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era2gcm_tuto.sh @ 5156

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load env in era2gcm_tuto.sh fix jeanzay detection minor bugfix
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Rev	Line
[4615]	1	#!/bin/bash
	2
[5006]	3	. lmdz_env.sh
	4
[4615]	5	#-----------------------------------------------------------------------------
	6	#
	7	# Script for interpolating monthly ERA* files to the LMDZ grid;
[4993]	8	# it creates the folder structure required by the LMDZ_Setup scripts
[4615]	9	#
	10	# NB: for "cleanest" guiding, the 1st step of the next month should be added at the end of each month.
	11	# If you need such precision, you should use the scripts here - AND adjust "ERADIR" in script_SIMU !
	12	# wget http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/TOOLS/INTERP_NUDGE
	13	# documented on LMDZpedia (search for "Guidage" )
	14	#
	15	#-----------------------------------------------------------------------------
[4993]	16	# Requires : netcdf, ferret, nco, cdo
[4615]	17	#-----------------------------------------------------------------------------
[4993]	18	#@JZ module load netcdf/4.7.2-mpi-cuda ferret nco cdo
[4615]	19	#
	20	# Check&modify section "User choices", then run the script with ./era2gcm.sh
	21	#-----------------------------------------------------------------------------
	22	# ATTENTION : VERIFIEZ
[4993]	23	# --> l'accès (repositoire ou telechargement) a la réanalyse ERA souhaitée (variable ANA_DIR)
[4615]	24	# Contact pour demander acces aux fichiers sur Jean-Zay :
	25	# Sophie Bouffiès-Cloché, IPSL : Sophie.Bouffies-Cloche@ipsl.fr
	26
	27	# --> la disponibilite des fichiers pour la periode souhaitee (variables file*)
	28	#-----------------------------------------------------------------------------
	29
	30	#------------------------------------------------
	31	# User choices
	32	#------------------------------------------------
	33	# Periode :
[4749]	34	mth_i=202201
	35	mth_f=202201
[4615]	36	#
	37	# Guidage en vent(u&v) et/ou temperature, humidite
[4993]	38	guide_uv="y"
	39	guide_t="n"
	40	guide_q="n"
[4615]	41	#
	42	# Choix des fichiers de guidage ("rea"nalyses) : ERA5, ERAI, OPERA
[4993]	43	rea="ERA5"
[4615]	44	#------------------------------------------------
	45
[4993]	46	#@JZ ERA5_PATH="/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/ERA5/"
	47	#@JZ ERAI_PATH="/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/ERAI/"
[5006]	48	#@ADS ERA5_PATH="/lus/work/CT1/cad15221/abarral/ERA_TMP/" # /!\ temp for test only !
	49	#@ADS ERAI_PATH="" # /!\ temp for tests only!
	50	#@ADS echo "/!\ Nudging files are not available on Adastra for now !"; exit 1 # comment this line for tests
[4993]	51	#@ADS SCRATCH=$SCRATCHDIR
	52
	53	set -u # raise error if path if unset on machine
	54	echo "Paths: $ERA5_PATH $ERAI_PATH $SCRATCH"
	55	set +u
	56
[4615]	57	GRID_DIR=./INIT
[4751]	58
[4615]	59	#-----------------------------------------------------------------------------
	60	#Utilite du block suivant a re-examiner :
	61	#-----------------------------------------------------------------------------
	62	#L'utilisateur a maintenant des choix a faire en plus de mth* : type de guidage, et "rea"
	63	# Alors c'est plus facile d'editer&modifier le script, puis lancer avec ./era2gcm.sh, que de donner tous les params
[4993]	64	# TODO check w/ Adriana if we can remove those and put them as inline args (above)
[4615]	65	while (($# > 0))
	66	do
	67	case $1 in
	68	"-h") cat <<........fin
	69	./era2gcm.sh [-mthini initial_month] [-mthend final_month] [-grid_dir directory_containing_grille_gcm.nc]
	70	........fin
	71	exit ;;
	72	"-grille_dir") GRID_DIR=$2 ; shift ; shift ;;
	73	"-mthini") mth_i=$2 ; shift ; shift ;;
	74	"-mthend") mth_f=$2 ; shift ; shift ;;
[4993]	75	*) $0 -h ; exit 1
[4615]	76	esac
	77	done
[4993]	78	#--Fin du bloc a examiner --------------------------------------------
[4615]	79
	80	tmin=1
	81	resol=grilles_gcm.nc
	82
	83	GRID_FI=${GRID_DIR}/${resol}
	84	if [ ! -f "$GRID_FI" ] ; then
[4993]	85	echo "Le fichier $GRID_DIR/$resol est nécessaire; créer le fichier $GRID_FI avec grilles_gcm_netcdf.e"
	86	exit 1
[4615]	87	fi
	88	mth=$mth_i
	89
	90
	91	#####################################################################
[4993]	92	while (( mth <= mth_f )) ; do
[4615]	93	#####################################################################
[4993]	94	echo "mth $mth"
	95	mois=$(echo "$mth" \| cut -c 5-)
	96	an=$(echo "$mth" \| cut -c -4)
[4615]	97	ndays=( 31 28 31 30 31 30 31 31 30 31 30 31 )
	98	months=( jan feb mar apr may jun jul aug sep oct nov dec )
[4993]	99	if [ $(( an % 4 )) = 0 ] ; then ndays[1]=29 ; fi
[4615]	100	imois=$(( ${mois#0} - 1 ))
	101	month=${months[$imois]}
	102	nday=${ndays[$imois]}
[4993]	103	tmax=$(( nday * 4 ))
	104	echo "PARAMETRES CALENDAIRES $imois $month $nday $tmax"
[4615]	105
	106
[4993]	107	iip1=$(ncdump -h "$GRID_FI" \| grep lonu \| head -1 \| awk ' { print $3 } ')
	108	jjm=$(ncdump -h "$GRID_FI" \| grep latv \| head -1 \| awk ' { print $3 } ')
	109	(( jjp1 = jjm + 1 ))
[4615]	110	# \rm t2.nc ua.nc va.nc sst.nc u.nc v.nc T.nc ts.nc
	111
	112	#####################################################################
	113	# Choix de la periode temporelle
	114	#####################################################################
	115
	116	t0="l=$tmin"
	117	t1tn="l=${tmin}:${tmax}"
	118
	119	#####################################################################
	120	# Lien avec les fichiers netcdf contenant les d0 ECMWF
	121	#####################################################################
[4993]	122	echo "-------- liens de telechargement a actualiser ----"
[4615]	123	if [ "$rea" = "ERA5" ] ; then
[4993]	124	if [[ $an -ge 2022 ]] ; then
	125	ANA_DIR="$ERA5_PATH/NETCDF/GLOBAL_025/hourly"
[4749]	126	suf="ap1e5.GLOBAL_025"
	127	else
[4993]	128	ANA_DIR="$ERA5_PATH/NETCDF/GLOBAL_025/4xdaily"
[4748]	129	suf="aphe5.GLOBAL_025"
	130	fi
[4615]	131	elif [ "$rea" = "ERAI" ] ; then
[4993]	132	ANA_DIR="$ERAI_PATH/NETCDF/GLOBAL_1125/4xdaily"
[4748]	133	suf="aphei.GLOBAL_1125"
[4615]	134	fi
	135
	136	varu=u
	137	varv=v
	138	vart=ta # peut etre parfois juste "t"
	139	varq=q
	140	if [ "$rea" = "ERA5" ] ; then varq=r ; fi
	141	#varp=msl
	142
	143	if [ "$rea" = "ERAI" ] ; then
	144	# variables en format "short" doivent etre transformees en "float" via NCO
	145	# This is done here with ncap2 ; also possible: "ncpdq --overwrite --unpack fin.nc fout.nc"
[4748]	146	fushort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
	147	fvshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
	148	ftshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
[4749]	149	fqshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
[4748]	150	fileu="$SCRATCH/u.$an$mois.$suf.nc"
	151	filev="$SCRATCH/v.$an$mois.$suf.nc"
	152	filet="$SCRATCH/ta.$an$mois.$suf.nc"
[4749]	153	fileq="$SCRATCH/r.$an$mois.$suf.nc"
	154	if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then
	155	ncap2 -s 'u=float(u)' $fushort $fileu
	156	ncap2 -s 'v=float(v)' $fvshort $filev
	157	fi
	158	if [ "$guide_t" = "y" ] ; then ncap2 -s 'ta=float(ta)' $ftshort $filet ; fi
	159	if [ "$guide_q" = "y" ] ; then ncap2 -s 'q=float(q)' $fqshort $fileq ; fi
[4748]	160	elif [ "$rea" = "ERA5" -a $an -ge 2022 ] ; then
[4749]	161	echo Extract 0,6,12,18 hours from ERA5 hourly files
[4748]	162	fu1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
	163	fv1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
	164	ft1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
	165	fq1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
	166	fileu="$SCRATCH/u.$an$mois.$suf.nc"
	167	filev="$SCRATCH/v.$an$mois.$suf.nc"
	168	filet="$SCRATCH/ta.$an$mois.$suf.nc"
	169	fileq="$SCRATCH/r.$an$mois.$suf.nc"
[4749]	170	if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then
	171	cdo selhour,0,6,12,18 $fu1h $fileu
	172	cdo selhour,0,6,12,18 $fv1h $filev
	173	fi
	174	if [ "$guide_t" = "y" ] ; then cdo selhour,0,6,12,18 $ft1h $filet ; fi
	175	if [ "$guide_q" = "y" ] ; then cdo selhour,0,6,12,18 $fq1h $fileq ; fi
[4748]	176	else
	177	fileu="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
	178	filev="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
	179	filet="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
	180	fileq="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
[4615]	181	fi
	182
	183	# verifier disponibilite des fichiers
	184	if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then ls $fileu ; ls $filev ; fi
	185	if [ "$guide_t" = "y" ] ; then ls $filet ; fi
	186	if [ "$guide_q" = "y" ] ; then ls $fileq ; fi
	187
	188	outd=GUIDE_${rea}/$an/$mois
	189	mkdir -p $outd
	190
	191	# effacer lien vers repertoire des vents ERA interpoles (utilise dans script_SIMU) s'il existe deja
	192	# recreer lien vers le repertoire "rea" choisi
	193	# NB : si GUIDE existe en tant que repertoire, non pas comme lien, il n'est pas affecte
	194	rm -f GUIDE
	195	ln -s GUIDE_${rea} GUIDE
	196
	197	ij="i=1:$iip1,j=1:$jjp1"
	198	ijm="i=1:$iip1,j=1:$jjm"
	199
	200	###################################################################3
	201	# scripts ferret pour interpolation
	202	###################################################################3
	203
	204	# --- guide uv ---
	205
	206	if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then
	207
[4993]	208
	209	cat << eod >\| tmp_uv.jnl
[4615]	210	! NB : Augmenter la memoire (plus de 512) peut faire planter
	211	set memory/size=512
	212
	213	use "$GRID_FI"
	214	use "$fileu"
	215	use "$filev"
	216
	217	define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
	218	! Pour regrid horizontal on utilise la variable grille_s(lonv,latu) du fichier grilles_gcm.nc
	219
	220
	221	!! ATTENTION : pour ecrire le fichier en simple, non pas double precision :
	222	!! on utilise directement $varu = "float" dans le fichier d'origine (non pas une variable definie avec "let" dans ferret)
	223	!! Alors il faut renommer la variable à la fin (ncrename), car le code cherche "UWND", "VWND".
	224	save/clobber/file="$outd/u.nc" $varu[d=2,gxy=grille_u[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
	225	repeat/$t1tn save/file="$outd/u.nc"/append $varu[d=2,gxy=grille_u[d=1],$ij,gt=thour@asn]
	226	save/clobber/file="$outd/v.nc" $varv[d=3,gxy=grille_v[d=1],$ijm,$t0,gt=thour@asn]
	227	repeat/$t1tn save/file="$outd/v.nc"/append $varv[d=3,gxy=grille_v[d=1],$ijm,gt=thour@asn]
	228
	229	eod
	230
	231	ferret -nojnl <<eod
	232	go tmp_uv.jnl
	233	quit
	234	eod
	235	#Ferret a ecrit $varu en majuscules, l'equivalent en bash est ${varu^^}
	236	# (Note : inversement, ${varu,,} passe $varu de majuscules en minuscules)
	237	ncrename -v ${varu^^},UWND $outd/u.nc
	238	ncrename -v ${varv^^},VWND $outd/v.nc
	239
	240	fi # ------- fin guide_uv --------
	241
	242	# --- guide_t ---
	243
	244	if [ "$guide_t" = "y" ] ; then
	245
[5006]	246	cat << eod >\| tmp_t.jnl
[4615]	247	set memory/size=512
	248
	249	use "$GRID_FI"
	250	use "$filet"
	251
	252	define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
	253
	254	save/clobber/file="$outd/T.nc" $vart[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
	255	repeat/$t1tn save/file="$outd/T.nc"/append $vart[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,gt=thour@asn]
	256	eod
	257
	258	ferret -nojnl <<eod
	259	go tmp_t.jnl
	260	quit
	261	eod
	262	ncrename -v ${vart^^},AIR $outd/T.nc
	263
	264	fi # ------- fin guide_t --------
	265
	266	# --- guide_q ---
	267
	268	if [ "$guide_q" = "y" ] ; then
	269
[5006]	270	cat << eod >\| tmp_q.jnl
[4615]	271	set memory/size=512
	272
	273	use "$GRID_FI"
	274	use "$fileq"
	275
	276	define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
	277
	278	save/clobber/file="$outd/hur.nc" $varq[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
	279	repeat/$t1tn save/file="$outd/hur.nc"/append $varq[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,gt=thour@asn]
	280	eod
	281
[5006]	282	ferret -nojnl << eod
[4615]	283	go tmp_q.jnl
	284	quit
	285	eod
	286	ncrename -v ${varq^^},RH $outd/hur.nc
	287
	288	fi # ------- fin guide_q --------
	289
	290
	291	echo AN MTH $an $mois
	292	(( mth = $mth + 1 ))
	293	if [ $mois = 12 ] ; then
	294	(( an = $an + 1 ))
	295	mth=${an}01
	296	fi
	297
	298	done

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

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source: BOL/LMDZ_Setup_amaury/era2gcm_tuto.sh @ 5156

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