Changeset 178

Timestamp:

Oct 22, 2019, 1:20:54 PM (6 years ago)

Author:

htune

Message:

LMDZ scripts improvements
Fredho

Location:

models/LMDZ

Files:

• serie_LMDZ.sh (modified) (7 diffs)
• setup_LMDZ.sh (modified) (2 diffs)

models/LMDZ/serie_LMDZ.sh

@@ -19 +19 @@
 
 
-LMDZdir=/home/hourdin/ITUNE/R166/HighTune/../../LMDZtrunk
+LMDZdir=/home/hourdin/ITUNE/OOO/HighTune/../LMDZtrunk
 EXPE=`pwd`/WAVE$WAVEN
 
@@ -43 +43 @@
 
 case $cas in
-        ARMCU/REF) lmdzcas=arm_cu ;;
-        RICO/REF) lmdzcas=rico ;;
-        BOMEX/REF) lmdzcas=bomex ;;
-        AYOTTE/24SC) lmdzcas=ayotte_24SC ;;
-        AYOTTE/05WC) lmdzcas=ayotte_05WC ;;
-        IHOP/REF) lmdzcas=ihop ;;
-        SANDU/SLOW) lmdzcas=sanduslow ;;
-        SANDU/REF) lmdzcas=sanduref ;;
-        SANDU/FAST) lmdzcas=sandufast ;;
-        RCE_OCE/REF) lmdzcas=rce_oce_les ;;
-        GABLS4/REF) lmdzcas=gabls4 ;;
+        ARMCU/REF) lmdzcas=arm_cu ;;
+        RICO/REF) lmdzcas=rico ;;
+        BOMEX/REF) lmdzcas=bomex ;;
+        AYOTTE/24SC) lmdzcas=ayotte_24SC ;;
+        AYOTTE/05WC) lmdzcas=ayotte_05WC ;;
+        IHOP/REF) lmdzcas=ihop ;;
+        SANDU/SLOW) lmdzcas=sanduslow ;;
+        SANDU/REF) lmdzcas=sanduref ;;
+        SANDU/FAST) lmdzcas=sandufast ;;
+        RCE_OCE/REF) lmdzcas=rce_oce_les ;;
+        GABLS4/REF) lmdzcas=gabls4 ;;
     *) echo "This case cannot be found" && exit ;;
 esac
@@ -80 +80 @@
 
 DATA=$EXPE/$cas
-nproc=2 # number of available CPUs
-
-#####################################################################
-# Post traitement vers format standard
+nproc=1 # number of available CPUs
+
+#####################################################################
+# Running SCM and post-processing toward standard format
 #####################################################################
 function post_un {
 sim=$1
+time ./lmdz1d.e
+\rm -f restartphy.nc
+for iretry in 1 ; do if [ ! -f restartphy.nc ] ; then echo WARNING !!! Simulation $sim crashes, one more try  ; ./lmdz1d.e ; fi ; done
 ncks -O -v theta,rhum,vitu,vitv,geop,ovap,ocond,f_th,w_th,rneb,lwp,pres,re,temp hourly.nc tmp.nc
 ncrename -O -v ovap,qv -v ocond,qc -v f_th,Mf -v w_th,w_up -v rhum,hur -v vitu,u -v vitv,v -v pres,pf tmp.nc
 ncap2 -O -s 'zf=geop/9.8' tmp.nc tmp2.nc
 ncks -v zf,pf,re,temp,theta,hur,u,v,qv,qc,Mf,w_up,rneb,lwp tmp2.nc $DATA/$sim.nc
+# time ../../../../OUTPUT_COMMUNS/lmdz2std.sh ; time ./diag.sh # diags
+\rm -f limit* start* hist* filehf* day.nc tmp*nc* par*nc hour*nc # cleaning
 }
-#####################################################################
 
 
@@ -150 +154 @@
    sim=${vals[0]}
 
-   # Running one SCM
-   # copying input files
+   #######################################################################
+   # Preparing SCM simulations
+   # copying and modiying input files
+   #######################################################################
+
    cp -r REF $sim
    cd $sim
@@ -158 +165 @@
    echo $local/phydef2phydef.sh -names `head -1 param.asc | sed -e 's/\"//g' -e 's/ /,/g'` -vals `sed -n -e ${il}p param.asc  | sed -e 's/\"//g' -e 's/ /,/g'` -input physiq.orig -output physiq.def
    $local/phydef2phydef.sh -names `head -1 param.asc | sed -e 's/\"//g' -e 's/ /,/g'` -vals `sed -n -e ${il}p param.asc  | sed -e 's/\"//g' -e 's/ /,/g'` -input physiq.orig -output physiq.def
-
+   out=/dev/null
+   out=listing
+   mkdir -p $DATA/DEF
+   cp physiq.def $DATA/physiq.def_$sim
+
+   #######################################################################
    # Running SCM
-   out=listing
-   out=/dev/null
+   #######################################################################
+
    if [ ! -f $DATA/$sim.nc ] ; then
-
-   ( time ./lmdz1d.e
-     time post_un $sim
-     # time ../../../../OUTPUT_COMMUNS/lmdz2std.sh ; time ./diag.sh # diags
-     \rm -f limit* start* hist* filehf* day.nc tmp*nc* par*nc hour*nc # cleaning
-     ) > $out 2>&1 &
-
+     # Sequential mode
+     echo !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
+     echo RUNING $cas $sim
+     echo !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
+     if [ $nproc = 1 ] ; then
+        time post_un $sim > $out 2>&1
+        grep crashes $out ; rm -f $out
+     else
+     # Parallel mode : lmdz1d.e run as bacground process
+        time post_un $sim > $out 2>&1 &
+     fi
    else
       echo WARNING WARNING WARNING $DATA/$sim.nc ALREADY EXISTS
@@ -175 +191 @@
    (( ii = $ii + 1 ))
 
-   echo RUNING Simus $sim $il $nl
-   # Waiting the end of a series of simulations before running the folowing one
+   ############################################################################
+   # In case of parallel execution :
+   # waiting the end of a series of simulations before running the folowing one
    # checking if the file $DATA/$sim.nc of the last simulation is finished
+   ############################################################################
+
+   #echo  '$nproc $ii $nproc $il $nl ' $nproc $ii $nproc $il $nl
+   if [ $nproc -gt 1 ] ; then
    if [ $ii = $nproc -o $il = $nl ] ; then
       dernier_fichier=$DATA/$sim.nc
@@ -188 +209 @@
       echo Il faut attendre combien alors
    fi
+   fi
    cd ..
+
+   # Incrementing $il for next simulation
    (( il = $il + 1 ))
+
 done
 

models/LMDZ/setup_LMDZ.sh

@@ -19 +19 @@
 ROOT=`pwd | sed -e 's/HighTune/ /' | cut -d" " -f1`HighTune
 echo $ROOT
-LMDZdir=$ROOT/../../$LMDZ
+
+######################################################################
+# Checking if model already exists
+######################################################################
+
+LMDZroot=""
+if [ -d $ROOT/../../$LMDZ ] ; then
+   LMDZroot=$ROOT/../..
+else
+   # By default, LMDZ is installed next to HighTune
+   LMDZroot=$ROOT/..
+fi
+LMDZdir=$ROOT/../$LMDZ
+
 echo LMDZdir $LMDZdir
 
@@ -40 +53 @@
    echo LMDZ installation will start within 3 seconds
    sleep 3
-   cd $ROOT/../..
+   cd $LMDZroot
    wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/pub/install_lmdz.sh
    chmod +x install_lmdz.sh