mode
180
181    -opt_makelmdz     to call makelmdz or makelmdz_fcm with additional options
182
183    -physiq    to choose which physics package to use
184
185    -env_file  specify an arch.env file to overwrite the existing one
186
187    -veget surface model to run [NONE/CMIP6/xxxx]
188
189........fin
190     exit ;;
191     "-v") version=$2 ; shift ; shift ;;
192     "-r") svn=$2 ; shift ; shift ;;
193     "-compiler") compiler=$2
194                  case $compiler in
195                    "gfortran"|"ifort"|"pgf90") compiler=$2 ; shift ; shift ;;
196                    *) echo "Only gfortran , ifort or pgf90 for the compiler option" ; exit
197                  esac ;;
198     "-d") grid_resolution=$2 ; shift ; shift ;;
199     "-gprof") OPT_GPROF="-pg" ; shift ;;
200     "-cosp") cosp=$2 
201              case $cosp in
202                  "none"|"v1"|"v2") cosp=$2 ; shift ; shift ;;
203                  *) echo Only none v1 v2 for cosp option ; exit
204              esac ;;
205     "-nofcm") compile_with_fcm=0 ; shift ;;
206     "-SCM") SCM=1 ; shift ;;
207     "-opt_makelmdz") OPT_MAKELMDZ="$2" ; shift ; shift ;;
208     "-rad") rad=$2
209             case $rad in
210                "old"|"rrtm"|"ecrad") rad=$2 ; shift ; shift ;;
211                *) echo Only old rrtm ecrad for rad option ; exit
212             esac ;;
213     "-parallel") parallel=$2
214                  case $parallel in
215                    "none"|"mpi"|"omp"|"mpi_omp") parallel=$2 ; shift ; shift ;;
216                    *) echo Only none mpi omp mpi_omp for the parallel option ; exit
217                  esac ;;
218     "-bench") bench=$2 ; shift ; shift ;;
219     "-debug") optim=-debug ; shift ;;
220     "-name") MODEL=$2 ; shift ; shift ;;
221     "-netcdf") netcdf=$2 ; shift ; shift ;;
222     "-physiq") physiq=$2 ; shift ; shift ;;
223     "-xios") with_xios="y" ; shift ;;
224     "-env_file") env_file=$2 ; shift ; shift ;;
225     "-veget") veget=$2 ; shift ; shift ;;
226     *) ./install_lmdz.sh -h ; exit
227   esac
228done
229
230# Option de compilation du rayonnement
231opt_rad=""
232case $rad in
233   rrtm) opt_rad="-rad rrtm" ;;
234   ecrad) opt_rad="-rad ecrad" ;;
235esac
236
237
238# Option de compilation pour Cosp
239opt_cosp=""
240case cosp in
241   v1) opt_cosp="-cosp true" ;;
242   v2) opt_cosp="-cospv2 true" ;;
243esac
244 
245# Check on veget version
246#if [ "$veget" != 'NONE'  -a "$veget" != "CMIP6" -a "$veget" != +([0-9]) ] ; then
247if [ $veget != 'NONE'   -a $veget != "CMIP6" ] ; then
248    re='^[0-9]+$'
249    if ! [[ $veget =~ $re ]] ; then
250        echo 'Valeur de l option veget non valable' 
251        exit
252    fi
253fi
254
255#Define veget-related suffix for gcm name
256if [ "$veget" = 'NONE' ] ; then
257    suff_orc=''
258    #For use with tutorial, orchidee_rev is also defined (will be written in surface_env at the end of the script)
259    orchidee_rev=''
260else 
261    suff_orc='_orch' 
262fi
263
264
265if [ $parallel = none ] ; then sequential=1; suff_exe='_seq' ; else sequential=0; suff_exe='_para_mem' ; fi 
266
267#Chemin pour placer le modele
268if [ "$MODEL" = "" ] ; then MODEL=./LMDZ$version$svn$optim ; fi
269
270
271arch=local
272
273
274if [ $compiler = g95 ] ; then echo g95 is not supported anymore ; exit ; fi
275
276################################################################
277# Specificite des machines
278################################################################
279
280hostname=`hostname`
281if [ "$pclinux" = 1 ] ; then o_ins_make="-t g95" ; else o_ins_make="" ; fi
282
283case ${hostname:0:5} in
284
285   jean-)   compiler="mpiifort" ;
286            par_comp="mpiifort" ;
287            o_ins_make="-t jeanzay" ;
288            make=gmake ;
289            module purge
290            module load intel-compilers/19.0.4 ;
291            #module load intel-mpi/19.0.4 ;
292            #module load intel-mkl/19.0.4 ;
293            module load hdf5/1.10.5-mpi ;
294            module load netcdf/4.7.2-mpi ;
295            module load netcdf-fortran/4.5.2-mpi ;
296            module load subversion/1.9.7 ;
297            export NETCDF_LIBDIR=./
298            export NETCDFFORTRAN_INCDIR=./
299            export NETCDFFORTRAN_LIBDIR=./
300            arch=X64_JEANZAY ;;
301
302   cicla|camel)   compiler="gfortran" ;
303            if [ $parallel != none ] ; then
304              module load openmpi/1.6.5-gfortran ;
305              root_mpi=$MPI_HOME ;
306              path_mpi=$root_mpi/bin ;
307              par_comp=${path_mpi}/mpif90 ;
308              mpirun=${path_mpi}/mpirun ;
309            fi ;
310            arch=local  ;
311            make=make ;
312            o_ins_make="-t g95" ;;
313           
314   *)       if [ $parallel = none -o -f /usr/bin/mpif90 ] ; then
315                path_mpi=`which mpif90 | sed -e s:/mpif90::` ;
316                if [ -d /usr/lib64/openmpi ] ; then
317                  root_mpi="/usr/lib64/openmpi"
318                else
319                  root_mpi="/usr"
320                fi
321            else
322               echo "Cannot find mpif90" ;
323               if [ $parallel = none ] ; then exit ; fi ;
324            fi ;
325            if [ $parallel != none ] ; then
326              root_mpi=$(which mpif90 | sed -e s:/bin/mpif90::)
327              path_mpi=$(which mpif90 | sed -e s:/mpif90::)
328              export LD_LIBRARY_PATH=${root_mpi}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
329            fi
330            par_comp=${path_mpi}/mpif90 ;
331            mpirun=${path_mpi}/mpirun ;
332            arch=local  ;
333            make=make ;
334            o_ins_make="-t g95"
335esac
336
337# Flags for parallelism:
338if [ $parallel != none ] ; then
339  # MPI_LD are the flags needed for linking with MPI
340  MPI_LD="-L${root_mpi}/lib -lmpi"
341  if [ "$compiler" = "gfortran" ] ; then
342    # MPI_FLAGS are the flags needed for compilation with MPI
343    MPI_FLAGS="-fcray-pointer"
344    # OMP_FLAGS are the flags needed for compilation with OpenMP
345    OMP_FLAGS="-fopenmp -fcray-pointer"
346    # OMP_LD are the flags needed for linking with OpenMP
347    OMP_LD="-fopenmp"
348  elif [ "$compiler" = "ifort" ] ; then
349    MPI_FLAGS=""
350    OMP_FLAGS="-openmp"
351    OMP_LD="-openmp"
352  else # pgf90
353    MPI_FLAGS=""
354    OMP_FLAGS="-mp"
355    OMP_LD="-mp"
356  fi
357fi
358
359#####################################################################
360# Test for old gfortran compilers
361# If the compiler is too old (older than 4.3.x) we test if the
362# temporary gfortran44 patch is available on the computer in which
363# case the compiler is changed from gfortran to gfortran44
364# Must be aware than parallelism can not be activated in this case
365#####################################################################
366
367if [ "$compiler" = "gfortran" ] ; then
368   gfortran=gfortran
369   gfortranv=`gfortran --version | \
370   head -1 | awk ' { print $NF } ' | awk -F. ' { print $1 * 10 + $2 } '`
371   if [ $gfortranv -le 43 ] ; then
372       echo ERROR : Your gfortran compiler is too old
373       echo 'Please choose a new one (ifort) and change the line'
374       echo compiler=xxx
375       echo in the install_lmdz.sh script and rerun it
376       if [ `which gfortran44 | wc -w` -ne 0 ] ; then
377          gfortran=gfortran44
378       else
379          echo gfotran trop vieux ; exit
380       fi
381   fi
382   compiler=$gfortran
383fi
384#####################################################################
385
386## if also compiling XIOS, parallel must be mpi_omp
387if [ "$with_xios" = "y" -a "$parallel" != "mpi_omp" ] ; then 
388  echo "Error, you must set -parallel mpi_omp if you want XIOS"
389  exit
390fi
391
392if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
393  opt_makelmdz_xios="-io xios"
394fi
395
396if [ "$cosp" = "v2" -a "$with_xios" = "n" ] ; then
397  echo "Error, Cospv2 cannot run without Xios"
398  exit
399fi
400
401echo '################################################################'
402echo  Choix des options de compilation
403echo '################################################################'
404
405export FC=$compiler
406export F90=$compiler
407export F77=$compiler
408export CPPFLAGS=
409OPTIMNC=$OPTIM
410BASE_LD="$OPT_GPROF"
411OPTPREC="$OPT_GPROF"
412ARFLAGS="rs" ; if [ -f /etc/issue ] ; then if [ "`grep -i ubuntu /etc/issue`" != "" ] ; then if [ "`grep -i ubuntu /etc/issue | awk ' { print $2 } ' | cut -d. -f1`" -ge 16 ] ; then ARFLAGS="rU" ; fi ; fi ; fi
413
414
415
416if [ "$compiler" = "$gfortran" ] ; then
417   OPTIM='-O3'
418   OPTDEB="-g3 -Wall -fbounds-check -ffpe-trap=invalid,zero,overflow -O0 -fstack-protector-all -fbacktrace -finit-real=snan"
419   OPTDEV="-Wall -fbounds-check"
420   fmod='I '
421   OPTPREC="$OPTPREC -cpp -ffree-line-length-0"
422   if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="$OPTPREC -fdefault-real-8 -DNC_DOUBLE" ; fi
423   export F90FLAGS=" -ffree-form $OPTIMNC"
424   export FFLAGS=" $OPTIMNC"
425   export CC=gcc
426   export CXX=g++
427   export fpp_flags="-P -C -traditional -ffreestanding"
428
429elif [ $compiler = mpif90 ] ; then
430   OPTIM='-O3'
431   OPTDEB="-g3 -Wall -fbounds-check -ffpe-trap=invalid,zero,overflow -O0 -fstack-protector-all"
432   OPTDEV="-Wall -fbounds-check"
433   BASE_LD="$BASE_LD -lblas"
434   fmod='I '
435   if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="$OPTPREC -fdefault-real-8 -DNC_DOUBLE -fcray-pointer" ; fi
436   export F90FLAGS=" -ffree-form $OPTIMNC"
437   export FFLAGS=" $OPTIMNC"
438   export CC=gcc
439   export CXX=g++
440
441elif [ $compiler = pgf90 ] ; then
442   OPTIM='-O2 -Mipa -Munroll -Mnoframe -Mautoinline -Mcache_align'
443   OPTDEB='-g -Mdclchk -Mbounds -Mchkfpstk -Mchkptr -Minform=inform -Mstandard -Ktrap=fp -traceback'
444   OPTDEV='-g -Mbounds -Ktrap=fp -traceback'
445   fmod='module '
446   if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="$OPTPREC -r8 -DNC_DOUBLE" ; fi
447   export CPPFLAGS="-DpgiFortran"
448   export CC=pgcc
449   export CFLAGS="-O2 -Msignextend"
450   export CXX=pgCC
451   export CXXFLAGS="-O2 -Msignextend"
452   export FFLAGS="-O2 $OPTIMNC"
453   export F90FLAGS="-O2 $OPTIMNC"
454   compile_with_fcm=1
455
456elif [ $compiler = ifort ] ; then
457   OPTIM="-O2 -fp-model strict -ip -align all "
458   OPTDEV="-p -g -O2 -traceback -fp-stack-check -ftrapuv -check"
459   OPTDEB="-g -no-ftz -traceback -ftrapuv -fp-stack-check -check"
460   fmod='module '
461   if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="$OPTPREC -real-size 64 -DNC_DOUBLE" ; fi
462   export CPP="icc -E"
463   export FFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large"
464   export FCFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large"
465   export CC=icc
466   export CFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large"
467   export CXX=icpc
468   export CXXFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large"
469   export fpp_flags="-P -traditional"
470   # Pourquoi forcer la compilation fcm. Marche mieux sans
471   #compile_with_fcm=1
472
473elif [ $compiler = mpiifort ] ; then
474   echo on ne fait rien la
475   # Pourquoi forcer la compilation fcm. Marche mieux sans
476   #compile_with_fcm=1
477
478else
479   echo unexpected compiler $compiler ; exit
480fi
481
482OPTIMGCM="$OPTIM $OPTPREC"
483
484hostname=`hostname`
485
486##########################################################################
487# If installing on known machines such as Jean-Zay at IDRIS,
488# don't check for available software and don't install netcdf
489if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
490  netcdf=0 # no need to recompile netcdf, alreday available
491  check_linux=0
492  pclinux=0
493  ioipsl=0 # no need to recompile ioipsl, already available
494  #netcdf="/smplocal/pub/NetCDF/4.1.3"
495  compiler="mpiifort"
496  fmod='module '
497  if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="$OPTPREC -i4 -r8 -DNC_DOUBLE" ; fi
498  OPTIM="-auto -align all -O2 -fp-model strict -xHost "
499  OPTIMGCM="$OPTIM $OPTPREC"
500fi
501##########################################################################
502
503
504mkdir -p $MODEL
505echo $MODEL
506MODEL=`( cd $MODEL ; pwd )` # to get absolute path, if necessary
507
508
509echo '################################################################'
510if [ "$check_linux" = 1 ] ; then
511echo   Check if required software is available
512echo '################################################################'
513
514#### Ehouarn: test if the required shell is available
515#### Maj FH-LF-AS 2021-04 : default=bash ; if bash missing, use ksh
516use_shell="bash" # default
517if [ "`which bash`" = "" ] ; then
518  echo "no bash ; we will use ksh"
519  use_shell="ksh"
520  if [ "`which ksh`" = "" ] ; then
521    echo "bash (or ksh) needed!! Install it!"
522    exit
523  fi
524fi
525
526for logiciel in wget tar gzip make $compiler gcc ; do
527if [ "`which $logiciel`" = "" ] ; then
528echo You must first install $logiciel on your system
529exit
530fi
531done
532
533if [ $pclinux = 1 ] ; then
534cd $MODEL
535cat <<eod > tt.f90
536print*,'coucou'
537end
538eod
539$compiler tt.f90 -o a.out
540./a.out >| tt
541if [ "`cat tt | sed -e 's/ //g' `" != "coucou" ] ; then
542echo problem installing with compiler $compiler ; exit ; fi
543\rm tt a.out tt.f90
544fi
545fi
546
547###########################################################################
548if [ $getlmdzor = 1 -a ! -d $MODEL/modipsl ] ; then
549###########################################################################
550   echo '##########################################################'
551   echo  Download a slightly modified version of  LMDZ
552   echo '##########################################################'
553   cd $MODEL
554   myget src/modipsl_orc_cmip6.$version.tar.gz
555   echo install_lmdz.sh wget_OK `date`
556   gunzip modipsl_orc_cmip6.$version.tar.gz
557   tar xvf modipsl_orc_cmip6.$version.tar
558   \rm modipsl_orc_cmip6.$version.tar
559fi
560
561###########################################################################
562if [ $netcdf = 1 -a ! -d $MODEL/netcdf ] ; then
563###########################################################################
564   cd $MODEL
565   netcdflog=`pwd`/netcdf.log
566   echo '##########################################################'
567   echo Compiling the Netcdf library
568   echo '##########################################################'
569   echo log file : $netcdflog
570   if [ "$with_xios" = "n" ] ; then
571      # keep it simple
572      #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/netcdf-4.0.1.tar.gz
573      myget import/netcdf-4.0.1.tar.gz
574      gunzip netcdf-4.0.1.tar.gz
575      tar xvf netcdf-4.0.1.tar
576      \rm -f netcdf-4.0.1.tar
577   
578      cd netcdf-4.0.1
579   
580      localdir=`pwd -P`
581      ./configure --prefix=$localdir --enable-shared --disable-cxx
582      #sed -e 's/gfortran/'$gfortran'/g' Makefile >| tmp ; mv -f tmp Makefile
583      $make check > $netcdflog 2>&1
584      $make install >> $netcdflog 2>&1
585    #LF rajout d'une verrue, pour une raison non encore expliquee, la librairie est parfois rangée dans lib64
586    #   et non dans lib par certains compilateurs
587      if [ ! -e lib -a -d lib64 ] ; then ln -s lib64 lib; fi
588   else
589      # download and compile hdf5 and netcdf, etc. using the install_netcdf4_hdf5.bash script
590      #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/install_netcdf4_hdf5.bash
591      myget import/install_netcdf4_hdf5.bash
592      chmod u=rwx install_netcdf4_hdf5.bash
593      if [ "$compiler" = "gfortran" ] ; then
594      ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC gcc -FC gfortran -CXX g++ -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
595      elif [ "$compiler" = "ifort" ] ; then
596      ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC icc -FC ifort -CXX icpc -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
597      elif [ "$compiler" = "pgf90" ] ; then
598      ./install_netcdf4_hdf5.bash -prefix $MODEL/netcdf4_hdf5 -CC pgcc -FC pgf90 -CXX pgCC -MPI $root_mpi  > $netcdflog 2>&1
599      else
600        echo "unexpected compiler $compiler" ; exit
601      fi
602   fi  # of if [ "$with_xios" = "n" ]
603   echo install_lmdz.sh netcdf_OK `date`
604fi # of if [ $netcdf = 1 ]
605
606# ncdfdir contains the directory where netcdfd is installed
607if [ $netcdf = 0 -o $netcdf = 1 ] ; then
608   if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
609      ncdfdir=$MODEL/netcdf4_hdf5
610   else
611      ncdfdir=$MODEL/netcdf-4.0.1
612   fi
613else
614   ncdfdir=$netcdf
615fi
616
617#=========================================================================
618if [ $ioipsl = 1 ] ; then
619#=========================================================================
620   echo OK ioipsl=$ioipsl
621   echo '##########################################################'
622   echo 'Installing MODIPSL, the installation package manager for the '
623   echo 'IPSL models and tools'
624   echo '##########################################################'
625   echo `date`
626   
627   cd $MODEL/modipsl
628   \rm -rf lib/*
629   cd util
630   cp AA_make.gdef AA_make.orig
631   F_C="$compiler -c " ; if [ "$compiler" = "$gfortran" -o "$compiler" = "mpif90" ] ; then F_C="$compiler -c -cpp " ; fi
632   if [ "$compiler" = "pgf90" ] ; then F_C="$compiler -c -Mpreprocess" ; fi
633   sed -e 's/^\#.*.g95.*.\#.*.$/\#/' AA_make.gdef > tmp
634   sed -e "s:F_L = g95:F_L = $compiler:" -e "s:F_C = g95 -c -cpp:F_C = $F_C": \
635   -e 's/g95.*.w_w.*.(F_D)/g95      w_w = '"$OPTIMGCM"'/' \
636   -e 's:g95.*.NCDF_INC.*.$:g95      NCDF_INC= '"$ncdfdir"'/include:' \
637   -e 's:g95.*.NCDF_LIB.*.$:g95      NCDF_LIB= -L'"$ncdfdir"'/lib -lnetcdff -lnetcdf:' \
638   -e 's:g95      L_O =:g95      L_O = -Wl,-rpath='"$ncdfdir"'/lib:' \
639   -e "s:-fmod=:-$fmod:" -e 's/-fno-second-underscore//' \
640   -e 's:#-Q- g95      M_K = gmake:#-Q- g95      M_K = make:' \
641   tmp >| AA_make.gdef
642 
643   if [ $pcmac == 1 ]
644   then
645       cp AA_make.gdef tmp
646       sed -e 's/rpath=/rpath,/g' tmp > AA_make.gdef
647   fi
648   
649 
650 # We use lines for g95 even for the other compilers to run ins_make
651   if [ "$use_shell" = "ksh" ] ; then
652     ./ins_make $o_ins_make
653   else # bash
654     sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g ins_make > ins_make.bash
655     if [ "`grep jeanzay AA_make.gdef`" = "" ] ; then # Bidouille pour compiler sur ada des vieux modipsl.tar
656         echo 'Warning jean-zay not in AA_make.gdef'
657         echo 'Think about updating'
658         exit 1
659     fi
660     
661     chmod u=rwx ins_make.bash
662     ./ins_make.bash $o_ins_make
663   fi # of if [ "$use_shell" = "ksh" ]
664 
665   echo install_lmdz.sh MODIPSL_OK `date`
666 
667   cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/src
668   ioipsllog=`pwd`/ioipsl.log
669   echo '##########################################################'
670   echo 'Compiling IOIPSL, the interface library with Netcdf'
671   echo '##########################################################'
672   echo `date`
673   echo log file : $ioipsllog
674 
675   if [ "$use_shell" = "bash" ] ; then
676     cp Makefile Makefile.ksh
677     sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g Makefile.ksh > Makefile
678   fi
679 # if [ "$pclinux" = 1 ] ; then
680     # Build IOIPSL modules and library
681     $make clean
682     $make > $ioipsllog 2>&1
683     if [ "$compiler" = "$gfortran" -o "$compiler" = "mpif90" ] ; then # copy module files to lib
684       cp -f *.mod ../../../lib
685     fi
686     # Build IOIPSL tools (ie: "rebuild", if present)
687     if [ -f $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools/rebuild ] ; then
688       cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools
689       # adapt Makefile & rebuild script if in bash
690       if [ "$use_shell" = "bash" ] ; then
691         cp Makefile Makefile.ksh
692         sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g Makefile.ksh > Makefile
693         cp rebuild rebuild.ksh
694         sed -e 's:/bin/ksh:/bin/bash:g' \
695             -e 's:print -u2:echo:g' \
696             -e 's:print:echo:g' rebuild.ksh > rebuild
697       fi
698       $make clean
699       $make > $ioipsllog 2>&1
700     fi
701# fi # of if [ "$pclinux" = 1 ]
702 
703else # of if [ $ioipsl = 1 ]
704   if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
705      cd $MODEL/modipsl
706      cd util
707        if [ "`grep jeanzay AA_make.gdef`" = "" ] ; then
708         echo 'Warning jean-zay not in AA_make.gdef'
709         echo 'Think about updating'
710         exit 1
711        fi
712        ./ins_make $o_ins_make
713# Compile IOIPSL on jean-zay
714        cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/src
715        gmake > ioipsl.log
716        cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools
717        gmake > ioipsl.log
718   
719   fi
720   echo install_lmdz.sh ioipsl_OK `date`
721fi # of if [ $ioipsl = 1 ]
722# Saving ioipsl lib for possible parallel compile
723  cd $MODEL/modipsl
724  tar cf ioipsl.tar lib/ bin/
725
726#=========================================================================
727if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
728  echo '##########################################################'
729  echo 'Compiling XIOS'
730  echo '##########################################################'
731  cd $MODEL/modipsl/modeles
732  xioslog=`pwd`/xios.log
733  #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/install_xios.bash
734  myget import/install_xios.bash
735  chmod u=rwx install_xios.bash
736  if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
737     svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver/svn/XIOS/branchs/xios-2.5 XIOS
738     cd XIOS/arch
739     svn update
740     cd ..
741     echo "Compiling XIOS, start" `date` "(it takes about 20 min on Jean-Zay)"
742     echo "log file: $xioslog"
743     ./make_xios --prod --arch $arch --job 4 > xios.log 2>&1
744  else
745     ./install_xios.bash -prefix $MODEL/modipsl/modeles \
746                      -netcdf ${ncdfdir} -hdf5 ${ncdfdir} \
747                      -MPI $root_mpi -arch $arch > xios.log 2>&1
748  fi # of case Jean-Zay
749  if [ -f XIOS/lib/libxios.a ] ; then
750     echo "XIOS library successfully generated"
751     echo install_lmdz.sh XIOS_OK `date`
752  fi
753fi
754
755#============================================================================
756veget_version=false
757if [ "$veget" != 'NONE' ] ; then
758  cd $MODEL/modipsl/modeles/ORCHIDEE
759  set +e ; svn upgrade ; set -e
760  if [ "$veget" = "CMIP6" ] ; then
761    veget_version=orchidee2.0 
762    orchidee_rev=6592
763  else # specific orchidee revision newer than CMIP6, on 2_1 or 2_2 branches
764    veget_version=orchidee2.1
765    orchidee_rev=$veget
766     if [ $veget -lt 4465 ] ; then
767             echo 'Stopping, ORCHIDEE version too old, script needs work on the CPP flags to pass to makelmdz'
768             exit 1
769     fi
770     set +e
771     # which branch is my version on?
772     orcbranch=`svn log -v -q svn://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/ -r $veget |grep ORCHIDEE |head -1| sed -e 's:ORCHIDEE/.*$:ORCHIDEE:' | awk '{print $2}'`
773     # switch to that branch
774     echo IF YOU INSTALL ORCHIDEE THE VERY FIRST TIME, ASK for PASSWORD at orchidee-help@listes.ipsl.fr
775     svn switch -r $veget --accept theirs-full svn://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/$orcbranch
776     svn log -r $veget | grep  $veget
777     if [  $? -gt 0 ] ; then
778          echo 'Cannot update ORCHIDEE as not on the right branch for ORCHIDEE'
779          exit
780      fi
781      set -e
782      set +e ; svn update -r $veget ; set -e 
783  fi
784  # Correctif suite debug Jean-Zay
785  sed -i -e 's/9010  FORMAT(A52,F17.14)/9010  FORMAT(A52,F20.14)/' src_stomate/stomate.f90
786  opt_orc="-prod" ; if [ "$optim" = "-debug" ] ; then opt_orc="-debug" ; fi
787
788  orchideelog=`pwd`/orchidee.log
789  echo '########################################################'
790  echo 'Compiling ORCHIDEE, the continental surface model '
791  echo '########################################################'
792  echo Start of the first compilation of orchidee, in sequential mode: `date`
793  echo log file : $orchideelog
794
795  export ORCHPATH=`pwd`
796  xios_orchid="-noxios"
797  if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
798    xios_orchid="-xios"
799  fi
800  if [ -d tools ] ; then
801###################################################################
802# Pour les experts qui voudraient changer de version d'orchidee.
803# Attention : necessite d'avoir le password pour orchidee
804
805      # Correctif suite debug Jean-Zay
806      if [ -f src_global/time.f90 ] ; then sed -i -e 's/CALL tlen2itau/\!CALL tlen2itau/' src_global/time.f90 ; fi
807###################################################################
808     if [ "$veget_version" == "false" ] ; then veget_version=orchidee2.0 ; fi
809      cd arch
810      sed -e s:"%COMPILER        .*.$":"%COMPILER            $compiler":1 \
811     -e s:"%LINK            .*.$":"%LINK                $compiler":1 \
812     -e s:"%FPP_FLAGS       .*.$":"%FPP_FLAGS           $fpp_flags":1 \
813     -e s:"%PROD_FFLAGS     .*.$":"%PROD_FFLAGS         $OPTIM":1 \
814     -e s:"%DEV_FFLAGS      .*.$":"%DEV_FFLAGS          $OPTDEV":1 \
815     -e s:"%DEBUG_FFLAGS    .*.$":"%DEBUG_FFLAGS        $OPTDEB":1 \
816     -e s:"%BASE_FFLAGS     .*.$":"%BASE_FFLAGS         $OPTPREC":1 \
817     -e s:"%BASE_LD         .*.$":"%BASE_LD             $BASE_LD":1 \
818     -e s:"%ARFLAGS         .*.$":"%ARFLAGS             $ARFLAGS":1 \
819     arch-gfortran.fcm > arch-local.fcm
820     echo "NETCDF_LIBDIR=\"-L${ncdfdir}/lib -lnetcdff -lnetcdf\"" > arch-local.path
821     echo "NETCDF_INCDIR=${ncdfdir}/include" >> arch-local.path
822     echo "IOIPSL_INCDIR=$ORCHPATH/../../lib" >> arch-local.path
823     echo "IOIPSL_LIBDIR=$ORCHPATH/../../lib" >> arch-local.path
824     echo 'XIOS_INCDIR=${ORCHDIR}/../XIOS/inc' >> arch-local.path
825     echo 'XIOS_LIBDIR="${ORCHDIR}/../XIOS/lib -lxios"' >> arch-local.path
826     cd ../
827
828     echo ./makeorchidee_fcm -j $xios_orchid $opt_orc -parallel none -arch $arch
829     ./makeorchidee_fcm -j 8 $xios_orchid $opt_orc -parallel none -arch $arch > $orchideelog 2>&1
830     pwd
831  else # of "if [ -d tools ]"
832     if [ -d src_parallel ] ; then
833       liste_src="parallel parameters global stomate sechiba driver"
834       if [ "$veget_version" == "false" ] ; then veget_version=orchidee2.0 ; fi
835     fi
836     for d in $liste_src ; do src_d=src_$d
837        echo src_d $src_d
838        echo ls ; ls
839        if [ ! -d $src_d ] ; then echo Problem orchidee : no $src_d ; exit ; fi
840        cd $src_d ; \rm -f *.mod make ; $make clean
841        $make > $orchideelog 2>&1 ; if [ "$compiler" = "$gfortran" -o "$compiler" = "mpif90" ] ; then cp -f *.mod ../../../lib ; fi
842        cd ..
843     done
844  fi # of "if [ -d tools ]"
845  echo install_lmdz.sh orchidee_compil_seq_OK `date`
846fi # of if [ "$veget" != 'NONE' ]
847
848
849#============================================================================
850# Ehouarn: the directory name LMDZ* depends on version/tar file...
851if [ -d $MODEL/modipsl/modeles/LMD* ] ; then
852  echo '###############################################################'
853  echo 'Preparing LMDZ compilation : arch file, svn switch if needed...'
854  echo '###############################################################'
855  cd $MODEL/modipsl/modeles/LMD*
856  LMDZPATH=`pwd`
857else
858  echo "ERROR: No LMD* directory !!!"
859  exit
860fi
861
862###########################################################
863# For those who want to use fcm to compile via :
864#  makelmdz_fcm -arch local .....
865############################################################
866
867if [ "$pclinux" = "1" ] ; then
868
869# create local 'arch' files (if on Linux PC):
870cd arch
871# arch-local.path file
872echo "NETCDF_LIBDIR=\"-L${ncdfdir}/lib -lnetcdff -lnetcdf\"" > arch-local.path
873echo "NETCDF_INCDIR=-I${ncdfdir}/include" >> arch-local.path
874echo 'IOIPSL_INCDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path
875echo 'IOIPSL_LIBDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path
876echo 'XIOS_INCDIR=$LMDGCM/../XIOS/inc' >> arch-local.path
877echo 'XIOS_LIBDIR=$LMDGCM/../XIOS/lib' >> arch-local.path
878echo 'ORCH_INCDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path
879echo 'ORCH_LIBDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path
880
881if [ $pcmac == 1 ] ; then
882    BASE_LD="$BASE_LD -Wl,-rpath,${ncdfdir}/lib"
883else
884    BASE_LD="$BASE_LD -Wl,-rpath=${ncdfdir}/lib"
885fi
886# Arch-local.fcm file (adapted from arch-linux-32bit.fcm)
887
888if [ $real = r8 ] ; then FPP_DEF=NC_DOUBLE ; else FPP_DEF="" ; fi
889sed -e s:"%COMPILER        .*.$":"%COMPILER            $compiler":1 \
890    -e s:"%LINK            .*.$":"%LINK                $compiler":1 \
891    -e s:"%PROD_FFLAGS     .*.$":"%PROD_FFLAGS         $OPTIM":1 \
892    -e s:"%DEV_FFLAGS      .*.$":"%DEV_FFLAGS          $OPTDEV":1 \
893    -e s:"%DEBUG_FFLAGS    .*.$":"%DEBUG_FFLAGS        $OPTDEB":1 \
894    -e s:"%BASE_FFLAGS     .*.$":"%BASE_FFLAGS         $OPTPREC":1 \
895    -e s:"%FPP_DEF         .*.$":"%FPP_DEF             $FPP_DEF":1 \
896    -e s:"%BASE_LD         .*.$":"%BASE_LD             $BASE_LD":1 \
897    -e s:"%ARFLAGS         .*.$":"%ARFLAGS             $ARFLAGS":1 \
898    arch-linux-32bit.fcm > arch-local.fcm
899
900cd ..
901### Adapt "bld.cfg" (add the shell):
902whereisthatshell=$(which ${use_shell})
903echo "bld::tool::SHELL   $whereisthatshell" >> bld.cfg
904
905fi # of if [ "$pclinux" = 1 ]
906
907
908cd $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ*
909lmdzlog=`pwd`/lmdz.log
910
911##################################################################
912# Possibly update LMDZ if a specific svn release is requested
913##################################################################
914
915
916set +e ; svn upgrade ; set -e
917if [ "$svn" = "last" ] ; then svnopt="" ; else svnopt="-r $svn" ; fi
918if [ "$svn" != "" ] ; then
919    svn info | grep -q 'http:'
920    if [ $? = 0 ] ; then
921        svn switch --relocate http://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ https://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ
922    fi
923    svn update $svnopt
924fi
925set -e
926
927echo '##################################################################'
928echo "Preparing script compile.sh for LMDZ compilation" 
929echo "It will only be run automatically if bench=1/tuto" 
930echo Here bench=$bench
931echo '##################################################################'
932
933if [ "$env_file" != "" ] ; then mv arch/arch-${arch}.env arch/arch-${arch}.orig ; \cp -f $env_file arch/arch-${arch}.env ; fi
934
935if [ $compile_with_fcm = 1 ] ; then makelmdz="makelmdz_fcm $optim -arch $arch -j 8 " ; else makelmdz="makelmdz $optim -arch $arch" ; fi
936
937# sequential compilation
938if [ "$sequential" = 1 ] ; then
939  echo Sequential compilation command, saved in compile.sh:
940  echo "./$makelmdz $optim $OPT_MAKELMDZ $optim $opt_rad $opt_cosp -d ${grid_resolution} -v $veget_version gcm "
941  echo "./$makelmdz $optim $OPT_MAKELMDZ $optim $opt_rad $opt_cosp -d ${grid_resolution} -v $veget_version gcm " >> compile.sh
942  chmod +x ./compile.sh
943  if [ $bench = 1 ] ; then 
944    echo install_lmdz.sh start_lmdz_seq_compilation `date`
945    echo log file: $lmdzlog
946    ./compile.sh > $lmdzlog 2>&1 
947    echo install_lmdz.sh end_lmdz_seq_compilation `date`
948  fi
949fi # fin sequential
950
951# compiling in parallel mode
952if [ $parallel != "none" ] ; then
953  echo '##########################################################'
954  echo ' Parallel compile '
955  echo '##########################################################'
956  echo "(after saving the sequential libs and binaries)"
957  cd $MODEL/modipsl
958  tar cf sequential.tar bin/ lib/
959  \rm -rf bin/ lib/
960  tar xf ioipsl.tar
961  #
962  # Orchidee
963  #
964  cd $ORCHPATH
965  if [ -d src_parallel -a $veget != 'NONE' ] ; then
966     cd arch
967     sed  \
968     -e s:"%COMPILER.*.$":"%COMPILER            $par_comp":1 \
969     -e s:"%LINK.*.$":"%LINK                $par_comp":1 \
970     -e s:"%MPI_FFLAG.*.$":"%MPI_FFLAGS          $MPI_FLAGS":1 \
971     -e s:"%OMP_FFLAG.*.$":"%OMP_FFLAGS          $OMP_FLAGS":1 \
972     -e s:"%MPI_LD.*.$":"%MPI_LD              $MPI_LD":1 \
973     -e s:"%OMP_LD.*.$":"%OMP_LD              $OMP_LD":1 \
974     arch-local.fcm > tmp.fcm
975
976     mv tmp.fcm arch-local.fcm
977     cd ../
978     echo Compiling ORCHIDEE in parallel mode `date`
979     echo logfile $orchideelog
980     echo "NOTE : to recompile it when necessary, use ./compile_orc.sh in modipsl/modeles/ORCHIDEE"
981     echo ./makeorchidee_fcm -j 8 -clean $xios_orchid $opt_orc -parallel $parallel -arch $arch > compile_orc.sh
982     echo ./makeorchidee_fcm -j 8 $xios_orchid $opt_orc -parallel $parallel -arch $arch >> compile_orc.sh
983     echo echo Now you must also recompile LMDZ, by running ./compile.sh in modeles/LMDZ >> compile_orc.sh
984     chmod u+x compile_orc.sh
985     ./makeorchidee_fcm -j 8 -clean $xios_orchid $opt_orc -parallel $parallel -arch $arch > $orchideelog 2>&1
986     ./makeorchidee_fcm -j 8 $xios_orchid $opt_orc -parallel $parallel -arch $arch >> $orchideelog 2>&1
987     echo End of ORCHIDEE compilation in parallel mode `date`
988  elif [ $veget != 'NONE' ] ; then
989    echo '##########################################################'
990    echo ' Orchidee version too old                                 '
991    echo ' Please update to new version                             '
992    echo '##########################################################'
993    exit
994  fi # of [ -d src_parallel -a $veget != 'NONE' ]
995
996  # LMDZ
997  cd $LMDZPATH
998  if [ $arch = local ] ; then
999    cd arch
1000    sed -e s:"%COMPILER.*.$":"%COMPILER            $par_comp":1 \
1001    -e s:"%LINK.*.$":"%LINK                $par_comp":1 \
1002    -e s:"%MPI_FFLAG.*.$":"%MPI_FFLAGS          $MPI_FLAGS":1 \
1003    -e s:"%OMP_FFLAG.*.$":"%OMP_FFLAGS          $OMP_FLAGS":1 \
1004    -e s:"%ARFLAGS.*.$":"%ARFLAGS          $ARFLAGS":1 \
1005    -e s@"%BASE_LD.*.$"@"%BASE_LD             -Wl,-rpath=${root_mpi}/lib:${ncdfdir}/lib"@1 \
1006    -e s:"%MPI_LD.*.$":"%MPI_LD              $MPI_LD":1 \
1007    -e s:"%OMP_LD.*.$":"%OMP_LD              $OMP_LD":1 \
1008    arch-local.fcm > tmp.fcm
1009    mv tmp.fcm arch-local.fcm
1010    cd ../
1011  fi
1012  rm -f compile.sh
1013  echo resol=${grid_resolution} >> compile.sh
1014  if [ ${hostname:0:5} = jean- -a "$cosp" = "v2" ] ; then
1015 
1016  echo LMDZ compilation command in parallel mode, saved in compile.sh, is :
1017  echo "(ATTENTION le probleme de cospv2 sur jean-zay en mode prod n est pas corrige ! )"
1018# ATTENTION le probleme de cospv2 sur jean-zay en mode prod n est pas corrige
1019     echo ./$makelmdz -dev $optim $OPT_MAKELMDZ $opt_rad $opt_cosp $opt_makelmdz_xios -d \$resol -v $veget_version -mem -parallel $parallel gcm >> compile.sh
1020     echo ./$makelmdz -dev $optim $OPT_MAKELMDZ $opt_rad $opt_cosp $opt_makelmdz_xios -d \$resol -v $veget_version -mem -parallel $parallel gcm
1021  else   
1022    echo ./$makelmdz $optim $OPT_MAKELMDZ $opt_rad $opt_cosp $opt_makelmdz_xios -d \$resol -v $veget_version -mem -parallel $parallel gcm >> compile.sh
1023    echo ./$makelmdz $optim $OPT_MAKELMDZ $opt_rad $opt_cosp $opt_makelmdz_xios -d \$resol -v $veget_version -mem -parallel $parallel gcm
1024  fi 
1025  chmod +x ./compile.sh
1026
1027  if [ $bench = 1 ] ; then
1028     echo Compiling LMDZ in parallel mode `date`,  LMDZ log file: $lmdzlog ; ./compile.sh > $lmdzlog 2>&1
1029  fi
1030 
1031fi # of if [ $parallel != "none" ]
1032
1033
1034##################################################################
1035# Verification du succes de la compilation
1036##################################################################
1037
1038# Recherche de l'executable dont le nom a change au fil du temps ...
1039gcm=""
1040#for exe in gcm.e bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq_orch.e bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq.e bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_para_mem_orch.e bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_para_mem.e  ; do
1041for exe in gcm.e bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd${suff_exe}${suff_orc}.e ; do   if [ -f $exe ] ; then gcm=$exe ; fi
1042done
1043
1044if [ "$gcm" = "" ] ; then
1045  if [ $bench = 1 ] ; then
1046    echo 'Compilation failed !! Cannot run the benchmark;'
1047    exit
1048  else
1049    echo 'Compilation not done (only done when bench=1)'
1050  fi
1051else
1052   echo '##########################################################'
1053   echo 'Compilation successfull !! ' `date`
1054   echo '##########################################################'
1055   echo The executable is $gcm
1056fi
1057
1058##################################################################
1059# Below, we run a benchmark if bench=1 or tuto
1060##################################################################
1061
1062if [ $bench = tuto ] ; then
1063   myget Training/tutorial.tar ; tar xvf tutorial.tar ; cd TUTORIAL ; ./init.sh
1064
1065elif [ $bench = 1 ] ; then
1066   # TOUTE CETTE SECTION DEVRAIT DISPARAITRE POUR UNE COMMANDE
1067   # OU DES BENCHS PAR MOTS CLES COMME tuto
1068
1069   echo '##########################################################'
1070   echo ' Running a test run '
1071   echo '##########################################################'
1072   
1073   \rm -rf BENCH${grid_resolution}
1074   bench=bench_lmdz_${grid_resolution}
1075   echo install_lmdz.sh before bench download  `date`
1076   #wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/$bench.tar.gz
1077   myget 3DBenchs/$bench.tar.gz
1078   echo install_lmdz.sh after bench download  `date`
1079   tar xvf $bench.tar.gz
1080   
1081   if [ "$cosp" = "v1" -o "$cosp" = "v2" ] ; then
1082     cd BENCH${grid_resolution}
1083   # copier les fichiers namelist input et output our COSP
1084     cp ../DefLists/cosp*_input_nl.txt .
1085     cp ../DefLists/cosp*_output_nl.txt .
1086   # Activer la cles ok_cosp pour tourner avec COSP
1087     sed -e 's@ok_cosp=n@ok_cosp=y@' config.def > tmp
1088      \mv -f tmp config.def
1089     cd ..
1090   fi 
1091   
1092   if [ -n "$physiq" ]; then
1093     cd BENCH${grid_resolution}
1094     if [ -f physiq.def_${physiq} ]; then
1095       cp physiq.def_${physiq} physiq.def
1096       echo using physiq.def_${physiq}
1097     else
1098       echo using standard physiq.def
1099     fi
1100     cd ..
1101   else
1102     echo using standard physiq.def
1103   fi
1104   
1105   if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
1106     cd BENCH${grid_resolution}
1107     cp ../DefLists/iodef.xml .
1108     cp ../DefLists/context_lmdz.xml .
1109     cp ../DefLists/field_def_lmdz.xml .
1110   # A raffiner par la suite
1111     echo A FAIRE : Copier les *xml en fonction de l option cosp
1112     cp ../DefLists/field_def_cosp*.xml .
1113     cp ../DefLists/file_def_hist*xml .
1114     # adapt iodef.xml to use attached mode
1115     sed -e 's@"using_server" type="bool">true@"using_server" type="bool">false@' iodef.xml > tmp
1116     \mv -f tmp iodef.xml
1117   
1118     # and convert all the enabled="_AUTO_" (for libIGCM) to enabled=.FALSE.
1119     # except for histday
1120     for histfile in file_def_hist*xml
1121     do
1122       if [ "$histfile" = "file_def_histday_lmdz.xml" ] ; then
1123       sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".TRUE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
1124       sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="5"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
1125       sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
1126       else
1127       sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".FALSE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
1128       fi
1129     done
1130     # and add option "ok_all_xml=y" in config.def
1131     echo "### XIOS outputs" >> config.def
1132     echo 'ok_all_xml=.true.' >> config.def
1133   
1134     #activer les sorties pour Cosp
1135     if [ "$cosp" = "v1" ] ; then 
1136      histfile=file_def_histdayCOSP_lmdz.xml
1137      sed -e 's@enabled=".FALSE."@enabled=".TRUE."@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
1138      sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="5"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
1139      sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
1140     fi
1141     if [ "$cosp" = "v2" ] ; then
1142      histfile=file_def_histdayCOSPv2_lmdz.xml
1143      sed -e 's@compression_level="2"@compression_level="0"@' $histfile > tmp ; \mv -f tmp $histfile
1144      contextfile=context_lmdz.xml
1145      sed -e 's@src="./file_def_histdayCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histdayCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
1146      sed -e 's@src="./file_def_histmthCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histmthCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
1147      sed -e 's@src="./file_def_histhfCOSP_lmdz.xml"@src="./file_def_histhfCOSPv2_lmdz.xml"@' $contextfile > tmp ; \mv -f tmp $contextfile
1148      fieldfile=field_def_lmdz.xml
1149      sed -e 's@field_def_cosp1.xml@field_def_cospv2.xml@' $fieldfile > tmp ; \mv -f tmp $fieldfile
1150     fi
1151   
1152     cd ..
1153   fi
1154   
1155   # Cas Bensh avec ecrad
1156   if [ "$rad" = "ecrad" ] ; then
1157     cd BENCH${grid_resolution}
1158     cp  ../DefLists/namelist_ecrad .
1159     cp -r ../libf/phylmd/ecrad/data .
1160   # Attention au cas ou ne 1
1161     sed -e 's@iflag_rrtm=1@iflag_rrtm=2@' physiq.def > tmp
1162      \mv -f tmp physiq.def
1163     cd ..
1164   fi
1165   
1166   cp $gcm BENCH${grid_resolution}/gcm.e
1167   
1168   cd BENCH${grid_resolution}
1169   # On cree le fichier bench.sh au besoin
1170   # Dans le cas 48x36x39 le bench.sh existe deja en parallele
1171   
1172   if [ "$grid_resolution" = "48x36x39" ] ; then
1173      echo On ne touche pas au bench.sh
1174      # But we have to adapt "run_local.sh" for $mpirun
1175      sed -e "s@mpirun@$mpirun@g" run_local.sh > tmp
1176      mv -f tmp run_local.sh
1177      chmod u=rwx run_local.sh
1178   elif [ "${parallel:0:3}" = "mpi" ] ; then
1179      # Lancement avec deux procs mpi et 2 openMP
1180      echo "export OMP_STACKSIZE=800M" > bench.sh
1181      if [ "${parallel:4:3}" = "omp" ] ; then
1182        echo "export OMP_NUM_THREADS=2" >> bench.sh
1183      fi
1184      if [ "$cosp" = "v1" -o "$cosp" = "v2" ] ; then 
1185         if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then   
1186        chmod +x ../arch.env
1187           ../arch.env 
1188           echo "ulimit -s 2000000" >> bench.sh
1189         else
1190           echo "ulimit -s 200000" >> bench.sh       
1191         fi     
1192      else
1193         echo "ulimit -s unlimited" >> bench.sh
1194      fi
1195      if [ ${hostname:0:5} = jean- ] ; then
1196        . ../arch/arch-${arch}.env 
1197        echo "srun -n 2 -A $idris_acct@cpu gcm.e > listing  2>&1" >> bench.sh
1198      else
1199        echo "$mpirun -np 2 gcm.e > listing  2>&1" >> bench.sh
1200      fi
1201      # Add rebuild, using reb.sh if it is there
1202      echo 'if [ -f reb.sh ] ; then' >> bench.sh
1203      echo '  ./reb.sh histday ; ./reb.sh histmth ; ./reb.sh histhf ; ./reb.sh histins ; ./reb.sh stomate_history ; ./reb.sh sechiba_history ; ./reb.sh sechiba_out_2 ' >> bench.sh
1204      echo 'fi' >> bench.sh
1205   else
1206      echo "./gcm.e > listing  2>&1" > bench.sh
1207   fi
1208   # Getting orchidee stuff
1209   if [ $veget == 'CMIP6' ] ; then
1210       #echo 'myget 3DBenchs/BENCHorch11.tar.gz'
1211       #myget 3DBenchs/BENCHorch11.tar.gz
1212       #tar xvzf BENCHorch11.tar.gz
1213       echo 'myget 3DBenchs/BENCHCMIP6.tar.gz'
1214       myget 3DBenchs/BENCHCMIP6.tar.gz
1215       tar xvzf BENCHCMIP6.tar.gz
1216       sed -e "s:VEGET=n:VEGET=y:" config.def > tmp
1217       mv -f tmp config.def
1218       if [ "$with_xios" = "y" ] ; then
1219         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/context_orchidee.xml .
1220         echo '<context id="orchidee" src="./context_orchidee.xml"/>' > add.tmp
1221         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/field_def_orchidee.xml .
1222         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/file_def_orchidee.xml .
1223         cp ../../ORCHIDEE/src_xml/file_def_input_orchidee.xml .
1224         if [ -f ../../ORCHIDEE/src_xml/context_input_orchidee.xml ] ; then
1225        cp ../../ORCHIDEE/src_xml/context_input_orchidee.xml .
1226        echo '<context id="orchidee" src="./context_input_orchidee.xml"/>' >> add.tmp
1227         fi
1228         sed -e '/id="LMDZ"/r add.tmp' iodef.xml > tmp
1229         mv tmp iodef.xml
1230         sed -e'{/sechiba1/ s/enabled="_AUTO_"/type="one_file" enabled=".TRUE."/}' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
1231         sed -e 's@enabled="_AUTO_"@type="one_file" enabled=".FALSE."@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
1232         sed -e 's@output_level="_AUTO_"@output_level="1"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
1233         sed -e 's@output_freq="_AUTO_"@output_freq="1d"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
1234         sed -e 's@compression_level="4"@compression_level="0"@' file_def_orchidee.xml > tmp ; \mv -f tmp file_def_orchidee.xml
1235         sed -e 's@XIOS_ORCHIDEE_OK = n@XIOS_ORCHIDEE_OK = y@' orchidee.def > tmp ; \mv -f tmp orchidee.def
1236       fi
1237   fi
1238   echo EXECUTION DU BENCH
1239   set +e
1240   date ; ./bench.sh > out.bench 2>&1 ; date
1241   set -e
1242   tail listing
1243   
1244   
1245   echo '##########################################################'
1246   echo 'Simulation finished in' `pwd`
1247      echo 'You have compiled with:'
1248      cat ../compile.sh
1249   if [ $parallel = "none" ] ; then
1250     echo 'You may re-run it with : cd ' `pwd` ' ; gcm.e'
1251     echo 'or ./bench.sh'
1252   else
1253     echo 'You may re-run it with : '
1254     echo 'cd ' `pwd` '; ./bench.sh'
1255   #  echo 'ulimit -s unlimited'
1256   #  echo 'export OMP_NUM_THREADS=2'
1257   #  echo 'export OMP_STACKSIZE=800M'
1258   #  echo "$mpirun -np 2 gcm.e "
1259   fi
1260   echo '##########################################################'
1261
1262fi # bench
1263
1264
1265#################################################################
1266# Installation eventuelle du 1D
1267#################################################################
1268
1269if [ $SCM = 1 ] ; then
1270cd $MODEL
1271#wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/Distrib/1D.tar.gz
1272myget 1D/1D.tar.gz
1273tar xvf 1D.tar.gz
1274cd 1D
1275./run.sh -rad $rad
1276fi
1277#set -vx
1278
1279#################################################################
1280# sauvegarde des options veget pour utilisation eventuelle tutorial_prod
1281#################################################################
1282cd $MODEL/modipsl/modeles
1283#echo surface_env file created in $MODEL
1284echo 'veget='$veget > surface_env
1285#opt_veget="-v $veget_version"
1286#echo 'opt_veget="'$opt_veget\" >> surface_env
1287echo 'opt_veget="'-v $veget_version\" >> surface_env
1288echo 'orchidee_rev='$orchidee_rev >> surface_env
1289echo 'suforch='$suff_orc >> surface_env
1290   
1291
1292
1293
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.