source: BOL/LMDZ_Setup/era2gcm_tuto.sh @ 5456

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New version of LMDZ_Setup as rewritten by A. Barral
File size: 10.0 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3. lmdz_env.sh
4
5#-----------------------------------------------------------------------------
6#
7#  Script for interpolating monthly ERA* files to the LMDZ grid;
8#  it creates the folder structure required by the LMDZ_Setup scripts
9#
10#  NB: for "cleanest" guiding, the 1st step of the next month should be added at the end of each month.
11#    If you need such precision, you should use the scripts here  - AND adjust "ERADIR" in script_SIMU !
12#    wget http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/TOOLS/INTERP_NUDGE
13#      documented on LMDZpedia (search for "Guidage" )
14#
15#-----------------------------------------------------------------------------
16# Requires : netcdf, ferret, nco, cdo
17#-----------------------------------------------------------------------------
18#@JZ module load netcdf/4.7.2-mpi-cuda ferret nco cdo
19#
20# Check&modify section "User choices", then run the script with ./era2gcm.sh
21#-----------------------------------------------------------------------------
22# ATTENTION : VERIFIEZ
23#  --> l'accès (repositoire ou telechargement) a la réanalyse ERA souhaitée (variable ANA_DIR)
24#    Contact pour demander acces aux fichiers sur Jean-Zay :
25#        Sophie Bouffiès-Cloché, IPSL : Sophie.Bouffies-Cloche@ipsl.fr
26
27#  --> la disponibilite des fichiers pour la periode souhaitee (variables file*)
28#-----------------------------------------------------------------------------
29
30#------------------------------------------------
31# User choices
32#------------------------------------------------
33# Periode :
34mth_i=202201
35mth_f=202201
36#
37# Guidage en vent(u&v) et/ou temperature, humidite
38guide_uv="y"
39guide_t="n"
40guide_q="n"
41#
42# Choix des fichiers de guidage ("rea"nalyses) : ERA5, ERAI, OPERA
43rea="ERA5"
44#------------------------------------------------
45
46#@JZ ERA5_PATH="/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/ERA5/"
47#@JZ ERAI_PATH="/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/ERAI/"
48#@ADS ERA5_PATH="/lus/work/CT1/cad15221/abarral/ERA_TMP/"  # /!\ temp for test only !
49#@ADS ERAI_PATH=""  # /!\ temp for tests only!
50#@ADS echo "/!\ Nudging files are not available on Adastra for now !"; exit 1  # comment this line for tests
51#@ADS SCRATCH=$SCRATCHDIR
52
53set -u  # raise error if path if unset on machine
54echo "Paths: $ERA5_PATH $ERAI_PATH $SCRATCH"
55set +u
56
57GRID_DIR=./INIT
58
59#-----------------------------------------------------------------------------
60#Utilite du block suivant a re-examiner :
61#-----------------------------------------------------------------------------
62#L'utilisateur a maintenant des choix a faire en plus de mth* : type de guidage, et "rea"
63# Alors c'est plus facile d'editer&modifier le script, puis lancer avec ./era2gcm.sh, que de donner tous les params
64# TODO check w/ Adriana if we can remove those and put them as inline args (above)
65while (($# > 0))
66   do
67   case $1 in
68     "-h") cat <<........fin
69           ./era2gcm.sh [-mthini initial_month] [-mthend final_month] [-grid_dir directory_containing_grille_gcm.nc]
70........fin
71     exit ;;
72     "-grille_dir") GRID_DIR=$2 ; shift ; shift ;;
73     "-mthini") mth_i=$2 ; shift ; shift ;;
74     "-mthend") mth_f=$2 ; shift ; shift ;;
75     *) $0 -h ; exit 1
76   esac
77done
78#--Fin du bloc a examiner --------------------------------------------
79
80tmin=1
81resol=grilles_gcm.nc
82
83GRID_FI=${GRID_DIR}/${resol}
84if [ ! -f "$GRID_FI" ] ; then
85   echo "Le fichier $GRID_DIR/$resol est nécessaire; créer le fichier $GRID_FI avec grilles_gcm_netcdf.e"
86   exit 1
87fi
88mth=$mth_i
89
90
91#####################################################################
92while (( mth <= mth_f )) ; do
93#####################################################################
94   echo "mth $mth"
95   mois=$(echo "$mth" | cut -c 5-)
96   an=$(echo "$mth" | cut -c -4)
97   ndays=( 31 28 31 30 31 30 31 31 30 31 30 31 )
98   months=( jan feb mar apr may jun jul aug sep oct nov dec )
99   if [ $(( an % 4 )) = 0 ] ; then ndays[1]=29 ; fi
100   imois=$(( ${mois#0} - 1 ))
101   month=${months[$imois]}
102   nday=${ndays[$imois]}
103   tmax=$(( nday * 4 ))
104   echo "PARAMETRES CALENDAIRES $imois $month $nday $tmax"
105
106
107   iip1=$(ncdump -h "$GRID_FI" | grep lonu | head -1 | awk ' { print $3 } ')
108   jjm=$(ncdump -h "$GRID_FI" | grep latv | head -1 | awk ' { print $3 } ')
109   (( jjp1 = jjm + 1 ))
110#   \rm t2.nc ua.nc va.nc sst.nc u.nc v.nc T.nc ts.nc
111
112#####################################################################
113# Choix de la periode temporelle
114#####################################################################
115
116   t0="l=$tmin"
117   t1tn="l=${tmin}:${tmax}"
118
119#####################################################################
120# Lien avec les fichiers netcdf contenant les d0 ECMWF
121#####################################################################
122   echo "-------- liens de telechargement a actualiser ----"
123   if [ "$rea" = "ERA5" ] ; then
124     if [[ $an -ge 2022 ]] ; then
125      ANA_DIR="$ERA5_PATH/NETCDF/GLOBAL_025/hourly"
126      suf="ap1e5.GLOBAL_025"
127     else
128      ANA_DIR="$ERA5_PATH/NETCDF/GLOBAL_025/4xdaily"
129      suf="aphe5.GLOBAL_025"
130     fi
131   elif [ "$rea" = "ERAI" ] ; then
132      ANA_DIR="$ERAI_PATH/NETCDF/GLOBAL_1125/4xdaily"
133      suf="aphei.GLOBAL_1125"
134   fi
135
136varu=u
137varv=v
138vart=ta # peut etre parfois juste "t"
139varq=q
140if [ "$rea" = "ERA5" ] ; then varq=r ; fi
141#varp=msl
142
143if [ "$rea" = "ERAI" ] ; then
144  # variables en format "short" doivent etre transformees en "float" via NCO
145  # This is done here with ncap2 ; also possible: "ncpdq --overwrite --unpack fin.nc fout.nc"
146  fushort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
147  fvshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
148  ftshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
149  fqshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
150  fileu="$SCRATCH/u.$an$mois.$suf.nc"
151  filev="$SCRATCH/v.$an$mois.$suf.nc"
152  filet="$SCRATCH/ta.$an$mois.$suf.nc"
153  fileq="$SCRATCH/r.$an$mois.$suf.nc"
154  if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then
155    ncap2 -s 'u=float(u)' $fushort $fileu
156    ncap2 -s 'v=float(v)' $fvshort $filev
157  fi
158  if [ "$guide_t" = "y" ] ; then ncap2 -s 'ta=float(ta)' $ftshort $filet ; fi
159  if [ "$guide_q" = "y" ] ; then ncap2 -s 'q=float(q)' $fqshort $fileq ; fi
160elif [ "$rea" = "ERA5" -a $an -ge 2022 ] ; then
161  echo Extract 0,6,12,18 hours from ERA5 hourly files
162  fu1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
163  fv1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
164  ft1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
165  fq1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
166  fileu="$SCRATCH/u.$an$mois.$suf.nc"
167  filev="$SCRATCH/v.$an$mois.$suf.nc"
168  filet="$SCRATCH/ta.$an$mois.$suf.nc"
169  fileq="$SCRATCH/r.$an$mois.$suf.nc"
170  if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then 
171    cdo selhour,0,6,12,18 $fu1h $fileu
172    cdo selhour,0,6,12,18 $fv1h $filev
173  fi
174  if [ "$guide_t" = "y" ] ; then cdo selhour,0,6,12,18 $ft1h $filet ; fi
175  if [ "$guide_q" = "y" ] ; then cdo selhour,0,6,12,18 $fq1h $fileq ; fi
176else 
177 fileu="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
178 filev="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
179 filet="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
180 fileq="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
181fi
182
183# verifier disponibilite des fichiers
184if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then  ls $fileu ; ls $filev ; fi
185if [ "$guide_t" = "y" ] ; then  ls $filet ; fi
186if [ "$guide_q" = "y" ] ; then  ls $fileq ; fi
187
188outd=GUIDE_${rea}/$an/$mois
189mkdir -p $outd
190
191# effacer lien vers repertoire des vents ERA interpoles (utilise dans script_SIMU) s'il existe deja
192# recreer lien vers le repertoire "rea" choisi
193# NB : si GUIDE existe en tant que repertoire, non pas comme lien, il n'est pas affecte
194rm -f GUIDE
195ln -s GUIDE_${rea} GUIDE
196
197ij="i=1:$iip1,j=1:$jjp1"
198ijm="i=1:$iip1,j=1:$jjm"
199
200###################################################################3
201# scripts ferret pour interpolation
202###################################################################3
203
204# --- guide uv ---
205
206if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then
207
208
209cat << eod >| tmp_uv.jnl
210! NB : Augmenter la memoire (plus de 512) peut faire planter
211set memory/size=512
212
213use "$GRID_FI"
214use "$fileu"
215use "$filev"
216
217define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
218! Pour regrid horizontal on utilise la variable grille_s(lonv,latu) du fichier grilles_gcm.nc
219
220
221!! ATTENTION : pour ecrire le fichier en simple, non pas double precision :
222!! on utilise directement $varu = "float" dans le fichier d'origine (non pas une variable definie avec "let" dans ferret)
223!! Alors il faut renommer la variable à la fin (ncrename), car le code cherche "UWND", "VWND".
224save/clobber/file="$outd/u.nc" $varu[d=2,gxy=grille_u[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
225repeat/$t1tn save/file="$outd/u.nc"/append $varu[d=2,gxy=grille_u[d=1],$ij,gt=thour@asn]
226save/clobber/file="$outd/v.nc" $varv[d=3,gxy=grille_v[d=1],$ijm,$t0,gt=thour@asn]
227repeat/$t1tn save/file="$outd/v.nc"/append $varv[d=3,gxy=grille_v[d=1],$ijm,gt=thour@asn]
228
229eod
230
231ferret -nojnl <<eod
232go tmp_uv.jnl
233quit
234eod
235#Ferret a ecrit $varu en majuscules, l'equivalent en bash est ${varu^^}
236#   (Note : inversement, ${varu,,} passe $varu de majuscules en minuscules)
237ncrename -v ${varu^^},UWND $outd/u.nc
238ncrename -v ${varv^^},VWND $outd/v.nc
239
240fi  # ------- fin guide_uv --------
241
242# --- guide_t  ---
243
244if [ "$guide_t" = "y" ] ; then
245
246cat << eod >| tmp_t.jnl
247set memory/size=512
248
249use "$GRID_FI"
250use "$filet"
251
252define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
253
254save/clobber/file="$outd/T.nc" $vart[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
255repeat/$t1tn save/file="$outd/T.nc"/append $vart[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,gt=thour@asn]
256eod
257
258ferret -nojnl <<eod
259go tmp_t.jnl
260quit
261eod
262ncrename -v ${vart^^},AIR $outd/T.nc
263
264fi  # ------- fin guide_t --------
265
266# --- guide_q  ---
267
268if [ "$guide_q" = "y" ] ; then
269
270cat << eod >| tmp_q.jnl
271set memory/size=512
272
273use "$GRID_FI"
274use "$fileq"
275
276define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
277
278save/clobber/file="$outd/hur.nc" $varq[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
279repeat/$t1tn save/file="$outd/hur.nc"/append $varq[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,gt=thour@asn]
280eod
281
282ferret -nojnl << eod
283go tmp_q.jnl
284quit
285eod
286ncrename -v ${varq^^},RH $outd/hur.nc
287
288fi  # ------- fin guide_q --------
289
290
291echo AN MTH $an $mois
292(( mth = $mth + 1 ))
293if [ $mois = 12 ] ; then
294   (( an = $an + 1 ))
295   mth=${an}01
296fi
297
298done
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.