source: BOL/LMDZ_Setup/setup.sh @ 5534

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Pour la compilation
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Line 
1#!/bin/bash
2# This script sets up and launches a (series of) simulation(s).
3# RECOMMENDATION: use main.sh to drive it (do not run it directly)
4
5set -eu
6set -vx
7
8#---------------------------------------------------------------------------
9function define_expert_options() { # Expert-level choices
10#---------------------------------------------------------------------------
11
12  # optim: either "" or "-debug" to compile in debug mode
13  #       (slower but better diagnosis of segfaults)
14  optim=""
15
16  # "n" or "y". If testmode="y", then simulations run for a single day
17  # per period.
18  # NOTE: you must set mthend accordingly !
19  testmode="n"
20
21  # Radiative code: "oldrad" / "rrtm" / "ecrad"
22  rad="rrtm"
23
24  #   !!! STRONG recommendation : experiments with DIFFERENT Orchidee or
25  #   aerosol options should be performed in DIFFERENT LMDZ_Setup folders
26  #   !!! (especially as they may need different initial files)
27
28  # AEROSOLS : "n" (=no)/"clim" (=average 1995-2014) / "spla" (interactive)
29  # (WARNING : if you first run the scripts with aerosols=n, then you want
30  # to change to =clim, you must remove the INIT and LIMIT folders and
31  # rerun main.sh with init=1 in order to create aerosol files
32
33  aerosols="clim"
34
35  # SURFACE/VEGETATION SCHEME
36  # - "none" : bucket scheme
37  #   CMIP6 : orchidee CMIP6 version
38  #   7983/7994 : orchidee svn release 7983 (orch2.2) and 7994 (last tested)
39  #   If you need other orch versions, and also require XIOS, you'll need
40  #                    to create the appropriate files in DEF/XMLfilesOR...
41  veget="CMIP6"
42
43  # New snow scheme INLANDSIS! "y" / "n"
44  # Activates INLANDSIS compilation
45  #  to be done : treatment of specific restart and def file
46  inlandsis="n"
47
48  # netcdf: 0 (use existing library) / 1 (recompile netcdf, slow)
49  netcdf=0
50
51  # --->>> ALSO PAY ATTENTION TO OUTPUT files, frequency, level ------------
52  #   With IOIPSL : Choose your config.def among versions available in DEF,
53  #     copy it as config.def (the copy is done automatically for "iso"),
54  #     edit it and set up output files, frequencies and levels.
55  #     NB : For aerosols=spla, output level minimum 4 is required to outpu
56  #     the specific variables.
57  #     For aerosols=n, aerosol flags will automatically be set to "n".
58  #   With XIOS : adjust DEF/XMLfiles*/file*xml
59}
60
61
62#---------------------------------------------------------------------------
63function enable_platform() {  # Sed platform-specific headers
64#---------------------------------------------------------------------------
65  local file="$1"
66  local platform
67
68  case ${hostname:0:5} in
69    jean-) platform="JZ";;
70    spiri) platform="SP";;
71    adast) platform="ADS";;
72    *) echo "Warning: $hostname is not a known job platform (ignore if running locally)"; return 0;;
73  esac
74
75  sed -i'' -e "s/^#@$platform//" "$file"
76}
77
78#---------------------------------------------------------------------------
79function load_install_lib() { #Fetch and source install_lmdz.sh to get myget
80#---------------------------------------------------------------------------
81  if [[ ! -f "install_lmdz.sh" ]]; then
82    wget --no-cache "http://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ/BOL/script_install/install_lmdz.sh"
83  fi
84  # shellcheck disable=SC1090
85  source <(sed 's/function \(.*\) {/function installlmdz_\1 {/g' install_lmdz.sh)  # source with a namespace for functions
86  function myget { installlmdz_myget "$@"; }
87}
88
89#---------------------------------------------------------------------------
90function set_default_params() { # Default value of script parameters
91#---------------------------------------------------------------------------
92
93  SIM=$(basename "$local_d")CTL  # name
94  phylmd="lmd" #option -p $phylmd for makelmdz
95
96  cosp="n"  # COSP
97  xios="n"  #XIOS
98
99  # Nudging :
100  ok_guide="n"
101  # With nudging, use real calendar (climato=0) and monthly integrations
102  climato=1
103  freq="mo"  # frequence mensuelle mo ou annuelle yr
104
105  # NB : the run stops in the BEGINNING of mthend (test "next=stopsim")
106  mthini=200001
107  mthend=200501
108  resol="144x142x79"
109
110  version="20230412.trunk"
111  svn=""
112
113  init=1
114
115  LIMIT="LIMIT"
116
117}
118
119#---------------------------------------------------------------------------
120function read_cmdline_args() {
121#---------------------------------------------------------------------------
122  while (($# > 0)); do
123    case $1 in
124      "-h") cat <<........fin
125       setup.sh can be launched/driven by main.sh
126             setup.sh [-v version] [-r svn_release] [-init INIT] [-d 96x95x79] [-f mo] [-nudging]
127             -v "version" like 20150828.trunk; see https://lmdz.lmd.jussieu.fr/Distrib/LISMOI.trunk (default <$version>)
128             -r "svn_release"        either the svn release number or "last" (default <$svn>)
129             -d IMxJMxLM             to run in resolution IM x JM x LM (default <$resol>)
130             -install                pour installer et compiler le modele
131             -f mo/yr                pour tourner en mensuel ou annuel (default <$freq>)
132             -rad RAD                Radiation
133             -netcdf  0/1/DIR        Netcdf installation
134             -aerosols n/clim/spla   Aerosols : none / climatological / interactive with SPLA
135             -veget CMIP6            CMIP6 version of rchidee
136                    7983             orch2.2
137                    7994             trunk
138             "INIT"                  1: creates INIT and LIMIT
139                                     0: reads from INIT and LIMIT
140                                     SIMU: reads from preexisting simulation SIMU and LIMIT (default <$init>)
141             -nudging                to run with nudging. Nudging files must be created independently
142             -p                      the physics to use (default <$phylmd>)
143             -name                   install folder name (default <$SIM>)
144             Other options available (see "options" section in the script)
145........fin
146        exit;;
147      "-v") version="$2"; shift; shift;;
148      "-r") svn=$2; shift; shift;;
149      "-d") resol=$2; shift; shift;;
150      "-f") freq=$2; shift; shift;;
151      "-p") phylmd=$2; shift; shift;;
152      "-name") SIM=$2; shift; shift;;
153      "-rad") rad=$2; shift; shift;;
154      "-netcdf") netcdf=$2; shift; shift;;
155      "-aerosols") aerosols=$2; shift; shift;;
156      "-veget") veget=$2; shift; shift;;
157      "-cosp") cosp=y; shift;;
158      "-xios") xios=y; shift;;
159      "-init") init=$2; shift; shift;;
160      "-nudging") ok_guide=y; shift;;
161      "-climato") climato=$2; shift; shift;;
162      "-mthini") mthini=$2; shift; shift;;
163      "-mthend") mthend=$2; shift; shift;;
164      *) echo "unexpected $1"; $0 -h; exit
165    esac
166  done
167
168  # Initialisation
169  if [[ $init = 1 || $init = 0 ]]; then
170    INIT="INIT"
171  else
172    INIT=$init
173  fi
174
175  case $rad in
176    oldrad) iflag_rrtm=0; NSW=2;;
177    rrtm)   iflag_rrtm=1; NSW=6;;
178    ecrad)  iflag_rrtm=2; NSW=6;;
179  esac
180
181  im=$(echo "$resol" | cut -dx -f1)
182  jm=$(echo "$resol" | cut -dx -f2)
183  lm=$(echo "$resol" | cut -dx -f3)
184
185  yearini=$(echo "$mthini" | cut -c-4)
186  if [[ $freq = yr ]]; then stopsim=$(echo "$mthend" | cut -c-4); else stopsim=$mthend; fi
187
188  if [[ -d $SIM ]]; then
189     echo "La simulation $SIM existe deja. Il est conseillé d'arrêter et de vérifier."
190     echo "Si vous êtes sûr de vous, vous pouvez la prolonger. Voulez vous la prolonger ? (y/n)"
191     read -r ans
192     if [[ $ans != y ]]; then exit 1; fi
193  fi
194
195  ######################################################################
196  # Choix du nombre de processeurs
197  # NOTES :
198  # omp=8 by default (for Jean-Zay must be a divisor of 40 procs/node)
199  # omp=1 : required for SPLA (omp parallelism not ready)
200  # omp=2 for veget=CMIP6+XIOS beacause of a bug in ORCHIDEE/src_xml/xios_orchidee.f90
201  ######################################################################
202  (( mpi = ( jm + 1 ) / 2 ))
203  omp=8
204  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then omp=1; fi
205  if [[ $veget = "CMIP6" && $xios = "y" ]]; then omp=2; fi
206  if [[ $mpi -gt $NB_MPI_MAX ]]; then mpi=$NB_MPI_MAX; fi
207  if [[ $omp -gt $NB_OMP_MAX ]]; then omp=$NB_OMP_MAX; fi
208
209  # Compute how many mpi per node (required e.g. for Adastra)
210  mpi_per_node=0
211  if [[ $NB_CORE_PER_NODE_MAX -gt 0 ]]; then
212    local N_omp_mt=1
213    if [[ $omp -gt 1 ]]; then (( N_omp_mt = omp / N_HYPERTHREADING )); fi  # take into account hyperthreading
214    (( mpi_per_node = NB_CORE_PER_NODE_MAX / N_omp_mt ))
215    if [[ mpi_per_node -gt mpi ]]; then mpi_per_node=$mpi; fi
216  fi
217
218  echo "Total MPI=$mpi (PER NODE=$mpi_per_node), OMP=$omp"
219}
220
221#---------------------------------------------------------------------------
222function ensure_correct_option_combinations() {
223  # AVOID COMBINATIONS OF OPTIONS THAT DON'T WORK in user choices
224#---------------------------------------------------------------------------
225  if [[ $ok_guide = y && $climato = 1 ]]; then
226     echo "STOP: Running nudged simulations with climatological SSTs is not planned. Change <climato> to <0> or modify the setup (experts)"; exit 1
227  fi
228
229  if [[ $climato = 0 && $freq = "yr" ]]; then
230     echo "STOP: Running simulations with interannual SSTs is possible only month by month and a true calendar."
231     echo "Change <climato> to <1> or <freq> to <mo> or modify setup.sh (experts)"; exit 1
232  fi
233
234
235  # (Temporary) Constraints for aerosols=spla :
236  # --> resolution 128x88x79 and rad=rrtm
237  if [[ $aerosols = "spla" && ( ${im}x${jm} != "128x88" || $freq != mo ) ]]; then
238    echo 'STOP: For now, <aerosols=spla> requires <resol=128x88x79>,'
239    echo 'and uses the zoomed grid from gcm.def_zNAfrica_BiJe,'
240    echo 'for which forcing & initial files are available'
241    echo "Right now resol=<$resol>"
242    echo 'Should be run in monthly mode'
243    exit 1
244  fi
245
246  if [[ $rad = "ecrad" && $phylmd != "lmd" ]]; then
247    echo "<rad=ecrad> is only supported for <phy=phylmd> here"  # (Amaury) I added this check because we fetch ecrad data from libf/phylmd/ecrad/data only.
248  fi
249}
250
251#---------------------------------------------------------------------------
252function install_model() {
253#---------------------------------------------------------------------------
254  mkdir -p "$LMDZD"
255
256  local ins_xios ins_cosp ins_aero ins_inlandsis
257  if [[ $xios = "y" ]]; then ins_xios="-xios"; else ins_xios=""; fi
258  if [[ $cosp = "y" ]]; then ins_cosp="-cosp v1"; else ins_cosp=""; fi
259  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then ins_aero="-spla"; else ins_aero=""; fi
260  if [[ $inlandsis = "y" ]]; then ins_inlandsis="-inlandsis"; else ins_inlandsis=""; fi
261  if [[ -n $svn ]]; then svnopt="-r $svn"; else svnopt=""; fi
262
263  if [[ $PARALLEL == 0 ]] ; then parallel= ; parsuf=seq ; else parallel="-parallel mpi_omp" ; parsuf= ; fi
264  version_name=LMDZ$(echo "$version" | sed -e 's/-v//g' -e 's/-unstable//' -e 's/-r/r/' -e 's/ //g')
265  LMDZname="${version_name}${svn}OR$veget${ins_xios}${parsuf}$( echo $optim | sed -e 's/[\ -]//g' )"
266  MODEL="$LMDZD/$LMDZname/modipsl/modeles/LMDZ"
267
268  if [[ -d $MODEL ]]; then echo "Found existing install at MODEL=$MODEL"; fi
269  echo "Installing model"
270  cd "$LMDZD"
271  cp "$local_d/install_lmdz.sh" .
272  chmod +x install_lmdz.sh
273  local make_j=8
274  # We launch using $MPICMD, except if it's using mpirun (no srun equivalent for bash script) => if supported, the compilation runs in a cluster job
275  jobcmd="\"$RUNBASHCMD $make_j\""
276  if [[ ${hostname:0:5} = "jean-" ]]; then jobcmd="\"$RUNBASHCMD $make_j --partition=compil\""; fi  # On JeanZay: compile on the <compil> partition
277  if [[ $(echo "$RUNBASHCMD" | cut -c -4) = "bash" ]]; then
278     jobcmd="bash"
279  fi
280  echo "./install_lmdz.sh -noclean $optim -v $version $svnopt -d $resol -rad $rad -bench compile_only $parallel $ins_cosp $ins_xios $ins_aero $ins_inlandsis -name $LMDZname -veget $veget -netcdf $netcdf -arch $ARCH -make_j $make_j -jobcmd $jobcmd" >> install_lmdz_options.$$.sh
281  chmod +x install_lmdz_options.$$.sh
282  echo "Running install_lmdz_options.$$.sh"
283  set -o pipefail
284    ./install_lmdz_options.$$.sh
285    #gcm=$MODEL/$(./install_lmdz_options.$$.sh | tee /dev/tty | tail -n 1 | sed -n "s:.* executable is \(.*\.e\).*:\1:p")
286    gcm=$MODEL/bin/gcm.e
287  set +o pipefail
288  mv install_lmdz.sh install_lmdz.$$.sh
289  cd "$local_d"
290}
291
292#---------------------------------------------------------------------------
293function setup_def() {  # modify various .def in ./DEF (+ xios xml )
294#---------------------------------------------------------------------------
295  cd "$local_d"
296
297  # Utilisation des .def_iso pour LMDZ-ISOtopes
298  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then
299    for file_iso in $(ls DEF | grep _iso); do
300      cp DEF/"$file_iso" DEF/"${file_iso%%_iso}"
301    done
302  fi
303
304  ######################################################################
305  # Choix de la grille verticale
306  ######################################################################
307  if [ ! -f "DEF/L$lm.def" ]; then
308    echo "STOP: Résolution verticale non prévue - créer un fichier DEF/L$lm.def"; exit 1
309  else
310    sed -i'' -e "s/INCLUDEDEF=L.*.def/INCLUDEDEF=L$lm.def/" DEF/run.def
311  fi
312
313  ######################################################################
314  # Changements dans les fichiers DEF/*def
315  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local_d/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
316  ######################################################################
317
318  # Choix du fichier tracer.def coherent avec l'option "aerosols"
319  #  NOTE : Le nouveau tracer.def_nospla par defaut n'inclut pas Rn-Pb;
320  #  si on les veut, il faut utiliser ci-dessous; a la place, tracer_RN_PB.def
321  #---------------------------------------------------------------------
322  # NB : Les traceurs absents de start* files sont initialises=0 dans le code
323  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
324    # nouveau tracer.def (remplace "traceur.def")
325    cp DEF/tracer.def_spla DEF/tracer.def
326  elif [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then
327    # déjà copié si 'y'
328    cp DEF/tracer.def_nospla DEF/tracer.def
329  fi
330
331  # TEMPORAIREMENT pour spla on force l'utilisation de gcm.def_zNAfrica_BiJe (avec resolution 128x88x79)
332  #----------------------------------------------------------------------
333  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
334      cp DEF/gcm.def_zNAfrica_BiJe DEF/gcm.def; fi
335
336  # Inscription du choix ok_guide dans DEF/guide.def
337  #---------------------------------------------------------------------
338  sed -i'' -e 's/ok_guide=.*.$/ok_guide='$ok_guide'/' DEF/guide.def
339
340  # Inscription du type de calendrier (qui est fonction de $climato) dans DEF/run.def
341  #---------------------------------------------------------------------
342  # NB Contrairement a ce qui est ecrit dans les fichiers run.def standard,
343  # dans ce tutorial le choix earth_365d n'est pas disponible, et earth_366d s'appelle gregorian
344  if [[ $climato = 0 ]]; then calend="gregorian"; else calend="earth_360d"; fi
345  sed -i'' -e 's/calend=.*.$/calend='$calend'/' DEF/run.def
346
347  # Changements dans config.def (pre-choisi, et regle pour output si utilisation avec IOIPSL)
348  #   cf options veget, aerosols, cosp, xios
349  #---------------------------------------------------------------------
350  if [[ $veget = "none" ]]; then  VEGET="n"; else VEGET="y"; fi
351  sed -i'' -e 's/VEGET=.*.$/VEGET='$VEGET'/' DEF/config.def
352
353  ok_cdnc=y ; ok_ade=y ; ok_aie=y ; ok_alw=y
354  case $aerosols in
355    clim) flag_aerosol=6 ;;
356    spla) flag_aerosol=1 ;;
357    n)    flag_aerosol=0 ; ok_cdnc=n ; ok_ade=n ; ok_aie=n ; ok_alw=n ;;
358    *)    echo Option aerosols=$aerosols not available ; exit 1
359  esac
360  sed -i'' -e 's/^ok_cdnc=.*.$/ok_cdnc='$ok_cdnc'/' \
361           -e 's/^ok_ade=.*.$/ok_ade='$ok_ade'/' \
362           -e 's/^ok_aie=.*.$/ok_aie='$ok_aie'/' \
363           -e 's/^ok_alw=.*.$/ok_alw='$ok_alw'/' \
364           -e 's/^flag_aerosol=.*.$/flag_aerosol='$flag_aerosol'/' DEF/config.def
365  pwd
366
367  # COSP : ok_cosp desactive COSP si on a compile avec; il ne l'active pas si on a compile sans
368  sed -i'' -e 's/ok_cosp.*.$/ok_cosp='$cosp'/' DEF/config.def
369  if [[ $cosp = "y" ]]; then \cp -f "$MODEL"/DefLists/cosp*.txt "$local_d"/DEF/; fi
370
371  # Sorties LMDZ en fonction de l'option "xios"
372  sed -i'' -e 's/ok_all_xml=.*.$/ok_all_xml='$xios'/' DEF/config.def
373
374  # Ajuster physiq.def en fonction de radiative code (default: values for rad=rrtm)
375  #   Pour isotopes=y , mettre iflag_ice_thermo=0 au lieu de 1
376  #---------------------------------------------------------------------
377  sed -i'' -e "s/iflag_rrtm=.*.$/iflag_rrtm=$iflag_rrtm/" -e "s/NSW=.*.$/NSW=$NSW/" DEF/physiq.def
378  sed -i"" -e "s:directory_name.*$:directory_name=\"$MODEL/libf/phylmd/ecrad/data\",:" DEF/namelist_ecrad
379
380  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then iflag_ice_thermo=0; else iflag_ice_thermo=1; fi
381  sed -i -e 's/iflag_ice_thermo=.*.$/iflag_ice_thermo='$iflag_ice_thermo'/' DEF/physiq.def
382
383  # Choix de orchidee.def en fonction de orchidee_rev; modification pour xios
384  #  NOTE separate orchidee_pft.def file for ORCHIDEE trunk post-CMIP6
385  #---------------------------------------------------------------------
386  orchidee_def=orchidee.def_6.1
387  orchidee_pft_def=""
388  if [[ $veget = "7983" ]]; then
389    orchidee_def=orchidee.def_6.2work
390  elif [[ $veget = "7994" ]]; then
391    orchidee_def=orchidee.def_6.4work
392    orchidee_pft_def=orchidee_pft.def_6.4work
393    if ! grep "INCLUDEDEF=orchidee_pft.def" DEF/run.def; then
394      sed -i'' -e 's/INCLUDEDEF=orchidee.def/INCLUDEDEF=orchidee.def\nINCLUDEDEF=orchidee_pft.def/' DEF/run.def; fi
395  fi
396  cp -f DEF/$orchidee_def DEF/orchidee.def
397  if [[ $orchidee_pft_def != "" ]]; then cp -f DEF/$orchidee_pft_def DEF/orchidee_pft.def; fi
398
399  # Only for veget=CMIP6 it is still possible to use IOIPSL; newer versions of orchidee.def have XIOS_ORCHIDEE_OK = y
400  sed -i'' -e 's/XIOS_ORCHIDEE_OK =.*.$/XIOS_ORCHIDEE_OK = '$xios'/' DEF/orchidee.def
401
402  ######################################################################
403  # Si on tourne avec XIOS, mise a jour des fichiers context et field* dans XMLfilesLMDZ
404  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local_d/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
405  ######################################################################
406  if [[ $xios = y ]]; then
407    cp -f "$MODEL"/DefLists/context_lmdz.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
408    cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_lmdz.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
409    if [[ $cosp = y ]]; then cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_cosp1.xml "$local_d"/DEF/XMLfilesLMDZ/.; fi
410  fi
411}
412
413#---------------------------------------------------------------------------
414function setup_ce0l() { # Verification de l'existance de l'état initial, compilation eventuelle pour sa creation
415#---------------------------------------------------------------------------
416  if [[ ! -d $INIT ]]; then
417    if [[ $init = 0 ]]; then
418      echo "STOP: Récuperer les repertoires $INIT ou lancer avec option -init"; exit 1
419    else
420      # Compile ce0l
421      cd "$MODEL"
422      sed -e 's/gcm/ce0l/g' compile.sh > compile_ce0l.sh; chmod +x compile_ce0l.sh
423      echo "Compiling ce0l"
424      if ! ./compile_ce0l.sh &> ce0l.log; then echo "STOP: ce0l compilation failed, see $MODEL/ce0l.log"; exit 1; fi
425      echo "Compiled ce0l"
426      ce0l=${gcm/gcm/ce0l}
427
428      cd "$local_d"
429    fi
430  elif [[ $init = 1 ]]; then
431    echo "STOP: Vous essayez d initialiser le modele mais $INIT existe deja"; exit 1
432  fi
433}
434
435#---------------------------------------------------------------------------
436function setup_simu() {
437#---------------------------------------------------------------------------
438  #SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR/$(basename "$local_d")"
439  SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR"
440  SIMRUNDIR=$SIMRUNTOPDIR
441  mkdir -p "$SIMRUNDIR"
442  cd "$SIMRUNDIR"
443  echo "La simulation s'exécutera sur $SIMRUNDIR"
444
445  #####################################################################
446  # Creation du repertoire $SIM s'il n'existe pas deja
447  #####################################################################
448  if [[ ! -d $local_d/$SIM ]]; then
449    mkdir "$local_d/$SIM"
450    cd "$local_d"
451
452    # Edit reb.sh
453    cp reb.sh "$local_d/$SIM/reb.sh"; chmod +x "$local_d/$SIM/reb.sh"
454    sed -i'' -e "s:^rebuild=.*.$:rebuild=$LMDZD/$LMDZname/modipsl/bin/rebuild:" "$local_d/$SIM/reb.sh"
455    enable_platform "$local_d/$SIM/reb.sh"
456
457    # Copy .def
458    cp lmdz_env.sh "$local_d/$SIM/"
459    mkdir "$local_d/$SIM/DEF"; cp DEF/*def DEF/namelis* "$local_d/$SIM/DEF/"
460    #Pour XIOS, respectivement COSP, copier aussi les fichiers *xml / *txt
461    if [[ $cosp = "y" ]]; then cp DEF/cosp*txt "$local_d/$SIM/DEF/"; fi
462    if [[ $xios = "y" ]]; then
463       cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml "$local_d/$SIM/DEF/"
464       if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml "$local_d/$SIM/DEF/"; fi
465    fi
466    chmod u+w "$local_d/$SIM"/DEF/*
467
468    # Gestion du calendrier
469    #######################
470    cd "$SIM"
471    sed -i'' -e "s/anneeref=.*.$/anneeref=$yearini/" DEF/run.def
472    if [[ $freq = "yr" ]]; then date=$yearini; else date=$mthini; fi
473    echo "$date a faire" >| etat
474
475    # Recuperation des fichiers : executable initiaux et forcages
476    #############################################################
477    echo "date: $date"
478    for f in start startphy; do
479      inf=../$INIT/$f.$date.nc
480      if [[ -f $inf || $init = 1 ]]; then ln -s "$inf" ./; else echo "STOP: $inf missing"; exit ; fi;
481    done
482    for f in sechiba stomate; do
483      if [[ -f ../$INIT/start_$f.$date.nc ]]; then ln -sf "../$INIT/start_$f.$date.nc" .; fi
484    done
485    cp "$gcm" gcm.e
486  fi
487  cd "$local_d"/..
488
489  #####################################################################
490  echo "Modification du script de lancement"
491  #####################################################################
492  local cput
493  if [[ $freq = "yr" ]]; then cput="04:00:00"; else cput="01:00:00"; fi
494  local isotopes="n"
495  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then isotopes="y"; fi
496  sed -e "s/NOM_SIMU/$SIM/" \
497  -e "s/time=.*.$/time=$cput/" \
498  -e "s/ntasks=.*.$/ntasks=$mpi/" \
499  -e "s/ntasks-per-node=.*.$/ntasks-per-node=$mpi_per_node/" \
500  -e "s/cpus-per-task=.*.$/cpus-per-task=$omp/" \
501  -e "s/nthreads=.*./nthreads=$omp/" \
502  -e "s/MAINDIR=.*.$/MAINDIR=$(basename "$local_d")/" \
503  -e "s:STORED=.*.*:STORED=$(dirname "$local_d"):" \
504  -e "s:SCRATCHD=.*.*:SCRATCHD=$SIMRUNBASEDIR:" \
505  -e "s/stopsim=.*.$/stopsim=$stopsim/" \
506  -e "s/^veget=.*.$/veget=$veget/" \
507  -e "s/^aerosols=.*.$/aerosols=$aerosols/" \
508  -e "s/^isotopes=.*.$/isotopes=$isotopes/" \
509  -e "s/^climato=.*.$/climato=$climato/" \
510  -e "s/^ok_guide=.*.$/ok_guide=$ok_guide/" \
511  "$local_d/script_SIMU" >| "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
512
513  enable_platform "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
514
515  if [[ $testmode = "y" ]]; then
516    sed -i'' -e "s/time=.*.$/time=00:10:00/" -e "s/#nday=1/nday=1/" -e "s/#@TESTQ//" "$SIMRUNTOPDIR/tmp_$SIM"
517  fi
518}
519
520#----------------------------------------------------------------------
521function list_yrmth() {
522#----------------------------------------------------------------------
523    local liste=""
524    local mthini=$1
525    local mthend=$2
526    local mo_=$mthini
527    while [[ $mo_ != $mthend ]] ; do
528        liste="$liste $mo_"
529        yr__=$( echo $mo_ | cut -c 1-4 )
530        mo__=$( echo $mo_ | cut -c 5-6 )
531        echo YM $yr__ $mo__
532        if [ $(( $mo__ +1 )) == 12 ] ; then
533           yr__=$(( $yr__ + 1 )) ; mo_=$yr__$mo__
534        else
535           mo_=$(( $mo_ + 1 ))
536        fi
537    done
538    echo $liste
539   
540}
541
542#----------------------------------------------------------------------
543increment_month() {
544#----------------------------------------------------------------------
545  local year=$( echo $1 | cut -c 1-4 )
546  local month=$(( $1 - ${year}00 ))
547  if [ $(( $month - 12 )) -eq 0 ]; then
548    year=$((year + 1))
549    month=1
550  else
551    month=$((month + 1))
552  fi
553  if [[ $month -le 9 ]] ; then month=0$month ; fi
554  echo $year$month
555}
556
557#----------------------------------------------------------------------
558function fetch_simu_init_files() {
559#----------------------------------------------------------------------
560  #####################################################################
561  echo "Recuperation eventuelle de certains fichiers sur http:lmdz.lmd.jussieu.fr/pub"
562  #####################################################################
563
564  #  ORCHIDEE input files
565  get_input_files wget_pub Orchidee
566
567  # Files for aerosols and chemistry
568  if [[ $aerosols = "clim" ]]; then
569       get_input_files wget_pub AerChem ; fi
570
571  # Files for SPLA
572  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
573       get_input_files wget_pub SPLA_WA/emissions
574       mo_=$mthini
575       while [[ $mo_ != $mthend ]] ; do
576       # Code horrible duplique a cause de 08 (FH)
577           local yr__=$( echo $mo_ | cut -c 1-4 )
578           local mo__=$(( $mo_ - ${yr__}00 ))
579           if [[ $mo__ -le 9 ]] ; then mo__=0$mo__ ; fi
580           for var in u10m v10m u v ; do
581               echo wget_pub 3DInputData/SPLA_WA/ERA5/$yr__/$mo__ $var.nc
582               wget_pub 3DInputData/SPLA_WA/ERA5/$yr__/$mo__ $var.nc
583           done
584           mo_=$( increment_month $mo_ )
585       done
586       cd $local_d ; ln -sf $LMDZ_INIT/3DInputData/SPLA_WA/ERA5 GUIDE
587  fi
588}
589
590#----------------------------------------------------------------------
591function run_sim_or_init() {
592#----------------------------------------------------------------------
593  cd "$local_d"
594
595  if [[ $init = 1 ]]; then
596    #####################################################################
597    echo "Creation de l etat initial"
598    #####################################################################
599
600    # Creation du repertoire INIT et mise en place de liens logiques vers les starts
601    # en anticipation de leur création :
602    mkdir "$local_d/$INIT"; cd "$local_d/$INIT"
603    for an in $mthini $yearini; do for f in start startphy; do ln -s "$f.nc" "$f.$an.nc"; done; done
604
605    # Creation du repertoire INIT temporaire et rapatriement des fichiers necessaires
606    if [[ -d $SIMRUNDIR/$INIT ]]; then mv "$SIMRUNDIR/$INIT" "$SIMRUNDIR/$INIT$$"; fi
607    mkdir "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp -r "$local_d/DEF" "$SIMRUNDIR/$INIT/"
608    cd "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp DEF/*.def .; cp "$local_d/lmdz_env.sh" .
609    if [[ $xios = "y" ]]; then
610      cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml .
611      if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml .; fi
612    fi
613    sed -e "s/anneeref=.*.$/anneeref=$yearini/" DEF/run.def >| run.def
614
615    #-------------------------------------------------------------------
616    # Fichiers Limit
617    #-------------------------------------------------------------------
618    local yrs suf
619    if [[ $climato = 0 ]]; then
620      # calend est choisi plus haut dans "Changements dans les fichiers DEF/*def" et ecrit dans $MAINDIR/DEF/run.def
621      yrini=$(echo "$mthini" | cut -c-4)
622      yrend=$(echo "$mthend" | cut -c-4)
623      yrs=""; yr=$yrini
624      while [[ $yr -le $yrend ]]; do yrs="$yrs $yr"; (( yr = yr + 1 )); done
625      suf="360x180_"
626    else
627      yrs=2000
628      suf="1x1_clim"
629    fi
630
631    liste_get="Albedo.nc Relief.nc Rugos.nc landiceref.nc"
632    for yr in $yrs; do
633       if [[ $climato = 0 ]]; then sufyr=$suf$yr; else sufyr=$suf; fi
634       liste_get="$liste_get amipbc_sic_$sufyr.nc amipbc_sst_$sufyr.nc"
635    done
636    echo LISTEGET "$liste_get"
637    for file in $liste_get; do
638       wget_pub 3DInputData/Limit $file
639       ln_from_pub  3DInputData/Limit $file
640    done
641    #-------------------------------------------------------------------
642    # Initial state ECDYN
643    #-------------------------------------------------------------------
644    wget_pub 3DInputData/Init ECDYN.nc
645    ln_from_pub 3DInputData/Init ECDYN.nc
646    ln -sf ECDYN.nc ECPHY.nc
647
648    # Creation du script d'initialisation
649  if [ "$MPICMD" = "" ] ; then mpicmd='' ; else mpicmd='OMP_NUM_THREADS=1 '"$MPICMD"' 1' ; fi
650    cat << ...eod >| tmp
651#!/bin/bash
652#@JZ#JeanZay
653#@JZ#SBATCH --job-name=Init         # nom du job
654#@JZ#SBATCH --ntasks=1              # Nombre de processus MPI
655#@JZ#SBATCH --cpus-per-task=1      # nombre de threads OpenMP
656#@JZ# /!\ Attention, la ligne suivante est trompeuse mais dans le vocabulaire
657#@JZ# de Slurm "multithread" fait bien référence à l'hyperthreading.
658#@JZ#SBATCH --hint=nomultithread    # 1 thread par coeur physique (pas d'hyperthreading)
659#@JZ#SBATCH --time=00:10:00         # Temps d'exécution maximum demandé (HH:MM:SS)
660#@JZ#SBATCH --output=Init%j.out     # Nom du fichier de sortie
661#@JZ#SBATCH --error=Init%j.out      # Nom du fichier d'erreur (ici commun avec la sortie)
662#@JZ# To submit to dev queue; "time" (above) must be max 2h
663#@JZ#TESTQ#SBATCH --qos=qos_cpu-dev
664#@SP#Spirit
665#@SP#SBATCH --job-name=Init
666#@SP#SBATCH --ntasks=1
667#@SP#SBATCH --cpus-per-task=1
668#@SP#SBATCH --hint=nomultithread
669#@SP#SBATCH --time=00:10:00
670#@SP#SBATCH --output=Init%j.out
671#@SP#SBATCH --error=Init%j.out
672#@ADS#Adastra
673#@ADS#SBATCH --job-name=Init
674#@ADS#SBATCH --ntasks=1
675#@ADS#SBATCH --cpus-per-task=1
676#@ADS#SBATCH --nodes=1
677#@ADS#SBATCH --hint=nomultithread
678#@ADS#SBATCH --time=00:10:00
679#@ADS#SBATCH --output=Init%j.out
680#@ADS#SBATCH --error=Init%j.out
681
682set -eu
683
684# ANCIEN MULTI STEP  case \${LOADL_STEP_NAME} in
685
686# ANCIEN MULTI STEP   init )
687
688if [ ! -f lmdz_env.sh ]; then echo "manque fichier lmdz_env.sh"; ls; exit 1; fi
689. lmdz_env.sh
690ulimit -s unlimited
691cd $SIMRUNDIR/$INIT
692echo "Executable : $ce0l"
693for yr in $yrs; do
694  if [ $climato = 0 ]; then sufyr=$suf\$yr; else sufyr=$suf; fi
695  ln -sf amipbc_sic_\$sufyr.nc amipbc_sic_1x1.nc
696  ln -sf amipbc_sst_\$sufyr.nc amipbc_sst_1x1.nc
697  sed -e 's/anneeref=.*.$/anneeref='\$yr'/' DEF/run.def >| run.def
698  echo Starting initialisation
699  # Runing ce0l.e
700  $mpicmd $ce0l  # ce0l requires MPI=OMP=1
701  if [ $climato = 0 ]; then mv limit.nc limit.\$yr.nc; fi
702done
703# ANCIEN MULTI STEP   ;;
704
705# ANCIEN MULTI STEP   interp )
706if [[ $aerosols = clim ]]; then
707  cp $local_d/interp_aerosols.sh .; chmod +x interp_aerosols.sh
708  # Les aerosols de l'annee 2000 ont été remplacés par "9999" qui pointe vers un fichier moyen sur 1995-2014
709  #for year in 2000 1850; do  ./interp_aerosols.sh \$year; done
710  #mv aerosols.2000.nc aerosols.clim.nc; mv aerosols.1850.nc aerosols.nat.nc
711  for year in 9999 1850; do ./interp_aerosols.sh \$year; done
712  mv aerosols.9999.nc aerosols.clim.nc; mv aerosols.1850.nc aerosols.nat.nc
713fi
714
715for f in sta* gri*nc; do cp \$f $local_d/$INIT/\$f; done
716if [[ $climato = 1 ]]; then cp limit.nc $local_d/$INIT/limit.nc; fi
717mkdir -p $local_d/$LIMIT
718for f in limit*.nc ; do cp \$f $local_d/$LIMIT/\$f; done
719if [ $aerosols = clim ]; then  for f in aerosols[.0-9]*nc; do cp \$f $local_d/$LIMIT/\$f; done; fi
720#
721cd $SIMRUNDIR
722...eod
723    if [[ $ok_guide != "y" ]]; then # Running first simulation automatically except for nudging
724      cat << ...eod >> tmp
725      echo "Submitting job tmp_$SIM"
726      #echo "\$SUBMITCMD tmp_$SIM"
727      #\$SUBMITCMD tmp_$SIM
728      echo submitcmd tmp_$SIM
729      submitcmd tmp_$SIM
730...eod
731    fi
732    cat << ...eod >> tmp
733  # ANCIEN MULTI STEP   esac
734...eod
735    enable_platform tmp
736    echo "#################################################################"
737    #echo "Submitting initialisation job <$SUBMITCMD tmp> from $(pwd)"
738    echo "Submitting initialisation job <submitcmd tmp> from $(pwd)"
739    chmod +x tmp
740    #$SUBMITCMD tmp
741    submitcmd tmp
742    echo "#################################################################"
743
744  else #case [ $init != 1 ]
745     cd "$SIMRUNDIR"
746     echo "################################################################"
747     echo "Submitting job tmp_$SIM"
748     #echo "$SUBMITCMD tmp_$SIM"
749     #$SUBMITCMD "tmp_$SIM"
750     echo "submitcmd tmp_$SIM"
751     submitcmd "tmp_$SIM"
752     echo '################################################################'
753  fi
754}
755
756#---------------------------------------------------------------------------
757function message_post_submit() {
758#---------------------------------------------------------------------------
759  if [[ $ok_guide = "y" && $init = 1 ]]; then
760    cd "$local_d"
761    enable_platform era2gcm_tuto.sh
762    echo "Once initialisation is finished, you have to create nudging files"
763    echo "Edit era2gcm_tuto.sh and set the desired parameters in section <User choices>"
764    echo "Make sure you have acces to the chosen ERA files, and the required modules are loaded, then run : ./era2gcm_tuto.sh"
765    if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
766      echo "Your aerosol choice is <spla>, so you need ERA 10m-winds interpolated on LMDZ grid. Use script era2gcm_uv10m.sh"
767    fi
768  else
769    echo "Si tout se passe bien, vous avez initialisé et lancé automatiquement la simulation."
770    echo "Le job qui a été lancé se trouve sur $SIMRUNTOPDIR/tmp_$SIM"
771  fi
772}
773
774#---------------------------------------------------------------------------
775function setup_and_load_lmdz_env() {
776#---------------------------------------------------------------------------
777  if [[ ! -f .lmdz_setup_root_dir ]]; then echo "STOP: setup.sh is not located in the root dir ??!!"; exit 1; fi
778  # sed root_dir in lmdz_env.sh
779  sed -i'' "s<root_dir=.*<root_dir=$local_d<" lmdz_env.sh
780
781  # Set up the appropriate environment
782  source lmdz_env.sh
783}
784
785local_d=$(pwd)
786
787setup_and_load_lmdz_env
788load_install_lib
789define_expert_options
790set_default_params
791read_cmdline_args "$@"
792ensure_correct_option_combinations
793install_model
794setup_def
795setup_ce0l
796setup_simu
797fetch_simu_init_files
798run_sim_or_init
799message_post_submit
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.