source: BOL/LMDZ_Setup_amaury/lmdz_env.sh @ 4964

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(WIP) remove $GROUPE & prepare adastra env

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RevLine 
[4615]1
2##############################################################
3# Gestion des modules
4##############################################################
5
[4958]6if grep -q "Adastra" /etc/motd; then
7  hostname="adastra"
8else
9  hostname=$(hostname)
10fi
[4953]11echo "Setting up lmdz_env on $hostname"
[4615]12
[4955]13# Platform-specific
[4615]14case ${hostname:0:5} in
[4953]15  jean-)
16    ARCH="X64_JEANZAY"
17    module purge
18    compilo=19.0.4 # available 2013.0, 2017.2
19    module load intel-compilers/$compilo
20    #module load intel-mpi/$compilo
21    module load intel-mkl/$compilo
22    module load hdf5/1.10.5-mpi
23    module load netcdf/4.7.2-mpi
24    module load netcdf-fortran/4.5.2-mpi
25    module load subversion/1.9.7
26    #Pour module gcc, voir : https://trac.lmd.jussieu.fr/LMDZ/wiki/PortageJeanZay
27    #module load gcc/6.5.0
28    module load nco
29    module load cdo
30    # Imputation de la consommation sur le groupe (projet) actif par defaut,
31    #   idrproj indique le groupe (projet) actif par defaut
32    #   idrproj -d newproj   redefinit "newproj" en tant que  projet actif,
33    #        alors $STORE, $WORK etc vont designer les espaces de "newproj")
[4958]34    account=$(idrproj | grep active | awk '{ print $1}')
35    SUBMITCMD="sbatch -A $account@cpu "
[4955]36    RUNCMD="srun --label -n"
[4953]37    # Espaces suivants definis par defaut en fonction du groupe actif,
38    #  par exemple : SCRATCHD=$SCRATCH is /gpfsstore/rech/$groupe/$login
39                #    * On peut aussi ne pas installer les scripts a la racine de STORE,
[4615]40                #        mais dans STORED=$STORE/your_folder
[4956]41    SIMRUNBASEDIR="$SCRATCH/LMDZ_Setup"
[4953]42    LMDZD=$WORK
43    NB_MPI_MAX=2000
44    NB_OMP_MAX=20
45    #LMDZ_Init sur le $STORE du $groupe
[4955]46    LMDZ_INIT=$STORE/LMDZ_Init
[4958]47    ;;
48  adast)
49#    module purge
50#    module load PrgEnv-gnu
51#    module load cray-hdf5-parallel
52#    module load netcdf-hdf5parallel/gnu/10.3
[4955]53
[4958]54    account=$(/usr/sbin/my_project.py -l 2>&1 | head -1 | cut -d " " -f 3- | cut -c 5-)
55    root_dir="$WORKDIR/LMDZ_Setup";
56    ARCH="X64_ADASTRA-GNU"
57    SIMRUNBASEDIR="$SCRATCHDIR/"
58    LMDZD="$root_dir/LMDZD"
59    LMDZ_INIT="$root_dir/LMDZ_Init"
60    NB_MPI_MAX=2000
61    NB_OMP_MAX=20
62    RUNCMD="srun --label --account=$account -n"
63    SUBMITCMD="sbatch --account=$account"
[4955]64    ;;
[4956]65  *) echo "WARNING: RUNNING THIS SCRIPT ON A LOCAL COMPUTER IS DISCOURAGED (lacklusted cpus and memory)"
[4958]66    root_dir="/home/abarral/PycharmProjects/installLMDZ/LMDZ_Setup"; # Where LMDZ_Setup is extracted. Can't use $(pwd) since this script gets copied and ran from several locations
[4953]67    ARCH="local-gfortran-parallel"
[4956]68    SIMRUNBASEDIR="/tmp/SCRATCH/"  # Where the simulations will be executed ($SIMRUNBASEDIR/LMDZ_Setup/...)
[4958]69    LMDZD="$root_dir/LMDZD"  # Where the sources will be downloaded and compiled
70    LMDZ_INIT="$root_dir/LMDZ_Init"  # Where to store shared files used for initialisation
[4956]71    NB_MPI_MAX=2  # Max number of MPI cores
72    NB_OMP_MAX=1  # Max number of OMP threads
73    RUNCMD="mpirun -np" # command to run a job, as $runcmd <nprocs> <script>
74    SUBMITCMD="."  # command to sumbit a job, as $submitcmd <script>
75    ;;
[4958]76esac
77
78if [[ ! (-d $root_dir && -f $root_dir/lmdz_env.sh) ]]; then
79  echo "STOP: root_dir $root_dir not found, either you are running on an unsupported cluster, or you haven't edited lmdz_env.sh properly"; exit 1
80fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.