source: BOL/LMDZ_Setup/era2gcm_tuto.sh @ 4808

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Correction GRID_DIR in era2gcm_tuto.sh (since the last script modification, it was pointing to a test folder)

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Line 
1#!/bin/bash
2
3#-----------------------------------------------------------------------------
4#
5#  Script for interpolating monthly ERA* files to the LMDZ grid;
6#  it creates the folder structure required by the tutorial_prod scripts
7#
8#  NB: for "cleanest" guiding, the 1st step of the next month should be added at the end of each month.
9#    If you need such precision, you should use the scripts here  - AND adjust "ERADIR" in script_SIMU !
10#    wget http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/TOOLS/INTERP_NUDGE
11#      documented on LMDZpedia (search for "Guidage" )
12#
13#-----------------------------------------------------------------------------
14# Requires : netcdf, ferret, nco
15#-----------------------------------------------------------------------------
16module load netcdf/4.7.2-mpi-cuda ferret nco cdo
17#
18# Check&modify section "User choices", then run the script with ./era2gcm.sh
19#-----------------------------------------------------------------------------
20# ATTENTION : VERIFIEZ
21#  --> l'acces (repositoire ou telechargement) a la reanalyse ERA souhaitee (variable ANA_DIR)
22#    Contact pour demander acces aux fichiers sur Jean-Zay :
23#        Sophie Bouffiès-Cloché, IPSL : Sophie.Bouffies-Cloche@ipsl.fr
24
25#  --> la disponibilite des fichiers pour la periode souhaitee (variables file*)
26#-----------------------------------------------------------------------------
27
28#------------------------------------------------
29# User choices
30#------------------------------------------------
31# Periode :
32mth_i=202201
33mth_f=202201
34#
35# Guidage en vent(u&v) et/ou temperature, humidite
36guide_uv=y
37guide_t=n
38guide_q=n
39#
40# Choix des fichiers de guidage ("rea"nalyses) : ERA5, ERAI, OPERA
41rea=ERA5
42#------------------------------------------------
43
44GRID_DIR=./INIT
45
46#-----------------------------------------------------------------------------
47#Utilite du block suivant a re-examiner :
48#-----------------------------------------------------------------------------
49#L'utilisateur a maintenant des choix a faire en plus de mth* : type de guidage, et "rea"
50# Alors c'est plus facile d'editer&modifier le script, puis lancer avec ./era2gcm.sh, que de donner tous les params
51while (($# > 0))
52   do
53   case $1 in
54     "-h") cat <<........fin
55           ./era2gcm.sh [-mthini initial_month] [-mthend final_month] [-grid_dir directory_containing_grille_gcm.nc]
56........fin
57     exit ;;
58     "-grille_dir") GRID_DIR=$2 ; shift ; shift ;;
59     "-mthini") mth_i=$2 ; shift ; shift ;;
60     "-mthend") mth_f=$2 ; shift ; shift ;;
61     *) $0 -h ; exit
62   esac
63done
64#--Fin du block a examiner --------------------------------------------
65
66tmin=1
67resol=grilles_gcm.nc
68
69GRID_FI=${GRID_DIR}/${resol}
70if [ ! -f "$GRID_FI" ] ; then
71   echo Le fichier $GRID_DIR/$resol est necessaire
72   echo creer le fichier $GRID_FI avec grilles_gcm_netcdf.e
73   exit
74fi
75mth=$mth_i
76
77
78#####################################################################
79while (( $mth <= $mth_f )) ; do
80#####################################################################
81   echo mth $mth
82   mois=`echo $mth | cut -c 5-`
83   an=`echo $mth | cut -c -4`
84   ndays=( 31 28 31 30 31 30 31 31 30 31 30 31 )
85   months=( jan feb mar apr may jun jul aug sep oct nov dec )
86   if [ $(( $an % 4 )) = 0 ] ; then ndays[1]=29 ; fi
87   imois=$(( ${mois#0} - 1 ))
88   month=${months[$imois]}
89   nday=${ndays[$imois]}
90   tmax=$(( $nday * 4 ))
91   echo PARAMETRES CALENDAIRES $imois $month $nday $tmax
92
93
94   iip1=`ncdump -h $GRID_FI | grep lonu | head -1 | awk ' { print $3 } '`
95   jjm=`ncdump -h $GRID_FI | grep latv | head -1 | awk ' { print $3 } '`
96   (( jjp1 =  $jjm + 1 ))
97   (( iim  = $iip1 - 1 ))
98#   \rm t2.nc ua.nc va.nc sst.nc u.nc v.nc T.nc ts.nc
99
100#####################################################################
101# Choix de la periode temporelle
102#####################################################################
103
104   t0="l=$tmin"
105   t1tn="l=${tmin}:${tmax}"
106
107#####################################################################
108# Lien avec les fichiers netcdf contenant les d0 ECMWF
109#####################################################################
110   echo -------- liens de telechargement a actualiser ----
111   if [ "$rea" = "ERA5" ] ; then
112     if [ $an -ge 2022 ] ; then
113      ANA_DIR='/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/ERA5/NETCDF/GLOBAL_025/hourly'
114      suf="ap1e5.GLOBAL_025"
115     else
116      ANA_DIR='/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/ERA5/NETCDF/GLOBAL_025/4xdaily'
117      suf="aphe5.GLOBAL_025"
118     fi
119   elif [ "$rea" = "ERAI" ] ; then
120      #ANA_DIR='http://prodn.idris.fr/thredds/dodsC/ipsl_private/rpsl376/ERAI/NETCDF/GLOBAL_1125/4xdaily'
121      ANA_DIR='/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/ERAI/NETCDF/GLOBAL_1125/4xdaily'
122      #/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/ERAI/NETCDF/GLOBAL_075/4xdaily/AN_PL/2006/u.200601.aphei.GLOBAL_075.nc
123      suf="aphei.GLOBAL_1125"
124   else  #OPERA
125      #ANA_DIR='http://prodn.idris.fr/thredds/dodsC/ipsl_private/rpsl376/OPERA/NETCDF/4xdaily'
126      ANA_DIR='/gpfsstore/rech/psl/rpsl376/ergon/OPERA/NETCDF/4xdaily'
127      suf="aph.GLOBAL_1125"
128   fi
129
130varu=u
131varv=v
132vart=ta # peut etre parfois juste "t"
133varq=q
134if [ "$rea" = "ERA5" ] ; then varq=r ; fi
135#varp=msl
136
137if [ "$rea" = "ERAI" ] ; then
138  # variables en format "short" doivent etre transformees en "float" via NCO
139  # This is done here with ncap2 ; also possible: "ncpdq --overwrite --unpack fin.nc fout.nc"
140  fushort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
141  fvshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
142  ftshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
143  fqshort="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
144  fileu="$SCRATCH/u.$an$mois.$suf.nc"
145  filev="$SCRATCH/v.$an$mois.$suf.nc"
146  filet="$SCRATCH/ta.$an$mois.$suf.nc"
147  fileq="$SCRATCH/r.$an$mois.$suf.nc"
148  if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then
149    ncap2 -s 'u=float(u)' $fushort $fileu
150    ncap2 -s 'v=float(v)' $fvshort $filev
151  fi
152  if [ "$guide_t" = "y" ] ; then ncap2 -s 'ta=float(ta)' $ftshort $filet ; fi
153  if [ "$guide_q" = "y" ] ; then ncap2 -s 'q=float(q)' $fqshort $fileq ; fi
154elif [ "$rea" = "ERA5" -a $an -ge 2022 ] ; then
155  echo Extract 0,6,12,18 hours from ERA5 hourly files
156  fu1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
157  fv1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
158  ft1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
159  fq1h="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
160  fileu="$SCRATCH/u.$an$mois.$suf.nc"
161  filev="$SCRATCH/v.$an$mois.$suf.nc"
162  filet="$SCRATCH/ta.$an$mois.$suf.nc"
163  fileq="$SCRATCH/r.$an$mois.$suf.nc"
164  if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then 
165    cdo selhour,0,6,12,18 $fu1h $fileu
166    cdo selhour,0,6,12,18 $fv1h $filev
167  fi
168  if [ "$guide_t" = "y" ] ; then cdo selhour,0,6,12,18 $ft1h $filet ; fi
169  if [ "$guide_q" = "y" ] ; then cdo selhour,0,6,12,18 $fq1h $fileq ; fi
170else 
171 fileu="$ANA_DIR/AN_PL/$an/u.$an$mois.$suf.nc"
172 filev="$ANA_DIR/AN_PL/$an/v.$an$mois.$suf.nc"
173 filet="$ANA_DIR/AN_PL/$an/ta.$an$mois.$suf.nc"
174 fileq="$ANA_DIR/AN_PL/$an/r.$an$mois.$suf.nc"
175fi
176
177# verifier disponibilite des fichiers
178if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then  ls $fileu ; ls $filev ; fi
179if [ "$guide_t" = "y" ] ; then  ls $filet ; fi
180if [ "$guide_q" = "y" ] ; then  ls $fileq ; fi
181
182outd=GUIDE_${rea}/$an/$mois
183mkdir -p $outd
184
185# effacer lien vers repertoire des vents ERA interpoles (utilise dans script_SIMU) s'il existe deja
186# recreer lien vers le repertoire "rea" choisi
187# NB : si GUIDE existe en tant que repertoire, non pas comme lien, il n'est pas affecte
188rm -f GUIDE
189ln -s GUIDE_${rea} GUIDE
190
191ij="i=1:$iip1,j=1:$jjp1"
192ijm="i=1:$iip1,j=1:$jjm"
193
194###################################################################3
195# scripts ferret pour interpolation
196###################################################################3
197
198# --- guide uv ---
199
200if [ "$guide_uv" = "y" ] ; then
201
202cat <<eod>| tmp_uv.jnl
203! NB : Augmenter la memoire (plus de 512) peut faire planter
204set memory/size=512
205
206use "$GRID_FI"
207use "$fileu"
208use "$filev"
209
210define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
211! Pour regrid horizontal on utilise la variable grille_s(lonv,latu) du fichier grilles_gcm.nc
212
213
214!! ATTENTION : pour ecrire le fichier en simple, non pas double precision :
215!! on utilise directement $varu = "float" dans le fichier d'origine (non pas une variable definie avec "let" dans ferret)
216!! Alors il faut renommer la variable à la fin (ncrename), car le code cherche "UWND", "VWND".
217save/clobber/file="$outd/u.nc" $varu[d=2,gxy=grille_u[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
218repeat/$t1tn save/file="$outd/u.nc"/append $varu[d=2,gxy=grille_u[d=1],$ij,gt=thour@asn]
219save/clobber/file="$outd/v.nc" $varv[d=3,gxy=grille_v[d=1],$ijm,$t0,gt=thour@asn]
220repeat/$t1tn save/file="$outd/v.nc"/append $varv[d=3,gxy=grille_v[d=1],$ijm,gt=thour@asn]
221
222eod
223
224ferret -nojnl <<eod
225go tmp_uv.jnl
226quit
227eod
228#Ferret a ecrit $varu en majuscules, l'equivalent en bash est ${varu^^}
229#   (Note : inversement, ${varu,,} passe $varu de majuscules en minuscules)
230ncrename -v ${varu^^},UWND $outd/u.nc
231ncrename -v ${varv^^},VWND $outd/v.nc
232
233fi  # ------- fin guide_uv --------
234
235# --- guide_t  ---
236
237if [ "$guide_t" = "y" ] ; then
238
239cat <<eod>| tmp_t.jnl
240set memory/size=512
241
242use "$GRID_FI"
243use "$filet"
244
245define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
246
247save/clobber/file="$outd/T.nc" $vart[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
248repeat/$t1tn save/file="$outd/T.nc"/append $vart[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,gt=thour@asn]
249eod
250
251ferret -nojnl <<eod
252go tmp_t.jnl
253quit
254eod
255ncrename -v ${vart^^},AIR $outd/T.nc
256
257fi  # ------- fin guide_t --------
258
259# --- guide_q  ---
260
261if [ "$guide_q" = "y" ] ; then
262
263cat <<eod>| tmp_q.jnl
264set memory/size=512
265
266use "$GRID_FI"
267use "$fileq"
268
269define axis/t="1-${month}-${an}:00:00":"${nday}-${month}-${an}:18:00":6/units=hours thour
270
271save/clobber/file="$outd/hur.nc" $varq[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,$t0,gt=thour@asn]
272repeat/$t1tn save/file="$outd/hur.nc"/append $varq[d=2,gxy=grille_s[d=1],$ij,gt=thour@asn]
273eod
274
275ferret -nojnl <<eod
276go tmp_q.jnl
277quit
278eod
279ncrename -v ${varq^^},RH $outd/hur.nc
280
281fi  # ------- fin guide_q --------
282
283
284echo AN MTH $an $mois
285(( mth = $mth + 1 ))
286if [ $mois = 12 ] ; then
287   (( an = $an + 1 ))
288   mth=${an}01
289fi
290
291done
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.