Index: /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/gcm.def
===================================================================
--- /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/gcm.def	(revision 1100)
+++ /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/gcm.def	(revision 1101)
@@ -1,15 +1,12 @@
-#
-# $Header$
-#
-## nombre de pas par jour (multiple de iperiod) ( ici pour  dt = 1 min )      
+## nombre de pas par jour (multiple de iperiod)
 day_step=480
 ## periode pour le pas Matsuno (en pas)
 iperiod=5
 ## periode de la dissipation (en pas)
-idissip=15
+idissip=5
 ## choix de l'operateur de dissipation (star ou  non star )
 lstardis=y
 ## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation   gradiv
-nitergdiv=1
+nitergdiv=2
 ## nombre d'iterations de l'operateur de dissipation  nxgradrot
 nitergrot=2
@@ -17,5 +14,5 @@
 niterh=2
 ## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v (gradiv)  
-tetagdiv=36000.
+tetagdiv=10800.
 ## temps de dissipation des plus petites long.d ondes pour u,v(nxgradrot)
 tetagrot=18000.
@@ -27,10 +24,9 @@
 purmats=n
 ## avec ou sans physique                                                 
-##physic=n
-iflag_phys=1
+physic=y
 ## periode de la physique (en pas)                                       
 iphysiq=10
 ## frequence (en  jours ) de l'ecriture du fichier histphy               
-ecritphy=1
+ecritphy=30
 ##  Cycle diurne  ou non                 
 cycle_diurne=y
@@ -47,6 +43,8 @@
 ## Nombre  d'appels des routines de rayonnements ( par jour)                 
 nbapp_rad=12
-##  Flag  pour la convection (1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE, 4 KE vect)
-iflag_con=3
+##  Flag  pour la convection : 1 pour LMD, 2 pour Tiedtke, 3 KE(nvlle version JYG), 30 KE(version IPCC AR4), 4 KE vect
+iflag_con=30
+## Facteur multiplication des precip convectives dans KE
+cvl_corr=1.0
 ## longitude en degres du centre du zoom                                 
 clon=0.
Index: /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/libf/filtrez/filtreg.F
===================================================================
--- /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/libf/filtrez/filtreg.F	(revision 1100)
+++ /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/libf/filtrez/filtreg.F	(revision 1101)
@@ -184,8 +184,13 @@
                
                DO j = jdfil,jffil
+#ifdef BLAS
                   CALL DGEMM("N", "N", iim, nbniv, iim, 1.0, 
      &                 matrinvn(1,1,j),
      &                 iim, champ(1,j,1), iip1*nlat, 0.0,
      &                 eignq(1,j-jdfil+1,1), iim*nlat)
+#else
+                  eignq(:,j-jdfil+1,:)
+     $                 = matmul(matrinvn(:,:,j), champ(:iim,j,:))
+#endif
                END DO
                
@@ -193,8 +198,13 @@
                
                DO j = jdfil,jffil
+#ifdef BLAS
                   CALL DGEMM("N", "N", iim, nbniv, iim, 1.0, 
      &                 matriceun(1,1,j),
      &                 iim, champ(1,j,1), iip1*nlat, 0.0,
      &                 eignq(1,j-jdfil+1,1), iim*nlat)
+#else
+                  eignq(:,j-jdfil+1,:)
+     $                 = matmul(matriceun(:,:,j), champ(:iim,j,:))
+#endif
                END DO
                
@@ -202,8 +212,13 @@
                
                DO j = jdfil,jffil
+#ifdef BLAS
                   CALL DGEMM("N", "N", iim, nbniv, iim, 1.0, 
      &                 matricevn(1,1,j),
      &                 iim, champ(1,j,1), iip1*nlat, 0.0,
      &                 eignq(1,j-jdfil+1,1), iim*nlat)
+#else
+                  eignq(:,j-jdfil+1,:)
+     $                 = matmul(matricevn(:,:,j), champ(:iim,j,:))
+#endif
                END DO
                
@@ -215,8 +230,14 @@
                
                DO j = jdfil,jffil
+#ifdef BLAS
                   CALL DGEMM("N", "N", iim, nbniv, iim, 1.0, 
      &                 matrinvs(1,1,j-jfiltsu+1),
      &                 iim, champ(1,j,1), iip1*nlat, 0.0,
      &                 eignq(1,j-jdfil+1,1), iim*nlat)
+#else
+                  eignq(:,j-jdfil+1,:)
+     $                 = matmul(matrinvs(:,:,j-jfiltsu+1),
+     $                 champ(:iim,j,:))
+#endif
                END DO
                
@@ -225,8 +246,14 @@
                
                DO j = jdfil,jffil
+#ifdef BLAS
                   CALL DGEMM("N", "N", iim, nbniv, iim, 1.0, 
      &                 matriceus(1,1,j-jfiltsu+1),
      &                 iim, champ(1,j,1), iip1*nlat, 0.0,
      &                 eignq(1,j-jdfil+1,1), iim*nlat)
+#else
+                  eignq(:,j-jdfil+1,:)
+     $                 = matmul(matriceus(:,:,j-jfiltsu+1),
+     $                 champ(:iim,j,:))
+#endif
                END DO
                               
@@ -234,8 +261,14 @@
                
                DO j = jdfil,jffil
+#ifdef BLAS
                   CALL DGEMM("N", "N", iim, nbniv, iim, 1.0, 
      &                 matricevs(1,1,j-jfiltsv+1),
      &                 iim, champ(1,j,1), iip1*nlat, 0.0,
      &                 eignq(1,j-jdfil+1,1), iim*nlat)
+#else
+                  eignq(:,j-jdfil+1,:)
+     $                 = matmul(matricevs(:,:,j-jfiltsv+1),
+     $                 champ(:iim,j,:))
+#endif
                END DO
                               
Index: /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/physiq.def
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--- /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/physiq.def	(revision 1100)
+++ /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/physiq.def	(revision 1101)
@@ -1,83 +1,172 @@
+### type_ocean = force / slab  /couple
+type_ocean=force
+### VEGET= y si ORCHIDEE, =n si bucket
+VEGET=n
 #
-# $Header$
+# Parametres fichiers de sortie
 #
-
-OCEAN=force 
-VEGET=y
-OK_journe=n
+### type_run = type run par rapport aux fichiers et variables de sortie
+# - type_run = CLIM/ENSP (=1)
+# - type_run = AMIP/CFMI (=2)
+type_run=AMIP
+### OK_journe= y sortir fichier journalier histday.nc, =n pas de fichier histday.nc
+OK_journe=y
+### OK_mensuel= y sortir fichier mensuel histmth.nc, =n pas de fichier histmth.nc
 OK_mensuel=y
+### OK_instan=y, ecrire sorties "instantannees" (chaque pas de temps de la  physique)
 OK_instan=n
+### OK_hf=y, ecrire sorties hautes frequence histhf.nc, =n pas de fichier histhf.nc
+ok_hf=n
+#
+# Parametres niveau de sorties differents fichiers 
+#
+### lev_histhf=0-4, niveau de sortie fichier "histhf.nc" 
+# - lev_histhf=0 => pas de sorties histhf.nc
+# - lev_histhf=2 => defaut
+# - lev_histhf=3 => variables sur niveaux standards
+# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele => fichier. histhf3d.nc
+lev_histhf=2
+### lev_histday=0-5, niveau de sortie fichier "histday.nc"
+# - lev_histday=0 => pas de sorties lev_histday.nc
+# - lev_histday=2 => defaut
+# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
+# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
+# - lev_histday=5 => + champs F. Aires
+lev_histday=2
+### lev_histmth=0-4, niveau de sortie fichier "histmth.nc"
+# - lev_histmth=0 => pas de sorties lev_histmth.nc
+# - lev_histmth=2 => defaut
+# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
+# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
+lev_histmth=2
+### ecrit_hf = frequence ecriture fichier histhf.nc en jours
+ecrit_hf=0.250
+### ecrit_day = frequence ecriture fichier histday.nc en jours
+ecrit_day=1.
+### ecrit_mth = frequence ecriture fichier histmth.nc en jours
+ecrit_mth=30.
+### freqin_isccp = frequence input en secondes du simulateur ISCCP
+freq_ISCCP=10800.
+### freqout_isccp = frequence output en jours du simulateur ISCCP
+ecrit_ISCCP=30.
+### niveau du diagnostique de conservation d energie
 if_ebil=0
 #
 # parametres KE
 #
+### epmax = Efficacite precipitation maximale
 epmax = .99
+### ok_adj_ema = ?? pas utilise
 ok_adj_ema = n
+### iflag_clw Flag calcul eau liquide
+# - iflag_clw=0 : qcond_incld(i,l) = em_qcondc(l)
+# - iflag_clw=1 : qcond_incld(i,l) = em_qcond(l)
+# - iflag_clw=2 : eau liquide diagnostique en fonction de la Precip
 iflag_clw = 1
 # 
 # parametres nuages
 #
-cld_lc_lsc = 0.00026
-cld_lc_con = 0.00026
+### cld_lc_lsc  contenu en eau liquide des nuages large-scale (fisrtilp) 
+cld_lc_lsc = 2.6e-4
+### cld_lc_con  contenu en eau liquide des nuages convectifs (fisrtilp) 
+cld_lc_con = 2.6e-4
+### cld_tau_lsc  cte de temps utilisee pour eliminer l eau large-scale (fisrtilp) 
 cld_tau_lsc = 3600.
+### cld_tau_con  cte de temps utilisee pour eliminer l eau convective (fisrtilp) 
 cld_tau_con = 3600.
+### ffallv_lsc  cte utilisee dans calcul vitesse de chute cristaux de glace large-scale (fisrtilp) 
 ffallv_lsc = 1.
+### ffallv_lsc  cte utilisee dans calcul vitesse de chute cristaux de glace convectifs (fisrtilp) 
 ffallv_con = 1.
-coef_eva = 0.00002
+### coef_eva  coef evaporation precips eau/glace (fisrtilp/fisrtilp_tr?/conlmd?) 
+coef_eva = 2.e-5
+### reevap_ice  reevaporation de toute la precip dans la couche du dessous pour la glace (fisrtilp) 
 reevap_ice = y
+### iflag_cldcon  flag pour calculer ratqsc=F(ratqsbas,fact_cldcon,q_seri) (physiq) 
+# - iflag_cldcon<=-1 diag. rain_Tiedtke 
+# - iflag_cldcon=1, ratqsc=ratqsbas+fact_cldcon*(q_seri(1)-q_seri(k))/q_seri(k)
+# - iflag_cldcon=1/2, ratqs=max(ratqs,ratqsc)
+# - iflag_cldcon=3,   ratqs=ratqss
 iflag_cldcon = 3
+### iflag_pdf :  flag calcul distribution sous-maille de l eau et des nuages 
+# - iflag_pdf=0, version ratqs, 
+# - iflag_pdf=1, calcul eau condensee, fraction nuageuse, eau nuageuse a partir
+# -              des PDFS de Sandrine Bony 
 iflag_pdf = 1
+### fact_cldcon  constante calcul ratqsc (voir iflag_cldcon) et proprietes nuages convectifs, clwcon0 (physiq.F) 
 fact_cldcon = 1.
-#facttemps = 1.e-4
-facttemps = 0.0001
+### facttemps=   facteur de relaxation de ratqs (iflag_cldcon=1/2) et rnebcon (iflag_cldcon=3)
+facttemps = 1.e-4
+## ok_newmicro   =y appel newmicro , =n appel nuage (calcul epaisseur optique et emmissivite des nuages) 
 ok_newmicro = y
+### ratqsbas     ratqs en bas si iflag_cldcon=1 
 ratqsbas = 0.005
+### ratqshaut    ratqs en haut pour ratqss "stables"  
 ratqshaut = 0.33
+### iflag_ratqs=0 correspond a la version IPCC AR4
+iflag_ratqs = 0
+### rad_froid    rayon cristaux des nuages de glace "froids" 
 rad_froid = 35
+### rad_chau1    rayon goutelettes d eau chauds", en haut: k=4-klev 
 rad_chau1=12
+### rad_chau2    rayon goutelettes d eau chauds", en bas: k=1-3  
 rad_chau2=11
-#ksta_ter=1.e-7
-ksta_ter=0.0000001
+## ksta_ter      coef.diffusion minimale sur terre/sic/lic 
+ksta_ter=1.e-7
+### cdmmax =     cdrag maximum pour le moment
+cdmmax = 2.5E-3
+### cdhmax =     cdrag maximum pour l energie
+cdhmax = 2.0E-3
 #
-# parametres outputs
+# Parametres "orbitaux/ ere geologique"
 #
-#niveau de sortie "hf" lev_histhf avec
-# - lev_histhf=3 => defaut
-# - lev_histhf=4 => histhf3d.nc champs 3d niveaux modele
-lev_histhf=3
-#niveau de sortie "day" lev_histday
-# - lev_histday=2 => defaut
-# - lev_histday=3 => + champs 3D => F. Lott
-# - lev_histday=4 => + champs sous-surfaces
-lev_histday=2
-#niveau de sortie "mth" lev_histmth avec
-# - lev_histmth=2 => defaut
-# - lev_histmth=3 => albedo, rugosite sous-surfaces
-# - lev_histmth=4 => champs tendances 3d
-lev_histmth=2
+### R_ecc =      Excentricite
+R_ecc = 0.016715
+### R_peri =     Equinoxe
+R_peri = 102.7
+### R_incl =     Inclinaison
+R_incl = 23.441
+### solaire =    Constante solaire
+solaire = 1365.
 #
-# parametres climatique
+# Taux gaz a effet de serre
 #
-R_ecc = 0.016715
-R_peri = 102.7
-R_incl = 23.441
-solaire = 1365.
+### co2_ppm =    taux CO2 en ppm
 co2_ppm = 348.
+### CH4_ppb =    taux CH4 en ppb
 CH4_ppb = 1650.
+### N2O_ppb =    taux N2O en ppb
 N2O_ppb = 306.
+### CFC11_ppt =  taux CFC11 en ppt
 CFC11_ppt = 280.
+### CFC12_ppt =  taux CFC12 en ppt
 CFC12_ppt = 484.
 #
-# parametres simulateur ISCCP
+# Parametres effets directs/indirects des "aerosols"
 #
-top_height = 3
-#overlap = 1, 2 ou 3
+### ok_ade=y/n   flag Aerosol direct effect
+ok_ade=n
+### ok_aie=y/n   flag Aerosol indirect effect
+ok_aie=n
+### aer_type =   Aerosol variation type : actuel / preind / scenario
+aer_type=actuel
+### bl95_b0 =    Parameter in CDNC-maer link (Boucher&Lohmann 1995)
+bl95_b0=1.7
+### bl95_b1 =    Parameter in CDNC-maer link (Boucher&Lohmann 1995)
+bl95_b1=0.2
+#
+# Parametres simulateur ISCCP
+#
+### ok_isccp=y/n flag simulateur ISCCP
+ok_isccp=n
+### top_height = flag choix calcul nuages par le simulateur en utilisant 
+# -              les donnees IR et/ou VIS et l algorithme ISCCP-D1
+# - top_height = 1 -> algo IR-VIS
+# - top_height = 2 -> identique a 1, mais "ptop(ibox)=pfull(ilev)"
+# - top_height = 3 -> algo IR
+top_height = 1
+### overlap =    Hypothese de Recouvrement (HR) utilisee pour le simulateur ISCCP
+# - overlap=1    Max overlap
+# - overlap=2    Random overlap
+# - overlap=3    Max/Random overlap
 overlap = 3
-#cdmmax
-#cdmmax = 2.5E-3
-cdmmax = 0.0025
-#cdhmax
-#cdhmax = 2.0E-3
-cdhmax = 0.002
-iflag_pbl = 1
-iflag_thermals = 0
Index: /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/run.def
===================================================================
--- /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/run.def	(revision 1100)
+++ /LMDZ4/branches/LMDZ4-dev/run.def	(revision 1101)
@@ -1,5 +1,2 @@
-#
-# $Header: /home/cvsroot/LMDZ4/run.def,v 1.1.1.1 2004-05-19 12:53:05 lmdzadmin Exp $
-#
 INCLUDEDEF=physiq.def
 INCLUDEDEF=gcm.def
@@ -9,13 +6,13 @@
 dayref=1
 ##  Annee de l'etat  initial (   avec  4  chiffres   )
-anneeref=1979
+anneeref=1980
 ## Nombre de jours d'integration
 nday=1
 ## periode de sortie des variables de controle (en pas)
-iconser=5
+iconser=240
 ## periode d'ecriture du fichier histoire (en jour)
 iecri=1
-## periode de stockage fichier histmoy (en jour)
-periodav=1.
-## unite de sortie des impressions
-lunout=7
+## flag de sortie dynzon
+ok_dynzon=n
+## periode de stockage fichier dynzon (en jour)
+periodav=30.