#!/bin/bash ########################################################################### # Auteur : Frédéric Hourdin/LMD/hourdin@lmd.jussieu.fr # Usage : install.sh # # Script bash d'installation du modele LMDZ sur un ordinateur PC/Linux # en utilisant le compilateur g95. # Le modele est récupéré dans une arborescence # $MODEL/modipsl/modeles/... # en utilisant l'infrastructure "modipsl" mise au point à l'"IPSL" pour #les besoins de la modélisation couplée du climat #(atmosphere/ocean/vegetation/chimie) # On ne récupère ici que les composantes atmosphériques (LMDZ4) # et végétation (ORCHIDEE). # # Sous le répertoire "modeles", on trouve en fait les sources de différents # modèles. Ici, LMDZ4, ORCHIDEEet IOIPSL, ensemble de programmes # d'entrée/sortie faisant appel à la librairie netcdf. # # Le script récupères les différents jeux de sources (y compris une # version de netcdf) et utilitaires, compile le modèle, et lance une # simulation de test dans une configuration très légère sur # $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ4/INI # # Pré-requis : g95/pgf90/gfortran, ksh, wget , gunzip, tar, ... (à compléter) # # Modif 18/11/2011 # changement pour l'option real 8. # On compile avec -r8 (ou équivalent) et -DNC_DOUBLE pour le GCM # mais avec -r4 netcdf. La variable real est initialisée à # r4 ou r8 en début de script. # ########################################################################### echo '################################################################' echo Choix des options d installation echo '################################################################' #real=r4 real=r8 # ATTENTION !!!! Pour des versions anterieures a octobre 2009, utiliser # install.v2.sh au lieu de install.sh version=20110921.trunk #Chemin pour placer le modele MODEL=./LMDZ$version getlmdzor=1 netcdf=1 # 1 for automatic installation # 0 for no installation # /.../../netcdf-4.0.1 if wanting to link with an already # compiled netcdf library (implies to check option compatibility) check_linux=1 ioipsl=1 veget=0 bench=1 ## compilo=pgf90 ou g95 ou gfortran ou ifort sur PC linux compilo=gfortran pclinux=1 ## compile_with_fcm=1 : utilise makelmdz_fcm, possible a partir de la version 20111103.trunk (LMDZ5/trunk rev 1578) ## compile_with_fcm=0 : utilise makegcm (default) compile_with_fcm=0 OPTPREC="" echo '################################################################' echo Choix des options de compilation echo '################################################################' if [ $compilo = g95 ] ; then if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="-r8 -DNC_DOUBLE" ; fi OPTIM='-i4 -O3' elif [ $compilo = gfortran ] ; then if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="-fdefault-real-8 -DNC_DOUBLE" ; fi OPTIM='-O3' elif [ $compilo = pgf90 ] ; then if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="-r8 -DNC_DOUBLE" ; fi OPTIM='-O2 -Munroll -Mnoframe -Mautoinline -Mcache_align' # with pgf90, compile with fcm compile_with_fcm=1 else # ifort if [ $real = r8 ] ; then OPTPREC="-real-size 64 -DNC_DOUBLE" ; fi OPTIM="-O2 -ip -mkl=sequential -align all -static " # with ifort, compile with fcm compile_with_fcm=1 fi OPTIMGCM="$OPTIM $OPTPREC" # choix de la resolution pour le bench # grid_resolution= 32x24x11 for test (test without ORCHIDEE) # 96x71x19 standard configuration grid_resolution=48x36x19 hostname=`hostname` ########################################################################## # Dans le cas où on installe sur des machines connues comme la NEC # brodie # de l'IDRIS, on ne verifie pas les logiciels existants et on n'installe # pas netcdf. if [ $hostname = brodie ] ; then netcdf=0 check_linux=0 pclinux=0 fi ########################################################################## mkdir -p $MODEL echo $MODEL MODEL=`( cd $MODEL ; pwd )` # transformation en chemin absolu si necessaire # Le -fendian=big n'est à utiliser vraiment utile que pour ARPEGE1D. # Le -r8 doit sans doute être éviter si on veut tourner rapidement sur # des machines 32 bits. # L'option r8 n'est pas forcement indispensable et elle produit # des executables plus gros. # Elles est indispensable cependant pour ARPEGE1D # On doit pouvoir aussi utiliser des optimisations plus fortes (-O3 par # exemple). echo '################################################################' if [ "$check_linux" = 1 ] ; then echo Test sur les logiciels requis echo '################################################################' #### Ehouarn: test if ksh and/or bash are available use_shell="ksh" # default: use ksh if [ "`which ksh`" = "" ] ; then echo "pas de ksh ... on va utiliser bash" use_shell="bash" if [ "`which bash`" = "" ] ; then echo "Il faut d\'abord installer ksh (ou bash)" fi fi for logiciel in csh wget tar gzip make $compilo gcc ; do if [ "`which $logiciel`" = "" ] ; then echo Il faut installer d\'abord $logiciel exit fi done if [ $pclinux = 1 ] ; then cd $MODEL cat < tt.f90 print*,'coucou' end eod $compilo tt.f90 ./a.out >| tt if [ "`cat tt | sed -e 's/ //g' `" != "coucou" ] ; then echo probleme avec installation de $compilo ; exit ; fi \rm tt a.out tt.f90 fi fi ########################################################################### if [ $getlmdzor = 1 ] ; then echo '##########################################################' echo On recupere une version un peu modifiee de LMDZ echo '##########################################################' cd $MODEL wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/modipsl.$version.tar.gz gunzip modipsl.$version.tar.gz tar xvf modipsl.$version.tar \rm modipsl.$version.tar # On recupere en fait une version du 01 10 2006 obtenue # Par un cvs get # Puis modifiees pour etre compatible avec la compilation $compilo. # et pour betoner ORCHIDEE # Cette version est recuperable avec le script # wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/getlmdzor.x fi echo OK1 if [ $netcdf = 1 ] ; then echo '##########################################################' echo Compilation de netcdf echo '##########################################################' cd $MODEL wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/netcdf-4.0.1.tar.gz gunzip netcdf-4.0.1.tar.gz tar xvf netcdf-4.0.1.tar \rm -f netcdf-4.0.1.tar cd netcdf-4.0.1 OPTIMNC=$OPTIM if [ $compilo = g95 ] ; then # On modifie les options de compilation export FC=g95 export F90=g95 export F90FLAGS=" -cpp -ffree-form $OPTIMNC" export FFLAGS=" -cpp $OPTIMNC" export CPPFLAGS=-Df2cFortran export CC=gcc export CXX=g++ elif [ $compilo = gfortran ] ; then export FC=gfortran export F90=gfortran export F90FLAGS=" -ffree-form $OPTIMNC" export FFLAGS=" $OPTIMNC" export CPPFLAGS= export CC=gcc export CXX=g++ elif [ $compilo = pgf90 ] ; then export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran" export CC=pgcc export CFLAGS="-Msignextend" export CXX=pgCC export CXXFLAGS="-Msignextend" export FC=pgf90 export FFLAGS="$OPTIMNC" export F90=pgf90 export F90FLAGS="$OPTIMNC" elif [ $compilo = ifort ] ; then export CPP="icc -E" export F77=ifort export FFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large" export F90=ifort export FCFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large" export CC=icc export CFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large" export CXX=icpc export CXXFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large" else echo Le compilateur $compilo pas prevu ; exit fi ## end of if [ $netcdf = 1 ] cd src ### Correction d'un petit probleme de netcdf ##sed -e '83s/^$/\#define f2cFortran/' cfortran.h >| tmp ; \mv tmp cfortran.h # Compilation # Modif du 6 juillet 2009. Plantage quand on essaie de compiler netcdf avec # gcc plutôt que c++ ##sed -e 's/ c++/ gcc/g' configure >| tmp ; mv -f tmp configure ; chmod +x configure localdir=`pwd -P` ./configure --prefix=$localdir make check make install fi echo OK2 ioipsl=$ioipsl echo '##########################################################' echo Installation de MODIPSL, la procedure d\'installation des echo modeles de l\'IPSL echo '##########################################################' if [ $netcdf = 0 -o $netcdf = 1 ] ; then ncdfdir=$MODEL/netcdf-4.0.1 else ncdfdir=$netcdf fi if [ $ioipsl = 1 ] ; then cd $MODEL/modipsl \rm -r lib/* cd util if [ $compilo = pgf90 ] ; then fmod='module ' elif [ $compilo = g95 ] ; then fmod='fmod=' elif [ $compilo = ifort ] ; then fmod='module ' else # gfortran fmod='I ' fi cp AA_make.gdef AA_make.orig sed -e 's/^\#.*.g95.*.\#.*.$/\#/' AA_make.gdef > tmp sed -e "s:F_L = g95:F_L = $compilo:" -e "s:F_C = g95 -c:F_C = $compilo -c": \ -e 's/g95.*.w_w.*.(F_D)/g95 w_w = '"$OPTIMGCM"'/' \ -e 's:g95.*.NCDF_INC.*.$:g95 NCDF_INC= '"$ncdfdir"'/include:' \ -e 's:g95.*.NCDF_LIB.*.$:g95 NCDF_LIB= -L'"$ncdfdir"'/lib -lnetcdf:' \ -e "s:-fmod=:-$fmod:" -e 's/-fno-second-underscore//' \ -e 's:#-Q- g95 M_K = gmake:#-Q- g95 M_K = make:' \ tmp >| AA_make.gdef if [ "$use_shell" = "ksh" ] ; then if [ "$pclinux" = 1 ] ; then ./ins_make -t g95 # On utilise les lignes g95 meme pour les autres compilo fi else # bash sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g ins_make > ins_make.bash chmod u=rwx ins_make.bash if [ "$pclinux" = 1 ] ; then ./ins_make.bash -t g95 # On utilise les lignes g95 meme pour les autres compilo else ./ins_make.bash fi fi echo '##########################################################' echo Compilation de IOIPSL, bibliotheque d\'interface avec Netcd echo '##########################################################' cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/src if [ "$use_shell" = "bash" ] ; then cp Makefile Makefile.ksh sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g Makefile.ksh > Makefile fi if [ "$pclinux" = 1 ] ; then # Build IOIPSL modules and library make clean make if [ $compilo = gfortran ] ; then # copy module files to lib cp -f *.mod ../../../lib fi # Build IOIPSL tools (ie: "rebuild", if present) if [ -f $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools/rebuild ] ; then cd $MODEL/modipsl/modeles/IOIPSL/tools # adapt Makefile & rebuild script if in bash if [ "$use_shell" = "bash" ] ; then cp Makefile Makefile.ksh sed -e s:/bin/ksh:/bin/bash:g Makefile.ksh > Makefile cp rebuild rebuild.ksh sed -e 's:/bin/ksh:/bin/bash:g' \ -e 's:print -u2:echo:g' \ -e 's:print:echo:g' rebuild.ksh > rebuild fi make clean make fi else # we're on brodie sxgmake clean sxgmake fi if [ "$veget" = 1 ] ; then echo '########################################################' echo Compilation de ORCHIDEE, modele des surface continentales echo '########################################################' cd $MODEL/modipsl/modeles/ORCHIDEE cd src_parameters # Une petite astuce pour ORCHIDEE suivant qu'on est en real*4 ou real*8 \cp reqdprec.$real reqdprec.f90 make if [ $compilo = gfortran ] ; then # copy module files to lib cp -f *.mod ../../../lib fi cd ../src_stomate make if [ $compilo = gfortran ] ; then # copy module files to lib cp -f *.mod ../../../lib fi cd ../src_sechiba make if [ $compilo = gfortran ] ; then # copy module files to lib cp -f *.mod ../../../lib fi fi fi # Ehouarn: it may be directory LMDZ4 or LMDZ5 depending on tar file... if [[ -d $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ4 ]] ; then echo '##########################################################' echo 'Compilation de LMDZ4' echo '##########################################################' cd $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ4 else if [[ -d $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ5 ]] ; then echo '##########################################################' echo 'Compilation de LMDZ5' echo '##########################################################' cd $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ5 else echo "ERROR: No LMDZ4 (or LMDZ5) directory !!!" exit fi fi if [ "$pclinux" = 1 ] ; then if [ $compilo = gfortran ] ; then sed \ -e 's:\#setenv NCDFINC.*.$:setenv NCDFINC '"$ncdfdir"'/include:' \ -e 's:\#setenv NCDFLIB.*.$:setenv NCDFLIB '"$ncdfdir"'/lib:' \ -e 's:setenv NCDFINC.*.$:setenv NCDFINC '"$ncdfdir"'/include:' \ -e 's:setenv NCDFLIB.*.$:setenv NCDFLIB '"$ncdfdir"'/lib:' \ -e 's/set FC_LINUX.*.$/set FC_LINUX='$compilo'/' \ -e 's/g95/gfortran/g' \ -e 's/-fmod=/-I/g' \ -e 's/-fno-second-underscore//' -e 's/-fstatic//' \ -e 's/-lparallel//' \ -e 's/-lorglob//' \ -e 's/-ffixed-form//' -e 's/-ffree-form//' \ -e 's/set OPT_LINUX.*.$/set OPT_LINUX=\"'"$OPTIMGCM"\"'/' makegcm.orig >| makegcm elif [ $compilo = ifort ] ; then sed \ -e 's:\#setenv NCDFINC.*.$:setenv NCDFINC '"$ncdfdir"'/include:' \ -e 's:\#setenv NCDFLIB.*.$:setenv NCDFLIB '"$ncdfdir"'/lib:' \ -e 's:setenv NCDFINC.*.$:setenv NCDFINC '"$ncdfdir"'/include:' \ -e 's:setenv NCDFLIB.*.$:setenv NCDFLIB '"$ncdfdir"'/lib:' \ -e 's/set FC_LINUX.*.$/set FC_LINUX='$compilo'/' \ -e 's/g95/ifort/g' \ -e 's/-fmod=/-module /g' \ -e 's/-fno-second-underscore//' -e 's/-fstatic//' \ -e 's/-lparallel//' \ -e 's/-lorglob//' \ -e 's/-ffixed-form//' -e 's/-ffree-form//' \ -e 's/set OPT_LINUX.*.$/set OPT_LINUX=\"'"$OPTIMGCM"\"'/' makegcm.orig >| makegcm else # g95 or pgf90 sed \ -e 's:\#setenv NCDFINC.*.$:setenv NCDFINC '"$ncdfdir"'/include:' \ -e 's:\#setenv NCDFLIB.*.$:setenv NCDFLIB '"$ncdfdir"'/lib:' \ -e 's:setenv NCDFINC.*.$:setenv NCDFINC '"$ncdfdir"'/include:' \ -e 's:setenv NCDFLIB.*.$:setenv NCDFLIB '"$ncdfdir"'/lib:' \ -e 's/set FC_LINUX.*.$/set FC_LINUX='$compilo'/' \ -e 's/-fno-second-underscore//' -e 's/-fstatic//' \ -e 's/-lparallel//' \ -e 's/-lorglob//' \ -e 's/-ffixed-form//' -e 's/-ffree-form//' \ -e 's/set OPT_LINUX.*.$/set OPT_LINUX=\"'"$OPTIMGCM"\"'/' makegcm.orig >| makegcm fi else sed \ -e 's/-lparallel//' \ -e 's/-lorglob//' \ -e 's/-lsxorglob//' \ -e 's/-lsxparallel//' \ -e 's/-lsxioipsl/-lioipsl/g' \ makegcm.orig >| makegcm fi chmod +x makegcm ########################################################### # Pour ceux qui voudraient utiliser fcm et pouvoir faire : # makelmdz_fcm -arch local ..... ############################################################ if [ "$pclinux" = 1 ] ; then # creation de fichiers 'arch' locaux (si sur PC Linx): cd arch # fichier arch-local.path echo "NETCDF_LIBDIR=\"-L${ncdfdir}/lib -lnetcdf\"" > arch-local.path echo "NETCDF_INCDIR=-I${ncdfdir}/include" >> arch-local.path echo 'IOIPSL_INCDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path echo 'IOIPSL_LIBDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path echo 'ORCH_INCDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path echo 'ORCH_LIBDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path # fichier arch-local.fcm (adaptation de arch-linux-32bit.fcm) if [ $compilo = g95 ] ; then sed -e s:"%COMPILER pgf95":"%COMPILER g95":1 \ -e s:"%LINK pgf95":"%LINK g95":1 \ -e s:"%PROD_FFLAGS -fast":"%PROD_FFLAGS $OPTIM":1 \ -e s:"%BASE_FFLAGS ":"%BASE_FFLAGS $OPTPREC":1 \ arch-linux-32bit.fcm > arch-local.fcm if [ $real = r8 ] ; then sed -e s:"%FPP_DEF ":"%FPP_DEF NC_DOUBLE":1 \ arch-local.fcm > arch-local.fcm.new mv -f arch-local.fcm.new arch-local.fcm fi elif [ $compilo = gfortran ] ; then sed -e s:"%COMPILER pgf95":"%COMPILER gfortran":1 \ -e s:"%LINK pgf95":"%LINK gfortran":1 \ -e s:"%PROD_FFLAGS -fast":"%PROD_FFLAGS $OPTIM":1 \ -e s:"%BASE_FFLAGS ":"%BASE_FFLAGS $OPTPREC":1 \ arch-linux-32bit.fcm > arch-local.fcm if [ $real = r8 ] ; then sed -e s:"%FPP_DEF ":"%FPP_DEF NC_DOUBLE":1 \ arch-local.fcm > arch-local.fcm.new mv -f arch-local.fcm.new arch-local.fcm fi elif [ $compilo = pgf90 ] ; then sed -e s:"-Wl,-Bstatic -L/usr/lib/gcc-lib/i386-linux/2.95.2":" ":1 \ -e s:"%PROD_FFLAGS -fast":"%PROD_FFLAGS $OPTIM":1 \ -e s:"%BASE_FFLAGS ":"%BASE_FFLAGS $OPTPREC":1 \ arch-linux-32bit.fcm > arch-local.fcm if [ $real = r8 ] ; then sed -e s:"%FPP_DEF ":"%FPP_DEF NC_DOUBLE":1 \ arch-local.fcm > arch-local.fcm.new mv -f arch-local.fcm.new arch-local.fcm fi elif [ $compilo = ifort ] ; then sed -e s:"%COMPILER pgf95":"%COMPILER ifort":1 \ -e s:"%LINK pgf95":"%LINK ifort":1 \ -e s:"-Wl,-Bstatic -L/usr/lib/gcc-lib/i386-linux/2.95.2":" ":1 \ -e s:"%PROD_FFLAGS -fast":"%PROD_FFLAGS $OPTIM":1 \ -e s:"%BASE_FFLAGS ":"%BASE_FFLAGS $OPTPREC":1 \ -e s:"%DEBUG_FFLAGS -g -O0 -Kieee -Ktrap=fp -Mbounds":"%DEBUG_FFLAGS -g -no-ftz -traceback -ftrapuv -fp-stack-check -check":1 \ arch-linux-32bit.fcm > arch-local.fcm if [ $real = r8 ] ; then sed -e s:"%FPP_DEF ":"%FPP_DEF NC_DOUBLE":1 \ arch-local.fcm > arch-local.fcm.new mv -f arch-local.fcm.new arch-local.fcm fi else echo Le compilateur $compilo pas prevu ; exit fi # of if [ $compilo = g95 ] elif [ $compilo = pgf90 ] cd .. ### Adaptation de "bld.cfg" (ajout du shell): whereisthatshell=$(which ${use_shell}) echo "bld::tool::SHELL $whereisthatshell" >> bld.cfg ### Modification de makelmdz_fcm pour utilisation de ORCHIDEE dans cette bench: ### on enleve liborglob.a et libparallel.a cp makelmdz_fcm makelmdz_fcm.orig sed -e "s/-l\${LIBPREFIX}parallel//" \ sed -e "s/-l\${LIBPREFIX}orglob//" \ makelmdz_fcm.orig > makelmdz_fcm fi # of if [ "$pclinux" = 1 ] ################################################################## # Lance compilation de LMDZ ################################################################## ok_veget=false if [ "$veget" = 1 ] ; then ok_veget = true; fi if [ $compile_with_fcm = 1 ] ; then # Compilation avec makelmdz_fcm ./makelmdz_fcm -d ${grid_resolution} -arch local -v $ok_veget gcm else # Compilation avec makegcm: # 3 times! because some dependecies are not well resolved with makegcm ./makegcm -d ${grid_resolution} -v $ok_veget gcm ./makegcm -d ${grid_resolution} -v $ok_veget gcm ./makegcm -d ${grid_resolution} -v $ok_veget gcm fi if [ -f gcm.e ] || [ -f bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq_orch.e ] || [ -f bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq.e ] ; then echo '##########################################################' echo Compilation reussie echo '##########################################################' else echo Probleme de compilation exit fi ################################################################## # Ci dessous le lancement eventuel d'un cas test (si bench=0) ################################################################## if [ $bench = 0 ] ; then exit fi echo '##########################################################' echo Lancement d\'une simulation de test echo '##########################################################' \rm -r BENCH${grid_resolution} bench=bench_lmdz_${grid_resolution} wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/$bench.tar.gz gunzip $bench.tar.gz tar xvf $bench.tar if [ -f gcm.e ] ; then cp gcm.e BENCH${grid_resolution}/ elif [ -f bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq_orch.e ] ; then cp bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq_orch.e BENCH${grid_resolution}/gcm.e elif [ -f bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq.e ] ; then cp bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq.e BENCH${grid_resolution}/gcm.e else echo "No gcm.e found" exit fi if [ $hostname = brodie ] ; then echo POUR LANCER LE BENCH, IL FAUT SE LOGUER SUR BRODIE01 echo puis aller sur `pwd`/BENCH${grid_resolution} echo et lancer le gcm exit fi cd BENCH${grid_resolution} ./bench.sh > bench.out 2>&1 echo '##########################################################' echo ' Resultat du bench ' echo '##########################################################' cat ./bench.out echo '##########################################################' echo 'La simulation test est terminee sur' `pwd` echo 'vous pouvez la relancer : cd ' `pwd` ' ; gcm.e' echo 'ou ./bench.sh' echo '##########################################################'