Index: BOL/script_install/install.sh =================================================================== --- BOL/script_install/install.sh (revision 1704) +++ BOL/script_install/install.sh (revision 1708) @@ -2,38 +2,36 @@ ########################################################################### -# Auteur : Frédéric Hourdin/LMD/hourdin@lmd.jussieu.fr +# Author : Frédéric Hourdin/LMD/hourdin@lmd.jussieu.fr # Usage : install.sh # -# Script bash d'installation du modele LMDZ sur un ordinateur PC/Linux -# en utilisant le compilateur g95. -# Le modele est récupéré dans une arborescence +# bash installation script of the LMDZ model on a Linux PC. +# the model is downloaded in the following direcory tree # $MODEL/modipsl/modeles/... -# en utilisant l'infrastructure "modipsl" mise au point à l'"IPSL" pour -#les besoins de la modélisation couplée du climat -#(atmosphere/ocean/vegetation/chimie) -# On ne récupère ici que les composantes atmosphériques (LMDZ4) -# et végétation (ORCHIDEE). +# using the "modipsl" infrastructure created by the "IPSL" +# for coupled (atmosphere/ocean/vegetation/chemistry) climate modeling +# activities. +# Here we only download atmospheric (LMDZ) and vegetation (ORCHIDEE) +# components. # -# Sous le répertoire "modeles", on trouve en fait les sources de différents -# modèles. Ici, LMDZ4, ORCHIDEEet IOIPSL, ensemble de programmes -# d'entrée/sortie faisant appel à la librairie netcdf. +# The sources of the models can be found in the "modeles" directory. +# In the present case, LMDZ5, ORCHIDEE and IOIPSL (handling of input-outputs +# using the NetCDF library. # -# Le script récupères les différents jeux de sources (y compris une -# version de netcdf) et utilitaires, compile le modèle, et lance une -# simulation de test dans une configuration très légère sur -# $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ4/INI +# The script downloads various source files (including a version of NetCDF) +# and utilities, compiles the model, and runs a test simulation in a +# munimal configuration. # -# Pré-requis : g95/pgf90/gfortran, ksh, wget , gunzip, tar, ... (à compléter) +# Prerequisites : g95/pgf90/gfortran, ksh, wget , gunzip, tar, ... # # Modif 18/11/2011 -# changement pour l'option real 8. -# On compile avec -r8 (ou équivalent) et -DNC_DOUBLE pour le GCM -# mais avec -r4 netcdf. La variable real est initialisée à -# r4 ou r8 en début de script. +# changes for option real 8. +# We comopile with -r8 (or equivalent) and -DNC_DOUBLE for the GCM +# but with -r4 for netcdf. Variable real must be set to +# r4 or r8 at the beginning of the script below. # ########################################################################### echo '################################################################' -echo Choix des options d installation +echo Choice of installation options echo '################################################################' @@ -42,8 +40,8 @@ real=r8 -# ATTENTION !!!! Pour des versions anterieures a octobre 2009, utiliser -# install.v2.sh au lieu de install.sh - -version=20110921.trunk +# WARNING !!!! For versions before october 2009, use +# install.v2.sh instead of install.sh + +#version=20110921.trunk version=testing @@ -61,5 +59,5 @@ bench=1 pclinux=1 -compilo=gfortran # compilo=pgf90 ou g95 ou gfortran ou ifort sur PC linux +compilo=gfortran # compilo=pgf90 or g95 or gfortran or ifort sur PC linux @@ -70,5 +68,5 @@ head -1 | awk ' { print $NF } ' | awk -F. ' { print $1 * 10 + $2 } '` if [ $gfortranv -le 43 ] ; then - echo ERROR : Your gfotran compiler is too old + echo ERROR : Your gfortran compiler is too old echo 'Please choose a new one (g95, ifort) and change the line' echo compilo=xxx @@ -81,6 +79,6 @@ -## compile_with_fcm=1 : utilise makelmdz_fcm, possible a partir de la version 20111103.trunk (LMDZ5/trunk rev 1578) -## compile_with_fcm=0 : utilise makegcm (default) +## compile_with_fcm=1 : use makelmdz_fcm, possible a of version 20111103.trunk (LMDZ5/trunk rev 1578) +## compile_with_fcm=0 : use makegcm compile_with_fcm=1 @@ -110,6 +108,6 @@ OPTIMGCM="$OPTIM $OPTPREC" -# choix de la resolution pour le bench -# grid_resolution= 32x24x11 for test (test without ORCHIDEE) +# choose the resolution for the bench runs +# grid_resolution= 32x24x11 or 48x36x19 for tests (test without ORCHIDEE) # 96x71x19 standard configuration grid_resolution=48x36x19 @@ -118,8 +116,6 @@ ########################################################################## -# Dans le cas où on installe sur des machines connues comme la NEC -# brodie -# de l'IDRIS, on ne verifie pas les logiciels existants et on n'installe -# pas netcdf. +# If installing on know machines such as NEC Brodie +# at IDRIS, don't check for available software and don"t install netcdf if [ $hostname = brodie ] ; then netcdf=0 @@ -132,21 +128,18 @@ mkdir -p $MODEL echo $MODEL -MODEL=`( cd $MODEL ; pwd )` # transformation en chemin absolu si necessaire - - - -# Le -fendian=big n'est à utiliser vraiment utile que pour ARPEGE1D. -# Le -r8 doit sans doute être éviter si on veut tourner rapidement sur -# des machines 32 bits. -# L'option r8 n'est pas forcement indispensable et elle produit -# des executables plus gros. -# Elles est indispensable cependant pour ARPEGE1D -# On doit pouvoir aussi utiliser des optimisations plus fortes (-O3 par -# exemple). +MODEL=`( cd $MODEL ; pwd )` # to get absolute path, if necessary + + + +# Option -fendian=big is only to be used with ARPEGE1D. +# The -r8 should probably be avoided if running on 32 bit machines +# Option r8 is not mandatory and generates larger executables. +# It is however mandatory if using ARPEGE1D +# Better optimization options might be a better choice (e.g. -O3) echo '################################################################' if [ "$check_linux" = 1 ] ; then -echo Test sur les logiciels requis +echo Check if required software is available echo '################################################################' @@ -154,8 +147,8 @@ use_shell="ksh" # default: use ksh if [ "`which ksh`" = "" ] ; then - echo "pas de ksh ... on va utiliser bash" + echo "no ksh ... we will use bash" use_shell="bash" if [ "`which bash`" = "" ] ; then - echo "Il faut d\'abord installer ksh (ou bash)" + echo "ksh (or bash) needed!! Install it!" fi fi @@ -164,5 +157,5 @@ for logiciel in csh wget tar gzip make $compilo gcc ; do if [ "`which $logiciel`" = "" ] ; then -echo Il faut installer d\'abord $logiciel +echo You must first install $logiciel on your system exit fi @@ -175,8 +168,8 @@ end eod -$compilo tt.f90 +$compilo tt.f90 -o a.out ./a.out >| tt if [ "`cat tt | sed -e 's/ //g' `" != "coucou" ] ; then -echo probleme avec installation de $compilo ; exit ; fi +echo problem installing with compiler $compilo ; exit ; fi \rm tt a.out tt.f90 fi @@ -189,5 +182,5 @@ if [ $getlmdzor = 1 ] ; then echo '##########################################################' -echo On recupere une version un peu modifiee de LMDZ +echo Download a slightly modified version of LMDZ echo '##########################################################' cd $MODEL @@ -197,9 +190,8 @@ \rm modipsl.$version.tar -# On recupere en fait une version du 01 10 2006 obtenue -# Par un cvs get -# Puis modifiees pour etre compatible avec la compilation $compilo. -# et pour betoner ORCHIDEE -# Cette version est recuperable avec le script +# We download LMDZ and make some modifications to make it +#compatible with $compilo +# and we use an old stable but robust and well tested version of ORCHIDEE +# That version of ORCHIDEE can be obtained using # wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/getlmdzor.x fi @@ -209,5 +201,5 @@ if [ $netcdf = 1 ] ; then echo '##########################################################' -echo Compilation de netcdf +echo Compiling the Netcdf library echo '##########################################################' cd $MODEL @@ -221,5 +213,5 @@ OPTIMNC=$OPTIM if [ $compilo = g95 ] ; then -# On modifie les options de compilation +# Set the appropriate compilation options export FC=g95 export F90=g95 @@ -258,8 +250,8 @@ export CXXFLAGS="-O2 -ip -fpic -mcmodel=large" else - echo Le compilateur $compilo pas prevu ; exit + echo unexpected compiler $compilo ; exit fi ## end of if [ $netcdf = 1 ] -cd src +#cd src ### Correction d'un petit probleme de netcdf @@ -278,6 +270,6 @@ echo OK2 ioipsl=$ioipsl echo '##########################################################' -echo Installation de MODIPSL, la procedure d\'installation des -echo modeles de l\'IPSL +echo Installing MODIPSL, the installation package manager for the +echo IPSL models and tools echo '##########################################################' @@ -316,5 +308,5 @@ if [ "$use_shell" = "ksh" ] ; then if [ "$pclinux" = 1 ] ; then - ./ins_make -t g95 # On utilise les lignes g95 meme pour les autres compilo + ./ins_make -t g95 # We use lines for g95 even for the other compilers fi else # bash @@ -322,5 +314,5 @@ chmod u=rwx ins_make.bash if [ "$pclinux" = 1 ] ; then - ./ins_make.bash -t g95 # On utilise les lignes g95 meme pour les autres compilo + ./ins_make.bash -t g95 # We use lines for g95 even for the other compilers else ./ins_make.bash @@ -329,5 +321,5 @@ echo '##########################################################' -echo Compilation de IOIPSL, bibliotheque d\'interface avec Netcd +echo Compiling IOIPSL, the interface library with Netcdf echo '##########################################################' @@ -367,9 +359,9 @@ if [ "$veget" = 1 ] ; then echo '########################################################' -echo Compilation de ORCHIDEE, modele des surface continentales +echo Compiling ORCHIDEE, the continental surfaces model echo '########################################################' cd $MODEL/modipsl/modeles/ORCHIDEE cd src_parameters -# Une petite astuce pour ORCHIDEE suivant qu'on est en real*4 ou real*8 +# A trick to compile ORCHIDEE depending on if we are using real*4 or real*8 @@ -402,5 +394,5 @@ if [[ -d $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ5 ]] ; then echo '##########################################################' - echo 'Compilation de LMDZ5' + echo 'Compiling LMDZ5' echo '##########################################################' cd $MODEL/modipsl/modeles/LMDZ5 @@ -411,4 +403,11 @@ fi +########################################################## +# Traitement momentanne a cause d'un bug dans makegcm +cp create_make_gcm create_make_gcm.orig +nl=`sed -n -e /PROGRAM/= create_make_gcm.orig | tail -1` +sed -e "$nl s/ PROGRA/PROGRA/" create_make_gcm.orig >| create_make_gcm + +#mv -f tmp crea if [ "$pclinux" = 1 ] ; then if [ $compilo = gfortran ] ; then @@ -423,4 +422,5 @@ -e 's/-fno-second-underscore//' -e 's/-fstatic//' \ -e 's/-lparallel//' \ +-e 's/-lnetcdff//g' \ -e 's/-lorglob//' \ -e 's/-ffixed-form//' -e 's/-ffree-form//' \ @@ -437,4 +437,5 @@ -e 's/-fno-second-underscore//' -e 's/-fstatic//' \ -e 's/-lparallel//' \ +-e 's/-lnetcdff//g' \ -e 's/-lorglob//' \ -e 's/-ffixed-form//' -e 's/-ffree-form//' \ @@ -449,4 +450,5 @@ -e 's/-fno-second-underscore//' -e 's/-fstatic//' \ -e 's/-lparallel//' \ +-e 's/-lnetcdff//g' \ -e 's/-lorglob//' \ -e 's/-ffixed-form//' -e 's/-ffree-form//' \ @@ -466,12 +468,12 @@ ########################################################### -# Pour ceux qui voudraient utiliser fcm et pouvoir faire : +# For those who want to use fcm to compile via : # makelmdz_fcm -arch local ..... ############################################################ if [ "$pclinux" = 1 ] ; then -# creation de fichiers 'arch' locaux (si sur PC Linx): +# create local 'arch' files (if on Linux PC): cd arch -# fichier arch-local.path +# arch-local.path file echo "NETCDF_LIBDIR=\"-L${ncdfdir}/lib -lnetcdf\"" > arch-local.path echo "NETCDF_INCDIR=-I${ncdfdir}/include" >> arch-local.path @@ -480,5 +482,5 @@ echo 'ORCH_INCDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path echo 'ORCH_LIBDIR=$LMDGCM/../../lib' >> arch-local.path -# fichier arch-local.fcm (adaptation de arch-linux-32bit.fcm) +# arch-local.fcm file (adapted from arch-linux-32bit.fcm) if [ $compilo = g95 ] ; then sed -e s:"%COMPILER pgf95":"%COMPILER g95":1 \ @@ -527,13 +529,13 @@ fi else - echo Le compilateur $compilo pas prevu ; exit + echo Unexpected compiler $compilo ; exit fi # of if [ $compilo = g95 ] elif [ $compilo = pgf90 ] cd .. -### Adaptation de "bld.cfg" (ajout du shell): +### Adapt "bld.cfg" (add the shell): whereisthatshell=$(which ${use_shell}) echo "bld::tool::SHELL $whereisthatshell" >> bld.cfg -### Modification de makelmdz_fcm pour utilisation de ORCHIDEE dans cette bench: -### on enleve liborglob.a et libparallel.a +### Modify makelmdz_fcm to use ORCHIDEE in the bench: +### remove liborglob.a and libparallel.a cp makelmdz_fcm makelmdz_fcm.orig sed -e "s/-l\${LIBPREFIX}parallel//" \ @@ -544,13 +546,13 @@ ################################################################## -# Lance compilation de LMDZ +# Compile LMDZ ################################################################## ok_veget=false -if [ "$veget" = 1 ] ; then ok_veget = true; fi +if [ "$veget" = 1 ] ; then $ok_veget = true; fi if [ $compile_with_fcm = 1 ] ; then -# Compilation avec makelmdz_fcm +# Compile with makelmdz_fcm ./makelmdz_fcm -d ${grid_resolution} -arch local -v $ok_veget gcm else -# Compilation avec makegcm: +# Comple with makegcm: # 3 times! because some dependecies are not well resolved with makegcm ./makegcm -d ${grid_resolution} -v $ok_veget gcm @@ -561,13 +563,13 @@ if [ -f gcm.e ] || [ -f bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq_orch.e ] || [ -f bin/gcm_${grid_resolution}_phylmd_seq.e ] ; then echo '##########################################################' -echo Compilation reussie -echo '##########################################################' -else -echo Probleme de compilation +echo Compilation successfull !! +echo '##########################################################' +else +echo Compilation failed !! exit fi ################################################################## -# Ci dessous le lancement eventuel d'un cas test (si bench=0) +# Below, we run a benchmark test (if bench=0) ################################################################## if [ $bench = 0 ] ; then @@ -576,5 +578,5 @@ echo '##########################################################' -echo Lancement d\'une simulation de test +echo Running a test run echo '##########################################################' @@ -597,7 +599,7 @@ if [ $hostname = brodie ] ; then -echo POUR LANCER LE BENCH, IL FAUT SE LOGUER SUR BRODIE01 -echo puis aller sur `pwd`/BENCH${grid_resolution} -echo et lancer le gcm +echo to run the bench, you must log on to Brodie01 +echo and then change directory to `pwd`/BENCH${grid_resolution} +echo and run the gcm exit fi @@ -607,5 +609,5 @@ echo '##########################################################' -echo ' Resultat du bench ' +echo ' Bench results ' echo '##########################################################' @@ -613,7 +615,7 @@ echo '##########################################################' -echo 'La simulation test est terminee sur' `pwd` -echo 'vous pouvez la relancer : cd ' `pwd` ' ; gcm.e' -echo 'ou ./bench.sh' -echo '##########################################################' - +echo 'Simulation finished in' `pwd` +echo 'You may re-run it with : cd ' `pwd` ' ; gcm.e' +echo 'or ./bench.sh' +echo '##########################################################' +