Index: /BOL/script_install/LISMOI
===================================================================
--- /BOL/script_install/LISMOI	(revision 1692)
+++ /BOL/script_install/LISMOI	(revision 1693)
@@ -1,236 +1,1 @@
-Ce répertoire contient :
-=========================
-
-Un script d'installation de LMDZ pour plateformes Linux.
-Des versions successives du modèle LMDZ sous forme de fichiers tar.
-
-Utilisation :
-> svn co http://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ/BOL/script_install
-
-Editer install.sh pour modifier eventuellement le chemin sur lequel vous
-voulez  installer le modele (par defaut l'installation ce fait dans le repertoire ou vous executez le script) et la version du modele (version=...).
-
-> cd script_install
-> chmod +x install.sh
-> ./install.sh
-
-
-Le script peut aussi etre recuperer avec wget :
-> wget http://web.lmd.jussieu.fr/trac/browser/BOL/script_install/install.sh?format=txt -O install.sh
-> chmod +x install.sh
-> ./install.sh
-
-Les versions disponibles :
-==========================
-
-Les versions disponibles.
-Elles correspondent à des modifications un peu importantes.
-
-Par exemple modipsl.20080612.v4.tar.gz correspond à la version V4 du
-2008/06/12.
-
-
-
-A PARTIR DE FEVRIER 2009, DEUX BRANCHES SONT DISPONIBLES :
-==========================================================
-
-une branche .dev. de développement
-une branche .trunk. de production.
-
-2010/06/08: Nouveaux schema de nuages d'Arnaud Jam
-
-2010/04/28 : Nouveaux thermiques corriges et utilisables en 3D
-             correspondant aux articles Rio et al., 2010
-
-2010/03/22 : thermique optimises, convection corrigee, inclusion d'un
-             offset sur Alp en option
-
-2010/02/19 : apres un petit manque de documentation ...
-             Nouvelle version des thermiques en option.
-
-2009/06/24 : Nouvelle version de top_bound + corrections //
-             Version non convergente sequentiel / OpenMP. Depuis quand ?
-
-2009/06/18 : Pas mal de corrections un peu partout
-             Nettoyage de l'activation de IOIPSL par clefs CPP
-
-2009/06/11 : Corrections dans phys_output_mod
-             CFL en diag pour l'advection
-             Controle de la distribution verticale de la dissip en 39 niv
-
-2009/06/08 : Nouvelle version du guidage
-             Correction bug sur le filtre
-             Nouveau controle des fichiers hist par les .def (pour les regions
-                   notamment)
-             parametres de controle des drag
-             parametre de controle pour rugoros
-
-2009/05/29 : version compatible pgf90 + correction bug guidage parallèle
-
-2009/05/28 : Nouvelle grille verticale dans le cas ok_strato=y llm=19
-
-2009/05/20 : optimisation clouds_gno et add_phys_tend
-
-2009/05/15 : 
-
-2009/05/05 : inclusion de la lecture de l'ozone et de nouvelles routines
-             d'encapsulage de netcdf dans bibio
-
-2009/05/04 : version intermédiaire
-
-2009/04/09 trunk : Premiere version trunk
-------------------
-
-2009/04/09 : inclusion de q2m et T2m dans l'interface d'orchidee
-             bascule sur la version trunk
-
-2009/04/08 : portage vargas + recupération des modifs "V3_patch"
-
-2009/04/07 : version de transition (converge avec 2009/03/11)
-
-2009/03/11 : correction d'un gros byg sur le guidage
-
-2009/03/04 : gestion dynamique des dimensions des champs de traceurs.
-
-2009/03/03 : reprise des versions
-             possibilité de filtre par FFT
-             possibilité de controle des noms et flags de variables dans les
-                fichiers de sorties a partir des .def
-
-
-2008/11/13 : Modification de la routine bidon
-             ORCHIDEE/src_sechiba/init_intersurf.f90 pour compilation idris.
-
-2008/11/06 : Bug fix (en particulier cv3_routines), sorties grads, guidage
-
-2008/10/28 : Nouvelles options pour le schéma du thermique.
-             Quelques corrections liées au parallélisme.
-
-2008/10/21 : bugfix pour tourner avec INCA et Tiedtke + changement
-             de version de IOIPSL (correction d'un bug et utilisation d'une
-             version plus récente).
-
-2008/10/09 : modifications MPI/OpenMP, routines pour "cacher" le côté parallèle
-             notamment pour l'écriture et la lecture des start.
-
-2008/09/25 : Préparation au nouveau rayonnement (Marie-Pierre Lefebvre)
-
-2008/09/10 : nouvelle interface surfaces (Josefine Ghattas)
-
-2008/09/08 : mises à jour des versions MPI/OPENMP (Yann Meurdessoif)
-             A nécessité l'introduction d'une routine bidon Init_intersuf
-             dans orchidee_beton, pendant d'une nouvelle routine de orchidee9...
-
-2008/06/25 : nouvelle physique tournant avec les options de debug (nan, n'co)
-             wake vectorisees
-             bornes (max) sur ALE et ALP
-
-2008/03/12 : nouvelle version de modipsl compatible avec brodie.
-             nouvelle version de LMDZ avec des debug sur yamada4 et
-             thermcell_main
-
-
-
-Les versions successives de modipsl :
-=====================================
-le "N" dans modipsl.vN.tar.gz
-correspond à des modifications de modipsl, ioipsl ou orchidee
-Les modifications de modipsl.200.. correspondent à des versions successives 
-de LMDZ4.
-La version 3 correspond à l'ajout d'une routine bidon (Init_interfsurf) dans 
-ORCHIDEE/src_sechiba et la version 4 au fait de déclarer comme module cette
-routine pour la compatibilité avec le makefile d'orchidee
-
-version 5, modification dans ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90 pour pouvoir
-tourner avec ou sans q2m et T2m dans l'interface
-
-
-Tableau des correspondances avec les "releases" SVN
-===================================================
-
-20090623.dev -> Revision SVN 1190
-20090624.dev -> Revision SVN 1191
-20090627.dev -> Revision SVN 1196
-20090707.dev -> Revision SVN 1204
-20090707.dev -> Revision SVN 1205
-20090709.dev -> Revision SVN 1207
-20090718.dev -> Revision SVN 1211
-20090727.dev -> Revision SVN 1215
-20090824.dev -> Revision SVN 1229
-20090828.dev -> Revision SVN 1234
-20090909.dev -> Revision SVN 1242
-20090909.dev -> Revision SVN 1242
-20090917.dev -> Revision SVN 1244
-20090929.dev -> Revision SVN 1247
-20091021.dev -> Revision SVN 1249
-20091023.dev -> Revision SVN 1249
-20091029.dev -> Revision SVN 1250
-20091030.dev -> Revision SVN 1254
-20091102.dev -> Revision SVN 1255
-20091105.dev -> Revision SVN 1257
-20091110.dev -> Revision SVN 1258
-20091123.dev -> Revision SVN 1266
-20091124.dev -> Revision SVN 1269
-20091129.dev -> Revision SVN 1271
-20091207.dev -> Revision SVN 1275
-20091210.dev -> Revision SVN 1279
-20091210.trunk -> Revision SVN 1279
-20100106.dev -> Revision SVN 1293
-20100114.dev -> Revision SVN 1297
-20100115.dev -> Revision SVN 1298
-20100201.dev -> Revision SVN 1308
-20100201.dev -> Revision SVN 1308
-20100219.dev -> Revision SVN 1312
-20100223.dev -> Revision SVN 1317
-20100225.dev -> Revision SVN 1320
-20100322.dev -> Revision SVN 1329
-20100428.dev -> Revision SVN 1373
-20100507.dev -> Revision SVN 1386
-20100511.dev -> Revision SVN 1388
-20100520.dev -> Revision SVN 1392
-20100604.dev -> Revision SVN 1397
-20100608.dev -> Revision SVN 1399
-20100621.dev -> Revision SVN 1399
-20100713.trunk -> Revision SVN 1413
-20100902.trunk -> Revision SVN 
-20100928.trunk -> Revision SVN 1436
-20101021.dev -> Revision SVN 1444
-20101110.dev -> Revision SVN 1450
-20101118.trunk -> Revision SVN 1455
-20101213.dev -> Revision SVN 1463
-20110103.dev -> Revision SVN 1472
-20110112.dev -> Revision SVN 1473
-20110112.dev -> Revision SVN 1473
-20110112.dev -> Revision SVN 1473
-20110127.dev -> Revision SVN de
-20110218.dev -> Revision SVN 1490
-20110222.dev -> Revision SVN 1490
-20110223.dev -> Revision SVN 1491
-20110310.trunk -> Revision SVN 1495
-20110311.trunk -> Revision SVN 1498
-20110313.trunk -> Revision SVN 1499
-20110322.trunk -> Revision SVN 1502
-20110323.trunk -> Revision SVN 1504
-20110411.trunk -> Revision SVN 1506
-20110415.trunk -> Revision SVN 1507
-20110426.trunk -> Revision SVN 1510
-20110506a.trunk -> Revision SVN 1515
-20110506.trunk -> Revision SVN 1516
-20110512.trunk -> Revision SVN 1517
-20110513.trunk -> Revision SVN 1518
-20110516.trunk -> Revision SVN 1519
-20110524a.trunk -> Revision SVN 1521
-20110524.trunk -> Revision SVN 1523
-20110525A.trunk -> Revision SVN 1524
-20110525.trunk -> Revision SVN 1525
-20110526.trunk -> Revision SVN 1529
-20110530.trunk -> Revision SVN 1530
-20110609.trunk -> Revision SVN 1540
-20110622.trunk -> Revision SVN 1545
-20110713.trunk -> Revision SVN 1555
-20110921.trunk -> Revision SVN 1575 testing, NPv3
-20111007.trunk -> Revision SVN 1576
-20111103.trunk -> Revision SVN 1578 first version including FCM
-20111126.trunk -> Revision SVN 1592
-20120203.trunk -> Revision SVN 1614
-20120327.trunk -> Revision SVN 1619 first version including rebuild utility 
+link LISMOI.testing
Index: /BOL/script_install/LISMOI.testing
===================================================================
--- /BOL/script_install/LISMOI.testing	(revision 1693)
+++ /BOL/script_install/LISMOI.testing	(revision 1693)
@@ -0,0 +1,154 @@
+Ce répertoire contient :
+=========================
+
+Un script d'installation de LMDZ pour plateformes Linux G95.
+Des versions successives du modèle LMDZ sous forme de fichiers tar.
+
+Utilisation :
+> wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/install.sh
+> chmod +x install.sh
+
+Editer install.sh pour modifier eventuellement le chemin sur lequel vous
+voulez  installer le modele (par defaut MODEL=~/LMDZ4V4) et la version du 
+modele (version=...).
+
+> ./install.sh
+
+
+Les versions disponibles :
+==========================
+
+Les versions disponibles.
+Elles correspondent à des modifications un peu importantes.
+
+Par exemple modipsl.20080612.v4.tar.gz correspond à la version V4 du
+2008/06/12.
+
+
+
+A PARTIR DE FEVRIER 2009, DEUX BRANCHES SONT DISPONIBLES :
+==========================================================
+
+une branche .dev. de développement
+une branche .trunk. de production.
+
+2010/06/08: Nouveaux schema de nuages d'Arnaud Jam
+
+2010/04/28 : Nouveaux thermiques corriges et utilisables en 3D
+             correspondant aux articles Rio et al., 2010
+
+2010/03/22 : thermique optimises, convection corrigee, inclusion d'un
+             offset sur Alp en option
+
+2010/02/19 : apres un petit manque de documentation ...
+             Nouvelle version des thermiques en option.
+
+2009/06/24 : Nouvelle version de top_bound + corrections //
+             Version non convergente sequentiel / OpenMP. Depuis quand ?
+
+2009/06/18 : Pas mal de corrections un peu partout
+             Nettoyage de l'activation de IOIPSL par clefs CPP
+
+2009/06/11 : Corrections dans phys_output_mod
+             CFL en diag pour l'advection
+             Controle de la distribution verticale de la dissip en 39 niv
+
+2009/06/08 : Nouvelle version du guidage
+             Correction bug sur le filtre
+             Nouveau controle des fichiers hist par les .def (pour les regions
+                   notamment)
+             parametres de controle des drag
+             parametre de controle pour rugoros
+
+2009/05/29 : version compatible pgf90 + correction bug guidage parallèle
+
+2009/05/28 : Nouvelle grille verticale dans le cas ok_strato=y llm=19
+
+2009/05/20 : optimisation clouds_gno et add_phys_tend
+
+2009/05/15 : 
+
+2009/05/05 : inclusion de la lecture de l'ozone et de nouvelles routines
+             d'encapsulage de netcdf dans bibio
+
+2009/05/04 : version intermédiaire
+
+2009/04/09 trunk : Premiere version trunk
+------------------
+
+2009/04/09 : inclusion de q2m et T2m dans l'interface d'orchidee
+             bascule sur la version trunk
+
+2009/04/08 : portage vargas + recupération des modifs "V3_patch"
+
+2009/04/07 : version de transition (converge avec 2009/03/11)
+
+2009/03/11 : correction d'un gros byg sur le guidage
+
+2009/03/04 : gestion dynamique des dimensions des champs de traceurs.
+
+2009/03/03 : reprise des versions
+             possibilité de filtre par FFT
+             possibilité de controle des noms et flags de variables dans les
+                fichiers de sorties a partir des .def
+
+
+2008/11/13 : Modification de la routine bidon
+             ORCHIDEE/src_sechiba/init_intersurf.f90 pour compilation idris.
+
+2008/11/06 : Bug fix (en particulier cv3_routines), sorties grads, guidage
+
+2008/10/28 : Nouvelles options pour le schéma du thermique.
+             Quelques corrections liées au parallélisme.
+
+2008/10/21 : bugfix pour tourner avec INCA et Tiedtke + changement
+             de version de IOIPSL (correction d'un bug et utilisation d'une
+             version plus récente).
+
+2008/10/09 : modifications MPI/OpenMP, routines pour "cacher" le côté parallèle
+             notamment pour l'écriture et la lecture des start.
+
+2008/09/25 : Préparation au nouveau rayonnement (Marie-Pierre Lefebvre)
+
+2008/09/10 : nouvelle interface surfaces (Josefine Ghattas)
+
+2008/09/08 : mises à jour des versions MPI/OPENMP (Yann Meurdessoif)
+             A nécessité l'introduction d'une routine bidon Init_intersuf
+             dans orchidee_beton, pendant d'une nouvelle routine de orchidee9...
+
+2008/06/25 : nouvelle physique tournant avec les options de debug (nan, n'co)
+             wake vectorisees
+             bornes (max) sur ALE et ALP
+
+2008/03/12 : nouvelle version de modipsl compatible avec brodie.
+             nouvelle version de LMDZ avec des debug sur yamada4 et
+             thermcell_main
+
+
+
+Les versions successives de modipsl :
+=====================================
+le "N" dans modipsl.vN.tar.gz
+correspond à des modifications de modipsl, ioipsl ou orchidee
+Les modifications de modipsl.200.. correspondent à des versions successives 
+de LMDZ4.
+La version 3 correspond à l'ajout d'une routine bidon (Init_interfsurf) dans 
+ORCHIDEE/src_sechiba et la version 4 au fait de déclarer comme module cette
+routine pour la compatibilité avec le makefile d'orchidee
+
+version 5, modification dans ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90 pour pouvoir
+tourner avec ou sans q2m et T2m dans l'interface
+
+
+Tableau des correspondances avec les "releases" SVN
+===================================================
+
+
+install version        		SVN     Bench   Conv.   1+1=2   Init
+                                run     Nnum.
+                                        /prev.
+
+20121009.testing		1664	OK	- 	-	noc
+20121009.testing		1665	OK	OK 	OK	OK
+20121016.testing		1669	OK	OK 	OK	OK
+20121016.testing		1669	OK	OK 	OK	OK
Index: /BOL/script_install/LISMOI.trunk
===================================================================
--- /BOL/script_install/LISMOI.trunk	(revision 1693)
+++ /BOL/script_install/LISMOI.trunk	(revision 1693)
@@ -0,0 +1,281 @@
+Ce répertoire contient :
+=========================
+
+Un script d'installation de LMDZ pour plateformes Linux G95.
+Des versions successives du modèle LMDZ sous forme de fichiers tar.
+
+Utilisation :
+> wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/install.sh
+> chmod +x install.sh
+
+Editer install.sh pour modifier eventuellement le chemin sur lequel vous
+voulez  installer le modele (par defaut MODEL=~/LMDZ4V4) et la version du 
+modele (version=...).
+
+> ./install.sh
+
+
+Les versions disponibles :
+==========================
+
+Les versions disponibles.
+Elles correspondent à des modifications un peu importantes.
+
+Par exemple modipsl.20080612.v4.tar.gz correspond à la version V4 du
+2008/06/12.
+
+
+
+A PARTIR DE FEVRIER 2009, DEUX BRANCHES SONT DISPONIBLES :
+==========================================================
+
+une branche .dev. de développement
+une branche .trunk. de production.
+
+2010/06/08: Nouveaux schema de nuages d'Arnaud Jam
+
+2010/04/28 : Nouveaux thermiques corriges et utilisables en 3D
+             correspondant aux articles Rio et al., 2010
+
+2010/03/22 : thermique optimises, convection corrigee, inclusion d'un
+             offset sur Alp en option
+
+2010/02/19 : apres un petit manque de documentation ...
+             Nouvelle version des thermiques en option.
+
+2009/06/24 : Nouvelle version de top_bound + corrections //
+             Version non convergente sequentiel / OpenMP. Depuis quand ?
+
+2009/06/18 : Pas mal de corrections un peu partout
+             Nettoyage de l'activation de IOIPSL par clefs CPP
+
+2009/06/11 : Corrections dans phys_output_mod
+             CFL en diag pour l'advection
+             Controle de la distribution verticale de la dissip en 39 niv
+
+2009/06/08 : Nouvelle version du guidage
+             Correction bug sur le filtre
+             Nouveau controle des fichiers hist par les .def (pour les regions
+                   notamment)
+             parametres de controle des drag
+             parametre de controle pour rugoros
+
+2009/05/29 : version compatible pgf90 + correction bug guidage parallèle
+
+2009/05/28 : Nouvelle grille verticale dans le cas ok_strato=y llm=19
+
+2009/05/20 : optimisation clouds_gno et add_phys_tend
+
+2009/05/15 : 
+
+2009/05/05 : inclusion de la lecture de l'ozone et de nouvelles routines
+             d'encapsulage de netcdf dans bibio
+
+2009/05/04 : version intermédiaire
+
+2009/04/09 trunk : Premiere version trunk
+------------------
+
+2009/04/09 : inclusion de q2m et T2m dans l'interface d'orchidee
+             bascule sur la version trunk
+
+2009/04/08 : portage vargas + recupération des modifs "V3_patch"
+
+2009/04/07 : version de transition (converge avec 2009/03/11)
+
+2009/03/11 : correction d'un gros byg sur le guidage
+
+2009/03/04 : gestion dynamique des dimensions des champs de traceurs.
+
+2009/03/03 : reprise des versions
+             possibilité de filtre par FFT
+             possibilité de controle des noms et flags de variables dans les
+                fichiers de sorties a partir des .def
+
+
+2008/11/13 : Modification de la routine bidon
+             ORCHIDEE/src_sechiba/init_intersurf.f90 pour compilation idris.
+
+2008/11/06 : Bug fix (en particulier cv3_routines), sorties grads, guidage
+
+2008/10/28 : Nouvelles options pour le schéma du thermique.
+             Quelques corrections liées au parallélisme.
+
+2008/10/21 : bugfix pour tourner avec INCA et Tiedtke + changement
+             de version de IOIPSL (correction d'un bug et utilisation d'une
+             version plus récente).
+
+2008/10/09 : modifications MPI/OpenMP, routines pour "cacher" le côté parallèle
+             notamment pour l'écriture et la lecture des start.
+
+2008/09/25 : Préparation au nouveau rayonnement (Marie-Pierre Lefebvre)
+
+2008/09/10 : nouvelle interface surfaces (Josefine Ghattas)
+
+2008/09/08 : mises à jour des versions MPI/OPENMP (Yann Meurdessoif)
+             A nécessité l'introduction d'une routine bidon Init_intersuf
+             dans orchidee_beton, pendant d'une nouvelle routine de orchidee9...
+
+2008/06/25 : nouvelle physique tournant avec les options de debug (nan, n'co)
+             wake vectorisees
+             bornes (max) sur ALE et ALP
+
+2008/03/12 : nouvelle version de modipsl compatible avec brodie.
+             nouvelle version de LMDZ avec des debug sur yamada4 et
+             thermcell_main
+
+
+
+Les versions successives de modipsl :
+=====================================
+le "N" dans modipsl.vN.tar.gz
+correspond à des modifications de modipsl, ioipsl ou orchidee
+Les modifications de modipsl.200.. correspondent à des versions successives 
+de LMDZ4.
+La version 3 correspond à l'ajout d'une routine bidon (Init_interfsurf) dans 
+ORCHIDEE/src_sechiba et la version 4 au fait de déclarer comme module cette
+routine pour la compatibilité avec le makefile d'orchidee
+
+version 5, modification dans ORCHIDEE/src_sechiba/intersurf.f90 pour pouvoir
+tourner avec ou sans q2m et T2m dans l'interface
+
+
+Tableau des correspondances avec les "releases" SVN
+===================================================
+
+20090623.dev -> Revision SVN 1190
+20090624.dev -> Revision SVN 1191
+20090627.dev -> Revision SVN 1196
+20090707.dev -> Revision SVN 1204
+20090707.dev -> Revision SVN 1205
+20090709.dev -> Revision SVN 1207
+20090718.dev -> Revision SVN 1211
+20090727.dev -> Revision SVN 1215
+20090824.dev -> Revision SVN 1229
+20090828.dev -> Revision SVN 1234
+20090909.dev -> Revision SVN 1242
+20090909.dev -> Revision SVN 1242
+20090917.dev -> Revision SVN 1244
+20090929.dev -> Revision SVN 1247
+20091021.dev -> Revision SVN 1249
+20091023.dev -> Revision SVN 1249
+20091029.dev -> Revision SVN 1250
+20091030.dev -> Revision SVN 1254
+20091102.dev -> Revision SVN 1255
+20091105.dev -> Revision SVN 1257
+20091110.dev -> Revision SVN 1258
+20091123.dev -> Revision SVN 1266
+20091124.dev -> Revision SVN 1269
+20091129.dev -> Revision SVN 1271
+20091207.dev -> Revision SVN 1275
+20091210.dev -> Revision SVN 1279
+20091210.trunk -> Revision SVN 1279
+20100106.dev -> Revision SVN 1293
+20100114.dev -> Revision SVN 1297
+20100115.dev -> Revision SVN 1298
+20100201.dev -> Revision SVN 1308
+20100201.dev -> Revision SVN 1308
+20100219.dev -> Revision SVN 1312
+20100223.dev -> Revision SVN 1317
+20100225.dev -> Revision SVN 1320
+20100322.dev -> Revision SVN 1329
+20100428.dev -> Revision SVN 1373
+20100507.dev -> Revision SVN 1386
+20100511.dev -> Revision SVN 1388
+20100520.dev -> Revision SVN 1392
+20100604.dev -> Revision SVN 1397
+20100608.dev -> Revision SVN 1399
+20100621.dev -> Revision SVN 1399
+20100713.trunk -> Revision SVN 1413
+20100902.trunk -> Revision SVN 
+20100928.trunk -> Revision SVN 1436
+20101021.dev -> Revision SVN 1444
+20101110.dev -> Revision SVN 1450
+20101118.trunk -> Revision SVN 1455
+20101213.dev -> Revision SVN 1463
+20110103.dev -> Revision SVN 1472
+20110112.dev -> Revision SVN 1473
+20110112.dev -> Revision SVN 1473
+20110112.dev -> Revision SVN 1473
+20110127.dev -> Revision SVN de
+20110218.dev -> Revision SVN 1490
+20110222.dev -> Revision SVN 1490
+20110223.dev -> Revision SVN 1491
+20110310.trunk -> Revision SVN 1495
+20110311.trunk -> Revision SVN 1498
+20110313.trunk -> Revision SVN 1499
+20110322.trunk -> Revision SVN 1502
+20110323.trunk -> Revision SVN 1504
+20110411.trunk -> Revision SVN 1506
+20110415.trunk -> Revision SVN 1507
+20110426.trunk -> Revision SVN 1510
+20110506a.trunk -> Revision SVN 1515
+20110506.trunk -> Revision SVN 1516
+20110512.trunk -> Revision SVN 1517
+20110513.trunk -> Revision SVN 1518
+20110516.trunk -> Revision SVN 1519
+20110524a.trunk -> Revision SVN 1521
+20110524.trunk -> Revision SVN 1523
+20110525A.trunk -> Revision SVN 1524
+20110525.trunk -> Revision SVN 1525
+20110526.trunk -> Revision SVN 1529
+20110530.trunk -> Revision SVN 1530
+20110609.trunk -> Revision SVN 1540
+20110622.trunk -> Revision SVN 1545
+20110713.trunk -> Revision SVN 1555
+20110921.trunk -> Revision SVN 1575 testing, NPv3
+20111007.trunk -> Revision SVN 1576
+20111103.trunk -> Revision SVN 1578 first version including FCM
+20111126.trunk -> Revision SVN 1592
+20120203.trunk -> Revision SVN 1614
+20120327.trunk -> Revision SVN 1619
+20120417.trunk -> Revision SVN 1623
+20120504.trunk -> Revision SVN 1624
+20120516.trunk -> Revision SVN 1628
+
+
+install version     SVN                BENCH   CONVERGE  1+1=2
+                                       RUNNING NUM. WITH
+                                               PREVIOUS
+20110921.trunk  -> Revision SVN 1575 	 OK 	 - 	 -
+20111007.trunk  -> Revision SVN 1576 	 OK 	 OK 	 -
+20111103.trunk  -> Revision SVN 1578 	 OK 	 OK 	 -
+20111126.trunk  -> Revision SVN 1592 	 OK 	 OK 	 -
+20120203.trunk  -> Revision SVN 1614 	 OK 	 - 	 -
+20120327.trunk  -> Revision SVN 1619 	 OK 	 OK 	 -
+20120417.trunk  -> Revision SVN 1623 	 OK 	 OK 	 -
+
+
+install version         SVN     Bench   Conv.   1+1=2   Init
+                                run     Nnum.
+                                        /prev.
+
+20120504.trunk		1624    OK      OK      -       OK
+20120515.trunk          1626    OK      -       OK      OK
+20120516.trunk		1628	OK	OK 	OK	OK
+20120625.trunk		1634	OK	OK 	OK	OK
+20120712.trunk		1636	OK	OK 	OK	OK  supprimee 
+20120718.trunk		1637	OK	OK 	OK	OK
+20120723.trunk		1638	-	 		    supprimee
+20120724.trunk		1641	OK	OK 	OK	OK
+20120730.trunk		1645	OK	OK 	OK	OK
+20120809.trunk		1648	OK	OK 	OK	OK
+20120822.trunk		1649	OK	OK 	OK	OK
+20120906.trunk		1650	OK	OK 	OK	-   supprimee
+20120907.trunk		1651	OK	OK 	OK	OK  supprimee (pb cv3)
+20120912.trunk		1652	OK	OK 	OK	OK
+20120917.trunk		1653	OK	- 	OK	OK bug swaero, supprime
+20121001.trunk		1655	OK	OK 	OK	OK
+20121002.trunk		1657	OK	OK 	OK	OK
+20121005.trunk		1659	OK	OK 	OK	OK
+20121012.trunk		1668	-	 		
+20121012.trunk		1668	OK	OK 	OK	OK
+20121017.trunk		1670	OK	OK 	OK	OK
+20121024.trunk		1672	OK	OK 	OK	OK
+20121029.trunk		1674	OK	OK 	OK	OK
+20121112.trunk          1678    OK      OK      OK      OK
+20121112.trunk          1678    OK      OK      OK      OK
+20121115.trunk		1680	OK	OK 	OK	OK
+20121116.trunk		1682	OK	OK 	OK	OK
+20121121.trunk		1685	OK	OK 	OK	OK
+20121206.trunk		1689	OK	OK 	OK	-
Index: /BOL/script_install/instal1d.sh
===================================================================
--- /BOL/script_install/instal1d.sh	(revision 1693)
+++ /BOL/script_install/instal1d.sh	(revision 1693)
@@ -0,0 +1,350 @@
+#!/bin/ksh
+#
+#   Script d'installation de LMDZ_1D, pour la version trunk
+# du 07 Octobre 2011 (=1575) et au-dela.
+#   ATTENTION : la prise en compte de l'heure de démarrage n'existe que dans les versions
+# postérieures au 3 Novembre 2011 (=1577).
+#   Le script est conçu pour fonctionner aussi avec des versions antérieures mais ce n'est 
+# pas testé : Use at your own risk!
+#
+#Directory où est place le modele installé par install.sh
+
+
+version=`sed -n "s/version *=//p" install.sh`
+echo $version
+modele=`pwd`/LMDZ${version}
+#Les directories de simulation seront placés sous $modele/1dcases .
+#Le code physique sera place sous $modele/modipsl/modeles/LMDZ5/libf/.
+#
+cd $modele
+#
+LMDGCM=`pwd`
+
+
+
+##########################################################################################
+# Recuperation des sources du modele 1D et des cas.
+
+cd $LMDGCM/modipsl/modeles/LMDZ5/libf/
+LMDlibf=`pwd`
+cd $LMDGCM
+# On va chercher les fichiers
+interne=no
+###interne=yes
+if [ $interne = no ]
+then
+ wget http://www.lmd.jussieu.fr/~lmdz/DistribG95/lmdz1d_source_20121016.tar.gz
+ tar xvfz lmdz1d_source_20121016.tar.gz
+ rm -f lmdz1d_source_20121016.tar.gz
+ source=${LMDGCM}/lmdz1d_source_20121016
+else
+ cp -a /home/jygz/LMDZ/SLMDZ/LMDZ5_source_20120112/lmdz1d_source_20120112 .
+ source=${LMDGCM}/lmdz1d_source_20120112
+fi
+#
+
+##########################################################################################
+# Creation des repertoires des cas.
+##########################################################################################
+
+if [ -f 1dcases ]
+then
+  echo '1dcases existe deja'
+  echo 'on continue'
+else
+  echo 'creation du directory 1dcases'
+  mkdir 1dcases
+fi
+cd 1dcases
+
+
+for cas in ayotte eq_rd_cv case_e hapex92_init twpice toga rico arm_cu ; do
+   if [ -f $cas ]
+   then
+      echo $cas existe deja
+      echo 'on continue, mais il  faudra verifier qu il ne manque rien dans '$cas
+   else
+      echo 'creation du directory de simulation '$cas
+      cp -a ${source}/$cas .
+   fi
+   dir $cas
+done
+
+
+##########################################################################################
+# On teste si la version svn est plus recentes que la 1640 pour la gestion du 1D
+cd $LMDGCM/modipsl/modeles
+new1d=`svn info LMDZ5 | grep Revision | awk ' { fl = 0 ; if ( $2 > 1640 )  fl=1 ; print fl } '`
+
+
+if [ $new1d = 1 ] ; then
+
+cd $LMDlibf
+wget http://lmdz.lmd.jussieu.fr/utilisateurs/outils/utilisation-de-lmdz/install_1d_src-sh
+chmod +x install_1d_src-sh
+./install_1d_src-sh
+
+
+else
+##########################################################################################
+# Ancienne gestion des sources 1D avec corrections.
+# Voir commemnt faire cohabiter une partie de cette facon de faire avec la nouvelle
+
+cd ${LMDlibf}
+if [ -d phy1d ]
+then
+ echo 'phy1d existe deja'
+ echo 'on continue'
+ cd phy1d
+ echo 'on cree le lien vers ../dyn3d/mod_const_para.F90 si necessaire'
+ if [ ! -f mod_const_para.F90 ]
+ then
+  ln -s ../dyn3d/mod_const_para.F90  mod_const_para.F90
+  ln -s ../dyn3d/infotrac.F90        infotrac.F90
+  ln -s ../dyn3d/conf_gcm.F          conf_gcm.F
+  ln -s ../dyn3d/pres2lev.F90        pres2lev.F90
+  ln -s ../dyn3d/control_mod.F90     control_mod.F90
+  ln -s ../dyn3d/q_sat.F             q_sat.F
+ fi
+else
+ \rm -rf phy1d
+ echo 'creation du directory phy1d'
+ mkdir phy1d
+ echo copie de phylmd dans phy1d
+ cp -a phylmd/* phy1d
+ cp -a ${source}/phy1d_source/* phy1d
+ cp -af ${source}/phy1d_source_upd/* phy1d
+ cd phy1d
+ ln -s ../dyn3d/mod_const_para.F90  mod_const_para.F90
+ ln -s ../dyn3d/infotrac.F90        infotrac.F90
+ ln -s ../dyn3d/conf_gcm.F          conf_gcm.F
+ ln -s ../dyn3d/pres2lev.F90        pres2lev.F90
+ ln -s ../dyn3d/control_mod.F90     control_mod.F90
+ ln -s ../dyn3d/q_sat.F             q_sat.F
+#
+ grep -i "subroutine *writelim" *.F *.F90 >/dev/null
+ if [ "$?" = "0" ]
+ then
+  echo Use writelim free version of 1DUTILS.h
+  mv 1DUTILS.h_no_writelim 1DUTILS.h
+ else
+  echo Use 1DUTILS.h version including subroutine writelim
+  mv 1DUTILS.h_with_writelim 1DUTILS.h
+  rm -f ttt
+  sed -e "s/^ *call *writelim *( *1 *,/      call writelim (/" lmdz1d.F >ttt
+  rm -f lmdz1d.F
+  mv ttt lmdz1d.F
+ fi
+ rm -f 1DUTILS.h*writelim
+#
+############################################################################
+#                                                                          #
+#               CORRECTIONS spécifiques au 1D                              #
+#                                                                          #
+############################################################################
+#
+ echo Update physiq.F and suppress lambda_th
+ rm -f physiq.F
+ sed -e "/add_phys_tend.*_vdf/s/add_phys_tend/add_pbl_tend/;" ../phylmd/physiq.F >physiq.F.ori
+#
+ echo Update phys_output_mod.F90 and suppress lambda_th
+ rm -f phys_output_mod.F90
+sed -e "/SUBROUTINE *convers_timesteps/,/END SUBROUTINE convers_timesteps/{
+ /USE *phys_cal_mod/d
+ /use *ioipsl/a\\
+    USE phys_cal_mod
+ s/ioget_mon_len(annee_ref,day_ref)/mth_len/
+};/SUBROUTINE *phys_output_open/,/end *subroutine *phys_output_open/{
+ /USE *ioipsl/a\\
+  USE phys_cal_mod, only : hour
+ /ymds2ju.*annee_ref.*zjulian/c\\
+!!!      CALL ymds2ju(annee_ref, 1, idayref, 0.0, zjulian)       !jyg \\
+! correction pour l heure initiale                               !jyg \\
+!                                                                !jyg \\
+      CALL ymds2ju(annee_ref, 1, idayref, hour, zjulian)         !jyg
+}" ../phylmd/phys_output_mod.F90 >phys_output_mod.F90.ori
+#
+ echo Update pbl_surface_mod.F90
+ rm -f pbl_surface_mod.F90
+ sed -e "/^ *INCLUDE *\"temps.h\"/{
+ a\\
+!****************************************************************************************\\
+! Declarations specifiques pour le 1D. A reprendre \\
+    INCLUDE \"flux_arp.h\"
+ }; /^.*REAL *::.*fsens *, *flat/d; /^.*LOGICAL *::.*ok_flux_surf/d; /^.*COMMON.*flux_arp.*/d " ../phylmd/pbl_surface_mod.F90 >pbl_surface_mod.F90.ori
+fi
+#
+############################################################################
+#                                                                          #
+#               CORRECTIONS DE BUGS (corrections necessaires au            #
+#                                    fonctionnement du 1D pour le cas      #
+#                                    où une version trop vieille de LMDZ   #
+#                                    est utilisée)                         #
+#                                                                          #
+############################################################################
+#
+ echo Update coef_diff_turb_mod.F90
+ rm -f coef_diff_turb_mod.F90
+sed -e "/zfr *= *(zq+ratqs\*zq-zqs) *\/ *(2.0\*ratqs\*zq)/{
+c\\
+!!jyg : pour eviter une division par 0                                   \\
+!!!!          zfr = (zq+ratqs*zq-zqs) / (2.0*ratqs*zq)                   \\
+          zfr = (zq+ratqs*zq-zqs) / (2.0*ratqs*MAX(zq,zqs/(1.+ratqs)))
+}" ../phylmd/coef_diff_turb_mod.F90 >coef_diff_turb_mod.F90
+#
+ echo Update physiq.F and suppress lambda_th
+ rm -f physiq.F
+ sed -e "/REAL/s/lambda_th(klon,klev),//;/lambda_th.*=/d" physiq.F.ori >physiq.F
+#
+ echo Update phys_output_mod.F90 and suppress lambda_th
+ rm -f phys_output_mod.F90
+sed -e "/save.*o_lambda_th/d;/CALL histdef3d(iff,clef_stations(iff),/{
+N;/o_lambda_th/d
+}" phys_output_mod.F90.ori >phys_output_mod.F90
+#
+ echo Update phys_output_write.h and suppress lambda_th
+ rm -f phys_output_write.h
+sed -e "/IF *( *o_lambda_th/,/ENDIF/d" ../phylmd/phys_output_write.h >phys_output_write.h
+#
+ mv pbl_surface_mod.F90.ori pbl_surface_mod.F90
+#
+############################################################################
+#                                                                          #
+#               CORRECTIONS pour version en developpement :                #
+#                  fabrication éventuelle de phy1dref et phy1d            #
+#                                                                          #
+#        Partie à effacer si on ne veut pas de ces corrections             #
+#        (par ex. si le 3D les contients dejà, ou s'il est trop ancien)    #
+#                                                                          #
+############################################################################
+#
+ 
+#
+if [ -d ${source}/phy1d_source_new ]
+then
+#  D'abord on recopie la physique que l'on vient de construire dans phy1dref
+#
+  echo Creation de phy1dref
+  cd ..
+  cp -a phy1d phy1dref
+  echo Ajout des nouveaux codes-source
+  cp -af ${source}/phy1d_source_new/* phy1d
+  cd phy1d
+#
+  echo Update physiq.F dans phy1d
+  rm -f physiq.F
+  sed -e "/if *(iflag_thermals\.gt\.1) *then/{
+N;/call *calltherm/s/(iflag_thermals\.gt\.1)/(iflag_thermals>=1)/
+};/if *(iflag_thermals>1) *then/{
+N;N;/d_t_lscth.*d_t_lscst/s/(iflag_thermals>1)/(iflag_thermals>=1)/
+}" ../phy1dref/physiq.F >physiq.F
+#
+  echo Update phys_output_mod.F90 dans phy1d
+  rm -f phys_output_mod.F90
+  sed -e "/type(ctrl_out).*o_ovapinit/{
+a\\
+  type(ctrl_out),save :: o_oliq         = ctrl_out((/ 2, 3, 4, 10, 10, 10 /),'oliq')
+};/CALL *histdef3d.*o_ovap%flag/{
+a\\
+          CALL histdef3d(iff,clef_stations(iff),o_oliq%flag,o_oliq%name, \"Condensed water\", \"kg/kg\" )
+};/if *(iflag_thermals\.gt\.1) *THEN/,/endif *!iflag_thermals\.gt\.1/{
+/if *(iflag_thermals\.gt\.1)/{
+N;N;h;/dqlscth.*dqlscst/{
+s/(iflag_thermals\.gt\.1)/(iflag_thermals>=1)/
+}
+};/endif *!iflag_thermals\.gt\.1/{
+x;/dqlscth.*dqlscst/{
+x;s/iflag_thermals\.gt\.1/iflag_thermals>=1/
+}
+}
+}" ../phy1dref/phys_output_mod.F90 >phys_output_mod.F90
+#
+  echo Update phys_output_write.h dans phy1d
+  rm -f phys_output_write.h
+  sed -e "/IF.*o_ovap%flag/,/ENDIF/{
+/ENDIF/{
+a\\
+                                                               \\
+       IF (o_oliq%flag(iff)<=lev_files(iff)) THEN              \\
+      CALL histwrite_phy(nid_files(iff),clef_stations(iff),    \\
+     $                   o_oliq%name,itau_w,ql_seri)            \\
+       ENDIF
+}
+};/IF *(o_mc\%flag(iff)/,/ENDIF/s/(iflag_thermals\.gt\.1)/(iflag_thermals>=1)/;/if *(iflag_thermals>1) *then/,/endif *! *iflag_thermals>1/{
+/if *(iflag_thermals>1)/{
+N;N;N;h;/o_dtlscth\%flag(iff)/s/(iflag_thermals>1)/(iflag_thermals>=1)/
+};/endif *! *iflag_thermals>1/{
+x;/o_dtlscth\%flag(iff)/{
+x;s/iflag_thermals>1/iflag_thermals>=1/
+}
+}
+};/IF *(iflag_thermals\.gt\.1) *THEN/{
+N;N;/o_ftime_th%flag(iff)/s/(iflag_thermals\.gt\.1)/(iflag_thermals>=1)/
+}" ../phy1dref/phys_output_write.h >phys_output_write.h 
+#
+fi
+#
+fi
+############################################################################
+#                                                                          #
+#              FIN DES CORRECTIONS                                         #
+#                                                                          #
+############################################################################
+#
+##   Nettoyage
+\rm -r ${source}
+#
+cd ${LMDlibf}/..
+\rm -f makefile
+for i in 1ere 2eme 3eme ; do
+   echo 1ere compilation : makegcm -d 39 -p 1d lmdz1d
+   ./makegcm -d 39 -p 1d lmdz1d
+done
+if [ -f lmdz1d.e ]
+then
+ echo Compilation réussie
+ ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/ayotte
+ ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/case_e
+ ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/eq_rd_cv
+ ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/hapex92_init
+ ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/rico
+ ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/toga
+ ln -s `pwd`/lmdz1d.e ${LMDGCM}/1dcases/twpice
+else
+ echo La compilation a échoué
+ stop
+fi
+#
+echo ========================
+echo '   Simulation test 1D'
+echo ========================
+##echo Execution d un cas d equilibre radiatif-convectif
+##cd ${LMDGCM}/1dcases/eq_rd_cv
+##./xqt.x NPv3.1
+##echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi.
+echo Execution de case_e
+cd ${LMDGCM}/1dcases/case_e
+./xqt.x NPv3.1
+echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi.
+##echo Execution du cas Hapex92_init
+##cd ${LMDGCM}/1dcases/hapex92_init
+##./xqt.x NPv3.1
+##echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi.
+echo 'Execution d une partie de Toga (1mois)'
+cd ${LMDGCM}/1dcases/toga
+./xqt.x NPv3.1
+echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi.
+echo Execution de arm_cu
+
+
+armcu=0
+if [ $armcu=1 ] ; then
+cd ${LMDGCM}/1dcases/arm_cu
+./compile.x ; ./compile.x ; ./compile.x
+ln -s lmdz1d_L40.e lmdz1d.e
+./xqt.x NPv3.1
+echo Si la derniere ligne avant \"SIMULATION FINISHED\" est \"Everything is cool!\", alors la simulation a reussi.
+fi
+
+
+
Index: /BOL/script_install/install.sh
===================================================================
--- /BOL/script_install/install.sh	(revision 1692)
+++ /BOL/script_install/install.sh	(revision 1693)
@@ -46,4 +46,6 @@
 
 version=20110921.trunk
+version=testing
+
 #Chemin pour placer le modele
 MODEL=./LMDZ$version
@@ -56,13 +58,30 @@
 check_linux=1
 ioipsl=1
-veget=0
+veget=1
 bench=1
-## compilo=pgf90 ou g95 ou gfortran ou ifort sur PC linux
-compilo=gfortran
 pclinux=1
+compilo=gfortran # compilo=pgf90 ou g95 ou gfortran ou ifort sur PC linux
+
+
+#####################################################################
+# Test for old gfortran compilers
+if [ $compilo = gfortran ] ; then
+   gfortranv=`gfortran --version | \
+   head -1 | awk ' { print $NF } ' | awk -F. ' { print $1 * 10 + $2 } '`
+   if [ $gfortranv -le 43 ] ; then
+       echo ERROR : Your gfotran compiler is too old
+       echo 'Please choose a new one (g95, ifort) and change the line'
+       echo compilo=xxx
+       echo in the install.sh script and rerun it
+       exit
+   fi
+fi
+#####################################################################
+
+
 
 ## compile_with_fcm=1 : utilise makelmdz_fcm, possible a partir de la version 20111103.trunk (LMDZ5/trunk rev 1578)
 ## compile_with_fcm=0 : utilise makegcm (default)
-compile_with_fcm=0
+compile_with_fcm=1
 
 OPTPREC=""
