[4615] | 1 | #!/bin/bash |
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| 2 | # |
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| 3 | #SBATCH --job-name=NOM_SIMU # nom du job |
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| 4 | #SBATCH -A groupe@cpu |
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| 5 | # Nombre de processus MPI : |
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| 6 | #SBATCH --ntasks=8 |
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| 7 | # number of MPI processes per node : |
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| 8 | #SBATCH --ntasks-per-node=5 |
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| 9 | # nombre de threads OpenMP |
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| 10 | #SBATCH --cpus-per-task=5 |
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| 11 | # de Slurm "multithread" fait bien reference a l'hyperthreading. |
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| 12 | #SBATCH --hint=nomultithread # 1 thread par coeur physique (pas d'hyperthreading) |
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| 13 | #SBATCH --time=00:30:00 # Temps d execution maximum demande (HH:MM:SS) |
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| 14 | #SBATCH --output=outNOM_SIMU%j # Nom du fichier de sortie |
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| 15 | #SBATCH --error=outNOM_SIMU%j # Nom du fichier d'erreur (ici commun avec la sortie) |
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| 16 | # |
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| 17 | # To submit to test queue ; "time" (above) must be max 30 min |
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| 18 | # #SBATCH --qos=qos_cpu-dev |
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| 19 | |
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| 20 | set -ex |
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| 21 | |
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| 22 | |
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| 23 | ntasks=8 |
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| 24 | nthreads=4 |
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| 25 | # number of OpenMP threads: |
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| 26 | export OMP_NUM_THREADS=$nthreads |
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| 27 | # private memory for each thread |
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| 28 | export OMP_STACKSIZE=800M |
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| 29 | # Binding |
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| 30 | export OMP_PLACES=cores |
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| 31 | |
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| 32 | simul=NOM_SIMU |
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| 33 | ulimit -s unlimited |
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| 34 | #### reste ada : export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/smplocal/pub/NetCDF/4.1.3/lib:/smplocal/pub/HDF5/1.8.9/seq/lib |
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| 35 | |
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| 36 | |
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| 37 | reseau_local=0 |
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| 38 | #veget=y |
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| 39 | veget=CMIP6 |
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| 40 | if [ $veget = NONE ] ; then VEGET=n ; else VEGET=y ; fi |
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| 41 | |
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| 42 | isotopes=n |
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| 43 | # If isotopes=y, initialisation_iso will be changed to 0 in iso.def after the 1st run period, to read isotopes in restart files |
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| 44 | |
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| 45 | # Choice of aerosols : n / clim / spla |
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| 46 | aerosols=clim |
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| 47 | stopsim=201101 |
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| 48 | ok_guide=y # y/n guidage ou non |
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| 49 | climato=1 |
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| 50 | orchidee_rev=5004 |
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| 51 | |
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| 52 | echo '##############################################################' |
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| 53 | echo '# Gestion des repertoires de lancement ' |
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| 54 | echo '##############################################################' |
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| 55 | |
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| 56 | # Repertoires de la simulation |
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| 57 | SCRATCHD=$SCRATCH |
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| 58 | STORED=$STORE |
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| 59 | MAINDIR=LMDZOR96x95x79 |
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| 60 | SIMU_dir=$MAINDIR/$simul |
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| 61 | SIMUDIR=$STORED/$SIMU_dir |
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| 62 | |
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| 63 | # Repertoires de travail |
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| 64 | WWORKD=$SCRATCHD/$SIMU_dir$$ |
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| 65 | mkdir -p $WWORKD |
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| 66 | cd $WWORKD |
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| 67 | SCRIPTDIR=$SCRATCHD/$MAINDIR |
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| 68 | |
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| 69 | cp $STORED/$MAINDIR/lmdz_env.sh . ; . lmdz_env.sh |
---|
| 70 | ERADIR=$STORED/$MAINDIR/GUIDE |
---|
| 71 | if [ "$aerosols" = "spla" ] ; then ERA10mDIR=$STORED/$MAINDIR/ERA10m ; fi |
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| 72 | LIMITDIR=$STORED/$MAINDIR/LIMIT |
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| 73 | SPLADIR=$STORED/$MAINDIR/INPUT_SPLA |
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| 74 | DEFDIR=$SIMUDIR/DEF |
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| 75 | |
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| 76 | GET='ln -s' |
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| 77 | PUT='mv ' |
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| 78 | |
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| 79 | |
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| 80 | echo '##################################################################' |
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| 81 | echo 'Gestion des mois et annees' |
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| 82 | echo '##################################################################' |
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| 83 | |
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| 84 | $GET $SIMUDIR/etat |
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| 85 | year=`tail -1 etat | awk ' { print $1 } ' | cut -c1-4` |
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| 86 | month=`tail -1 etat | awk ' { print $1 } ' | cut -c5-` |
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| 87 | echo year $year month $month |
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| 88 | |
---|
| 89 | if [ "$month" = "" ] ; then |
---|
| 90 | paran=1 |
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| 91 | ym=$year |
---|
| 92 | next=`expr $ym + 1` |
---|
| 93 | else |
---|
| 94 | paran=0 |
---|
| 95 | if [ $month = 12 ] ; then |
---|
| 96 | nextmonth=1 |
---|
| 97 | nextyear=`expr $year + 1` |
---|
| 98 | else |
---|
| 99 | nextmonth=`expr $month + 1` |
---|
| 100 | nextyear=$year |
---|
| 101 | fi |
---|
| 102 | if [ `echo $nextmonth | wc -m` = 2 ] ; then |
---|
| 103 | nextmonth=0$nextmonth |
---|
| 104 | fi |
---|
| 105 | ym=$year$month |
---|
| 106 | next=$nextyear$nextmonth |
---|
| 107 | fi |
---|
| 108 | |
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| 109 | |
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| 110 | echo ym $ym |
---|
| 111 | echo mois ancien : $ym |
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| 112 | echo mois nouveau : $next |
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| 113 | |
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| 114 | INI=${SPLADIR}/INITIAL |
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| 115 | PERIOD=${SPLADIR}/PERIOD00${month}/SUB |
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| 116 | |
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| 117 | echo '#################################################################' |
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| 118 | echo 'Modification de run.def et gcm.def pour prendre en compte la duree du' |
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| 119 | echo 'du mois en question.' |
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| 120 | echo 'le dayref est modifie pour tricher avec le calendrier (ecrit pour' |
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| 121 | echo 'une annee de 260 jours dans le modele).' |
---|
| 122 | echo 'On passe donc comme jour de reference le numero du jour du mois dans' |
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| 123 | echo 'une annee en 360 jours.' |
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| 124 | echo '#################################################################' |
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| 125 | |
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| 126 | # Choix du calendrier |
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| 127 | #AS: La condition if "$climato" = "0" suffit, car "$ok_guide" = "y" est interdit avec $climato" = "1" dans setup.sh (exit ligne 160) |
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| 128 | ##calend=earth_360d |
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| 129 | ##if [ "$ok_guide" = "y" -o "$climato" = "0" ] ; then calend=gregorian ; fi |
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| 130 | if [ "$climato" = "0" ] ; then calend=gregorian ; else calend=earth_360d ; fi |
---|
| 131 | bisextile=0 |
---|
| 132 | if [ $(( $year % 4 )) = 0 -a $calend = gregorian ] ; then bisextile=1 ; fi |
---|
| 133 | if [ $paran = 0 ] ; then |
---|
| 134 | if [ "$calend" = "gregorian" ] ; then |
---|
| 135 | ndays=( 31 28 31 30 31 30 31 31 30 31 30 31 ) |
---|
| 136 | if [ $bisextile = 1 ] ; then ndays[1]=29 ; fi |
---|
| 137 | else |
---|
| 138 | ndays=( 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 ) |
---|
| 139 | fi |
---|
| 140 | #Constants with a leading 0 are interpreted as octal numbers. |
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| 141 | # You can remove the leading zero by parameter expansion: hour=${hour#0} |
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| 142 | |
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| 143 | nday=${ndays[(( ${month#0} - 1 ))]} |
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| 144 | ndayh=$nday |
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| 145 | dayref=1 ; mm=1 ; while [ $mm -lt ${month#0} ] ; do |
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| 146 | (( dayref = $dayref + ${ndays[(( $mm - 1 ))]} )) ; (( mm = $mm + 1 )) ; done |
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| 147 | else |
---|
| 148 | dayref=1 |
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| 149 | if [ "$calend" = "gregorian" ] ; then |
---|
| 150 | if [ $bisextile = 0 ] ; then nday=365 ; else nday=366 ; fi |
---|
| 151 | else |
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| 152 | nday=360 ; ndayh=30 |
---|
| 153 | fi |
---|
| 154 | fi |
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| 155 | |
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| 156 | echo CALENDRIER $calend : longueur du mois vrai $year $month $nday dayref=$dayref |
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| 157 | |
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| 158 | |
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| 159 | echo '####################################################################' |
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| 160 | echo '# On va chercher les fichiers necessaires a la simulation' |
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| 161 | echo '####################################################################' |
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| 162 | #Reminder : we are in $WWORKD = $SCRATCHD/$SIMU_dir = $SCRATCHD/$MAINDIR/$simul |
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| 163 | |
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| 164 | echo DEFDIR $DEFDIR |
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| 165 | echo SIMUDIR $SIMUDIR |
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| 166 | echo simul $simul |
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| 167 | |
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| 168 | if [ $reseau_local = 0 ] ; then mkdir DEF ; cd DEF ; $GET $DEFDIR/* . ; cd .. ; fi |
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| 169 | |
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| 170 | cp -f DEF/* . |
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| 171 | #---The following changes in .def files will only be visible in the running directory (on SCRATCH if $reseau_local = 0) |
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| 172 | # They concern variables that change during runtime : nday, dayref, anneeref, ndayh |
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| 173 | # The other "sed" were totally or partially moved in setup.sh, to be done in $MAINDIR/DEF/*.def, before creating $MAINDIR/$SIMU (more transparent) |
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| 174 | #sed -e 's/ok_guide=.*.$/ok_guide='$ok_guide'/' DEF/guide.def >| guide.def |
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| 175 | #sed -e 's/nday=.*.$/nday='$nday'/' -e 's/dayref=.*.$/dayref='${dayref}'/' -e 's/calend=.*.$/calend='$calend'/' -e 's/anneeref=.*.$/anneeref='$year'/' DEF/run.def >| run.def |
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| 176 | |
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| 177 | #=====!!!!!!!!====!!!!!!====!!!!+++====!!!!!!====!!!!!!!=====!!!!!!====z!!!====!!!!========!!!!!========!!! |
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| 178 | ##POUR que des TESTS soyent tres RAPIDES (pour ex, verifier fichiers input), ON FORCE nday=1 jour !!! |
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| 179 | #nday=1 |
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| 180 | #=====!!!!!!!!====!!!!!!====!!!!+++====!!!!!!====!!!!!!!=====!!!!!!====z!!!====!!!!========!!!!!========!!! |
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| 181 | |
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| 182 | sed -e 's/nday=.*.$/nday='$nday'/' -e 's/dayref=.*.$/dayref='${dayref}'/' -e 's/anneeref=.*.$/anneeref='$year'/' DEF/run.def >| run.def |
---|
| 183 | sed -e 's/phys_out_filetimesteps=[[:space:]]*[0-9][0-9]day/phys_out_filetimesteps= '$ndayh'day/' DEF/config.def >| config.def |
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| 184 | #--- End of *.def changes in the $WWORKD only |
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| 185 | |
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| 186 | ${GET} $SIMUDIR/start.$ym.nc start.nc |
---|
| 187 | ${GET} $SIMUDIR/startphy.$ym.nc startphy.nc |
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| 188 | if [ $climato = 1 ] ; then |
---|
| 189 | ${GET} $LIMITDIR/limit.nc limit.nc |
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| 190 | else |
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| 191 | ${GET} $LIMITDIR/limit.$year.nc limit.nc |
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| 192 | fi |
---|
| 193 | |
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| 194 | |
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| 195 | echo '####################################################################' |
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| 196 | echo '# Imports des fichiers aerosols si flag_aerosol>0 dans config.def, ' |
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| 197 | echo '# et si dans setup.sh on a "aerosols=clim" ou "aerosols=spla". ' |
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| 198 | echo '# NOTE: Si "aerosols=n" dans setup.sh, script_SIMU met flag_aerosol=0 et on tourne SANS aerosols' |
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| 199 | echo '####################################################################' |
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| 200 | if [ "`grep 'flag_aerosol=' config.def | head -1 | cut -d= -f2`" != 0 ] ; then |
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| 201 | if [ $aerosols = clim ] ; then |
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| 202 | # if [ $climato = 1 ] ; then suf=clim ; else suf=$year ; fi |
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| 203 | suf=clim |
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| 204 | # Le script pourrait être sophistique pour prendre des aerosols interannuels |
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| 205 | ${GET} $LIMITDIR/aerosols.$suf.nc aerosols$year.nc |
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| 206 | if [ ! -f aerosols1980.nc ] ; then ${GET} $LIMITDIR/aerosols.$suf.nc aerosols1980.nc ; fi |
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| 207 | ${GET} $LIMITDIR/aerosols.nat.nc aerosols.nat.nc |
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| 208 | fi |
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| 209 | |
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| 210 | ## Ca doit etre la meme liste de fichiers rapatriee par setup.sh dans $LMDZ_Init/SPLA_Init |
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| 211 | ## et interpolee (setup.sh aussi) dans $SPLADIR |
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| 212 | if [ $aerosols = spla ] ; then |
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| 213 | inputf="wth.dat cly.dat donnees_lisa.nc SOILSPEC.data \ |
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| 214 | carbon_emissions.nc sulphur_emissions_antro.nc \ |
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| 215 | sulphur_emissions_nat.nc sulphur_emissions_volc.nc" |
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| 216 | for file in $inputf ; do ${GET} $INI/$file . ; done |
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| 217 | |
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| 218 | change="dust.nc " |
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| 219 | for file in $change ; do ${GET} $PERIOD/$file . ; done |
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| 220 | |
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| 221 | # Le calcul d'emissions de sels marins utilise les vents ERA-10m interpoles sur grille_s (lonv,latu) avec le script era2gcm_uv10m.sh |
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| 222 | # NB : GET=ln -s ; ERA10mDIR contient lui-meme le lien ERA10m vers le repertoire des vents interpoles $REA_uv10m (REA=ERA5, ERAI ou OPERA) |
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| 223 | ventl="u10m.nc v10m.nc" |
---|
| 224 | for file in $ventl ; do ${GET} $ERA10mDIR/${year}/${month}/$file . ; done |
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| 225 | fi |
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| 226 | fi |
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| 227 | |
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| 228 | #---------------------------------------- |
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| 229 | # Noveaux forcages a activer a l'avenir |
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| 230 | # (commentes en attendant) : |
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| 231 | #---------------------------------------- |
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| 232 | #for file in climoz_LMDZ.nc solarforcing.nc taulwstrat.2D.nc tauswstrat.2D.nc ; do |
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| 233 | # ${GET} $LIMITDIR/$file $file |
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| 234 | #done |
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| 235 | #---------------------------------------- |
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| 236 | |
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| 237 | ${GET} $SIMUDIR/gcm.e gcm.e ; chmod +x gcm.e |
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| 238 | |
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| 239 | |
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| 240 | if [ $VEGET = y ] ; then |
---|
| 241 | set +e ; for t in stomate sechiba ; do cp $SIMUDIR/start_$t.$ym.nc ${t}_rest_in.nc ; done ; set -e |
---|
| 242 | if [ "`grep RIVER_ROUTING orchidee.def |grep -i y`" ] ; then |
---|
| 243 | set +e ; ln -s $LMDZ_Init/routing_simple.nc . ; ln -s $LMDZ_Init/routing.nc . |
---|
| 244 | cp $SIMUDIR/start_routing.$ym.nc routing_start.nc ; set -e |
---|
| 245 | fi |
---|
| 246 | |
---|
| 247 | #For Orchidee trunk (post-CMIP6), orchidee_pft.def must be copied in addition to orchidee.def |
---|
| 248 | \cp -f DEF/orchidee*.def . |
---|
| 249 | |
---|
| 250 | # Test sur sechiba_rest_in.nc, |
---|
| 251 | # supposant que les restarts pour sechiba, stomate, et routing le cas echeant, |
---|
| 252 | # sont soit tous dispo, soit tous absents |
---|
| 253 | if [ ! -f sechiba_rest_in.nc ] ; then |
---|
| 254 | echo '#########################################################' |
---|
| 255 | echo Autoinitialisation d orchidee au besoin |
---|
| 256 | echo '#########################################################' |
---|
| 257 | get="ln -s $LMDZ_Init/" |
---|
| 258 | for file in cartepente2d_15min.nc \ |
---|
| 259 | lai2D.nc soils_param.nc soil_bulk_and_ph.nc alb_bg_modisopt_2D_ESA_v2.nc reftemp.nc ; do ${get}$file ; done |
---|
| 260 | |
---|
| 261 | ln -sf alb_bg_modisopt_2D_ESA_v2.nc alb_bg.nc |
---|
| 262 | |
---|
| 263 | echo ATTENTION : ON UTILISE LES FICHIERS DE L ANNEE 2000 |
---|
| 264 | ${get}PFTmap_15PFT.v1_2000.nc PFTmap.nc |
---|
| 265 | ${get}woodharvest_2000.nc woodharvest.nc |
---|
| 266 | |
---|
| 267 | sed -e 's/^SECHIBA_restart_in.*./SECHIBA_restart_in=NONE/' \ |
---|
| 268 | -e 's/^STOMATE_RESTART_FILEIN.*./STOMATE_RESTART_FILEIN=NONE/' \ |
---|
| 269 | -i orchidee.def |
---|
| 270 | |
---|
| 271 | if [ $veget = 7994 ] ; then |
---|
| 272 | get="ln -s $LMDZ_Init/" |
---|
| 273 | for file in ndep_nhx.nc ndep_noy.nc nfert_cropland.nc nfert_pasture.nc nmanure_cropland.nc nmanure_pasture.nc bnf.nc ; do ${get}$file ; done |
---|
| 274 | fi |
---|
| 275 | |
---|
| 276 | fi |
---|
| 277 | |
---|
| 278 | fi |
---|
| 279 | |
---|
| 280 | |
---|
| 281 | echo '#################################################################' |
---|
| 282 | echo 'Repertoire contenant les fichiers de reanalyses' |
---|
| 283 | echo '#################################################################' |
---|
| 284 | |
---|
| 285 | if [ "$ok_guide" = "y" ] ; then |
---|
| 286 | \rm -f u.nc v.nc T.nc hur.nc |
---|
| 287 | if [ -f u.nc ] ; then |
---|
| 288 | echo PROBLEME D EFFACEMENT DES FICHIERS DE REANALYSES |
---|
| 289 | exit |
---|
| 290 | fi |
---|
| 291 | for var in u v T hur ; do $GET $ERADIR/$year/$month/$var.nc $var.nc ; done |
---|
| 292 | echo Fin du rapatriement des fichiers de guidage |
---|
| 293 | fi |
---|
| 294 | |
---|
| 295 | echo '##################################################################' |
---|
| 296 | echo 'liste des fichiers avant le lancement de la simulation' |
---|
| 297 | echo '##################################################################' |
---|
| 298 | ls -lrt |
---|
| 299 | #diff DEF ./ |
---|
| 300 | |
---|
| 301 | echo '##################################################################' |
---|
| 302 | echo 'Lancement de la simulation' |
---|
| 303 | echo '##################################################################' |
---|
| 304 | |
---|
| 305 | time $run $ntasks ./gcm.e > listing |
---|
| 306 | if [ ! -f restartphy.nc ] ; then |
---|
| 307 | echo PROBLEME PAS DE FICHIER RESTARTPHY |
---|
| 308 | exit |
---|
| 309 | fi |
---|
| 310 | |
---|
| 311 | echo '##################################################################' |
---|
| 312 | echo 'sauvegarde des fichiers de sortie' |
---|
| 313 | echo '##################################################################' |
---|
| 314 | |
---|
| 315 | # listing |
---|
| 316 | ${PUT} listing ${SIMUDIR}/list$ym |
---|
| 317 | ${PUT} out_orchidee_0000.0000 ${SIMUDIR}/out_orchidee$ym |
---|
| 318 | |
---|
| 319 | # restart(s) |
---|
| 320 | ${PUT} restart.nc ${SIMUDIR}/start.$next.nc |
---|
| 321 | ${PUT} restartphy.nc ${SIMUDIR}/startphy.$next.nc |
---|
| 322 | if [ $VEGET = y ] ; then for t in sechiba stomate ; do |
---|
| 323 | f=${t}_rest_out.nc ; if [ -f $f ] ; then ${PUT} $f ${SIMUDIR}/start_$t.$next.nc ; fi ; done |
---|
| 324 | f=routing_restart.nc ; if [ -f $f ] ; then ${PUT} $f ${SIMUDIR}/start_routing.$next.nc ; fi |
---|
| 325 | fi |
---|
| 326 | |
---|
| 327 | # fichiers "histoires" |
---|
| 328 | # Si on tourne avec xios (et type="one_file") au lieu de ioipsl, on n'a pas besoin de rebuild, on doit juste copier les fichiers |
---|
| 329 | liste_out="histmth histday histhf histmthCOSP Xhistins XhistLES sechiba_history sechiba_history_4dim sechiba_out_2 stomate_history stomate_ipcc_history diag_routing dynzon" |
---|
| 330 | xios_used=0 |
---|
| 331 | |
---|
| 332 | for fileout in $liste_out ; do |
---|
| 333 | if [ -f $fileout.nc ] ; then |
---|
| 334 | ${PUT} $fileout.nc ${SIMUDIR}/$fileout.$ym.nc |
---|
| 335 | xios_used=1 |
---|
| 336 | fi |
---|
| 337 | done |
---|
| 338 | |
---|
| 339 | if [ $xios_used = 0 ] ; then |
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| 340 | $GET $SIMUDIR/reb.sh |
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| 341 | chmod +x reb.sh |
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| 342 | ./reb.sh $ym $SIMUDIR $liste_out |
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| 343 | fi |
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| 344 | |
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| 345 | if [ -f guide_ins.nc ] ; then ${PUT} guide_ins.nc ${SIMUDIR}/guide_ins.$ym.nc ; fi |
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| 346 | |
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| 347 | echo '##################################################################' |
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| 348 | echo 'preparation et lancement de la simulation suivante' |
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| 349 | echo '##################################################################' |
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| 350 | |
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| 351 | # Gestion du fichier etat de controle de la simulation |
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| 352 | echo $ym OK >> etat |
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| 353 | echo $next a faire >> etat |
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| 354 | # ${PUT} etat $SIMUDIR/etat # Pas necessaire car etat est un lien vers $SIMUDIR/etat |
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| 355 | |
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| 356 | # set initialisation_iso to 0 for next run to read isotopes from restart files |
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| 357 | if [ $isotopes = y ] ; then |
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| 358 | sed -i 's/^initialisation_iso=.*.$/initialisation_iso=0/' $SIMUDIR/DEF/iso.def |
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| 359 | fi |
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| 360 | set +e ; \rm out* sec* sta* list* rest* gcm.e aer* ; set -e |
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| 361 | |
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| 362 | # Arret si on est arrive au bout |
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| 363 | if [ $next = $stopsim ] ; then |
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| 364 | echo 'On arrive au bout, simulation next:'$next', stopsim:'$stopsim |
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| 365 | # Cas particulier ou on veut chainer plusieurs simulations multi annuelles. |
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| 366 | # pour le tuning automatique. |
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| 367 | # Ici on passe de SCM_1-019 a SCM_1-029 |
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| 368 | if [ "${simul:0:3}" = "SCM" ] ; then |
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| 369 | pre="SCM_1-" |
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| 370 | num=`echo $simul | sed -e 's/'$pre'//'` |
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| 371 | # (( num = $num + 10 )) change a cause d un probleme avec 008 |
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| 372 | num=`echo $num | awk ' { print $1 + 10 } '` |
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| 373 | num=`printf "%03d\n" $num` |
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| 374 | simul_new=$pre$num |
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| 375 | cd $SCRIPTDIR |
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| 376 | if [ $num -le 250 ] ; then |
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| 377 | sed -e 's/^simul=.*.$/simul='$simul_new'/' -e 's/^\# @ job_nam.*.=.*.$/\# @ job_name = '$simul_new'/' tmp_$simul >| tmp_$simul_new |
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| 378 | sbatch tmp_$simul_new |
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| 379 | fi |
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| 380 | fi |
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| 381 | exit |
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| 382 | fi |
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| 383 | |
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| 384 | |
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| 385 | echo '##################################################################' |
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| 386 | echo 'lancement de la simulation suivante tmp_'$simul' depuis :' |
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| 387 | echo '##################################################################' |
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| 388 | pwd |
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| 389 | |
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| 390 | |
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| 391 | cd $SCRIPTDIR |
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| 392 | sbatch tmp_$simul |
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