source: BOL/LMDZ_Setup/setup.sh @ 5422

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Changing $SUBMITCMD to a function submitcmd

Need for local use of LMDZ
File size: 32.2 KB
Line 
1#!/bin/bash
2# This script sets up and launches a (series of) simulation(s).
3# RECOMMENDATION: use main.sh to drive it (do not run it directly)
4
5set -eu
6
7# EXPERT-LEVEL CHOICES, only available in setup.sh, not in main.sh :
8####################################################################
9function define_expert_options() {
10  # optim: either "" or "-debug" to compile in debug mode (slower but better diagnosis of segfaults)
11  optim=""
12
13  # "n" or "y". If testmode="y", then simulations run for a single day per period.
14  # NOTE: you must set mthend accordingly !
15  testmode="n"
16
17  # Radiative code: "oldrad" / "rrtm" / "ecrad"
18  rad="rrtm"
19  rad="oldrad"
20
21  #   !!! STRONG recommendation : experiments with DIFFERENT Orchidee or aerosol options should be performed in DIFFERENT LMDZ_Setup folders
22  #   !!! (especially as they may need different initial files)
23
24  # AEROSOLS : "n" (=no) / "clim" (=average 1995-2014) / "spla" (interactive dust and sea salt)
25  # (WARNING : if you first run the scripts with aerosols=n, then you want to change to =clim ,
26  #   you'll need to remove the INIT and LIMIT folders that have been created, then run main.sh with init=1
27  #   in order to re-run the initialisation job, which downloads the aerosol files and interpolates them)
28  aerosols="clim"
29  aerosols="n"
30
31  # SURFACE/VEGETATION SCHEME
32  # - "none" (bucket scheme) / "CMIP6" (orchidee version used in CMIP exercise) / "7983" (orch2.2) / "7994" (trunk)
33  # If you need other orch versions, and also require XIOS, you'll need to create the appropriate files in DEF/XMLfilesOR...
34  veget="CMIP6"
35
36  # New snow scheme INLANDSIS! "y" / "n"
37  # This flag activates INLANDSIS compilation; not yet done : treatment of specific restart and def file
38  inlandsis="n"
39
40  # netcdf: 0 (use existing library) / 1 (recompile netcdf, slow)
41  netcdf=0
42  netcdf=1
43
44  # --->>> ALSO PAY ATTENTION TO OUTPUT files, frequency, level -------------
45  #   With IOIPSL : Choose your config.def among the versions available in DEF,
46  #     copy it as config.def (the copy is done automatically for "iso"),
47  #     edit it and set up output files, frequencies and levels.
48  #     NB : For aerosols=spla, output level minimum 4 is required to output the specific variables.
49  #          For aerosols=n, the corresponding flags will automatically be set to "n".
50  #   With XIOS : adjust DEF/XMLfiles*/file*xml
51}
52
53# /!\ DO NOT EDIT BELOW UNLESS YOU KNOW WHAT YOU ARE DOING /!\
54
55function enable_platform() {  # In job scripts, sed platform-specific headers
56  local file="$1"
57  local platform
58
59  case ${hostname:0:5} in
60    jean-) platform="JZ";;
61    spiri) platform="SP";;
62    adast) platform="ADS";;
63    *) echo "Warning: $hostname is not a known job platform (ignore if running locally)"; return 0;;
64  esac
65
66  sed -i'' -e "s/^#@$platform//" "$file"
67}
68
69function load_install_lib() {
70  # Fetch and source install_lmdz.sh to get `myget`
71  if [[ ! -f "install_lmdz.sh" ]]; then
72    wget --no-cache "http://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ/BOL/script_install/install_lmdz.sh"
73  fi
74  # shellcheck disable=SC1090
75  source <(sed 's/function \(.*\) {/function installlmdz_\1 {/g' install_lmdz.sh)  # source with a namespace for functions
76  function myget { installlmdz_myget "$@"; }
77}
78
79function set_default_params() {
80  # Default value of script parameters
81  SIM=$(basename "$local")CTL  # name
82  phylmd="lmd" #option -p $phylmd for makelmdz
83
84  cosp="n"  # COSP
85  xios="n"  #XIOS
86
87  # Nudging :
88  ok_guide="n"
89  # With nudging, use real calendar (climato=0) and monthly integrations
90  climato=1
91  freq="mo"  # frequence mensuelle mo ou annuelle yr
92
93  # NB : the run stops in the BEGINNING of mthend (test "next=stopsim")
94  mthini=200001
95  mthend=200501
96  resol="144x142x79"
97
98  version="20230412.trunk"
99  svn=""
100
101  init=1
102
103  LIMIT="LIMIT"
104
105  case $rad in
106    oldrad) iflag_rrtm=0; NSW=2;;
107    rrtm)   iflag_rrtm=1; NSW=6;;
108    ecrad)  iflag_rrtm=2; NSW=6;;
109  esac
110}
111
112function read_cmdline_args() {
113  while (($# > 0)); do
114    case $1 in
115      "-h") cat <<........fin
116       setup.sh can be launched/driven by main.sh; some options can only be specified in setup.sh (ex: veget, aerosols).
117             setup.sh [-v version] [-r svn_release] [-init INIT] [-d 96x95x79] [-f mo] [-nudging]
118             -v "version" like 20150828.trunk; see https://lmdz.lmd.jussieu.fr/Distrib/LISMOI.trunk (default <$version>)
119             -r "svn_release"      either the svn release number or "last" (default <$svn>)
120             -d IMxJMxLM        to run in resolution IM x JM x LM (default <$resol>)
121             -install           pour installer et compiler le modele
122             -f mo/yr           pour tourner en mensuel ou annuel (default <$freq>)
123             "INIT"             1: creates INIT and LIMIT
124                                0: reads from INIT and LIMIT
125                                SIMU: reads from preexisting simulation SIMU and LIMIT (default <$init>)
126             -nudging           to run with nudging. Nudging files must be created independently
127             -p                 the physics to use (default <$phylmd>)
128             -name              install folder name (default <$SIM>)
129             Other options available (see "options" section in the script)
130........fin
131        exit;;
132      "-v") version="$2"; shift; shift;;
133      "-r") svn=$2; shift; shift;;
134      "-d") resol=$2; shift; shift;;
135      "-f") freq=$2; shift; shift;;
136      "-p") phylmd=$2; shift; shift;;
137      "-name") SIM=$2; shift; shift;;
138      "-cosp") cosp=y; shift;;
139      "-xios") xios=y; shift;;
140      "-init") init=$2; shift; shift;;
141      "-nudging") ok_guide=y; shift;;
142      "-climato") climato=$2; shift; shift;;
143      "-mthini") mthini=$2; shift; shift;;
144      "-mthend") mthend=$2; shift; shift;;
145      *) echo "unexpected $1"; $0 -h; exit
146    esac
147  done
148
149  # Initialisation
150  if [[ $init = 1 || $init = 0 ]]; then
151    INIT="INIT"
152  else
153    INIT=$init
154  fi
155
156  yearini=$(echo "$mthini" | cut -c-4)
157  if [[ $freq = yr ]]; then stopsim=$(echo "$mthend" | cut -c-4); else stopsim=$mthend; fi
158
159  if [[ -d $SIM ]]; then
160     echo "La simulation $SIM existe deja. Il est conseillé d'arrêter et de vérifier."
161     echo "Si vous êtes sûr de vous, vous pouvez la prolonger. Voulez vous la prolonger ? (y/n)"
162     read -r ans
163     if [[ $ans != y ]]; then exit 1; fi
164  fi
165
166  ######################################################################
167  # Choix du nombre de processeurs
168  # NOTES :
169  # omp=8 by default (for Jean-Zay must be a divisor of 40 procs/node), but we need
170  # omp=1 for SPLA (only MPI parallelisation)
171  #   omp=2 for veget=CMIP6+XIOS beacause of a bug in ORCHIDEE/src_xml/xios_orchidee.f90
172  ######################################################################
173  jm=$(echo "$resol" | cut -dx -f2)
174  (( mpi = ( jm + 1 ) / 2 ))
175  omp=8
176  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then omp=1; fi
177  if [[ $veget = "CMIP6" && $xios = "y" ]]; then omp=2; fi
178  if [[ $mpi -gt $NB_MPI_MAX ]]; then mpi=$NB_MPI_MAX; fi
179  if [[ $omp -gt $NB_OMP_MAX ]]; then omp=$NB_OMP_MAX; fi
180
181  # Compute how many mpi per node (required e.g. for Adastra)
182  mpi_per_node=0
183  if [[ $NB_CORE_PER_NODE_MAX -gt 0 ]]; then
184    local N_omp_mt=1
185    if [[ $omp -gt 1 ]]; then (( N_omp_mt = omp / N_HYPERTHREADING )); fi  # take into account hyperthreading
186    (( mpi_per_node = NB_CORE_PER_NODE_MAX / N_omp_mt ))
187    if [[ mpi_per_node -gt mpi ]]; then mpi_per_node=$mpi; fi
188  fi
189
190  echo "Total MPI=$mpi (PER NODE=$mpi_per_node), OMP=$omp"
191}
192
193function ensure_correct_option_combinations() {
194  # AVOID COMBINATIONS OF OPTIONS THAT DON'T WORK in user choices
195  if [[ $ok_guide = y && $climato = 1 ]]; then
196     echo "STOP: Running nudged simulations with climatological SSTs is not planned. Change <climato> to <0> or modify the setup (experts)"; exit 1
197  fi
198
199  if [[ $climato = 0 && $freq = "yr" ]]; then
200     echo "STOP: Running simulations with interannual SSTs is possible only month by month and a true calendar."
201     echo "Change <climato> to <1> or <freq> to <mo> or modify setup.sh (experts)"; exit 1
202  fi
203
204
205  # (Temporary) Constraints for aerosols=spla :
206  # --> resolution 128x88x79 and rad=rrtm
207  if [[ $aerosols = "spla" && $resol != "128x88x79" ]]; then
208    echo 'STOP: For now, <aerosols=spla> requires <resol=128x88x79>, and uses the zoomed grid from gcm.def_zNAfrica_BiJe, for which forcing & initial files are available'
209    echo "Right now resol=<$resol>"
210    exit 1
211  fi
212
213  if [[ $rad = "ecrad" && $phylmd != "lmd" ]]; then
214    echo "<rad=ecrad> is only supported for <phy=phylmd> here"  # (Amaury) I added this check because we fetch ecrad data from libf/phylmd/ecrad/data only.
215  fi
216}
217
218function install_model() {
219  mkdir -p "$LMDZD"
220
221  local ins_xios ins_cosp ins_aero ins_inlandsis
222  if [[ $xios = "y" ]]; then ins_xios="-xios"; else ins_xios=""; fi
223  if [[ $cosp = "y" ]]; then ins_cosp="-cosp v1"; else ins_cosp=""; fi
224  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then ins_aero="-spla"; else ins_aero=""; fi
225  if [[ $inlandsis = "y" ]]; then ins_inlandsis="-inlandsis"; else ins_inlandsis=""; fi
226  if [[ -n $svn ]]; then svnopt="-r $svn"; else svnopt=""; fi
227
228  version_name=LMDZ$(echo "$version" | sed -e 's/-v//g' -e 's/-unstable//' -e 's/-r/r/' -e 's/ //g')
229  LMDZname="${version_name}${svn}OR$veget${ins_xios}"
230  MODEL="$LMDZD/$LMDZname/modipsl/modeles/LMDZ"
231
232  if [[ -d $MODEL ]]; then echo "Found existing install at MODEL=$MODEL"; fi
233  echo "Installing model"
234  cd "$LMDZD"
235  cp "$local/install_lmdz.sh" .
236  chmod +x install_lmdz.sh
237  local make_j=8
238  # We launch using $MPICMD, except if it's using mpirun (no srun equivalent for bash script) => if supported, the compilation runs in a cluster job
239  jobcmd="\"$RUNBASHCMD $make_j\""
240  if [[ ${hostname:0:5} = "jean-" ]]; then jobcmd="\"$RUNBASHCMD $make_j --partition=compil\""; fi  # On JeanZay: compile on the <compil> partition
241  if [[ $(echo "$RUNBASHCMD" | cut -c -4) = "bash" ]]; then
242     jobcmd="bash"
243  fi
244  echo "./install_lmdz.sh -noclean $optim -v $version $svnopt -d $resol -rad $rad -bench 0 -parallel mpi_omp $ins_cosp $ins_xios $ins_aero $ins_inlandsis -name $LMDZname -veget $veget -netcdf $netcdf -arch $ARCH -make_j $make_j -jobcmd $jobcmd" >> install_lmdz_options.$$.sh
245  chmod +x install_lmdz_options.$$.sh
246  echo "Running install_lmdz_options.$$.sh"
247  set -o pipefail
248    gcm=$MODEL/$(./install_lmdz_options.$$.sh | tee /dev/tty | tail -n 1 | sed -n "s:.* executable is \(.*\.e\).*:\1:p")
249  set +o pipefail
250  mv install_lmdz.sh install_lmdz.$$.sh
251  cd "$local"
252}
253
254function setup_def() {  # modify various .def in ./DEF (+ xios xml as needed)
255  cd "$local"
256
257  # Utilisation des .def_iso pour LMDZ-ISOtopes
258  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then
259    for file_iso in $(ls DEF | grep _iso); do
260      cp DEF/"$file_iso" DEF/"${file_iso%%_iso}"
261    done
262  fi
263
264  ######################################################################
265  # Choix de la grille verticale
266  ######################################################################
267  lm=$(echo "$resol" | cut -dx -f3)
268  if [ ! -f "DEF/L$lm.def" ]; then
269    echo "STOP: Résolution verticale non prévue - créer un fichier DEF/L$lm.def"; exit 1
270  else
271    sed -i'' -e "s/INCLUDEDEF=L.*.def/INCLUDEDEF=L$lm.def/" DEF/run.def
272  fi
273
274  ######################################################################
275  # Changements dans les fichiers DEF/*def
276  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
277  ######################################################################
278
279  # Choix du fichier tracer.def coherent avec l'option "aerosols"
280  #  NOTE : Le nouveau tracer.def_nospla par defaut n'inclut pas Rn-Pb;
281  #             si on les veut, il faut utiliser ci-dessous; a la place, tracer_RN_PB.def
282  #---------------------------------------------------------------------
283  # NB : Les traceurs absents de start* files sont initialises=0 dans le code
284  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
285    # nouveau tracer.def (remplace "traceur.def")
286    cp DEF/tracer.def_spla DEF/tracer.def
287  elif [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then
288    # déjà copié si 'y'
289    cp DEF/tracer.def_nospla DEF/tracer.def
290  fi
291
292  # TEMPORAIREMENT pour spla on force l'utilisation de gcm.def_zNAfrica_BiJe (avec resolution 128x88x79)
293  #----------------------------------------------------------------------
294  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then cp DEF/gcm.def_zNAfrica_BiJe DEF/gcm.def; fi
295
296  # Inscription du choix ok_guide dans DEF/guide.def
297  #---------------------------------------------------------------------
298  sed -i'' -e 's/ok_guide=.*.$/ok_guide='$ok_guide'/' DEF/guide.def
299
300  # Inscription du type de calendrier (qui est fonction de $climato) dans DEF/run.def
301  #---------------------------------------------------------------------
302  # NB Contrairement a ce qui est ecrit dans les fichiers run.def standard,
303  # dans ce tutorial le choix earth_365d n'est pas disponible, et earth_366d s'appelle gregorian
304  if [[ $climato = 0 ]]; then calend="gregorian"; else calend="earth_360d"; fi
305  sed -i'' -e 's/calend=.*.$/calend='$calend'/' DEF/run.def
306
307  # Changements dans config.def (pre-choisi, et regle pour output si utilisation avec IOIPSL)
308  #   cf options veget, aerosols, cosp, xios
309  #---------------------------------------------------------------------
310  if [[ $veget = "none" ]]; then  VEGET="n"; else VEGET="y"; fi
311  sed -i'' -e 's/VEGET=.*.$/VEGET='$VEGET'/' DEF/config.def
312
313  if [[ $aerosols = "n" ]]; then
314    # set flag_aerosols=0 and flags ok_ade&co=n
315    sed -i'' -e 's/^ok_cdnc=.*.$/ok_cdnc=n/' -e 's/^ok_ade=.*.$/ok_ade=n/' -e 's/^ok_aie=.*.$/ok_aie=n/' -e 's/^ok_alw=.*.$/ok_alw=n/' -e 's/^flag_aerosol=.*.$/flag_aerosol=0/' DEF/config.def
316  fi
317
318  # COSP : ok_cosp desactive COSP si on a compile avec; il ne l'active pas si on a compile sans
319  sed -i'' -e 's/ok_cosp.*.$/ok_cosp='$cosp'/' DEF/config.def
320  if [[ $cosp = "y" ]]; then \cp -f "$MODEL"/DefLists/cosp*.txt "$local"/DEF/; fi
321
322  # Sorties LMDZ en fonction de l'option "xios"
323  sed -i'' -e 's/ok_all_xml=.*.$/ok_all_xml='$xios'/' DEF/config.def
324
325  # Ajuster physiq.def en fonction de radiative code (default: values for rad=rrtm)
326  #   Pour isotopes=y , mettre iflag_ice_thermo=0 au lieu de 1
327  #---------------------------------------------------------------------
328  sed -i'' -e "s/iflag_rrtm=.*.$/iflag_rrtm=$iflag_rrtm/" -e "s/NSW=.*.$/NSW=$NSW/" DEF/physiq.def
329  sed -i"" -e "s:directory_name.*$:directory_name=\"$MODEL/libf/phylmd/ecrad/data\",:" DEF/namelist_ecrad
330
331  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then iflag_ice_thermo=0; else iflag_ice_thermo=1; fi
332  sed -i -e 's/iflag_ice_thermo=.*.$/iflag_ice_thermo='$iflag_ice_thermo'/' DEF/physiq.def
333
334  # Choix de orchidee.def en fonction de orchidee_rev; modification pour xios
335  #  NOTE separate orchidee_pft.def file for ORCHIDEE trunk post-CMIP6
336  #---------------------------------------------------------------------
337  orchidee_def=orchidee.def_6.1
338  orchidee_pft_def=""
339  if [[ $veget = "7983" ]]; then
340    orchidee_def=orchidee.def_6.2work
341  elif [[ $veget = "7994" ]]; then
342    orchidee_def=orchidee.def_6.4work
343    orchidee_pft_def=orchidee_pft.def_6.4work
344    if ! grep "INCLUDEDEF=orchidee_pft.def" DEF/run.def; then
345      sed -i'' -e 's/INCLUDEDEF=orchidee.def/INCLUDEDEF=orchidee.def\nINCLUDEDEF=orchidee_pft.def/' DEF/run.def; fi
346  fi
347  cp -f DEF/$orchidee_def DEF/orchidee.def
348  if [[ $orchidee_pft_def != "" ]]; then cp -f DEF/$orchidee_pft_def DEF/orchidee_pft.def; fi
349
350  # Only for veget=CMIP6 it is still possible to use IOIPSL; newer versions of orchidee.def have XIOS_ORCHIDEE_OK = y
351  sed -i'' -e 's/XIOS_ORCHIDEE_OK =.*.$/XIOS_ORCHIDEE_OK = '$xios'/' DEF/orchidee.def
352
353  ######################################################################
354  # Si on tourne avec XIOS, mise a jour des fichiers context et field* dans XMLfilesLMDZ
355  # (ils vont se repercuter dans les repertoires de simulation $local/$SIM et de run $SIMRUNDIR)
356  ######################################################################
357  if [[ $xios = y ]]; then
358    cp -f "$MODEL"/DefLists/context_lmdz.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
359    cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_lmdz.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.
360    if [[ $cosp = y ]]; then cp -f "$MODEL"/DefLists/field_def_cosp1.xml "$local"/DEF/XMLfilesLMDZ/.; fi
361  fi
362}
363
364function setup_ce0l() { # Verification de l'existance de l'état initial, compilation eventuelle pour sa creation
365  if [[ ! -d $INIT ]]; then
366    if [[ $init = 0 ]]; then
367      echo "STOP: Récuperer les repertoires $INIT ou lancer avec option -init"; exit 1
368    else
369      # Compile ce0l
370      cd "$MODEL"
371      sed -e 's/gcm$/ce0l/' compile.sh > compile_ce0l.sh; chmod +x compile_ce0l.sh
372      echo "Compiling ce0l"
373      if ! ./compile_ce0l.sh &> ce0l.log; then echo "STOP: ce0l compilation failed, see $MODEL/ce0l.log"; exit 1; fi
374      echo "Compiled ce0l"
375      ce0l=${gcm/gcm/ce0l}
376
377      cd "$local"
378    fi
379  elif [[ $init = 1 ]]; then
380    echo "STOP: Vous essayez d initialiser le modele mais $INIT existe deja"; exit 1
381  fi
382}
383
384function setup_simu() {
385  #SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR/$(basename "$local")"
386  SIMRUNTOPDIR="$SIMRUNBASEDIR"
387  SIMRUNDIR=$SIMRUNTOPDIR
388  mkdir -p "$SIMRUNDIR"
389  cd "$SIMRUNDIR"
390  echo "La simulation s'exécutera sur $SIMRUNDIR"
391
392  #####################################################################
393  # Creation du repertoire $SIM s'il n'existe pas deja
394  #####################################################################
395  if [[ ! -d $local/$SIM ]]; then
396    mkdir "$local/$SIM"
397    cd "$local"
398
399    # Edit reb.sh
400    cp reb.sh "$local/$SIM/reb.sh"; chmod +x "$local/$SIM/reb.sh"
401    sed -i'' -e "s:^rebuild=.*.$:rebuild=$LMDZD/$LMDZname/modipsl/bin/rebuild:" "$local/$SIM/reb.sh"
402    enable_platform "$local/$SIM/reb.sh"
403
404    # Copy .def
405    cp lmdz_env.sh "$local/$SIM/"
406    mkdir "$local/$SIM/DEF"; cp DEF/*def DEF/namelis* "$local/$SIM/DEF/"
407    #Pour XIOS, respectivement COSP, copier aussi les fichiers *xml / *txt
408    if [[ $cosp = "y" ]]; then cp DEF/cosp*txt "$local/$SIM/DEF/"; fi
409    if [[ $xios = "y" ]]; then
410       cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml "$local/$SIM/DEF/"
411       if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml "$local/$SIM/DEF/"; fi
412    fi
413    chmod u+w "$local/$SIM"/DEF/*
414
415    # Gestion du calendrier
416    #######################
417    cd "$SIM"
418    sed -i'' -e "s/anneeref=.*.$/anneeref=$yearini/" DEF/run.def
419    if [[ $freq = "yr" ]]; then date=$yearini; else date=$mthini; fi
420    echo "$date a faire" >| etat
421
422    # Recuperation des fichiers : executable initiaux et forcages
423    #############################################################
424    echo "date: $date"
425    for f in start startphy; do
426      inf=../$INIT/$f.$date.nc
427      if [[ -f $inf || $init = 1 ]]; then ln -s "$inf" ./; else echo "STOP: $inf missing"; exit ; fi;
428    done
429    for f in sechiba stomate; do
430      if [[ -f ../$INIT/start_$f.$date.nc ]]; then ln -sf "../$INIT/start_$f.$date.nc" .; fi
431    done
432    cp "$gcm" gcm.e
433  fi
434  cd "$local"/..
435
436  #####################################################################
437  echo "Modification du script de lancement"
438  #####################################################################
439  local cput
440  if [[ $freq = "yr" ]]; then cput="04:00:00"; else cput="01:00:00"; fi
441  local isotopes="n"
442  if [[ $phylmd = "lmdiso" ]]; then isotopes="y"; fi
443  sed -e "s/NOM_SIMU/$SIM/" \
444  -e "s/time=.*.$/time=$cput/" \
445  -e "s/ntasks=.*.$/ntasks=$mpi/" \
446  -e "s/ntasks-per-node=.*.$/ntasks-per-node=$mpi_per_node/" \
447  -e "s/cpus-per-task=.*.$/cpus-per-task=$omp/" \
448  -e "s/nthreads=.*./nthreads=$omp/" \
449  -e "s/MAINDIR=.*.$/MAINDIR=$(basename "$local")/" \
450  -e "s:STORED=.*.*:STORED=$(dirname "$local"):" \
451  -e "s:SCRATCHD=.*.*:SCRATCHD=$SIMRUNBASEDIR:" \
452  -e "s/stopsim=.*.$/stopsim=$stopsim/" \
453  -e "s/^veget=.*.$/veget=$veget/" \
454  -e "s/^aerosols=.*.$/aerosols=$aerosols/" \
455  -e "s/^isotopes=.*.$/isotopes=$isotopes/" \
456  -e "s/^climato=.*.$/climato=$climato/" \
457  -e "s/^ok_guide=.*.$/ok_guide=$ok_guide/" \
458  "$local/script_SIMU" >| "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
459
460  enable_platform "$SIMRUNDIR/tmp_$SIM"
461
462  if [[ $testmode = "y" ]]; then
463    sed -i'' -e "s/time=.*.$/time=00:10:00/" -e "s/#nday=1/nday=1/" -e "s/#@TESTQ//" "$SIMRUNTOPDIR/tmp_$SIM"
464  fi
465}
466
467function fetch_simu_init_files() {
468  #####################################################################
469  echo "Recuperation eventuelle de certains fichiers sur $LMDZ_INIT"
470  #####################################################################
471  mkdir -p "$LMDZ_INIT"
472
473  #-------------------------------------------------------------------
474  # Fichiers ORCHIDEE
475  #-------------------------------------------------------------------
476  get="myget 3DInputData/Orchidee/"
477  cd "$LMDZ_INIT";
478  for file in "PFTmap_IPCC_2000.nc" "cartepente2d_15min.nc" "routing.nc" "routing_simple.nc" "lai2D.nc" "soils_param.nc" "woodharvest_2000.nc" "PFTmap_15PFT.v1_2000.nc"; do
479    if [[ ! -f $file ]]; then ${get}$file; fi
480  done
481  cd - > /dev/null
482  # Additionnal files needed for ORCHIDEE trunk post-CMIP6
483  if [[ $veget = 7994 && ! -f $LMDZ_INIT/soil_bulk_and_ph.nc ]]; then
484    cd "$LMDZ_INIT"
485    ${get}soil_bulk_and_ph.nc; ${get}NITROGEN_for_ORtrunk.tar
486    tar -xvf NITROGEN_for_ORtrunk.tar; cd - > /dev/null
487  fi
488  #-------------------------------------------------------------------
489  # Fichiers aerosols/chimie
490  #-------------------------------------------------------------------
491  if [[ $aerosols = "clim" ]]; then
492    get="myget 3DInputData/AerChem/"
493    #liste_get="aerosols1850_from_inca.nc aerosols2000_from_inca.nc"
494    #aerosols9999_from_inca.nc est un lien vers aerosols1995_2014_ensavg_from_inca.nc
495    cd "$LMDZ_INIT"
496    for file in "aerosols1850_from_inca.nc" "aerosols9999_from_inca.nc"; do
497      if [[ ! -f $file ]]; then ${get}$file; fi
498    done
499    cd - > /dev/null
500  fi
501  # For SPLA
502  #-------------------
503  # Dans ${LMDZ_INIT} on cree folder SPLA_Init et dedans le INITIAL
504  # Pour l'instant on copie là-dedans de chez Binta les fichiers a la res zoomNaf;
505  # plus tard on y recupererea des fichiers a haute resolution reguliere depuis http:/LMDZ,
506  # a regrider ensuite par un script interp_fichiers_spla.sh (comme pour aerosols="clim")
507  # Les fichiers (regrides, sauf SOILSPEC.data utilise tel quel) seront mis dans $MAINDIR/INPUT_SPLA (equivalent de INPUT_DUST)
508  # The Path below is for JEANZAY. See with the team how to adapt to your cluster.
509  if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
510    mkdir -p "${LMDZ_INIT}/SPLA_Init"; mkdir -p "$LMDZ_INIT/SPLA_Init/INITIAL"
511    get="cp -p /gpfsstore/rech/gzi/rgzi027/ergon/BIBIAERO/INPUTS_DUST/INITIAL/"
512    liste_get="wth.dat cly.dat donnees_lisa.nc SOILSPEC.data \
513                 carbon_emissions.nc sulphur_emissions_antro.nc  \
514                 sulphur_emissions_nat.nc  sulphur_emissions_volc.nc"
515
516    cd "$LMDZ_INIT/SPLA_Init/INITIAL"
517    for file in $liste_get; do
518      if [[ ! -f $file ]]; then ${get}$file .; fi
519    done
520    cd - > /dev/null
521    ###
522    #Cas particulier des fichiers mensuels dust.nc :A DECIDER :
523    #C'est entre le cas des aerosols.clim= 1 seul fichier, annuel,
524    # et le cas des vents guidage, pré-interpolés avec era2gcm pour toute la periode, dans MAINDIR/GUIDE.
525    # On pourrait (a)demander de precalculer dust.nc aussi, dans MAINDIR/INPUT_SPLA - avec un script à adapter de Jeronimo. Rien a mettre dans SPLA_Init alors.
526    # Ou (b) fournir dans SPLA_Init les 12 mois d'un dust.nc climato (an 2006 pour nous ici) à la res EC, et faire juste le regrid vers MAINDIR/INPUT_SPLA
527    #ICI pour l'instant je copie les fichiers de chez Binta (repositoire==http...) dans LMDZ_INIT/SPLA_Init, avec test sur mois 01
528
529    if [[ ! -d ${LMDZ_INIT}/SPLA_Init/PERIOD0001 ]]; then
530      if [[ ${hostname:0:5} != "jean-" ]]; then echo "PERIOD001 (aerosols=spla) IS ONLY AVAILABLE ON JEANZAY FOR NOW, CONTACT SUPPORT"; exit 1; fi
531      cp -pr /gpfsstore/rech/gzi/rgzi027/ergon/BIBIAERO/INPUTS_DUST/PERIOD* "$LMDZ_INIT/SPLA_Init/.";
532    fi
533   #A la fin on doit avoir dans SPLA_Init les fichiers initiaux dans INITIAL plus les repertoires PERIOD00MM contenant dust.nc
534   #Cela doit se retrouver dans script_SIMU qui les copie dans le repertoire de run sur $SCRATCH
535  fi
536  #-------------------------------------------------------------------
537  # Fichiers Init
538  #-------------------------------------------------------------------
539  get="myget 3DInputData/Init/"
540  liste_get="alb_bg_modisopt_2D_ESA_v2.nc reftemp.nc"
541  cd "$LMDZ_INIT"
542  for file in $liste_get; do
543    if [[ ! -f $LMDZ_INIT/$file ]]; then ${get}$file; fi
544  done
545  cd - > /dev/null
546}
547
548function run_sim_or_init() {
549  cd "$local"
550
551  if [[ $init = 1 ]]; then
552    #####################################################################
553    echo "Creation de l etat initial"
554    #####################################################################
555
556    # Creation du repertoire INIT et mise en place de liens logiques vers les starts
557    # en anticipation de leur création :
558    mkdir "$local/$INIT"; cd "$local/$INIT"
559    for an in $mthini $yearini; do for f in start startphy; do ln -s "$f.nc" "$f.$an.nc"; done; done
560
561    # Creation du repertoire INIT temporaire et rapatriement des fichiers necessaires
562    if [[ -d $SIMRUNDIR/$INIT ]]; then mv "$SIMRUNDIR/$INIT" "$SIMRUNDIR/$INIT$$"; fi
563    mkdir "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp -r "$local/DEF" "$SIMRUNDIR/$INIT/"
564    cd "$SIMRUNDIR/$INIT"; cp DEF/*.def .; cp "$local/lmdz_env.sh" .
565    if [[ $xios = "y" ]]; then
566      cp DEF/XMLfilesLMDZ/*xml .
567      if [[ $veget != 'none' ]]; then cp DEF/XMLfilesOR$veget/*xml .; fi
568    fi
569    sed -e "s/anneeref=.*.$/anneeref=$yearini/" DEF/run.def >| run.def
570
571    #-------------------------------------------------------------------
572    # Fichiers Limit
573    #-------------------------------------------------------------------
574    local yrs suf
575    if [[ $climato = 0 ]]; then
576      # calend est choisi plus haut dans "Changements dans les fichiers DEF/*def" et ecrit dans $MAINDIR/DEF/run.def
577      yrini=$(echo "$mthini" | cut -c-4)
578      yrend=$(echo "$mthend" | cut -c-4)
579      yrs=""; yr=$yrini
580      while [[ $yr -le $yrend ]]; do yrs="$yrs $yr"; (( yr = yr + 1 )); done
581      suf="360x180_"
582    else
583      yrs=2000
584      suf="1x1_clim"
585    fi
586
587    get="myget 3DInputData/Limit/"
588    liste_get="Albedo.nc Relief.nc Rugos.nc landiceref.nc"
589    for yr in $yrs; do
590       if [[ $climato = 0 ]]; then sufyr=$suf$yr; else sufyr=$suf; fi
591       liste_get="$liste_get amipbc_sic_$sufyr.nc amipbc_sst_$sufyr.nc"
592    done
593    echo LISTEGET "$liste_get"
594    for file in $liste_get; do
595      cd "$LMDZ_INIT"
596      if [[ ! -f $LMDZ_INIT/$file ]]; then ${get}$file; fi
597      cd - > /dev/null
598      ln -s "$LMDZ_INIT/$file" .
599    done
600    #-------------------------------------------------------------------
601    # ECDYN
602    #-------------------------------------------------------------------
603    get="myget 3DInputData/Init/"
604    if [[ ! -f $LMDZ_INIT/ECDYN.nc ]]; then cd "$LMDZ_INIT"; ${get}ECDYN.nc; cd - > /dev/null; fi
605    ln -s "$LMDZ_INIT"/ECDYN.nc .
606    ln -sf ECDYN.nc ECPHY.nc
607
608    # Creation du script d'initialisation
609    cat << ...eod >| tmp
610#!/bin/bash
611#@JZ#JeanZay
612#@JZ#SBATCH --job-name=Init         # nom du job
613#@JZ#SBATCH --ntasks=1              # Nombre de processus MPI
614#@JZ#SBATCH --cpus-per-task=1      # nombre de threads OpenMP
615#@JZ# /!\ Attention, la ligne suivante est trompeuse mais dans le vocabulaire
616#@JZ# de Slurm "multithread" fait bien référence à l'hyperthreading.
617#@JZ#SBATCH --hint=nomultithread    # 1 thread par coeur physique (pas d'hyperthreading)
618#@JZ#SBATCH --time=00:10:00         # Temps d'exécution maximum demandé (HH:MM:SS)
619#@JZ#SBATCH --output=Init%j.out     # Nom du fichier de sortie
620#@JZ#SBATCH --error=Init%j.out      # Nom du fichier d'erreur (ici commun avec la sortie)
621#@JZ# To submit to dev queue; "time" (above) must be max 2h
622#@JZ#TESTQ#SBATCH --qos=qos_cpu-dev
623#@SP#Spirit
624#@SP#SBATCH --job-name=Init
625#@SP#SBATCH --ntasks=1
626#@SP#SBATCH --cpus-per-task=1
627#@SP#SBATCH --hint=nomultithread
628#@SP#SBATCH --time=00:10:00
629#@SP#SBATCH --output=Init%j.out
630#@SP#SBATCH --error=Init%j.out
631#@ADS#Adastra
632#@ADS#SBATCH --job-name=Init
633#@ADS#SBATCH --ntasks=1
634#@ADS#SBATCH --cpus-per-task=1
635#@ADS#SBATCH --nodes=1
636#@ADS#SBATCH --hint=nomultithread
637#@ADS#SBATCH --time=00:10:00
638#@ADS#SBATCH --output=Init%j.out
639#@ADS#SBATCH --error=Init%j.out
640
641set -eu
642
643# ANCIEN MULTI STEP  case \${LOADL_STEP_NAME} in
644
645# ANCIEN MULTI STEP   init )
646
647if [ ! -f lmdz_env.sh ]; then echo "manque fichier lmdz_env.sh"; ls; exit 1; fi
648. lmdz_env.sh
649ulimit -s unlimited
650cd $SIMRUNDIR/$INIT
651echo "Executable : $ce0l"
652for yr in $yrs; do
653  if [ $climato = 0 ]; then sufyr=$suf\$yr; else sufyr=$suf; fi
654  ln -sf amipbc_sic_\$sufyr.nc amipbc_sic_1x1.nc
655  ln -sf amipbc_sst_\$sufyr.nc amipbc_sst_1x1.nc
656  sed -e 's/anneeref=.*.$/anneeref='\$yr'/' DEF/run.def >| run.def
657  echo Starting initialisation
658  OMP_NUM_THREADS=1 $MPICMD 1 $ce0l  # ce0l requires MPI=OMP=1
659  if [ $climato = 0 ]; then mv limit.nc limit.\$yr.nc; fi
660done
661# ANCIEN MULTI STEP   ;;
662
663# ANCIEN MULTI STEP   interp )
664if [[ $aerosols = clim ]]; then
665  cp $local/interp_aerosols.sh .; chmod +x interp_aerosols.sh
666  # Les aerosols de l'annee 2000 ont été remplacés par "9999" qui pointe vers un fichier moyen sur 1995-2014
667  #for year in 2000 1850; do  ./interp_aerosols.sh \$year; done
668  #mv aerosols.2000.nc aerosols.clim.nc; mv aerosols.1850.nc aerosols.nat.nc
669  for year in 9999 1850; do ./interp_aerosols.sh \$year; done
670  mv aerosols.9999.nc aerosols.clim.nc; mv aerosols.1850.nc aerosols.nat.nc
671fi
672
673# AS : S'il etait possible d'automatiser l'interpolation de l'input SPLA, ce serait a lancer ici
674#en attendant, on passe au paragraphe suivant où on copie les fichiers à la res ZoomNaf depuis $LMDZ_INIT/SPLA_Init
675#if [ $aerosols = spla ]; then
676#cp $local/futur script interp_aerosols_SPLA.sh .; chmod +x interp_aerosols_SPLA.sh
677#for file in...; do  ./interp_aerosols_SPLA.sh \$year; done
678#etc etc etc ...
679#fi
680
681# Copy initial and forcing files in $local/$INIT and $local/$LIMIT; also in $local/INPUT_SPLA if $aerosols=spla
682for f in sta* gri*nc; do cp \$f $local/$INIT/\$f; done
683if [[ $climato = 1 ]]; then cp limit.nc $local/$INIT/limit.nc; fi
684mkdir -p $local/$LIMIT
685for f in limit*.nc ; do cp \$f $local/$LIMIT/\$f; done
686if [ $aerosols = clim ]; then  for f in aerosols[.0-9]*nc; do cp \$f $local/$LIMIT/\$f; done; fi
687#
688if [ $aerosols = spla ]; then
689 #mkdir -p $local/INPUT_SPLA; pour l'instant on copie $LMDZ_INIT/SPLA_Init en block
690 if [ ! -d $local/INPUT_SPLA ]; then cp -pr $LMDZ_INIT/SPLA_Init $local/INPUT_SPLA; fi
691fi
692cd $SIMRUNDIR
693...eod
694    if [[ $ok_guide != "y" ]]; then # Running first simulation automatically except for nudging
695      cat << ...eod >> tmp
696      echo "Submitting job tmp_$SIM"
697      #echo "\$SUBMITCMD tmp_$SIM"
698      #\$SUBMITCMD tmp_$SIM
699      echo submitcmd tmp_$SIM"
700      submitcmd tmp_$SIM
701...eod
702    fi
703    cat << ...eod >> tmp
704  # ANCIEN MULTI STEP   esac
705...eod
706    enable_platform tmp
707    echo "###############################################################################"
708    #echo "Submitting initialisation job <$SUBMITCMD tmp> from $(pwd)"
709    echo "Submitting initialisation job <submitcmd tmp> from $(pwd)"
710    chmod +x tmp
711    #$SUBMITCMD tmp
712    submitcmd tmp
713    echo "###############################################################################"
714
715  else #case [ $init != 1 ]
716     cd "$SIMRUNDIR"
717     echo "###############################################################################"
718     echo "Submitting job tmp_$SIM"
719     #echo "$SUBMITCMD tmp_$SIM"
720     #$SUBMITCMD "tmp_$SIM"
721     echo "submitcmd tmp_$SIM"
722     submitcmd "tmp_$SIM"
723     echo '###############################################################################'
724  fi
725}
726
727function message_post_submit() {
728  if [[ $ok_guide = "y" && $init = 1 ]]; then
729    cd "$local"
730    enable_platform era2gcm_tuto.sh
731    echo "Once initialisation is finished, you have to create nudging files"
732    echo "Edit era2gcm_tuto.sh and set the desired parameters in section <User choices>"
733    echo "Make sure you have acces to the chosen ERA files, and the required modules are loaded, then run : ./era2gcm_tuto.sh"
734    if [[ $aerosols = "spla" ]]; then
735      echo "Your aerosol choice is <spla>, so you need ERA 10m-winds interpolated on LMDZ grid. Use script era2gcm_uv10m.sh"
736    fi
737  else
738    echo "Si tout se passe bien, vous avez initialisé et lancé automatiquement la simulation."
739    echo "Le job qui a été lancé se trouve sur $SIMRUNTOPDIR/tmp_$SIM"
740  fi
741}
742
743function setup_and_load_lmdz_env() {
744  if [[ ! -f .lmdz_setup_root_dir ]]; then echo "STOP: setup.sh is not located in the root dir ??!!"; exit 1; fi
745  # sed root_dir in lmdz_env.sh
746  sed -i'' "s<root_dir=.*<root_dir=$local<" lmdz_env.sh
747
748  # Set up the appropriate environment
749  source lmdz_env.sh
750}
751
752local=$(pwd)
753
754setup_and_load_lmdz_env
755load_install_lib
756define_expert_options
757set_default_params
758read_cmdline_args "$@"
759ensure_correct_option_combinations
760install_model
761setup_def
762setup_ce0l
763setup_simu
764fetch_simu_init_files
765run_sim_or_init
766message_post_submit
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.