source: BOL/LMDZ_Setup/setup.sh @ 5542

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1#!/bin/bash
2# This script sets up and launches a (series of) simulation(s).
3# RECOMMENDATION: use main.sh to drive it (do not run it directly)
4
5set -eu
6
7#---------------------------------------------------------------------------
8function define_expert_options() { # Expert-level choices
9#---------------------------------------------------------------------------
10
11  # optim: either "" or "-debug" to compile in debug mode
12  #       (slower but better diagnosis of segfaults)
13  optim=""
14
15  # "n" or "y". If testmode="y", then simulations run for a single day
16  # per period.
17  # NOTE: you must set mthend accordingly !
18  testmode="n"
19
20  # Radiative code: "oldrad" / "rrtm" / "ecrad"
21  rad="rrtm"
22
23  #   !!! STRONG recommendation : experiments with DIFFERENT Orchidee or
24  #   aerosol options should be performed in DIFFERENT LMDZ_Setup folders
25  #   !!! (especially as they may need different initial files)
26
27  # AEROSOLS : "n" (=no)/"clim" (=average 1995-2014) / "spla" (interactive)
28  # (WARNING : if you first run the scripts with aerosols=n, then you want
29  # to change to =clim, you must remove the INIT and LIMIT folders and
30  # rerun main.sh with init=1 in order to create aerosol files
31
32  aerosols="clim"
33
34  # SURFACE/VEGETATION SCHEME
35  # - "none" : bucket scheme
36  #   CMIP6 : orchidee CMIP6 version
37  #   7983/7994 : orchidee svn release 7983 (orch2.2) and 7994 (last tested)
38  #   If you need other orch versions, and also require XIOS, you'll need
39  #                    to create the appropriate files in DEF/XMLfilesOR...
40  veget="CMIP6"
41
42  # New snow scheme INLANDSIS! "y" / "n"
43  # Activates INLANDSIS compilation
44  #  to be done : treatment of specific restart and def file
45  inlandsis="n"
46
47  # netcdf: 0 (use existing library) / 1 (recompile netcdf, slow)
48  netcdf=0
49
50  # --->>> ALSO PAY ATTENTION TO OUTPUT files, frequency, level ------------
51  #   With IOIPSL : Choose your config.def among versions available in DEF,
52  #     copy it as config.def (the copy is done automatically for "iso"),
53  #     edit it and set up output files, frequencies and levels.
54  #     NB : For aerosols=spla, output level minimum 4 is required to outpu
55  #     the specific variables.
56  #     For aerosols=n, aerosol flags will automatically be set to "n".
57  #   With XIOS : adjust DEF/XMLfiles*/file*xml
58
59  save_pub=0
60
61}
62
63
64#---------------------------------------------------------------------------
65function enable_platform() {  # Sed platform-specific headers
66#---------------------------------------------------------------------------
67  local file="$1"
68  local platform
69
70  case ${hostname:0:5} in
71    jean-) platform="JZ";;
72    spiri) platform="SP";;
73    adast) platform="ADS";;
74    *) echo "Warning: $hostname is not a known job platform (ignore if running locally)"; return 0;;
75  esac
76
77  sed -i'' -e "s/^#@$platform//" "$file"
78}
79
80#---------------------------------------------------------------------------
81function load_install_lib() { #Fetch and source install_lmdz.sh to get myget
82#---------------------------------------------------------------------------
83  if [[ ! -f "install_lmdz.sh" ]]; then
84    wget --no-cache "http://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ/BOL/script_install/install_lmdz.sh"
85  fi
86  # shellcheck disable=SC1090
87  source <(sed 's/function \(.*\) {/function installlmdz_\1 {/g' install_lmdz.sh)  # source with a namespace for functions
88  function myget { installlmdz_myget "$@"; }
89}
90
91#---------------------------------------------------------------------------
92function set_default_params() { # Default value of script parameters
93#---------------------------------------------------------------------------
94
95  SIM=$(basename "$local_d")CTL  # name
96  phylmd="lmd" #option -p $phylmd for makelmdz
97
98  cosp="n"  # COSP
99  xios="n"  #XIOS
100
101  # Nudging :
102  ok_guide="n"
103  # With nudging, use real calendar (climato=0) and monthly integrations
104  climato=1
105  freq="mo"  # frequence mensuelle mo ou annuelle yr
106
107  # NB : the run stops in the BEGINNING of mthend (test "next=stopsim")
108  mthini=200001
109  mthend=200501
110  resol="144x142x79"
111
112  version="20230412.trunk"
113  svn=""
114
115  init=1
116
117  LIMIT="LIMIT"
118
119}
120
121#---------------------------------------------------------------------------
122function read_cmdline_args() {
123#---------------------------------------------------------------------------
124  while (($# > 0)); do
125    case $1 in
126      "-h") cat <<........fin
127       setup.sh can be launched/driven by main.sh
128             setup.sh [-v version] [-r svn_release] [-init INIT] [-d 96x95x79] [-f mo] [-nudging]
129             -v "version" like 20150828.trunk; see https://lmdz.lmd.jussieu.fr/Distrib/LISMOI.trunk (default <$version>)
130             -r "svn_release"        either the svn release number or "last" (default <$svn>)
131             -d IMxJMxLM             to run in resolution IM x JM x LM (default <$resol>)
132             -install                pour installer et compiler le modele
133             -f mo/yr                pour tourner en mensuel ou annuel (default <$freq>)
134             -rad RAD                Radiation
135             -netcdf  0/1/DIR        Netcdf installation
136             -aerosols n/clim/spla   Aerosols : none / climatological / interactive with SPLA
137             -veget CMIP6            CMIP6 version of rchidee
138                    7983             orch2.2
139                    7994             trunk
140             "INIT"                  1: creates INIT and LIMIT
141                                     0: reads from INIT and LIMIT
142                                     SIMU: reads from preexisting simulation SIMU and LIMIT (default <$init>)
143             -nudging                to run with nudging. Nudging files must be created independently
144             -p                      the physics to use (default <$phylmd>)
145             -save_pub               To files downlaoded with wget (default <$SIM>)
146             -name                   install folder name (default <$SIM>)
147             Other options available (see "options" section in the script)
148........fin
149        exit;;
150      "-v") version="$2"; shift 2;;
151      "-r") svn=$2; shift 2;;
152      "-d") resol=$2; shift 2;;
153      "-f") freq=$2; shift 2;;
154      "-p") phylmd=$2; shift 2;;
155      "-name") SIM=$2; shift 2;;
156      "-save_pub") save_pub=$2 ; shift 2 ;;
157      "-rad") rad=$2; shift 2;;
158      "-netcdf") netcdf=$2; shift 2;;
159      "-aerosols") aerosols=$2; shift 2;;
160      "-veget") veget=$2; shift 2;;
161      "-cosp") cosp=y; shift;;
162      "-xios") xios=y; shift;;
163      "-init") init=$2; shift 2;;
164      "-nudging") ok_guide=y; shift;;
165      "-climato") climato=$2; shift 2;;
166      "-mthini") mthini=$2; shift 2;;
167      "-mthend") mthend=$2; shift 2;;
168      *) echo "unexpected $1"; $0 -h; exit
169    esac
170  done
171
172  # Initialisation
173  if [[ $init = 1 || $init = 0 ]]; then
174    INIT="INIT"
175  else
176    INIT=$init
177  fi
178
179  case $rad in
180    oldrad) iflag_rrtm=0; NSW=2;;
181    rrtm)   iflag_rrtm=1; NSW=6;;
182    ecrad)  iflag_rrtm=2; NSW=6;;
183  esac
184
185  im=$(echo "$resol" | cut -dx -f1)
186  jm=$(echo "$resol" | cut -dx -f2)
187  lm=$(echo "$resol" | cut -dx -f3)
188
189  case $save_pub in
190     0) save_pub_opt=0 ;;
191     1) save_pub_opt="-save_pub" ;;
192     *) save_pub_opt="-save_pub -save_pub_dir $save_pub"
193          mkdir -p $save_pub
194          if [ $? != 0 ] ; then echo Cannot create directory $save_pub
195                           exit 1 ; fi
196  esac
197
198  yearini=$(echo "$mthini" | cut -c-4)
199  if [[ $freq = yr ]]; then stopsim=$(echo "$mthend" | cut -c-4); else stopsim=$mthend; fi
200
201  if [[ -d $SIM ]]; then
202     echo "La simulation $SIM existe deja. Il est conseillé d'arrêter et de vérifier."
203     echo "Si vous êtes sûr de vous, vous pouvez la prolonger. Voulez vous la prolonger ? (y/n)"
204     read -r ans
205     if [[ $ans != y ]]; then exit 1; fi
206  fi
207
208  ######################################################################
209  # Choix du nombre de processeurs
210  # NOTES :
211  # omp=8 by default (for Jean-Zay must be a divisor of 40 procs/node)
212  # omp=1 : required for SPLA (omp parallelism not ready)
213  # omp=2 for veget=CMIP6+XIOS beacause of a bug in ORCHIDEE/src_xml/xios_orchidee.f90
214  ######################################################################
215  (( mpi = ( jm + 1 ) / 2 ))
216  omp=8
217  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then omp=1; fi
218  if [[ $veget = "CMIP6" && $xios = "y" ]]; then omp=2; fi
219  if [[ $mpi -gt $NB_MPI_MAX ]]; then mpi=$NB_MPI_MAX; fi
220  if [[ $omp -gt $NB_OMP_MAX ]]; then omp=$NB_OMP_MAX; fi
221
222  # Compute how many mpi per node (required e.g. for Adastra)
223  mpi_per_node=0
224  if [[ $NB_CORE_PER_NODE_MAX -gt 0 ]]; then
225    local N_omp_mt=1
226    if [[ $omp -gt 1 ]]; then (( N_omp_mt = omp / N_HYPERTHREADING )); fi  # take into account hyperthreading
227    (( mpi_per_node = NB_CORE_PER_NODE_MAX / N_omp_mt ))
228    if [[ mpi_per_node -gt mpi ]]; then mpi_per_node=$mpi; fi
229  fi
230
231  echo "Total MPI=$mpi (PER NODE=$mpi_per_node), OMP=$omp"
232}
233
234#---------------------------------------------------------------------------
235function ensure_correct_option_combinations() {
236  # AVOID COMBINATIONS OF OPTIONS THAT DON'T WORK in user choices
237#---------------------------------------------------------------------------
238  if [[ $ok_guide = y && $climato = 1 ]]; then
239     echo "STOP: Running nudged simulations with climatological SSTs is not planned. Change <climato> to <0> or modify the setup (experts)"; exit 1
240  fi
241
242  if [[ $climato = 0 && $freq = "yr" ]]; then
243     echo "STOP: Running simulations with interannual SSTs is possible only month by month and a true calendar."
244     echo "Change <climato> to <1> or <freq> to <mo> or modify setup.sh (experts)"; exit 1
245  fi
246
247
248  # (Temporary) Constraints for aerosols=spla :
249  # --> resolution 128x88x79 and rad=rrtm
250  if [[ $aerosols = "spla" && ( ${im}x${jm} != "128x88" || $freq != mo ) ]]; then
251    echo 'STOP: For now, <aerosols=spla> requires <resol=128x88x79>,'
252    echo 'and uses the zoomed grid from gcm.def_zNAfrica_BiJe,'
253    echo 'for which forcing & initial files are available'
254    echo "Right now resol=<$resol>"
255    echo 'Should be run in monthly mode'
256    exit 1
257  fi
258
259  if [[ $rad = "ecrad" && $phylmd != "lmd" ]]; then
260    echo "<rad=ecrad> is only supported for <phy=phylmd> here"  # (Amaury) I added this check because we fetch ecrad data from libf/phylmd/ecrad/data only.
261  fi
262}
263
264#---------------------------------------------------------------------------
265function install_model() {
266#---------------------------------------------------------------------------
267  mkdir -p "$LMDZD"
268
269  local ins_xios ins_cosp ins_aero ins_inlandsis
270  if [[ $xios = "y" ]]; then ins_xios="-xios"; else ins_xios=""; fi
271  if [[ $cosp = "y" ]]; then ins_cosp="-cosp v1"; else ins_cosp=""; fi
272  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then ins_aero="-spla"; else ins_aero=""; fi
273  if [[ $inlandsis = "y" ]]; then ins_inlandsis="-inlandsis"; else ins_inlandsis=""; fi
274  if [[ -n $svn ]]; then svnopt="-r $svn"; else svnopt=""; fi
275
276  if [[ $PARALLEL == 0 ]] ; then parallel= ; parsuf=seq ; else parallel="-parallel mpi_omp" ; parsuf= ; fi
277  version_name=LMDZ$(echo "$version" | sed -e 's/-v//g' -e 's/-unstable//' -e 's/-r/r/' -e 's/ //g')
278  LMDZname="${version_name}${svn}OR$veget${ins_xios}${parsuf}$( echo $optim | sed -e 's/[\ -]//g' )"
279  MODEL="$LMDZD/$LMDZname/modipsl/modeles/LMDZ"
280
281  if [[ -d $MODEL ]]; then echo "Found existing install at MODEL=$MODEL"; fi
282  echo "Installing model"
283  cd "$LMDZD"
284  cp "$local_d/install_lmdz.sh" .
285  chmod +x install_lmdz.sh
286  local make_j=8
287  # We launch using $MPICMD, except if it's using mpirun (no srun equivalent for bash script) => if supported, the compilation runs in a cluster job
288  jobcmd="\"$RUNBASHCMD $make_j\""
289  if [[ ${hostname:0:5} = "jean-" ]]; then jobcmd="\"$RUNBASHCMD $make_j --partition=compil\""; fi  # On JeanZay: compile on the <compil> partition
290  if [[ $(echo "$RUNBASHCMD" | cut -c -4) = "bash" ]]; then
291     jobcmd="bash"
292  fi
293  echo "./install_lmdz.sh -noclean $optim -v $version $svnopt -d $resol -rad $rad -bench compile_only $parallel $ins_cosp $ins_xios $ins_aero $ins_inlandsis -name $LMDZname -veget $veget -netcdf $netcdf -arch $ARCH -make_j $make_j -jobcmd $jobcmd" $save_pub_opt >> install_lmdz_options.$$.sh
294  chmod +x install_lmdz_options.$$.sh
295  echo "Running install_lmdz_options.$$.sh"
296  set -o pipefail
297    ./install_lmdz_options.$$.sh
298    #gcm=$MODEL/$(./install_lmdz_options.$$.sh | tee /dev/tty | tail -n 1 | sed -n "s:.* executable is \(.*\.e\).*:\1:p")
299    gcm=$MODEL/bin/gcm.e
300  set +o pipefail
301  mv install_lmdz.sh install_lmdz.$$.sh
302  cd "$local_d"
303}
304
305#---------------------------------------------------------------------------
306function setup_def() {  # modify various .def in ./DEF (+ xios xml )
307#---------------------------------------------------------------------------
308  cd "$local_d"
309
310  # Utilisation des .def_iso pour LMDZ-ISOtopes
311  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then
312    for file_iso in $(ls DEF | grep _iso); do
313      cp DEF/"$file_iso" DEF/"${file_iso%%_iso}"
314    done
315  fi
316
317  ######################################################################
318  # Choix de la grille verticale
319  ######################################################################
320  if [ ! -f "DEF/L$lm.def" ]; then
321    echo "STOP: Résolution verticale non prévue - créer un fichier DEF/L$lm.def"; exit 1
322  else
323    sed -i'' -e "s/INCLUDEDEF=L.*.def/INCLUDEDEF=L$lm.def/" DEF/run.def
324  fi
325
326  ######################################################################
327  # Changements dans les fichiers DEF/*def
328  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local_d/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
329  ######################################################################
330
331  # Choix du fichier tracer.def coherent avec l'option "aerosols"
332  #  NOTE : Le nouveau tracer.def_nospla par defaut n'inclut pas Rn-Pb;
333  #  si on les veut, il faut utiliser ci-dessous; a la place, tracer_RN_PB.def
334  #---------------------------------------------------------------------
335  # NB : Les traceurs absents de start* files sont initialises=0 dans le code
336  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
337    # nouveau tracer.def (remplace "traceur.def")
338    cp DEF/tracer.def_spla DEF/tracer.def
339  elif [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then
340    # déjà copié si 'y'
341    cp DEF/tracer.def_nospla DEF/tracer.def
342  fi
343
344  # TEMPORAIREMENT pour spla on force l'utilisation de gcm.def_zNAfrica_BiJe (avec resolution 128x88x79)
345  #----------------------------------------------------------------------
346  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
347      cp DEF/gcm.def_zNAfrica_BiJe DEF/gcm.def; fi
348
349  # Inscription du choix ok_guide dans DEF/guide.def
350  #---------------------------------------------------------------------
351  sed -i'' -e 's/ok_guide=.*.$/ok_guide='$ok_guide'/' DEF/guide.def
352
353  # Inscription du type de calendrier (qui est fonction de $climato) dans DEF/run.def
354  #---------------------------------------------------------------------
355  # NB Contrairement a ce qui est ecrit dans les fichiers run.def standard,
356  # dans ce tutorial le choix earth_365d n'est pas disponible, et earth_366d s'appelle gregorian
357  if [[ $climato = 0 ]]; then calend="gregorian"; else calend="earth_360d"; fi
358  sed -i'' -e 's/calend=.*.$/calend='$calend'/' DEF/run.def
359
360  # Changements dans config.def (pre-choisi, et regle pour output si utilisation avec IOIPSL)
361  #   cf options veget, aerosols, cosp, xios
362  #---------------------------------------------------------------------
363  if [[ $veget = "none" ]]; then  VEGET="n"; else VEGET="y"; fi
364  sed -i'' -e 's/VEGET=.*.$/VEGET='$VEGET'/' DEF/config.def
365
366  ok_cdnc=y ; ok_ade=y ; ok_aie=y ; ok_alw=y
367  case $aerosols in
368    clim) flag_aerosol=6 ;;
369    spla) flag_aerosol=1 ;;
370    n)    flag_aerosol=0 ; ok_cdnc=n ; ok_ade=n ; ok_aie=n ; ok_alw=n ;;
371    *)    echo Option aerosols=$aerosols not available ; exit 1
372  esac
373  sed -i'' -e 's/^ok_cdnc=.*.$/ok_cdnc='$ok_cdnc'/' \
374           -e 's/^ok_ade=.*.$/ok_ade='$ok_ade'/' \
375           -e 's/^ok_aie=.*.$/ok_aie='$ok_aie'/' \
376           -e 's/^ok_alw=.*.$/ok_alw='$ok_alw'/' \
377           -e 's/^flag_aerosol=.*.$/flag_aerosol='$flag_aerosol'/' DEF/config.def
378  pwd
379
380  # COSP : ok_cosp desactive COSP si on a compile avec; il ne l'active pas si on a compile sans
381  sed -i'' -e 's/ok_cosp.*.$/ok_cosp='$cosp'/' DEF/config.def
382  if [[ $cosp = "y" ]]; then \cp -f "$MODEL"/DefLists/cosp*.txt "$local_d"/DEF/; fi
383
384  # Sorties LMDZ en fonction de l'option "xios"
385  sed -i'' -e 's/ok_all_xml=.*.$/ok_all_xml='$xios'/' DEF/config.def
386
387  # Ajuster physiq.def en fonction de radiative code (default: values for rad=rrtm)
388  #   Pour isotopes=y , mettre iflag_ice_thermo=0 au lieu de 1
389  #---------------------------------------------------------------------
390  sed -i'' -e "s/iflag_rrtm=.*.$/iflag_rrtm=$iflag_rrtm/" -e "s/NSW=.*.$/NSW=$NSW/" DEF/physiq.def
391  sed -i"" -e "s:directory_name.*$:directory_name=\"$MODEL/libf/phylmd/ecrad/data\",:" DEF/namelist_ecrad
392
393  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then iflag_ice_thermo=0; else iflag_ice_thermo=1; fi
394  sed -i -e 's/iflag_ice_thermo=.*.$/iflag_ice_thermo='$iflag_ice_thermo'/' DEF/physiq.def
395
396  # Choix de orchidee.def en fonction de orchidee_rev; modification pour xios
397  #  NOTE separate orchidee_pft.def file for ORCHIDEE trunk post-CMIP6
398  #---------------------------------------------------------------------
399  orchidee_def=orchidee.def_6.1
400  orchidee_pft_def=""
401  if [[ $veget = "7983" ]]; then
402    orchidee_def=orchidee.def_6.2work
403  elif [[ $veget = "7994" ]]; then
404    orchidee_def=orchidee.def_6.4work
405    orchidee_pft_def=orchidee_pft.def_6.4work
406    if ! grep "INCLUDEDEF=orchidee_pft.def" DEF/run.def; then
407      sed -i'' -e 's/INCLUDEDEF=orchidee.def/INCLUDEDEF=orchidee.def\nINCLUDEDEF=orchidee_pft.def/' DEF/run.def; fi
408  fi
409  cp -f DEF/$orchidee_def DEF/orchidee.def
410  if [[ $orchidee_pft_def != "" ]]; then cp -f DEF/$orchidee_pft_def DEF/orchidee_pft.def; fi
411
412  # Only for veget=CMIP6 it is still possible to use IOIPSL; newer versions of orchidee.def have XIOS_ORCHIDEE_OK = y
413  sed -i'' -e 's/XIOS_ORCHIDEE_OK =.*.$/XIOS_ORCHIDEE_OK = '$xios'/' DEF/orchidee.def
414
415  ######################################################################
416  # Si on tourne avec XIOS, mise a jour des fichiers context et field* dans XMLfilesLMDZ
417  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local_d/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
418  ######################################################################
419  if [[ $xios = y ]]; then
420    cp -f "$MODEL"/DefLists/context_lmdz.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
421    cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_lmdz.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
422    if [[ $cosp = y ]]; then cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_cosp1.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.; fi
423  fi
424}
425
426#---------------------------------------------------------------------------
427function setup_ce0l() { # Verification de l'existance de l'état initial, compilation eventuelle pour sa creation
428#---------------------------------------------------------------------------
429  if [[ ! -d $INIT ]]; then
430    if [[ $init = 0 ]]; then
431      echo "STOP: Récuperer les repertoires $INIT ou lancer avec option -init"; exit 1
432    else
433      # Compile ce0l
434      cd "$MODEL"
435      sed -e 's/gcm/ce0l/g' compile.sh > compile_ce0l.sh; chmod +x compile_ce0l.sh
436      echo "Compiling ce0l"
437      if ! ./compile_ce0l.sh &> ce0l.log; then echo "STOP: ce0l compilation failed, see $MODEL/ce0l.log"; exit 1; fi
438      echo "Compiled ce0l"
439      ce0l=${gcm/gcm/ce0l}
440
441      cd "$local_d"
442    fi
443  elif [[ $init = 1 ]]; then
444    echo "STOP: Vous essayez d initialiser le modele mais $INIT existe deja"; exit 1
445  fi
446}
447
448#---------------------------------------------------------------------------
449function setup_simu() {
450#---------------------------------------------------------------------------
451  #SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR/$(basename "$local_d")"
452  SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR"
453  SIMRUNDIR=$SIMRUNTOPDIR
454  mkdir -p "$SIMRUNDIR"
455  cd "$SIMRUNDIR"
456  echo "La simulation s'exécutera sur $SIMRUNDIR"
457
458  #####################################################################
459  # Creation du repertoire $SIM s'il n'existe pas deja
460  #####################################################################
461  if [[ ! -d $local_d/$SIM ]]; then
462    mkdir "$local_d/$SIM"
463    cd "$local_d"
464
465    # Edit reb.sh
466    cp reb.sh "$local_d/$SIM/reb.sh"; chmod +x "$local_d/$SIM/reb.sh"
467    sed -i'' -e "s:^rebuild=.*.$:rebuild=$LMDZD/$LMDZname/modipsl/bin/rebuild:" "$local_d/$SIM/reb.sh"
468    enable_platform "$local_d/$SIM/reb.sh"
469
470    # Copy .def
471    cp lmdz_env.sh "$local_d/$SIM/"
472    mkdir "$local_d/$SIM/DEF"; cp DEF/*def DEF/namelis* "$local_d/$SIM/DEF/"
473    #Pour XIOS, respectivement COSP, copier aussi les fichiers *xml / *txt
474    if [[ $cosp = "y" ]]; then cp DEF/cosp*txt "$local_d/$SIM/DEF/"; fi
475    if [[ $xios = "y" ]]; then
476       cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml "$local_d/$SIM/DEF/"
477       if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml "$local_d/$SIM/DEF/"; fi
478    fi
479    chmod u+w "$local_d/$SIM"/DEF/*
480
481    # Gestion du calendrier
482    #######################
483    cd "$SIM"
484    sed -i'' -e "s/anneeref=.*.$/anneeref=$yearini/" DEF/run.def
485    if [[ $freq = "yr" ]]; then date=$yearini; else date=$mthini; fi
486    echo "$date a faire" >| etat
487
488    # Recuperation des fichiers : executable initiaux et forcages
489    #############################################################
490    echo "date: $date"
491    for f in start startphy; do
492      inf=../$INIT/$f.$date.nc
493      if [[ -f $inf || $init = 1 ]]; then ln -s "$inf" ./; else echo "STOP: $inf missing"; exit ; fi;
494    done
495    for f in sechiba stomate; do
496      if [[ -f ../$INIT/start_$f.$date.nc ]]; then ln -sf "../$INIT/start_$f.$date.nc" .; fi
497    done
498    cp "$gcm" gcm.e
499  fi
500  cd "$local_d"/..
501
502  #####################################################################
503  echo "Modification du script de lancement"
504  #####################################################################
505  local cput
506  if [[ $freq = "yr" ]]; then cput="04:00:00"; else cput="01:00:00"; fi
507  local isotopes="n"
508  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then isotopes="y"; fi
509  sed -e "s/NOM_SIMU/$SIM/" \
510  -e "s/time=.*.$/time=$cput/" \
511  -e "s/ntasks=.*.$/ntasks=$mpi/" \
512  -e "s/ntasks-per-node=.*.$/ntasks-per-node=$mpi_per_node/" \
513  -e "s/cpus-per-task=.*.$/cpus-per-task=$omp/" \
514  -e "s/nthreads=.*./nthreads=$omp/" \
515  -e "s/MAINDIR=.*.$/MAINDIR=$(basename "$local_d")/" \
516  -e "s:STORED=.*.*:STORED=$(dirname "$local_d"):" \
517  -e "s:SCRATCHD=.*.*:SCRATCHD=$SIMRUNBASEDIR:" \
518  -e "s/stopsim=.*.$/stopsim=$stopsim/" \
519  -e "s/^veget=.*.$/veget=$veget/" \
520  -e "s/^aerosols=.*.$/aerosols=$aerosols/" \
521  -e "s/^isotopes=.*.$/isotopes=$isotopes/" \
522  -e "s/^climato=.*.$/climato=$climato/" \
523  -e "s/^ok_guide=.*.$/ok_guide=$ok_guide/" \
524  "$local_d/script_SIMU" >| "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
525
526  enable_platform "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
527
528  if [[ $testmode = "y" ]]; then
529    sed -i'' -e "s/time=.*.$/time=00:10:00/" -e "s/#nday=1/nday=1/" -e "s/#@TESTQ//" "$SIMRUNTOPDIR/tmp_$SIM"
530  fi
531}
532
533#----------------------------------------------------------------------
534function list_yrmth() {
535#----------------------------------------------------------------------
536    local liste=""
537    local mthini=$1
538    local mthend=$2
539    local mo_=$mthini
540    while [[ $mo_ != $mthend ]] ; do
541        liste="$liste $mo_"
542        yr__=$( echo $mo_ | cut -c 1-4 )
543        mo__=$( echo $mo_ | cut -c 5-6 )
544        echo YM $yr__ $mo__
545        if [ $(( $mo__ +1 )) == 12 ] ; then
546           yr__=$(( $yr__ + 1 )) ; mo_=$yr__$mo__
547        else
548           mo_=$(( $mo_ + 1 ))
549        fi
550    done
551    echo $liste
552   
553}
554
555#----------------------------------------------------------------------
556increment_month() {
557#----------------------------------------------------------------------
558  local year=$( echo $1 | cut -c 1-4 )
559  local month=$(( $1 - ${year}00 ))
560  if [ $(( $month - 12 )) -eq 0 ]; then
561    year=$((year + 1))
562    month=1
563  else
564    month=$((month + 1))
565  fi
566  if [[ $month -le 9 ]] ; then month=0$month ; fi
567  echo $year$month
568}
569
570#----------------------------------------------------------------------
571function fetch_simu_init_files() {
572#----------------------------------------------------------------------
573  #####################################################################
574  echo "Recuperation eventuelle de certains fichiers sur http:lmdz.lmd.jussieu.fr/pub"
575  #####################################################################
576
577  #  ORCHIDEE input files
578  get_input_files wget_pub Orchidee
579
580  # Files for aerosols and chemistry
581  if [[ $aerosols = "clim" ]]; then
582       get_input_files wget_pub AerChem ; fi
583
584  # Files for SPLA
585  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
586       get_input_files wget_pub SPLA_WA/emissions
587       mo_=$mthini
588       while [[ $mo_ != $mthend ]] ; do
589       # Code horrible duplique a cause de 08 (FH)
590           local yr__=$( echo $mo_ | cut -c 1-4 )
591           local mo__=$(( $mo_ - ${yr__}00 ))
592           if [[ $mo__ -le 9 ]] ; then mo__=0$mo__ ; fi
593           for var in u10m v10m u v ; do
594               echo wget_pub 3DInputData/SPLA_WA/ERA5/$yr__/$mo__ $var.nc
595               wget_pub 3DInputData/SPLA_WA/ERA5/$yr__/$mo__ $var.nc
596           done
597           mo_=$( increment_month $mo_ )
598       done
599       cd $local_d ; ln -sf $LMDZ_INIT/3DInputData/SPLA_WA/ERA5 GUIDE
600  fi
601}
602
603#----------------------------------------------------------------------
604function run_sim_or_init() {
605#----------------------------------------------------------------------
606  cd "$local_d"
607
608  if [[ $init = 1 ]]; then
609    #####################################################################
610    echo "Creation de l etat initial"
611    #####################################################################
612
613    # Creation du repertoire INIT et mise en place de liens logiques vers les starts
614    # en anticipation de leur création :
615    mkdir "$local_d/$INIT"; cd "$local_d/$INIT"
616    for an in $mthini $yearini; do for f in start startphy; do ln -s "$f.nc" "$f.$an.nc"; done; done
617
618    # Creation du repertoire INIT temporaire et rapatriement des fichiers necessaires
619    if [[ -d $SIMRUNDIR/$INIT ]]; then mv "$SIMRUNDIR/$INIT" "$SIMRUNDIR/$INIT$$"; fi
620    mkdir "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp -r "$local_d/DEF" "$SIMRUNDIR/$INIT/"
621    cd "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp DEF/*.def .; cp "$local_d/lmdz_env.sh" .
622    if [[ $xios = "y" ]]; then
623      cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml .
624      if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml .; fi
625    fi
626    sed -e "s/anneeref=.*.$/anneeref=$yearini/" DEF/run.def >| run.def
627
628    #-------------------------------------------------------------------
629    # Fichiers Limit
630    #-------------------------------------------------------------------
631    local yrs suf
632    if [[ $climato = 0 ]]; then
633      # calend est choisi plus haut dans "Changements dans les fichiers DEF/*def" et ecrit dans $MAINDIR/DEF/run.def
634      yrini=$(echo "$mthini" | cut -c-4)
635      yrend=$(echo "$mthend" | cut -c-4)
636      yrs=""; yr=$yrini
637      while [[ $yr -le $yrend ]]; do yrs="$yrs $yr"; (( yr = yr + 1 )); done
638      suf="360x180_"
639    else
640      yrs=2000
641      suf="1x1_clim"
642    fi
643
644    liste_get="Albedo.nc Relief.nc Rugos.nc landiceref.nc"
645    for yr in $yrs; do
646       if [[ $climato = 0 ]]; then sufyr=$suf$yr; else sufyr=$suf; fi
647       liste_get="$liste_get amipbc_sic_$sufyr.nc amipbc_sst_$sufyr.nc"
648    done
649    echo LISTEGET "$liste_get"
650    for file in $liste_get; do
651       wget_pub 3DInputData/Limit $file
652       ln_from_pub  3DInputData/Limit $file
653    done
654    #-------------------------------------------------------------------
655    # Initial state ECDYN
656    #-------------------------------------------------------------------
657    wget_pub 3DInputData/Init ECDYN.nc
658    ln_from_pub 3DInputData/Init ECDYN.nc
659    ln -sf ECDYN.nc ECPHY.nc
660
661    # Creation du script d'initialisation
662  if [ "$MPICMD" = "" ] ; then mpicmd='' ; else mpicmd='OMP_NUM_THREADS=1 '"$MPICMD"' 1' ; fi
663    cat << ...eod >| tmp
664#!/bin/bash
665#@JZ#JeanZay
666#@JZ#SBATCH --job-name=Init         # nom du job
667#@JZ#SBATCH --ntasks=1              # Nombre de processus MPI
668#@JZ#SBATCH --cpus-per-task=1      # nombre de threads OpenMP
669#@JZ# /!\ Attention, la ligne suivante est trompeuse mais dans le vocabulaire
670#@JZ# de Slurm "multithread" fait bien référence à l'hyperthreading.
671#@JZ#SBATCH --hint=nomultithread    # 1 thread par coeur physique (pas d'hyperthreading)
672#@JZ#SBATCH --time=00:10:00         # Temps d'exécution maximum demandé (HH:MM:SS)
673#@JZ#SBATCH --output=Init%j.out     # Nom du fichier de sortie
674#@JZ#SBATCH --error=Init%j.out      # Nom du fichier d'erreur (ici commun avec la sortie)
675#@JZ# To submit to dev queue; "time" (above) must be max 2h
676#@JZ#TESTQ#SBATCH --qos=qos_cpu-dev
677#@SP#Spirit
678#@SP#SBATCH --job-name=Init
679#@SP#SBATCH --ntasks=1
680#@SP#SBATCH --cpus-per-task=1
681#@SP#SBATCH --hint=nomultithread
682#@SP#SBATCH --time=00:10:00
683#@SP#SBATCH --output=Init%j.out
684#@SP#SBATCH --error=Init%j.out
685#@ADS#Adastra
686#@ADS#SBATCH --job-name=Init
687#@ADS#SBATCH --ntasks=1
688#@ADS#SBATCH --cpus-per-task=1
689#@ADS#SBATCH --nodes=1
690#@ADS#SBATCH --hint=nomultithread
691#@ADS#SBATCH --time=00:10:00
692#@ADS#SBATCH --output=Init%j.out
693#@ADS#SBATCH --error=Init%j.out
694
695set -eu
696
697# ANCIEN MULTI STEP  case \${LOADL_STEP_NAME} in
698
699# ANCIEN MULTI STEP   init )
700
701if [ ! -f lmdz_env.sh ]; then echo "manque fichier lmdz_env.sh"; ls; exit 1; fi
702. lmdz_env.sh
703ulimit -s unlimited
704cd $SIMRUNDIR/$INIT
705echo "Executable : $ce0l"
706for yr in $yrs; do
707  if [ $climato = 0 ]; then sufyr=$suf\$yr; else sufyr=$suf; fi
708  ln -sf amipbc_sic_\$sufyr.nc amipbc_sic_1x1.nc
709  ln -sf amipbc_sst_\$sufyr.nc amipbc_sst_1x1.nc
710  sed -e 's/anneeref=.*.$/anneeref='\$yr'/' DEF/run.def >| run.def
711  echo Starting initialisation
712  # Runing ce0l.e
713  $mpicmd $ce0l  # ce0l requires MPI=OMP=1
714  if [ $climato = 0 ]; then mv limit.nc limit.\$yr.nc; fi
715done
716# ANCIEN MULTI STEP   ;;
717
718# ANCIEN MULTI STEP   interp )
719if [[ $aerosols = clim ]]; then
720  cp $local_d/interp_aerosols.sh .; chmod +x interp_aerosols.sh
721  # Les aerosols de l'annee 2000 ont été remplacés par "9999" qui pointe vers un fichier moyen sur 1995-2014
722  #for year in 2000 1850; do  ./interp_aerosols.sh \$year; done
723  #mv aerosols.2000.nc aerosols.clim.nc; mv aerosols.1850.nc aerosols.nat.nc
724  for year in 9999 1850; do ./interp_aerosols.sh \$year; done
725  mv aerosols.9999.nc aerosols.clim.nc; mv aerosols.1850.nc aerosols.nat.nc
726fi
727
728for f in sta* gri*nc; do cp \$f $local_d/$INIT/\$f; done
729if [[ $climato = 1 ]]; then cp limit.nc $local_d/$INIT/limit.nc; fi
730mkdir -p $local_d/$LIMIT
731for f in limit*.nc ; do cp \$f $local_d/$LIMIT/\$f; done
732if [ $aerosols = clim ]; then  for f in aerosols[.0-9]*nc; do cp \$f $local_d/$LIMIT/\$f; done; fi
733#
734cd $SIMRUNDIR
735...eod
736    if [[ $ok_guide != "y" ]]; then # Running first simulation automatically except for nudging
737      cat << ...eod >> tmp
738      echo "Submitting job tmp_$SIM"
739      #echo "\$SUBMITCMD tmp_$SIM"
740      #\$SUBMITCMD tmp_$SIM
741      echo submitcmd tmp_$SIM
742      submitcmd tmp_$SIM
743...eod
744    fi
745    cat << ...eod >> tmp
746  # ANCIEN MULTI STEP   esac
747...eod
748    enable_platform tmp
749    echo "#################################################################"
750    #echo "Submitting initialisation job <$SUBMITCMD tmp> from $(pwd)"
751    echo "Submitting initialisation job <submitcmd tmp> from $(pwd)"
752    chmod +x tmp
753    #$SUBMITCMD tmp
754    submitcmd tmp
755    echo "#################################################################"
756
757  else #case [ $init != 1 ]
758     cd "$SIMRUNDIR"
759     echo "################################################################"
760     echo "Submitting job tmp_$SIM"
761     #echo "$SUBMITCMD tmp_$SIM"
762     #$SUBMITCMD "tmp_$SIM"
763     echo "submitcmd tmp_$SIM"
764     submitcmd "tmp_$SIM"
765     echo '################################################################'
766  fi
767}
768
769#---------------------------------------------------------------------------
770function message_post_submit() {
771#---------------------------------------------------------------------------
772  if [[ $ok_guide = "y" && $init = 1 ]]; then
773    cd "$local_d"
774    enable_platform era2gcm_tuto.sh
775    echo "Once initialisation is finished, you have to create nudging files"
776    echo "Edit era2gcm_tuto.sh and set the desired parameters in section <User choices>"
777    echo "Make sure you have acces to the chosen ERA files, and the required modules are loaded, then run : ./era2gcm_tuto.sh"
778    if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
779      echo "Your aerosol choice is <spla>, so you need ERA 10m-winds interpolated on LMDZ grid. Use script era2gcm_uv10m.sh"
780    fi
781  else
782    echo "Si tout se passe bien, vous avez initialisé et lancé automatiquement la simulation."
783    echo "Le job qui a été lancé se trouve sur $SIMRUNTOPDIR/tmp_$SIM"
784  fi
785}
786
787#---------------------------------------------------------------------------
788function setup_and_load_lmdz_env() {
789#---------------------------------------------------------------------------
790  if [[ ! -f .lmdz_setup_root_dir ]]; then echo "STOP: setup.sh is not located in the root dir ??!!"; exit 1; fi
791  # sed root_dir in lmdz_env.sh
792  sed -i'' "s<root_dir=.*<root_dir=$local_d<" lmdz_env.sh
793
794  # Set up the appropriate environment
795  source lmdz_env.sh
796}
797
798local_d=$(pwd)
799
800setup_and_load_lmdz_env
801load_install_lib
802define_expert_options
803set_default_params
804read_cmdline_args "$@"
805ensure_correct_option_combinations
806install_model
807setup_def
808setup_ce0l
809setup_simu
810fetch_simu_init_files
811run_sim_or_init
812message_post_submit
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.