source: LMDZ4/branches/LMDZ4V5.0-dev/makelmdz_fcm @ 3773

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YM : Parallelisation COSP MPI+OpenMP

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
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RevLine 
[1279]1#!/bin/bash
2# $Id: makelmdz_fcm 1318 2010-02-23 20:12:08Z asima $
3# This is a script in Bash.
4
[1140]5# FH : on ne crée plus le fichier arch.mk qui est supposé exister par
[783]6# FH : ailleurs.
[1140]7# FH : ulterieurement, ce fichier sera pré-existant pour une série
8# FH : de configurations en versions optimisées et debug qui seront
9# FH : liés (ln -s) avec arch.mk en fonction de l'architecture.
10# FH : Pour le moment, cette version est en test et on peut créer les
11# FH : arch.mk en lançant une première fois makegcm.
[783]12#
[1279]13##set -x
[783]14########################################################################
15# options par defaut pour la commande make
16########################################################################
17
[1279]18dim="96x72x19"
19physique=lmd
20filtre=filtrez
21grille=reg
22couple=false
23veget=false
24chimie=false
25parallel=none
26compil_mod=prod
27io=ioipsl
28LIBPREFIX=""
29fcm_path=none
30cosp=false
[783]31
[1279]32LMDGCM=`/bin/pwd`
33LIBOGCM=$LMDGCM/libo
34LIBFGCM=$LMDGCM/libf
[1318]35COSP_PATH=$LMDGCM/.void_dir
[783]36
37########################################################################
38#  Quelques initialisations de variables du shell.
39########################################################################
40
[1279]41CPP_KEY="" 
42INCLUDE=""
43LIB=""
44adjnt=""
45COMPIL_FFLAGS="%PROD_FFLAGS"
46PARA_FFLAGS=""
47PARA_LD=""
48EXT_SRC=""
[783]49
50########################################################################
51# lecture des options de mymake
52########################################################################
53
[1279]54while (($# > 0))
55  do
56  case $1 in
57      "-h") cat <<fin
[783]58manuel complet sur http://...
59Usage :
[1002]60makegcm [options] -m arch exec
61[-h]                       : manuel abrégé
62[-d [[IMx]JMx]LM]          : IM, JM, LM sont les dims en x, y, z (def: $dim)
63[-p PHYS]                  : compilation avec la physique libf/phyPHYS, (def: lmd)
64[-prod / -dev / -debug]    : compilation en mode production (default) / developpement / debug .
65[-c false/MPI1/MPI2]       : couplé océan : MPI1/MPI2/false (def: false)
66[-v false/true]            : avec ou sans végétation (def: false)
[1018]67[-chimie INCA/false]       : avec ou sans model de chimie INCA (def: false)
[1002]68[-parallel none/mpi/omp/mpi_omp] : parallelisation (default: none) : mpi, openmp ou mixte mpi_openmp
69[-g GRI]                   : conf. grille dans dyn3d/GRI_xy.h  (def: reg inclue un zoom)
70[-io IO]                   : choix d'une librairie I/O, experts (def: ioipsl)
[1132]71[-include INCLUDES]        : variables supplementaires pour include
72[-cpp CPP_KEY]             : cle cpp supplementaires
[1002]73[-adjnt]                   : adjoint, a remettre en route ...
74[-filtre NOMFILTRE]        : prend le filtre dans libf/NOMFILTRE (def: filtrez)
75[-link LINKS]              : liens optionels avec d'autres librairies
[1136]76[-fcm_path path]           : chemin pour fcm (def: le chemin est suppose deja exister dans le PATH)
[1279]77[-ext_src path]            : chemin d'un repertoire source avec des sources externe a compiler avec le modele
[1137]78 -arch nom_arch            : nom de l'architecture cible
[1002]79 exec                      : exécutable généré
[783]80fin
[1279]81          exit;;
[783]82
[1279]83      "-d")
84          dim=$2 ; shift ; shift ;;
85     
86      "-O")
87          echo "option obsolete dans cette version intermediaire de makegcm"
88          exit;;
[783]89
[1279]90      "-p")
91          physique="$2" ;  shift ; shift ;;
[783]92
[1279]93      "-g")
94          grille="$2" ; shift ; shift ;;
[783]95
[1279]96      "-c")
97          couple="$2" ; shift ; shift ;;
[783]98
[1279]99      "-prod")
100          compil_mod="prod" ; shift ;;
[1002]101
[1279]102      "-dev")
103          compil_mod="dev" ; shift ;;
[1002]104
[1279]105      "-debug")
106          compil_mod="debug" ; shift ;;
[1002]107
[1279]108      "-io")
109          io="$2" ; shift ; shift ;;
[783]110
[1279]111      "-v")
112          veget="$2" ; shift ; shift ;;
[783]113
[1279]114      "-chimie")
115          chimie="$2" ; shift ; shift ;;
[783]116
[1279]117      "-parallel")
118          parallel="$2" ; shift ; shift ;;
119     
120      "-include")
121          INCLUDE="$INCLUDE -I$2" ; shift ; shift ;;
[783]122
[1279]123      "-cpp")
124          CPP_KEY="$CPP_KEY $2" ; shift ; shift ;;
[1132]125
[1279]126      "-adjnt")
127          echo "otpion a reactiver ";exit
128          opt_dep="$opt_dep adjnt" ; adjnt="-ladjnt -ldyn3d "
129          optim="$optim -Dadj" ; shift ;;
[783]130
[1279]131      "-cosp")
132          cosp="$2" ; shift ; shift ;;
[783]133
134
[1279]135      "-filtre")
136          filtre=$2 ; shift ; shift ;;
[783]137
[1279]138      "-link")
139          LIB="$LIB $2" ; shift ; shift ;;
[1136]140
[1279]141      "-fcm_path")
142          fcm_path=$2 ; shift ; shift ;;
[783]143
[1279]144      "-ext_src")
145          EXT_SRC=$2 ; shift ; shift ;;
[783]146
[1279]147      "-arch")
148          arch=$2 ; shift ; shift ;;
[783]149
[1279]150      *)
151          code="$1" ; shift ;;
152  esac
153done
154
[1136]155###############################################################
156# mettre le chemin du fcm dans le path
157###############################################################
[1279]158if  [[ "$fcm_path" != "none" ]]
159then
160    export PATH=${fcm_path}:${PATH}
161fi
[783]162
[1136]163echo "Chemin du fcm utlise :" 
164which fcm
165
[783]166###############################################################
[1140]167# lecture des chemins propres à l'architecture de la machine #
[783]168###############################################################
[1279]169rm -f .void_file
170echo > .void_file
[1318]171rm -rf .void_dir
172mkdir .void_dir
[1279]173rm -f arch.path
174ln -s arch/arch-${arch}.path ./arch.path
[783]175source arch.path
176
177########################################################################
178# Definition des clefs CPP, des chemins des includes et modules
179#  et des libraries
180########################################################################
181
[1279]182if [[ "$compil_mod" == "prod" ]]
183then
184  COMPIL_FFLAGS="%PROD_FFLAGS"
185elif [[ "$compil_mod" == "dev" ]]
186then
187  COMPIL_FFLAGS="%DEV_FFLAGS"
188elif [[ "$compil_mod" == "debug" ]]
189then
190  COMPIL_FFLAGS="%DEBUG_FFLAGS"
191fi
[783]192
[1279]193if [[ "$physique" != "nophys" ]]
194then
[1140]195   #Default planet type is Earth
[1279]196   CPP_KEY="$CPP_KEY CPP_EARTH"
197fi
[783]198
[1279]199if [[ "$chimie" == "INCA" ]]
200then
201   CPP_KEY="$CPP_KEY INCA"
202   INCLUDE="$INCLUDE -I${INCA_INCDIR}"
203   LIB="$LIB -L${INCA_LIBDIR} -lchimie"
204fi
[783]205
[1279]206if [[ "$couple" != "false" ]]
207then
208   CPP_KEY="$CPP_KEY CPP_COUPLE"
209   INCLUDE="$INCLUDE -I${OASIS_INCDIR}"
210   LIB="$LIB -L${OASIS_LIBDIR} -lpsmile.${couple} -lmpp_io"
211fi
[783]212
[1279]213if [[ "$parallel" == "mpi" ]]
214then
215   CPP_KEY="$CPP_KEY CPP_PARA CPP_MPI"
216   PARA_FFLAGS="%MPI_FFLAGS"
217   PARA_LD="%MPI_LD"
218elif [[ "$parallel" == "omp" ]]
219then
220   CPP_KEY="$CPP_KEY CPP_PARA CPP_OMP"
221   PARA_FFLAGS="%OMP_FFLAGS"
222   PARA_LD="%OMP_LD"
223elif [[ "$parallel" == "mpi_omp" ]]
224then
225   CPP_KEY="$CPP_KEY CPP_PARA CPP_MPI CPP_OMP"
226   PARA_FFLAGS="%MPI_FFLAGS %OMP_FFLAGS"
227   PARA_LD="%MPI_LD %OMP_LD"
228fi
[783]229
[1279]230if [[ ( "$parallel" == "omp" || "$parallel" == "mpi_omp" ) \
231   && "$compil_mod" == "debug" ]]
232then
233    echo "Usually, parallelization with OpenMP requires some optimization."
234    echo "We suggest switching to \"-dev\"."
235fi
[783]236
[1279]237if [[ "$veget" == "true" ]]
238then
239   CPP_KEY="$CPP_KEY CPP_VEGET"
240   INCLUDE="${INCLUDE} -I${ORCH_INCDIR}"
241   LIB="${LIB} -L${ORCH_LIBDIR} -l${LIBPREFIX}sechiba -l${LIBPREFIX}parameters -l${LIBPREFIX}stomate -l${LIBPREFIX}parallel -l${LIBPREFIX}orglob"
242fi
[783]243
[1279]244if [[ $io == ioipsl ]]
245then
246   CPP_KEY="$CPP_KEY CPP_IOIPSL"
247   INCLUDE="$INCLUDE -I${IOIPSL_INCDIR}"
248   LIB="$LIB -L${IOIPSL_LIBDIR} -l${LIBPREFIX}ioipsl"
249fi
250if [[ "$cosp" == "true" ]]
251then
252   CPP_KEY="$CPP_KEY CPP_COSP"
[1318]253   COSP_PATH="$LIBFGCM/cosp"
[1279]254#   LIB="${LIB} -l${LIBPREFIX}cosp"
255fi
256INCLUDE="$INCLUDE -I${NETCDF_INCDIR}"
257LIB="$LIB -L${NETCDF_LIBDIR} -lnetcdf"
[783]258
259########################################################################
260# calcul du nombre de dimensions
261########################################################################
262
263
[1279]264dim_full=$dim
265dim=`echo $dim | sed -e 's/[^0-9]/ /g'` 
266set $dim
267dimc=$#
[783]268echo calcul de la dimension
269echo dim $dim
270echo dimc $dimc
271
272
273########################################################################
274# Gestion des dimensions du modele.
[1114]275# on cree ou remplace le fichier des dimensions
[783]276########################################################################
277
278cd $LIBFGCM/grid/dimension
[1114]279./makdim $dim
[783]280cat $LIBFGCM/grid/dimensions.h
281cd $LMDGCM
282
283
284########################################################################
285# Differentes dynamiques (3d, 2d, 1d)
286########################################################################
287
[1279]288dimension=`echo $dim | wc -w`
[783]289echo dimension $dimension
290
[1279]291if (( $dimension == 3 ))
292then
[783]293  cd $LIBFGCM/grid
294  \rm fxyprim.h
295  cp -p fxy_${grille}.h fxyprim.h
[1279]296else
297  echo "Probleme dans les dimensions de la dynamique !!"
298  echo "Non reactive pour l'instant !!!"
299fi
[783]300
301######################################################################
302#   Traitement special pour le nouveau rayonnement de Laurent Li.
303#   ---> YM desactive pour le traitemement en parallele
304######################################################################
305
[1279]306#if [[ -f $libf/phy$physique/raddim.h ]]
307#then
308# if [[ -f $libf/phy$physique/raddim.$dimh.h ]]
309#then
[783]310#  \rm -f $libf/phy$physique/raddim.h
311#  cp -p $libf/phy$physique/raddim.$dimh.h $libf/phy$physique/raddim.h
312#  echo $libf/phy$physique/raddim.$dimh.h
313#  cat $libf/phy$physique/raddim.h
314# else
315#  echo On peut diminuer la taille de l executable en creant
316#  echo le fichier $libf/phy$physique/raddim.$dimh.h
317#  \cp -p $libf/phy$physique/raddim.defaut.h $libf/phy$physique/raddim.h
[1279]318# fi
319#fi
[783]320
321######################################################################
322# Gestion du filtre qui n'existe qu'en 3d.
323######################################################################
324
[1279]325if (( `expr $dimc \> 2` == 1 ))
326then
327   filtre="FILTRE=$filtre"
[783]328else
[1279]329   filtre="FILTRE= L_FILTRE= "
330fi
[783]331echo MACRO FILTRE $filtre
332
333echo $dimc
334
335
336
337######################################################################
338# Creation du suffixe de la configuration
339######################################################################
340
341
[1279]342SUFF_NAME=_${dim_full}
343SUFF_NAME=${SUFF_NAME}_phy${physique}
[783]344
[1279]345if [[ "$parallel" != "none" ]]
346then
347  SUFF_NAME=${SUFF_NAME}_para
348  DYN=dyn${dimc}dpar
[783]349else
[1279]350  SUFF_NAME=${SUFF_NAME}_seq
351  DYN=dyn${dimc}d
352fi
[783]353
[1279]354if [[ $veget == "true" ]]
355then
356  SUFF_NAME=${SUFF_NAME}_orch
357fi
[783]358
[1279]359if [[ $couple != "false" ]]
360then
361  SUFF_NAME=${SUFF_NAME}_couple
362fi
[783]363
[1279]364if [[ $chimie == "INCA" ]]
365then
366  SUFF_NAME=${SUFF_NAME}_inca
367fi
[783]368
369cd $LMDGCM
[1279]370config_fcm="config.fcm"
[783]371rm -f $config_fcm
372touch $config_fcm
373rm -f bin/${code}${SUFF_NAME}.e
374rm -f arch.fcm
[1279]375rm -f arch.opt
[783]376
377echo "%ARCH          $arch"          >> $config_fcm
378echo "%INCDIR        $INCLUDE"       >> $config_fcm 
379echo "%LIB           $LIB"           >> $config_fcm
380echo "%ROOT_PATH     $PWD"           >> $config_fcm
381echo "%LIBF          $LIBFGCM"       >> $config_fcm
382echo "%LIBO          $LIBOGCM"       >> $config_fcm
383echo "%DYN           $DYN"           >> $config_fcm
384echo "%PHYS          phy${physique}" >> $config_fcm
[1318]385echo "%COSP          $COSP_PATH"     >> $config_fcm
[783]386echo "%CPP_KEY       $CPP_KEY"       >> $config_fcm
387echo "%EXEC          $code"          >> $config_fcm
388echo "%SUFF_NAME     $SUFF_NAME"     >> $config_fcm
[1002]389echo "%COMPIL_FFLAGS $COMPIL_FFLAGS" >> $config_fcm
390echo "%PARA_FFLAGS   $PARA_FFLAGS"   >> $config_fcm
391echo "%PARA_LD       $PARA_LD"       >> $config_fcm
[1279]392echo "%EXT_SRC       $EXT_SRC"       >> $config_fcm
[783]393
[1002]394
395
[1137]396ln -s arch/arch-${arch}.fcm arch.fcm
[1279]397if test -f arch/arch-${arch}.opt &&  [ $compil_mod = "prod" ]
398  then
399  ln -s arch/arch-${arch}.opt arch.opt
400else
401  ln -s .void_file arch.opt
402fi
403
404
[1002]405rm -f $LIBOGCM/${arch}${SUFF_NAME}/.config/fcm.bld.lock
[783]406./build_gcm
407
[1279]408rm -rf tmp_src
409rm -rf config
[783]410ln -s $LIBOGCM/${arch}${SUFF_NAME}/.config config
411ln -s $LIBOGCM/${arch}${SUFF_NAME}/.config/tmp tmp_src
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.