source: BOL/LMDZ_Setup/setup.sh @ 5426

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Line 
1#!/bin/bash
2# This script sets up and launches a (series of) simulation(s).
3# RECOMMENDATION: use main.sh to drive it (do not run it directly)
4
5set -eu
6
7# EXPERT-LEVEL CHOICES, only available in setup.sh, not in main.sh :
8####################################################################
9function define_expert_options() {
10  # optim: either "" or "-debug" to compile in debug mode (slower but better diagnosis of segfaults)
11  optim=""
12
13  # "n" or "y". If testmode="y", then simulations run for a single day per period.
14  # NOTE: you must set mthend accordingly !
15  testmode="n"
16
17  # Radiative code: "oldrad" / "rrtm" / "ecrad"
18  rad="rrtm"
19
20  #   !!! STRONG recommendation : experiments with DIFFERENT Orchidee or aerosol options should be performed in DIFFERENT LMDZ_Setup folders
21  #   !!! (especially as they may need different initial files)
22
23  # AEROSOLS : "n" (=no) / "clim" (=average 1995-2014) / "spla" (interactive dust and sea salt)
24  # (WARNING : if you first run the scripts with aerosols=n, then you want to change to =clim ,
25  #   you'll need to remove the INIT and LIMIT folders that have been created, then run main.sh with init=1
26  #   in order to re-run the initialisation job, which downloads the aerosol files and interpolates them)
27  aerosols="clim"
28
29  # SURFACE/VEGETATION SCHEME
30  # - "none" (bucket scheme) / "CMIP6" (orchidee version used in CMIP exercise) / "7983" (orch2.2) / "7994" (trunk)
31  # If you need other orch versions, and also require XIOS, you'll need to create the appropriate files in DEF/XMLfilesOR...
32  veget="CMIP6"
33
34  # New snow scheme INLANDSIS! "y" / "n"
35  # This flag activates INLANDSIS compilation; not yet done : treatment of specific restart and def file
36  inlandsis="n"
37
38  # netcdf: 0 (use existing library) / 1 (recompile netcdf, slow)
39  netcdf=0
40
41  # --->>> ALSO PAY ATTENTION TO OUTPUT files, frequency, level -------------
42  #   With IOIPSL : Choose your config.def among the versions available in DEF,
43  #     copy it as config.def (the copy is done automatically for "iso"),
44  #     edit it and set up output files, frequencies and levels.
45  #     NB : For aerosols=spla, output level minimum 4 is required to output the specific variables.
46  #          For aerosols=n, the corresponding flags will automatically be set to "n".
47  #   With XIOS : adjust DEF/XMLfiles*/file*xml
48}
49
50# /!\ DO NOT EDIT BELOW UNLESS YOU KNOW WHAT YOU ARE DOING /!\
51
52
53function enable_platform() {  # In job scripts, sed platform-specific headers
54  local file="$1"
55  local platform
56
57  case ${hostname:0:5} in
58    jean-) platform="JZ";;
59    spiri) platform="SP";;
60    adast) platform="ADS";;
61    *) echo "Warning: $hostname is not a known job platform (ignore if running locally)"; return 0;;
62  esac
63
64  sed -i'' -e "s/^#@$platform//" "$file"
65}
66
67function load_install_lib() {
68  # Fetch and source install_lmdz.sh to get `myget`
69  if [[ ! -f "install_lmdz.sh" ]]; then
70    wget --no-cache "http://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ/BOL/script_install/install_lmdz.sh"
71  fi
72  # shellcheck disable=SC1090
73  source <(sed 's/function \(.*\) {/function installlmdz_\1 {/g' install_lmdz.sh)  # source with a namespace for functions
74  function myget { installlmdz_myget "$@"; }
75}
76
77function set_default_params() {
78  # Default value of script parameters
79  SIM=$(basename "$local")CTL  # name
80  phylmd="lmd" #option -p $phylmd for makelmdz
81
82  cosp="n"  # COSP
83  xios="n"  #XIOS
84
85  # Nudging :
86  ok_guide="n"
87  # With nudging, use real calendar (climato=0) and monthly integrations
88  climato=1
89  freq="mo"  # frequence mensuelle mo ou annuelle yr
90
91  # NB : the run stops in the BEGINNING of mthend (test "next=stopsim")
92  mthini=200001
93  mthend=200501
94  resol="144x142x79"
95
96  version="20230412.trunk"
97  svn=""
98
99  init=1
100
101  LIMIT="LIMIT"
102
103  case $rad in
104    oldrad) iflag_rrtm=0; NSW=2;;
105    rrtm)   iflag_rrtm=1; NSW=6;;
106    ecrad)  iflag_rrtm=2; NSW=6;;
107  esac
108}
109
110function read_cmdline_args() {
111  while (($# > 0)); do
112    case $1 in
113      "-h") cat <<........fin
114       setup.sh can be launched/driven by main.sh; some options can only be specified in setup.sh (ex: veget, aerosols).
115             setup.sh [-v version] [-r svn_release] [-init INIT] [-d 96x95x79] [-f mo] [-nudging]
116             -v "version" like 20150828.trunk; see https://lmdz.lmd.jussieu.fr/Distrib/LISMOI.trunk (default <$version>)
117             -r "svn_release"      either the svn release number or "last" (default <$svn>)
118             -d IMxJMxLM        to run in resolution IM x JM x LM (default <$resol>)
119             -install           pour installer et compiler le modele
120             -f mo/yr           pour tourner en mensuel ou annuel (default <$freq>)
121             "INIT"             1: creates INIT and LIMIT
122                                0: reads from INIT and LIMIT
123                                SIMU: reads from preexisting simulation SIMU and LIMIT (default <$init>)
124             -nudging           to run with nudging. Nudging files must be created independently
125             -p                 the physics to use (default <$phylmd>)
126             -name              install folder name (default <$SIM>)
127             Other options available (see "options" section in the script)
128........fin
129        exit;;
130      "-v") version="$2"; shift; shift;;
131      "-r") svn=$2; shift; shift;;
132      "-d") resol=$2; shift; shift;;
133      "-f") freq=$2; shift; shift;;
134      "-p") phylmd=$2; shift; shift;;
135      "-name") SIM=$2; shift; shift;;
136      "-cosp") cosp=y; shift;;
137      "-xios") xios=y; shift;;
138      "-init") init=$2; shift; shift;;
139      "-nudging") ok_guide=y; shift;;
140      "-climato") climato=$2; shift; shift;;
141      "-mthini") mthini=$2; shift; shift;;
142      "-mthend") mthend=$2; shift; shift;;
143      *) echo "unexpected $1"; $0 -h; exit
144    esac
145  done
146
147  # Initialisation
148  if [[ $init = 1 || $init = 0 ]]; then
149    INIT="INIT"
150  else
151    INIT=$init
152  fi
153
154  yearini=$(echo "$mthini" | cut -c-4)
155  if [[ $freq = yr ]]; then stopsim=$(echo "$mthend" | cut -c-4); else stopsim=$mthend; fi
156
157  if [[ -d $SIM ]]; then
158     echo "La simulation $SIM existe deja. Il est conseillé d'arrêter et de vérifier."
159     echo "Si vous êtes sûr de vous, vous pouvez la prolonger. Voulez vous la prolonger ? (y/n)"
160     read -r ans
161     if [[ $ans != y ]]; then exit 1; fi
162  fi
163
164  ######################################################################
165  # Choix du nombre de processeurs
166  # NOTES :
167  # omp=8 by default (for Jean-Zay must be a divisor of 40 procs/node), but we need
168  # omp=1 for SPLA (only MPI parallelisation)
169  #   omp=2 for veget=CMIP6+XIOS beacause of a bug in ORCHIDEE/src_xml/xios_orchidee.f90
170  ######################################################################
171  jm=$(echo "$resol" | cut -dx -f2)
172  (( mpi = ( jm + 1 ) / 2 ))
173  omp=8
174  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then omp=1; fi
175  if [[ $veget = "CMIP6" && $xios = "y" ]]; then omp=2; fi
176  if [[ $mpi -gt $NB_MPI_MAX ]]; then mpi=$NB_MPI_MAX; fi
177  if [[ $omp -gt $NB_OMP_MAX ]]; then omp=$NB_OMP_MAX; fi
178
179  # Compute how many mpi per node (required e.g. for Adastra)
180  mpi_per_node=0
181  if [[ $NB_CORE_PER_NODE_MAX -gt 0 ]]; then
182    local N_omp_mt=1
183    if [[ $omp -gt 1 ]]; then (( N_omp_mt = omp / N_HYPERTHREADING )); fi  # take into account hyperthreading
184    (( mpi_per_node = NB_CORE_PER_NODE_MAX / N_omp_mt ))
185    if [[ mpi_per_node -gt mpi ]]; then mpi_per_node=$mpi; fi
186  fi
187
188  echo "Total MPI=$mpi (PER NODE=$mpi_per_node), OMP=$omp"
189}
190
191function ensure_correct_option_combinations() {
192  # AVOID COMBINATIONS OF OPTIONS THAT DON'T WORK in user choices
193  if [[ $ok_guide = y && $climato = 1 ]]; then
194     echo "STOP: Running nudged simulations with climatological SSTs is not planned. Change <climato> to <0> or modify the setup (experts)"; exit 1
195  fi
196
197  if [[ $climato = 0 && $freq = "yr" ]]; then
198     echo "STOP: Running simulations with interannual SSTs is possible only month by month and a true calendar."
199     echo "Change <climato> to <1> or <freq> to <mo> or modify setup.sh (experts)"; exit 1
200  fi
201
202
203  # (Temporary) Constraints for aerosols=spla :
204  # --> resolution 128x88x79 and rad=rrtm
205  if [[ $aerosols = "spla" && $resol != "128x88x79" ]]; then
206    echo 'STOP: For now, <aerosols=spla> requires <resol=128x88x79>, and uses the zoomed grid from gcm.def_zNAfrica_BiJe, for which forcing & initial files are available'
207    echo "Right now resol=<$resol>"
208    exit 1
209  fi
210
211  if [[ $rad = "ecrad" && $phylmd != "lmd" ]]; then
212    echo "<rad=ecrad> is only supported for <phy=phylmd> here"  # (Amaury) I added this check because we fetch ecrad data from libf/phylmd/ecrad/data only.
213  fi
214}
215
216function install_model() {
217  mkdir -p "$LMDZD"
218
219  local ins_xios ins_cosp ins_aero ins_inlandsis
220  if [[ $xios = "y" ]]; then ins_xios="-xios"; else ins_xios=""; fi
221  if [[ $cosp = "y" ]]; then ins_cosp="-cosp v1"; else ins_cosp=""; fi
222  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then ins_aero="-spla"; else ins_aero=""; fi
223  if [[ $inlandsis = "y" ]]; then ins_inlandsis="-inlandsis"; else ins_inlandsis=""; fi
224  if [[ -n $svn ]]; then svnopt="-r $svn"; else svnopt=""; fi
225
226  version_name=LMDZ$(echo "$version" | sed -e 's/-v//g' -e 's/-unstable//' -e 's/-r/r/' -e 's/ //g')
227  LMDZname="${version_name}${svn}OR$veget${ins_xios}"
228  MODEL="$LMDZD/$LMDZname/modipsl/modeles/LMDZ"
229
230  if [[ -d $MODEL ]]; then echo "Found existing install at MODEL=$MODEL"; fi
231  echo "Installing model"
232  cd "$LMDZD"
233  cp "$local/install_lmdz.sh" .
234  chmod +x install_lmdz.sh
235  local make_j=8
236  # We launch using $MPICMD, except if it's using mpirun (no srun equivalent for bash script) => if supported, the compilation runs in a cluster job
237  jobcmd="\"$RUNBASHCMD $make_j\""
238  if [[ ${hostname:0:5} = "jean-" ]]; then jobcmd="\"$RUNBASHCMD $make_j --partition=compil\""; fi  # On JeanZay: compile on the <compil> partition
239  if [[ $(echo "$RUNBASHCMD" | cut -c -4) = "bash" ]]; then
240     jobcmd="bash"
241  fi
242  echo "./install_lmdz.sh -noclean $optim -v $version $svnopt -d $resol -rad $rad -bench 0 -parallel mpi_omp $ins_cosp $ins_xios $ins_aero $ins_inlandsis -name $LMDZname -veget $veget -netcdf $netcdf -arch $ARCH -make_j $make_j -jobcmd $jobcmd" >> install_lmdz_options.$$.sh
243  chmod +x install_lmdz_options.$$.sh
244  echo "Running install_lmdz_options.$$.sh"
245  set -o pipefail
246    gcm=$MODEL/$(./install_lmdz_options.$$.sh | tee /dev/tty | tail -n 1 | sed -n "s:.* executable is \(.*\.e\).*:\1:p")
247  set +o pipefail
248  mv install_lmdz.sh install_lmdz.$$.sh
249  cd "$local"
250}
251
252function setup_def() {  # modify various .def in ./DEF (+ xios xml as needed)
253  cd "$local"
254
255  # Utilisation des .def_iso pour LMDZ-ISOtopes
256  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then
257    for file_iso in $(ls DEF | grep _iso); do
258      cp DEF/"$file_iso" DEF/"${file_iso%%_iso}"
259    done
260  fi
261
262  ######################################################################
263  # Choix de la grille verticale
264  ######################################################################
265  lm=$(echo "$resol" | cut -dx -f3)
266  if [ ! -f "DEF/L$lm.def" ]; then
267    echo "STOP: Résolution verticale non prévue - créer un fichier DEF/L$lm.def"; exit 1
268  else
269    sed -i'' -e "s/INCLUDEDEF=L.*.def/INCLUDEDEF=L$lm.def/" DEF/run.def
270  fi
271
272  ######################################################################
273  # Changements dans les fichiers DEF/*def
274  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
275  ######################################################################
276
277  # Choix du fichier tracer.def coherent avec l'option "aerosols"
278  #  NOTE : Le nouveau tracer.def_nospla par defaut n'inclut pas Rn-Pb;
279  #             si on les veut, il faut utiliser ci-dessous; a la place, tracer_RN_PB.def
280  #---------------------------------------------------------------------
281  # NB : Les traceurs absents de start* files sont initialises=0 dans le code
282  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
283    # nouveau tracer.def (remplace "traceur.def")
284    cp DEF/tracer.def_spla DEF/tracer.def
285  elif [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then
286    # déjà copié si 'y'
287    cp DEF/tracer.def_nospla DEF/tracer.def
288  fi
289
290  # TEMPORAIREMENT pour spla on force l'utilisation de gcm.def_zNAfrica_BiJe (avec resolution 128x88x79)
291  #----------------------------------------------------------------------
292  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then cp DEF/gcm.def_zNAfrica_BiJe DEF/gcm.def; fi
293
294  # Inscription du choix ok_guide dans DEF/guide.def
295  #---------------------------------------------------------------------
296  sed -i'' -e 's/ok_guide=.*.$/ok_guide='$ok_guide'/' DEF/guide.def
297
298  # Inscription du type de calendrier (qui est fonction de $climato) dans DEF/run.def
299  #---------------------------------------------------------------------
300  # NB Contrairement a ce qui est ecrit dans les fichiers run.def standard,
301  # dans ce tutorial le choix earth_365d n'est pas disponible, et earth_366d s'appelle gregorian
302  if [[ $climato = 0 ]]; then calend="gregorian"; else calend="earth_360d"; fi
303  sed -i'' -e 's/calend=.*.$/calend='$calend'/' DEF/run.def
304
305  # Changements dans config.def (pre-choisi, et regle pour output si utilisation avec IOIPSL)
306  #   cf options veget, aerosols, cosp, xios
307  #---------------------------------------------------------------------
308  if [[ $veget = "none" ]]; then  VEGET="n"; else VEGET="y"; fi
309  sed -i'' -e 's/VEGET=.*.$/VEGET='$VEGET'/' DEF/config.def
310
311  if [[ $aerosols = "n" ]]; then
312    # set flag_aerosols=0 and flags ok_ade&co=n
313    sed -i'' -e 's/^ok_cdnc=.*.$/ok_cdnc=n/' -e 's/^ok_ade=.*.$/ok_ade=n/' -e 's/^ok_aie=.*.$/ok_aie=n/' -e 's/^ok_alw=.*.$/ok_alw=n/' -e 's/^flag_aerosol=.*.$/flag_aerosol=0/' DEF/config.def
314  fi
315
316  # COSP : ok_cosp desactive COSP si on a compile avec; il ne l'active pas si on a compile sans
317  sed -i'' -e 's/ok_cosp.*.$/ok_cosp='$cosp'/' DEF/config.def
318  if [[ $cosp = "y" ]]; then \cp -f "$MODEL"/DefLists/cosp*.txt "$local"/DEF/; fi
319
320  # Sorties LMDZ en fonction de l'option "xios"
321  sed -i'' -e 's/ok_all_xml=.*.$/ok_all_xml='$xios'/' DEF/config.def
322
323  # Ajuster physiq.def en fonction de radiative code (default: values for rad=rrtm)
324  #   Pour isotopes=y , mettre iflag_ice_thermo=0 au lieu de 1
325  #---------------------------------------------------------------------
326  sed -i'' -e "s/iflag_rrtm=.*.$/iflag_rrtm=$iflag_rrtm/" -e "s/NSW=.*.$/NSW=$NSW/" DEF/physiq.def
327  sed -i"" -e "s:directory_name.*$:directory_name=\"$MODEL/libf/phylmd/ecrad/data\",:" DEF/namelist_ecrad
328
329  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then iflag_ice_thermo=0; else iflag_ice_thermo=1; fi
330  sed -i -e 's/iflag_ice_thermo=.*.$/iflag_ice_thermo='$iflag_ice_thermo'/' DEF/physiq.def
331
332  # Choix de orchidee.def en fonction de orchidee_rev; modification pour xios
333  #  NOTE separate orchidee_pft.def file for ORCHIDEE trunk post-CMIP6
334  #---------------------------------------------------------------------
335  orchidee_def=orchidee.def_6.1
336  orchidee_pft_def=""
337  if [[ $veget = "7983" ]]; then
338    orchidee_def=orchidee.def_6.2work
339  elif [[ $veget = "7994" ]]; then
340    orchidee_def=orchidee.def_6.4work
341    orchidee_pft_def=orchidee_pft.def_6.4work
342    if ! grep "INCLUDEDEF=orchidee_pft.def" DEF/run.def; then
343      sed -i'' -e 's/INCLUDEDEF=orchidee.def/INCLUDEDEF=orchidee.def\nINCLUDEDEF=orchidee_pft.def/' DEF/run.def; fi
344  fi
345  cp -f DEF/$orchidee_def DEF/orchidee.def
346  if [[ $orchidee_pft_def != "" ]]; then cp -f DEF/$orchidee_pft_def DEF/orchidee_pft.def; fi
347
348  # Only for veget=CMIP6 it is still possible to use IOIPSL; newer versions of orchidee.def have XIOS_ORCHIDEE_OK = y
349  sed -i'' -e 's/XIOS_ORCHIDEE_OK =.*.$/XIOS_ORCHIDEE_OK = '$xios'/' DEF/orchidee.def
350
351  ######################################################################
352  # Si on tourne avec XIOS, mise a jour des fichiers context et field* dans XMLfilesLMDZ
353  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
354  ######################################################################
355  if [[ $xios = y ]]; then
356    cp -f "$MODEL"/DefLists/context_lmdz.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
357    cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_lmdz.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
358    if [[ $cosp = y ]]; then cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_cosp1.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.; fi
359  fi
360}
361
362function setup_ce0l() { # Verification de l'existance de l'état initial, compilation eventuelle pour sa creation
363  if [[ ! -d $INIT ]]; then
364    if [[ $init = 0 ]]; then
365      echo "STOP: Récuperer les repertoires $INIT ou lancer avec option -init"; exit 1
366    else
367      # Compile ce0l
368      cd "$MODEL"
369      sed -e 's/gcm$/ce0l/' compile.sh > compile_ce0l.sh; chmod +x compile_ce0l.sh
370      echo "Compiling ce0l"
371      if ! ./compile_ce0l.sh &> ce0l.log; then echo "STOP: ce0l compilation failed, see $MODEL/ce0l.log"; exit 1; fi
372      echo "Compiled ce0l"
373      ce0l=${gcm/gcm/ce0l}
374
375      cd "$local"
376    fi
377  elif [[ $init = 1 ]]; then
378    echo "STOP: Vous essayez d initialiser le modele mais $INIT existe deja"; exit 1
379  fi
380}
381
382function setup_simu() {
383  #SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR/$(basename "$local")"
384  SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR"
385  SIMRUNDIR=$SIMRUNTOPDIR
386  mkdir -p "$SIMRUNDIR"
387  cd "$SIMRUNDIR"
388  echo "La simulation s'exécutera sur $SIMRUNDIR"
389
390  #####################################################################
391  # Creation du repertoire $SIM s'il n'existe pas deja
392  #####################################################################
393  if [[ ! -d $local/$SIM ]]; then
394    mkdir "$local/$SIM"
395    cd "$local"
396
397    # Edit reb.sh
398    cp reb.sh "$local/$SIM/reb.sh"; chmod +x "$local/$SIM/reb.sh"
399    sed -i'' -e "s:^rebuild=.*.$:rebuild=$LMDZD/$LMDZname/modipsl/bin/rebuild:" "$local/$SIM/reb.sh"
400    enable_platform "$local/$SIM/reb.sh"
401
402    # Copy .def
403    cp lmdz_env.sh "$local/$SIM/"
404    mkdir "$local/$SIM/DEF"; cp DEF/*def DEF/namelis* "$local/$SIM/DEF/"
405    #Pour XIOS, respectivement COSP, copier aussi les fichiers *xml / *txt
406    if [[ $cosp = "y" ]]; then cp DEF/cosp*txt "$local/$SIM/DEF/"; fi
407    if [[ $xios = "y" ]]; then
408       cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml "$local/$SIM/DEF/"
409       if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml "$local/$SIM/DEF/"; fi
410    fi
411    chmod u+w "$local/$SIM"/DEF/*
412
413    # Gestion du calendrier
414    #######################
415    cd "$SIM"
416    sed -i'' -e "s/anneeref=.*.$/anneeref=$yearini/" DEF/run.def
417    if [[ $freq = "yr" ]]; then date=$yearini; else date=$mthini; fi
418    echo "$date a faire" >| etat
419
420    # Recuperation des fichiers : executable initiaux et forcages
421    #############################################################
422    echo "date: $date"
423    for f in start startphy; do
424      inf=../$INIT/$f.$date.nc
425      if [[ -f $inf || $init = 1 ]]; then ln -s "$inf" ./; else echo "STOP: $inf missing"; exit ; fi;
426    done
427    for f in sechiba stomate; do
428      if [[ -f ../$INIT/start_$f.$date.nc ]]; then ln -sf "../$INIT/start_$f.$date.nc" .; fi
429    done
430    cp "$gcm" gcm.e
431  fi
432  cd "$local"/..
433
434  #####################################################################
435  echo "Modification du script de lancement"
436  #####################################################################
437  local cput
438  if [[ $freq = "yr" ]]; then cput="04:00:00"; else cput="01:00:00"; fi
439  local isotopes="n"
440  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then isotopes="y"; fi
441  sed -e "s/NOM_SIMU/$SIM/" \
442  -e "s/time=.*.$/time=$cput/" \
443  -e "s/ntasks=.*.$/ntasks=$mpi/" \
444  -e "s/ntasks-per-node=.*.$/ntasks-per-node=$mpi_per_node/" \
445  -e "s/cpus-per-task=.*.$/cpus-per-task=$omp/" \
446  -e "s/nthreads=.*./nthreads=$omp/" \
447  -e "s/MAINDIR=.*.$/MAINDIR=$(basename "$local")/" \
448  -e "s:STORED=.*.*:STORED=$(dirname "$local"):" \
449  -e "s:SCRATCHD=.*.*:SCRATCHD=$SIMRUNBASEDIR:" \
450  -e "s/stopsim=.*.$/stopsim=$stopsim/" \
451  -e "s/^veget=.*.$/veget=$veget/" \
452  -e "s/^aerosols=.*.$/aerosols=$aerosols/" \
453  -e "s/^isotopes=.*.$/isotopes=$isotopes/" \
454  -e "s/^climato=.*.$/climato=$climato/" \
455  -e "s/^ok_guide=.*.$/ok_guide=$ok_guide/" \
456  "$local/script_SIMU" >| "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
457
458  enable_platform "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
459
460  if [[ $testmode = "y" ]]; then
461    sed -i'' -e "s/time=.*.$/time=00:10:00/" -e "s/#nday=1/nday=1/" -e "s/#@TESTQ//" "$SIMRUNTOPDIR/tmp_$SIM"
462  fi
463}
464
465function fetch_simu_init_files() {
466  #####################################################################
467  echo "Recuperation eventuelle de certains fichiers sur http:lmdz.lmd.jussieu.fr/pub"
468  #####################################################################
469
470  #-------------------------------------------------------------------
471  #  ORCHIDEE input files
472  #-------------------------------------------------------------------
473      # Files previously in NITROGEN_for_ORtrunk.tar and downloaded only for veget = 7994
474  for file in PFTmap_IPCC_2000.nc cartepente2d_15min.nc routing.nc routing_simple.nc lai2D.nc \
475      soils_param.nc woodharvest_2000.nc PFTmap_15PFT.v1_2000.nc \
476      soil_bulk_and_ph.nc NITROGEN_for_ORtrunk.tar \
477      ndep_nhx.nc ndep_noy.nc nfert_cropland.nc nfert_pasture.nc nmanure_cropland.nc nmanure_pasture.nc bnf.nc \
478      ; do
479         wget_pub 3DInputData/Orchidee $file
480  done
481  cd - > /dev/null
482
483  #-------------------------------------------------------------------
484  # Files for aerosols and chemistry
485  #-------------------------------------------------------------------
486  if [[ $aerosols = "clim" ]]; then
487    for file in aerosols1850_from_inca.nc aerosols9999_from_inca.nc; do
488        wget_pub 3DInputData/AerChem $file
489    done
490    cd - > /dev/null
491  fi
492
493  # For SPLA
494  #-------------------
495  # Pour l'instant on copie là-dedans de chez Binta les fichiers a la res zoomNaf;
496  # plus tard on y recupererea des fichiers a haute resolution reguliere depuis http:/LMDZ,
497  # a regrider ensuite par un script interp_fichiers_spla.sh (comme pour aerosols="clim")
498  # Les fichiers (regrides, sauf SOILSPEC.data utilise tel quel) seront mis dans $MAINDIR/INPUT_SPLA (equivalent de INPUT_DUST)
499  # The Path below is for JEANZAY. See with the team how to adapt to your cluster.
500
501  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
502    for file in donnees_lisa.nc SOILSPEC.data ; do
503         wget_pub 3DInputData/dust_chimere $file
504    done
505    for file in cly.dat $( for i in $(seq 1 12 ) ; do echo dust$i.nc ; done ) wth.dat ; do
506         wget_pub 3DInputData/dust_inca $file
507    done
508    for file in carbon_emissions.nc sulphur_emissions_antro.nc sulphur_emissions_nat.nc \
509         sulphur_emissions_volc.nc  ; do
510         wget_pub 3DInputData/non_dust $file
511    done
512
513    ###
514    #Cas particulier des fichiers mensuels dust.nc :A DECIDER :
515    #C'est entre le cas des aerosols.clim= 1 seul fichier, annuel,
516    # et le cas des vents guidage, pré-interpolés avec era2gcm pour toute la periode, dans MAINDIR/GUIDE.
517    # On pourrait (a)demander de precalculer dust.nc aussi, dans MAINDIR/INPUT_SPLA - avec un script à adapter de Jeronimo. Rien a mettre dans SPLA_Init alors.
518    # Ou (b) fournir dans SPLA_Init les 12 mois d'un dust.nc climato (an 2006 pour nous ici) à la res EC, et faire juste le regrid vers MAINDIR/INPUT_SPLA
519
520   #A la fin on doit avoir dans SPLA_Init les fichiers initiaux dans INITIAL plus les repertoires PERIOD00MM contenant dust.nc
521   #Cela doit se retrouver dans script_SIMU qui les copie dans le repertoire de run sur $SCRATCH
522  fi
523  #-------------------------------------------------------------------
524  # Fichiers Init
525  #-------------------------------------------------------------------
526  for file in alb_bg_modisopt_2D_ESA_v2.nc reftemp.nc ; do
527      wget_pub 3DInputData/Init $file
528  done
529}
530
531function run_sim_or_init() {
532  cd "$local"
533
534  if [[ $init = 1 ]]; then
535    #####################################################################
536    echo "Creation de l etat initial"
537    #####################################################################
538
539    # Creation du repertoire INIT et mise en place de liens logiques vers les starts
540    # en anticipation de leur création :
541    mkdir "$local/$INIT"; cd "$local/$INIT"
542    for an in $mthini $yearini; do for f in start startphy; do ln -s "$f.nc" "$f.$an.nc"; done; done
543
544    # Creation du repertoire INIT temporaire et rapatriement des fichiers necessaires
545    if [[ -d $SIMRUNDIR/$INIT ]]; then mv "$SIMRUNDIR/$INIT" "$SIMRUNDIR/$INIT$$"; fi
546    mkdir "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp -r "$local/DEF" "$SIMRUNDIR/$INIT/"
547    cd "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp DEF/*.def .; cp "$local/lmdz_env.sh" .
548    if [[ $xios = "y" ]]; then
549      cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml .
550      if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml .; fi
551    fi
552    sed -e "s/anneeref=.*.$/anneeref=$yearini/" DEF/run.def >| run.def
553
554    #-------------------------------------------------------------------
555    # Fichiers Limit
556    #-------------------------------------------------------------------
557    local yrs suf
558    if [[ $climato = 0 ]]; then
559      # calend est choisi plus haut dans "Changements dans les fichiers DEF/*def" et ecrit dans $MAINDIR/DEF/run.def
560      yrini=$(echo "$mthini" | cut -c-4)
561      yrend=$(echo "$mthend" | cut -c-4)
562      yrs=""; yr=$yrini
563      while [[ $yr -le $yrend ]]; do yrs="$yrs $yr"; (( yr = yr + 1 )); done
564      suf="360x180_"
565    else
566      yrs=2000
567      suf="1x1_clim"
568    fi
569
570    liste_get="Albedo.nc Relief.nc Rugos.nc landiceref.nc"
571    for yr in $yrs; do
572       if [[ $climato = 0 ]]; then sufyr=$suf$yr; else sufyr=$suf; fi
573       liste_get="$liste_get amipbc_sic_$sufyr.nc amipbc_sst_$sufyr.nc"
574    done
575    echo LISTEGET "$liste_get"
576    for file in $liste_get; do
577       wget_pub 3DInputData/Limit $file
578       ln_from_pub  3DInputData/Limit $file
579    done
580    #-------------------------------------------------------------------
581    # Initial state ECDYN
582    #-------------------------------------------------------------------
583    wget_pub 3DInputData/Init ECDYN.nc
584    ln_from_pub 3DInputData/Init ECDYN.nc
585    ln -sf ECDYN.nc ECPHY.nc
586
587    # Creation du script d'initialisation
588    cat << ...eod >| tmp
589#!/bin/bash
590#@JZ#JeanZay
591#@JZ#SBATCH --job-name=Init         # nom du job
592#@JZ#SBATCH --ntasks=1              # Nombre de processus MPI
593#@JZ#SBATCH --cpus-per-task=1      # nombre de threads OpenMP
594#@JZ# /!\ Attention, la ligne suivante est trompeuse mais dans le vocabulaire
595#@JZ# de Slurm "multithread" fait bien référence à l'hyperthreading.
596#@JZ#SBATCH --hint=nomultithread    # 1 thread par coeur physique (pas d'hyperthreading)
597#@JZ#SBATCH --time=00:10:00         # Temps d'exécution maximum demandé (HH:MM:SS)
598#@JZ#SBATCH --output=Init%j.out     # Nom du fichier de sortie
599#@JZ#SBATCH --error=Init%j.out      # Nom du fichier d'erreur (ici commun avec la sortie)
600#@JZ# To submit to dev queue; "time" (above) must be max 2h
601#@JZ#TESTQ#SBATCH --qos=qos_cpu-dev
602#@SP#Spirit
603#@SP#SBATCH --job-name=Init
604#@SP#SBATCH --ntasks=1
605#@SP#SBATCH --cpus-per-task=1
606#@SP#SBATCH --hint=nomultithread
607#@SP#SBATCH --time=00:10:00
608#@SP#SBATCH --output=Init%j.out
609#@SP#SBATCH --error=Init%j.out
610#@ADS#Adastra
611#@ADS#SBATCH --job-name=Init
612#@ADS#SBATCH --ntasks=1
613#@ADS#SBATCH --cpus-per-task=1
614#@ADS#SBATCH --nodes=1
615#@ADS#SBATCH --hint=nomultithread
616#@ADS#SBATCH --time=00:10:00
617#@ADS#SBATCH --output=Init%j.out
618#@ADS#SBATCH --error=Init%j.out
619
620set -eu
621
622# ANCIEN MULTI STEP  case \${LOADL_STEP_NAME} in
623
624# ANCIEN MULTI STEP   init )
625
626if [ ! -f lmdz_env.sh ]; then echo "manque fichier lmdz_env.sh"; ls; exit 1; fi
627. lmdz_env.sh
628ulimit -s unlimited
629cd $SIMRUNDIR/$INIT
630echo "Executable : $ce0l"
631for yr in $yrs; do
632  if [ $climato = 0 ]; then sufyr=$suf\$yr; else sufyr=$suf; fi
633  ln -sf amipbc_sic_\$sufyr.nc amipbc_sic_1x1.nc
634  ln -sf amipbc_sst_\$sufyr.nc amipbc_sst_1x1.nc
635  sed -e 's/anneeref=.*.$/anneeref='\$yr'/' DEF/run.def >| run.def
636  echo Starting initialisation
637  # Runing ce0l.e
638  OMP_NUM_THREADS=1 $MPICMD 1 $ce0l  # ce0l requires MPI=OMP=1
639  if [ $climato = 0 ]; then mv limit.nc limit.\$yr.nc; fi
640done
641# ANCIEN MULTI STEP   ;;
642
643# ANCIEN MULTI STEP   interp )
644if [[ $aerosols = clim ]]; then
645  cp $local/interp_aerosols.sh .; chmod +x interp_aerosols.sh
646  # Les aerosols de l'annee 2000 ont été remplacés par "9999" qui pointe vers un fichier moyen sur 1995-2014
647  #for year in 2000 1850; do  ./interp_aerosols.sh \$year; done
648  #mv aerosols.2000.nc aerosols.clim.nc; mv aerosols.1850.nc aerosols.nat.nc
649  for year in 9999 1850; do ./interp_aerosols.sh \$year; done
650  mv aerosols.9999.nc aerosols.clim.nc; mv aerosols.1850.nc aerosols.nat.nc
651fi
652
653for f in sta* gri*nc; do cp \$f $local/$INIT/\$f; done
654if [[ $climato = 1 ]]; then cp limit.nc $local/$INIT/limit.nc; fi
655mkdir -p $local/$LIMIT
656for f in limit*.nc ; do cp \$f $local/$LIMIT/\$f; done
657if [ $aerosols = clim ]; then  for f in aerosols[.0-9]*nc; do cp \$f $local/$LIMIT/\$f; done; fi
658#
659cd $SIMRUNDIR
660...eod
661    if [[ $ok_guide != "y" ]]; then # Running first simulation automatically except for nudging
662      cat << ...eod >> tmp
663      echo "Submitting job tmp_$SIM"
664      #echo "\$SUBMITCMD tmp_$SIM"
665      #\$SUBMITCMD tmp_$SIM
666      echo submitcmd tmp_$SIM
667      submitcmd tmp_$SIM
668...eod
669    fi
670    cat << ...eod >> tmp
671  # ANCIEN MULTI STEP   esac
672...eod
673    enable_platform tmp
674    echo "###############################################################################"
675    #echo "Submitting initialisation job <$SUBMITCMD tmp> from $(pwd)"
676    echo "Submitting initialisation job <submitcmd tmp> from $(pwd)"
677    chmod +x tmp
678    #$SUBMITCMD tmp
679    submitcmd tmp
680    echo "###############################################################################"
681
682  else #case [ $init != 1 ]
683     cd "$SIMRUNDIR"
684     echo "###############################################################################"
685     echo "Submitting job tmp_$SIM"
686     #echo "$SUBMITCMD tmp_$SIM"
687     #$SUBMITCMD "tmp_$SIM"
688     echo "submitcmd tmp_$SIM"
689     submitcmd "tmp_$SIM"
690     echo '###############################################################################'
691  fi
692}
693
694function message_post_submit() {
695  if [[ $ok_guide = "y" && $init = 1 ]]; then
696    cd "$local"
697    enable_platform era2gcm_tuto.sh
698    echo "Once initialisation is finished, you have to create nudging files"
699    echo "Edit era2gcm_tuto.sh and set the desired parameters in section <User choices>"
700    echo "Make sure you have acces to the chosen ERA files, and the required modules are loaded, then run : ./era2gcm_tuto.sh"
701    if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
702      echo "Your aerosol choice is <spla>, so you need ERA 10m-winds interpolated on LMDZ grid. Use script era2gcm_uv10m.sh"
703    fi
704  else
705    echo "Si tout se passe bien, vous avez initialisé et lancé automatiquement la simulation."
706    echo "Le job qui a été lancé se trouve sur $SIMRUNTOPDIR/tmp_$SIM"
707  fi
708}
709
710function setup_and_load_lmdz_env() {
711  if [[ ! -f .lmdz_setup_root_dir ]]; then echo "STOP: setup.sh is not located in the root dir ??!!"; exit 1; fi
712  # sed root_dir in lmdz_env.sh
713  sed -i'' "s<root_dir=.*<root_dir=$local<" lmdz_env.sh
714
715  # Set up the appropriate environment
716  source lmdz_env.sh
717}
718
719local=$(pwd)
720
721setup_and_load_lmdz_env
722load_install_lib
723define_expert_options
724set_default_params
725read_cmdline_args "$@"
726ensure_correct_option_combinations
727install_model
728setup_def
729setup_ce0l
730setup_simu
731fetch_simu_init_files
732run_sim_or_init
733message_post_submit
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.